February 2013 - Cantharella-devel - mailman.cloud.codelutin.com

Re: [Cantharella-devel] [Cantharella-commits] r125 - in trunk: cantharella.data/src/main/java/nc/ird/cantharella/data/config
by Eric Chatellier Feb. 18, 2013

Feb. 18, 2013

Le 18/02/2013 11:11, echatellier(a)users.forge.codelutin.com a écrit : > Author: echatellier > Date: 2013-02-18 11:11:43 +0100 (Mon, 18 Feb 2013) > New Revision: 125 > > Url: http://forge.codelutin.com/projects/cantharella/repository/revisions/125 > > Log: > Use "space only" tabulation policy with size = 4 Je viens de changer ces deux valeurs et fait un reformat global également car le code étaient indenté avec des tabulations. > Modified: trunk/src/code-formatter-conf/code-format.xml > =================================================================== > --- trunk/src/code-formatter-conf/code-format.xml 2013-02-18 09:56:08 UTC (rev 124) > +++ trunk/src/code-formatter-conf/code-format.xml 2013-02-18 10:11:43 UTC (rev 125) > @@ -30,7 +30,7 @@ > <setting id="org.eclipse.jdt.core.formatter.insert_space_before_comma_in_method_invocation_arguments" value="do not insert"/> > <setting id="org.eclipse.jdt.core.formatter.insert_space_after_opening_paren_in_cast" value="do not insert"/> > <setting id="org.eclipse.jdt.core.formatter.insert_space_before_opening_bracket_in_array_allocation_expression" value="do not insert"/> > -<setting id="org.eclipse.jdt.core.formatter.tabulation.size" value="8"/> > +<setting id="org.eclipse.jdt.core.formatter.tabulation.size" value="4"/> > <setting id="org.eclipse.jdt.core.formatter.comment.indent_parameter_description" value="true"/> > <setting id="org.eclipse.jdt.core.formatter.insert_new_line_before_else_in_if_statement" value="do not insert"/> > <setting id="org.eclipse.jdt.core.formatter.brace_position_for_type_declaration" value="end_of_line"/> > @@ -64,7 +64,7 @@ > <setting id="org.eclipse.jdt.core.formatter.insert_space_after_opening_paren_in_parenthesized_expression" value="do not insert"/> > <setting id="org.eclipse.jdt.core.formatter.insert_new_line_after_annotation_on_local_variable" value="insert"/> > <setting id="org.eclipse.jdt.core.formatter.alignment_for_binary_expression" value="16"/> > -<setting id="org.eclipse.jdt.core.formatter.tabulation.char" value="mixed"/> > +<setting id="org.eclipse.jdt.core.formatter.tabulation.char" value="space"/> -- Éric Chatellier - Code Lutin Tel: 02.40.50.29.28 - http://www.codelutin.com

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Re: [Cantharella-devel] Réorganisation des dépendances MAVEN
by Adrien Cheype Feb. 18, 2013

Feb. 18, 2013

Le 16/02/2013 00:11, Eric Chatellier a écrit : > Il reste un soucis (peut être de notre coté). > > Notre superpom effectue systématiquement un dependency:analyze faisant > echouer le build dès que les dépendances ne sont pas correctes. > (mvn install -DperformRelease) > > Il détecte actuellement que sl4j-api n'est pas utilisé par le module > cantharella.utils. Ok, j'ai résolu le problème. J'avais laissé la dépendance pour cantarella.utils car cela peut être utile d'avoir des logs pour le débuggage (ça déjà été le cas d'ailleurs, mais c'était passé en commentaire). J'ai ainsi rajouté dans GenerateCsv un log de confirmation de l'export. Autre info, j'ai renommé le nom de package nc.ird.module.utils en nc.ird.cantharella.utils pour être cohérent avec le nom des modules. ++ -- Adrien Cheype Ingénieur en Systèmes d'Information Service « Informatique Scientifique et Appui aux Partenaires du Sud » Direction du Système d'Information (DSI) http://www.ird.fr/dsi/ http://www.ird.fr/informatique-scientifique/ INSTITUT DE RECHERCHE POUR LE DEVELOPPEMENT BP A5 - 98848 Nouméa - Nouvelle Calédonie Tél. +687 260 789

