Re: [Echobase-devel] Echotypes dans BD CIEM
Salut Mathieu, On Wed, 27 Feb 2019 15:36:20 +0100 Mathieu Doray <mathieu.doray@ifremer.fr> wrote:
La base CIEM a (enfin) été mise à jour avec les échotypes, tu peux donc tester les imports complets.
La documentation a aussi été mise à jours sur leur site.
Super, je fait mes tests avec Pelgas 2015.
J'ai pas mal retravaillé sur les imports biotiques de PELGAS. J'ai importé et validé les 10 premières années dans la base en PJ. J'y ai aussi mis à jour les espèces à exporter vers la base CIEM dans la table "species".
Je testerai avec ces données quand ce sera ok sur pelgas 2015. Actuellement, j'identifie 2 problématiques : - Sur acoustique, - The element 'Vocabulary' has invalid child element 'EchoType'. - Sur biotic : - The element 'Haul' has invalid child element 'DepthStratum'. List of possible elements expected: 'StartLatitude'. - The value of the 'CodeType' attribute does not equal its fixed value. sur quelques lignes comme : <Code ID="SHIPC_35HT" CodeType="http://acoustic.ices.dk/Services/Schema/XML/SHIPC.xml">35HT</Code> Il faut que je paufine avec la doc, mais ça me semble être plus que du détail. Jean
Salut Jean, OK. Concernant les erreurs identifiées : Le 01/03/2019 à 09:44, Jean Couteau a écrit :
Actuellement, j'identifie 2 problématiques : - Sur acoustique, - The element 'Vocabulary' has invalid child element 'EchoType'. je pense que les echotypes doivent être dans le chapitre "dataprocessing" et pas dans "vocabulary", cf. fichiers xml d'exemple joints - Sur biotic : - The element 'Haul' has invalid child element 'DepthStratum'. List of possible elements expected: 'StartLatitude'. la syntaxe semble être <Stratum IDREF="AC_Stratum_SURF" /> et non pas 'DepthStratum'(cf fichier exemple joint)
- The value of the 'CodeType' attribute does not equal its fixed value. sur quelques lignes comme : <Code ID="SHIPC_35HT" CodeType="http://acoustic.ices.dk/Services/Schema/XML/SHIPC.xml">35HT</Code> là je ne comprend pas car le code '35HT' existe bien dans la page indiquée
Peux tu m'envoyer tes fichiers d'export xml quand tu auras corrigé les autres problèmes que je demande au CIEM pourquoi le ship code ne passe plus? Merci A+
Il faut que je paufine avec la doc, mais ça me semble être plus que du détail.
-- Mathieu Doray, PhD Ifremer Unité Ecologie et Modèles pour l'Halieutique rue de l'Ile d'Yeu B.P. 21105 44311 Nantes Cedex 03 mathieu.doray@ifremer.fr Tel./Phone: 02 40 37 41 65 / International: 332 40 37 41 65 Fax : 02.40.37.40.01 / International: 332 40 37 40 01 CV / resume: http://annuaire.ifremer.fr/cv/17093/
Bon, j'ai avancé. Le Biotic est bon excepté les problèmes de CodeType (ça concerne tous les CodeType et pas que 35HT) L'Acoustic est idem plus un petit soucis : La déclaration des Species dans EchoType attends un SpeciesCategory que je n'ai pas. Tu trouveras en PJ les derniers fichiers testés. Jean On Fri, 1 Mar 2019 10:18:02 +0100 Mathieu DORAY <Mathieu.Doray@ifremer.fr> wrote:
Salut Jean,
OK.
Concernant les erreurs identifiées :
Actuellement, j'identifie 2 problématiques : - Sur acoustique, - The element 'Vocabulary' has invalid child element 'EchoType'. je pense que les echotypes doivent être dans le chapitre "dataprocessing" et pas dans "vocabulary", cf. fichiers xml d'exemple joints - Sur biotic : - The element 'Haul' has invalid child element 'DepthStratum'. List of possible elements expected: 'StartLatitude'. la syntaxe semble être <Stratum IDREF="AC_Stratum_SURF" /> et non
Le 01/03/2019 à 09:44, Jean Couteau a écrit : pas 'DepthStratum'(cf fichier exemple joint)
- The value of the 'CodeType' attribute does not equal its fixed value. sur quelques lignes comme : <Code ID="SHIPC_35HT" CodeType="http://acoustic.ices.dk/Services/Schema/XML/SHIPC.xml">35HT</Code>
là je ne comprend pas car le code '35HT' existe bien dans la page indiquée
Peux tu m'envoyer tes fichiers d'export xml quand tu auras corrigé les autres problèmes que je demande au CIEM pourquoi le ship code ne passe plus?
Merci
A+
Il faut que je paufine avec la doc, mais ça me semble être plus que du détail.
re, Le 01/03/2019 à 11:15, Jean Couteau a écrit :
Bon, j'ai avancé.
Le Biotic est bon excepté les problèmes de CodeType (ça concerne tous les CodeType et pas que 35HT) bizarre... je vais demander au CIEM ce qui se passe
L'Acoustic est idem plus un petit soucis : La déclaration des Species dans EchoType attends un SpeciesCategory que je n'ai pas. SpeciesCategory correspond au SpeciesCategory dans l'export biotic, i.e. à la catégorie de taille dans la table EchoType d'Echobase (colonne "id" de la table) Tu trouveras en PJ les derniers fichiers testés. Merci j'envoie le biotic au CIEM pour retour sur pb CodeType
A+ Mathieu
Jean
On Fri, 1 Mar 2019 10:18:02 +0100 Mathieu DORAY <Mathieu.Doray@ifremer.fr> wrote:
Salut Jean,
OK.
Concernant les erreurs identifiées :
Actuellement, j'identifie 2 problématiques : - Sur acoustique, - The element 'Vocabulary' has invalid child element 'EchoType'. je pense que les echotypes doivent être dans le chapitre "dataprocessing" et pas dans "vocabulary", cf. fichiers xml d'exemple joints - Sur biotic : - The element 'Haul' has invalid child element 'DepthStratum'. List of possible elements expected: 'StartLatitude'. la syntaxe semble être <Stratum IDREF="AC_Stratum_SURF" /> et non
Le 01/03/2019 à 09:44, Jean Couteau a écrit : pas 'DepthStratum'(cf fichier exemple joint)
- The value of the 'CodeType' attribute does not equal its fixed value. sur quelques lignes comme : <Code ID="SHIPC_35HT" CodeType="http://acoustic.ices.dk/Services/Schema/XML/SHIPC.xml">35HT</Code>
là je ne comprend pas car le code '35HT' existe bien dans la page indiquée
Peux tu m'envoyer tes fichiers d'export xml quand tu auras corrigé les autres problèmes que je demande au CIEM pourquoi le ship code ne passe plus?
Merci
A+
Il faut que je paufine avec la doc, mais ça me semble être plus que du détail.
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