AS - pas de resultats dans isis.simule du Rdata
Bonsoir, je suis bien embetee car dans l'objet isis.simule de mon Rdata, il n'y a pas les valeurs des outputs selectiones (ils sont pourtant bien dans le repertoire sensitivityResults de chaque simu de l'as et quand je demande l'analyse dans l'interface elle se fait comme il faut). Toutes les simu ont tournees sans probleme. quelqu'un a t-il une idee? j'ai attache la simu sans les results et sans les exports + le Rdata genere. Merci Steph
Le 13/06/2015 23:27, Stephanie.Mahevas@ifremer.fr a écrit :
Bonsoir,
je suis bien embetee car dans l'objet isis.simule de mon Rdata, il n'y a pas les valeurs des outputs selectiones (ils sont pourtant bien dans le repertoire sensitivityResults de chaque simu de l'as et quand je demande l'analyse dans l'interface elle se fait comme il faut). Toutes les simu ont tournees sans probleme. quelqu'un a t-il une idee?
J'ai fait tourné la simulation et j'ai bien de résultat correct. Tu parles bien de l'objet "as_Effort_AllSpecies_201506151753.isis.simule" (par exemple) ? il est renommé à la fin de la simulation. -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28
Le 15/06/2015 18:12, Eric Chatellier a écrit :
J'ai fait tourné la simulation et j'ai bien de résultat correct.
Tu parles bien de l'objet "as_Effort_AllSpecies_201506151753.isis.simule" (par exemple) ? il est renommé à la fin de la simulation. Effectivement, le tiens est vide.
Est-il possible que les simulations n'est pas toutes fonctionnées ? Le fichier RData est mis à jour après l'analyze R des résultats, et donc après toutes les simulations de l'AS. -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28
je viens de refaire tourner une plus petite as et j'ai des resultats dans le Rdata... bon dans l'interface de la methode j'ai supprime les sorties sur lesquelles je fais l'AS et je les ai remises (en me rappellant que Loic aavit deja une erreur à cause de ça!) et ca a marché... je refais tourner ma grosse AS, mais j'avoue ne pas comprendre pourquoi ca n'a pas marché alors que les simus ont bien tourne... Eric Chatellier <chatellier@codelutin.com> a écrit :
Le 15/06/2015 18:12, Eric Chatellier a écrit :
J'ai fait tourné la simulation et j'ai bien de résultat correct.
Tu parles bien de l'objet "as_Effort_AllSpecies_201506151753.isis.simule" (par exemple) ? il est renommé à la fin de la simulation. Effectivement, le tiens est vide.
Est-il possible que les simulations n'est pas toutes fonctionnées ? Le fichier RData est mis à jour après l'analyze R des résultats, et donc après toutes les simulations de l'AS.
-- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28
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j'ai oublie de remettre un message. Le probleme persiste... je l'ai contourne car j'ai tous les csv mais toujours rien dans le Rdata quand les simus tournent sur 35 ans... stephanie Le 15/06/2015 22:01, Stephanie.Mahevas@ifremer.fr a écrit :
je viens de refaire tourner une plus petite as et j'ai des resultats dans le Rdata... bon dans l'interface de la methode j'ai supprime les sorties sur lesquelles je fais l'AS et je les ai remises (en me rappellant que Loic aavit deja une erreur à cause de ça!) et ca a marché... je refais tourner ma grosse AS, mais j'avoue ne pas comprendre pourquoi ca n'a pas marché alors que les simus ont bien tourne...
Eric Chatellier <chatellier@codelutin.com> a écrit :
Le 15/06/2015 18:12, Eric Chatellier a écrit :
J'ai fait tourné la simulation et j'ai bien de résultat correct.
Tu parles bien de l'objet "as_Effort_AllSpecies_201506151753.isis.simule" (par exemple) ? il est renommé à la fin de la simulation. Effectivement, le tiens est vide.
Est-il possible que les simulations n'est pas toutes fonctionnées ? Le fichier RData est mis à jour après l'analyze R des résultats, et donc après toutes les simulations de l'AS.
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-- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas@ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................
Le 18/06/2015 11:57, Stephanie MAHEVAS a écrit :
j'ai oublie de remettre un message. Le probleme persiste... je l'ai contourne car j'ai tous les csv mais toujours rien dans le Rdata quand les simus tournent sur 35 ans... L'ensemble des simulations à tourné ? Elle sont toutes dans la liste du bas dans l'interface ?