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CR Réunion Cantharella du 29/01/2013
by Eric Chatellier Feb. 15, 2013

Feb. 15, 2013

CR Réunion Cantharella du 29/01/2013 ==================================== Molécules --------- * Liste des molécules: les molécules doivent être dupliqué pour chaque provenance * édition des molécules: aligner sur les champs, manque la recherche de molécule, et la calculatrice * champs obligatoire qui ne sont pas requis: nom commun, famille chimique, nom iupac. * Identifiée par, mettre en plus les organismes lié aux personnes * problème le message "... car vous n'avez pas les droits nécessaires" est toujours affiché (voir exemple dans test biologique) (a regarder la meilleurs solution comment faire) * Les champs campagne et espèce ne fonctionne pas encore * Les droits utilisateurs ne sont pas encore complètement géré * double sur la page d'affichage de la molécule (même taille que l’édition) * si on clique sur l'image, il faut pouvoir la sauver. (ça marche sur firefox mais pas sous webkit, donc prévoir que si on clique sur l'image, on ouvre une nouvelle fenêtre avec une vraie image * changer "est-ce une nouvelle molécule ?" en "nouvelle molécule ?" * en visu, ajouter un icône fichier avec mol à coté du dessin de la molécule. * Molécule provenance: On peut rattacher plusieurs fraction et non pas une seule, a priori seul le MCD est faux. Dans le code ça doit être possible slf4j contre commons-logging ---------------------------- * Log: pas de plus value à migrer, mais il faut tout de même corrige le problème actuel. * Une migration slf4j avec une impl log4j est tout de même demandée. Configuration et suppression des profiles ----------------------------------------- * On passe par ApplicationConfig, qui peut changer de fichier de config sur la ligne de commande Gestion des dépenandances maven ------------------------------- * double déclaration des dépendances pom.xml parent et enfant * c'est une convention maven * CodeLutin se renseigne sur la vrai plus value à faire cela et renvoi un mail sur la liste Convention de codage -------------------- * il y a un mélange historique de commentaire anglais/francais, mais les commentaires javadoc doivent tous être en anglais. * manque des commentaires javadoc (classe, attributs, méthodes) * utiliser la convention d'indentation avec 4 espaces (faire un commit pour remplacer les tabulations) * limiter la taille des lignes à 120 caractères (une limite de 80 caractères aurait pu être plus pratique pour les petits écrans) Documents --------- * On ajoute les colonnes dans l’entité Document (au lieu de multiples table de jointure non performantes) * On fait la liaison Document ↔ Entite avec une stratégie cascade on delete * L'ird fait les page de CRUD des Documents. On doit seulement intégrer les Documents * Ajout de pièce jointe, après un ajout, il faut revenir sur l'ancienne page d'édition * Prochaine réunion: mardi 19 février à 8h00 -- Éric Chatellier - Code Lutin Tel: 02.40.50.29.28 - http://www.codelutin.com

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Re: [Cantharella-devel] Réorganisation des dépendances MAVEN
by Adrien Cheype Feb. 15, 2013

Feb. 15, 2013

Le 13/02/2013 18:03, Adrien Cheype a écrit : > > Je comptais effectivement utiliser dependency:analyse pour m'assurer > que seules les librairies utilisées directement apparaissent pour > chaque module (sans oublier celle utilisées au runtime). > Je vous tiens au courant dès que j'ai terminé ce nettoyage. > J'enlèverai les dépendances qui n'ont pas lieu d'être car initialement > le projet était bien découpée. > > Adrien Pour info, j'ai nettoyé tous les pom.xml et reversé le code sur le SVN. J'en ai profité pour supprimer les plugins cargo du module web qui fonctionnait avec les profils. Pour log4j, il est déclaré en test dans les modules data et service, et en runtime pour le module web. J'ai volontairement mis qu'un seul log4j.xml au niveau du module web. Quand les tests seront remis en fonctionnement, il faudra spécifier un fichier log4j externe en ligne de commande s'il on veut un traçage de l'activité. Pour l'histoire de dépendance Hibernate dans le module web, seul SandBoxPage.java qui est une ancienne page de test en avait besoin. Je l'ai donc supprimé. Par contre, il reste une dépendance vers hibernate-validator car nous avons utilisé à plusieurs reprises le validateur @Empty (qui n'existe pas dans javax.persistence) pour des modèles utilisés uniquement dans le module web. Bon week-end -- Adrien Cheype Ingénieur en Systèmes d'Information Service « Informatique Scientifique et Appui aux Partenaires du Sud » Direction du Système d'Information (DSI) http://www.ird.fr/dsi/ http://www.ird.fr/informatique-scientifique/ INSTITUT DE RECHERCHE POUR LE DEVELOPPEMENT BP A5 - 98848 Nouméa - Nouvelle Calédonie Tél. +687 260 789

