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<div class=Section1>
<p class=MsoNormal>Bonjour Eric,<o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoNormal>Je viens de retester les simu sur le cluster, et ça ne marche
pas encore.<o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal>Il n’y a plus l’erreur de la librairie, de ce
coté là, c’est bon.<o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoNormal>Par contre il semble que le gestionnaire de job ne reçoive
pas bien l’information pour lancer la simu.<o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal>On ne trouve pas de fichier de type attendu.<o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal>Je mets ci-dessous un fichier toto.pbs de la forme et avec
les instructions attendu par PBS. On arrive à faire tourner la simu en le lançant
à la main.<o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoNormal>Un autre soucis : le nom de la simu contient un espace (entre
le nom entré par l’utilisateur et la date incrémentée automatiquement),
ça pose problème lors de la lecture du fichier…<o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoNormal><u>Toto.pbs :<o:p></o:p></u></p>
<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>#PBS -S /bin/sh<o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>### RAPPEL Lancement sur cluster Nea :
"<o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>### qsub -q qLong toto.pbs<o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>### JOB NAME<o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>#PBS -N ISIS<o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>### JOB CLASS<o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>#PBS -q qLong<o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>###Number of nodes<o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>#PBS -l nodes=1:ppn=1<o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>#PBS -l walltime=240:00:00<o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>### Merge output error and log files<o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>#PBS -j oe<o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>### Ressources<o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US># This job's working directory :<o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>echo Working Directory is $PBS_O_WORKDIR<o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal>cd $PBS_O_WORKDIR<o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>echo Running on host `hostname`<o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>echo Time is `date`<o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>echo Directory is `pwd`<o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>echo This job runs on the following
processors :<o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>echo `cat $PBS_NODEFILE`<o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>NPROCS=`wc -l < $PBS_NODEFILE`<o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>echo This job has allocated $NPROCS nodes<o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>echo $HOME<o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>cd "/home/bpreuss/isis-fish-3.3.0.2"<o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>pwd<o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>##source /usr/share/modules/init/csh<o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>##module load java/1.6.0<o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>/home/bpreuss/jre1.6.0_19/bin/java
-Xmx2500M -jar isis-fish*.jar --option launch.ui false --option
perform.vcsupdate false --option perform.migration false --option perform.cron
false --simulateRemotelly "sim_sim_test_1_2010-04-19-16-52_2010-04-29-08-51"
"/home/bpreuss/isis-tmp/simulation-sim_sim_test_1_2010-04-19-16-52_2010-04-29-08-51-preparation.zip"
"/home/bpreuss/isis-tmp/simulation-sim_sim_test_1_2010-04-19-16-52_2010-04-29-08-51-result.zip"
>& "/home/bpreuss/isis-tmp/simulation-sim_sim_test_1_2010-04-19-16-52_2010-04-29-08-51-output.txt"<o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>###rm -rf
"$HOME/isis-database-3/simulations/sim_sim_test_1_2010-04-19-16-52_2010-04-20-15-25"<o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='color:#548DD4'><o:p> </o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span style='color:#548DD4'>Bastien Preuss<o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span style='color:#548DD4'>Doctorant (PhD Student)<o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span style='color:#548DD4'>IFREMER - IRD - Université de
Nouvelle-Calédonie<o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span style='color:#548DD4'>101 Promenade Roger Laroque<o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span style='color:#548DD4'>BP A5<o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span style='color:#548DD4'>98848 Noumea cedex<o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span style='color:#548DD4'>New-Caledonia<o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span style='color:#548DD4'>Tel: (+687) 260 723<o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-GB style='font-size:18.0pt;font-family:Webdings;
color:green'>P</span><u><span lang=EN-GB style='color:navy'> </span></u><u><span
style='font-size:10.0pt;font-family:"Comic Sans MS";color:green'>afin de contribuer
au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce mail qu'en cas de
nécessité</span></u><span style='color:navy'><o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span style='color:#548DD4'><o:p> </o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>
</div>
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