Author: echatellier Date: 2012-04-10 15:20:22 +0200 (Tue, 10 Apr 2012) New Revision: 3677 Url: http://forge.codelutin.com/repositories/revision/isis-fish/3677 Log: Utilisation de R sur caparmor Modified: trunk/src/main/resources/templates/ssh/qsub-script.ftl trunk/src/site/rst/documentation/devel/rcaparmor.rst Modified: trunk/src/main/resources/templates/ssh/qsub-script.ftl =================================================================== --- trunk/src/main/resources/templates/ssh/qsub-script.ftl 2012-04-05 15:46:30 UTC (rev 3676) +++ trunk/src/main/resources/templates/ssh/qsub-script.ftl 2012-04-10 13:20:22 UTC (rev 3677) @@ -26,8 +26,7 @@ cd "${isishome}" -setenv R_HOME /home3/caparmor/poussin/R/lib64/R -setenv PATH ${r"${R_HOME}"}/bin:${r"${PATH}"} +setenv R_HOME /appli/R/2.15.0-gnu-4.3/lib64/R setenv LD_LIBRARY_PATH ${r"${R_HOME}"}/lib <#assign commonCommand="${javapath} -Djava.library.path=jri64 -DR.type=jni -Xmx2000M -jar isis-fish*.jar" /> Modified: trunk/src/site/rst/documentation/devel/rcaparmor.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/documentation/devel/rcaparmor.rst 2012-04-05 15:46:30 UTC (rev 3676) +++ trunk/src/site/rst/documentation/devel/rcaparmor.rst 2012-04-10 13:20:22 UTC (rev 3677) @@ -4,16 +4,14 @@ Version caparmor ---------------- -La version de R fournie par caparmor n'est pas utilisable:: +La version de R doit avoir été compilée avec l'option par "--enable-R-shlib" +sinon, le fichier "libR.so" est manquant:: ll /appli/R/2.14.2-gnu-4.3/lib64/R/lib -rwxr-xr-x 1 root root 467061 Mar 5 14:13 libRblas.so -rwxr-xr-x 1 root root 3977966 Mar 5 14:13 libRlapack.so -Il manque le fichier "libR.so" parce que R n'a pas été compilé avec l'option -"--enable-R-shlib". - Recompilation de R ------------------ @@ -34,7 +32,7 @@ Installation des librairies pour la version que l'on vient de compiler:: - /home3/caparmor/poussin/R-2.15/bin/R + module load R/2.15.0-gnu-4.3 install.packages("FLCore", repos="http://flr-project.org/R") install.packages("FLXSA", repos="http://flr-project.org/R") @@ -44,8 +42,7 @@ Ajouter dans les script csh:: - setenv R_HOME /home3/caparmor/poussin/R/lib64/R - setenv PATH ${R_HOME}/bin:${PATH} + setenv R_HOME /appli/R/2.15.0-gnu-4.3/lib64/R setenv LD_LIBRARY_PATH ${R_HOME}/lib Et lancer les simulations avec tous les composants en 64 bits