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Re: [Cantharella-devel] Réorganisation des dépendances MAVEN
by Adrien Cheype Feb. 15, 2013

Feb. 15, 2013

Merci Mickaël. Pour que ce soit plus uniforme avec la configuration actuelle, j'ai finalement opté pour récupérer le chemin depuis le fichier cantharella.conf (variable "log4j.config). Le paramétrage se fait au démarrage de l'appli web dans WebContext.java. A bientôt, Adrien Le 14/02/2013 19:06, Mickaël Tricot a écrit : > Salut Adrien, > > Tu dois pouvoir indiquer le fichier avec une variable > -Dlog4j.config=... ( > http://logging.apache.org/log4j/1.2/manual.html#defaultInit ) > Et en cas de souci, pour débugger : -Dlog4j.debug > > Mickaël > > On 14/02/2013 02:58, Adrien Cheype wrote: >> Sur le serveur de prod., nous devrons également changer le fichier de >> configuration de log4j. Auriez-vous également une solution à proposer >> pour qu'on puisse effectuer ce paramétrage sans modifier l'archive war ? > > > _______________________________________________ > Cantharella-devel mailing list > Cantharella-devel(a)list.forge.codelutin.com > http://list.forge.codelutin.com/cgi-bin/mailman/listinfo/cantharella-devel -- Adrien Cheype Ingénieur en Systèmes d'Information Service « Informatique Scientifique et Appui aux Partenaires du Sud » Direction du Système d'Information (DSI) http://www.ird.fr/dsi/ http://www.ird.fr/informatique-scientifique/ INSTITUT DE RECHERCHE POUR LE DEVELOPPEMENT BP A5 - 98848 Nouméa - Nouvelle Calédonie Tél. +687 260 789

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Re: [Cantharella-devel] Mise à jour wicket 6.5.0
by Adrien Cheype Feb. 15, 2013

Feb. 15, 2013

Le 15/02/2013 03:42, Eric Chatellier a écrit : > Bon, en fait j'ai insisté et j'ai mis à jour wicket en 6.5 :-) > > Le gros changement est que pour les tables, la propriété > de tri n'est plus une chaine, mais un type générique <S> > > Il y a des choses intéressantes dans comme le support > de l'export des tableaux: > https://issues.apache.org/jira/browse/WICKET-4802 > > J'aurais dû le faire plus tôt :-( C'est une bonne nouvelle ! J'aimerais bien à terme faire un peu de publicité pour Cantharella auprès de la mailing list de Wicket. Un projet comme Cantharella qui donne un exemple d'utilisation du framework avec Spring/Hibernate pourrait certainement intéressé leur communauté... En ce qui concerne la migration, il reste juste encore quelques depreciated qu'on voit notamment en effectuant un build. Cela ne doit pas être grand chose. -- Adrien Cheype Ingénieur en Systèmes d'Information Service « Informatique Scientifique et Appui aux Partenaires du Sud » Direction du Système d'Information (DSI) http://www.ird.fr/dsi/ http://www.ird.fr/informatique-scientifique/ INSTITUT DE RECHERCHE POUR LE DEVELOPPEMENT BP A5 - 98848 Nouméa - Nouvelle Calédonie Tél. +687 260 789

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Re: [Cantharella-devel] Stockage des documents
by Sylvain PETEK Feb. 15, 2013

