- Isis-fish-commits - mailman.cloud.codelutin.com

r4392 - trunk/src/license
by echatellier＠users.forge.codelutin.com Feb. 22, 2017

Feb. 22, 2017

Author: echatellier Date: 2017-02-22 14:19:06 +0100 (Wed, 22 Feb 2017) New Revision: 4392 Url: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/repository/revisions/4392 Log: Fix build Modified: trunk/src/license/THIRD-PARTY.properties Modified: trunk/src/license/THIRD-PARTY.properties =================================================================== --- trunk/src/license/THIRD-PARTY.properties 2017-02-21 17:39:20 UTC (rev 4391) +++ trunk/src/license/THIRD-PARTY.properties 2017-02-22 13:19:06 UTC (rev 4392) @@ -1,16 +1,13 @@ # Generated by org.codehaus.mojo.license.AddThirdPartyMojo #------------------------------------------------------------------------------- # Already used licenses in project : -# - AL 2.0 # - ASL, version 2 # - Apache License 2.0 # - Apache License, version 2.0 # - BSD 2-Clause # - BSD License -# - CDDL # - CDDL/GPLv2+CE # - COMMON DEVELOPMENT AND DISTRIBUTION LICENSE (CDDL) Version 1.0 -# - Common Development and Distribution License # - Custom FPL License # - Eclipse Distribution License (EDL), Version 1.0 # - Eclipse Public License (EPL), Version 1.0 @@ -19,13 +16,11 @@ # - Eclipse Public License v1.0 # - FreeBSD # - GNU General Public License - Version 2 with the class path exception -# - GNU General Public License, Version 2 with the Classpath Exception # - GNU Lesser General Public Licence # - GNU Library or Lesser General Public License # - GPL # - GPL (with dual licensing option) # - GPLv2 -# - GPLv2+CE # - Indiana University Extreme! Lab Software License, vesion 1.1.1 # - LGPL, version 2.1 # - Lesser General Public License (LGPL) @@ -35,10 +30,8 @@ # - MIT License # - MPL 1.1 # - Modified BSD License -# - Mozilla Public License, Version 2.0 # - New BSD License # - OpenMap Software License Agreement -# - Public Domain # - Public domain, Sun Microsoystems # - Revised BSD # - Sequence Library License @@ -51,9 +44,10 @@ # Please fill the missing licenses for dependencies : # # -#Thu Jun 11 11:07:22 CEST 2015 +#Wed Feb 22 14:13:26 CET 2017 colt--colt--1.2.0=Lesser General Public License (LGPL) commons-jxpath--commons-jxpath--1.3=The Apache Software License, Version 2.0 commons-primitives--commons-primitives--1.0=The Apache Software License, Version 2.0 dom4j--dom4j--1.6.1=BSD License +javax.transaction--jta--1.1=CDDL + GPLv2 with classpath exception org.antlr--antlr-runtime--3.4=BSD License

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r4391 - trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/simulator
by bpoussin＠users.forge.codelutin.com Feb. 21, 2017

