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Pouvoir rafraichir les données spatiales des données de pêche en attendant la version 2.7.2
by Tony Chemit Dec. 16, 2014

Dec. 16, 2014

Hello, Il suffit de lancer ces deux commandes sql : REFRESH MATERIALIZED VIEW TotalSampleView; REINDEX INDEX TotalSampleView_idx; tony. -- Tony Chemit -------------------- tél: +33 (0) 2 40 50 29 28 http://www.codelutin.com email: chemit(a)codelutin.com twitter: https://twitter.com/tchemit

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[ANN] - EchoBase 2.7.1 is out!
by Tony Chemit Dec. 16, 2014

Dec. 16, 2014

The EchoBase team is pleased to announce the echobase-2.7.1 release! The French Institute for the Exploitation of the Sea (Ifremer) has designed an open software suite for storing fisheries acoustic data and computing acoustic indicators for survey-based ecosystem monitoring. It comprises a postgreSQL database designed to store acoustic, navigation and fishing data from ecosystemic surveys (EchoBase) and a suite of R codes (EchoR) for computing fish population indicators based on Echobase data. Documentation of the project can be found here: https://echobase.codelutin.com Changes ------- Changes in this version include: Fixed Bugs: o Les liens sur la documentation ne sont pas corrects Issue: 6279. Thanks to Tony Chemit. Resolved by tchemit. o Problème de chargement de l'écran spatial sur l'application embarquée Issue: 6269. Thanks to Tony Chemit. Resolved by tchemit. o Certaines ESDUs d'écho-intégration ne sont pas importées dans Echobase Issue: 6054. Thanks to Mathieu Doray. Resolved by tchemit. Changes: o Faire fonctionner la génération des cartes pour l'export Coser Issue: 6275. Thanks to Tony Chemit. Resolved by tchemit. Downloads --------- For a manual installation, you can download files here: http://forge.codelutin.com/projects/echobase/files * echobase-embedded-2.7.1.zip - http://forge.codelutin.com/attachments/download/2635 * echobase-full-2.7.1.war - http://forge.codelutin.com/attachments/download/2636 * echobase-lizmap-2.7.1.zip - http://forge.codelutin.com/attachments/download/2637 * echobase-referentiel-2.7.1.echobase - http://forge.codelutin.com/attachments/download/2638 Maven artifacts --------------- Artifacts are deployed in nuiton maven repository http://maven.nuiton.org/other-releases/ Have fun! -EchoBase team -- Tony Chemit -------------------- tél: +33 (0) 2 40 50 29 28 http://www.codelutin.com email: chemit(a)codelutin.com twitter: https://twitter.com/tchemit

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code qui decode
by Tony Chemit Dec. 15, 2014

Dec. 15, 2014

missionName <- 'PELGAS' exportPrefixPath <- '/tmp/taiste' dbHost <- 'localhost' dbPort <- '5432' dbName <- 'echobase-PELGAS-2011' dbUser <- 'echobase' dbPwd <- 'secret' library('EchoR'); GridMaps4Echobase(mission=missionName, voyage='%', path.export=exportPrefixPath, host=dbHost, port=dbPort, dbname=dbName, user=dbUser, password=dbPwd); -- Tony Chemit -------------------- tél: +33 (0) 2 40 50 29 28 http://www.codelutin.com email: chemit(a)codelutin.com twitter: https://twitter.com/tchemit

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Données PELGAS-2011
by Tony Chemit Dec. 10, 2014

Dec. 10, 2014

Hello, Je suis en train de réimporter les données PELGAS 2011 et je constate quelques problèmes : o PELGAS2011_resEsduEchotype4Echobase.csv il manque la colonne voyage o PELGAS2011_resEsduEchotypeSp4Echobase.csv il manque la colonne voyage A+ tony. -- Tony Chemit -------------------- tél: +33 (0) 2 40 50 29 28 http://www.codelutin.com email: chemit(a)codelutin.com twitter: https://twitter.com/tchemit

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[ANN] - EchoBase 2.7 released
by Tony Chemit Dec. 8, 2014

Dec. 8, 2014

The EchoBase team is pleased to announce the echobase-2.7 release! The French Institute for the Exploitation of the Sea (Ifremer) has designed an open software suite for storing fisheries acoustic data and computing acoustic indicators for survey-based ecosystem monitoring. It comprises a postgreSQL database designed to store acoustic, navigation and fishing data from ecosystemic surveys (EchoBase) and a suite of R codes (EchoR) for computing fish population indicators based on Echobase data. Documentation of the project can be found here: https://echobase.codelutin.com Changes ------- Changes in this version include: New features: o Visualisation des données spatiales Issue: 4194. Thanks to Tony Chemit. Resolved by sbavencoff. o Améliorer le message de résultats d'import des données acoustiques Issue: 6266. Thanks to Tony Chemit. Resolved by tchemit. o Comment supprimer une ligne dans une table dans "modifier les données"? Issue: 4874. Thanks to Mathieu Doray. Resolved by tchemit. o Export Coser : mettre un message si le site des indicateurs n'est pas accessible Issue: 5186. Thanks to Tony Chemit. Resolved by tchemit. o Amélioration de l'export Coser Issue: 5180. Thanks to Tony Chemit. Resolved by tchemit. o Utilisation coser 1.5-rc-1 Issue: 5181. Thanks to Tony Chemit. Resolved by tchemit. Fixed Bugs: o Impossible d'exporter une table depuis le menu "modifier données" d'Echobase Issue: 6056. Thanks to Mathieu Doray. Resolved by tchemit. o Export coser, mauvais nom d'espèce Issue: 5182. Thanks to Tony Chemit. Resolved by tchemit. Changes: o Updates some dependencies Issue: 6261. Thanks to Tony Chemit. Resolved by tchemit. o Migrates to git Issue: 5919. Thanks to Tony Chemit. Resolved by tchemit. Downloads --------- For a manual installation, you can download files here: http://forge.codelutin.com/projects/echobase/files * echobase-embedded-2.7.zip - http://forge.codelutin.com/attachments/download/2599 * echobase-full-2.7.war - http://forge.codelutin.com/attachments/download/2600 * echobase-lizmap-2.7.zip - http://forge.codelutin.com/attachments/download/2601 * echobase-referentiel-2.7.echobase - http://forge.codelutin.com/attachments/download/2602 Maven artifacts --------------- Artifacts are deployed in nuiton maven repository http://maven.nuiton.org/other-releases/ Have fun! -EchoBase team -- Tony Chemit -------------------- tél: +33 (0) 2 40 50 29 28 http://www.codelutin.com email: chemit(a)codelutin.com twitter: https://twitter.com/tchemit

