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r3049 - isis-fish/trunk/src/site
by chatellier＠users.labs.libre-entreprise.org 02 Jun '10

02 Jun '10

Author: chatellier Date: 2010-06-02 07:30:05 +0000 (Wed, 02 Jun 2010) New Revision: 3049 Log: Remove 'fr' directory Removed: isis-fish/trunk/src/site/fr/

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r3048 - in isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation: . userManual
by jcouteau＠users.labs.libre-entreprise.org 01 Jun '10

01 Jun '10

Author: jcouteau Date: 2010-06-01 12:15:30 +0000 (Tue, 01 Jun 2010) New Revision: 3048 Log: Add analysis plan doc Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/analysisPlan.rst Modified: isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual.rst Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/analysisPlan.rst =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/analysisPlan.rst (rev 0) +++ isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/analysisPlan.rst 2010-06-01 12:15:30 UTC (rev 3048) @@ -0,0 +1,175 @@ +============== +Plan d'analyse +============== + +Les plans d'analyses servent à enchaîner plusieurs simulations. Chaque +simulation peut-être paramétrée en fonction des résultats des +anciennes simulations ou de valeurs aléatoires. + +Il est possible de composé un plan d'analyse à partir de plusieurs +plans. Par exemple créer sont propre plan et utiliser aussi le plan +*Max* qui permet de fixer le nombre maximum de simulation du plan. + +Principe général +================ + +Le plan d'analyse est une classe Java contenant quelques méthodes: + +- getDescription qui permet de décrire le plan +- init qui est appelé une seul fois pour toutes les simulations +- beforeSimulation qui est appelé avant chaque simulation +- afterSimulation qui est appelé après chaque simulation + +La méthode init permet de modifier des paramètres pour toutes les +simulations ou de fixer des valeurs dans le contexte de +plan. Potentiellement il est aussi possible de faire apparaître de +boites de dialogues pour demander des informations supplémentaire à +l'utilisateur. + +La méthode *beforeSimulation* permet de modifier les paramètres de la simulation +ou les données de la prochaine simulation. Elle prend en paramètre +*AnalysePlanContext* et *SimulationStorage*. Pour avoir plus +d'information sur ces deux objets reportez-vous à la Javadoc. La +méthode next retourne un booléen. Si la méthode retourne faux cela +indique que le plan doit se finir et que la prochaine simulation +n'aura pas lieu, et les autres méthodes before des plans ne seront +pas appelées. + +La méthode *afterSimulation* est appelé après la simulation. Si l'un +des plans retourne false lors de l'appel à cette méthode alors la +prochaine simulation ne sera pas faite, mais les autres méthodes +after des plans seront tout de même appelé. + +Il est possible de définir des attributs dans la classe qui seront +automatiquement paramètrable par l'interface de sélection des plans +d'analyses. Ces attributs doivent commencer par le préfix **param_** +et être soit de type primitif (String, int, double, ...), soit de type +Date ou Mois, soit de type entité (Metier, Stratégies, ...). + +Choix d'implantation +==================== + +Il a été choisi d'offrir deux méthodes (before, after) dans les plans +d'analyses et non pas de permettre au plan d'analyse d'appeler eux même des +simulation, car si un plan d'analyse est lancé en queue de simulation et que +l'on exécute ensuite une simulation prioritaire, on souhaite que le plan +d'analyse laisse cette simulation prioritaire se faire au milieu du plan. Or +si le plan lançait lui même les simulations on ne pourrait pas reprendre la +main pour cela. + +Exemple +======= + +Plan d'analyse qui permet de fixer un nombre maximal de simulation:: + + public class Max implements AnalysePlan { + public int param_max = 10; + + public String getDescription() throws Exception { + return _("Permit to specify maximum simulation numbers"); + } + public void init(AnalysePlanContext context) throws Exception { + } + public boolean next(AnalysePlanContext context, SimulationStorage nextSimulation) throws Exception { + boolean result = nextSimulation.getParameter().getAnalysePlanNumber() < param_max; + return result; + } + } + +Il est possible de coupler ce plan avec un plan qui par exemple +modifirait aléatoirement et indéfiniment une variable de la base. + +Modification des paramètres pour la simulation suivante +======================================================= + +Pour modifier les paramètres il faut les récupérer avec la méthode +*nextSimulation.getParameter()* ce qui retourne un objet de type +*SimulationParameter*. Pour plus de documentation sur cet objet +reportez-vous à la javadoc. + +Récupération d'une simulation précédente +======================================== + +exemple:: + // reccupération de la simulation n + SimulationStorage firstSim = context.getSimulation(n); + +ATTENTION : +Le context fait référence au plan d'analyse en cours : par exemple appeler la +méthode getNumber() au cours du plan renverra le numero de la derniere +simulation crée qui peut etre différente de la simulation en cours ! pour +appeler le numero de la simulation en cours il faut utiliser les objets +nextSimulation et lastSimulation selon que l'on est en beforeSimulation ou en +afterSimulation. + + + +Récupération des résultats d'une simulation +=========================================== + +exemple:: + + ResultStorage results = sim.getResultStorage(); + MatrixND n = results.getMatrix(ResultName.MATRIX_ABUNDANCE); + +Modification de la base de données pour la prochaine simulation +=============================================================== + +exemple:: + + TopiaContext db = nextSimulation.getStorage(); + MetierDAO dao = IsisFishDAOHelper.getMetierDAO(db); + Metier metier = dao.findByName("Mon metier"); + metier.setGearParameterValue("30"); + +Exemple de méthode next qui modifie le paramètre de l'engin +=========================================================== + +:: + + public boolean next(AnalysePlanContext context, SimulationStorage nextSimulation) throws Exception { + String [] values = new String[]{"10", "20", "30"}; + int number = nextSimulation.getParameter().getAnalysePlanNumber(); + + if (number < values.length) { + TopiaContext db = nextSimulation.getStorage().beginTransaction(); + MetierDAO dao = IsisFishDAOHelper.getMetierDAO(db); + Metier metier = dao.findByName("Mon metier"); + metier.setGearParameterValue(values[number]); + db.commitTransaction(); + db.closeContext(); + return true; + } else { + return false; + } + } + + +Dans cette exemple nous ferons trois simulation en modifiant la valeur +du paramètre controlable de l'engin pour le métier *Mon metier*. Une +fois ces trois simulations faites le plan s'arrêtera. + +Des tutoriaux et exemples de plans d'analyse pour l'analyse de sensibilité et la calibration +============================================================================================ +sont disponibles : + +http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/wiki-moin/instance/cgi-bin/moin.cgi/v3/usermanual/tuto/PlanAnalyse + +Pense bête : avant de lancer un plan d'analyse +============================================== + +vérifier: + +* Les effectifs initiaux + +* la présence des règles de gestion (non ajoutées par le plan) + +* Le nom de la simu + +remarque : Il peut etre pratique si on suit une matrice d'expérience de faire figurer dans le nom le numero de la premiere ligne lancée : exemple "planMPA_54" si on lance le plan a partir de la ligne 54 de la matrice, isis appelera la premiere simu "planMPA_54 2008-11-13-16-50_0" et en sommant les 2 chiffres on retrouve ... le numero de la ligne, pratique pour l'exploitation des résultats. + +* vérifier les paramètres du plan : en particulier qu on a bien entré la ligne de la matrice d'expérience à laquelle commencer les simulations ou encore le chemin d'acces aux fichiers à charger + +* que les resultats a exporter et sauvegarder sont selectionnés et que le repertoire d'export est correct + +* enfin verifier la duree de simulation et c'est parti ! Modified: isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual.rst =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual.rst 2010-06-01 09:57:31 UTC (rev 3047) +++ isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual.rst 2010-06-01 12:15:30 UTC (rev 3048) @@ -10,8 +10,7 @@ + `Rendu des resultats`_ + `Editeur de script`_ + `Queue de simulation`_ -- `Plan d experience/Plan d analyse`_ -- `Analyses de sensibilite`_ +- `Plan d experience-Plan d analyse`_ .. _Introduction:: userManual/introduction.html .. _Interface utilisateur:: userManual/GUI.html @@ -20,4 +19,5 @@ .. _Lanceur d analyse de sensibilite:: userManual/sensitivity.html .. _Rendu des resultats:: userManual/results.html .. _Editeur de script:: userManual/scripts.html -.. _Queue de simulation:: userManual/queue.html \ No newline at end of file +.. _Queue de simulation:: userManual/queue.html +.. _Plan d experience-Plan d analyse:: userManual/analysisPlan.html \ No newline at end of file

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r3047 - isis-fish/trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/vcs
by chatellier＠users.labs.libre-entreprise.org 01 Jun '10

01 Jun '10

Author: chatellier Date: 2010-06-01 09:57:31 +0000 (Tue, 01 Jun 2010) New Revision: 3047 Log: Null revision seams to be not allowed here since svnkit 1.3.3 Modified: isis-fish/trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/vcs/VCSSVN.java Modified: isis-fish/trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/vcs/VCSSVN.java =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/vcs/VCSSVN.java 2010-05-31 18:21:17 UTC (rev 3046) +++ isis-fish/trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/vcs/VCSSVN.java 2010-06-01 09:57:31 UTC (rev 3047) @@ -1139,7 +1139,7 @@ try { SVNURL url = getRemoteURL(); url = url.appendPath("tags/" + version, true); - SVNInfo info = getSVNManager().getWCClient().doInfo(url, null, + SVNInfo info = getSVNManager().getWCClient().doInfo(url, SVNRevision.HEAD, SVNRevision.HEAD); // si le tag n'existe pas, on n'arrive pas ici car une exception // est leve, et donc result reste a faux

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r3046 - isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual
by jcouteau＠users.labs.libre-entreprise.org 31 May '10

31 May '10

Author: jcouteau Date: 2010-05-31 18:21:17 +0000 (Mon, 31 May 2010) New Revision: 3046 Log: Fix titles Modified: isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/inputs.rst isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/launcher.rst isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/scripts.rst isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/sensitivity.rst Modified: isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/inputs.rst =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/inputs.rst 2010-05-31 18:03:57 UTC (rev 3045) +++ isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/inputs.rst 2010-05-31 18:21:17 UTC (rev 3046) @@ -45,7 +45,7 @@ Il s'agit d'actions globales sur les pêcheries. Menu **Région** -================ +=============== .. image:: input_01_menuFile.png @@ -574,7 +574,6 @@ Pour saisir les équations de mortalité naturelle, poids principal et prix de la population. - #. **Liste des populations** : Cette liste déroulante contient l'ensemble des équations de mortalité naturelles connues pour cette espèce. @@ -696,7 +695,7 @@ saison, sinon les poissons pourront changer de classe plus d'une fois par an. Onglet **Saisie des saisons** (population en longueur) -~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ TODO faire screenshot pour ce type de classe On définit ici les saisons pour une population structurée en longueur. @@ -830,7 +829,7 @@ la reproduction et le recrutement à zéro. Onglet **Migration** -~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ Saisie des migrations, émigrations et immigrations sur les groupes de la population. @@ -850,7 +849,7 @@ #. en saisissant des équations décrivant les mouvements de populations Onglet **Migration** (Migration de population) -~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ Les migrations se réalisent instantanément au début de la saison sélectionnée. (voir les différents articles sur ISIS-Fish) @@ -900,7 +899,7 @@ coefficient de migration sans générer d'erreur. Onglet **Migration** (Immigration) -~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ Il s'agit de la proportion de poissons migrant d'en dehors de la région vers la région. .. image:: input_19_inputPopulations_tabImmigration.png @@ -938,7 +937,7 @@ enregistrée. Onglet **Migration** (Migration) -~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ Il s'agit de la proportion de poissons migrant hors de la région. .. image:: input_18_inputPopulations_tabEmigration.png @@ -976,7 +975,7 @@ enregistrée. Onglet **Migration** (par équation) -~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ .. image:: input_20_inputPopulations_tabMigrationEquation.png @@ -1176,7 +1175,7 @@ Onglet **Saison/zones** -~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ .. image:: input_24_inputMetiersSeasonZone.png @@ -1474,7 +1473,7 @@ #. **description des informations mensuelles** Onglet **Caractéristiques** -~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ .. image:: input_30_inputStrategies.png @@ -1508,7 +1507,7 @@ Onglet **Saisie des mois** -~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ .. image:: input_31_inputStrategiesMonthInfo.png Modified: isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/launcher.rst =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/launcher.rst 2010-05-31 18:03:57 UTC (rev 3045) +++ isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/launcher.rst 2010-05-31 18:21:17 UTC (rev 3046) @@ -176,15 +176,21 @@ #. **Exporter uniquement des simulations** Permet d'exporter ??? TODO #. **Lanceur de simulations** - Pour choisir le lanceur de simulations qui sera utilisé pour réaliser la simulation : + Pour choisir le lanceur de simulations qui sera utilisé pour réaliser la + simulation : - - dans un sous-processus (par défaut) lance les simulations dans des sous-processus. Si plusieures simulations sont lancées an même temps, ISIS-Fish utilisera les différents coeurs de la machine utilisée pour effectuer plusieures simulations en parallèle. ISIS-Fish lancera une simulation par coeur (2 coeurs = 2 simulations en parallèle). - - - sur le serveur CAPARMOR lance les simulations sur le super-calculateur de l'IFREMER CAPARMOR. Pour utiliser correctement CAPARMOR, reportez-vous à la section Installation de ce manuel. + - dans un sous-processus (par défaut) lance les simulations dans des + sous-processus. Si plusieures simulations sont lancées an même temps, + ISIS-Fish utilisera les différents coeurs de la machine utilisée pour + effectuer plusieures simulations en parallèle. ISIS-Fish lancera une + simulation par coeur (2 coeurs = 2 simulations en parallèle). + - sur le serveur CAPARMOR lance les simulations sur le super-calculateur de + l'IFREMER CAPARMOR. Pour utiliser correctement CAPARMOR, reportez-vous à la + section Installation de ce manuel. #. **Sauver les paramètres de la simulation** - Enregistre les paramètres enregistrés afin de les recharger lors du prochain lancement de simulation. + Enregistre les paramètres enregistrés afin de les recharger lors du prochain + lancement de simulation. - Onglet **Script de pré-simulation** =================================== @@ -195,7 +201,7 @@ de la simulation une fois le script défini. Onglet **Plan de simulation** -============================== +============================= Cet onglet contient l'interface de configuration des plans d'analyse à appliquer pendant la simulation. Modified: isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/scripts.rst =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/scripts.rst 2010-05-31 18:03:57 UTC (rev 3045) +++ isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/scripts.rst 2010-05-31 18:21:17 UTC (rev 3046) @@ -227,8 +227,8 @@ Toutes ces actions sont toutes présentes dans le barre d'actions. -1. **Vérifer** du code -~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +1. **Vérifier** du code +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ Lancement une opération de compilation du script sélectionné. Modified: isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/sensitivity.rst =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/sensitivity.rst 2010-05-31 18:03:57 UTC (rev 3045) +++ isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/sensitivity.rst 2010-05-31 18:21:17 UTC (rev 3046) @@ -177,7 +177,7 @@ lancement de simulation. Onglet **Analyse de sensibilité** - Détermination des facteurs -================================================================= +============================================================== .. image:: sensitivity_02_sensitivityFactors.png

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r3045 - in isis-fish/trunk/src: main/java/fr/ifremer/isisfish main/java/fr/ifremer/isisfish/simulator/sensitivity main/resources site site/resources site/resources/documentation site/resources/documentation/userManual site/resources/downloads site/rst site/rst/documentation site/rst/documentation/userManual
by jcouteau＠users.labs.libre-entreprise.org 31 May '10