Feb. 21, 2017

Author: bpoussin Date: 2017-02-21 18:39:20 +0100 (Tue, 21 Feb 2017) New Revision: 4391 Url: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/repository/revisions/4391 Log: fixes #8968: getRecruitment Modified: trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/simulator/PopulationMonitor.java Modified: trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/simulator/PopulationMonitor.java =================================================================== --- trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/simulator/PopulationMonitor.java 2017-02-10 14:12:31 UTC (rev 4390) +++ trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/simulator/PopulationMonitor.java 2017-02-21 17:39:20 UTC (rev 4391) @@ -260,6 +260,9 @@ RecruitmentInputMap recruitmentInputMap = null; PopulationSeasonInfo foundReproductionSeasonInfo = null; + // 1er pas de temps de recrutement. + TimeStep stepRecru = null; + // pour chaque for (int e = 0; e < etalement; e++) { // recuperation de la reproduction stucture en zone repro @@ -281,6 +284,8 @@ recruitmentInputMap = new RecruitmentInputMap(monthCount); int pos = reproductionSeasonInfo.getMonths().indexOf(reproMonth); + stepRecru = new TimeStep(step.getStep() - e - pos); + // on remplit toutes les données relativement à la position où la reproduction a été calculé // donc, c'est toujours: // - données 0 : données pour le premier mois de repro @@ -349,25 +354,36 @@ } } - if (pop.getSpecies().isAgeGroupType()) { + // poussin 20170118 ticket #8968 + // Il faut quoi qu'il arrive que les poissons recrutés durant le 1er mois de recrutement finissent + // en classe 0. Il se peut que pour les autres mois de recrutement il y ait besoin de changer de classe + // mais toujours en fonction de ce 1er mois de recrutement. Si le delta entre repro et recru est de 36 mois + // et que l'étalement du recrutement est sur 12 mois. et que la repro a lieu en juin. + // Les 6 premiers de recrutement finisse en classe 0, les 6 dernieres en classe 1. + // ----- implantation + // pour cela il faut remplir usedSeasons seulement avec les mois a partir + // du 2eme mois de recrutement (repro+gap+1) pour garantir que le 1er mois + // de recru finisse bien dans la classe 0. + // + // Pour cela on utilise stepRecru qui est le 1er pas de temps de recrutement + // pour le pas de temps courant, a partir duquel il faut faire le parcours + if (pop.getSpecies().isAgeGroupType() && stepRecru != null) { + log.debug(String.format("Compute CA: Pop %s - Current step is %s(month %s) recru step is %s(month %s)", + pop, step, step.getMonth(), stepRecru, stepRecru.getMonth())); // conversion et retour de la matrice en vecteur MatrixND N = pop.N2DToN1D(result); - // on applique les migrations et le changement d'age sur le resultat - // on suppose que la reproduction est toujours dans une seul saison - TimeStep stepRepro = new TimeStep(step.getStep() - - pop.getMonthGapBetweenReproRecrutement()); // recherche les saisons des differents mois entre les deux dates List<PopulationSeasonInfo> infos = pop.getPopulationSeasonInfo(); List<PopulationSeasonInfo> usedSeasons = new ArrayList<>(); - while (step.after(stepRepro)) { - stepRepro = stepRepro.next(); - Month month = stepRepro.getMonth(); + while (step.after(stepRecru)) { + stepRecru = stepRecru.next(); + Month month = stepRecru.getMonth(); for (PopulationSeasonInfo info : infos) { if (month.equals(info.getFirstMonth())) { usedSeasons.add(info); - stepRepro = new TimeStep(stepRepro.getStep() + stepRecru = new TimeStep(stepRecru.getStep() + info.getMonths().size() - 1); // -1 because, for have next() break; } @@ -374,16 +390,6 @@ } } - // TODO poussin 20170118 #8968 - // Il faut quoi qu'il arrive que les poissons recrutés durant le 1er mois de recrutement finissent - // en classe 0. Il se peut que pour les autres mois de recrutement il y ait besoin de changer de classe - // mais toujours en fonction de ce 1er mois de recrutement. Si le delta entre repro et recru est de 36 mois - // et que l'étalement du recrutement est sur 12 mois. et que la repro a lieu en juin. - // Les 6 premiers de recrutement finisse en classe 0, les 6 dernieres en classe 1. - // ----- implantation - // pour cela il faut remplir usedSeasons seulement avec les mois a partir - // du 2eme mois de recrutement (repro+gap+1) pour garantir que le 1er mois - // de recru finisse bien dans la classe 0. for (PopulationSeasonInfo info : usedSeasons) { Month month = info.getFirstMonth(); MatrixND CA = info.getGroupChangeMatrix(month);

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r4390 - trunk
by echatellier＠users.forge.codelutin.com Feb. 10, 2017

Feb. 10, 2017

Author: echatellier Date: 2017-02-10 15:12:31 +0100 (Fri, 10 Feb 2017) New Revision: 4390 Url: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/repository/revisions/4390 Log: Fix build Modified: trunk/pom.xml Modified: trunk/pom.xml =================================================================== --- trunk/pom.xml 2017-01-19 18:47:50 UTC (rev 4389) +++ trunk/pom.xml 2017-02-10 14:12:31 UTC (rev 4390) @@ -90,7 +90,7 @@ <dependency> <groupId>org.nuiton.matrix</groupId> <artifactId>nuiton-matrix</artifactId> - <version>2.5.1</version> + <version>2.5.2-SNAPSHOT</version> <scope>compile</scope> </dependency> @@ -97,7 +97,7 @@ <dependency> <groupId>org.nuiton.matrix</groupId> <artifactId>nuiton-matrix-gui</artifactId> - <version>2.5.1</version> + <version>2.5.2-SNAPSHOT</version> <scope>compile</scope> </dependency>

