Report de Bug via la liste !!!
Quelques remarques/bugs rapidos sur la V4 : Maintenant que l'on peut lancer plusieurs versions d'ISIS, il faudrait en haut de la fenetre avoir ISIS-Fish V??? au lieu de Simulation Ifremer. Est-il possible d'ajouter le logo d'ISIS? passage d'un groupe mature à une ogive de maturite attention l'equation ogive n'est pas remplie par defaut en utilisant le groupe ogive de maturite il me semble que cette conversion ne devrait pas etre trop difficile il suffit d'avoir le nombre de groupe pour connaitre le nombre de case et de mettre return 0; pour tous les groupes supérieur au groupe if (group == null) return 0; switch (group.getId()) { case 1: return 0; case 7: return 0; case 2: return 1; case 6: return 1; case 5: return 1; case 3: return 1; case 9: return 1; case 4: return 1; case 8: return 1; case 0: return 0.0; default: return 0; } passage en equation du taux de reprodiction : idem la conversion n'est pas faite et elle est faisable puisque dans les versions anterieures on a une valeur par groupe. Dans les scripts d'export de l'AS pour SpawningBiomass (Y2,Y5,Y8,Y11) j'ai vu que l'on prenait le coefficient group.getReproductionRate.... fatal error!!! il devrait s'agir d'un coefficient qui vaut 1 si le groupe est > groupeMature et 0 sinon. Dans la V4 il faut que cela soit le resultat de l'équation de l'ogive de maturite. Jean, peux-tu changer Ca? -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas@ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................
Le 29/11/2011 16:29, Stephanie MAHEVAS a écrit :
Quelques remarques/bugs rapidos sur la V4 :
Maintenant que l'on peut lancer plusieurs versions d'ISIS, il faudrait en haut de la fenetre avoir ISIS-Fish V??? au lieu de Simulation Ifremer. Fait.
Est-il possible d'ajouter le logo d'ISIS? Tu peux me l'envoyer ?
passage d'un groupe mature à une ogive de maturite attention l'equation ogive n'est pas remplie par defaut en utilisant le groupe ogive de maturite il me semble que cette conversion ne devrait pas etre trop difficile
il suffit d'avoir le nombre de groupe pour connaitre le nombre de case et de mettre return 0; pour tous les groupes supérieur au groupe if (group == null) return 0; switch (group.getId()) { case 1: return 0; case 7: return 0; case 2: return 1; case 6: return 1; case 5: return 1; case 3: return 1; case 9: return 1; case 4: return 1; case 8: return 1; case 0: return 0.0; default: return 0; }
passage en equation du taux de reprodiction : idem la conversion n'est pas faite et elle est faisable puisque dans les versions anterieures on a une valeur par groupe. En fait, pendant la migration, les anciens champs sont perdu. C'est d'ailleurs pour ca que la version est passé en V4, car la migration automatique n'était pas faisable.
Je peux quand même l'ajouter dans la doc. -- Éric Chatellier <chatellier@codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com
-----BEGIN PGP SIGNED MESSAGE----- Hash: SHA1 Le 29/11/2011 16:29, Stephanie MAHEVAS a écrit :
Dans les scripts d'export de l'AS pour SpawningBiomass (Y2,Y5,Y8,Y11) j'ai vu que l'on prenait le coefficient group.getReproductionRate.... fatal error!!! il devrait s'agir d'un coefficient qui vaut 1 si le groupe est > groupeMature et 0 sinon. Dans la V4 il faut que cela soit le resultat de l'équation de l'ogive de maturite. Jean, peux-tu changer Ca?
Fait : http://forge.codelutin.com/issues/555 -----BEGIN PGP SIGNATURE----- Version: GnuPG v2.0.18 (GNU/Linux) Comment: Using GnuPG with Mozilla - http://enigmail.mozdev.org/ iQEcBAEBAgAGBQJO1fnKAAoJEFOQdnjKiPj39EwIAIkjqVCB73DRp+MwY0x1sjFx Y1sKw13H4TtDNPBg7h4c06OpyoWCnxSAm/5yymCUWKrJXZG6M9d/bcPouzzHzMRs JvLxc8ycJjmgTo/ZTw8CRAkJpSeZ+e4Chz46vy5u8Q7vxF4nSLPrZQvlaLB3Vhof dn8/e3m2YxOHiWhaKty2aSABj4tVpxbJteJIclrPhebdwfg9dbmuclmor4HJMH68 zRhsRwHDW//bm6RhcQ0liFud+mDA7djTIj7JET/2pJAJ9vpPddjSJBid7BsmFZtt L1uSFzt5oFLzr+BqrMZ31dgUYAV8T+W1LsLupHYPAIKI0f20BZftTXpWM0ETvbY= =mYqM -----END PGP SIGNATURE-----
Salut, merci pour la nouvelle version la migration fonctionne. voici les bugs detectes jusqu ici. je lance simu avec regles et plan d analyse ce soir. A+ A l ouverture d isis: - proposition de mise a jour des scripts: SensitivitySpawningBiomassRelativeY5, SensitivitySpawningBiomassReferenceY8, DefaultSimulator, SensitivitySpawningBiomassY2, SensitivitySpawningBiomassRelativeReferenceY11 je sais pas pourquoi mais OK - a la selection de la base: demande d effectuer la migration de la base OK Revue de la base et potentiels problemes - equation ogive de maturite/ taux de reproduction vide sinon OK Bug d interface: - Apres avoir clique sur une equation de target factor impossible de cliquer ailleurs dans la partie target factor, ni de changer de metier (les autres onglets engins