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Utilisation EchoR down
by Tony Chemit Nov. 4, 2014

Nov. 4, 2014

Hello, J'ai voulu retester la génération des cartes via EchoR mais ça ne fonctionne plus. Via EchoBase je n'ai pas le message :( Par contre en le lançant à la main, j'obtiens cette trace: Querying NOAA database ... This may take seconds to minutes, depending on grid size Error in getNOAA.bathy(lon1 = lon1, lon2 = lon2, lat1 = lat1, lat2 = lat2, : The NOAA server cannot be reached Calls: GridMaps4Echobase -> grid.plot -> MBathyPlot -> getNOAA.bathy In addition: Warning messages: 1: In GridMaps4Echobase(mission = missionName, voyage = "%", path.export = exportPrefixPath, : NAs introduced by coercion 2: In `$.data.frame`(mat, Xg) : Name partially matched in data frame 3: In `$.data.frame`(mat, Yg) : Name partially matched in data frame Any help ? merci, tony. -- Tony Chemit -------------------- tél: +33 (0) 2 40 50 29 28 http://www.codelutin.com email: chemit(a)codelutin.com twitter: https://twitter.com/tchemit

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Mettre à jour le fichier qgis
by Tony Chemit June 16, 2014

June 16, 2014

Hello, Mathieu il faudrait que tu nous produises un nouveau fichier qgis avec toutes les couches que tu veux. Sur le fichier qu'on des choses ne fonctionnent pas. Il nous faudrait aussi les deux cartes country et bary que tu utilises. On avait modifié la structure de certaines tables et veux spatiales depuis... Pour la visualisation des données, on aura un enfait une carte par campagne ? est-ce que cela te convient ? Il parait compliqué d'avoir une seule carte avec toutes les layers de chaque campagne (par exemple pour choisir les couleurs de chaque couche, ...). Si cela pose problème on peut en reparler sur la liste (je suis absent pendant 15 jours). tony. -- Tony Chemit -------------------- tél: +33 (0) 2 40 50 29 28 http://www.codelutin.com email: chemit(a)codelutin.com twitter: https://twitter.com/tchemit

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Coser : Carte zone Pelgas
by Vincent BADTS June 6, 2014

June 6, 2014

Bonjour, Une V1 de la carte pour illustrer Pelgas Pascale Laffargue nous prépare une carte plus complète dans les jours à venir, on fera alors le changement A+ -- Vincent BADTS Responsable qualité du SIH (Système d'Informations Halieutiques) IFREMER centre Atlantique Unité EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tél : 33 2 40 37 40 53 (interne : 80 53) Fax : 33 2 40 37 40 38 www.ifremer.fr

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Fichier gqis
by Tony Chemit June 5, 2014

June 5, 2014

Hello, Sylvain va gérer la partie cartographie qu'il reste à faire sur le projet (je ne serais que très peu présent au mois de juin). Je refournir ici le fichier qgis qui sert de modèle. >>> Il faudra adapter les vues echobase_cell_results pour y inclure les noms d'espèces car elles ne sont pas utilisables en l'état. <<< Peux-tu Mathieu expliquer ce qu'il faut faire pécisément ? merci, tony. -- Tony Chemit -------------------- tél: +33 (0) 2 40 50 29 28 http://www.codelutin.com email: chemit(a)codelutin.com twitter: https://twitter.com/tchemit

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Nom des fichiers produits par EchoR
by Tony Chemit June 4, 2014

June 4, 2014

Hello, Il y a un petit problème sur les noms des fichiers produits, en l'occurence sur les codes espèces : Dans le fichier des espèces et dans echobasen on utilise un baracouda code (TRAC-TRU) mais sur les fichiers produits par EchoR, on a TRACTRU. Il vaudrait mieux toujours utiliser le code venant d'EchoBase sans transformation de nom si possible. PS: Je n'ai pas regardé sur la dernière version produite mais je doute que ça ai changé. tony. -- Tony Chemit -------------------- tél: +33 (0) 2 40 50 29 28 http://www.codelutin.com email: chemit(a)codelutin.com twitter: https://twitter.com/tchemit

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