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r4389 - in trunk/src/main: java/fr/ifremer/isisfish/simulator java/fr/ifremer/isisfish/ui/input java/fr/ifremer/isisfish/ui/input/observation java/fr/ifremer/isisfish/util resources/i18n
by bpoussin＠users.forge.codelutin.com Jan. 19, 2017

Jan. 19, 2017

Author: bpoussin Date: 2017-01-19 19:47:50 +0100 (Thu, 19 Jan 2017) New Revision: 4389 Url: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/repository/revisions/4389 Log: fixes #8972: Pouvoir utilis?\195?\169 des objets natifs java pour les semantiques dans IsisMatrixSemanticMapper Modified: trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/simulator/PopulationMonitor.java trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/ui/input/InputContext.java trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/ui/input/InputHandler.java trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/ui/input/observation/ObservationHandler.java trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/ui/input/observation/ObservationUI.jaxx trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/util/IsisMatrixSemanticMapper.java trunk/src/main/resources/i18n/isis-fish_en_GB.properties trunk/src/main/resources/i18n/isis-fish_fr_FR.properties Modified: trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/simulator/PopulationMonitor.java =================================================================== --- trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/simulator/PopulationMonitor.java 2017-01-19 18:07:40 UTC (rev 4388) +++ trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/simulator/PopulationMonitor.java 2017-01-19 18:47:50 UTC (rev 4389) @@ -374,6 +374,16 @@ } } + // TODO poussin 20170118 #8968 + // Il faut quoi qu'il arrive que les poissons recrutés durant le 1er mois de recrutement finissent + // en classe 0. Il se peut que pour les autres mois de recrutement il y ait besoin de changer de classe + // mais toujours en fonction de ce 1er mois de recrutement. Si le delta entre repro et recru est de 36 mois + // et que l'étalement du recrutement est sur 12 mois. et que la repro a lieu en juin. + // Les 6 premiers de recrutement finisse en classe 0, les 6 dernieres en classe 1. + // ----- implantation + // pour cela il faut remplir usedSeasons seulement avec les mois a partir + // du 2eme mois de recrutement (repro+gap+1) pour garantir que le 1er mois + // de recru finisse bien dans la classe 0. for (PopulationSeasonInfo info : usedSeasons) { Month month = info.getFirstMonth(); MatrixND CA = info.getGroupChangeMatrix(month); Modified: trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/ui/input/InputContext.java =================================================================== --- trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/ui/input/InputContext.java 2017-01-19 18:07:40 UTC (rev 4388) +++ trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/ui/input/InputContext.java 2017-01-19 18:47:50 UTC (rev 4389) @@ -22,9 +22,11 @@ */ package fr.ifremer.isisfish.ui.input; +import fr.ifremer.isisfish.datastore.RegionStorage; import fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeSaveVerifier; import jaxx.runtime.JAXXContext; import jaxx.runtime.context.DefaultJAXXContext; +import org.nuiton.topia.TopiaContext; /** * Ce contexte regroupe les élements qui servent à une hierachie d'interfaces Input. @@ -33,6 +35,34 @@ */ public class InputContext extends DefaultJAXXContext { + static RegionStorage storage; + static TopiaContext db; + + /** + * return RegionStorage currently used in input interface. + * @return + */ + public static RegionStorage getStorage() { + return storage; + } + + /** + * return TopiaContext currently used in input interface. + * need to load matrix with IsisMatrixSemanticMapper + * @return + */ + public static TopiaContext getDb() { + return db; + } + + public static void setDb(TopiaContext