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<meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
http-equiv="Content-Type">
</head>
<body text="#000000" bgcolor="#ffffff">
Pour la partie reformatage des données, si tu travailles sur R, la
fonction reshape devrait te solutionner le problème (+/- facilement je
te l'accorde). Pour les discussions précédentes, je dois avouer que je
les ai pas trop en tête, sorry...<br>
a+<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
Le 30/06/2010 16:04, Benoit Archambault a écrit :
<blockquote
cite="mid:AANLkTimK8-UezzkHDB9uvP0b4SzX3AUzJg62GClQ0N5w@mail.gmail.com"
type="cite">1) Pour les résidus pas plus comparé que ca, ca me semble
logique d'avoir des effets multiplicatifs et donc parti direct vers un
modele log norm. Je vais creuser un peu et je donne des news.<br>
<br>
2) J'avais pensé tout d'abord à un modele de ce type, mais ca suppose
un reformatage des données (car je les ai par marée, avec en variable
les differentes LPUE), et surtout j'étais parti sur l'idée de faire un
ajustement par espèce (cf discussions précedentes).<br>
merci<br>
<br>
<br>
<br>
<div class="gmail_quote">2010/6/30 hilaire.drouineau <span dir="ltr"><<a
moz-do-not-send="true" href="mailto:hilaire.drouineau@gmail.com">hilaire.drouineau@gmail.com</a>></span><br>
<blockquote class="gmail_quote"
style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<div text="#000000" bgcolor="#ffffff">Salut Benoit,<br>
Ca s'est bien passé la St Jean et la fête nationale du Canada? Pour
(essayer de) répondre à tes questions:<br>
<br>
<br>
En commençant par la seconde, t'as regardé tes résidus? Pour que ça
change autant, il doit y avoir dans un des cas une des hypothèses sur
tes résidus qui n'est pas respectées, ce qui te permettra de choisir.
En théorie, on fait souvent une logtransformation sur les cpue (ou
fonction gamma).<br>
Pour la première, j'ai un peu de mal... Est ce qu'en introduisant des
interactions dans ton modèles ça te permettrait pas de mieux estimer
tes paramètres?<br>
Je pense à un modèle
log(LPUE+1)~Espèce:Mois+Espèce:Année+Espèce:Division+Engin+Metier:Espece<br>
Les 3 premiers effets te prendraient les variations pouvant s'expliquer
par l'abondance, l'effet engin te donnant la standardidation, et le
dernier effet te donnant ton ciblage?<br>
<br>
<br>
A+<br>
<br>
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<br>
<br>
<br>
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<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
Le 29/06/2010 10:23, Benoit Archambault a écrit :
<blockquote type="cite">
<div>
<div class="h5">Bonjour à tous,<br>
<br>
Dans mon modèle il y a plusieurs espèces (4), plusieurs engins avec
parfois plusieurs métiers par engin (profils de capture différents) ou
des fois un métier/engin (pas de différence dans les profils de
capture). La sélectivité des engins est mal connue et approximée (0 ou
1 suivant les groupes de taille).<br>
<br>
Je calcule les coefficients de standardisation d'engin, en faisant la
moyenne entre les effets d'un même engin au sein d'un modèle ajusté par
espèce sur les LPUE.<br>
<br>
Le modèle utilisé est de type :<br>
<br>
<b>log(LPUE_Espece+1)~Engin+Mois+Année+Division+Métier</b><br>
<br>
Par contre, à l'intérieur d'un même engin, dans certains cas rien
n'indique les proportions relatives de chaque espèce capturée. Pour un
engin utilisé dans différents métiers, j'utilise l'effet métier pour
déterminer un facteur de ciblage par espèce, donc cette info se
retrouve dans ce facteur.<br>
Mais dans le cas d'un engin utilisé dans un seul métier, mais ciblant
plusieurs espèces, il faut bien renseigner une info sur ces proportions
relatives. Il n'est pas possible d'avoir un effet métier, celui-ci
étant confondu avec l'effet engin. Je pensais peut être utiliser la
proportion moyenne débarquée par espèce pour les captures de ce métier
comme un proxy du facteur de ciblage. (comme Sigrid a fait je crois)<br>
<br>
Je pensais faire ceci lorsque je suis dans la situation un engin = un
métier, avec plusieurs espèces capturées. Le souçi c'est que ca me
semble pas super homogène avec les autres cas de figure, car en faisant
ça, dans certains cas le facteur de ciblage va être estimé à partir de
l'effet métier, donc potentiellement supérieur à 1, et dans d'autres
comme une proportion, donc compris entre 0 et 1. <br>
<br>
Si quelqu'un a une idée je suis preneur.<br>
<br>
Sinon, toujours lors de l'ajustement des LPUE, quelque chose me
perturbe un peu. <br>
<br>
Lorsque je passe en log normale, si je considère l'effet engin, je me
retrouve avec des coefficients ordonnés différemment de l'ordre
retrouvé dans les données non transformées. Ceci s'explique par la
transformation log, qui "aplatit" les valeurs extrêmes, donc la moyenne
des CPUE par modalité du facteur engin et la moyenne des logs des même
CPUE peuvent être relativement différentes, d'où un ordre des
coefficients différents. J'ai vérifié et il n'y pas d'outliers évidents
pouvant influencer ces moyennes.<br>
<br>
Un exemple concret, avec en vert le classement des coefficients.<br>
<br>
<u>Moyennes des LPUE de crabe par engin.</u><br>
<br>
Bottom_otter_trawl_stern<span style="color: rgb(0, 153, 0);"> <b>1</b></span>
Danish_Seine <b style="color: rgb(0, 153, 0);">3</b><b> </b>
Gillnet_fixed <b><span style="color: rgb(51, 204, 0);">4</span></b>
Longline <b style="color: rgb(0, 153, 0);">5 </b>
Scottish_Seine
<b style="color: rgb(0, 153, 0);">2</b><br>
1981.2602
757.8895 390.1185
374.8961 1263.7139 <br>
<br>
<u>Moyennes des log(LPUE+1) par engin</u><br>
<br>
Bottom_otter_trawl_stern <b style="color: rgb(51, 204, 0);">4</b>
Danish_Seine <b><span style="color: rgb(51, 204, 0);">3</span></b>
Gillnet_fixed <b style="color: rgb(51, 204, 0);">5 </b>
Longline
<b style="color: rgb(51, 204, 0);">2</b>
Scottish_Seine <b style="color: rgb(51, 204, 0);">1</b><br>
4.277569
4.417971 4.020313
4.527365 5.562241 <br>
<br>
Si quelqu'un a des suggestions pour rémédier à cet effet. L'utilisation
d'une distribution gamma ne changerait pas la donne ( car fonction de
lien log..).<br>
<br>
Merci beaucoup,<br>
Benoit<br>
<br>
ps : j'espère avoir été clair, mais c'est le matin donc si besoin de
précision n'hésitez pas !<br>
<br>
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