etc sont accessibles) Lancement de simu sans regle OK Rem: tres bien la nouvelle interface pour entrer les effectifs initiaux ! Bug interface de resulats : Affichage abondance, biomass, catch etc : erreur ci dessous quelque soit l agregation demandee. Les csv contenant les resultats dans isis-database-4 est OK Message: java.util.NoSuchElementException: L'élément demandé [0, -1] n'existe pas dans la matrice [12, 7] Level: SEVERE Stack Trace: L'élément demandé [0, -1] n'existe pas dans la matrice [12, 7] org.nuiton.math.matrix.BasicMatrix.checkPos(BasicMatrix.java:268) org.nuiton.math.matrix.BasicMatrix.coordonatesToLinear(BasicMatrix.java:199) org.nuiton.math.matrix.BasicMatrix.getValue(BasicMatrix.java:150) org.nuiton.math.matrix.MatrixNDImpl.getValue(MatrixNDImpl.java:96) org.nuiton.math.matrix.AbstractMatrixND.getValue(AbstractMatrixND.java:380) org.nuiton.math.matrix.viewer.renderer.jfreechart.GraphMatrixNDDataset.getValue(GraphMatrixNDDataset.java:250) org.jfree.data.general.DatasetUtilities.iterateToFindRangeBounds(DatasetUtilities.java:1176) org.jfree.data.general.DatasetUtilities.findRangeBounds(DatasetUtilities.java:855) org.jfree.chart.renderer.category.AbstractCategoryItemRenderer.findRangeBounds(AbstractCategoryItemRenderer.java:639) org.jfree.chart.renderer.category.BarRenderer.findRangeBounds(BarRenderer.java:907) org.jfree.chart.renderer.category.AbstractCategoryItemRenderer.findRangeBounds(AbstractCategoryItemRenderer.java:611) org.jfree.chart.plot.CategoryPlot.getDataRange(CategoryPlot.java:4313) org.jfree.chart.axis.NumberAxis.autoAdjustRange(NumberAxis.java:431) org.jfree.chart.axis.NumberAxis.configure(NumberAxis.java:414) org.jfree.chart.axis.Axis.setPlot(Axis.java:968) org.jfree.chart.plot.CategoryPlot.<init>(CategoryPlot.java:620) org.nuiton.math.matrix.viewer.renderer.MatrixChartRenderer.getCategoryPlot(MatrixChartRenderer.java:171) org.nuiton.math.matrix.viewer.renderer.MatrixChartRenderer.getJFreeChart(MatrixChartRenderer.java:183) org.nuiton.math.matrix.viewer.renderer.MatrixChartRenderer.getJFreeChartPanel(MatrixChartRenderer.java:99) org.nuiton.math.matrix.viewer.renderer.MatrixChartRenderer.getComponent(MatrixChartRenderer.java:74) org.nuiton.math.matrix.viewer.MatrixViewerPanel$IconButtonRenderingPanel.actionPerformed(MatrixViewerPanel.java:315) javax.swing.AbstractButton.fireActionPerformed(Unknown Source) javax.swing.AbstractButton$Handler.actionPerformed(Unknown Source) javax.swing.DefaultButtonModel.fireActionPerformed(Unknown Source) javax.swing.DefaultButtonModel.setPressed(Unknown Source) javax.swing.plaf.basic.BasicButtonListener.mouseReleased(Unknown Source) java.awt.Component.processMouseEvent(Unknown Source) javax.swing.JComponent.processMouseEvent(Unknown Source) java.awt.Component.processEvent(Unknown Source) java.awt.Container.processEvent(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.retargetMouseEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.processMouseEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Window.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.EventQueue.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.EventQueue.access$000(Unknown Source) java.awt.EventQueue$1.run(Unknown Source) java.awt.EventQueue$1.run(Unknown Source) java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) java.security.AccessControlContext$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) java.security.AccessControlContext$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) java.awt.EventQueue$2.run(Unknown Source) java.awt.EventQueue$2.run(Unknown Source) java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) java.security.AccessControlContext$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) java.awt.EventQueue.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.run(Unknown Source) -- Sigrid Lehuta Post-doctorante, Institut de Recherche du Golfe du Maine, USA contact : + 1-207-228-1695 / slehuta@ifremer.fr / slehuta@gmri.org http://www.gmri.org/people/bio.asp?ID=344 Membre de l'Association Française d'Halieutique http://halieutique.agrocampus-ouest.fr/afh/index.html
Le 30/11/2011 16:58, Sigrid.Lehuta@ifremer.fr a écrit :
A l ouverture d isis: - proposition de mise a jour des scripts: SensitivitySpawningBiomassRelativeY5, SensitivitySpawningBiomassReferenceY8, DefaultSimulator, SensitivitySpawningBiomassY2, SensitivitySpawningBiomassRelativeReferenceY11 je sais pas pourquoi mais OK
Jean a corrigé els script d'export, isis les a récupéré.
Bug d interface: - Apres avoir clique sur une equation de target factor impossible de cliquer ailleurs dans la partie target factor, ni de changer de metier (les autres onglets engins etc sont accessibles)
Je n'ai pas compris ce problème.