31 May '10

Author: jcouteau Date: 2010-05-31 18:03:57 +0000 (Mon, 31 May 2010) New Revision: 3045 Log: Beginning of doc migration from wiki Install + user manual -> no adaptation, just copy Waiting for jrst bug resolution for iso-documentation Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/ isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/ isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/inputEquation_00_Growth.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/inputEquation_01_GrowthReverse.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/inputEquation_02_NaturalDeathRate.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/inputEquation_03_MeanWeight.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/inputEquation_04_Price.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/inputEquation_05_Migration.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/inputEquation_06_Emigration.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/inputEquation_07_Immigration.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/inputEquation_08_GearSelectivity.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/inputTab.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/inputTabRegion.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_00.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_01_menuFile.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_02_menuServer.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_04_create.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_05_inputMailles.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_06_inputZones.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_07_inputPorts.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_08_inputSpecies.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_09_inputPopulations.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_10_inputPopulations_tabBase.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_11_inputPopulations_tabGroup.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_12_inputPopulations_tabEquation.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_13_inputPopulations_tabZone.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_14_inputPopulations_tabSeason.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_15_inputPopulations_tabCapturability.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_16_inputPopulations_tabRecruetment.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_17_inputPopulations_tabMigration.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_18_inputPopulations_tabEmigration.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_19_inputPopulations_tabImmigration.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_20_inputPopulations_tabMigrationEquation.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_21_inputEngins.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_22_inputEnginsSelectivity.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_23_inputMetiers.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_24_inputMetiersSeasonZone.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_25_inputMetierCapturability.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_26_inputTripType.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_27_inputVesselTypes.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_28_inputVessels.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_29_inputVesselsEffortDescription.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_29_inputVesselsEffortDescriptionParameters.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_30_inputStrategies.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_31_inputStrategiesMonthInfo.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/mainWindow.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/resultTab.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/resultWindowGraph.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/resultWindowMap.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/result_00.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/result_01.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/result_02.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/result_03.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/result_04.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/scriptTab.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/script_00.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/script_01_menuFile.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/script_02_menuFile_new.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/script_03_combo_new.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/script_04_new.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/script_05_importConfirm.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/script_06_exportConfirm.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/script_07_menuEdit.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/script_08_menuServer.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/script_09_menuCode.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/script_10_verifSyntax_ok.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/script_11_verifSyntax_ko.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivityTab.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_00.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_01_menuSimulation.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_02_parameters.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_02_sensitivityFactors.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_02_sensitivityFactorsContinuousEquation.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_02_sensitivityFactorsContinuousNumber.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_02_sensitivityFactorsDiscreteEquation.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_02_sensitivityFactorsDiscreteMatrix.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_02_sensitivityFactorsDiscreteNumber.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_04_sensitivityMethod.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_05_tabExportResult.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_06_tabResultChoice.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_07_tabAdvancedParams.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_08_results.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulationTab.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_00.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_01_tabParams.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_03_tabPreSimulScript.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_04_tabAnalyzePlan.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_05_tabExportResult.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_06_tabResultChoice.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_07_tabAdvancedParams.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_08_tabQueue.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_dialog_00_filter.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_dialog_01_consoleLog.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_dialog_02_sendMail.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/tip.png isis-fish/trunk/src/site/resources/downloads/ isis-fish/trunk/src/site/resources/downloads/FLIsis_1.1.2.zip isis-fish/trunk/src/site/resources/downloads/GolfeDeGascogneDemoV3.3.0.3.zip isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/ isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/installation.rst isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual.rst isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/ isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/GUI.rst isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/inputs.rst isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/introduction.rst isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/launcher.rst isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/queue.rst isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/results.rst 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migration must be done in UI envirronement and + // must nerver be done in caparmor + // TODO set it here for now, ui is not displayed on caparmor + //doNuitonMigration(); + // init simulater manager SimulationService.getService(); Modified: isis-fish/trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/simulator/sensitivity/SensitivityCalculator.java =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/simulator/sensitivity/SensitivityCalculator.java 2010-05-29 11:48:10 UTC (rev 3044) +++ isis-fish/trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/simulator/sensitivity/SensitivityCalculator.java 2010-05-31 18:03:57 UTC (rev 3045) @@ -24,6 +24,7 @@ import org.nuiton.topia.TopiaContext; import fr.ifremer.isisfish.datastore.SimulationStorage; +import org.nuiton.topia.TopiaContext; /** * Interface commune Ã toutes implÃ©mentation de calcul de sensibilitÃ©. Modified: isis-fish/trunk/src/main/resources/log4j.properties =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/main/resources/log4j.properties 2010-05-29 11:48:10 UTC (rev 3044) +++ isis-fish/trunk/src/main/resources/log4j.properties 2010-05-31 18:03:57 UTC (rev 3045) @@ -8,6 +8,7 @@ # package level log4j.logger.fr.ifremer.isisfish=INFO log4j.logger.org.nuiton=INFO +log4j.logger.org.nuiton.j2r=DEBUG log4j.logger.analyseplans=INFO log4j.logger.exports=INFO log4j.logger.formules=INFO Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/inputEquation_00_Growth.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/inputEquation_00_Growth.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: 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=================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_01_menuSimulation.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_02_parameters.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_02_parameters.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_02_sensitivityFactors.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_02_sensitivityFactors.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_02_sensitivityFactorsContinuousEquation.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_02_sensitivityFactorsContinuousEquation.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_02_sensitivityFactorsContinuousNumber.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_02_sensitivityFactorsContinuousNumber.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_02_sensitivityFactorsDiscreteEquation.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_02_sensitivityFactorsDiscreteEquation.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_02_sensitivityFactorsDiscreteMatrix.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_02_sensitivityFactorsDiscreteMatrix.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_02_sensitivityFactorsDiscreteNumber.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_02_sensitivityFactorsDiscreteNumber.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_04_sensitivityMethod.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_04_sensitivityMethod.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_05_tabExportResult.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_05_tabExportResult.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_06_tabResultChoice.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_06_tabResultChoice.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_07_tabAdvancedParams.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_07_tabAdvancedParams.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_08_results.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_08_results.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulationTab.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulationTab.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_00.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_00.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_01_tabParams.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_01_tabParams.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_03_tabPreSimulScript.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_03_tabPreSimulScript.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_04_tabAnalyzePlan.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_04_tabAnalyzePlan.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_05_tabExportResult.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_05_tabExportResult.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_06_tabResultChoice.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_06_tabResultChoice.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_07_tabAdvancedParams.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_07_tabAdvancedParams.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_08_tabQueue.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_08_tabQueue.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_dialog_00_filter.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_dialog_00_filter.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_dialog_01_consoleLog.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_dialog_01_consoleLog.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_dialog_02_sendMail.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_dialog_02_sendMail.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/tip.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/tip.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/downloads/FLIsis_1.1.2.zip =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/downloads/FLIsis_1.1.2.zip ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/downloads/GolfeDeGascogneDemoV3.3.0.3.zip =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/downloads/GolfeDeGascogneDemoV3.3.0.3.zip ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/installation.rst =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/installation.rst (rev 0) +++ isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/installation.rst 2010-05-31 18:03:57 UTC (rev 3045) @@ -0,0 +1,240 @@ +Installation et lancement d'ISIS-Fish +===================================== + +MatÃ©riel requis +--------------- + +Afin de pouvoir faire tourner ISIS-Fish sur votre machine, il est +nÃ©cessaire d'avoir au moins la vesion 1.6.0_18 de Java d'installÃ©e. Il est +possible de connaÃ®tre la version actuellement installÃ©e sur votre +ordinateur en tapant dans une commande DOS : Â«java -versionÂ». Si vous +aboutissez Ã un message d'erreur, cela signifie que Java n'est pas +installÃ©. Si la version installÃ©e est antÃ©rieure Ã la version 1.6.0_18 ou +que Java n'est pas installÃ©, vous devez tÃ©lÃ©charger la derniÃšre +version de Java SE Development Kit (JDK). Ceci peut se faire +directement Ã cette adresse : http://java.sun.com/javase/downloads/index.jsp + +Comment se procurer ISIS-Fish +----------------------------- + +Il est possible de tÃ©lÃ©charger ISIS-Fish Ã cette adresse : +http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/download/version3. les +fichiers contenant ISIS-Fish et tout ce qui est nÃ©cessaire Ã son bon +fonctionnement sont nommÃ©s : Â«isis-fish-x.y.z.zipÂ» oÃ¹ x.y.z +correspond au numÃ©ro de la version. + +Installation +------------ + +Une fois le zip tÃ©lÃ©chargÃ©, il faut le dÃ©zipper dans le rÃ©pertoire de +votre choix. + +Sous linux vous pouvez taper:: + + unzip isis-fish-x.y.z.zip + +Un nouveau rÃ©pertoire isis-fish-x.y.z apparaÃ®t + +Lancement +--------- + +Fichier de lancement par dÃ©faut .bat et .sh +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +Par dÃ©faut ISIS-Fish peut allouer au maximum 512Mo de Ram pour son +utilisation. Si votre rÃ©gion contient de trÃšs nombreux mÃ©tiers, +stratÃ©gies et populations vous pouvez devoir augmenter cette valeur +pour cela Ã©ditez le fichier *go.bat* ou *go.sh* suivant votre +plateforme (windows, Unix/Linux). + +Par dÃ©faut les fichiers de lancement redirigent les sorties vers un +fichier error.txt. Si jamais un problÃšme se produit durant +l'utilisation d'ISIS-Fish ce fichier peut vous permettre de comprendre +plus simplement le problÃšme. Si vous faites appel aux mailing-lists pour +demander de l'aide, il vous sera demander de joindre ce fichier Ã votre demande. + +Lancer ISIS-Fish sous windows +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +Double-cliquer sur le fichier .bat crÃ©Ã©. Une fenÃªtre DOS va alors +s'ouvrir. Puis l'interface d'ISIS. + +.. image:: mainWindow.png + +Si l'interface n'apparaÃ®t pas, cela signifie qu'une erreur s'est +produite lors du lancement. Le message d'erreur est situÃ© dans le +fichier error.txt, mais il peut dans certains cas Ãªtre difficilement +comprÃ©hensible. Si vous ne pouvez comprendre ce message, envoyez le sur +la liste utilisateur (voir partie Contact-Assistance_ ) + +.. _Contact-Assistance: community + +Lancer ISIS-Fish depuis un porte document windows +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +Dans le go.bat ou go.sh du porte doc, il faut passer Ã la ligne apres start et +ajouter:: + + c: + cd c:\la position du fichier go.bat du porte doc (par exemple, cd c:\"Documents and settings"\smahevas\Bureau\PorteDoc\Isis_v3\isis-fish-3.1.1) + +Lancer ISIS-Fish sous Unix/Linux +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +Placez-vous dans le rÃ©pertoire contenant le fichier go.sh et exÃ©cutez +le avec:: + + ./go.sh + +Option de la ligne de commande +------------------------------ + +Il est possible de passer des paramÃštres Ã la ligne de commande par exemple:: + + ./go.sh --help + +l'option --help permet d'afficher la liste des options disponibles + +Voici les autres options. + +.. FIXME Wait for simple table fix in JRST : http://nuiton.org/issues/show/651 + +.. ================================================ ======================================================================================================================================================================================================= +.. Commande Description +.. ================================================ ======================================================================================================================================================================================================= +.. -help, -h Affiche l'aide +.. -listRegion Affiche la liste des rÃ©gions disponibles +.. -importRegion region Importe une rÃ©gion dans la base locale. Il est possible d'importer des rÃ©gions depuis ISIS-Fish version 2 ou 3. Suivant l'extension du fichier, ISIS-Fish fera la bonne opÃ©ration +.. -importAndRenameRegion region newName Importe une rÃ©gion dans la base local et modifie son nom durant l'import. +.. -exportRegion regionName output.zip Exporte une rÃ©gion existante dans la base locale sous la forme d'un fichier zip importable ultÃ©rieurement. +.. -listSimulation Affiche la liste des simulations disponibles +.. -importSimulation simulation Importe une simulation dans la base locale +.. -exportSimulation simulationName simulation.zip Exporte une simulation existante dans la base locale sous la forme d'un fichier zip importable ultÃ©rieurement. +.. -update <true|false> Force la mise Ã jour des scripts comme lors du premier lancement d'ISIS-Fish +.. -create-ssh-key Permet de crÃ©er une paire de clÃ© ssh. Ces clÃ©s sont utilisÃ©es pour pouvoir modifier les scripts pour les personnes ayant un login sur le CVS hÃ©bergeant les sources des scripts. (Voir le chapitre CVS) +.. -ssh-key-file pathToPrivateKey Permet d'indiquer Ã ISIS-Fish d'utiliser une paire de clÃ©s ssh existantes pour l'accÃšs au CVS. (Voir le chapitre CVS) +.. -config name value Permet de modifier des valeurs de configuration. Cela revient au mÃªme que de modifier le fichier $HOME/.isis-config-3, ou utiliser l'interface depuis le menu fenÃªtre->configuration. +.. ================================================ ======================================================================================================================================================================================================= + +Liste des options disponibles: + +.. ======================= ================================================================================================================================================== ====================================================================================================== =================================================== +.. option description type exemple +.. ======================= ================================================================================================================================================== ====================================================================================================== =================================================== +.. compileDirectory rÃ©pertoire utilisÃ© pour la compilation des scripts chemin vers un rÃ©pertoire /tmp/isis-build +.. language La langue Ã utiliser ISO Language Code http://www.loc.gov/standards/iso639-2/englangn.html fr +.. country La variable pays pour la langue ISO Country Code http://www.iso.ch/iso/en/prods-services/iso3166ma/02iso-3166-code-lists/lis… FR +.. database rÃ©pertoire utilisÃ© pour stocker les informations chemin vers un rÃ©pertoire /home/poussin/isis-database-3 +.. defaultSimulator nom du fichier Ã utiliser comme simulateur nom d'un fichier .java contenu dans le rÃ©pertoire $database/simulators DefaultSimulator.java +.. javadocUrl URL pointant vers la javadoc du simulateur URL http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/apidocs/ +.. defaultExportDirectory RÃ©pertoire ou les exports de simulation sont placÃ© par dÃ©faut chemin vers un rÃ©pertoire /home/poussin/isis-export +.. defaultExportNames la liste des noms des exports par dÃ©faut Ã utiliser liste sÃ©parÃ©e par des virgules Abundances.java,Biomasses.java +.. defaultResultNames la liste des rÃ©sultats que l'on souhaite conserver durant la simulation pour les visualiser ultÃ©rieurement via l'interface de rendu des rÃ©sultats. liste sÃ©parÃ© par des virgules matrixDiscardsWeightPerStrMet,matrixPrice +.. defaultMap la carte Ã utiliser par dÃ©faut pour nouvelle rÃ©gion le chemin d'un fichier de carte .shp sans l'extension maps/vmap_area_thin +.. defaultTagValue la liste des tags values Ã utiliser par dÃ©faut pour les simulations liste sÃ©parÃ© par des virgules de couple "nom":"valeur" "ecoResult":"true","maVal":"truc" +.. cvsHostName le nom du serveur contenant l'arbre CVS des donnÃ©es le nom d'un serveur ou une ip labs.libre-entreprise.org +.. cvsRepository le rÃ©pertoire racine du CVS sur le serveur chemin vers un rÃ©pertoire /cvsroot/isis-fish +.. cvsDataBase le nom du module CVS contenant les donnÃ©es sur le serveur String isis-fish-data +.. cvsHost fichier contenant les cles des serveurs CVS chemin d'un fichier xml /home/poussin/.isis-ssh-host.xml +.. cvsUserName le nom de l'utilisateur pouvant accÃ©der au CVS login anonymous ou bpoussin +.. cvsSsh2Connexion indique si l'on utilise ou non un accÃšs sÃ©curisÃ© au CVS. Cela n'est pas utile pour le compte anonymous et nÃ©cessite une clÃ© SSH boolean true +.. cvsKeyFile le fichier contenant la clÃ© privÃ©e SSH chemin vers un fichier /home/poussin/.ssh/id_dsa +.. smtpServer le nom du serveur SMTP Ã utiliser pour envoyer des mails. nom d'un serveur ou ip smtp.codelutin.com +.. localSimulator valeur par dÃ©faut utilisÃ©e pour savoir si les simulations que l'on exÃ©cute doivent Ãªtre faites localement ou sur un serveur de simulation boolean true +.. simulatorServer URL permettant de contacter le serveur de simulations URL http://simulateur.ifremer.fr:9090 +.. simulatorServerLogin le login Ã utiliser pour le serveur de simulations login bpoussin +.. simulatorServerPassword le mot de passe Ã utiliser pour le serveur de simulations mot de passe guest +.. ======================= ================================================================================================================================================== ====================================================================================================== =================================================== + +Premier lancement et fichier de configuration +--------------------------------------------- + +Lors du premier lancement ISIS-Fish vous posera un certain nombre de +question. + +Si vous souhaitez les modifier ultÃ©rieurement il faut Ã©diter le +fichier $HOME/.isis-config-3. + +$HOME est une variable d'environnement sous Unix/Linux qui pointe vers +le rÃ©pertoire utilisateur de la personne logguÃ©e. Sous Windows +l'utilisateur Ã aussi un espace de travail personnel, mais son +emplacement varie suivant la version de Windows utilisÃ©e. + +Il est possible qu'ISIS-Fish ne se lance pas avec l'erreur "la configuration +n'est pas correcte". Dans ce cas, il faut Ã©diter le fichier .isis-config-3 et y +ajouter:: + + vcs.typeRepo=HEAD + vcs.remoteDatabase=3.1.3 (ou le numero de version utilisÃ©) + +DonnÃ©es et scripts initiaux +--------------------------- + +Lors du premier lancement il est conseillÃ© d'Ãªtre connectÃ© Ã Internet, +car ISIS-Fish rÃ©cupÃšre une rÃ©gion de dÃ©monstration et les scripts de +simulation, export, ... + +Si vous ne pouvez pas Ãªtre connectÃ©, depuis la version 3.0.16 il vous +est possible de rÃ©cupÃ©rer Ã l'adresse: +http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/download/version3 le fichier se +nommant isis-database.x.y.z.zip oÃ¹ x.y.z correspond au numÃ©ro de la version. + +DÃ©compressez ce fichier et placez le rÃ©pertoire obtenu dans votre rÃ©pertoire +$HOME. Tous les scripts normalement rÃ©cupÃ©rÃ© par Isis-fish se trouvent dans +ce rÃ©pertoire. Par contre, la rÃ©gion de dÃ©monstration n'est pas valide et vous +ne pouvez pas l'utiliser. + +Mettre Ã jour les scripts +------------------------- + +Les scripts de simulation sont modifiÃ©s indÃ©pendament de la version +d'ISIS-Fish. Il est donc possible de mettre Ã jour les scripts sans +modifier sa version d'ISIS-Fish. Dans certain cas, les nouveaux +scripts ne fonctionneront qu'avec une nouvelle version d'ISIS-Fish, +par exemple en cas de modification de la structure des rÃ©gions (ajout +de champs Ã un objet). + +Pour mettre Ã jour les scripts, il faut dans la fenÃªtre principale +aller dans le menu **fichier->Synchronisation serveur**. + +Vous devez voir apparaitre une fenÃªtre vous invitant Ã sÃ©lectionner +les Ã©lÃ©ments Ã mettre Ã jour ou les nouveaux Ã©lÃ©ments Ã rÃ©cupÃ©rer. + +.. image:: synchroWindow.png + +Dans la zone texte du bas vous pouvez voir les changements effectuÃ©s +sur le fichier sÃ©lectionnÃ©. + +Changer le rÃ©pertoire de simulations : .isis-config-3 +------------------------------------------------------ + +Pour windows : .isis-config-3 se trouve dans le rÃ©pertoire home (C:\Documents +and settings\chezsoi). +[ou sur Mac : Users/<account>/ .isis-config-3 +(Comme le nom de fichier commence par un "." il peut Ãªtre cachÃ©)] +Par dÃ©fault, la zone de travail est C:\Documents and Settings\chezsoi (zone oÃ¹ +sont crÃ©Ã©s les rÃ©pertoires isis-database-3, isis-build,...). Pour changer de +zone de travail, il suffit de changer le rÃ©pertoire par dÃ©faut dans le +isis-config par le rÃ©pertoire choisi. + +Fichier exemple :: + + #Last saved Tue Sep 15 09:25:33 CEST 2009 + #Tue Sep 15 09:25:33 CEST 2009 + + compilation.directory=D\:\\SimulationsISIS\\isis-build + database.directory=D\:\\SimulationsISIS\\isis-database-3 + default.export.directory=D\:\\SimulationsISIS\\isis-export + + +Installer Isis-FISH pour effectuer les simulations sur le super-calculateur CAPARMOR +------------------------------------------------------------------------------------ + +Afin d'utiliser Caparmor pour effectuer les simulations, il convient de suivre +une procÃ©dure particuliÃšre (et d'avoir l'autorisation d'utiliser Caparmor). La +procÃ©dure dÃ©crite dans le fichier joint devrait vous permettre de configurer et +utiliser ISIS et Caparmor correctement. + +`Installation d ISIS-Caparmor`_ + +.. _Installation d ISIS-Caparmor::installation-isis-caparmor.pdf Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/GUI.rst =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/GUI.rst (rev 0) +++ isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/GUI.rst 2010-05-31 18:03:57 UTC (rev 3045) @@ -0,0 +1,184 @@ +======================= +L'interface utilisateur +======================= + +FenÃªtre principale +================== + +L'interface utilisateur est constituÃ©e d'une fenÃªtre composÃ©e d'onglets. Chaque +onglet permet d'utiliser le simulateur diffÃ©rement. + +.. image:: mainWindow.png + +Cette fenÃªtre contient six onglets : + +- de lancement de simulation +- de rendu des rÃ©sultats +- de saisie de rÃ©gion +- de saisie de script, rÃšgles de gestion, export, plan d'analyse, ... +- de lancement d'analyse de sensibilitÃ© +- de queue de simulation + +Il est aussi possible d'ouvrir ces onglets dans une nouvelle fenÃªtre depuis le +menu *fenÃªtre*. + +Le menu fichier +--------------- + +Le premier sous menu *synchronisation serveur* permet de synchroniser +les fichiers de scripts avec le serveur. + +Le deuxiÃšme sous menu *quitter* permet de fermer ISIS-Fish + +Le menu fenÃªtre +--------------- + +Les six sous menus sont l'Ã©quivalent des quatres onglets. Ils ouvrent l'onglet +correspondant dans une nouvelle fenÃªtre. + +Le menu configuration +--------------------- + +Les sous-menu permettent de configurer diffÃ©rentes partie d'ISIS-Fish : +* Configuration gÃ©nÃ©rale +* Configuration VCS +* Configuration de l'utilisation de Caparmor + +Pour certaines options il faut relancer ISIS-Fish pour que les +nouvelles valeurs soient prises en compte, comme par exemple la +langue. + +Le menu aide +------------ + +Les sous menus permettent d'accÃ©der Ã diffÃ©rentes aides sur ISIS-Fish + +* Ce site +* La documentation des diffÃ©rentes API +* La fenÃªtre des logs de l'application (utile en cas d'erreur ou de comportement + anormal) +* La fenÃªtre d'informations sur le simulateur. + +La barre de statut +------------------ + +La barre de statut, situÃ©e en bas de la fenÃªtre indique Ã droite la mÃ©moire +utilisÃ© puis la mÃ©moire actuellement allouÃ© pour