db) { + InputContext.db = db; + } + + public static void setStorage(RegionStorage storage) { + InputContext.storage = storage; + } + public InputContext(JAXXContext parent) { setParentContext(parent); Modified: trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/ui/input/InputHandler.java =================================================================== --- trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/ui/input/InputHandler.java 2017-01-19 18:07:40 UTC (rev 4388) +++ trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/ui/input/InputHandler.java 2017-01-19 18:47:50 UTC (rev 4389) @@ -138,6 +138,8 @@ if (name == null) { // show empty region ui + InputContext.setStorage(null); + InputContext.setDb(null); inputUI.getCardlayoutPrincipal().show(inputUI.getInputPanePrincipal(), "none"); TreeModel model = new DefaultTreeModel(null); inputUI.getFisheryRegionTree().setModel(model); @@ -155,6 +157,9 @@ // warning : this is a weak reference topiaContext.addTopiaEntityListener(regionChangeLogger); fisheryRegion = RegionStorage.getFisheryRegion(topiaContext); + + InputContext.setStorage(regionStorage); + InputContext.setDb(topiaContext); } catch (TopiaException | StorageException ex) { throw new IsisFishRuntimeException("Can't load region", ex); } Modified: trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/ui/input/observation/ObservationHandler.java =================================================================== --- trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/ui/input/observation/ObservationHandler.java 2017-01-19 18:07:40 UTC (rev 4388) +++ trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/ui/input/observation/ObservationHandler.java 2017-01-19 18:47:50 UTC (rev 4389) @@ -42,6 +42,8 @@ import fr.ifremer.isisfish.entities.Observation; import fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputContentHandler; import fr.ifremer.isisfish.ui.util.ErrorHelper; +import java.io.File; +import org.nuiton.jaxx.runtime.JaxxFileChooser; /** * Observation handler. @@ -82,6 +84,29 @@ setObservationValueMatrix(); } + public void loadObservationValueMatrix() { + try { + Observation observation = inputContentUI.getBean(); + if (observation != null) { + File file = JaxxFileChooser.forLoadingFile() + .setApprovalText(t("isisfish.common.ok")) + .setPatternOrDescriptionFilters(".*\\.csv", "MatrixND csv file") + .setUseAcceptAllFileFilter(true).choose(); + if (file != null) { + MatrixND newMat = MatrixFactory.getInstance().create(file); + observation.setValue(newMat); + observation.update(); + setObservationValueMatrix(); + } + } + } catch (Exception eee) { + if (log.isErrorEnabled()) { + log.error("Can't load matrix observation", eee); + } + ErrorHelper.showErrorDialog(t("isisfish.error.input.matrix.load"), eee); + } + } + public void createObservationValueMatrix(Observation observation) { try { String val = JOptionPane.showInputDialog(t("isisfish.message.observation.value.dimensions")); @@ -111,10 +136,9 @@ } } catch (Exception eee) { if (log.isErrorEnabled()) { - log.error("Can't remove RecruitmentDistribution", eee); + log.error("Can't create matrix", eee); } - ErrorHelper.showErrorDialog(t("isisfish.error.input.removeentity", - "RecruitmentDistribution"), eee); + ErrorHelper.showErrorDialog(t("isisfish.error.input.matrix.create"), eee); } } Modified: trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/ui/input/observation/ObservationUI.jaxx =================================================================== --- trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/ui/input/observation/ObservationUI.jaxx 2017-01-19 18:07:40 UTC (rev 4388) +++ trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/ui/input/observation/ObservationUI.jaxx 2017-01-19 18:47:50 UTC (rev 4389) @@ -92,12 +92,12 @@ </cell> </row> <row> - <cell> - <JPanel/> - </cell> - <cell fill='horizontal' weightx='1.0'> + <cell fill='horizontal' weightx='0.5'> <JButton