Bug interface de resulats :
Affichage abondance, biomass, catch etc : erreur ci dessous quelque soit l agregation demandee. Les csv contenant les resultats dans isis-database-4 est OK Message: java.util.NoSuchElementException: L'élément demandé [0, -1] n'existe pas dans la matrice [12, 7] Level: SEVERE Stack Trace: L'élément demandé [0, -1] n'existe pas dans la matrice [12, 7]
Jean a eu la même chose, mais pas moyen de le reproduire. On retestera demain. -- Éric Chatellier <chatellier@codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com
Bug d interface: - Apres avoir clique sur une equation de target factor impossible de cliquer ailleurs dans la partie target factor, ni de changer de metier (les autres onglets engins etc sont accessibles)
Je n'ai pas compris ce problème.
oui desolee c est difficile a expliquer: j ai ete dans la partie target factor. et dans l onglet des equations j ai clique sur l une d elle pour la visualiser. elle apparait dans une autre fenetre impec. je ferme la fenetre. et la plus moyen de cliquer sur quoi que ce soit d autre dans l interface du target factor. tout est gele. je ne peux pas selectionner une autre saison, ni regarder une autre equation pour une autre espece rien. J ai essaye de selectionner un autre metier dans l arborescence sur le cote, ca ne marche pas. par contre j ai pu aller dans les interfaces de pop, engin etc sans probleme. J espere que c est plus clair. en gros pour reproduire, essaie d ouvrir une equation de target factor, ferme la et regarde ce qu il se passe. Merci.
-- Éric Chatellier <chatellier@codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com
_______________________________________________ Isis-fish-devel mailing list Isis-fish-devel@list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-devel
-- Sigrid Lehuta Post-doctorante, Institut de Recherche du Golfe du Maine, USA contact : + 1-207-228-1695 / slehuta@ifremer.fr / slehuta@gmri.org http://www.gmri.org/people/bio.asp?ID=344 Membre de l'Association Française d'Halieutique http://halieutique.agrocampus-ouest.fr/afh/index.html
Bug d interface: - Apres avoir clique sur une equation de target factor impossible de cliquer ailleurs dans la partie target factor, ni de changer de metier (les autres onglets engins etc sont accessibles)
Je n'ai pas compris ce problème.
oui desolee c est difficile a expliquer: j ai ete dans la partie target factor. et dans l onglet des equations j ai clique sur l une d elle pour la visualiser. elle apparait dans une autre fenetre impec. je ferme la fenetre. et la plus moyen de cliquer sur quoi que ce soit d autre dans l interface du target factor. tout est gele. je ne peux pas selectionner une autre saison, ni regarder une autre equation pour une autre espece rien. J ai essaye de selectionner un autre metier dans l arborescence sur le cote, ca ne marche pas.
par contre j ai pu aller dans les interfaces de pop, engin etc sans probleme.
J espere que c est plus clair. en gros pour reproduire, essaie d ouvrir une equation de target factor, ferme la et regarde ce qu il se passe.
Ce n'est pas lié au fait que tu modifie l'equation en cliquant sur OK et que tu dois sauver les modifications pour que que les champs se dégrises ? -- Éric Chatellier
hello, ca a l air en effet lie a la sauvegarde. tout se passe bien jusqu a ce que je selectionne un autre metier, la fenetre "l equation a ete modifie voulez vous enregistrer les modifications?" apparait et quelque soit le choix (oui ou non) l'interface se "grise". Il faut cliquer sur le bouton "sauver" (en bas de la fenetre) pour que l interface se degele. c est un peu bisarre, cliquer oui ou non devrait suffire non ? Quoting Eric Chatellier <chatellier@codelutin.com>:
Bug d interface: - Apres avoir clique sur une equation de target factor impossible de cliquer ailleurs dans la partie target factor, ni de changer de metier (les autres onglets engins etc sont accessibles)
Je n'ai pas compris ce problème.
oui desolee c est difficile a expliquer: j ai ete dans la partie target factor. et dans l onglet des equations j ai clique sur l une d elle pour la visualiser. elle apparait dans une autre fenetre impec. je ferme la fenetre. et la plus moyen de cliquer sur quoi que ce soit d autre dans l interface du target factor. tout est gele. je ne peux pas selectionner une autre saison, ni regarder une autre equation pour une autre espece rien. J ai essaye de selectionner un autre metier dans l arborescence sur le cote, ca ne marche pas.
par contre j ai pu aller dans les interfaces de pop, engin etc sans probleme.
J espere que c est plus clair. en gros pour reproduire, essaie d ouvrir une equation de target factor, ferme la et regarde ce qu il se passe.
Ce n'est pas lié au fait que tu modifie l'equation en cliquant sur OK et que tu dois sauver les modifications pour que que les champs se dégrises ?
-- Éric Chatellier
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-- Sigrid Lehuta Post-doctorante, Institut de Recherche du Golfe du Maine, USA contact : + 1-207-228-1695 / slehuta@ifremer.fr / slehuta@gmri.org http://www.gmri.org/people/bio.asp?ID=344 Membre de l'Association Française d'Halieutique http://halieutique.agrocampus-ouest.fr/afh/index.html
Le 01/12/2011 01:04, Sigrid.Lehuta@ifremer.fr a écrit :
hello, ca a l air en effet lie a la sauvegarde. tout se passe bien jusqu a ce que je selectionne un autre metier, la fenetre "l equation a ete modifie voulez vous enregistrer les modifications?" apparait et quelque soit le choix (oui ou non) l'interface se "grise". Il faut cliquer sur le bouton "sauver" (en bas de la fenetre) pour que l interface se degele.
c est un peu bisarre, cliquer oui ou non devrait suffire non ? Je l'ai reproduit et résolu.