ISIS-Fish. + +La zone centrale permet Ã ISIS-Fish de d'afficher des messages et la +partie gauche indique l'avancement de tÃ¢che en train de s'exÃ©cuter. + +Lancement de simulation +======================= + +L'onglet de lancement de simulation permet de paramÃštrer les +simulations et de les exÃ©cuter. + +.. image:: simulationTab.png + +Cette onglet est consituÃ© de plusieurs onglets qui permettent de modifier: + +- **ParamÃštres** de base de la simulation: identifiant, description, rÃ©gion, + stratÃ©gies, populations, rÃšgles, nombre d'annÃ©es +- **Script de prÃ©simulation**, pour l'activer il faut cochÃ© la + case *utiliser un script de prÃ©-simulation* dans l'onglet ParamÃštres. Le + script de prÃ©-simulation est du BSH exÃ©cutÃ© avant toutes les simulations et + permet de modifier la base de donnÃ©es. +- **Plan de simulation**, pour l'activer il faut cocher la case + *Utiliser le plan d'analyse* dans l'onglet ParamÃštres. +- **Export des rÃ©sultats** qui permet de sÃ©lectionner les scripts d'export Ã + utiliser et le rÃ©pertoire dans lequel on souhaite exporter. +- **Choix des rÃ©sultats** qui permet de sÃ©lectionner les rÃ©sultats Ã conserver + pour une visualisation ultÃ©rieure via l'interface de rendu des rÃ©sultats +- **ParamÃštres avancÃ©s** qui permet de changer le simulateur Ã utiliser, activer + ou dÃ©sactiver le cache, activer ou dÃ©sactiver les statistiques, ajouter des + paramÃštres libres rÃ©cupÃ©rable dans les rÃšgles de gestion, le simulateur, ... + +Si une rÃšgle de gestion ou un export a besoin d'un rÃ©sultat qui n'est +pas sÃ©lectionnÃ© alors ce rÃ©sultat est automatiquement ajoutÃ© a la +liste des rÃ©sultats souhaitÃ©s. + +Lors du lancement de la simulation, automatiquement la date courante +sera ajoutÃ© au nom de la simulation. + +Rendu des rÃ©sultats +=================== + +L'onglet de rendu des rÃ©sultats permet de visualiser les rÃ©sultats +en graphe, en carte, ou en nombre. Il permet aussi de supprimer +d'anciennes simulations. + +.. image:: resultTab.png + +Pour ouvrir une ancienne simulation, sÃ©lectionnez la simulation +souhaitÃ©e dans la combobox et cliquez sur *ouvrir une nouvelle fenÃªtre*. + +.. image:: resultWindowGraph.png + +.. image:: resultWindowMap.png + +Saisie de rÃ©gion +================ + +La fenÃªtre saisie de rÃ©gions permet de visualiser et modifier les +rÃ©gions. + +Vous pouvez sÃ©lectionner dans la combobox votre rÃ©gion pour la faire +apparaÃ®tre. + +.. image:: inputTab.png + +.. image:: inputTabRegion.png + +Saisie de scripts +================= + +L'onglet de script permet de modifier tous les scripts: + +- scripts +- simulateurs +- exports +- rÃšgles +- plans d'analyses +- modÃšle d'Ã©quations +- analyses de sensibilitÃ© + +.. image:: scriptTab.png + +Tous ces scripts sont des fichiers textes sur le systÃšme de +fichier. Il est donc possible d'utiliser n'importe quel Ã©diteur pour +les modifier. Voir +http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/othertools.html +pour plus d'explications. + +Lancement d'analyse de sensibilitÃ© +================================== +L'onglet de lancement d'analyse de sensibilitÃ© permet de paramÃštrer les +analyses de sensibilitÃ©, de les exÃ©cuter et de les analyser. + +.. image:: sensitivityTab.png + +Cette onglet est consituÃ© de plusieurs onglets qui permettent de modifier: + +- **ParamÃštres** de base de l'analyse de sensibilitÃ©: identifiant, description, + rÃ©gion, stratÃ©gies, populations, rÃšgles, nombre d'annÃ©es +- **Analyse de sensibilitÃ©** permet de dÃ©terminer les facteurs Ã©tudiÃ©s. +- **MÃ©thode de la sensibilitÃ©** permet de choisir le type d'analyse utilisÃ© et + de la paramÃ©trÃ©e. +- **Export des rÃ©sultats** qui permet de sÃ©lectionner les scripts d'export Ã + utiliser et le rÃ©pertoire dans lequel on souhaite exporter. +- **Choix des rÃ©sultats** qui permet de sÃ©lectionner les rÃ©sultats Ã conserver + pour une visualisation ultÃ©rieure via l'interface de rendu des rÃ©sultats +- **ParamÃštres avancÃ©s** qui permet de changer le simulateur Ã utiliser, activer + ou dÃ©sactiver le cache, activer ou dÃ©sactiver les statistiques, ajouter des + paramÃštres libres rÃ©cupÃ©rable dans les rÃšgles de gestion, le simulateur, ... +- **Analyse des rÃ©sultats** qui permet de voir les rÃ©sultats (simples) d'une + analyse de sensibilitÃ© terminÃ©e. + +Si une rÃšgle de gestion ou un export a besoin d'un rÃ©sultat qui n'est +pas sÃ©lectionnÃ© alors ce rÃ©sultat est automatiquement ajoutÃ© a la +liste des rÃ©sultats souhaitÃ©s. + +Lors du lancement de l'analyse de sensibilitÃ©, automatiquement la date courante +sera ajoutÃ© au nom de l'analyse. Le nom de chaque simulation est terminÃ©e par _ +suivi du numÃ©ro de la simulation dans l'analyse de sensibilitÃ©. \ No newline at end of file Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/inputs.rst =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/inputs.rst (rev 0) +++ isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/inputs.rst 2010-05-31 18:03:57 UTC (rev 3045) @@ -0,0 +1,1534 @@ +===================== +Saisie d'une pÃªcherie +===================== + +La fenÃªtre de saisie de pÃªcherie permet de crÃ©er, visualiser et modifier des pÃªcheries. + +.. contents:: + +Description des diffÃ©rentes zones de l'interface +------------------------------------------------ + +.. image:: input_00.png + +#. les menus de l'Ã©diteur de pÃªcheries. +#. le nom d'une nouvelle rÃ©gion Ã crÃ©er. +#. pour crÃ©er une nouvelle rÃ©gion. +#. la liste des rÃ©gions dÃ©tectÃ©es par ISIS-Fish. +#. la zone de navigation dans les objets de la pÃªcherie. +#. la zone d'Ã©dition des donnÃ©es de la pÃªcherie. +#. la zone classique de statut gÃ©nÃ©ral. + +Une pÃªcherie contient une rÃ©gion. + +On peut soit crÃ©er entiÃšrement la rÃ©gion en renseignant son nom (zone 2) puis +en cliquant sur le bouton **Nouvelle rÃ©gion** (zone 3). + +On peut aussi sÃ©lectionner une rÃ©gion existante localement dans la liste +dÃ©roulante (zone 4). + +Un dossier du nom de votre cas d'Ã©tude a ainsi Ã©tÃ© crÃ©Ã© dans le menu dÃ©roulant et dans la colonne de gauche +ont Ã©tÃ© crÃ©Ã©es des sous dossiers correspondant Ã toutes les composantes de la pÃªcherie (zone 5). + +Dans les deux cas, une fois la rÃ©gion chargÃ©e ou crÃ©Ã©e, les objets de la +pÃªcherie sont disponibles dans leur zone de navigation (zone 6). + +La carte est affichÃ©e Ã droite. + +On peut aussi Ã©diter les caractÃ©ristiques de la rÃ©gion. + + +Les diffÃ©rentes actions des menus +--------------------------------- + +On dÃ©taille dans cette section, l'ensemble des actions rÃ©alisables par menu. +Il s'agit d'actions globales sur les pÃªcheries. + +Menu **RÃ©gion** +================ + +.. image:: input_01_menuFile.png + + +#. **Importer une rÃ©gion** : + Importer une rÃ©gion prÃ©cÃ©demment exportÃ©e depuis une autre instance d'IsisFish v3. +#. **Importer une rÃ©gion et la rennommer** : + Importer une rÃ©gion prÃ©cÃ©demment exportÃ©e depuis une autre instance d'IsisFish v3 et + renommer le nom de la rÃ©gion. +#. **Importer une rÃ©gion de la V2 d'IsisFish** : + Importer une rÃ©gion prÃ©cÃ©demment exportÃ©e depuis une autre instance d'IsisFish v2. +#. **Importer la rÃ©gion d'une simulation** : + Importer une rÃ©gion depuis une simulation localement existante. + Une interface de sÃ©lection de simulation s'affiche. + Une fois le nom de la simulation choisi, le nom de la rÃ©gion est demandÃ©. + Ensuite, la rÃ©gion est extraite de la simulation et sauvegardÃ©e localement. +#. **Exporter la rÃ©gion** : + Exporter la rÃ©gion dans un fichier compressÃ©. L'archive produite pourra Ãªtre + importÃ©e dans une autre instance d'IsisFish v3. + Une rÃ©gion doit Ãªtre sÃ©lectionnÃ©e au prÃ©alable. +#. **Copier rÃ©gion** : + Permet la recopie simple de rÃ©gion. + Une rÃ©gion doit Ãªtre sÃ©lectionnÃ©e au prÃ©alable. +#. **Supprimer localement** une rÃ©gion : + Permet de supprimer localement une rÃ©gion. + Une rÃ©gion doit Ãªtre sÃ©lectionnÃ©e au prÃ©alable. + Attention, cette opÃ©ration est irrÃ©versible, une fois supprimÃ©e, la pÃªcherie + ne sera plus rÃ©cupÃ©rable. + +Menu **Serveur** +================ + +.. image:: input_02_menuServer.png + +Ce menu regroupe les fonctionnalitÃ©s de communication avec le serveur de donnÃ©es. + +#. **Ajouter une rÃ©gion** : + Permet d'envoyer au serveur distant une nouvelle rÃ©gion + Une boite de dialogue apparaÃ®t oÃ¹ sont affichÃ©s les diffÃ©rents messages de + sauvegarde dÃ©jÃ rentrÃ©s pour cette pÃªcherie. + En appuyant sur le bouton Ok, la pÃªcherie est ajoutÃ©e sur le serveur distant si vous avez les + droits d'Ã©criture sur ce serveur (voir chapitre configuration vcs). +#. **Sauvegarder les changements** d'une rÃ©gion : + TODO est-ce actif, je ne crois pas... +#. **Supprimer localement et Ã distance** : + Permet de supprimer une rÃ©gion localement mais aussi sur le serveur distant. + Vous devez disposer de droits d'Ã©criture sur le serveur distant. + Attention : A utiliser avec prÃ©caution! + + +CrÃ©er une nouvelle pÃªcherie +--------------------------- + +La saisie d'une pÃªcherie se dÃ©roule en plusieurs Ã©tapes : + +#. crÃ©ation ou sÃ©lection de la rÃ©gion Ã utiliser dans la pÃªcherie +#. saisie des mailles +#. saisie des zones +#. saisie des ports +#. saisie des espÃšces +#. saisie des populations +#. saisie des engins +#. saisie des mÃ©tiers +#. saisie des marÃ©es +#. saisie des types de navire +#. saisie des flottilles +#. saisie des stratÃ©gies + + +1. **CrÃ©ation** ou **sÃ©lection** de rÃ©gion +========================================== + +Une fois la rÃ©gion crÃ©Ã©e ou chargÃ©e voila Ã quoi ressemble l'interface. + +.. image:: input_04_create.png + +Les latitudes et longitudes sont en degrÃ©s dÃ©cimaux. + +#. **Nom de la rÃ©gion** + Le nom de la rÃ©gion (il s'agit d'un nom d'objet de la pÃªcherie, il est + prÃ©fÃ©rable de normaliser ces noms, par exemple n'utiliser que des caractÃšres + alphanumÃ©riques sans ponctuation). + La rÃ©gion est un rectangle avec une grille rÃ©guliÃšre de mailles. +#. **Latitude minimum** : + latitude minimum de la rÃ©gion (valeur rÃ©elle) +#. **Latitude maximum** : + latitude maximum de la rÃ©gion (valeur rÃ©elle) +#. **Longitude minimum** : + longitude minimum de la rÃ©gion (valeur rÃ©elle) +#. **Longitude maximum** : + longitude maximum de la rÃ©gion (valeur rÃ©elle) +#. rÃ©solution spatiale (**latitude**) : + Ã©tendue de chaque maille en latitude (valeur rÃ©elle) +#. rÃ©solution spatiale (**longitude**) : + Ã©tendue de chaque maille en longitude (valeur rÃ©elle) +#. liste des cartes : TODO +#. **Ajouter une carte** : + Si vous dÃ©sirez changer la carte par dÃ©faut pour une carte plus + prÃ©cise, cliquez sur Ajouter carte et sÃ©lectionnez la carte Ã + ajouter grÃ¢ce au menu dÃ©filant. + Il n'est nÃ©cessaire d'ajouter que la carte au format shp nÃ©anmoins les deux cartes shp et ssx doivent Ãªtre situÃ©es dans le + mÃªme dossier +#. **Supprimer la carte** : + Pour supprimer une carte prÃ©cÃ©demment ajoutÃ©e. +#. **Commentaires** : + Des informations complÃ©mentaires sur la rÃ©gion peuvent Ãªtre ajoutÃ©es + grÃ¢ce aux encadrÃ©s **Commentaires**. Elles seront sauvegarder en mÃªme temps + que la rÃ©gion. +#. **Ajouter un fichier de mailles** : + Un fichier contenant des mailles prÃ©dÃ©finies peut aussi Ãªtre chargÃ©. + Cliquez sur **...*** +#. **Sauver** la rÃ©gion : + Une fois que les frontiÃšres de la rÃ©gion ont Ã©tÃ© dÃ©finies (la carte + et le fichier de mailles prÃ©dÃ©finies ajoutÃ©s si nÃ©cessaire), cliquez + sur **Sauver**. +#. **Annuler** : + Pour annuler les modifications effectuÃ©es et revenir Ã la derniÃšre version + enregistrÃ©e. +#. **VÃ©rifier** : + Pour vÃ©rifier la cohÃ©rence de la pÃªcherie. +#. **Continuer** vers les **mailles** : + A la fin de ce stade, la rÃ©gion ainsi qu'une grille de mailles ont Ã©tÃ© crÃ©es. + + Afin de continuer la paramÃ©trisation, cliquez sur **Continuer vers les mailles** + ou sÃ©lectionner l'onglet **Mailles** dans le menu de gauche. + +2. **Saisie des mailles** +========================= + +.. image:: input_05_inputMailles.png + +La feuille de saisie des mailles permet Ã l'utilisateur de renommer les +mailles. Il est aussi possible de dÃ©finir si la maille est en fait de la terre +en cochant la case **Terre**. + +#. **Maille** dans la navigation : + On peut sÃ©lectionner une maille Ã partir de cette zone. Les autres zones + seront alors mises Ã jour avec les donnÃ©es de cette maille. +#. **Maille** dans la liste : + On peut sÃ©lectionner une maille Ã partir de cette liste dÃ©roulante des noms + des mailles de la rÃ©gion. Les autres zones seront alors mises Ã jour avec les + donnÃ©es de cette maille. +#. **Maille** sur la carte : + On peut enfin sÃ©lectionner une maille en la sÃ©lectionnant sur la carte. Les + autres zones seront alors mises Ã jour avec les donnÃ©es de cette maille. +#. **Nom** de maille : + Pour modifier le nom de la maille, par dÃ©faut un nom de maille est l'expression + de sa latitude suivi de sa longitude; exemple : La44.5Lo-3.0 +#. **Latitude** : + latitude du coin bas gauche de la maille sÃ©lectionnÃ©e exprimÃ©e en degrÃ©. +#. **Longitude** : + longitude du coin bas gauche de la maille sÃ©lectionnÃ©e exprimÃ©e en degrÃ©. +#. **Terre** : + Case Ã cocher permettant de spÃ©cifier si la maille est sur terre ou non. +#. **Commentaires** : + Pour saisir un commentaire liÃ© Ã cette maille. Des informations + complÃ©mentaires peuvent Ãªtre ajoutÃ©es grÃ¢ce cette fenÃªtre. Chaque + commentaire est liÃ© Ã une maille, il est ainsi possible d'ajouter un + commentaire pour chaque maille prÃ©alablement dÃ©finie. +#. **Sauver** : + Pour sauver les modifications sur cette maille. Ne pas oublier de sauver en + cliquant sur ce bouton pour chaque modification de maille. +#. **Annuler** : + Pour annuler les modifications sur cette maille et revenir Ã la derniÃšre + version sauvegardÃ©e. +#. **Continuer** vers les zones : + Afin de poursuivre, cliquez sur **Continuer vers les Zones** ou sÃ©lectionner + l'onglet **Zones** dans le menu de gauche. + + +3. **Saisie des zones** +======================= + +Les zones **Populations**, les zones **MÃ©tier** et les zones de gestion doivent Ãªtre +crÃ©Ã©es respectivement avant les populations, les mÃ©tiers et les mesures de +gestion. + +.. image:: input_06_inputZones.png + +#. **Nouveau** : + On commence toujours par crÃ©er la zone avant de modifier ses valeurs, on + clique ici pour crÃ©er la zone vide. Une fois la zone crÃ©Ã©e, elle apparaÃ®t + dans la combo-box **Choisir une zone** et il est possible de la sÃ©lectionner et + de la renommer. +#. **Nom** : + Pour renseigner le nom de la zone une fois celle-ci crÃ©Ã©e. Voir remarque sur + les noms des objets de la pÃªcherie. +#. **Sauver** : + Permet de sauver en base la nouvelle zone. + Ne pas oublier de sauver Ã la fin de ces opÃ©rations. + + A ce stade, la zone a Ã©tÃ© crÃ©Ã©e, il faut dÃ©sormais lui associer des mailles. +#. **Choisir une zone** : + La **zone** dans la zone de navigation des objets de la pÃªcherie. +#. **SÃ©lection des mailles** de la zone : + SÃ©lectionner les mailles composant cette zone soit en cochant les cases une + par une soit en les sÃ©lectionnant directement sur la carte. +#. **les mailles de la zone reprÃ©sentÃ©es sur la carte** : + cliquer sur la maille Ã sÃ©lectionner, elle devient verte une fois sÃ©lectionnÃ©e. +#. **Annuler** : + Pour annuler les changements effectuÃ©s dans la zone sÃ©lectionnÃ©e. +#. **Supprimer** : + Pour supprimer une zone de la pÃªcherie. Attention cette opÃ©ration est + irrÃ©versible, une fois la zone supprimÃ©e, elle n'est plus rÃ©cupÃ©rable. +#. **Commentaires** : + Des informations complÃ©mentaires peuvent Ãªtre ajoutÃ©es grÃ¢ce cette fenÃªtre. + Chaque commentaire est liÃ© Ã une **Zone**, il est ainsi possible d'ajouter un + commentaire pour chaque Zone prÃ©alablement dÃ©finie. +#. **Continuer** vers les ports : + Afin de poursuivre la saisie des paramÃštres, cliquer sur **continuer vers + les ports** ou cliquer sur l'onglet Ports dans le menu de gauche. + +ATTENTION : il est possible de crÃ©er des zones population se chevauchant pour une mÃªme population + + +4. **Saisie des ports** +======================= + +Les ports sont utilisÃ©s afin de pouvoir calculer les coÃ»ts de transport. +Un port est contenu dans une maille correspondant Ã la localisation +gÃ©ographique du port. + +Chaque port est localisÃ© exactement sur une maille. + +.. image:: input_07_inputPorts.png + +#. **CrÃ©er** : + On commence toujours par crÃ©er le port avant d'effectuer des modifications. + On clique ici pour crÃ©er un port vide. Une fois le port crÃ©Ã©, il apparaÃ®t + dans la zone de navigation **Choisir un port** et il est possible de le + sÃ©lectionner et de l'Ã©diter. +#. **Nom du port** : + Le nom du port Ã renseigner (Voir remarque sur les noms des objets de la + pÃªcherie.) +#. **Sauver** : + Pour sauver le port, en base. Ne pas oublier de sauver Ã la fin de ces + opÃ©rations. + + A ce stade, le port a Ã©tÃ© crÃ©Ã©, il faut dÃ©sormais lui associer une maille. +#. **Choisir un port** : + Le port dans la zone de navigation des objets de la pÃªcherie. +#. **SÃ©lection de la maille du port** : + SÃ©lectionner la maille oÃ¹ se situe le port en cochant une case ou en les + sÃ©lectionnant directement sur la carte. +#. **La maille du port reprÃ©sentÃ© sur la carte** : + Cliquer sur la maille Ã sÃ©lectionner, elle devient alors verte. +#. **Annuler** : + Pour annuler les changements effectuÃ©s sur le port sÃ©lectionnÃ©. +#. **Supprimer** : + Pour supprimer le port de la pÃªcherie. Attention cette opÃ©ration est + irrÃ©versible, une fois le port supprimÃ©, il ne sera plus rÃ©cupÃ©rable. +#. **Commentaires** : + Des informations complÃ©mentaires peuvent Ãªtre ajoutÃ©es grÃ¢ce Ã cette fenÃªtre. + Chaque commentaire est liÃ© Ã un Port, il est ainsi possible d'ajouter un + commentaire pour chaque Port prÃ©alablement dÃ©fini. +#. **Continuer** vers les espÃšces : + Afin de poursuivre la saisie des paramÃštres, cliquer sur l'onglet + **EspÃšces** dans le menu de gauche. + + +5. **Saisie des espÃšces** +========================= + +.. image:: input_08_inputSpecies.png + +#. **CrÃ©er** une espÃšce : + On commence toujours par crÃ©er l'espÃšce avant de modifier ses + caractÃ©ristiques. On clique ici pour crÃ©er une espÃšce vide. + Une fois l'espÃšce crÃ©Ã©e, elle apparaÃ®t dans la zone de navigation des + objets de la pÃªcherie. Il est possible de la sÃ©lectionner et de l'Ã©diter. +#. **Nom de l'espÃšce** : + On nomme l'espÃšce une fois celle-ci crÃ©Ã©e. (Voir remarque sur les noms des + objets de la pÃªcherie.) +#. **Sauver** : + Permet de sauver en base la nouvelle espÃšce. + Ne pas oublier de sauver Ã la fin de ces opÃ©rations. + + A ce stade, l'espÃšce est crÃ©e, il faut dÃ©sormais terminer la configuration + de ses caractÃ©ristiques. +#. **Nom scientifique** : + Pour renseigner le nom scientifique de l'espÃšce. Le nom commun uniquement sera + utilisÃ© par la suite. La plupart des paramÃštres biologiques Ã dÃ©finir + ensuite dÃ©pendent de la Dynamique choisie. Les populations peuvent soit + avoir une dynamique en Ã¢ge, soit avoir une dynamique en stades (incluant + aussi la structuration en longueur). +#. **Code rubbin** TODO +#. **CEE** TODO +#. **StructurÃ© en age** : + Dynamique de la population en age, cela correspondant au nombre de classes + d'Ã¢ge. +#. **StructurÃ©** en longueur : + Dynamique de la population en longueur, cela correspond au nombre de classes + de longueur. +#. **Commentaires** : + Des informations complÃ©mentaires peuvent Ãªtre ajoutÃ©es grÃ¢ce Ã cette fenÃªtre. + Chaque commentaire est liÃ© Ã une espÃšce, il est ainsi possible d'ajouter un + commentaire pour chaque espÃšce prÃ©alablement dÃ©finie. +#. **Annuler** : + Pour annuler les changements effectuÃ©s sur l'espÃšce sÃ©lectionnÃ©e et revenir + Ã la derniÃšre version sauvegardÃ©e. +#. **Supprimer** : + Pour supprimer l'espÃšce de la pÃªcherie. Attention cette opÃ©ration est + irrÃ©versible, une fois l'espÃšce supprimÃ©e, elle ne sera plus rÃ©cupÃ©rable. +#. **Choisir une espÃšce** : + L'espÃšce dans la zone de navigation des objets de la pÃªcherie. +#. **Continuer** vers les populations : + Afin de poursuivre la saisie des paramÃštres, cliquer sur l'onglet + **Populations** de l'espÃšce dans le menu de gauche. + +6. **Saisie des populations** +============================= + +Les populations sont dÃ©crites au travers de huit onglets. Une fois la population +crÃ©Ã©e, renseignez les diffÃ©rents paramÃštres dans l'ordre suivant : + +.. image:: input_09_inputPopulations.png + +#. onglet de saisie des paramÃštres de base de la population +#. onglet de saisie des zones de la population +#. onglet de saisie des saisons de la population +#. onglet de saisie des Ã©quations de population +#. onglet de saisie des Ã©quations de reproduction de la population +#. onglet de saisie des groupes de populations +#. onglet de saisie des Ã©quations de capturabilitÃ© de la population +#. onglet de saisie des migrations de la population +#. **population** dans la navigation : + Vous pouvez choisir dans la zone de navigation des objets de la pÃªcherie, + les populations Ã Ã©diter. +#. **continuer** + Une fois les modifications sur les populations terminÃ©es, vous pouvez + continuer vers la saisie des engins. + +La saisie des populations requiert la dÃ©finition d'un certain nombre d'Ã©quations +dont voici la liste: + +#. **Ã©quation de croissance** : + Si le dernier groupe est dÃ©fini comme un **groupe plus**, la fonction de + croissance de la population (lorsqu'elle est structurÃ©e en Ã¢ge) et les + paramÃštres correspondant. + + .. image:: inputEquation_00_Growth.png + +#. **Ã©quation de croissance inverse** : + Fonction inverse de la croissance de la population (lorsqu'elle est + structurÃ©e en stade). + + .. image:: inputEquation_01_GrowthReverse.png + +#. **Ã©quation de taux de mortalitÃ© naturelle** : + + .. image:: inputEquation_02_NaturalDeathRate.png + +#. **Ã©quation de poids principal** : + + .. image:: inputEquation_03_MeanWeight.png + +#. **Ã©quation de prix** : + + .. image:: inputEquation_04_Price.png + +#. **Ã©quation de migration** : + + .. image:: inputEquation_05_Migration.png + +#. **Ã©quation d'Ã©migration** : + + .. image:: inputEquation_06_Emigration.png + +#. **Ã©quation d'immigration** : + + .. image:: inputEquation_07_Immigration.png + +#. **Ã©quation de reproduction** : + Une Ã©quation donnant le nombre d'Åufs Ã©mis en fonction de l'abondance des + reproducteurs et d'autres paramÃštres dont, par exemple le coefficient de la + fÃ©conditÃ©. + + .. image:: inputEquation_08_GearSelectivity.png + + +Onglet **Saisie des populations** +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +Les paramÃštres de base incluent tous les paramÃštres biologiques dÃ©finis Ã +l'Ã©chelle de la population. + +.. image:: input_10_inputPopulations_tabBase.png + +#. **Nouveau** : + On commence toujours par crÃ©er une nouvelle population, avant d'en modifier + les caractÃ©ristiques. +#. **Sauver** : + Sauver la population en base. +#. **Annuler** : + Annuler les modifications effectuÃ©es sur la population et revenir sur la + derniÃšre version sauvegardÃ©e. +#. **Supprimer** : + Supprimer la population sÃ©lectionnÃ©e de la pÃªcherie. +#. **Reconstruire** les groupes : + CrÃ©er les groupes de la population. + Cela ouvrira diffÃ©rentes boites de dialogue selon la maniÃšre dont les + populations sont structurÃ©es, ainsi que de la maniÃšre dont l'utilisateur + veut dÃ©crire les classes. TODO (voir figures des dialogues). + + Pour effectuer cette opÃ©ration, il est possible d'avoir besoin des Ã©quations de + croissance et autres. Il faudra alors les avoir prÃ©alablement renseignÃ©es. +#. **Structuration dynamique** : + Une fois que les interfaces concernant les fonctions de croissance ou les + fonctions inverse de croissance ont Ã©tÃ© renseignÃ©es, il est possible de + vÃ©rifier les paramÃštres grÃ¢ce Ã la table. + Si les paramÃštres de croissance ont Ã©tÃ© modifiÃ©s, ne pas oublier de sauver. +#. **Sauver comme modÃšle** : + Pour sauver une Ã©quation de type croissance dans les scripts d'ISIS-Fish (formules/growth TODO) + + Si la fonction de croissance crÃ©Ã©e peut a priori Ãªtre rÃ©utilisÃ©e pour + d'autres espÃšces, il peut Ãªtre utile de la sauver comme modÃšle en + utilisant ce bouton. +#. **Ouvrir l'Ã©diteur** : + Pour ouvrir l'Ã©diteur d'Ã©quation de croissance (voir figure + input_XX_equationGrowth). +#. **Sauver comme modÃšle** : + Pour sauver une Ã©quation de type dÃ©croissance inverse dans les scripts d'ISIS-Fish (formules/reversegrowth TODO) + + Si la fonction de croissance inverse crÃ©Ã©e peut a priori Ãªtre rÃ©utilisÃ©e + pour d'autres espÃšces il peut Ãªtre utile de la sauver comme modÃšle en + utilisant ce bouton. +#. **Ouvrir l'Ã©diteur** : + Pour ouvrir l'Ã©diteur d'Ã©quation de croissance inverse (voir figure + input_XX_equationReverseGrowth). +#. **Nom** : + Pour renseigner le nom de la population (voir remarque sur les noms des + objets d'une pÃªcherie). +#. **Identifant gÃ©ographique** : + Pour renseigner l'identifiant de la population. Un petit commentaire de + description de la population peut Ãªtre ajoutÃ© ici. +#. **Nombre de groupes** : + Une fois les classes de la population crÃ©Ã©es, on voit ici le nombre de + groupes de la population. +#. **Groupe de maturitÃ©** : + Pour choisir le groupe de maturitÃ©. Il faut avoir crÃ©Ã© les classes de la + population avant. Il s'agit de l'Ã¢ge auquel 50% de la population est mature. + + Saisir l'Ã¢ge de maturitÃ© des individus. Cette valeur pourra Ãªtre utilisÃ©e + comme variable dans l'Ã©quation de reproduction. L'Ã¢ge de maturitÃ© est + exprimÃ©e en annÃ©es. +#. **plusGroup** : + Pour dÃ©finir une population de type **plusGroup** + Cocher la case si la derniÃšre classe de la population est dÃ©finie comme un + groupe plus. + Si le dernier groupe est dÃ©finit comme un groupe plus, la fonction de + croissance de la population (lorsqu'elle est structurÃ©e en age) et les + paramÃštres correspondants. +#. **choix Ã©quation croissance** : + Pour choisir l'Ã©quation de croissance Ã utiliser pour la population. +#. **Ã©diteur Ã©quation croissance** : + Pour Ã©diter l'Ã©quation de croissance L'interface de saisie de la fonction + de croissance permettant de calculer la taille en fonction de l'Ã¢ge n'est a + renseigner (et ne sera utilisÃ©e) que dans le cas de populations structurÃ©es + en Ã¢ge. + + Il est possible d'utiliser soit un modÃšle prÃ©dÃ©fini et dans ce cas la seule + opÃ©ration consiste Ã changer les paramÃštres pour ceux correspondant au cas d'Ã©tude. + La seconde option consiste Ã Ã©crire votre propre modÃšle en utilisant l'Ã©diteur. + + Les ages sont exprimÃ©s en annÃ©es (Classe Mature et Age) mais la variable + age dans la fonction de croissance est exprimÃ©e en mois. +#. **choix Ã©quation croissance inverse** : + Pour choisir l'Ã©quation de croissance inverse Ã utiliser pour la population + (lorsqu'elle est structurÃ©e en longueur). + +#. **Ã©diteur Ã©quation croissance inverse** : + Pour Ã©diter l'Ã©quation de croissance inverse. + + Ne renseigner cette partie que si la population est structurÃ©e en stades + (commentaires identique Ã ceux formulÃ©s au dessus pour les fonctions de + croissances et les populations structurÃ©es en Ã¢ge). +#. **commentaires** : + Des informations complÃ©mentaires peuvent Ãªtre ajoutÃ©es grÃ¢ce Ã cette fenÃªtre. + Chaque commentaire est liÃ© Ã une population, il est ainsi possible d'ajouter + un commentaire pour chaque population prÃ©alablement dÃ©finie. + + +Onglet **Saisie des groupes de populations** +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +Permet d'Ã©diter les paramÃštres de chaque groupe de la population. + +.. image:: input_11_inputPopulations_tabGroup.png + +#. **Liste des groupes** : + Cette liste dÃ©roulante contient l'ensemble des groupes connus pour cette + espÃšces (ils ont Ã©tÃ© gÃ©nÃ©rÃ©s pendant la crÃ©ation des classes). +#. **Poids principal** du groupe sÃ©lectionnÃ© : + Il s'agit du poids moyen de la classe (en kg). +#. **Prix** du groupe sÃ©lectionnÃ© : + Il s'agit du prix moyen de la classe (en euros par kg). +#. **Taux de mortalitÃ© naturelle** du groupe sÃ©lectionnÃ© : + Il s'agit du rÃ©sultat de l'Ã©quation de mortalitÃ© naturelle par annÃ©e. +#. **Taux de reproduction** du groupe sÃ©lectionnÃ© : + IntensitÃ© relative de la reproduction durant les mois de la saison de + reproduction (i.e la proportion de matures se reproduisant durant le mois + courant de la saison de reproduction). + autrement dit : nombre d'Åufs - par kg de femelles de la classe (ne pas + oublier de multiplier le poids moyen d'un individu de la classe et par le sexe + ratio dans l'Ã©quation de reproduction). - par femelle (ne pas oublier de + multiplier ensuite par le sexe ratio). - par individus. +#. **Age** du groupe sÃ©lectionnÃ© : + Si la population est structurÃ©e en stades, cette valeur est l'Ã¢ge moyen + d'une classe (en annÃ©es). +#. **Longueur** du groupe sÃ©lectionnÃ© : + Si la population est structurÃ©e en Ã¢ge, cette valeur est la longueur moyenne + de la classe d'Ã¢ge (en ???). +#. **Commentaires** : + permet d'ajouter des commentaires. +#. **Sauver** : + sauver les modifications sur les groupes de la population +#. **Annuler** : + annuler les modifications effectuÃ©es sur les groupes de la population. + + +Onglet **Saisie des Ã©quations de population** +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +.. image:: input_12_inputPopulations_tabEquation.png + +Pour saisir les Ã©quations de mortalitÃ© naturelle, poids principal et prix de la +population. + + +#. **Liste des populations** : + Cette liste dÃ©roulante contient l'ensemble des Ã©quations de mortalitÃ© + naturelles connues pour cette espÃšce. +#. **Ã©quation de taux de mortalitÃ© naturelle** : + Pour Ã©diter sans passer par l'Ã©diteur d'Ã©quations, l'Ã©quation de mortalitÃ© + naturelle. +#. **liste des populations** : + Cette liste dÃ©roulante contient l'ensemble des Ã©quations de poids moyen + connues pour cette espÃšce. +#. **Ã©quation de poids moyen** : + Pour Ã©diter sans passer par l'Ã©diteur d'Ã©quations, l'Ã©quation de poids moyen. +#. **Liste des populations** : + Cette liste dÃ©roulante contient l'ensemble des Ã©quations de prix + connues pour cette espÃšce. +#. **Ã©quation de prix** : + Pour Ã©diter sans passer par l'Ã©diteur d'Ã©quations, l'Ã©quation de prix. +#. **Sauver comme modÃšle** pour Ã©quation