Communication ISIS - R en direct ou via l'intermédiaire de fichiers.
Bonjour à tous , je me présente au passage pour ceux qui ne me connaissent pas, je suis le nouveau stagiaire de Stéphanie et je vais travailler sur une application Isis au Canada. En attendant j'essaye d'intégrer un module XSA (eXtended Survivor Analysis) à Isis, qui permet de faire une évaluation de stock chaque année (méthode utilisée dans les groupes de travail). L'idée est de pouvoir derrière utiliser les sorties de XSA dans des règles de gestion par exemple. Je désire exporter vers R des sorties ISIS avec un pas de temps annuel, faire tourner un script R sur ces sorties, et ensuite réimporter dans ISIS les sorties R. J'ai regardé un peu le code pour la connection à R (je débute en java). Ma question principale est la suivante : vaut-il mieux transmettre les matrices dont j'ai besoin à R en flux tendu, en exportant directement de Isis à R. Ou au contraire exporter les matrices dans des csv et les importer ensuite avec R. J'ai déjà testé cette option en enregistrant manuellement les csv depuis Isis et ca fonctionnait (après un remaniement des matrices pour coller au format demandé par le package utilisé dans R). Je suis au passage preneur de tout conseil ou exemple pour faire communiquer Isis et R. Merci, Benoit.
Salut, Et ben t'as bien de la chance d'aller faire un tour à l'IML! Pour ta question, sachant que les temps de lecture et écriture disque dur sont des facteurs limitant car long, je pense que si tu as moyen de communiquer directement entre isis et R, cela doit être plus rapide. Enfin, j'ai jamais essayé cela dit... bonjour, Hilaire Le 11/03/2010 10:07, Benoit Archambault a écrit :
Bonjour à tous , je me présente au passage pour ceux qui ne me connaissent pas, je suis le nouveau stagiaire de Stéphanie et je vais travailler sur une application Isis au Canada.
En attendant j'essaye d'intégrer un module XSA (eXtended Survivor Analysis) à Isis, qui permet de faire une évaluation de stock chaque année (méthode utilisée dans les groupes de travail). L'idée est de pouvoir derrière utiliser les sorties de XSA dans des règles de gestion par exemple.
Je désire exporter vers R des sorties ISIS avec un pas de temps annuel, faire tourner un script R sur ces sorties, et ensuite réimporter dans ISIS les sorties R. J'ai regardé un peu le code pour la connection à R (je débute en java). Ma question principale est la suivante : vaut-il mieux transmettre les matrices dont j'ai besoin à R en flux tendu, en exportant directement de Isis à R. Ou au contraire exporter les matrices dans des csv et les importer ensuite avec R. J'ai déjà testé cette option en enregistrant manuellement les csv depuis Isis et ca fonctionnait (après un remaniement des matrices pour coller au format demandé par le package utilisé dans R).
Je suis au passage preneur de tout conseil ou exemple pour faire communiquer Isis et R.
Merci, Benoit.
_______________________________________________ Isis-fish-devel mailing list Isis-fish-devel@list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-devel
Je désire exporter vers R des sorties ISIS avec un pas de temps annuel, faire tourner un script R sur ces sorties, et ensuite réimporter dans ISIS les sorties R. J'ai regardé un peu le code pour la connection à R (je débute en java). Ma question principale est la suivante : vaut-il mieux transmettre les matrices dont j'ai besoin à R en flux tendu, en exportant directement de Isis à R. Ou au contraire exporter les matrices dans des csv et les importer ensuite avec R. J'ai déjà testé cette option en enregistrant manuellement les csv depuis Isis et ca fonctionnait (après un remaniement des matrices pour coller au format demandé par le package utilisé dans R). Je pense que la solution d'export csv est peut-être la plus simple à mettre en place d'autant plus qu'elle permet de conserver les fichiers csv pour les consulter après la simulation. Par contre elle peut être
Benoit Archambault wrote: très couteuse en espace disque suivant le volume des matrices exportées de même qu'en temps. A voir ce que cela implique, tu peux faire des tests, ce n'est pas très compliqué, je pense que tu dois faire une règle de gestion qui s'effectue à chaque pas de temps et fait rien, par contre à chaque fin d'année, tu fais ton export csv et tu appelles tes méthodes R et tu réimportes ce que tu veux derrière. Regarde le temps que ça prends et l'espace disque. Si ça augmente pas trop par rapport à une simu sans cette règle, c'est viable, sinon faudra dialoguer directement avec R. C'est pas si compliqué que ça, il faut juste bien parser les matrices pour les envoyer à R, à voir si tu peux pas rajouter des méthodes utilitaires dans la librairie nuiton-j2r pour ça
Je suis au passage preneur de tout conseil ou exemple pour faire communiquer Isis et R.
Dans isis-fish-data, tu as plein d'examples (les méthodes d'analyse de sensibilité). Tu peux aussi regarder le code de la librairie nuiton-j2r http://www.nuiton.org/projects/show/nuiton-j2r J'espère que je t'ai pas fait peur ;) mais le dialogue java-R n'est pas très compliqué tu vas voir Jean Couteau Code Lutin
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