-- Éric Chatellier <chatellier@codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com
Le 01/12/2011 16:52, Eric Chatellier a écrit :
Le 01/12/2011 01:04, Sigrid.Lehuta@ifremer.fr a écrit :
hello, ca a l air en effet lie a la sauvegarde. tout se passe bien jusqu a ce que je selectionne un autre metier, la fenetre "l equation a ete modifie voulez vous enregistrer les modifications?" apparait et quelque soit le choix (oui ou non) l'interface se "grise". Il faut cliquer sur le bouton "sauver" (en bas de la fenetre) pour que l interface se degele.
c est un peu bisarre, cliquer oui ou non devrait suffire non ? Je l'ai reproduit et résolu.
Voici une nouvelle version qui corrige les derniers bugs résolu aujourd'hui: http://forge.codelutin.com/attachments/download/218/isis-fish-4.0.0.0-r3556-... -- Éric Chatellier <chatellier@codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com
Hello, j ai aussi un truc rigolo, isis s ouvre sur la derniere interface visitee (resultats/scripts...) et pas sur l interface de saisie... Quoting Eric Chatellier <chatellier@codelutin.com>:
Le 01/12/2011 16:52, Eric Chatellier a écrit :
Le 01/12/2011 01:04, Sigrid.Lehuta@ifremer.fr a écrit :
hello, ca a l air en effet lie a la sauvegarde. tout se passe bien jusqu a ce que je selectionne un autre metier, la fenetre "l equation a ete modifie voulez vous enregistrer les modifications?" apparait et quelque soit le choix (oui ou non) l'interface se "grise". Il faut cliquer sur le bouton "sauver" (en bas de la fenetre) pour que l interface se degele.
c est un peu bisarre, cliquer oui ou non devrait suffire non ? Je l'ai reproduit et résolu.
Voici une nouvelle version qui corrige les derniers bugs résolu aujourd'hui: http://forge.codelutin.com/attachments/download/218/isis-fish-4.0.0.0-r3556-...
-- Éric Chatellier <chatellier@codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com
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-- Sigrid Lehuta Post-doctorante, Institut de Recherche du Golfe du Maine, USA contact : + 1-207-228-1695 / slehuta@ifremer.fr / slehuta@gmri.org http://www.gmri.org/people/bio.asp?ID=344 Membre de l'Association Française d'Halieutique http://halieutique.agrocampus-ouest.fr/afh/index.html
Le 01/12/2011 21:43, Sigrid.Lehuta@ifremer.fr a écrit :
Hello, j ai aussi un truc rigolo, isis s ouvre sur la derniere interface visitee (resultats/scripts...) et pas sur l interface de saisie...
Isis se souvient maintenant de la position et de la taille de la fenetre pour se réouvrir exactement au même endoit. Certains éléments internes (onglet) sont égalements conservés. -- Éric Chatellier <chatellier@codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com
Cool!! Quoting Eric Chatellier <chatellier@codelutin.com>:
Le 01/12/2011 21:43, Sigrid.Lehuta@ifremer.fr a écrit :
Hello, j ai aussi un truc rigolo, isis s ouvre sur la derniere interface visitee (resultats/scripts...) et pas sur l interface de saisie...
Isis se souvient maintenant de la position et de la taille de la fenetre pour se réouvrir exactement au même endoit. Certains éléments internes (onglet) sont égalements conservés.
-- Éric Chatellier <chatellier@codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com
_______________________________________________ Isis-fish-devel mailing list Isis-fish-devel@list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-devel
-- Sigrid Lehuta Post-doctorante, Institut de Recherche du Golfe du Maine, USA contact : + 1-207-228-1695 / slehuta@ifremer.fr / slehuta@gmri.org http://www.gmri.org/people/bio.asp?ID=344 Membre de l'Association Française d'Halieutique http://halieutique.agrocampus-ouest.fr/afh/index.html
re moi, je sais pas si c est jouable mais ca serait quand meme pratique que le taux de repro soit conserve, j ai du re ouvrir la V3 pour le retrouver car je ne connaissais pas la valeur par coeur... Merci Quoting Sigrid.Lehuta@ifremer.fr:
Salut, merci pour la nouvelle version la migration fonctionne. voici les bugs detectes jusqu ici. je lance simu avec regles et plan d analyse ce soir. A+
A l ouverture d isis: - proposition de mise a jour des scripts: SensitivitySpawningBiomassRelativeY5, SensitivitySpawningBiomassReferenceY8, DefaultSimulator, SensitivitySpawningBiomassY2, SensitivitySpawningBiomassRelativeReferenceY11 je sais pas pourquoi mais OK
- a la selection de la base: demande d effectuer la migration de la base OK
Revue de la base et potentiels problemes - equation ogive de maturite/ taux de reproduction vide sinon OK
Bug d interface: - Apres avoir clique sur une equation de target factor impossible de cliquer ailleurs dans la partie target factor, ni de changer de metier (les autres onglets engins etc sont accessibles)
Lancement de simu sans regle OK Rem: tres bien la nouvelle interface pour entrer les effectifs initiaux !