de taux de mortalitÃ© naturelle + pour sauver une Ã©quation de type taux de mortalitÃ© naturelle dans les scripts d'ISIS-Fish (formules/NaturalDeathRate TODO) + + Si la fonction crÃ©Ã©e peut a priori Ãªtre rÃ©utilisÃ©e pour d'autres population + il peut Ãªtre utile de la sauver comme modÃšle en utilisant ce bouton. +#. **Ouvrir l'Ã©diteur** pour Ã©quation de taux de mortalitÃ© naturelle : + pour ouvrir l'Ã©diteur d'Ã©quation de croissance (voir figure input_XX_equationNaturalDeathRate TODO). +#. **Sauver comme modÃšle** pour Ã©quation de poids principal + pour sauver une Ã©quation de type poids principal dans les scripts d'ISIS-Fish (formules/meanWeight TODO). + + Si la fonction crÃ©Ã©e peut a priori Ãªtre rÃ©utilisÃ©e pour d'autres population + il peut Ãªtre utile de la sauver comme modÃšle en utilisant ce bouton. +#. **Ouvrir l'Ã©diteur** pour Ã©quation de poids principal + pour ouvrir l'Ã©diteur d'Ã©quation de poids principal(voir figure + input_XX_equationMeanWeight). +#. **Sauver comme modÃšle** pour Ã©quation de prix : + pour sauver une Ã©quation de type prix dans les scripts d'ISIS-Fish (formules/price TODO) + + Si la fonction crÃ©Ã©e peut a priori Ãªtre rÃ©utilisÃ©e pour d'autres population + il peut Ãªtre utile de la sauver comme modÃšle en utilisant ce bouton. +#. **Ouvrir l'Ã©diteur** pour Ã©quation de prix + pour ouvrir l'Ã©diteur d'Ã©quation de prix (voir figure input_XX_equationPrice). +#. **Sauver** + sauver les modifications sur les Ã©quations de la population +#. **Annuler** + annuler les modifications effectuÃ©es sur les Ã©quations de la population et + revenir Ã la derniÃšre version sauvegardÃ©e. + + +Onglet **Saisie des zones de populations** +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +.. image:: input_13_inputPopulations_tabZone.png + +On dÃ©finit ici les zones d'apparition et reproduction + +#. **sÃ©lection des zones** : + Dans cette liste, on retrouve l'ensemble des zones de la pÃªcherie. +#. **SÃ©lection des zones de prÃ©sence** : + Dans cette liste, on retrouve l'ensemble des zones de la pÃªcherie. On doit + sÃ©lectionner les zones de prÃ©sence de la population durant l'annÃ©e. +#. **SÃ©lection des zones de reproduction** : + Dans cette liste, on retrouve l'ensemble des zones de la pÃªcherie. On doit + sÃ©lectionner les zones oÃ¹ se dÃ©rouleront les reproductions. +#. **Ãditeur des correspondances** : + Pour spÃ©cifier les correspondances entre les zones de reproduction, et les + zones de recrutements si il y a plusieurs aires, i.e dÃ©finir la proportion + d'Åufs Ã©mis de la zone de reproduction qui sont recrutÃ©s dans une zone de + recrutement. +#. **Sauver** : + Sauver les modifications effectuÃ©es sur les zones de la population. +#. **Annuler** : + Annuler les modifications effectuÃ©es sur les zones de la population et + revenir Ã la version prÃ©cÃ©dente. + +Onglet **Saisie des saisons** (population en age) +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +On dÃ©finit ici les saisons pour une population structurÃ©e en age. + +.. image:: input_14_inputPopulations_tabSeason.png + +#. **Liste des saisons** : + Cette liste dÃ©roulante contient l'ensemble des saisons actuellement dÃ©finies + pour cette population. +#. **Plage de la saison** : + On dÃ©finit la saison en utilisant le curseur. Les mois en jaune correspondant + aux mois sÃ©lectionnÃ©s de la saison. +#. **Changement de groupe** : + Pour une saison donnÃ©e, si cette case est cochÃ©e, les poissons changeront de + classe le premier mois de la saison. + Pour une population structurÃ©e en age, le changement de groupe ne peut Ãªtre appliquÃ© que sur une seule saison par an. +#. **Reproduction** : + Pour une saison donnÃ©e, si cette case est cochÃ©e, un tableau dÃ©crivant la + distribution de la reproduction apparaÃ®t, chaque cellule doit Ãªtre renseignÃ©e + avec l'intensitÃ© de la reproduction par mois de la saison. +#. **RÃ©partition des apparitions** : + Chaque cellule doit Ãªtre renseignÃ©e avec l'intensitÃ© de la reproduction par + mois de la saison. + Les valeurs dans le tableau ne sont enregistrÃ©es qu'aprÃšs avoir validÃ© en + appuyant sur la touche **EntrÃ©e**. Les paramÃštres ont cependant besoin + d'Ãªtre sauvÃ©s en cliquant sur le bouton **Sauver**. +#. **Commentaires** : + Des informations complÃ©mentaires peuvent Ãªtre ajoutÃ©es grÃ¢ce Ã cette zone. + Chaque commentaire est liÃ© Ã une saison, il est ainsi possible d'ajouter + un commentaire pour chaque saison prÃ©alablement dÃ©finie. +#. **Sauver** : + Permet de sauver les modifications effectuÃ©es sur les saisons de la population. +#. **Annuler** : + Permet d'annuler les modifications effectuÃ©es et de revenir Ã la derniÃšre + version sauvegardÃ©e. +#. **Nouveau** : + On doit toujours commencer par crÃ©er une saison avant d'en modifier le + contenue. Une fois la saison crÃ©Ã©e, on dÃ©finit sa position dans l'annÃ©e. + Deux saisons ne peuvent pas se chevaucher. Par contre une saison peut + commencer une annÃ©e et finir l'annÃ©e suivante (commencer en novembre et finir + en fÃ©vrier de l'annÃ©e suivante par exemple). +#. **Supprimer** : + Permet de supprimer une saison de la population, cette opÃ©ration est + irrÃ©versible, une fois supprimÃ©e la saison n'est plus rÃ©cupÃ©rable. + +Remarque : S'assurer que le changement de groupe n'est cochÃ© que pour une +saison, sinon les poissons pourront changer de classe plus d'une fois par an. + +Onglet **Saisie des saisons** (population en longueur) +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +TODO faire screenshot pour ce type de classe + +On dÃ©finit ici les saisons pour une population structurÃ©e en longueur. + +.. image:: input_14_inputPopulations_tabSeasonStade.png + +#. **Liste des saisons** : + Cette liste dÃ©roulante contient l'ensemble des saisons actuellement dÃ©finies + pour cette population. +#. **Plage de la saison** : + On dÃ©finit la saison en utilisant le curseur. Les mois en jaune correspondant + aux mois sÃ©lectionnÃ©s de la saison. +#. **Reproduction** : + Pour une saison donnÃ©e, si cette case est cochÃ©e, un tableau dÃ©crivant la + distribution de la reproduction apparaÃ®t, chaque cellule doit Ãªtre renseignÃ©e + avec l'intensitÃ© de la reproduction par mois de la saison. +#. **Distribution de la reproduction** : + Chaque cellule doit Ãªtre renseignÃ©e avec l'intensitÃ© de la reproduction par + mois de la saison. + Les valeurs dans le tableau ne sont enregistrÃ©es qu'aprÃšs avoir validÃ© en + appuyant sur la touche **EntrÃ©e**. Les paramÃštres ont cependant besoin + d'Ãªtre sauvÃ©s en cliquant sur le bouton **Sauver**. +#. **Changement de groupe** : + SÃ©lectionner si le changement de classe doit se faire de maniÃšre spatialisÃ©e + ou non (cocher la case appropriÃ©e). + Renseigner la matrice de coefficient de changement de classes. Si la matrice + est spatialisÃ©e, la taille de la matrice sera le nombre de zones de prÃ©sence * le nombre de groupes. + Pour chaque mois le coefficient correspond Ã la proportion d'individus passant + de la classe i (en ligne) Ã la classe j(en colonne). Ces coefficients peuvent + Ãªtre dÃ©finis par zones. + Les valeurs dans le tableau ne sont enregistrÃ©es qu'aprÃšs avoir validÃ© en + appuyant sur la touche **EntrÃ©e**. Les paramÃštres ont cependant besoin + d'Ãªtre sauvÃ©s en cliquant sur le bouton **Sauver**. +#. **Commentaires** : + Des informations complÃ©mentaires peuvent Ãªtre ajoutÃ©es grÃ¢ce Ã cette zone. + Chaque commentaire est liÃ© Ã une saison, il est ainsi possible d'ajouter + un commentaire pour chaque saison prÃ©alablement dÃ©finie. +#. **Sauver** : + Permet de sauver les modifications effectuÃ©es sur les saisons de la population. +#. **Annuler** : + Permet d'annuler les modifications effectuÃ©es et de revenir Ã la derniÃšre + version sauvegardÃ©e. +#. **Nouveau** : + On doit toujours commencer par crÃ©er une saison avant d'en modifier le + contenue. Une fois la saison crÃ©Ã©e on dÃ©finit sa position dans l'annÃ©e. + Deux saisons ne peuvent pas se chevaucher. Par contre une saison peut + commencer une annÃ©e et finir l'annÃ©e suivante (commencer en novembre et finir + en fÃ©vrier de l'annÃ©e suivante par exemple). +#. **Supprimer** : + Permet de supprimer une saison de la population, cette opÃ©ration est + irrÃ©versible, une fois supprimÃ©e la saison n'est plus rÃ©cupÃ©rable. + +Onglet **Saisie de la capturabilitÃ©** +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +Pour chaque groupe et chaque saison, le coefficient de capturabilitÃ© est dÃ©fini +comme la probabilitÃ© d'un individu du groupe, prÃ©sent dans la zone au +cours d'une saison, d'Ãªtre capturÃ© par une unitÃ© d'effort standardisÃ© +appliquÃ©e par un engin non sÃ©lectif. + +.. image:: input_15_inputPopulations_tabCapturability.png + +#. **Ãdition** : + Saisir ces coefficients pour chaque classe et chaque saison. + Les valeurs dans la table ne seront saisies qu'aprÃšs avoir appuyÃ© sur **EntrÃ©e** + (sinon les cellules restent bleues, ce qui signifie qu'elles ne seront pas sauvÃ©es). +#. **Commentaires** : + Pour saisir des commentaire concernant la capturabilitÃ© de la population, ils seront + sauvegardÃ© en mÃªme temps que la population. +#. **Sauver** : + Pour enregistrer les modifications effectuÃ©es sur cet Ã©cran en base. +#. **Annuler** : + Pour annuler les modification effectuÃ©es sur cet Ã©cran et revenir Ã la + derniÃšre version enregistrÃ©e. + +Onglet **Saisie des reproductions** +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +Pour configurer les reproductions et recrutements de la population. + +L'Ã©quation de reproduction est une Ã©quation qui permet de calculer le nombre +d'Åufs produits en fonction de l'abondance des reproducteurs ainsi que +d'autres paramÃštres, pouvant inclure le coefficient de fÃ©conditÃ© et le groupe Mature. + +On dÃ©finit l'Ã©talement de recrutement : Proportion du groupe naissant qui +est effectivement recrutÃ©e chaque mois. +Cet Ã©talement reflÃšte la variabilitÃ© individuelle des Åufs et des larves +dans le dÃ©veloppement d'une cohorte mensuelle. Par dÃ©faut, le recrutement +d'une cohorte dure un mois, cela signifie que tous les individus de la +cohorte recrutent durant le mÃªme mois lorsqu'ils sont prÃšs Ã Ãªtre recrutÃ©s. + +.. image:: input_16_inputPopulations_tabRecruetment.png + +#. **Liste des Ã©quations de reproduction** : + On retrouve dans cette liste dÃ©roulante, l'ensemble des Ã©quation de + reproduction connues dans la pÃªcherie. +#. **Ãditeur de l'Ã©quation de reproduction** : + Pour Ã©diter l'Ã©quation de reproduction sans passer par l'Ã©diteur d'Ã©quation + externe. +#. **Nombre de mois** entre la ponte et le recrutement : + Temps requis au groupe naissant pour Ãªtre recrutÃ©. Cela dÃ©termine le + dÃ©but du recrutement Ã partir de la saison de reproduction. ce paramÃštre peut Ãªtre + Ã©gal Ã 0 (i.e. les juvÃ©niles se recrutent instantanÃ©ment au mois de + reproduction : si reproduction en juin et nombre de mois entre ponte et recrutement = 0 alors recrutement en juin) +#. **Distribution du recrutement** : + Pour modifier les proportions dans la distribution du recrutement. + Par dÃ©faut toutes les valeurs sont Ã zÃ©ro. +#. **Nouvelle matrice** : + Cliquer sur ce bouton afin de faire apparaÃ®tre une boite de dialogue + permettant de dÃ©finir la durÃ©e du recrutement. +#. **Commentaires** : + Des informations complÃ©mentaires peuvent Ãªtre ajoutÃ©es grÃ¢ce Ã cette zone + d'Ã©dition. Chaque commentaire est liÃ© Ã une population, il est ainsi possible + d'ajouter un commentaire pour chaque population prÃ©alablement dÃ©finie. +#. **Sauver comme modÃšle** pour Ã©quation de reproduction : + pour sauver une Ã©quation de type reproduction dans les scripts d'ISIS-Fish (formules/reproduction TODO) + Si la fonction crÃ©Ã©e peut a priori Ãªtre rÃ©utilisÃ©e pour d'autres population + il peut Ãªtre utile de la sauver comme modÃšle en utilisant ce bouton. +#. **Ouvrir l'Ã©diteur** pour l'Ã©quation de reproduction + pour ouvrir l'Ã©diteur d'Ã©quation de reproduction (voir figure + input_XX_equationReproduction). +#. **Sauver** + Sauver les modifications effectuÃ©es. +#. **Annuler** + Annuler les modifications effectuÃ©es et revenir Ã la derniÃšre version + sauvegardÃ©e.. + +Remarque : Si la seule relation disponible est une relation Stock/Recrutement, +il suffit de saisir cette relation dans l'Ã©quation de reproduction et de mettre +la mortalitÃ© naturelle du groupe naissant ainsi que le nombre de mois entre +la reproduction et le recrutement Ã zÃ©ro. + +Onglet **Migration** +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +Saisie des migrations, Ã©migrations et immigrations sur les groupes de la +population. + +Jusqu'Ã la version 2.2.2, les migrations, immigrations et Ã©migrations sont +dÃ©finies comme des coefficients ou des effectifs relatifs Ã chaque classe. +Ã partir de la version 2.2.2, il est possible de dÃ©crire ces migrations Ã +l'aide d'Ã©quations ayant pour arguments les groupes, les zones de dÃ©part et +d'arrivÃ©e et les matrices d'effectifs. + +Les migrations se rÃ©alisent instantanÃ©ment au dÃ©but de la saison sÃ©lectionnÃ©e. +(voir les diffÃ©rents articles sur ISIS-Fish) + +On peut le rÃ©aliser de deux maniÃšres: + +#. en saisissant directement les mouvements de populations +#. en saisissant des Ã©quations dÃ©crivant les mouvements de populations + +Onglet **Migration** (Migration de population) +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +Les migrations se rÃ©alisent instantanÃ©ment au dÃ©but de la saison sÃ©lectionnÃ©e. +(voir les diffÃ©rents articles sur ISIS-Fish) + +Correspond aux migrations entre les zones de la rÃ©gion. + +.. image:: input_17_inputPopulations_tabMigration.png + +#. **SÃ©lection de la saison** : + Liste dÃ©roulante contenant l'ensemble des saisons actuellement enregistrÃ©es + pour l'espÃšce dans la pÃªcherie. Il faut en sÃ©lectionner une pour dÃ©finir une + migration. +#. **SÃ©lection du groupe de population Ã migrer** : + Liste dÃ©roulante contenant l'ensemble des groupes de la population. + Les migrations sont dÃ©taillÃ©es par groupe. On sÃ©lectionne ici le groupe + affectÃ© par l'immigration Ã dÃ©tailler. +#. **SÃ©lection de la zone de dÃ©part** : + Liste dÃ©roulante des zones de dÃ©part parmi les diffÃ©rents aires prÃ©alablement + dÃ©finies. Il faut sÃ©lectionner un zone de dÃ©part pour la classe sÃ©lectionnÃ©e. +#. **Coefficient de migration** : + il s'agit de la proportion du groupe sÃ©lectionnÃ© affectÃ©e par la migration. +#. **SÃ©lection de la zone d'arrivÃ©e** : + Liste dÃ©roulante des zones d'arrivÃ© parmi les diffÃ©rents aires prÃ©alablement + dÃ©finies. Il faut sÃ©lectionner une zone d'arrivÃ©e pour la classe sÃ©lectionnÃ©e. +#. **Ajouter la migration** : + Une fois sÃ©lectionnÃ©s les paramÃštres prÃ©cÃ©demment citÃ©s, on appuie ici pour + crÃ©er la migration; les paramÃštres de la migration apparaissent comme une + ligne dans la table ci-dessous. +#. **Les immigrations enregistrÃ©es** : + Liste des migrations actuellement renseignÃ©es. +#. **Supprimer une migration** : + Pour supprimer une migration prÃ©cÃ©demment ajoutÃ©e. Attention cette opÃ©ration + est irrÃ©versible, une fois supprimÃ©e la migration ne sera plus rÃ©cupÃ©rable. +#. **Commentaires** : + Des informations complÃ©mentaires peuvent Ãªtre ajoutÃ©es grÃ¢ce Ã cette zone + d'Ã©dition. Chaque commentaire est liÃ© Ã une population, il est ainsi possible + d'ajouter un commentaire pour chaque population prÃ©alablement dÃ©finie. +#. **Sauver** : + Sauver les modifications. +#. **Annuler** : + Annuler les modifications effectuÃ©es et revenir Ã la derniÃšre version + enregistrÃ©e.. + +Remarque : Il n'y a pas de test sur les valeurs saisies, faire attention Ã +saisir un coefficient pour les migrations et les Ã©migrations et un nombre pour +les immigrations. Il est en effet possible de saisir Â« 1000 Â» pour un +coefficient de migration sans gÃ©nÃ©rer d'erreur. + +Onglet **Migration** (Immigration) +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +Il s'agit de la proportion de poissons migrant d'en dehors de la rÃ©gion vers la rÃ©gion. + +.. image:: input_19_inputPopulations_tabImmigration.png + +#. **SÃ©lection de la saison** : + Liste dÃ©roulante contenant l'ensemble des saisons actuellement enregistrÃ©es + pour l'espÃšce dans la pÃªcherie. Il faut en sÃ©lectionner une pour dÃ©finir une + immigration. +#. **SÃ©lection du groupe de population Ã immigrer** : + Liste dÃ©roulante contenant l'ensemble des groupes de la population. + Les immigrations sont dÃ©taillÃ©es par groupe. On sÃ©lectionne ici le groupe + affectÃ© par l'immigration Ã dÃ©tailler. +#. **SÃ©lection de la zone d'arrivÃ©e** : + Liste dÃ©roulante des zones d'arrivÃ©e parmi les diffÃ©rents aires prÃ©alablement + dÃ©finies. Il faut sÃ©lectionner un zone d'arrivÃ©e pour le groupe sÃ©lectionnÃ©. +#. **Coefficient d'immigration** : + il s'agit de la proportion du groupe sÃ©lectionnÃ© affectÃ©e par l'immigration. +#. **Ajouter l'immigration** : + Une fois sÃ©lectionnÃ©s les paramÃštres prÃ©cÃ©demment citÃ©s, on appuie ici pour + crÃ©er l'immigration; les paramÃštres de l'immigration apparaissent comme une + ligne dans la table ci-dessous. +#. **Les immigrations enregistrÃ©es** : + Liste des immigrations actuellement renseignÃ©es. +#. **Supprimer une immigration** : + Pour supprimer une immigration prÃ©cÃ©demment ajoutÃ©e. Attention cette opÃ©ration + est irrÃ©versible, une fois supprimÃ©e la migration ne sera plus rÃ©cupÃ©rable. +#. **Commentaires** : + Des informations complÃ©mentaires peuvent Ãªtre ajoutÃ©es grÃ¢ce Ã cette zone + d'Ã©dition. Chaque commentaire est liÃ© Ã une population, il est ainsi possible + d'ajouter un commentaire pour chaque population prÃ©alablement dÃ©finie. +#. **Sauver** : + Sauver les modifications sur les immigrations. +#. **Annuler** : + Annuler les modifications effectuÃ©es et revenir Ã la derniÃšre version + enregistrÃ©e. + +Onglet **Migration** (Migration) +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +Il s'agit de la proportion de poissons migrant hors de la rÃ©gion. + +.. image:: input_18_inputPopulations_tabEmigration.png + +#. **SÃ©lection de la saison** : + Liste dÃ©roulante contenant l'ensemble des saisons actuellement enregistrÃ©e + pour l'espÃšce dans la pÃªcherie. Il faut en sÃ©lectionner une pour dÃ©finir une + Ã©migration. +#. **SÃ©lection du groupe de population Ã Ã©migrer** : + Liste dÃ©roulante contenant l'ensemble des groupes de la population. + Les Ã©migrations sont dÃ©taillÃ©es par groupe. On sÃ©lectionne ici le groupe + affectÃ© par l'Ã©migration Ã dÃ©tailler. +#. **SÃ©lection zone de dÃ©part** : + Liste dÃ©roulante des zones de dÃ©part parmi les diffÃ©rents aires prÃ©alablement + dÃ©finies. Il faut sÃ©lectionner une zone de dÃ©part pour la classe sÃ©lectionnÃ©e. +#. **Coefficient d'Ã©migration** : + Il s'agit de la proportion de la classe sÃ©lectionnÃ©e affectÃ©e par l'Ã©migration. +#. **Ajouter l'Ã©migration** : + Une fois sÃ©lectionnÃ©s les paramÃštres prÃ©cÃ©demment citÃ©s, on appuie ici pour + crÃ©er l'Ã©migration; les paramÃštres de l'Ã©migration apparaissent comme une + ligne dans la table ci-dessous. +#. **Les immigrations enregistrÃ©es** : + Liste des Ã©migrations actuellement renseignÃ©es. +#. **Supprimer une Ã©migration** : + Pour supprimer une Ã©migration prÃ©cÃ©demment ajoutÃ©e. Attention cette opÃ©ration + est irrÃ©versible, une fois supprimÃ©e la migration ne sera plus rÃ©cupÃ©rable. +#. **Commentaires** : + Des informations complÃ©mentaires peuvent Ãªtre ajoutÃ©es grÃ¢ce Ã cette zone + d'Ã©dition. Chaque commentaire est liÃ© Ã une population, il est ainsi possible + d'ajouter un commentaire pour chaque population prÃ©alablement dÃ©finie. +#. **Sauver** : + Sauver les modifications sur les Ã©migrations. +#. **Annuler** : + Annuler les modifications effectuÃ©es et revenir Ã la derniÃšre version + enregistrÃ©e. + +Onglet **Migration** (par Ã©quation) +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +.. image:: input_20_inputPopulations_tabMigrationEquation.png + +#. **SÃ©lection de la saison** : + Liste dÃ©roulante contenant l'ensemble des saisons actuellement enregistrÃ©es + pour l'espÃšce dans la pÃªcherie. Il faut en sÃ©lectionner une pour dÃ©finir une + migration-Ã©migration ou immigration. +#. pour utiliser le mode Ã©quation, il faut cocher ici. +#. **SÃ©lection Ã©quation de migration** : + Liste dÃ©roulante contenant l'ensemble des Ã©quations de migration connues + dans la pÃªcherie. +#. **Ãditeur Ã©quation de migration** : + Pour Ã©diter l'Ã©quation de migration sans passer par l'Ã©diteur d'Ã©quations + externe. +#. **SÃ©lection Ã©quation d'Ã©migration** : + Liste dÃ©roulante contenant l'ensemble des Ã©quations d'Ã©migration connues + dans la pÃªcherie. +#. **Ãditeur Ã©quation de Ã©migration** : + Pour Ã©diter l'Ã©quation d'Ã©migration sans passer par l'Ã©diteur d'Ã©quations + externe. +#. **SÃ©lection Ã©quation d'immigration** : + Liste dÃ©roulante contenant l'ensemble des Ã©quations d'immigration connues + dans la pÃªcherie. +#. **Ãditeur Ã©quation d'immigration** : + Pour Ã©diter l'Ã©quation d'immigration sans passer par l'Ã©diteur d'Ã©quations + externe. +#. **Sauver comme modÃšle** pour Ã©quation de migration + pour sauver une Ã©quation de type migration dans les scripts d'IsisFish (formules/migration TODO) + Si la fonction crÃ©Ã©e peut a priori Ãªtre rÃ©utilisÃ©e pour d'autres population + il peut Ãªtre utile de la sauver comme modÃšle en utilisant ce bouton. +#. **Ouvrir l'Ã©diteur** pour Ã©quation de migration : + pour ouvrir l'Ã©diteur d'Ã©quation de migration (voir figure inputEquation_XX_migration). +#. **Sauver comme modÃšle** pour Ã©quation d'Ã©migration : + pour sauver une Ã©quation de type Ã©migration dans les scripts d'IsisFish (formules/emigration TODO) + Si la fonction crÃ©Ã©e peut a priori Ãªtre rÃ©utilisÃ©e pour d'autres population + il peut Ãªtre utile de la sauver comme modÃšle en utilisant ce bouton. +#. **Ouvrir l'Ã©diteur** pour Ã©quation d'Ã©migration : + pour ouvrir l'Ã©diteur d'Ã©quation d'Ã©migration (voir figure inputEquation_XX_emigration). +#. **Sauver comme modÃšle** pour Ã©quation de immigration : + pour sauver une Ã©quation de type immigration dans les scripts d'IsisFish (formules/immigration TODO) + Si la fonction crÃ©Ã©e peut a priori Ãªtre rÃ©utilisÃ©e pour d'autres population + il peut Ãªtre utile de la sauver comme modÃšle en utilisant ce bouton. +#. **Ouvrir l'Ã©diteur** pour Ã©quation de immigration : + pour ouvrir l'Ã©diteur d'Ã©quation de migration (voir figure inputEquation_XX_immigration). +#. **Commentaires** : + Des informations complÃ©mentaires peuvent Ãªtre ajoutÃ©es grÃ¢ce Ã cette zone + d'Ã©dition. Chaque commentaire est liÃ© Ã une population, il est ainsi possible + d'ajouter un commentaire pour chaque population prÃ©alablement dÃ©finie. +#. **Sauver** + Sauver les modifications sur les Ã©quations. +#. **Annuler** : + Pour annuler les modifications effectuÃ©es et revenir Ã la derniÃšre version enregistrÃ©e. + + +7. **Saisie des engins** +======================== + +La saisie d'un engin se compose de deux onglets: + +#. **Engin** : pour renseigner les caratÃ©ristiques gÃ©nÃ©rales de l'engin. +#. **SÃ©lectivitÃ©** : pour renseigner les caractÃ©ristisques de sÃ©lectivitÃ© de + l'engin (assocation equation de sÃ©lectivite - pouplation). + +Onglet **Engin** +~~~~~~~~~~~~~~~~ + +.. image:: input_21_inputEngins.png + +#. **Nouvel engin** : + On commence toujours par crÃ©er l'engin, avant de renseigner ces caractÃ©ristiques. +#. **Nom de l'engin** : + le nom de l'engin (il faut utiliser de prÃ©fÃ©rence un nom standardisÃ© comme + pour tous les objets de la pÃªcherie). +#. **UnitÃ© d'effort** : + pour renseigner l'unitÃ© dans laquelle est mesurÃ©e l'effort. +#. **Facteur de standardisation** : + facteur permettant de standardiser l'effort de pÃªche entre les diffÃ©rents + engins (rÃ©el positif). +#. **ParamÃštre technique** : le nom du paramÃšre technique se rÃ©fÃ©rent Ã l'engin (maille, nombre d'hameÃ§ons...) qui pourra intervenir dans l'Ã©quation de selectivitÃ© ou Ãªtre modifiÃ© par une rÃšgle de gestion +#. **Type de valeur** : + pour dÃ©finir le type des valeurs de l'intervalle renseignÃ© ci-dessous. +#. **Intervalle de valeurs** : + Valeurs possibles du paramÃštres est l'intervalle des valeurs pouvant Ãªtre + prises par le paramÃštre technique. Cela peut se prÃ©senter sous la forme + d'une liste de valeurs (pour les paramÃštres discrets (sÃ©parÃ©s par des ";")) ou d'un intervalle (pour les paramÃštres continus (sÃ©parÃ©s par un "-")). Ces valeurs sont renseignÃ©es Ã titre informatif et non utilisÃ©es dans le moteur de simulation. + Ex: + 80-100 + ou 10;30;50 + ou petit;moyen;grand +#. **Commentaires** : + Pour permettre de saisir des commentaires propres Ã cet engin. Ils seront + sauvegarder en base lors de la sauvegarde de l'engin. +#. **Sauver** : + Sauver les modifications apportÃ©s sur l'engin. +#. **Annuler** : + Annuler les modifications effectuÃ©es depuis la derniÃšre suavegarde. +#. **Supprimer** : + Pour supprimer un engin de la pÃªcherie. Attention cette opÃ©ration est + irrÃ©versible, une fois supprimÃ©, l'engin n'est pas rÃ©cupÃ©rable. +#. **engins dans la navigation** : + positionnement de l'engin dans les objets de la pÃªcherie. +#. **Continuer** vers les mÃ©tiers : + Une fois le paramÃ©trage de l'engin terminÃ©, continuer vers la prochaine Ã©tape + de la configuration de la pÃªcherie : les mÃ©tiers. + +Onglet **SÃ©lectivitÃ©** +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +L'Ã©quation de sÃ©lectivitÃ© dÃ©finie pour chaque espÃšce pouvant Ãªtre capturÃ©e +par l'engin. + +La sÃ©lectivitÃ© doit Ãªtre saisie pour chaque population susceptible d'Ãªtre +capturÃ©e par l'engin. + +.. image:: input_22_inputEnginsSelectivity.png + +#. **SÃ©lection de la population** : + Dans cette liste dÃ©roulante, sont reprÃ©sentÃ©es les populations connues de la + pÃªcherie. +#. **SÃ©lection de l'Ã©quation de sÃ©lectivitÃ©** : + Dans cette liste dÃ©roulante, on retrouve l'ensemble des Ã©quation de + sÃ©lectivitÃ©s connues dans la pÃªcherie. Quand vous sauvegarderez l'engin, + l'Ã©quation utilisÃ©e sera ajoutÃ©e ici (s'il s'agit d'une nouvelle Ã©quation). + Si l'Ã©quation de sÃ©lectivitÃ© Ã appliquer Ã la population a dÃ©jÃ Ã©tÃ© saisie + pour une autre population, la sÃ©lectionner parmi les Ã©quation existantes. +#. **Ãditeur de l'Ã©quation de sÃ©lectivitÃ©** : + Pour Ã©diter dans la fenÃªtre de configuration de l'engin l'Ã©quation de + sÃ©lectivitÃ© sans ouvrir l'Ã©diteur d'Ã©quation. +#. **Sauver comme modÃšle** : + permet de sauvegarder une Ã©quation comme modÃšle, qui peut Ãªtre ensuite + rÃ©utilisÃ©e ailleurs. +#. **Ouvrir dans l'Ã©diteur** d'Ã©quation de sÃ©lectivitÃ© : + Pour Ã©diter dans l'Ã©diteur d'Ã©quation l'Ã©quation de sÃ©lectivitÃ©.