text="isisfish.common.newMatrix" onActionPerformed='handler.createObservationValueMatrix()' enabled='{isActive()}' decorator='boxed'/> </cell> + <cell fill='horizontal' weightx='0.5'> + <JButton text="isisfish.common.loadMatrix" onActionPerformed='handler.loadObservationValueMatrix()' enabled='{isActive()}' decorator='boxed'/> + </cell> </row> </Table> </cell> Modified: trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/util/IsisMatrixSemanticMapper.java =================================================================== --- trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/util/IsisMatrixSemanticMapper.java 2017-01-19 18:07:40 UTC (rev 4388) +++ trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/util/IsisMatrixSemanticMapper.java 2017-01-19 18:47:50 UTC (rev 4389) @@ -36,6 +36,7 @@ import fr.ifremer.isisfish.entities.PopulationGroup; import fr.ifremer.isisfish.entities.PopulationGroupDAO; import fr.ifremer.isisfish.simulator.SimulationContext; +import fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputContext; /** * Implementation du mapper de semantique pour Isis pour que l'import/export @@ -123,9 +124,11 @@ } else if (TopiaEntity.class.isAssignableFrom(type)) { TopiaContext context = SimulationContext.get().getDB(); - // TODO poussin 20170118 si pas de context de simulation - // alors demander le context de region en edition (travail a faire) - // utile pour charger des Observation avec semantique dans la region. + // si on est pas en simulation, on est peut-etre en saisie, + // on utilise la base de la saisie (Evolution #8971) + if (context == null) { + context = InputContext.getDb(); + } TopiaDAO dao = IsisFishDAOHelper.getDAO(context, type); value = dao.findByProperty("name", valueId); } else { Modified: trunk/src/main/resources/i18n/isis-fish_en_GB.properties =================================================================== --- trunk/src/main/resources/i18n/isis-fish_en_GB.properties 2017-01-19 18:07:40 UTC (rev 4388) +++ trunk/src/main/resources/i18n/isis-fish_en_GB.properties 2017-01-19 18:47:50 UTC (rev 4389) @@ -126,6 +126,7 @@ isisfish.common.immigration=Immigration isisfish.common.info=info isisfish.common.ko=KO +isisfish.common.loadMatrix=Load file isisfish.common.migration=Migration isisfish.common.module=Module isisfish.common.month=month %1$s @@ -322,6 +323,8 @@ isisfish.error.input.addentity=Can't add entity "%s" isisfish.error.input.cancelentity=Can't cancel modification on entity isisfish.error.input.createentity=Can't create entity +isisfish.error.input.matrix.create=Can't create matrix +isisfish.error.input.matrix.load=Can't load matrix isisfish.error.input.removeentity=Can't remove entity "%s" isisfish.error.input.saveentity=Can't save entity isisfish.error.input.spacializematrix= Modified: trunk/src/main/resources/i18n/isis-fish_fr_FR.properties =================================================================== --- trunk/src/main/resources/i18n/isis-fish_fr_FR.properties 2017-01-19 18:07:40 UTC (rev 4388) +++ trunk/src/main/resources/i18n/isis-fish_fr_FR.properties 2017-01-19 18:47:50 UTC (rev 4389) @@ -126,6 +126,7 @@ isisfish.common.immigration=immigration isisfish.common.info=Info isisfish.common.ko=KO +isisfish.common.loadMatrix=Charger un fichier isisfish.common.migration=migration isisfish.common.module=Module isisfish.common.month=mois %1$s @@ -322,6 +323,8 @@ isisfish.error.input.addentity=Impossible d'ajouter l'entité "%s" isisfish.error.input.cancelentity=Impossible d'annuler les modifications isisfish.error.input.createentity=Impossible de créer une nouvelle entité +isisfish.error.input.matrix.create=Impossible de créer la matrice +isisfish.error.input.matrix.load=Impossible de charger la matrice isisfish.error.input.removeentity=Impossible de supprimer l'entité "%s" isisfish.error.input.saveentity=Impossible de sauver les modifications isisfish.error.input.spacializematrix=