Bug interface de resulats :
Affichage abondance, biomass, catch etc : erreur ci dessous quelque soit l agregation demandee. Les csv contenant les resultats dans isis-database-4 est OK Message: java.util.NoSuchElementException: L'élément demandé [0, -1] n'existe pas dans la matrice [12, 7] Level: SEVERE Stack Trace: L'élément demandé [0, -1] n'existe pas dans la matrice [12, 7] org.nuiton.math.matrix.BasicMatrix.checkPos(BasicMatrix.java:268)
org.nuiton.math.matrix.BasicMatrix.coordonatesToLinear(BasicMatrix.java:199) org.nuiton.math.matrix.BasicMatrix.getValue(BasicMatrix.java:150) org.nuiton.math.matrix.MatrixNDImpl.getValue(MatrixNDImpl.java:96)
org.nuiton.math.matrix.AbstractMatrixND.getValue(AbstractMatrixND.java:380)
org.nuiton.math.matrix.viewer.renderer.jfreechart.GraphMatrixNDDataset.getValue(GraphMatrixNDDataset.java:250)
org.jfree.data.general.DatasetUtilities.iterateToFindRangeBounds(DatasetUtilities.java:1176)
org.jfree.data.general.DatasetUtilities.findRangeBounds(DatasetUtilities.java:855)
org.jfree.chart.renderer.category.AbstractCategoryItemRenderer.findRangeBounds(AbstractCategoryItemRenderer.java:639)
org.jfree.chart.renderer.category.BarRenderer.findRangeBounds(BarRenderer.java:907)
org.jfree.chart.renderer.category.AbstractCategoryItemRenderer.findRangeBounds(AbstractCategoryItemRenderer.java:611) org.jfree.chart.plot.CategoryPlot.getDataRange(CategoryPlot.java:4313) org.jfree.chart.axis.NumberAxis.autoAdjustRange(NumberAxis.java:431) org.jfree.chart.axis.NumberAxis.configure(NumberAxis.java:414) org.jfree.chart.axis.Axis.setPlot(Axis.java:968) org.jfree.chart.plot.CategoryPlot.<init>(CategoryPlot.java:620)
org.nuiton.math.matrix.viewer.renderer.MatrixChartRenderer.getCategoryPlot(MatrixChartRenderer.java:171)
org.nuiton.math.matrix.viewer.renderer.MatrixChartRenderer.getJFreeChart(MatrixChartRenderer.java:183)
org.nuiton.math.matrix.viewer.renderer.MatrixChartRenderer.getJFreeChartPanel(MatrixChartRenderer.java:99)
org.nuiton.math.matrix.viewer.renderer.MatrixChartRenderer.getComponent(MatrixChartRenderer.java:74)
org.nuiton.math.matrix.viewer.MatrixViewerPanel$IconButtonRenderingPanel.actionPerformed(MatrixViewerPanel.java:315) javax.swing.AbstractButton.fireActionPerformed(Unknown Source) javax.swing.AbstractButton$Handler.actionPerformed(Unknown Source) javax.swing.DefaultButtonModel.fireActionPerformed(Unknown Source) javax.swing.DefaultButtonModel.setPressed(Unknown Source) javax.swing.plaf.basic.BasicButtonListener.mouseReleased(Unknown Source) java.awt.Component.processMouseEvent(Unknown Source) javax.swing.JComponent.processMouseEvent(Unknown Source) java.awt.Component.processEvent(Unknown Source) java.awt.Container.processEvent(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.retargetMouseEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.processMouseEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Window.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.EventQueue.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.EventQueue.access$000(Unknown Source) java.awt.EventQueue$1.run(Unknown Source) java.awt.EventQueue$1.run(Unknown Source) java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method)
java.security.AccessControlContext$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source)
java.security.AccessControlContext$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) java.awt.EventQueue$2.run(Unknown Source) java.awt.EventQueue$2.run(Unknown Source) java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method)
java.security.AccessControlContext$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) java.awt.EventQueue.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.run(Unknown Source)
-- Sigrid Lehuta Post-doctorante, Institut de Recherche du Golfe du Maine, USA contact : + 1-207-228-1695 / slehuta@ifremer.fr / slehuta@gmri.org http://www.gmri.org/people/bio.asp?ID=344 Membre de l'Association Française d'Halieutique http://halieutique.agrocampus-ouest.fr/afh/index.html
_______________________________________________ Isis-fish-devel mailing list Isis-fish-devel@list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-devel
-- Sigrid Lehuta Post-doctorante, Institut de Recherche du Golfe du Maine, USA contact : + 1-207-228-1695 / slehuta@ifremer.fr / slehuta@gmri.org http://www.gmri.org/people/bio.asp?ID=344 Membre de l'Association Française d'Halieutique http://halieutique.agrocampus-ouest.fr/afh/index.html
oui j'ai la même chose. tu trouves ça gênant? Sigrid.Lehuta@ifremer.fr a écrit :
re moi, je sais pas si c est jouable mais ca serait quand meme pratique que le taux de repro soit conserve, j ai du re ouvrir la V3 pour le retrouver car je ne connaissais pas la valeur par coeur... Merci
Quoting Sigrid.Lehuta@ifremer.fr:
Salut, merci pour la nouvelle version la migration fonctionne. voici les bugs detectes jusqu ici. je lance simu avec regles et plan d analyse ce soir. A+
A l ouverture d isis: - proposition de mise a jour des scripts: SensitivitySpawningBiomassRelativeY5, SensitivitySpawningBiomassReferenceY8, DefaultSimulator, SensitivitySpawningBiomassY2, SensitivitySpawningBiomassRelativeReferenceY11 je sais pas pourquoi mais OK
- a la selection de la base: demande d effectuer la migration de la base OK
Revue de la base et potentiels problemes - equation ogive de maturite/ taux de reproduction vide sinon OK
Bug d interface: - Apres avoir clique sur une equation de target factor impossible de cliquer ailleurs dans la partie target factor, ni de changer de metier (les autres onglets engins etc sont accessibles)
Lancement de simu sans regle OK Rem: tres bien la nouvelle interface pour entrer les effectifs initiaux !