Feb. 15, 2013

Bonjour, Merci pour cette mise à jour. Au niveau du formulaire "gestion d'un document": - Au niveau de "Editeur" et de "Contrainte légale" on devrait avoir une liste suggestive des données précédemment saisie pour ce champ. - A la hauteur de la liste déroulante des types, il faudrait remplacer "Nom" par "Type de document" - Au niveau du bouton pour joindre le document, il faudrait supprimer "Nom" ou le remplacer par "fichier" Voilà voilà pour le moment, Bonne journée, Sylvain -----Message d'origine----- De : cantharella-devel-bounces(a)list.forge.codelutin.com [mailto:cantharella-devel-bounces@list.forge.codelutin.com] De la part de Eric Chatellier Envoyé : mercredi 13 février 2013 06:23 À : cantharella-devel(a)list.forge.codelutin.com Objet : [Cantharella-devel] Stockage des documents Bonjour, Je viens de mettre à jour le serveur avec le début des interfaces de gestion et visualisation des documents (seulement pour les molécules avant de le généraliser). Concernant le stockage des fichiers attachés, peut-on les stocker directement dans la base de données ? Cela simplifierais la gestion et la cohérence pour l'ajout et la suppression. Techniquement, le modèle de données serait typé en byte[] voire en InputStream (voire si vraiment ca ne fonctionne pas en java.sql.Blob) et annoté en @Lob -- Éric Chatellier - Code Lutin Tel: 02.40.50.29.28 - http://www.codelutin.com _______________________________________________ Cantharella-devel mailing list Cantharella-devel(a)list.forge.codelutin.com http://list.forge.codelutin.com/cgi-bin/mailman/listinfo/cantharella-devel

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Mise à jour wicket 6.5.0
by Eric Chatellier Feb. 14, 2013

Feb. 14, 2013

Bonjour, Juste à titre d'information j'ai tenté une mise à jour vers les versions 6.0 et 6.5 de wicket. Les modifications étant trop importantes, je n'ai pas insisté. Il faudra peut-être la prévoir plus tard. Cordialement, Eric Chatellier. -- Éric Chatellier - Code Lutin Tel: 02.40.50.29.28 - http://www.codelutin.com

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Re: [Cantharella-devel] Réorganisation des dépendances MAVEN
by Adrien Cheype Feb. 14, 2013

Feb. 14, 2013

Le 13/02/2013 23:03, Benjamin POUSSIN a écrit : > On Wed, 13 Feb 2013 17:54:29 +1100 > Adrien Cheype <adrien.cheype(a)ird.fr> wrote: > >> Super sinon pour la configuration. J'imagine que si je met un fichier >> "cantharella.conf" dans mon home, il prendra le dessus sur les 3 >> fichiers cantharella.conf définis initialement pour chaque module ? > Un essai de documentation a été mis en place pour expliquer où mettre > les fichiers de configuration, il ne faut pas hésiter à refaire/modifier/effacer. > > http://maven-site.forge.codelutin.com/cantharella/configuration.html > Merci, la documentation est très claire. J'ai effectué quelques tests de mon côté et cela semble bien fonctionner. Sur le serveur de prod., nous devrons également changer le fichier de configuration de log4j. Auriez-vous également une solution à proposer pour qu'on puisse effectuer ce paramétrage sans modifier l'archive war ? Adrien -- Adrien Cheype Ingénieur en Systèmes d'Information Service « Informatique Scientifique et Appui aux Partenaires du Sud » Direction du Système d'Information (DSI) http://www.ird.fr/dsi/ http://www.ird.fr/informatique-scientifique/ INSTITUT DE RECHERCHE POUR LE DEVELOPPEMENT BP A5 - 98848 Nouméa - Nouvelle Calédonie Tél. +687 260 789

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Stockage des documents
by Eric Chatellier Feb. 13, 2013

Feb. 13, 2013

Bonjour, Je viens de mettre à jour le serveur avec le début des interfaces de gestion et visualisation des documents (seulement pour les molécules avant de le généraliser). Concernant le stockage des fichiers attachés, peut-on les stocker directement dans la base de données ? Cela simplifierais la gestion et la cohérence pour l'ajout et la suppression. Techniquement, le modèle de données serait typé en byte[] voire en InputStream (voire si vraiment ca ne fonctionne pas en java.sql.Blob) et annoté en @Lob -- Éric Chatellier - Code Lutin Tel: 02.40.50.29.28 - http://www.codelutin.com

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