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r4388 - trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/util
by bpoussin＠users.forge.codelutin.com Jan. 19, 2017

Jan. 19, 2017

Author: bpoussin Date: 2017-01-19 19:07:40 +0100 (Thu, 19 Jan 2017) New Revision: 4388 Url: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/repository/revisions/4388 Log: fixes #8972: Pouvoir utilis?\195?\169 des objets natifs java pour les semantiques dans IsisMatrixSemanticMapper Modified: trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/util/IsisMatrixSemanticMapper.java Modified: trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/util/IsisMatrixSemanticMapper.java =================================================================== --- trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/util/IsisMatrixSemanticMapper.java 2017-01-04 09:27:29 UTC (rev 4387) +++ trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/util/IsisMatrixSemanticMapper.java 2017-01-19 18:07:40 UTC (rev 4388) @@ -67,15 +67,19 @@ // In simulation context : Class clazz = null; try { - clazz = Class.forName("fr.ifremer.isisfish.entities." + typeName); - } catch (Exception ex) { + // try first exact class (need for java.lang.String, java.lang.Integer, ...) + clazz = Class.forName(typeName); + } catch (Exception eee) { try { - clazz = Class.forName("fr.ifremer.isisfish.types." + typeName); - } catch (Exception ex2) { - log.warn("Can't find class for name " + typeName, ex2); - clazz = String.class; + clazz = Class.forName("fr.ifremer.isisfish.entities." + typeName); + } catch (Exception eee1) { + try { + clazz = Class.forName("fr.ifremer.isisfish.types." + typeName); + } catch (Exception eee2) { + log.warn("Can't find class for name " + typeName, eee2); + clazz = String.class; + } } - } return clazz; } @@ -119,6 +123,9 @@ } else if (TopiaEntity.class.isAssignableFrom(type)) { TopiaContext context = SimulationContext.get().getDB(); + // TODO poussin 20170118 si pas de context de simulation + // alors demander le context de region en edition (travail a faire) + // utile pour charger des Observation avec semantique dans la region. TopiaDAO dao = IsisFishDAOHelper.getDAO(context, type); value = dao.findByProperty("name", valueId); } else {

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r4387 - in trunk: . src/main/java/fr/ifremer/isisfish/util
by echatellier＠users.forge.codelutin.com Jan. 4, 2017

Jan. 4, 2017

Author: echatellier Date: 2017-01-04 10:27:29 +0100 (Wed, 04 Jan 2017) New Revision: 4387 Url: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/repository/revisions/4387 Log: fixes #8787: Impossible d'utiliser R via le package rJava en x64 Modified: trunk/pom.xml trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/util/RUtil.java Modified: trunk/pom.xml =================================================================== --- trunk/pom.xml 2017-01-03 13:28:55 UTC (rev 4386) +++ trunk/pom.xml 2017-01-04 09:27:29 UTC (rev 4387) @@ -185,7 +185,7 @@ <dependency> <groupId>org.nuiton</groupId> <artifactId>nuiton-j2r</artifactId> - <version>1.1</version> + <version>1.2-SNAPSHOT</version> <scope>compile</scope> </dependency> Modified: trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/util/RUtil.java =================================================================== --- trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/util/RUtil.java 2017-01-03 13:28:55 UTC (rev 4386) +++ trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/util/RUtil.java 2017-01-04 09:27:29 UTC (rev 4387) @@ -33,6 +33,7 @@ import org.apache.commons.io.IOUtils; import org.apache.commons.lang3.StringUtils; +import org.apache.commons.lang3.SystemUtils; import org.apache.commons.logging.Log; import org.apache.commons.logging.LogFactory; @@ -92,15 +93,17 @@ // 1 lignes = commande OK, mais rJava n'est pas installé // 2 lignes = commande OK et rJava est installé if (output.size() == 1) { - //installRJava(); + if (log.isWarnEnabled()) { + log.warn("Can't locate rJava package using Rscript (probably not installed)"); + } } else if (output.size() == 2) { // get install location without "" - String location = output.get(1).trim(); - location = StringUtils.removeStart(location, "\""); - location = StringUtils.removeEnd(location, "\""); + String repository = output.get(1).trim(); + repository = StringUtils.removeStart(repository, "\""); + repository = StringUtils.removeEnd(repository, "\""); // build full library path - location = location.replace('/', File.separatorChar); - location += File.separator + "rJava" + File.separator + "jri"; + repository = repository.replace('/', File.separatorChar); + String location = getArchLibraryPath(repository); setJavaLibraryPath(location); } else if (log.isErrorEnabled()) { log.error("Can't analyze Rscript output. was: "); @@ -111,6 +114,31 @@ } /** + * On some platform, rJava dll are installed into a sub directory depending on system arch. + * + * @param libraryRepository library base repository + * @return rJava lib path depending on arch + */ + protected static String getArchLibraryPath(String libraryRepository) { + String archLibraryPath = libraryRepository + File.separator + "rJava" + File.separator + "jri"; + + String arch = SystemUtils.OS_ARCH; + if ("x86_64".equals(arch) || "amd64".equals(arch)) { + String x64LibraryPath = archLibraryPath + File.separator + "x64"; + if (new File(x64LibraryPath).isDirectory()) { + archLibraryPath = x64LibraryPath; + } + } else { + String i386LibraryPath = archLibraryPath + File.separator + "i386"; + if (new File(i386LibraryPath).isDirectory()) { + archLibraryPath = i386LibraryPath; + } + } + + return archLibraryPath; + } + + /** * Set runtime java library path. * * http://fahdshariff.blogspot.fr/2011/08/changing-java-library-path-at-runtim…