Bug interface de resulats :
Affichage abondance, biomass, catch etc : erreur ci dessous quelque soit l agregation demandee. Les csv contenant les resultats dans isis-database-4 est OK Message: java.util.NoSuchElementException: L'élément demandé [0, -1] n'existe pas dans la matrice [12, 7] Level: SEVERE Stack Trace: L'élément demandé [0, -1] n'existe pas dans la matrice [12, 7] org.nuiton.math.matrix.BasicMatrix.checkPos(BasicMatrix.java:268)
org.nuiton.math.matrix.BasicMatrix.coordonatesToLinear(BasicMatrix.java:199)
org.nuiton.math.matrix.BasicMatrix.getValue(BasicMatrix.java:150) org.nuiton.math.matrix.MatrixNDImpl.getValue(MatrixNDImpl.java:96)
org.nuiton.math.matrix.AbstractMatrixND.getValue(AbstractMatrixND.java:380)
org.nuiton.math.matrix.viewer.renderer.jfreechart.GraphMatrixNDDataset.getValue(GraphMatrixNDDataset.java:250)
org.jfree.data.general.DatasetUtilities.iterateToFindRangeBounds(DatasetUtilities.java:1176)
org.jfree.data.general.DatasetUtilities.findRangeBounds(DatasetUtilities.java:855)
org.jfree.chart.renderer.category.AbstractCategoryItemRenderer.findRangeBounds(AbstractCategoryItemRenderer.java:639)
org.jfree.chart.renderer.category.BarRenderer.findRangeBounds(BarRenderer.java:907)
org.jfree.chart.renderer.category.AbstractCategoryItemRenderer.findRangeBounds(AbstractCategoryItemRenderer.java:611)
org.jfree.chart.plot.CategoryPlot.getDataRange(CategoryPlot.java:4313) org.jfree.chart.axis.NumberAxis.autoAdjustRange(NumberAxis.java:431) org.jfree.chart.axis.NumberAxis.configure(NumberAxis.java:414) org.jfree.chart.axis.Axis.setPlot(Axis.java:968) org.jfree.chart.plot.CategoryPlot.<init>(CategoryPlot.java:620)
org.nuiton.math.matrix.viewer.renderer.MatrixChartRenderer.getCategoryPlot(MatrixChartRenderer.java:171)
org.nuiton.math.matrix.viewer.renderer.MatrixChartRenderer.getJFreeChart(MatrixChartRenderer.java:183)
org.nuiton.math.matrix.viewer.renderer.MatrixChartRenderer.getJFreeChartPanel(MatrixChartRenderer.java:99)
org.nuiton.math.matrix.viewer.renderer.MatrixChartRenderer.getComponent(MatrixChartRenderer.java:74)
org.nuiton.math.matrix.viewer.MatrixViewerPanel$IconButtonRenderingPanel.actionPerformed(MatrixViewerPanel.java:315)
javax.swing.AbstractButton.fireActionPerformed(Unknown Source) javax.swing.AbstractButton$Handler.actionPerformed(Unknown Source) javax.swing.DefaultButtonModel.fireActionPerformed(Unknown Source) javax.swing.DefaultButtonModel.setPressed(Unknown Source) javax.swing.plaf.basic.BasicButtonListener.mouseReleased(Unknown Source) java.awt.Component.processMouseEvent(Unknown Source) javax.swing.JComponent.processMouseEvent(Unknown Source) java.awt.Component.processEvent(Unknown Source) java.awt.Container.processEvent(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.retargetMouseEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.processMouseEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Window.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.EventQueue.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.EventQueue.access$000(Unknown Source) java.awt.EventQueue$1.run(Unknown Source) java.awt.EventQueue$1.run(Unknown Source) java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method)
java.security.AccessControlContext$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source)
java.security.AccessControlContext$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) java.awt.EventQueue$2.run(Unknown Source) java.awt.EventQueue$2.run(Unknown Source) java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method)
java.security.AccessControlContext$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) java.awt.EventQueue.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.run(Unknown Source)
-- Sigrid Lehuta Post-doctorante, Institut de Recherche du Golfe du Maine, USA contact : + 1-207-228-1695 / slehuta@ifremer.fr / slehuta@gmri.org http://www.gmri.org/people/bio.asp?ID=344 Membre de l'Association Française d'Halieutique http://halieutique.agrocampus-ouest.fr/afh/index.html
_______________________________________________ Isis-fish-devel mailing list Isis-fish-devel@list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-devel
-- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas@ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................
