Salut,

Je viens de ré-essayer en installant R 3.5.3, en lui installant rJava, lhs et sensitivity. Les warning sont partis sous R (ils n'étaient pas importants), mais j'ai toujours le même problème avec ISIS.

Je viens aussi de tester si dans les faits, ISIS pour pourrait quand même foncitonner avec R (appel depuis une règle); ça ne marche pas. J'ai évalué une règle avec cette fonction:

static public void main (String...args) throws Exception {

            //System.out.println(System.getProperty("java.home"));
           
            double paramHake=10;
           
            // Open R session
            REngine engine = new RProxy(); // R session
           
            // Call an R script writing a new transition matrix for hake (only ONE matrix for hake)
            engine.voidEval("NewCV<-"+Double.toString(paramHake)+"") ;
            engine.voidEval("source(\"C:/Users/3053464/these/isis-fish-4.4.2.2/input/updateHakeTransitionMatrix.R\")");
               
    }

(Pour le script R, un fichier avec juste la commande library(rootSolve) fera l'affaire)

J'obtiens en retour ce message d'erreur dans la console :

java.lang.reflect.InvocationTargetException
    at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method)
    at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source)
    at sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source)
    at java.lang.reflect.Method.invoke(Unknown Source)
    at fr.ifremer.isisfish.ui.script.ScriptHandler.evaluateScript(ScriptHandler.java:836)
    at fr.ifremer.isisfish.ui.script.ScriptUI.doActionPerformed__on__buttonScriptEval(ScriptUI.java:398)
    at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method)
    at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source)
    at sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source)
    at java.lang.reflect.Method.invoke(Unknown Source)
    at jaxx.runtime.JAXXUtil$1.invoke(JAXXUtil.java:253)
    at com.sun.proxy.$Proxy19.actionPerformed(Unknown Source)
    at javax.swing.AbstractButton.fireActionPerformed(Unknown Source)
    at javax.swing.AbstractButton$Handler.actionPerformed(Unknown Source)
    at javax.swing.DefaultButtonModel.fireActionPerformed(Unknown Source)
    at javax.swing.DefaultButtonModel.setPressed(Unknown Source)
    at javax.swing.plaf.basic.BasicButtonListener.mouseReleased(Unknown Source)
    at java.awt.AWTEventMulticaster.mouseReleased(Unknown Source)
    at java.awt.Component.processMouseEvent(Unknown Source)
    at javax.swing.JComponent.processMouseEvent(Unknown Source)
    at java.awt.Component.processEvent(Unknown Source)
    at java.awt.Container.processEvent(Unknown Source)
    at java.awt.Component.dispatchEventImpl(Unknown Source)
    at java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source)
    at java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source)
    at java.awt.LightweightDispatcher.retargetMouseEvent(Unknown Source)
    at java.awt.LightweightDispatcher.processMouseEvent(Unknown Source)
    at java.awt.LightweightDispatcher.dispatchEvent(Unknown Source)
    at java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source)
    at java.awt.Window.dispatchEventImpl(Unknown Source)
    at java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source)
    at java.awt.EventQueue.dispatchEventImpl(Unknown Source)
    at java.awt.EventQueue.access$500(Unknown Source)
    at java.awt.EventQueue$3.run(Unknown Source)
    at java.awt.EventQueue$3.run(Unknown Source)
    at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method)
    at java.security.ProtectionDomain$JavaSecurityAccessImpl.doIntersectionPrivilege(Unknown Source)
    at java.security.ProtectionDomain$JavaSecurityAccessImpl.doIntersectionPrivilege(Unknown Source)
    at java.awt.EventQueue$4.run(Unknown Source)
    at java.awt.EventQueue$4.run(Unknown Source)
    at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method)
    at java.security.ProtectionDomain$JavaSecurityAccessImpl.doIntersectionPrivilege(Unknown Source)
    at java.awt.EventQueue.dispatchEvent(Unknown Source)
    at java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(Unknown Source)
    at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(Unknown Source)
    at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(Unknown Source)
    at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source)
    at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source)
    at java.awt.EventDispatchThread.run(Unknown Source)
Caused by: org.nuiton.j2r.RException: Error in library(rootSolve) : there is no package called 'rootSolve'

    at org.nuiton.j2r.jni.RJniEngine.voidEval(RJniEngine.java:408)
    at org.nuiton.j2r.RProxy.voidEval(RProxy.java:230)
    at rules.ChangeTransitionMatrix.main(ChangeTransitionMatrix.java:276)
    ... 49 more

En gros la librairie rootSolve n'est pas trouvée, alors que je l'ai installée.

J'ai 2 répertoires pour les librairies R :

> .libPaths()
[1] "C:/Users/3053464/Documents/R/win-library/3.5" "C:/Program Files/R/R-3.5.3/library" 

rJava, lhs, sensitivity et rootSolve sont installés dans le premier uniquement, par défaut. Est-ce qu'ISIS aurait aussi besoin du nom du premier?

On 09/04/2019 08:31, Eric Chatellier wrote:

Salut,

Je n'ai pas vraiment d'idée.

Sauf peut être.

Le 05/04/2019 à 19:58, Audric Vigier a écrit :

Warning message: package ‘sensitivity’ was built under R version 3.5.3

As tu plusieurs R sur la machine ?

Sinon, peut être en supprimant et en réinstallant le package ?