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r4386 - trunk
by echatellier＠users.forge.codelutin.com Jan. 3, 2017

Jan. 3, 2017

Author: echatellier Date: 2017-01-03 14:28:55 +0100 (Tue, 03 Jan 2017) New Revision: 4386 Url: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/repository/revisions/4386 Log: Update jaxx Modified: trunk/pom.xml Modified: trunk/pom.xml =================================================================== --- trunk/pom.xml 2017-01-03 13:21:29 UTC (rev 4385) +++ trunk/pom.xml 2017-01-03 13:28:55 UTC (rev 4386) @@ -564,7 +564,7 @@ <signatureVersion>1.0</signatureVersion>  - <jaxxVersion>2.33.1</jaxxVersion> + <jaxxVersion>2.37</jaxxVersion> <eugeneVersion>2.14</eugeneVersion> <topiaVersion>2.12-SNAPSHOT</topiaVersion> <hibernateVersion>5.1.3.Final</hibernateVersion>

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r4385 - trunk
by echatellier＠users.forge.codelutin.com Jan. 3, 2017

Jan. 3, 2017

Author: echatellier Date: 2017-01-03 14:21:29 +0100 (Tue, 03 Jan 2017) New Revision: 4385 Url: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/repository/revisions/4385 Log: Update slf4j Modified: trunk/pom.xml Modified: trunk/pom.xml =================================================================== --- trunk/pom.xml 2017-01-03 13:19:51 UTC (rev 4384) +++ trunk/pom.xml 2017-01-03 13:21:29 UTC (rev 4385) @@ -229,7 +229,7 @@ <dependency> <groupId>org.slf4j</groupId> <artifactId>slf4j-api</artifactId> - <version>1.7.21</version> + <version>1.7.22</version> <scope>runtime</scope> </dependency>

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r4384 - trunk
by echatellier＠users.forge.codelutin.com Jan. 3, 2017

Jan. 3, 2017

Author: echatellier Date: 2017-01-03 14:19:51 +0100 (Tue, 03 Jan 2017) New Revision: 4384 Url: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/repository/revisions/4384 Log: Update nuiton-config Modified: trunk/pom.xml Modified: trunk/pom.xml =================================================================== --- trunk/pom.xml 2017-01-03 13:19:27 UTC (rev 4383) +++ trunk/pom.xml 2017-01-03 13:19:51 UTC (rev 4384) @@ -27,7 +27,7 @@ <dependency> <groupId>org.nuiton</groupId> <artifactId>nuiton-config</artifactId> - <version>3.1</version> + <version>3.1.1</version> <scope>compile</scope> </dependency>

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r4383 - trunk
by echatellier＠users.forge.codelutin.com Jan. 3, 2017

Jan. 3, 2017

Author: echatellier Date: 2017-01-03 14:19:27 +0100 (Tue, 03 Jan 2017) New Revision: 4383 Url: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/repository/revisions/4383 Log: Update hibernate Modified: trunk/pom.xml Modified: trunk/pom.xml =================================================================== --- trunk/pom.xml 2017-01-03 13:19:02 UTC (rev 4382) +++ trunk/pom.xml 2017-01-03 13:19:27 UTC (rev 4383) @@ -567,7 +567,7 @@ <jaxxVersion>2.33.1</jaxxVersion> <eugeneVersion>2.14</eugeneVersion> <topiaVersion>2.12-SNAPSHOT</topiaVersion> - <hibernateVersion>5.1.2.Final</hibernateVersion> + <hibernateVersion>5.1.3.Final</hibernateVersion> <nuitonI18nVersion>3.6.2</nuitonI18nVersion> <nuitonWidgetsVersion>1.1.1</nuitonWidgetsVersion>

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