Si y a que ca ca va c est pas la mort, mais il faut peut etre l ajouter au manuel pour que les utilisateurs pensent a le noter. Quoting Stephanie MAHEVAS <Stephanie.Mahevas@ifremer.fr>:
oui j'ai la même chose. tu trouves ça gênant?
Sigrid.Lehuta@ifremer.fr a écrit :
re moi, je sais pas si c est jouable mais ca serait quand meme pratique que le taux de repro soit conserve, j ai du re ouvrir la V3 pour le retrouver car je ne connaissais pas la valeur par coeur... Merci
Quoting Sigrid.Lehuta@ifremer.fr:
Salut, merci pour la nouvelle version la migration fonctionne. voici les bugs detectes jusqu ici. je lance simu avec regles et plan d analyse ce soir. A+
A l ouverture d isis: - proposition de mise a jour des scripts: SensitivitySpawningBiomassRelativeY5, SensitivitySpawningBiomassReferenceY8, DefaultSimulator, SensitivitySpawningBiomassY2, SensitivitySpawningBiomassRelativeReferenceY11 je sais pas pourquoi mais OK
- a la selection de la base: demande d effectuer la migration de la base OK
Revue de la base et potentiels problemes - equation ogive de maturite/ taux de reproduction vide sinon OK
Bug d interface: - Apres avoir clique sur une equation de target factor impossible de cliquer ailleurs dans la partie target factor, ni de changer de metier (les autres onglets engins etc sont accessibles)
Lancement de simu sans regle OK Rem: tres bien la nouvelle interface pour entrer les effectifs initiaux !
Bug interface de resulats :
Affichage abondance, biomass, catch etc : erreur ci dessous quelque soit l agregation demandee. Les csv contenant les resultats dans isis-database-4 est OK Message: java.util.NoSuchElementException: L'élément demandé [0, -1] n'existe pas dans la matrice [12, 7] Level: SEVERE Stack Trace: L'élément demandé [0, -1] n'existe pas dans la matrice [12, 7] org.nuiton.math.matrix.BasicMatrix.checkPos(BasicMatrix.java:268)
org.nuiton.math.matrix.BasicMatrix.coordonatesToLinear(BasicMatrix.java:199) org.nuiton.math.matrix.BasicMatrix.getValue(BasicMatrix.java:150) org.nuiton.math.matrix.MatrixNDImpl.getValue(MatrixNDImpl.java:96)
org.nuiton.math.matrix.AbstractMatrixND.getValue(AbstractMatrixND.java:380) org.nuiton.math.matrix.viewer.renderer.jfreechart.GraphMatrixNDDataset.getValue(GraphMatrixNDDataset.java:250) org.jfree.data.general.DatasetUtilities.iterateToFindRangeBounds(DatasetUtilities.java:1176) org.jfree.data.general.DatasetUtilities.findRangeBounds(DatasetUtilities.java:855) org.jfree.chart.renderer.category.AbstractCategoryItemRenderer.findRangeBounds(AbstractCategoryItemRenderer.java:639) org.jfree.chart.renderer.category.BarRenderer.findRangeBounds(BarRenderer.java:907) org.jfree.chart.renderer.category.AbstractCategoryItemRenderer.findRangeBounds(AbstractCategoryItemRenderer.java:611) org.jfree.chart.plot.CategoryPlot.getDataRange(CategoryPlot.java:4313) org.jfree.chart.axis.NumberAxis.autoAdjustRange(NumberAxis.java:431) org.jfree.chart.axis.NumberAxis.configure(NumberAxis.java:414) org.jfree.chart.axis.Axis.setPlot(Axis.java:968) org.jfree.chart.plot.CategoryPlot.<init>(CategoryPlot.java:620)
org.nuiton.math.matrix.viewer.renderer.MatrixChartRenderer.getCategoryPlot(MatrixChartRenderer.java:171) org.nuiton.math.matrix.viewer.renderer.MatrixChartRenderer.getJFreeChart(MatrixChartRenderer.java:183) org.nuiton.math.matrix.viewer.renderer.MatrixChartRenderer.getJFreeChartPanel(MatrixChartRenderer.java:99) org.nuiton.math.matrix.viewer.renderer.MatrixChartRenderer.getComponent(MatrixChartRenderer.java:74) org.nuiton.math.matrix.viewer.MatrixViewerPanel$IconButtonRenderingPanel.actionPerformed(MatrixViewerPanel.java:315) javax.swing.AbstractButton.fireActionPerformed(Unknown Source) javax.swing.AbstractButton$Handler.actionPerformed(Unknown Source) javax.swing.DefaultButtonModel.fireActionPerformed(Unknown Source) javax.swing.DefaultButtonModel.setPressed(Unknown Source) javax.swing.plaf.basic.BasicButtonListener.mouseReleased(Unknown Source) java.awt.Component.processMouseEvent(Unknown Source) javax.swing.JComponent.processMouseEvent(Unknown Source) java.awt.Component.processEvent(Unknown Source) java.awt.Container.processEvent(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.retargetMouseEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.processMouseEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Window.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.EventQueue.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.EventQueue.access$000(Unknown Source) java.awt.EventQueue$1.run(Unknown Source) java.awt.EventQueue$1.run(Unknown Source) java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method)
java.security.AccessControlContext$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source)
java.security.AccessControlContext$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) java.awt.EventQueue$2.run(Unknown Source) java.awt.EventQueue$2.run(Unknown Source) java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method)
java.security.AccessControlContext$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) java.awt.EventQueue.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.run(Unknown Source)
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Le 01/12/2011 21:51, Sigrid.Lehuta@ifremer.fr a écrit :
re moi, je sais pas si c est jouable mais ca serait quand meme pratique que le taux de repro soit conserve, j ai du re ouvrir la V3 pour le retrouver car je ne connaissais pas la valeur par coeur... Merci Tu parles de l'equation du taux de reproduction ? Si c'est le cas depuis hier, elle est migré lors de la migration des bases.