(TODO figure) +#. **Ajouter** : + Permet d'ajouter une association Ã©quation de sÃ©lectivitÃ© - population. +#. **Liste ajoutÃ©s** : + On retrouve ici l'ensemble des associations Ã©quations de sÃ©lectivitÃ© - population + ajoutÃ©s dans la pÃªcherie pour cet engin. +#. **Supprimer** : + Pour supprimer une association Ã©quation de sÃ©lectivitÃ©- population + prÃ©cÃ©demment ajoutÃ©e Ã l'engin. +#. **Sauver** : + Sauver les modifications. +#. **Annuler** : + Annuler les modifications effectuÃ©es. +#. **Engins dans la navigation** : + Position de l'engin dans l'arborescence de navigation des objets de la pÃªcherie. +#. **Continuer** vers les mÃ©tiers + Une fois le paramÃ©trage de l'engin terminÃ©, continuer vers la prochaine Ã©tape + de la configuration de la pÃªcherie : les mÃ©tiers. + +8. **Saisie des mÃ©tiers** +========================= + +Trois diffÃ©rents onglets sont disponibles afin de dÃ©crire les mÃ©tiers: + +#. **MÃ©tier** : oÃ¹ les caractÃ©ristiques du mÃ©tier sont entrÃ©es. +#. **Saison/Zones** : oÃ¹ sont spÃ©cifiÃ©es les saisons et zones + correspondant Ã la description du mÃ©tier. +#. **EspÃšces capturables** : oÃ¹ sont dÃ©crites les espÃšces capturÃ©es. + +Onglet **MÃ©tier** +~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +.. image:: input_23_inputMetiers.png + +#. **Nouveau** : + On commence toujours par ajouter un mÃ©tier avant de renseigner ses caractÃ©ristiques. + Une fois ajoutÃ©, le mÃ©tier apparaÃ®t dans la zone de navigation des objets de + la pÃªcherie. +#. **Nom du mÃ©tier** : + Le nom donnÃ© pour ce mÃ©tier (comme pour tous les objets, il faut que ce soit + un nom normÃ©, puisque sauvÃ© en base). +#. **Engin** : + Dans cette liste dÃ©roulante, on retrouve l'ensemble des engins connus de la + pÃªcherie. Il faut en sÃ©lectionner un car un mÃ©tier est liÃ© Ã un engin. +#. **Valeurs** : + La valeur du paramÃštre contrÃŽlable est la valeur du paramÃštre technique + utilisÃ©e par le mÃ©tier. Cette valeur doit Ãªtre sÃ©lectionnÃ©e parmi les valeurs + possibles du paramÃštre. +#. **Commentaires** : + Des informations complÃ©mentaires peuvent Ãªtre ajoutÃ©es grÃ¢ce cette zone. + Chaque commentaire est liÃ© Ã un mÃ©tier, il est ainsi possible d'ajouter un + commentaire pour chaque mÃ©tier prÃ©alablement dÃ©fini. +#. **Sauver** : + Pour sauvegarder ce mÃ©tier en base. +#. **Annuler** : + Pour annuler toutes les modifications et revenir Ã la derniÃšre sauvegarde. +#. **Supprimer** : + Permet de supprimer un mÃ©tier de la pÃªcherie. Attention cette opÃ©ration est + irrÃ©versible, une fois le mÃ©tier supprimÃ©, il ne sera plus rÃ©cupÃ©rable. +#. **MÃ©tier** dans la zone de navigation : + Positionnement du mÃ©tier dans la navigation des objets de la pÃªcherie. +#. **Continuer** vers les types de trajets : + Une fois terminÃ©e la configuration des mÃ©tiers, on passe Ã la prochaine Ã©tape + de la saisie, Ã savoir la configuration des types de trajets (ou marÃ©es). + + +Onglet **Saison/zones** +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +.. image:: input_24_inputMetiersSeasonZone.png + +#. **Nouveau** : + Toujours commencer par ajouter une nouvelle association saison-zone. Une fois + celle-ci ajoutÃ©e, une nouvelle entrÃ©e est ajoutÃ© dans la liste de sÃ©lection + des saisons. +#. **SÃ©lectionnez une saison** : + Dans cette liste dÃ©roulante sont reprÃ©sentÃ©es les associations saisons-zones + ajoutÃ©es pour ce mÃ©tier. +#. **Saison** : + DÃ©finir un ensemble de mois durant lesquels le mÃ©tier est pratiquÃ© en utilisant + le curseur et les cellules jaunes/bleue (jaune: le mois est inclus dans la + saison, bleu: il ne l'est pas). +#. **Zones sÃ©lectionnÃ©es** : + Dans cette liste, on retrouve l'ensemble des zones de la pÃªcherie. + SÃ©lectionner les zones dans lesquelles le mÃ©tier est pratiquÃ© pendant la + saison dÃ©finie parmi les zones prÃ©dÃ©finies. +#. **Commentaires** : + Des informations complÃ©mentaires peuvent Ãªtre ajoutÃ©es grÃ¢ce Ã cette zone. + Chaque commentaire est liÃ© Ã une saison, il est ainsi possible d'ajouter un + commentaire pour chaque saison prÃ©alablement dÃ©finie. +#. **Sauver** : + Pour sauvegarder en base, les modifications apportÃ©es Ã l'Ã©cran. +#. **Annuler** : + Pour annuler les modifications depuis la derniÃšre sauvegarde. +#. **Supprimer** : + Permet de supprimer une association Saison-Zone pour le mÃ©tier en cours de modification. + Attention, cette opÃ©ration est irrÃ©versible, une fois supprimÃ©e, l'association + n'est plus rÃ©cupÃ©rable. +#. **mÃ©tier** dans la zone de navigation : + Positionnement du mÃ©tier dans la navigation des objets de la pÃªcherie. +#. **Continuer** vers les types de trajets : + Une fois terminÃ©e la configuration des mÃ©tiers, on passe Ã la prochaine Ã©tape + de la saisie, Ã savoir configuration des types de trajets (ou marÃ©es). + +Onglet **EspÃšces capturables** +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +Le **Facteur de ciblage** quantifie la maniÃšre avec laquelle un mÃ©tier cible +la population. Cela comprend la puissance de pÃªche, le calibrage des engins, +etc. (voir les diffÃ©rents articles sur ISIS-Fish). +Pour une population donnÃ©e, il peut Ãªtre vu comme le ratio des captures entre +deux mÃ©tiers pÃªchant au mÃªme endroit, au mÃªme moment avec le mÃªme engin. + +.. image:: input_25_inputMetierCapturability.png + +#. **SÃ©lectionnez une saison** : + Dans cette liste dÃ©roulante apparaÃ®t l'ensemble des saisons dÃ©finies dans + l'onglet prÃ©cÃ©dent. Il faut sÃ©lectionner une. +#. **Choix de l'espÃšce** : + Dans cette liste dÃ©roulante, on retrouve l'ensemble des espÃšces de population + connues parmi les populations du cas d'Ã©tude.. +#. **Facteur de ciblage** + Dans cette liste dÃ©roulante, on retrouve l'ensemble des facteurs cibles. + Il faut en sÃ©lectionner un. +#. **Ãditeur Ã©quation Facteur ** + Pour Ã©diter une Ã©quation de **facteur cible** sans utiliser l'Ã©diteur externe + d'Ã©quation. +#. **Sauver comme modÃšle** + Permet de sauvegarder l'Ã©quation saisie dans la zone prÃ©cÃ©dente en tant que + modÃšle et la rendre ainsi rÃ©utilisable. +#. **Ouvrir l'Ã©diteur** + Permet d'ouvrir l'Ã©diteur externe d'Ã©quation de facteur cible. +#. **EspÃšces principales pour le mÃ©tier** + Permet de spÃ©cifier si l'espÃšce actuellement sÃ©lectionnÃ©e est une capture + principale pour ce mÃ©tier. +#. **Ajouter** : + Une fois sÃ©lectionnÃ©e la saison, l'espÃšce et le facteur cible, on appuie sur + ce bouton afin d'ajouter l'association. Elle sera alors ajoutÃ©e dans la table + juste en dessous. +#. **EspÃšces ajoutÃ©es** : + On retrouve ici l'ensemble des associations ajoutÃ©es pour ce mÃ©tier. + + Tip : en cliquant sur la cellule facteur cible d'une des entrÃ©es l'Ã©diteur + d'Ã©quations externe s'ouvre avec l'Ã©quation correspondante. +#. **Sauver** : + Pour sauvegarder en base, les modifications apportÃ©s Ã l'Ã©cran. +#. **Annuler** : + Pour annuler les modifications depuis la derniÃšre sauvegarde. +#. **Supprimer** : + Permet de supprimer une association Saison-Zone pour le mÃ©tier en cours. + Attention, cette opÃ©ration est irrÃ©versible, une fois supprimÃ©e, l'association + n'est plus rÃ©cupÃ©rable. +#. **Continuer** vers les types de trajets : + Une fois terminÃ©e la configuration des mÃ©tiers, on passe Ã la prochaine Ã©tape + de la saisie, Ã savoir configuration des types de trajets (ou marÃ©es). + +Remarque : Il n'y a pas de test sur le facteur de ciblage, il est possible +d'ajouter plusieurs facteurs de ciblage pour le mÃªme mÃ©tier et la mÃªme espÃšce +pour la mÃªme pÃ©riode sans gÃ©nÃ©rer d'erreur. + + +9. **Saisie des marÃ©es** +======================== + +.. image:: input_26_inputTripType.png + +#. **Nouveau** type de trajet : + On commence toujours par ajouter un nouveau type de trajet avant d'en modifier + ses caractÃ©ristiques. Une fois le type de trajet crÃ©Ã©, il apparaÃ®t dans la + zone de navigation des objets de la pÃªcherie avec un nom initialement gÃ©nÃ©rique. +#. **Nom** du type de trajet : + Pour modifier le nom d'un type de trajet +#. **DurÃ©e** du trajet : + Pour indiquer le nombre d'heures en mer par marÃ©e. +#. **Temps minimal entre deux voyages** : + Pour indiquer la durÃ©e minimale entre deux voyages pour ce type de trajet (en jours). +#. **Commentaires** : + Des informations complÃ©mentaires peuvent Ãªtre ajoutÃ©es grÃ¢ce Ã cette zone. + Chaque commentaire est liÃ© Ã un type de marÃ©e, il est ainsi possible d'ajouter + un commentaire pour chaque type de marÃ©e prÃ©alablement dÃ©fini. +#. **Sauver** : + Pour sauvegarder en base les caractÃ©ristiques de ce type de trajet. +#. **Annuler** : + Permet d'annuler les modifications depuis la derniÃšre sauvegarde du type de + trajet. +#. **Supprimer** : + Pour supprimer ce type de trajet de la pÃªcherie. Attention cette opÃ©ration + est irrÃ©versible, une fois un type de trajet supprimÃ©, il ne sera plus + rÃ©cupÃ©rable. +#. **Continuer** vers les types de navires + Une fois terminÃ©es les modifications sur les types de trajets de la pÃªcherie, + on passe Ã l'Ã©tape suivante de la configuration : les types de navires. + +10. **Saisie des types de navires** +=================================== + +.. image:: input_27_inputVesselTypes.png + +#. **Nom** du type de navire : + Pour indiquer le nom du type de navire. Ce nom doit Ãªtre normalisÃ© comme le + nom de tous les objets de la pÃªcherie. +#. **Longueur** : + Longueur moyenne (en m) d'un bateau appartenant Ã ce type de bateau. +#. **Vitese** : + Permet de dÃ©finir la vitesse moyenne de ce type de navire (en km.h-1). +#. **DurÃ©ee maximale du trajet** : + Pour dÃ©finir la durÃ©e maximale du trajet en jours. +#. **Intervalle d'activitÃ©**: + Pour dÃ©finir le temps d'activitÃ© d'un bateau TODO Revoir +#. **Taille minimale d'Ã©quipage** : + Pour dÃ©finir la taille minimale de l'Ã©quipage d'un navire de ce type (en nombre de personnes). +#. **CoÃ»t d'un trajet en fuel** : + Permet de dÃ©finir le coÃ»t en fuel d'un trajet pour un navire de ce type. +#. **Type de trajet** : + Dans cette liste apparaissent tous les types de trajets connus dans la pÃªcherie. + Un type de trajet doit Ãªtre sÃ©lectionnÃ©. +#. **Commentaires** : + Des informations complÃ©mentaires peuvent Ãªtre ajoutÃ©es grÃ¢ce Ã cette zone. + Chaque commentaire est liÃ© Ã un type de bateau, il est ainsi possible d'ajouter + un commentaire pour chaque type de bateau prÃ©alablement dÃ©fini. +#. **Sauver** : + Pour sauver le type de navire. +#. **Nouveau** : + Permet de construire un nouveau type de navire. C'est l'action Ã rÃ©aliser + en premier avant toute modification des caractÃ©ristiques de ce type de navire. + Une fois crÃ©e, le type de navire apparaÃ®t dans la zone de navigation des + objets de la pÃªcherie. +#. **Annuler** : + Pour annuler les modifications effectuÃ©es et revenir Ã la derniÃšre version + sauvegardÃ©e. +#. **Supprimer** : + Pour supprimer le type de navire de la base. Attention, cette opÃ©ration est + irrÃ©versible et une fois supprimÃ©, le type de navire n'est plus rÃ©cupÃ©rable. +#. **Continuer** vers les ensembles de navires : + Une fois terminÃ©es les modifications sur les types de navires de la pÃªcherie, + on passe Ã l'Ã©tape suivante de la configuration : les flottilles. + +11. **Saisie des flottilles** +============================= + +Trois onglets permettent de dÃ©crire les flottilles: + +#. **CaractÃ©ristiques** qui permet de dÃ©crire les caractÃ©ristiques de la flottille +#. **MÃ©tiers pratiquÃ©s** qui permet de dÃ©tailler les diffÃ©rents mÃ©tiers possibles. +#. **ParamÃštres des mÃ©tiers** qui permet de dÃ©tailler les coÃ»ts associÃ©s Ã chaque mÃ©tier pratiquÃ©. + +Onglet **CaractÃ©ristiques** +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +.. image:: input_28_inputVessels.png + +#. **Nouveau** : + On commence toujours par crÃ©er une flottille avant d'en modifier les + caractÃ©ristiques. Une fois crÃ©e, la flottille apparaÃ®t dans la zone de + navigation des objets de la pÃªcherie avec un nom gÃ©nÃ©rique. +#. **Nom** : + Pour modifier le nom de la flottille. +#. **Port** d'attache : + Dans cette liste dÃ©roulante apparaissent les diffÃ©rents ports connus dans la + pÃªcherie. Il faut sÃ©lectionner un port d'attache par flottille. +#. **Type de navire** : + Dans cette liste dÃ©roulante apparaissent les diffÃ©rents type de navires + connus dans la pÃªcherie. Il faut en sÃ©lectionner un pour dÃ©finir le type de + navires dont est composÃ©e le flottille. +#. **Nombre de navires** : + Pour indiquer le nombre de navire dont est composÃ© la flottille. +#. **CoÃ»ts fixe** : + Pour renseigner les **coÃ»ts fixes** imputÃ©s Ã chaque propriÃ©taire d'un + bateau de la flottille en euros par an. +#. **Commentaires** : + Des informations complÃ©mentaires peuvent Ãªtre ajoutÃ©es grÃ¢ce Ã cette zone. + Chaque commentaire est liÃ© Ã une flottille, il est ainsi possible d'ajouter + un commentaire pour chaque flottille prÃ©alablement dÃ©finie. +#. **Sauver** : + Pour sauvegarder les modifications effectuÃ©es sur la flottille. +#. **Annuler** : + Permet d'annuler les modifications effectuÃ©es depuis la derniÃšre sauvegarde. +#. **Supprimer** : + Pour supprimer la flottille de la pÃªcherie. Attention cette opÃ©ration est + irrÃ©versible, une fois supprimÃ©e la flottille ne sera pus rÃ©cupÃ©rable. +#. **flottilles** dans la navigation : + Position de la flottille dans la zone de navigation des objet de la pÃªcherie. +#. **continuer** vers les stratÃ©gies : + Une fois terminÃ©es les modifications sur les flottilles de la pÃªcherie, on + passe Ã la derniÃšre Ã©tape de la configuration : les stratÃ©gies. + +Onglet **MÃ©tiers pratiquÃ©s** +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +.. image:: input_29_inputVesselsEffortDescription.png + +#. **SÃ©lection du mÃ©tier** : + Dans cette liste apparaissent la liste des mÃ©tiers connues dans la pÃªcherie. + Il faut en sÃ©lectionner en pour l'ajouter Ã la flottille et le paramÃ©trer. +#. **Ajouter** : + On ajoute les diffÃ©rents mÃ©tiers susceptibles d'Ãªtre opÃ©rÃ©s lors d'une marÃ©e + en sÃ©lectionnant le mÃ©tier dans la liste des diffÃ©rents mÃ©tier. +#. **MÃ©tiers pratiquÃ©s** : + Liste des mÃ©tiers pratiquÃ©s par la flottille. +#. **Supprimer** : + Pour supprimer un mÃ©tier de la pÃªcherie. Attention cette opÃ©ration est + irrÃ©versible, une fois supprimÃ©, le mÃ©tier n'est plus rÃ©cupÃ©rable. +#. **Sauver** : + Pour sauvegarder les modifications effectuÃ©es sur l'engin. +#. **Annuler** : + Pour annuler les modifications effectuÃ©es depuis la derniÃšre sauvegarde. +#. **Continuer** vers les stratÃ©gies : + Une fois terminÃ©es les modifications sur les flottilles de la pÃªcherie, + on passe Ã la derniÃšre Ã©tape de la configuration : les stratÃ©gies. + +Onglet **ParamÃštres des mÃ©tiers** +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +.. image:: input_29_inputVesselsEffortDescriptionParameters.png + +#. **MÃ©tiers** : + SÃ©lectionnez un des mÃ©tiers pratiquÃ©s par la flottille pour entrer ses paramÃštres. +#. **OpÃ©ration de pÃªche** : + Pour dÃ©finir le nombre d'opÃ©rations de pÃªche par jour pour ce mÃ©tier et + cette flottille. +#. **DurÃ©e de la pÃªche** : + Pour dÃ©finir la durÃ©e d'une opÃ©ration de pÃªche en heure pour ce mÃ©tier et + cette flottille. +#. **Nombre d'engins par opÃ©ration** : + Pour indiquer le nombre d'engins Ã utiliser par opÃ©ration de pÃªche pour ce + mÃ©tier et cette flottille. +#. **Taille de l'Ã©quipage** : + Pour indiquer la taille de l'Ã©quipage d'une pÃªche pour ce mÃ©tier et cette flottille. +#. **CoÃ»t unitaire de la pÃªche** : + Pour indiquer le coÃ»t unitaire de la pÃªche, Ã savoir le carburant, l'huile + et glace pour un bateau de cette flottille pratiquant ce mÃ©tier (en euros par opÃ©ration de pÃªche). +#. **Salaire d'Ã©quipage fixe** : + Pour indiquer la part fixe du salaire de l'Ã©quipage de cette flottille + pratiquant ce mÃ©tier (en euros par mois). +#. **CoÃ»t de l'alimentation pour l'Ã©quipage** : + Pour indiquer le coÃ»t de l'alimentation pour l'Ã©quipage pour un bateau de + cette flottille pratiquant ce mÃ©tier. +#. **Taux de partage de l'Ã©quipage** : + Pour indiquer la part variable du salaire de l'Ã©quipage pour un bateau de + cette flottille pratiquant ce mÃ©tier. +#. **CoÃ»t de maintenance de l'engin** : + Pour renseigner le coÃ»t de rÃ©paration et de maintenance des engins de pÃªche + par jour pour un bateau de cette flottille pratiquant ce mÃ©tier (en euros + par jour). +#. **CoÃ»t de revient Ã terre** : + Pour renseigner le coÃ»t de dÃ©barquement (taux) liÃ© au mÃ©tier et au port + de la stratÃ©gie. +#. **Autres coÃ»ts** : + Pour indiquer les autres coÃ»ts d'exploitation de cette flottille pratiquant + ce mÃ©tier (en euros par heure). + +Remarque : Tous les paramÃštres Ã©conomiques n'ont pas besoin d'Ãªtre renseignÃ©s +afin de faire tourner une simulation, il est possible de faire tourner une +simulation (avec uniquement la partie biologique du modÃšle), en laissant les +coÃ»ts Ã zÃ©ro (valeurs par dÃ©faut). + +12. **Saisie des stratÃ©gies** +============================= + +Deux onglets permettent de dÃ©crire les stratÃ©gies: + +#. **cararctÃ©ristiques** de la stratÃ©gie +#. **description des informations mensuelles** + +Onglet **CaractÃ©ristiques** +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +.. image:: input_30_inputStrategies.png + +#. **Nouveau** : + On commence toujours par crÃ©e une stratÃ©gie avant d'en modifier les + caractÃ©ristiques. Une fois crÃ©Ã©e, la stratÃ©gie apparaÃ®t dans la zone de + navigation des objets de la pÃªcherie avec un nom gÃ©nÃ©rique. +#. **Nom de la stratÃ©gie** : + Pour indiquer le nom de la stratÃ©gie, comme les autres noms d'objets dans + la pÃªcherie, il est prÃ©fÃ©rable que le nom soit normalisÃ©. +#. **SÃ©lection de la flottille** : + Dans cette liste dÃ©roulante, on affiche l'ensemble des flottilles connues pour + la pÃªcherie. Il faut en sÃ©lectionner une pour l'associer Ã la stratÃ©gie + courante. +#. **Proportion de la flottille** : + Pour renseigner la proportion du nombre de bateaux de la flottille qui suivent + cette stratÃ©gie. +#. **Commentaires** : + Des informations complÃ©mentaires peuvent Ãªtre ajoutÃ©es grÃ¢ce Ã cette zone. + Chaque commentaire est liÃ© Ã une stratÃ©gie, il est ainsi possible d'ajouter + un commentaire pour chaque stratÃ©gie prÃ©alablement dÃ©finie. +#. **Sauver** : + Pour sauvegarder les modifications effectuÃ©es sur la stratÃ©gie. +#. **Annuler** : + Pour annuler les modifications effectuÃ©es depuis la derniÃšre sauvegarde. +#. **Supprimer** : + Pour supprimer une stratÃ©gie de la pÃªcherie. Attention cette opÃ©ration est + irrÃ©versible, une fois supprimÃ©e, la stratÃ©gie n'est plus rÃ©cupÃ©rable. +#. **StratÃ©gies** dans la navigation : + Position de la stratÃ©gie dans la zone de navigation des objets de la pÃªcherie. + + +Onglet **Saisie des mois** +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +.. image:: input_31_inputStrategiesMonthInfo.png + +Cet Ã©cran permet de dÃ©crire par mois la stratÃ©gie. On retrouve douze zones pour +configurer chaque mois. On dÃ©crit ici la configuration d'un mois. + +#. **SÃ©lection du type de trajet** : + Dans cette liste dÃ©roulante sont affichÃ©s les types de trajet connus dans la + pÃªcherie. Il faut en sÃ©lectionner un afin de pouvoir configurer pour + le mÃ©tier associÃ© Ã l'engin pour ce mois. Une fois sÃ©lectionnÃ©, on voit + s'afficher juste en dessous le nombre de trajets possibles calculÃ© pour ce mois. +#. **Nombre de jours d'inactivitÃ©s** : + Une fois un type de trajet sÃ©lectionnÃ©, on peut renseigner ici le nombre + minimum de jours d'inactivitÃ©, correspondant au nombre minimal de jours + d'inactivitÃ© dans le mois pour un bateau pratiquant cette stratÃ©gie le mois + donnÃ©. +#. **Proportion** : + Pour renseigner la proportion du temps passÃ© par les bateaux de la stratÃ©gie + pour un mÃ©tier et un mois donnÃ©. (rÃ©el entre 0 et 1). +#. **Sauver** : + Pour sauvegarder les modifications effectuÃ©s sur cet Ã©cran. +#. **Annuler** : + Pour annuler les modifications effectuÃ©s sur cet Ã©cran. \ No newline at end of file Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/introduction.rst =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/introduction.rst (rev 0) +++ isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/introduction.rst 2010-05-31 18:03:57 UTC (rev 3045) @@ -0,0 +1,108 @@ +Introduction +============ + +Objectifs +--------- + +La plupart des pÃªcheries sont des systÃšmes complexes en raison de la +diversitÃ© des ressources exploitÃ©es (multispÃ©cifique) et des activitÃ©s +de pÃªche (multiflottille). Ces pÃªcheries sont dites mixtes ou +composites. La complexitÃ© des pÃªcheries provient aussi des +hÃ©tÃ©rogÃ©nÃ©itÃ©s spatiales et saisonniÃšres des distributions des +ressources et de la pÃªche. Dans les pÃªcheries mixtes, les ressources +sont exploitÃ©es soit simultanÃ©ment, soit de maniÃšre sÃ©quentielle par +des unitÃ©s de pÃªche (navire et Ã©quipage) pratiquant diffÃ©rentes +activitÃ©s de pÃªche. Il est ainsi difficile d'Ã©valuer la dynamique des +ressources et de l'exploitation, et la mortalitÃ© par pÃªche qui en +rÃ©sulte pour les populations exploitÃ©es. La diversitÃ© des activitÃ©s de +pÃªche et des captures associÃ©es est due Ã la multiplicitÃ© des lieux de +pÃªche, des espÃšces ciblÃ©es et des engins utilisÃ©s, mais aussi Ã +d'autres facteurs comme le comportement individuel des pÃªcheurs et les +conditions Ã©conomiques et environnementales. + +Par ailleurs, les pÃªcheurs connaissent les distributions +spatio-temporelles des ressources, et ils allouent leur effort de +pÃªche en consÃ©quence. Aux grandes Ã©chelles, les variations de ces +distributions spatiales sont principalement dues aux mouvements et +migrations ontogÃ©niques des populations, occasionnant des +concentrations de certains stades dÃ©mographiques dans certaines zones +Ã certaines pÃ©riodes de l'annÃ©e, en relation avec certains processus +du cycle de vie (reproduction, alimentation'). + +Dans ce contexte, il est essentiel de prendre en compte l'allocation +spatiale et saisonniÃšre de l'effort de pÃªche entre les lieux de pÃªche +pour Ã©valuer la dynamique de la pÃªcherie. Dans les pÃªcheries mixtes, +ces aspects sont d'autant plus importants que les pÃªcheurs peuvent non +seulement changer de lieu de pÃªche, mais aussi d'engin et +d'espÃšce-cible. Des modÃšles spatialement explicites sont nÃ©cessaires +pour comprendre la dynamique de ces pÃªcheries. + +ISIS-Fish est un modÃšle de simulation spatial et saisonnier qui dÃ©crit +la dynamique des ressources, de l'exploitation et de la gestion. Il a +Ã©tÃ© dÃ©veloppÃ© pour explorer les consÃ©quences d'un ensemble de mesures +de gestion sur la dynamique des pÃªcheries. Il permet de comparer les +impacts respectifs de mesures de gestion conventionnelles comme les +Totaux AutorisÃ©s de Capture (TAC), des contrÃŽles sur l'effort de +pÃªche, des mesures techniques sur les engins et des mesures comme des +Aires Marines ProtÃ©gÃ©es (AMP) au sens large, i.e. des mesures de +gestion spatialisÃ©es. + +ISIS-Fish est aussi gÃ©nÃ©rique que possible afin d'Ãªtre applicable Ã +diffÃ©rents types de pÃªcherie. Le logiciel comprend une base de donnÃ©es +qui permet d'intÃ©grer la connaissance sur la pÃªcherie tout en Ã©tant +facilement modifiable. Cette connaissance comprend les paramÃštres +dÃ©crivant chaque population et chaque activitÃ© de pÃªche. + +ISIS-Fish permet une grande flexibilitÃ© pour plusieurs hypothÃšses du +modÃšle, notamment les relations entre stock de gÃ©niteurs et +reproduction, les relations de sÃ©lectivitÃ©, etc. ; et ce afin de +garantir une utilisation pour un grand nombre de pÃªcheries dÃ©mersales +et benthiques. Les mesures de gestion et la rÃ©ponse des pÃªcheurs Ã ces +mesures et aux conditions Ã©conomiques et environnementales peuvent +Ãªtre codÃ©es interactivement grÃ¢ce Ã un langage de script. + +Des applications d'ISIS-Fish Ã plusieurs pÃªcheries europÃ©ennes sont +en cours de dÃ©veloppement, dans le cadre de projets de recherche +nationaux et europÃ©ens. + +Bon Ã savoir avant de se lancer... +---------------------------------- + + * MalgrÃ© l'attention qui a Ã©tÃ© portÃ©e Ã la convivialitÃ© et Ã l'intuitivitÃ© du logiciel supportant le modÃšle, ISIS-Fish reste avant tout un modÃšle. A ce titre la lecture et la comprÃ©hension des Ã©quations et des hypothÃšses sous-jacentes est un prÃ©alable obligatoire Ã la paramÃ©trisation. N'hÃ©sitez pas Ã demander des clarifications Ã leur sujet par le biais de la mailing-list en cas de besoin. + + * La saisie d'un certain nombre de paramÃštres d'ISIS-Fish, ainsi que la crÃ©ation de rÃšgles de gestion et plans d'analyse nÃ©cessitent la connaissance du language JAVA. Nous pensons que des connaissances de base de ce language sont nÃ©cessaires Ã la bonne utilisation du logiciel. Des tutoriaux pour les plans d'expÃ©riences sont disponibles sur ce site ainsi qu'un lien vers les tutoriaux JAVA. + + * Les mÃ©thodes liÃ©es aux diffÃ©rents objets d'ISIS-Fish sont documentÃ©es dans les API JAVA et les API ISIS-Fish pour les objets spÃ©cifiques Ã ISIS. La maitrise de l'utilisation de ces pages est nÃ©cessaire pour l'utilisation du logiciel. + + * ISIS-Fish est un outil collaboratif, nous vous invitons donc Ã Ã©changer par le biais du wiki et des mailing-lists, vos questions, reflexions et scripts au bÃ©nÃ©fice de tous les utilisateurs. + + * Enfin, nous mettons en garde les futurs utilisateurs qu'au vu des points mentionnÃ©s plus hauts et de la complexitÃ© du modÃšle ISIS-Fish, la paramÃ©trisation est une Ã©tape nÃ©cessitant un temps important qui ne doit pas Ãªtre sous-estimÃ©. + +Description du modÃšle +--------------------- + +ISIS-Fish est destinÃ© Ã Ã©valuer l'efficacitÃ© de mesures de gestion +saisonniÃšres et spatialisÃ©es sur des pÃªcheries mixtes. Cela passe par +le contrÃŽle de certaines variables d'exploitation, notamment captures +et effort de pÃªche. + +Le simulateur repose sur trois sous-modÃšles: un modÃšle de la dynamique +des populations, un modÃšle de l'activitÃ© de pÃªche et un modÃšle de +gestion. Chaque sous-modÃšle comporte une dimension spatiale et une +dimension saisonniÃšre + +.. image:: modelesFr.jpg + +La rÃ©gion de la pÃªcherie se dÃ©finit par ses contours et est dÃ©coupÃ©e +en mailles. La rÃ©solution spatiale du maillage est choisie en fonction +de la dynamique Ã dÃ©crire et des donnÃ©es disponibles. Des zones (c'est +Ã dire des ensembles de mailles contiguÃ«s) sont ensuite dÃ©finies +indÃ©pendamment pour chaque population, chaque activitÃ© de pÃªche et +chaque mesure de gestion. + +Le modÃšle a un pas de temps mensuel. Des saisons (c'est Ã dire une +suite de mois) sont Ã©galement dÃ©finies indÃ©pendamment pour chaque +population, chaque activitÃ© de pÃªche et chaque mesure de gestion. Au +sein de chaque zone et pour chaque saison, l'effort de pÃªche d'une +activitÃ© particuliÃšre, ou l'abondance d'une population, sont supposÃ©es +homogÃšnes et uniformÃ©ment distribuÃ©es. \ No newline at end of file Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/launcher.rst =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/launcher.rst (rev 0) +++ isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/launcher.rst 2010-05-31 18:03:57 UTC (rev 3045) @@ -0,0 +1,301 @@ +====================== +Lanceur de simulations +====================== + +.. |tip| image:: tip.png + +Le but de ce module est de lancer des simulations en utilisant des scripts +d'ISIS-Fish (voir section script) et une region prÃ©alablement renseignÃ©e (voir +section input). + +Introduction +------------ + +Il contient toutes les interfaces utilisateur permettant la configuration d'une +simulation. + +On y retrouve enfin l'interface graphique de la queue de simulation, oÃ¹ l'on +peut lancer des simulations locales. + +La fenÃªtre de lancement de simulation permet de paramÃštrer les +simulations et de les exÃ©cuter. + +Cette fenÃªtre est consituÃ©e de plusieurs onglets qui permettent de modifier: + +- **ParamÃštres** de base de la simulation: identifiant, description, rÃ©gion, + stratÃ©gies, populations, rÃšgles, nombre d'annÃ©es +- **Script de prÃ©simulation**, pour l'activer il faut cochÃ© la + case *utiliser un script de prÃ©-simulation*. Le script de prÃ©-simulation est du BSH + exÃ©cuter avant toutes les simulations et permet de modifier la base de donnÃ©es. +- **Analyse de sensibilitÃ©**, pour l'activer il faut cochÃ© la case + *Utiliser le plan d'analyse*. +- **Export des rÃ©sultats** qui permet de sÃ©lectionner les scripts d'export Ã utiliser + et le rÃ©pertoire dans lequel on souhaite exporter. +- **Choix des rÃ©sultats** qui permet de sÃ©lectionner les rÃ©sultats Ã conserver + pour une visualisation ultÃ©rieure via l'interface de rendu des rÃ©sultats +- **ParamÃštres avancÃ©s** qui permet de changer le simulateur Ã utiliser, activer ou + dÃ©sactiver le cache, activer ou dÃ©sactiver les statistiques, ajouter des + paramÃštres libres rÃ©cupÃ©rable dans les rÃšgles de gestion, le simulateur, ... + +Si une rÃªgle de gestion ou un export a besoin d'un rÃ©sultat qui n'est +pas sÃ©lectionnÃ© alors ce rÃ©sultat est automatiquement ajoutÃ© a la +liste des rÃ©sultats souhaitÃ©s. + +Lors du lancement de la simulation, automatiquement la date courante +sera ajoutÃ© au nom de la simulation. + + +Description dÃ©taillÃ©e de l'interface +------------------------------------ + +On prÃ©sente dans cette section, les diffÃ©rents options configurables via +l'interface graphique (par onglet). + +Les zones de l'interface +======================== + +.. image:: simulation_00.png + +#. le menu + La zone des menus du simulateur, (pour le moment juste une action fermer + dans le menu fichier pour fermer le lanceur de simulations, et l'action A + propos dans le menu Aide). +#. les diffÃ©rents onglets de configurations, 6 pour la configuration et le + dernier pour afficher l'interface de surveillance des simulations locales en + cours. +#. le contenu de chaque onglet. +#. la zone de classique de status. + +Onglet **ParamÃštres** +===================== + +.. image:: simulation_01_tabParams.png + +il s'agit de l'onglet principal des paramÃštres de base du simulateur. + +#. **Charger une ancienne simulation** + La liste dÃ©roulante contient l'ensemble des simulations existantes localement. + La liste est vide lors du premier lancement d'ISIS-Fish, puisqu'aucune + simulation n'existe localement. + Une fois une simulation exÃ©cutÃ©e (avec succes), elle sera ajoutÃ©e dans cette liste au prochain + lancement d'ISIS-Fish. +#. **Filtrer** les simulations existantes (nouveau depuis 3.1.0) + Il est possible de filtrer les simulations existantes localement en cliquant + sur le boutton filtrer. + Un dialogue de filtre de simulation apparaÃ®t (voir section filtreSimulation) +#. **RÃ©initialiser** la liste des simulations (nouveau depuis 3.1.0) + Il est possible en cliquant sur ce boutton de repositionner la liste de toutes + les simulations existantes localement (en supprimant tout filtre prÃ©cemment saisi). +#. **Nom de la simulation** + Pour saisir le nom d'une nouvelle simulation. + + Si vous chargez une ancienne simulation, le nom de celle-ci sera renseignÃ©e ici. + + |tip| On peut trÃšs facilement crÃ©er une nouvelle simulation Ã partir d'une ancienne en la chargeant et en changeant son nom. +#. **Description** + Pour saisir la description d'une nouvelle simulation. + + Si vous chargez une ancienne simulation, la description de celle-ci sera renseignÃ©e ici. +#. **Region** + Pour choisir la rÃ©gion associÃ©e Ã la simulation. + + Le chargement de la rÃ©gion renseignera les zones de stratÃ©gies et de populations. + + |tip| commencer toujours par charger la rÃ©gion avant de renseigner les rÃšgles + car celles-ci sont liÃ©es aux donnÃ©es de la rÃ©gion chargÃ©e. +#. **StratÃ©gies** + Une fois une rÃ©gion chargÃ©e, on retrouve ici la liste des stratÃ©gies connues de la pÃªcherie. + La stratÃ©gie utilisÃ© par le simulateur sera celle sÃ©lectionnÃ©e dans cette liste. +#. **Populations** + Une fois une rÃ©gion chargÃ©e, on retrouve ici la liste des populations connues + de la pÃªcherie. + + La sÃ©lection d'une population, remplit les donnÃ©es Ã saisir de cette + population dans la zone (9). + + La population utilisÃ© par le simulateur sera celle sÃ©lectionnÃ©e dans cette liste. +#. **DonnÃ©es d'une population** + Une fois une population sÃ©lectionnÃ©, apparaÃ®t ici la matrice des donnÃ©es Ã + saisir sur la population. +#. **Liste des rÃšgles disponibles localement** + Il s'agit de la liste des rÃšgles connues par ISIS-Fish (voir section script). + + |tip| en survolant les rÃšgles dans la liste, une info bulle apparaÃ®t en affichant la description de la rÃšgle (voir section script). +#. **Liste des rÃšgles ajoutÃ©es** + Contient la liste des rÃšgles que vous avez ajoutÃ©es. + + La sÃ©lection d'une des rÃšgles ajoutÃ©es, remplit la zone (15) des paramÃštres + de configuration de la rÃšgle. + + Toutes les rÃšgles ajoutÃ©es dans cette liste seront utilisÃ©es par le simulateur. + + |tip| en survolant les rÃšgles dans la liste, une info bulle apparaÃ®t en + affichant la description de la rÃšgle (voir section script). +#. **Ajouter une rÃšgle** + Permet d'ajouter la rÃšgle sÃ©lectionnÃ© dans la liste dÃ©roulante (10). + Une fois ajoutÃ©e, la rÃšgle apparaÃ®t dans la zone (11). +#. **Supprimer une rÃšgle ajoutÃ©e** + Permet de supprimer la rÃšgle actuellement sÃ©lectionnÃ© dans la liste des rÃšgles + ajoutÃ©es (11). + Cette action n'est possible que si une rÃšgle ajoutÃ©e est sÃ©lectionnÃ©e. +#. **Supprimer toutes les rÃšgles ajoutÃ©es** + Permet de supprimer tous les rÃšgles que vous avez ajoutÃ©es. + Cette action n'est possible que si vous avez au moins ajoutÃ© un rÃšgle. +#. **ParamÃštres d'un rÃšgle ajoutÃ©e** + Une fois une rÃšgle ajoutÃ©e sÃ©lectionnÃ©e dans la liste (11), apparaissent ici + ses paramÃštres. + + |tip| en survolant les nom des paramÃštres, une info bulle apparaÃ®t en + affichant la documentation du paramÃštre de la rÃšgle (voir section script @Doc). +#. **Nombre d'annÃ©es** + Pour indiquer le nombre d'annÃ©es Ã utiliser par le simulateur. + Si vous avez chargÃ© une ancienne simulation, son nombre d'annÃ©es sera + renseignÃ© ici. +#. **Simuler** + Pour lancer la simulation en utilisant le mode renseignÃ© dans la liste (21) +#. **Utiliser un script de prÃ©-simulation** + Permet d'utiliser (ou pas) un script de prÃ© simulation. + L'onglet 'prÃ©-simulation' est activÃ© ou dÃ©sactivÃ© par ce controle. + + Pour ajouter un script de prÃ©-simulation, la case Ã cocher doit Ãªtre activÃ©e, + on bascule alors dans l'onglet 'Script de prÃ©-simulation' oÃ¹ l'on saisit + le script Ã exÃ©cuter avant la simulation. + + Pour ne plus utiliser un script de prÃ©-simulation, il faut dÃ©sactiver la case + Ã cocher. L'onglet 'prÃ©-simulation' est alors dÃ©activÃ©. +#. **Utiliser le plan d'analyse** + Permet d'utiliser (ou pas) un plan d'analyse sur la simulation. + L'onglet **analyse de sensibilitÃ©** est activÃ© ou dÃ©sactivÃ© par ce controle. + + Pour utiliser un plan d'analyse, la case Ã cocher doit Ãªtre activÃ©e, on + bascule alors dans l'onglet **analyse de sensibilitÃ©** (qui est alors activÃ©) + oÃ¹ l'on paramÃštre l'analyse. + + Pour ne plus utiliser un plan d'analyse, il faut dÃ©sactiver la case Ã cocher. + L'onglet **analyse de sensibilitÃ©** est alors dÃ©sactivÃ©. +#. **Exporter uniquement des simulations** + Permet d'exporter ??? TODO +#. **Lanceur de simulations** + Pour choisir le lanceur de simulations qui sera utilisÃ© pour rÃ©aliser la simulation : + + - dans un sous-processus (par dÃ©faut) lance les simulations dans des sous-processus. Si plusieures simulations sont lancÃ©es an mÃªme temps, ISIS-Fish utilisera les diffÃ©rents coeurs de la machine utilisÃ©e pour effectuer plusieures simulations en parallÃšle. ISIS-Fish lancera une simulation par coeur (2 coeurs = 2 simulations en parallÃšle). + + - sur le serveur CAPARMOR lance les simulations sur le super-calculateur de l'IFREMER CAPARMOR. Pour utiliser correctement CAPARMOR, reportez-vous Ã la section Installation de ce manuel. +#. **Sauver les paramÃštres de la simulation** + Enregistre les paramÃštres enregistrÃ©s afin de les recharger lors du prochain lancement de simulation. + + +Onglet **Script de prÃ©-simulation** +=================================== + +.. image:: simulation_03_tabPreSimulScript.png + +#. **Ã©diteur du script de prÃ©-simulation**. +#. **Retour aux paramÃštres** : pour revenir Ã l'onglet des paramÃštres de base + de la simulation une fois le script dÃ©fini. + +Onglet **Plan de simulation** +============================== + +Cet onglet contient l'interface de configuration des plans d'analyse Ã appliquer pendant la simulation. + + +.. image:: simulation_04_tabAnalyzePlan.png + +#. **Liste des plans existants localement** + + Contient la liste de tous les plans d'analyse connus par ISIS-Fish (voir section script). + + |tip| en survolant les plans d'analyse dans la liste, une info bulle apparaÃ®t en affichant la description de la rÃšgle (voir section script @Doc). +#. **Liste des plans d'analyse ajoutÃ©s** + Contient la liste des plans d'analyse que vous avez ajoutÃ©. + La sÃ©lection d'un des plans d'analyse ajoutÃ©s, remplit la zone (6) des paramÃštres de configuration de ce plan d'analyse. + Toutes les plans d'analyse ajoutÃ©s dans cette liste seront utilisÃ©s par le simulateur. + + |tip| en survolant les plans d'analyse dans la liste, une info bulle apparaÃ®t en affichant la description du plan (voir section script). +#. **Ajouter un plan d'analyse** + Permet d'ajouter le plan d'analyse sÃ©lectionnÃ© dans la liste dÃ©roulante (1). + Une fois ajoutÃ©e, la rÃšgle apparaÃ®t dans la zone (2). +#. **Supprimer un plan d'analyse ajoutÃ©** + Permet de supprimer le plan d'analyse prÃ©cÃ©demment ajoutÃ© actuellement + sÃ©lectionnÃ© dans la liste des plans d'analyse ajoutÃ©s (2). + Cette action n'est possible que si un plan d'analyse ajoutÃ© est sÃ©lectionnÃ©. +#. **Supprimer toutes les plans d'analyse ajoutÃ©s** + Permet de supprimer tous les plans d'analyse que vous avez prÃ©cÃ©demment ajoutÃ©s. + Cette action n'est possible que si vous avez au moins ajoutÃ© un plan d'analyse. +#. **ParamÃštres d'un plan d'analyse ajoutÃ©** + Une fois un plan d'analyse ajoutÃ© et sÃ©lectionnÃ© dans la liste (2), apparaissent ici ses paramÃštres Ã renseigner. + + |tip| en survolant les nom des paramÃštres, une info bulle apparaÃ®t en affichant la documentation du paramÃštre (voir section script @Doc) +#. **Retour aux paramÃštres** + Une fois, les plans d'analyse configurÃ©s, cliquez ici pour retourner Ã l'onglet **ParamÃštre** et continuer la configuration de votre simulation. + +Onglet **Export des rÃ©sultats** +=============================== +Cet onglet permet de sÃ©lectionner les rÃ©sultats de la simulation que l'on veut exporter. + +.. image:: simulation_05_tabExportResult.png + +#. **liste des rÃ©sultats exportables** : on sÃ©lectionne parmis la liste des + rÃ©sultats connus par ISIS-Fish, ceux que l'on veut exporter une fois la simulation + terminÃ©e. TODO Voir lien avec rÃ©sultat choisis. +#. **chemin du rÃ©pertoire** : chemin du rÃ©pertoire oÃ¹ exporter les rÃ©sultats (voir configuration) +#. **...** : pour rechercher un rÃ©pertoire en local, oÃ¹ l'on veut exporter les + rÃ©sultats. +#. **sauvegarder pour prochaine simulation** : pour sauvegarder le choix des + rÃ©sultats Ã exporter ainsi que le rÃ©pertoire oÃ¹ exporter pour une prochaine simulation. + +Onglet **Choix de rÃ©sultats** +============================= + +.. image:: simulation_06_tabResultChoice.png + +#. **rÃ©sultats disponibles** : liste des rÃ©sultats disponibles pour la simulation. + On sÃ©lectionne dans cette liste, ceux que l'on veut traiter. TODO lien avec les exports +#. **sauvegarder pour prochaine simulation** : pour sauvegarder le choix des + rÃ©sultats Ã traiter pour une prochaine simulation. + +Onglet **ParamÃštres avancÃ©s** +============================= + +.. image:: simulation_07_tabAdvancedParams.png + +#. **configuration du simulateur** : Cette premiÃšre zone permet de configurer + le simulateur Ã utiliser pour simuler. Elle comprend : + + #. **sÃ©lection du simulateur** : une liste dÃ©roulante de simulateurs connus par ISIS-Fish. + #. **simulation statique** : cochez ici pour indiquer une simulation statique, (dÃ©cochÃ© signifie TODO). + #. **simulation cache** : cochez ici pour indiquer une simulation cache, (dÃ©cochÃ© signifie TODO). + +#. **paramÃ©trage des niveaux de tracage** : cette zone permet la configuration + des niveaux de log Ã utiliser pendant une simulation. + On distingue troix types de tracage diffÃ©rents: + + #. **tracage du simulateur** qui regroupe les traces propres au simulateur (par dÃ©faut niveau **INFO**) + #. **tracage des scripts** qui regroupe les traces propres aux scripts (par dÃ©faut niveau **INFO**) + #. **tracage des librairies** qui regroupe les traces du reste. (par dÃ©faut niveau **ERREUR**) + +#. **ajout de paramÃštres libres** : dans cette zone on peut ajouter de nouveaux + paramÃštres libres. Le boutton **ajouter** ajoute dans la liste des paramÃštres + ajoutÃ©s, le paramÃštres dÃ©fini par le nom de son tag et la valeur du tag. +#. **liste des paramÃštres libres ajoutÃ©s** : cette liste contient l'ensemble + des paramÃštres libres ajoutÃ©s. +#. **supprimer**, pour supprimer un paramÃštre libre ajoutÃ© (il faut + sÃ©lectionner avant un paramÃštre libre.) +#. **sauver pour la prochaine simulation** : pour sauvegarder la configuration + du simulateur pour une prochaine simulation. TODO + + +Filtre de simulation +-------------------- + +.. image:: simulation_dialog_00_filter.png + +TODO + +CrÃ©er une nouvelle simulation +----------------------------- + +TODO +AprÃšs cette description dÃ©taillÃ© de tout la configuration, un petit tuto pour +rÃ©aliser ''en trois clics'' une simulation. \ No newline at end of file Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/queue.rst =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/queue.rst (rev 0) +++ isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/queue.rst 2010-05-31 18:03:57 UTC (rev 3045) @@ -0,0 +1,74 @@ +=================== +Queue de simulation +=================== + +La queue de simulation permet de visualiser toutes les simulations qui sont en +cours (ainsi que leur progression), celles qui sont terminÃ©es et celles qu'il +reste a effectuer. + +.. image:: simulation_08_tabQueue.png + +#. **simulations en cours** : cette zone contient l'ensemble des simulations + locales en attente de traitement ou en cours de simulation. +#. **simulations locales terminÃ©es** : cette zone contient l'ensemble des + simulations locales terminÃ©es. +#. **lanceur de la queue des simulations** : permet de lancer l'ensemble des + simulations locales placÃ©es dans la queue de simulation et qui ne sont pas + dÃ©jÃ en cours de traitement. +#. **arrÃªter une simulation** : permet d'arrÃªter une simulation en cours + de traitement. (pour rÃ©aliser cette action, une simulation doit Ãªtre + en cours de traitement et Ãªtre sÃ©lectionnÃ©e dans la zone 1). +#. **voir les logs de la simulation** : permet d'ouvrir la console de log d'une + simulation **terminÃ©e**. (Pour rÃ©aliser cette action, il faut sÃ©lectionner + une simulation terminÃ©e dans la zone 2). +#. **RedÃ©marrer la simulation** : permet de redÃ©marrer une simulation en Ã©chec. + (Pour rÃ©aliser cette action, il faut sÃ©lectionner une simulation terminÃ©e dans + la zone 2). +#. **Retirer les simulations terminÃ©es** : Vide la liste des simulations + terminÃ©es. + +Console de log de simulation +---------------------------- + +A partir de la version 3.0.22?, on peut afficher dans une console, les traces +retenues lors d'une simulation. + +.. image:: simulation_dialog_01_consoleLog.png + +#. **filtre sur niveau de log** : on peut ici filtrer sur certains niveaus de log + en cochant la cache Ã cocher correspondant au niveau que l'on veut afficher. + + Si plusieurs niveaux sont sÃ©lectionnÃ©s, alors on affiche toutes lignes de tous + les niveaux sÃ©lectionnÃ©s. + + Par dÃ©faut, aucun niveau de log n'est sÃ©lectionnÃ©, ce qui veut dire : afficher + tous les niveaux de log. +#. **filtre sur mot** : on peut ici saisir un mot sur lequel on veut filtrer. +#. **appliquer le filtre** : permet de lancer une recherche de toutes les lignes + contenant le mot recherchÃ©. + + Ce filtre s'applique en plus du filtre sur niveau de log. C'est Ã dire que l'on + va rechercher les lignes contenant le mot souhaitÃ© uniquement sur les lignes + des niveaux de log choisis. +#. **rÃ©initiliser filtre** : permet de rÃ©initialiser les filtres. + On se retrouve alors avec aucun mot de filtrage et utilisation de tous les + niveaux de log. +#. **envoyer par courriel** : permet d'ouvrir une nouvelle boite de dialogue pour + envoyer la simulation par courriel. + +Envoyer simulation par courriel +=============================== + +.. image:: simulation_dialog_02_sendMail.png + +#. **envoyer la simulation complÃªte** : cochez cette case pour envoyer dans le + courriel une piÃšce-jointe avec l'ensemble de la simulation zippÃ©. + + Si la case n'est pas cochÃ©, on envoie uniquement la trace de log zippÃ©. + + Par dÃ©faut, cette option est cochÃ©e. +#. **adresse du destinataire** : zone oÃ¹ saisir l'adresse du destinataire du + courriel. +#. **corps du message** : corps du courriel Ã envoyer. +#. **envoyer** : pour envoyer le courriel. +#. **annuler** : pour annuler l'envoie de courriel et revenir Ã la console de log. \ No newline at end of file Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/results.rst =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/results.rst (rev 0) +++ isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/results.rst 2010-05-31 18:03:57 UTC (rev 3045) @@ -0,0 +1,85 @@ +=================== +Rendu des rÃ©sultats +=================== + +La fenÃªtre de rendu des rÃ©sultats permet de visualiser les rÃ©sultats +en graph, en carte, ou en nombre. Elle permet aussi de supprimer +d'ancienne simulation, de viusaliser les logs d'une simulation. + + +Description des actions de la fenetre +------------------------------------- + +.. image:: result_00.png + +#. le menu (pour le moment uniquement l'action pour quitter la fenÃªtre). +#. la liste dÃ©roulante des simulations prÃ©sentes en local. +#. la bouton pour permettre de filter les simulations (voir TODO ). + Il s'agit de la mÃªme interface que dans le lanceur de simulation. +#. Pour ouvrir dans la zone centrale les rÃ©sultats de la simulation. + Il faut avant tout avoir sÃ©lectionner une simulation. +#. Pour supprimer une simulation sÃ©lectionnÃ©e. +#. Pour visualiser les logs de la simulation sÃ©lectionnÃ©e. +#. la zone centrale oÃ¹ apparaissent les rÃ©sultats d'une simulation sÃ©lectionnÃ©e. + +Description de la vue rÃ©sumÃ© +---------------------------- + +.. image:: result_01.png + +#. **choix des rÃ©sultats Ã afficher** : en sÃ©lectionnant l'un des radio boutons + on change les donnÃ©es de la zone centrale et sur la gauche. + Par dÃ©faut, on arrive sur la page de rÃ©sumÃ© comme indiquÃ© dans le figure + ci-dessus. +#. **liste dÃ©roulante des matrices Ã afficher**. TODO Ã revoir. +#. **liste des exports** ce menu permet de sauvegarder un des exports de la + simulation; on sÃ©lectionnant un des export, une boite de dialogue apparaÃ®t + pour vous demander un chemin oÃ¹ sauvegarder le fichier. +#. **liste des donnÃ©es de la dimension temps**, on sÃ©lectionner les tranches + qui nous interessent. +#. **liste des donnÃ©es de la dimension 1**, on sÃ©lectionner les plages qui + nous interessent. +#. **liste des donnÃ©es de la dimension 2**, on sÃ©lectionner les plages qui + nous interessent. +#. **Somme par annÃ©e** Effectue la somme des donnÃ©es par annÃ©e. +#. **Somme des dates** Effectue la somme sur toutes les dates. +#. **Somme sur la dimension 1** Effectue la somme sur la dimension 1 +#. **Somme sur la dimension 2** Effectue la somme sur la dimension 2 +#. Une fois tous les dimensions sÃ©lectionnÃ©es, on appuye ici pour afficher + les rapports (voir figure suivante). +#. Le rÃ©sumÃ© de la simulation ouverte (unqiuement visible dans la vue rÃ©sumÃ©). + +Description de la vue graphe +---------------------------- + +.. image:: result_02.png + +#. AprÃšs sÃ©lection des donnÃ©es Ã mettre en rapport, et en appuyant sur ce + bouton, on change de vue. +#. On bascule en mode graphe. +#. dans la zone centrale, sont affichÃ©s les rÃ©sultats sÃ©lectionnÃ©s. +#. **liste dÃ©roulante** des types de graphiques disponibles. On sÃ©lectionne et + les donnÃ©es apparaissent sous une nouvelle forme. +#. On peut dans cet zone, **configurer les graphiques gÃ©nÃ©rÃ©s**. +#. appuyez ici pour **mettre en application vos modifications**. + +Description de la vue carte +--------------------------- + +.. image:: result_03.png + +#. pour passer en mode **carte** +#. la zone centrale contient la carte de la pÃªcherie, avec les donnÃ©es + sÃ©lectionnÃ©es dans les listes de gauche. TODO Comment Ã§a marche? + +Description de la vue donnÃ©es +----------------------------- + +.. image:: result_04.png + +#. pour passer en mode **donnÃ©es** +#. la zone centrale contient la matrice des donnÃ©es sÃ©lectionnÃ©es. +#. il est possible d'exporter ces donnÃ©es sous la forme d'un fichier au format + CSV. Un dialogue vous demandera d'indiquer le chemin oÃ¹ sauvegarder le + fichier. + \ No newline at end of file Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/scripts.rst =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/scripts.rst (rev 0) +++ isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/scripts.rst 2010-05-31 18:03:57 UTC (rev 3045) @@ -0,0 +1,277 @@ +======================= +Gestionnaire de scripts +======================= + +Le but de ce module est la gestion des diffÃ©rents scripts utilisÃ©s dans +IsisFish. + +On peut y crÃ©er, Ã©diter, supprimer des scripts en local. + +On peut aussi communiquer avec un serveur de scripts pour rÃ©cupÃ©rer de +nouveau scripts, ou d'en soumettre,... + +Il faut pour toutes ces opÃ©rations avoir une configuration correcte concernant +le serveur de script (voir configuration vcs). + +Il est aussi possible ici de compiler et tester des scripts. + +description des zones de la fenetre +----------------------------------- + +.. image:: script_00.png + :align: center + :scale: 50 + + +#. le menu regroupe tous les actions possibles. +#. la liste de tous les types de scripts connus par IsisFish. +#. la barre d'actions sur le(s) script(s) sÃ©lectionnÃ©(s). + Ce sont des raccourcis des actions les plus courantes des menus. +#. l'arborescence des scripts trouvÃ©s localement par IsisFish. Les types de + scripts sont reprÃ©sentÃ©s par des noeuds, et les scripts sont des feuilles de + l'arbre. +#. la zone d'Ã©dition d'un script sÃ©lectionnÃ©. Pour Ã©diter un script, il suffit + de le sÃ©lectionner dans la zone de navigation de script (4). +#. la zone de message des diffÃ©rentes opÃ©rations (Ã©valuation, diff,...) + effectuÃ©es sur les scripts. +#. la zone classique de status. + +Les diffÃ©rentes actions du gestionnaire +--------------------------------------- + +On dÃ©taille dans cette section, l'ensemble des actions rÃ©alisables par menu. + +menu **fichier** +================ + +.. image:: script_01_menuFile.png + :align: center + :scale: 75 + + +1. **nouveau** script +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +Cette action est accessible de deux maniÃšres : + +a. Soit par le sous-menu **nouveau**, en choisissisant un type de script Ã crÃ©er +b. Soit par le boutton Ã droite de la barre d'actions, aprÃšs avoir sÃ©lectionnÃ© + dans la liste des types de scripts Ã droite du boutton. + +Ensuite l'application vous demande le nom du nouveau script Ã crÃ©er. + +.. important:: Le nom du script doit toujours commencer par une majuscule, et ne + doit contenir que des caractÃšres alphanumÃ©rique (ou le caractÃšre + '_'). + +Pour l'instant, il n'est pas possible de dÃ©finir des sous-types de scripts (sauf +pour les formules). + + +Pour les formules il suffit de prÃ©fixer lors de la crÃ©ation son nom par le nom +du sous-type suivi d'un '/'. + + +AprÃšs avoir rentrÃ© un nom de script valide, le script est crÃ©e localement, et il +apparait Ã sa bonne place dans la zone de naivgation de scripts. Il est +sÃ©lectionnÃ© dans la zone de navigation (1) et son contenu apparait dans +l'Ã©diteur (2). + + +2. **Sauver** un script +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +sauvegarder localement les modification apportÃ©es sur un script. + +Cette action n'est disponible que lorsqu'un script est sÃ©lectionnÃ© dans +l'Ã©diteur. On la retrouve aussi dans la barre d'action. + + +3. **Importer** des scripts +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +permet d'importer des scripts Ã partir d'une archive de scripts prÃ©alablement +exportÃ©e par IsisFish. + +L'application demande un fichier d'import de scripts. + +Ensuite un dialogue de confirmation apparaÃ®t + +#. On retrouve ici la liste des scripts trouvÃ©s dans le fichier qui sont dÃ©jÃ + prÃ©sents localement. +#. Vous pouvez sÃ©lectionner ou deselectionner les scripts que vous voulez + Ã©craser localement. +#. En bas Ã droite, on peut effectuer cette opÃ©ration sur l'ensemble des scripts + de la liste. +#. indique le chemin du fichier d'import. +#. pour lancer l'import (seront importer tous les fichiers non prÃ©sents + localement, plus ceux dont vous avez confirmÃ© l'Ã©crasement). +#. pour ne pas effectuer l'import. + +.. image:: script_05_importConfirm.png + +4. **Exporter** des scripts +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +exporter des scripts qui pourront ensuite Ãªtre importer dans une autre instance +d'IsisFish. Cette action n'est disponible que lorsqu'au moins un script est +sÃ©lectionnÃ©. Pour exporter tous les scripts d'un type, il suffit de +sÃ©lectionner le noeud du type de script dans l'arborescence des script. + +L'application demande un rÃ©pertoire oÃ¹ stocker le fichier d'export. + +Ensuite un dialogue de confirmation apparaÃ®t + +#. On retrouve ici la liste des scripts Ã exporter, il est de sÃ©lectionner ou + dÃ©selectionner des scripts Ã exports grÃ¢ce aux cases Ã cocher sur la gauche. +#. En bas Ã droite, on peut effectuer cette opÃ©ration sur l'ensemble des scripts + de la liste. +#. le chemin du fichier d'export, par dÃ©faut le nom d'export suit le pattern + suivant : exportScript-YYYY-MM-DD-mm-ss.zip. +#. Vous pouvez changer le rÃ©pertoire du ficher d'export (le nom sera appliquÃ© + sur le nouveau rÃ©pertoire choisi). +#. pour lancer l'export +#. pour ne pas effectuer l'export. + +.. image:: script_06_exportConfirm.png + +5. **Supprimer localement** un script +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +Permet de supprimer des scripts localement, sans les supprimer sur le serveur +distant. + +.. danger:: A utiliser avec prÃ©caution! + + +6. **Fermer** le gestionnaire +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +fermer le gestionnaire de scripts. + +menu **Edit** +============= + +Dans ce menu on retrouve les actions classiques de manipulation de texte dans +l'Ã©diteur de script (4). + +Elles ne sont utilisables que lorsqu'un script est sÃ©lectionnÃ© et prÃ©sent dans +l'Ã©diteur de script. + +Les Toutes ces actions sont aussi disponibles depuis la barre d'action, Ã +savoir : + +#. **couper** : couper un bout de code depuis l'Ã©diteur de script. +#. **copier** : copier un bout de code dans l'Ã©diteur de script. +#. **coller** : coller un bout de code dans l'Ã©diteur de script Ã partir du + presse-papier. + +.. image:: script_07_menuEdit.png + +menu **Serveur** +================ + +Ce menu regroupe les fonctionnalitÃ©s de communication avec le serveur de script. + +Pour toutes ces actions, vous devez avoir sÃ©lectionnÃ© un script au prÃ©alable. + +.. image:: script_08_menuServer.png + +1. **commiter** un script sur le serveur distant +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +permet d'envoyer au serveur distant une nouvelle version d'un script Ã +sauvegarder. + +Un message de commit vous sera demandÃ© dans une boite de dialogue. + + +Vous avez les droits d'Ã©criture sur ce serveur (voir chapitre configuration +vcs). On retrouve aussi cette action dans la barre d'actions. + +2. **voir les diffÃ©rences** avec la derniÃšre version du serveur +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +permet d'afficher dans la zone (5) les diffÃ©rences entre votre version locale +d'un script et la derniÃšre version enregistrÃ©e sur le serveur distant. + +3. **mettre Ã jour** un serveur depuis le serveur +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +permet de rÃ©cupÃ©rer la derniÃšre version Ã partir du serveur distant. + +Pour exÃ©cuter cette action vous ne devez pas avoir modifiÃ© localement le script +(dans ce cas, il faudra d'abord revenir Ã la version prÃ©cÃ©dente voir operation +de synchronisation au serveur). Cette opÃ©ration est aussi prÃ©sente dans la barre +d'actions. + +4. **supprimer** localement et sur le serveur distant +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +permet de supprimer un script localement mais aussi sur le serveur distant. + + +Vous devez disposer de droits d'Ã©criture sur le serveur distant. + +.. DANGER:: A utiliser avec prÃ©caution! + +menu **Code** +============= + +.. image:: script_09_menuCode.png + +Ce menu regroupe les opÃ©rations de code possibles sur un script sÃ©lectionnÃ©. + +Les actions suivantes necessitent donc d'avoir au prÃ©alable sÃ©lectionnÃ© un +script dans la zone de navigation. + +Toutes ces actions sont toutes prÃ©sentes dans le barre d'actions. + +1. **VÃ©rifer** du code +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +Lancement une opÃ©ration de compilation du script sÃ©lectionnÃ©. + +Suite Ã l'opÃ©ration, on voit apparaÃ®tre dans la zone de notification (5) les +traces du compilateur. + + +Il est Ã noter que des messages d'informations peuvent apparaÃ®tre Ã une +vÃ©rification, mÃªme si la compilation s'est bien dÃ©roulÃ©e. + + +2. **Evaluer** du code +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +Permet d'Ã©valuer un script possÃ©dant une mÃ©thode main. + +Une opÃ©ration de compilation est lancÃ©e si nÃ©cessaire au prÃ©alable. + +Cette opÃ©ration n'est possible que si un script est sÃ©lectionnÃ© dans l'Ã©diteur +et que le script contient une mÃ©thode plublique static sans retour nommÃ© +**main** et ayant pour paramÃštre un tableau de String. + + +autres figures +============== + +.. image:: script_02_menuFile_new.png + +pour crÃ©er un script depuis le sous-menu **nouveau** du menu **fichier** + +.. image:: script_03_combo_new.png + +pour crÃ©er un script depuis la liste dÃ©roulante de la barre d'action + +.. image:: script_04_new.png + +aprÃšs la crÃ©ation d'une rÃšgle **ReturnZero** + +.. image:: script_10_verifSyntax_ok.png + +aprÃšs une vÃ©rification avec succÃšs mais avec un message d'avertissement du +compilateur + +.. image:: script_11_verifSyntax_ko.png + +aprÃšs une vÃ©rification qui a Ã©chouÃ© \ No newline at end of file Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/sensitivity.rst =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/sensitivity.rst (rev 0) +++ isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/sensitivity.rst 2010-05-31 18:03:57 UTC (rev 3045) @@ -0,0 +1,641 @@ +====================================== +Lancement d'une analyse de sensibilitÃ© +====================================== + +.. |tip| image:: tip.png + +L'onglet de lancement d'analyse de sensibilitÃ© permet de crÃ©er, lancer et +exploiter des analyse de sensibilitÃ©. + +.. contents:: + +Description des diffÃ©rentes zones de l'interface +------------------------------------------------ + +.. image:: sensitivity_00.png + +#. les menus du lanceur d'analyse de sensibilitÃ©. +#. les onglets du lanceur de sensibilitÃ© : 6 pour la paramÃ©trisation de + l'analyse de sensibilitÃ©, le dernier pour l'affichage des rÃ©sultats. +#. le contenu de chaque onglet. +#. la zone classique de statut gÃ©nÃ©ral. + +Les diffÃ©rentes actions des menus +--------------------------------- + +On dÃ©taille dans cette section, l'ensemble des actions rÃ©alisables par menu. +Il s'agit d'actions globales sur les analyses de sensibilitÃ©. + +Menu **Simulation** +=================== + +.. image:: sensitivity_01_menuSimulation.png + + +#. **Sauver les paramÃštres de la simulation** : + Sauver les paramÃštres de la simulation afin qu'ils soient utilisÃ©s par dÃ©faut + par les prochaines analyses de sensibilitÃ©. +#. **Restaurer les paramÃštres d'une simulation** : + RÃ©utiliser les paramÃštres d'une simulation dÃ©jÃ lancÃ©e. + +CrÃ©er une nouvelle analyse de sensibilitÃ© +----------------------------------------- + +Le lancement d'une analyse de sensibilitÃ© s'effectue en plusieurs Ã©tapes : + +#. Onglet ParamÃštres - ParamÃštres des simulations +#. Onglet Analyse de sensibilitÃ© - DÃ©termination des facteurs +#. Onglet MÃ©thode de la sensibilitÃ© - DÃ©termination de la mÃ©thode d'exploration + des domaines des facteurs et des variables Ã Ã©tudier. +#. Onglet Export des rÃ©sultats - Choix des exports annexes +#. Onglet Choix de rÃ©sultats - Choix des rÃ©sultats Ã enregistrer pour + visualisation. +#. Onglet ParamÃštres avancÃ©s - Choix des paramÃštres avancÃ©s des simulations de + l'analyse de sensibilitÃ©. +#. Onglet Analyse des rÃ©sultats - Visualisation des rÃ©sultats d'analyses de + sensibilitÃ© + +Onglet **ParamÃštres** - ParamÃštres des simulations +================================================== + +Une fois la rÃ©gion crÃ©Ã©e ou chargÃ©e voila Ã quoi ressemble l'interface. + +.. image:: sensitivity_02_parameters.png + +il s'agit de l'onglet principal des paramÃštres de base du simulateur. + +#. **Charger une ancienne simulation** + La liste dÃ©roulante contient l'ensemble des simulations existantes + localement. + La liste est vide lors du premier lancement d'ISIS-Fish, puisqu'aucune + simulation n'existe localement. + Une fois une simulation exÃ©cutÃ©e (avec succÃšs), elle sera ajoutÃ©e dans cette + liste au prochain lancement d'ISIS-Fish. +#. **Filtrer** les simulations existantes (nouveau depuis 3.1.0) + Il est possible de filtrer les simulations existantes localement en cliquant + sur le bouton filtrer. + Un dialogue de filtre de simulation apparaÃ®t (voir section filtreSimulation) +#. **RÃ©initialiser** la liste des simulations (nouveau depuis 3.1.0) + Il est possible en cliquant sur ce bouton de repositionner la liste de toutes + les simulations existantes localement (en supprimant tout filtre prÃ©cÃ©demment + saisi). +#. **Nom de la simulation** + Pour saisir le nom d'une nouvelle analyse de sensibilitÃ©. + Si vous chargez une ancienne simulation, le nom de celle-ci sera renseignÃ©e + ici. + + |tip| On peut trÃšs facilement crÃ©er une nouvelle simulation Ã partir d'une + ancienne en la chargeant et en changeant son nom. +#. **Description** + Pour saisir la description d'une nouvelle analyse de sensibilitÃ©. + Si vous chargez une ancienne simulation, la description de celle-ci sera + renseignÃ©e ici. +#. **RÃ©gion** + Pour choisir la rÃ©gion associÃ©e Ã la simulation. + Le chargement de la rÃ©gion renseignera les zones de stratÃ©gies et de + populations. + + |tip| commencer toujours par charger la rÃ©gion avant de renseigner les rÃšgles + car celles-ci sont liÃ©es aux donnÃ©es de la rÃ©gion chargÃ©e. +#. **StratÃ©gies** + Une fois une rÃ©gion chargÃ©e, on retrouve ici la liste des stratÃ©gies connues + de la pÃªcherie. + La stratÃ©gie utilisÃ© par le simulateur sera celle sÃ©lectionnÃ©e dans cette + liste. + + |tip| Par dÃ©faut, la premiÃšre stratÃ©gie est sÃ©lectionnÃ©e, utilisez les + touches Maj et Ctrl lors de vos sÃ©lections pour sÃ©lectionner toutes,aucune ou + quelques stratÃ©gies. +#. **Populations** + Une fois une rÃ©gion chargÃ©e, on retrouve ici la liste des populations connues + de la pÃªcherie. + + La sÃ©lection d'une population, remplit les donnÃ©es Ã saisir de cette + population dans la zone (9). + + La population utilisÃ© par le simulateur sera celle sÃ©lectionnÃ©e dans cette + liste. +#. **DonnÃ©es d'une population** + Une fois une population sÃ©lectionnÃ©e, apparaÃ®t ici la matrice des donnÃ©es Ã + saisir sur la population. +#. **Liste des rÃšgles disponibles localement** + Il s'agit de la liste des rÃšgles connues par ISIS-Fish (voir section script). + + |tip| en survolant les rÃšgles dans la liste, une info bulle apparaÃ®t en + affichant la description de la rÃšgle (voir section