-- Éric Chatellier <chatellier@codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com
je me demande si le probleme dans ses cripts ne vient pas aussi de l'equation de repro. Maintenant on ne peut pas se contenter d'un getparameter... Eric et Jean il faudrait rajouter dans la doc une aide pour que les utilisateurs pensent à changer (et sachent comment faire) dans leur script l'acces aux parametres qui sont maintenant calculés à partir d'une équation. ce sera aussi valable pour la maturité. Pour la capturabilité ca ne devarit pas etre un pb car par defaut la V4=V3 (matrice et non equation) steph Eric Chatellier a écrit :
Le 01/12/2011 21:51, Sigrid.Lehuta@ifremer.fr a écrit :
re moi, je sais pas si c est jouable mais ca serait quand meme pratique que le taux de repro soit conserve, j ai du re ouvrir la V3 pour le retrouver car je ne connaissais pas la valeur par coeur... Merci
Tu parles de l'equation du taux de reproduction ? Si c'est le cas depuis hier, elle est migré lors de la migration des bases.
-- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas@ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................
Je ne suis pas certaine de te suivre, a priori dans l equation de reproduction un appel a getReproductionRate() devrait toujours marcher n est pas? La difference sera dans les scripts comme simulationPlan si on veut modifier le taux de repro exact? je ne modifie ni l un ni l autre dans mes plans d exp en tous cas. Quoting Stephanie MAHEVAS <Stephanie.Mahevas@ifremer.fr>:
je me demande si le probleme dans ses cripts ne vient pas aussi de l'equation de repro. Maintenant on ne peut pas se contenter d'un getparameter... Eric et Jean il faudrait rajouter dans la doc une aide pour que les utilisateurs pensent à changer (et sachent comment faire) dans leur script l'acces aux parametres qui sont maintenant calculés à partir d'une équation. ce sera aussi valable pour la maturité. Pour la capturabilité ca ne devarit pas etre un pb car par defaut la V4=V3 (matrice et non equation) steph
Eric Chatellier a écrit :
Le 01/12/2011 21:51, Sigrid.Lehuta@ifremer.fr a écrit :
re moi, je sais pas si c est jouable mais ca serait quand meme pratique que le taux de repro soit conserve, j ai du re ouvrir la V3 pour le retrouver car je ne connaissais pas la valeur par coeur... Merci
Tu parles de l'equation du taux de reproduction ? Si c'est le cas depuis hier, elle est migré lors de la migration des bases.
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-- Sigrid Lehuta Post-doctorante, Institut de Recherche du Golfe du Maine, USA contact : + 1-207-228-1695 / slehuta@ifremer.fr / slehuta@gmri.org http://www.gmri.org/people/bio.asp?ID=344 Membre de l'Association Française d'Halieutique http://halieutique.agrocampus-ouest.fr/afh/index.html
hello Sigrid.Lehuta@ifremer.fr a écrit :
Je ne suis pas certaine de te suivre, a priori dans l equation de reproduction un appel a getReproductionRate() devrait toujours marcher n est pas? non car il faut d'abords que tu récupères l'équation et ensuite que tu l'évalues pour le groupe qui t'intéresse. Mais Jean fait une aide la dessus. steph La difference sera dans les scripts comme simulationPlan si on veut modifier le taux de repro exact?
je ne modifie ni l un ni l autre dans mes plans d exp en tous cas.
Quoting Stephanie MAHEVAS <Stephanie.Mahevas@ifremer.fr>:
je me demande si le probleme dans ses cripts ne vient pas aussi de l'equation de repro. Maintenant on ne peut pas se contenter d'un getparameter... Eric et Jean il faudrait rajouter dans la doc une aide pour que les utilisateurs pensent à changer (et sachent comment faire) dans leur script l'acces aux parametres qui sont maintenant calculés à partir d'une équation. ce sera aussi valable pour la maturité. Pour la capturabilité ca ne devarit pas etre un pb car par defaut la V4=V3 (matrice et non equation) steph
Eric Chatellier a écrit :
Le 01/12/2011 21:51, Sigrid.Lehuta@ifremer.fr a écrit :
re moi, je sais pas si c est jouable mais ca serait quand meme pratique que le taux de repro soit conserve, j ai du re ouvrir la V3 pour le retrouver car je ne connaissais pas la valeur par coeur... Merci
Tu parles de l'equation du taux de reproduction ? Si c'est le cas depuis hier, elle est migré lors de la migration des bases.
-- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas@ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ...................................................................... _______________________________________________ Isis-fish-devel mailing list Isis-fish-devel@list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-devel
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participants (4)
-
Eric Chatellier -
Jean Couteau -
Sigrid.Lehuta＠ifremer.fr -
Stephanie MAHEVAS