script). +#. **Liste des rÃšgles ajoutÃ©es** + Contient la liste des rÃšgles que vous avez ajoutÃ©es. + + La sÃ©lection d'une des rÃšgles ajoutÃ©es, remplit la zone (15) des paramÃštres + de configuration de la rÃšgle. + + Toutes les rÃšgles ajoutÃ©es dans cette liste seront utilisÃ©es par le + simulateur. + + |tip| en survolant les rÃšgles dans la liste, une info bulle apparaÃ®t en + affichant la description de la rÃšgle (voir section script). +#. **Ajouter une rÃšgle** + Permet d'ajouter la rÃšgle sÃ©lectionnÃ© dans la liste dÃ©roulante (10). + Une fois ajoutÃ©e, la rÃšgle apparaÃ®t dans la zone (11). +#. **Supprimer une rÃšgle ajoutÃ©e** + Permet de supprimer la rÃšgle actuellement sÃ©lectionnÃ© dans la liste des + rÃšgles ajoutÃ©es (11). + Cette action n'est possible que si une rÃšgle ajoutÃ©e est sÃ©lectionnÃ©e. +#. **Supprimer toutes les rÃšgles ajoutÃ©es** + Permet de supprimer tous les rÃšgles que vous avez ajoutÃ©es. + Cette action n'est possible que si vous avez au moins ajoutÃ© un rÃšgle. +#. **ParamÃštres d'un rÃšgle ajoutÃ©e** + Une fois une rÃšgle ajoutÃ©e sÃ©lectionnÃ©e dans la liste (11), apparaissent ici + ses paramÃštres. + + |tip| en survolant les nom des paramÃštres, une info bulle apparaÃ®t en + affichant la documentation du paramÃštre de la rÃšgle (voir section script + @Doc). +#. **Nombre d'annÃ©es** + Pour indiquer le nombre d'annÃ©es Ã utiliser par le simulateur. + Si vous avez chargÃ© une ancienne simulation, son nombre d'annÃ©es sera + renseignÃ© ici. +#. **Simuler** + Pour lancer la simulation en utilisant le mode renseignÃ© dans la liste (21) +#. **Exporter uniquement des simulations** + Permet d'exporter ??? TODO +#. **Lanceur de simulations** + Pour choisir le lanceur de simulations qui sera utilisÃ© pour rÃ©aliser la + simulation : + + - dans un sous-processus (par dÃ©faut) lance les simulations dans des + sous-processus. Si plusieurs simulations sont lancÃ©es an mÃªme temps, + ISIS-Fish utilisera les diffÃ©rents cÅurs de la machine utilisÃ©e pour + effectuer plusieurs simulations en parallÃšle. ISIS-Fish lancera une + simulation par cÅur (2 cÅurs = 2 simulations en parallÃšle). + + - sur le serveur CAPARMOR lance les simulations sur le super-calculateur de + l'IFREMER CAPARMOR. Pour utiliser correctement CAPARMOR, reportez-vous Ã la + section Installation de ce manuel. +#. **Sauver les paramÃštres de la simulation** + Enregistre les paramÃštres enregistrÃ©s afin de les recharger lors du prochain + lancement de simulation. + +Onglet **Analyse de sensibilitÃ©** - DÃ©termination des facteurs +================================================================= + +.. image:: sensitivity_02_sensitivityFactors.png + +L'onglet de saisie des facteurs permet Ã l'utilisateur de naviguer dans la +pÃªcherie afin de choisir les facteurs qu'il souhaite Ã©tudier et de les +paramÃ©trer. + +#. **Arbre de navigation dans la pÃªcherie** : + L'arbre permet de naviguer dans la pÃªcherie (interface identique Ã la saisie + de pÃªcherie) afin de sÃ©lectionner les Ã©lÃ©ments factorisables. +#. **Liste des facteurs Ã©tudiÃ©s** : + Liste des facteurs qui seront Ã©tudiÃ©s lors de l'analyse de sensibilitÃ©. + + |tip| Un clic sur un facteur permet de le modifier. Un clic droit sur un + facteur fait apparaÃ®tre un menu contextuel pour le supprimer. + +#. **Element factorisable** : + Le petit icÃŽne prÃ©sent sur certains Ã©lÃ©ments et qui change d'aspect au survol + de ce dernier indique que l'Ã©lÃ©ment est factorisable. Il suffit alors de + cliquer dessus pour que l'interface de mise en facteur s'ouvre. + + +Saisie d'un facteur continu Ã partir d'un paramÃštre quantitatif +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +.. image:: sensitivity_02_sensitivityFactorsContinuousNumber.png + +Lorsqu'un paramÃštre quantitatif peut Ãªtre factorisable, il peut Ãªtre soit +continu, soit discret. Pour un facteur continu : + +#. **Facteur continu** : + DÃ©termine que le facteur est continu +#. **PremiÃšre valeur** : + Valeur minimale du facteur. +#. **DerniÃšre valeur** : + Valeur maximale du facteur. +#. **Commentaires** : + Commentaire sur le facteur. Permet de prÃ©ciser des informations sur le + facteur. +#. **Annuler** : + Annuler les modifications effectuÃ©es (si le facteur Ã©tait en cours de + crÃ©ation, il n'est pas crÃ©Ã©). +#. **Sauver** : + Enregistrer le facteur. On peut ensuite retrouver le facteur dans la liste + des facteurs de l'analyse de sensibilitÃ©. + +Saisie d'un facteur discret Ã partir d'un paramÃštre quantitatif +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +.. image:: sensitivity_02_sensitivityFactorsDiscreteNumber.png + +Lorsqu'un paramÃštre quantitatif peut Ãªtre factorisable, il peut Ãªtre soit +continu, soit discret. Pour un facteur discret : + +#. **Facteur discret** : + DÃ©termine que le facteur est discret. +#. **Nombre de facteurs** : + Le nombre de modalitÃ©s du facteur. +#. **Valider** : + Valide le nombre de modalitÃ©s entrÃ©es et crÃ©e un onglet par modalitÃ©. Il + faudra par la suite rentrer la valeur prise par chaque modalitÃ© dans chaque + onglet. +#. **Onglets de modalitÃ©** : + Permet de choisir et d'afficher les modalitÃ©s prises par le facteur. +#. **Contenu d'onglet de modalitÃ©** : + Chaque onglet de modalitÃ© contient la valeur prise par le facteur pour chaque + modalitÃ©. Il faut Ã©diter chacune de ces valeurs. +#. **Commentaires** : + Commentaire sur le facteur. Permet de prÃ©ciser des informations sur le + facteur. +#. **Annuler** : + Annuler les modifications effectuÃ©es (si le facteur Ã©tait en cours de + crÃ©ation, il n'est pas crÃ©Ã©). +#. **Sauver** : + Enregistrer le facteur. On peut ensuite retrouver le facteur dans la liste + des facteurs de l'analyse de sensibilitÃ©. + +Saisie d'un facteur continu Ã partir d'une Ã©quation +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +.. image:: sensitivity_02_sensitivityFactorsContinuousEquation.png + +Lorsqu'un paramÃštre Ã©quation peut Ãªtre factorisable, il peut Ãªtre soit continu, +soit discret. Pour un facteur continu : + +#. **Facteur continu** : + DÃ©termine que le facteur est continu +#. **Name** : + Nom de la constante de l'Ã©quation a faire varier +#. **Value** : + Valeur nominale (usuellement valeur par dÃ©faut dans l'Ã©quation). +#. **Coef (in %)** : + Coefficient modificateur de la valeur, exprimÃ©e en pourcentage (pour un + coefficient de 0.05, entrer 5). +#. **Operator** : + OpÃ©rateur modificateur de la valeur. Cet opÃ©rateur, combinÃ© avec le + coefficient permet de calculer les valeurs minimales et maximales prises par + la constante. Ces valeurs sont calculÃ©es de la maniÃšre suivante : + + min = value - (value (operator) coefficient) + + max = value + (value (operator) coefficient) + +#. **Valider** : + VÃ©rifie que la constante existe bien, et modifie l'Ã©quation en base afin que + le facteur soit pris en compte. La modification de l'Ã©quation en base ne + change pas les rÃ©sultats des simulations qui peuvent Ãªtre lancer avec cette + derniÃšre. + |tip| Il est possible de crÃ©er plusieurs facteurs pour une mÃªme Ã©quation dans + le cas oÃ¹ cette derniÃšre aurait plusieurs constantes. ISIS-Fish crÃ©e autant + de facteurs que de constantes validÃ©es et dÃ©clarÃ©es dans cette interface. +#. **Ajouter** : + Ajouter une constante factorisable. +#. **Supprimer** : + Supprimer une constante factorisable. +#. **Commentaires** : + Commentaire sur le facteur. Permet de prÃ©ciser des informations sur le + facteur. +#. **Annuler** : + Annuler les modifications effectuÃ©es (si le facteur Ã©tait en cours de + crÃ©ation, il n'est pas crÃ©Ã©). +#. **Sauver** : + Enregistrer le(s) facteur(s). On peut ensuite retrouver le(s) facteur(s) dans + la liste des facteurs de l'analyse de sensibilitÃ©. + +Saisie d'un facteur discret Ã partir d'une Ã©quation +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +.. image:: sensitivity_02_sensitivityFactorsDiscreteEquation.png + +Lorsqu'un paramÃštre Ã©quation peut Ãªtre factorisable, il peut Ãªtre soit continu, +soit discret. Pour un facteur discret : + +#. **Facteur discret** : + DÃ©termine que le facteur est discret. +#. **Nombre de facteurs** : + Le nombre de modalitÃ©s du facteur. +#. **Valider** : + Valide le nombre de modalitÃ©s entrÃ©es et crÃ©e un onglet par modalitÃ©. Il + faudra par la suite rentrer la valeur prise par chaque modalitÃ© dans chaque + onglet. +#. **Onglets de modalitÃ©** : + Permet de choisir et d'afficher les modalitÃ©s prises par le facteur. +#. **Contenu d'onglet de modalitÃ©** : + Chaque onglet de modalitÃ© contient la valeur prise par le facteur pour cette + derniÃšre. Il faut Ã©diter chacune de ces valeurs. + [tip| Chaque onglet contient un Ã©diteur d'Ã©quation, il est donc possible + d'ouvrir l'Ã©diteur externe pour avoir plus d'information sur l'Ã©quation ou + sauver comme modÃšle. +#. **Commentaire** : + Commentaire sur le facteur. Permet de prÃ©ciser des informations sur le + facteur. +#. **Annuler** : + Annuler les modifications effectuÃ©es (si le facteur Ã©tait en cours de + crÃ©ation, il n'est pas crÃ©Ã©). +#. **Sauver** : + Enregistrer le facteur. On peut ensuite retrouver le facteur dans la liste + des facteurs de l'analyse de sensibilitÃ©. + +Saisie d'un facteur continu Ã partir d'une matrice +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +.. image:: sensitivity_02_sensitivityFactorsContinuousEquation.png + +Lorsqu'un paramÃštre Ã©quation peut Ãªtre factorisable, il peut Ãªtre soit continu, +soit discret. Pour un facteur continu : + +#. **Facteur continu** : + DÃ©termine que le facteur est continu +#. **Nom du facteur** : + Nom du facteur +#. **Value** : + Valeur nominale de la matrice (usuellement et par dÃ©faut valeur dans la base). +#. **Coefficient (en %)** : + Coefficient modificateur de la valeur, exprimÃ©e en pourcentage (pour un + coefficient de 0.05, entrer 5). +#. **OpÃ©rateur** : + OpÃ©rateur modificateur de la valeur. Cet opÃ©rateur, combinÃ© avec le + coefficient permet de calculer les valeurs minimales et maximales prises par + la matrice. Ces valeurs sont calculÃ©es de la maniÃšre suivante : + + min = value - (value (operator) coefficient) + + max = value + (value (operator) coefficient) + +#. **Commentaires** : + Commentaire sur le facteur. Permet de prÃ©ciser des informations sur le + facteur. +#. **Annuler** : + Annuler les modifications effectuÃ©es (si le facteur Ã©tait en cours de + crÃ©ation, il n'est pas crÃ©Ã©). +#. **Sauver** : + Enregistrer le facteur. On peut ensuite retrouver le facteur dans la liste + des facteurs de l'analyse de sensibilitÃ©. + +Saisie d'un facteur discret Ã partir d'une matrice +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +.. image:: sensitivity_02_sensitivityFactorsDiscreteMatrix.png + +Lorsqu'un paramÃštre matrice peut Ãªtre factorisable, il peut Ãªtre soit continu, +soit discret. Pour un facteur discret : + +#. **Facteur discret** : + DÃ©termine que le facteur est discret. +#. **Nombre de facteurs** : + Le nombre de modalitÃ©s du facteur. +#. **Valider** : + Valide le nombre de modalitÃ©s entrÃ©es et crÃ©e un onglet par modalitÃ©. Il + faudra par la suite rentrer la valeur prise par chaque modalitÃ© dans chaque + onglet. +#. **Onglets de modalitÃ©** : + Permet de choisir et d'afficher les modalitÃ©s prises par le facteur. +#. **Contenu d'onglet de modalitÃ©** : + Chaque onglet de modalitÃ© contient la valeur prise par le facteur pour cette + derniÃšre. Il faut Ã©diter chacune de ces valeurs. +#. **Commentaire** : + Commentaire sur le facteur. Permet de prÃ©ciser des informations sur le + facteur. +#. **Annuler** : + Annuler les modifications effectuÃ©es (si le facteur Ã©tait en cours de + crÃ©ation, il n'est pas crÃ©Ã©). +#. **Sauver** : + Enregistrer le facteur. On peut ensuite retrouver le facteur dans la liste + des facteurs de l'analyse de sensibilitÃ©. + +Onglet **MÃ©thode de la sensibilitÃ©** - DÃ©termination de la mÃ©thode d'exploration des domaines des facteurs et des variables Ã Ã©tudier. +====================================================================================================================================== + +.. image:: sensitivity_04_sensitivityMethod.png + +#. **MÃ©thode** : + Choix de la mÃ©thode d'exploration a utiliser +#. **ParamÃštres de la mÃ©thode d'exploration** : + Permet de paramÃ©trer la mÃ©thode d'exploration. Des valeurs par dÃ©faut sont + prÃ©-remplies, elles peuvent ne pas Ãªtre adaptÃ©es au cas d'Ã©tude. Il faut + toujours vÃ©rifier ces paramÃštres. +#. **ModalitÃ©s** : + Certaines mÃ©thodes d'exploration discrÃ©tisent le domaine d'exploration des + facteurs continus, il faut alors indiquer le nombre de modalitÃ© souhaitÃ© pour + chaque facteur. (Ce tableau n'apparaÃ®t que si nÃ©cessaire). +#. **Export** : + Liste des exports de sensibilitÃ© (variables Ã Ã©tudier) connues par ISIS-Fish. + Il est possible ici d'effectuer des multi-sÃ©lection. +#. **Liste des exports de sensibilitÃ© utilisÃ©s** : + Liste des exports de sensibilitÃ© (variables Ã Ã©tudier) qui seront utilisÃ©es + dans l'analyse de sensibilitÃ©. +#. **Ajouter** un export de sensibilitÃ© : + Ajoute un ou plusieurs exports de sensibilitÃ© Ã l'analyse. +#. **Supprimer** un export de sensibilitÃ© : + Supprime un export de sensibilitÃ© de l'analyse. +#. **Effacer** : + Supprime tous les exports de sensibilitÃ© de l'analyse. +#. ParamÃštres des exports de sensibilitÃ©** : + Quand un export de sensibilitÃ© assignÃ© Ã l'analyse est sÃ©lectionnÃ©, ses + paramÃštres apparaissent dans ce tableau. Afin de voir l'analyse de + sensibilitÃ© se dÃ©rouler correctement, il est nÃ©cessaire de renseigner tous + les paramÃštres de tous les exports de sensibilitÃ© sÃ©lectionnÃ©s. + +Onglet **Export des rÃ©sultats** - Choix des exports annexes +=========================================================== +Cet onglet permet de sÃ©lectionner les rÃ©sultats de la simulation que l'on veut +exporter. + +.. image:: sensitivity_05_tabExportResult.png + +#. **liste des rÃ©sultats exportables** : on sÃ©lectionne parmis la liste des + rÃ©sultats connus par ISIS-Fish, ceux que l'on veut exporter une fois la + simulation terminÃ©e. TODO Voir lien avec rÃ©sultat choisis. +#. **chemin du rÃ©pertoire** : chemin du rÃ©pertoire oÃ¹ exporter les rÃ©sultats + (voir configuration) +#. **...** : pour rechercher un rÃ©pertoire en local, oÃ¹ l'on veut exporter les + rÃ©sultats. +#. **sauvegarder pour prochaine simulation** : pour sauvegarder le choix des + rÃ©sultats Ã exporter ainsi que le rÃ©pertoire oÃ¹ exporter pour une prochaine + simulation. + +Onglet **Choix de rÃ©sultats** - Choix des rÃ©sultats Ã enregistrer pour visualisation. +===================================================================================== + +.. image:: sensitivity_06_tabResultChoice.png + +#. **rÃ©sultats disponibles** : liste des rÃ©sultats disponibles pour la simulation. + On sÃ©lectionne dans cette liste, ceux que l'on veut traiter. TODO lien avec les exports +#. **sauvegarder pour prochaine simulation** : pour sauvegarder le choix des + rÃ©sultats Ã traiter pour une prochaine simulation. + +Onglet **ParamÃštres avancÃ©s** - Choix des paramÃštres avancÃ©s des simulations de l'analyse de sensibilitÃ©. +========================================================================================================= + +.. image:: sensitivity_07_tabAdvancedParams.png + +#. **configuration du simulateur** : Cette premiÃšre zone permet de configurer + le simulateur Ã utiliser pour simuler. Elle comprend : + + #. **sÃ©lection du simulateur** : une liste dÃ©roulante de simulateurs connus + par ISIS-Fish. + #. **simulation statique** : cochez ici pour indiquer une simulation + statique, (dÃ©cochÃ© signifie TODO). + #. **simulation cache** : cochez ici pour indiquer une simulation cache, + (dÃ©cochÃ© signifie TODO). + +#. **paramÃ©trage des niveaux de tracage** : cette zone permet la configuration + des niveaux de log Ã utiliser pendant une simulation. + On distingue troix types de tracage diffÃ©rents: + + #. **tracage du simulateur** qui regroupe les traces propres au simulateur + (par dÃ©faut niveau **INFO**) + #. **tracage des scripts** qui regroupe les traces propres aux scripts (par + dÃ©faut niveau **INFO**) + #. **tracage des librairies** qui regroupe les traces du reste. (par dÃ©faut + niveau **ERREUR**) + +#. **ajout de paramÃštres libres** : dans cette zone on peut ajouter de nouveaux + paramÃštres libres. Le boutton **ajouter** ajoute dans la liste des paramÃštres + ajoutÃ©s, le paramÃštres dÃ©fini par le nom de son tag et la valeur du tag. +#. **liste des paramÃštres libres ajoutÃ©s** : cette liste contient l'ensemble + des paramÃštres libres ajoutÃ©s. +#. **supprimer**, pour supprimer un paramÃštre libre ajoutÃ© (il faut + sÃ©lectionner avant un paramÃštre libre.) +#. **sauver pour la prochaine simulation** : pour sauvegarder la configuration + du simulateur pour une prochaine simulation. TODO + +Onglet **Analyse des rÃ©sultats** - Visualisation des rÃ©sultats d'analyses de sensibilitÃ© +======================================================================================== + +.. image:: sensitivity_08_results.png + +#. **Liste des analyses de sensibilitÃ©** : + Liste toute les analyses de sensibilitÃ© connues par ISIS-Fish (attention, + certaines peuvent ne pas Ãªtre terminÃ©es). +#. **Analyse des rÃ©sultats** : + Lance l'analyse des rÃ©sultats Ã partir des rÃ©sultats des simulations et des + scripts d'analyse de sensibilitÃ© et les affiches dans l'espace de + visualisation. + + |tip| L'analyse des rÃ©sultats Ã toujours lieu lors de la fin de la derniÃšre + simulation de l'analyse. Ce bouton permet de relancer des calculs d'analyse + de sensibilitÃ© Ã partir des rÃ©sultats des simulations sans avoir Ã relancer + ces derniÃšres. Cela permet entre autre de modifier les scripts d'analyse de + sensibilitÃ© aprÃšs que les simulations aient tournÃ©. + +#. **Afficher les rÃ©sultats** : + Affiche les rÃ©sultats de l'analyse de sensibilitÃ©. + +#. **Espace de visualisation** : + Espace oÃ¹ sont affichÃ©s les diffÃ©rents rÃ©sultats des analyse de sensibilitÃ©. + Ne sont affichÃ©s que les rÃ©sultats qui ont Ã©tÃ© exportÃ©s par le script + d'analyse de sensibilitÃ©. + +RÃ©cupÃ©ration des rÃ©sultats d'analyse de sensibilitÃ© dans R +========================================================== + +Les scripts d'analyse de sensibilitÃ© utilisent R pour rÃ©aliser leurs calculs. +Les objets utilisÃ©s sont standardisÃ©s et la session R utilisÃ©e est enregistrÃ©e. +Il est donc possible de rÃ©cupÃ©rer les rÃ©sultats des analyses de sensibilitÃ© dans +R afin de les traiter plus en dÃ©tail. + +Trouver le fichier .RData +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +Les rÃ©sultats sont situÃ©s dans un fichier Â« .RData Â» situÃ© dans le rÃ©pertoire +isis-export dÃ©clarÃ© dans votre fichier de configuration. Il est nommÃ© de la +maniÃšre suivante : nomDeLAnalyse.RData + +Contenu du fichier .RData +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +La session R contenue dans le fichier .RData contient de nombreux objets R +obtenus aux diffÃ©rentes Ã©tapes de l'analyse dans Isis. + +isis.factor +!!!!!!!!!!! + +isis.factor est un data.frame Ã 5 colonnes et une ligne par facteur organisÃ© +comme ceci : + +- colonne 1 : nomFacteur +- colonne 2 : Nominal (valeur dans la base) +- colonne 3 : Continu (TRUE/FALSE) +- colonne 4 : Binf (valeur minimum) +- colonne 5 : Bsup (valeur maximum si continu, nombre de modalitÃ© si discret) + +Il a les attributs suivants : + +- un attribut par facteur discret : nomFacteur : list(modalitÃ©s) +- un attribut nomModel : Â« isis-fish-externeR Â» + +isis.factor est enregistrÃ© dans R de la maniÃšre suivante : +nomdel'analyse_0.isis.factor (tous les espaces sont enlevÃ©s dans R). + +isis.factor.distribution +!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! + +Isis.factor.distribution est un data.frame Ã 3 colonnes et une ligne par facteur +organisÃ© comme ceci : + +- colonne 1 : NomFacteur +- colonne 2 : NomDistribution +- colonne 3 : ParametreDistribution + +isis.factor.distribution est enregistrÃ© dans R de la maniÃšre suivante : +nomdel'analyse_0.isis.factor.distribution (tous les espaces sont enlevÃ©s dans +R). + +isis.methodExp +!!!!!!!!!!!!!! + +Isis.methodExp est une liste contenant trois objets : + +- objet 1 : isis.factor +- objet 2 : isis.factor.distribution +- objet 3 : call + +Il a les attributs suivants : + +- un attribut nomModel : Â« isis-fish-externeR Â» + +isis.methodExp est enregistrÃ© dans R de la maniÃšre suivante : +nomdel'analyse_0.isis.methodExp (tous les espaces sont enlevÃ©s dans R). + +isis.simule +!!!!!!!!!!! + +Isis.simule est un data.frame avec une ligne par simulation et un nombre de +colonne Ã©quivalent au nombre de facteur additionnÃ© au nombre de rÃ©sultats pour +l'analyse : + +- colonne 1 Ã k : valeurs des k facteurs. +- colonne k Ã n : valeurs des rÃ©sultats des simulations + +Il a les attributs suivants : + +- un attribut nomModel : Â« isis-fish-externeR Â» +- un attribut call : la mÃ©thode qui a gÃ©nÃ©rÃ© les simulations. + +isis.simule est enregistrÃ© dans R de la maniÃšre suivante : +nomdel'analyse_0.isis.simule (tous les espaces sont enlevÃ©s dans R). + +isis.methodAnalyse +!!!!!!!!!!!!!!!!!! + +Isis.methodAnalyse est une liste contenant 5 objets : + +- objet 1 : isis.factor +- objet 2 : isis.factor.distribution +- objet 3 : isis.simule +- objet 4 : call_method +- objet 5 : analysis_result (objet R contenant les rÃ©sultats de l'analyse, dans +le cas d'un rÃ©sultat calculÃ© par une aov, l'objet est une liste contenant l'aov +et les indices de sensibilitÃ©) + +isis.methodAnalyse est enregistrÃ© dans R de la maniÃšre suivante : +nomdel'analyse_0.nomduresultat.isis.methodAnalyse (tous les espaces sont enlevÃ©s +dans R). + +Liste de tous les objets de la session R +!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! + +N'oubliez pas que vous pouvez obtenir tous les objets de la session R en +utilisant la fonction ls() dans R. \ No newline at end of file Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual.rst =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual.rst (rev 0) +++ isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual.rst 2010-05-31 18:03:57 UTC (rev 3045) @@ -0,0 +1,23 @@ +Documentation utilisateur +------------------------- + +- Introduction_ +- `Interface utilisateur`_ + + + `Saisie de pecheries`_ + + `Lanceur de simulations`_ + + `Lanceur d analyse de sensibilite`_ + + `Rendu des resultats`_ + + `Editeur de script`_ + + `Queue de simulation`_ +- `Plan d experience/Plan d analyse`_ +- `Analyses de sensibilite`_ + +.. _Introduction:: userManual/introduction.html +.. _Interface utilisateur:: userManual/GUI.html +.. _Saisie de pecheries:: userManual/inputs.html +.. _Lanceur de simulations:: userManual/launcher.html +.. _Lanceur d analyse de sensibilite:: userManual/sensitivity.html +.. _Rendu des resultats:: userManual/results.html +.. _Editeur de script:: userManual/scripts.html +.. _Queue de simulation:: userManual/queue.html \ No newline at end of file Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/download.rst =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/rst/download.rst (rev 0) +++ isis-fish/trunk/src/site/rst/download.rst 2010-05-31 18:03:57 UTC (rev 3045) @@ -0,0 +1,38 @@ +===================== +TÃ©lÃ©charger ISIS-Fish +===================== + +ISIS-Fish (Version Java) +------------------------ + +La version Java d'ISIS-Fish est la seule supportÃ©e sur ce site. Vous pouvez +tÃ©lÃ©charger la derniÃšre version (ou les anciennes) Ã partir d'ici. + +Telechargement__ (derniÃšre version : Avril 2010) + +__ http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/download/version3/ + + +Base Golfe de Gascogne +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +Voici une base de dÃ©monstration utilisable sur la version 3.3.0.3 d'ISIS-Fish. + +`Base Golfe de Gascogne`_ + +.. _Base Golfe de Gascogne::downloads/GolfeDeGascogneDemoV3.3.0.3.zip + + +ISIS-Fish (Version R) +--------------------- + +La version R d'ISIS-Fish nommÃ©e FLISIS et faisant partie du projet FLR n'est pas +supportÃ©e sur ce site. Vous pouvez nÃ©anmoins la tÃ©lÃ©charger Ã partir d'ici. + +Telechargement__ (derniÃšre version : Janvier 2009) + +__ downloads/FLIsis_1.1.2.zip + +`Site du projet`_ + +.. _Site du projet::http://flr-project.org/wiki/doku.php?id=applications:isisflr Modified: isis-fish/trunk/src/site/rst/index.rst =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/rst/index.rst 2010-05-29 11:48:10 UTC (rev 3044) +++ isis-fish/trunk/src/site/rst/index.rst 2010-05-31 18:03:57 UTC (rev 3045) @@ -28,7 +28,6 @@ celui-ci. L'analyse et la rÃ©alisation technique ont Ã©tÃ© confiÃ©es Ã diffÃ©rents partenaires: -- Irin (Intitue de Recherche en Informatique de Nantes) +- Irin (Institut de Recherche en Informatique de Nantes) - Cogitec (http://www.cogitec.fr) - Code Lutin (http://www.codelutin.com) - Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/news.rst =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/rst/news.rst (rev 0) +++ isis-fish/trunk/src/site/rst/news.rst 2010-05-31 18:03:57 UTC (rev 3045) @@ -0,0 +1,42 @@ +========================================= +Les Ã©vÃšnements autour du projet Isis-FISH +========================================= + +2010 +---- + +- *20-24 septembre 2010* : `Conference annuelle du CIEM - Nantes`_ , FRANCE +- *7 juillet 2010* : ConfÃ©rence ISIS-Fish aux RMLL_ - Bordeaux, FRANCE +- *7-11 juin 2010* : `Ecole chercheur`_ (Analyse de sensibilitÃ©) - Giens, FRANCE + +2009 +---- + +- *1-3 dÃ©cembre 2009* : Atelier collaboration IFREMER-MPO dans le cadre de lâApproche ÃcosystÃ©mique - Rimouski, CANADA +- *21-26 septembre 2009* : `Conference annuelle du CIEM - Berlin`_ , ALLEMAGNE +- *14-18 septembre 2009* : SÃ©minaire Utilisateurs ISIS-Fish - Nantes, FRANCE - Inscriptions_ +- *8-11 septembre 2009* : `Atelier franco-australien - modeles bio-economiques`_ +- *29 aoÃ»t - 4 septembre 2009* : `Groupe de travail CIEM`_ (WKSHORT) : comparaison de modÃšles pour l'Anchois +- *11-14 mai 2009* : Ecole chercheur (Analyse de sensibilitÃ©) + +2008 +---- + +- *3-4 dÃ©cembre 2008* : rÃ©union Mexico_ Ã Montpellier, France +- *28 novembre 2008* : causerie au dÃ©partement EMH, le modÃšle ISIS-Fish anchois dans le Golfe de Gascogne +- *22-26 septembre 2008* : `Conference annuelle du CIEM - Halifax`_ , CANADA +- *2 juillet 2008* : PrÃ©sentation Isis-FISH aux RMLL_ +- *5 et 6 juin 2008* : rÃ©union Mexico_ Ã Nantes, FRANCE + + +...................................Links........................................... + +.. _RMLL::http://rmll.info +.. _Conference annuelle du CIEM - Nantes::http://www.ices.dk/iceswork/asc/2010/index.asp +.. _Ecole chercheur:: http://www.reseau-mexico.fr/node/165 +.. _Conference annuelle du CIEM - Berlin::http://www.ices.dk/iceswork/asc/2009/index.asp +.. _Inscriptions::http://pollen.chorem.org/pollen/poll/VoteFor/3e830a78-a9a9-4… +.. _Atelier franco-australien - modeles bio-economiques::http://www.umr-amure.fr/pg_workshop_fast.php +.. _Conference annuelle du CIEM - Halifax::http://www.ices.dk/iceswork/asc/2008/index.asp +.. _Groupe de travail CIEM::http://www.ices.dk/workinggroups/ViewWorkingGroup.aspx?ID=345 +.. _Mexico::http://www.avignon.inra.fr/mexico/index.php/Accueil \ No newline at end of file Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/presentation.rst =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/rst/presentation.rst (rev 0) +++ isis-fish/trunk/src/site/rst/presentation.rst 2010-05-31 18:03:57 UTC (rev 3045) @@ -0,0 +1,29 @@ +ISIS-Fish +--------- + +ISIS-Fish est un simulateur de pÃªcherie complexe. Il est entiÃšrement Ã©crit en +Java. Dans sa version 2 Le langage de script utilisÃ© Ã©tait ECMAScript, depuis la +version 3 on utilise directement du Java, ce qui permet de faire des +vÃ©rification syntaxique et indiquer Ã l'utilisateur la ligne en erreur. + +Pour utiliser Isis-fish, il vous faut Java d'installÃ© sur votre machine. + +Les caractÃ©ristiques sont : + + * Base de donnÃ©es embarquÃ©e + * CrÃ©ation d'autant de rÃ©gion de pÃªche, contenant autant de population que l'on souhaite + * CrÃ©ation de mesures de gestion en langage de script + * PossibilitÃ© de modifier la faÃ§on de simuler en langage de script + * PossibilitÃ© d'exÃ©cuter une suite de simulations en modifiant une ou des donnÃ©es de simulation + * PossibilitÃ© d'envoyer les simulations ce faire sur une autre machine + * Affichage des rÃ©sultats spatialement (carte) ou temporellement (graph) + * PossibilitÃ© de publier les rÃ©sultats d'une simulation sur un serveur + * PossibilitÃ© de publier une rÃ©gion sur un serveur + +Ce projet est un projet initiÃ© Ã la demande de l'Ifremer et financÃ© par +celui-ci. L'analyse et la rÃ©alisation technique ont Ã©tÃ© confiÃ©es Ã diffÃ©rents +partenaires : + + * Irin (Institut de Recherche en Informatique de Nantes) + * Cogitec ( http://www.cogitec.fr ) + * Code Lutin ( http://www.codelutin.com ) \ No newline at end of file Modified: isis-fish/trunk/src/site/site_fr.xml =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/site_fr.xml 2010-05-29 11:48:10 UTC (rev 3044) +++ isis-fish/trunk/src/site/site_fr.xml 2010-05-31 18:03:57 UTC (rev 3045) @@ -28,7 +28,34 @@ <item name="en]" href="http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/en/index.html"/> </links> - <menu name="Survol"> + <menu name="ISIS-Fish"> + <item name="Presentation" href="index.html"/> + <item name="Nouvelles" href="news.html"/> + <item name="Téléchargement" href="download.html"/> + <item name="Documentation" href=""> + <item name="Installation" href="documentation/installation.html"/> + <item name="Manuel utilisateur" href="documentation/userManual.html"/> + <item name="Tutoriaux" href=""/> + <item name="FAQ" href=""/> + <item name="Manuel développeur" href=""/> + <item name="Documentation des APIs" href=""/> + <item name="Exemples de scripts ISIS" href=""/> + <item name="Exemples de scripts R" href=""/> + </item> + <item name="Publications" href=""/> + <item name="Projets de recherche" href=""/> + <item name="Historique" href=""> + <item name="Le projet" href=""/> + <item name="Journal des modifications" href=""/> + <item name="Version 1" href=""/> + <item name="Version 2" href=""/> + </item> + <item name="Autres utilitaires" href=""/> + <item name="License" href=""/> + <item name="Contact/Assistance" href=""/> + </menu> + +  ${reports}

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r3044 - isis-fish/trunk
by tchemit＠users.labs.libre-entreprise.org 29 May '10

29 May '10

Author: tchemit Date: 2010-05-29 11:48:10 +0000 (Sat, 29 May 2010) New Revision: 3044 Log: - improve build (costy operations are only done in release process : assembly, javadoc, reports) - use pluginManagments - fix multiple plugin declaration (joins them to one with multi execution) - bump javadoc to 2.7.1 - bump mavenpom4labs to 2.1.3 - bump i18n to 1.2.2 - bump eugene to 2.0.1 - bump jrst to 1.1.1 Modified: isis-fish/trunk/pom.xml Modified: isis-fish/trunk/pom.xml =================================================================== --- isis-fish/trunk/pom.xml 2010-05-18 09:33:49 UTC (rev 3043) +++ isis-fish/trunk/pom.xml 2010-05-29 11:48:10 UTC (rev 3044) @@ -5,7 +5,7 @@ <parent> <groupId>org.nuiton</groupId> <artifactId>mavenpom4labs</artifactId> - <version>2.0.4</version> + <version>2.1.3</version> </parent> <groupId>ifremer</groupId> @@ -448,19 +448,19 @@  <projectId>isis-fish</projectId> <labs.id>8</labs.id> - <javadoc.version>2.6.1</javadoc.version> + <javadoc.version>2.7.1</javadoc.version> <siteLocales>fr,en</siteLocales> <maven.jar.main.class>fr.ifremer.isisfish.IsisFish</maven.jar.main.class> <license.licenseName>gpl_v2</license.licenseName>  <jaxx.version>1.7.1</jaxx.version> - 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r3043 - isis-fish/trunk
by chatellier＠users.labs.libre-entreprise.org 18 May '10

18 May '10

Author: chatellier Date: 2010-05-18 09:33:49 +0000 (Tue, 18 May 2010) New Revision: 3043 Log: Update commons-math Modified: isis-fish/trunk/pom.xml Modified: isis-fish/trunk/pom.xml =================================================================== --- isis-fish/trunk/pom.xml 2010-05-11 12:04:09 UTC (rev 3042) +++ isis-fish/trunk/pom.xml 2010-05-18 09:33:49 UTC (rev 3043) @@ -119,7 +119,7 @@ <dependency> <groupId>org.apache.commons</groupId> <artifactId>commons-math</artifactId> - <version>2.0</version> + <version>2.1</version> <scope>compile</scope> </dependency>

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r3042 - isis-fish/trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/logging/console
by chatellier＠users.labs.libre-entreprise.org 11 May '10

11 May '10

Author: chatellier Date: 2010-05-11 12:04:09 +0000 (Tue, 11 May 2010) New Revision: 3042 Log: Remove all lutinlog references Modified: isis-fish/trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/logging/console/LogConsole.java Modified: isis-fish/trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/logging/console/LogConsole.java =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/logging/console/LogConsole.java 2010-05-03 13:51:49 UTC (rev 3041) +++ isis-fish/trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/logging/console/LogConsole.java 2010-05-11 12:04:09 UTC (rev 3042) @@ -23,7 +23,6 @@ import org.apache.commons.logging.LogFactory; import static org.nuiton.i18n.I18n._; import org.nuiton.widget.IconFactory; -import org.nuiton.log.LutinLogFactory; import javax.swing.*; import javax.swing.event.ChangeEvent; @@ -330,9 +329,7 @@ } public static void IsisStart() { - // LutinLogFactory make memory leak !!! - //System.setProperty("org.apache.commons.logging.LogFactory", - // LutinLogFactory.class.getName()); + try { IsisFish.init(); } catch (Exception e) {

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r3041 - isis-fish/trunk
by chatellier＠users.labs.libre-entreprise.org 03 May '10

03 May '10

Author: chatellier Date: 2010-05-03 13:51:49 +0000 (Mon, 03 May 2010) New Revision: 3041 Log: Update svnkit Modified: isis-fish/trunk/pom.xml Modified: isis-fish/trunk/pom.xml =================================================================== --- isis-fish/trunk/pom.xml 2010-05-03 08:43:46 UTC (rev 3040) +++ isis-fish/trunk/pom.xml 2010-05-03 13:51:49 UTC (rev 3041) @@ -296,7 +296,7 @@ <dependency> <groupId>org.tmatesoft.svnkit</groupId> <artifactId>svnkit</artifactId> - <version>1.3.2-1</version> + <version>1.3.3</version> <scope>compile</scope> </dependency>

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r3040 - isis-fish/trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish
by chatellier＠users.labs.libre-entreprise.org 03 May '10

03 May '10

Author: chatellier Date: 2010-05-03 08:43:46 +0000 (Mon, 03 May 2010) New Revision: 3040 Log: Increase version Modified: isis-fish/trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/IsisConfig.java Modified: isis-fish/trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/IsisConfig.java =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/IsisConfig.java 2010-04-30 12:09:05 UTC (rev 3039) +++ isis-fish/trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/IsisConfig.java 2010-05-03 08:43:46 UTC (rev 3040) @@ -113,7 +113,7 @@ * migration de donnees demande automatiquement un changement de version * d'application. */ - protected final static Version version = new Version(3, 3, 0, 3); + protected final static Version version = new Version(3, 3, 0, 4); protected final static Version databaseVersion = new Version( version.getNumber(0), version.getNumber(1)); protected final static Version apiVersion = new Version(

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