Sinon, peut-tu essayer de lancer manuellement la second passe de l'AS dans le dernier onglet de lancement des AS ? -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28
Le 18/06/2015 14:27, Eric Chatellier a écrit :
Le 18/06/2015 11:57, Stephanie MAHEVAS a écrit :
j'ai oublie de remettre un message. Le probleme persiste... je l'ai contourne car j'ai tous les csv mais toujours rien dans le Rdata quand les simus tournent sur 35 ans... L'ensemble des simulations à tourné ? oui Elle sont toutes dans la liste du bas dans l'interface ? oui (enfin elles y etaient avant que je ne ferme ;-) )
Sinon, peut-tu essayer de lancer manuellement la second passe de l'AS dans le dernier onglet de lancement des AS ? oui j'avais essayé et niet... je viens de recharger et relancer l'analyse mais pas de changement : l'analyse se fait mais le Rdata (dans sensitivity results) est inchangé
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Le 18/06/2015 15:01, Stephanie MAHEVAS a écrit :
oui j'avais essayé et niet... je viens de recharger et relancer l'analyse mais pas de changement : l'analyse se fait mais le Rdata (dans sensitivity results) est inchangé
Tu aurais le fichier debug.txt ? -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28
Le 18/06/2015 15:09, Eric Chatellier a écrit :
Le 18/06/2015 15:01, Stephanie MAHEVAS a écrit :
oui j'avais essayé et niet... je viens de recharger et relancer l'analyse mais pas de changement : l'analyse se fait mais le Rdata (dans sensitivity results) est inchangé
Tu aurais le fichier debug.txt ?
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Le 18/06/2015 15:28, Stephanie MAHEVAS a écrit :
Tu aurais le fichier debug.txt ? Merci.
Il y a effectivement une erreur: Caused by: org.nuiton.j2r.RException: Error in lm.fit(x, y, offset = offset, singular.ok = singular.ok, ...) : 0 (non-NA) cases Tu pourrais regarder dans certains export, tu dois voir des valeurs incorrectes/hors limite, genre "NaN" ? -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28
Le 18/06/2015 15:40, Eric Chatellier a écrit :
Il y a effectivement une erreur: Caused by: org.nuiton.j2r.RException: Error in lm.fit(x, y, offset = offset, singular.ok = singular.ok, ...) : 0 (non-NA) cases Tu pourrais regarder dans certains export, tu dois voir des valeurs incorrectes/hors limite, genre "NaN" ? non pas de NA, des 0 ou 10^-7 parfois
-- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas@ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................
Le 18/06/2015 16:06, Stephanie MAHEVAS a écrit :
Le 18/06/2015 15:40, Eric Chatellier a écrit :
Il y a effectivement une erreur: Caused by: org.nuiton.j2r.RException: Error in lm.fit(x, y, offset = offset, singular.ok = singular.ok, ...) : 0 (non-NA) cases Tu pourrais regarder dans certains export, tu dois voir des valeurs incorrectes/hors limite, genre "NaN" ? non pas de NA, des 0 ou 10^-7 parfois
Les instructions R: try(SensitivityLbarJanvierY1_merluccius<-c(NaN,NaN,NaN,NaN,NaN,NaN,NaN,NaN,NaN,NaN,NaN,NaN,NaN,NaN,NaN,NaN,NaN,NaN,NaN,NaN,NaN),silent=TRUE) try(isis.simule<-data.frame(isis.simule,SensitivityLbarJanvierY1_merluccius),silent=TRUE) try(dataforaov<-data.frame(isis.methodAnalyse,SensitivityLbarJanvierY1_merluccius=SensitivityLbarJanvierY1_merluccius),silent=TRUE) try(names(isis.methodAnalyse)[1],silent=TRUE) try(aovresult<-aov(SensitivityLbarJanvierY1_merluccius~(Param_rule_EffortReduction_PercentReduction)^2,data=dataforaov),silent=TRUE) Dans le fichier SensitivityLbarJanvierY1_merluccius, j'ai bien Nan -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28
On 18/06/2015 21:14, Eric Chatellier wrote:
Le 18/06/2015 16:06, Stephanie MAHEVAS a écrit :
Le problème vient du calcul de LBar: // On utilise divise la valeur obtenue par l'abondance totale for (Zone zn : zones) { LbarMatrix.setValue(zn, LbarMatrix.getValue(zn) / matAB.getValue(zn)); } En Janvier 0, l'abondance pour merluccius est de 0, donc l'abondance totale vaut aussi 0, le résultat donne une division par 0. -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28
Steph, crois tu qu on puisse renvoyer 0 pour Lbar si N = 0 ? plutot que NaN, pour éviter les problemes calculatoires ? Ou penses tu que ça prête trop à confusion ? Mon seul bémol, c'est si on en fait des moyennes ou pour les AS, il devrait être ignoré plutôt, non ? Qu'en penses tu ? Le 19 juin 2015 15:29, Eric Chatellier <chatellier@codelutin.com> a écrit :
On 18/06/2015 21:14, Eric Chatellier wrote:
Le 18/06/2015 16:06, Stephanie MAHEVAS a écrit :
Le problème vient du calcul de LBar:
// On utilise divise la valeur obtenue par l'abondance totale for (Zone zn : zones) { LbarMatrix.setValue(zn, LbarMatrix.getValue(zn) / matAB.getValue(zn)); }
En Janvier 0, l'abondance pour merluccius est de 0, donc l'abondance totale vaut aussi 0, le résultat donne une division par 0.
-- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28
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Sigrid Lehuta <sigridlehuta@gmail.com> a écrit :
Steph, crois tu qu on puisse renvoyer 0 pour Lbar si N = 0 ? plutot que NaN, pour éviter les problemes calculatoires ?
OUI IL NE FAUT SURTOUT PAS METTRE 0 sinon on fausse la moyenne. NA me semble une bonne idee. Et ca R c'est tres bien gerer avec Na.omit ou un equivalent
Ou penses tu que ça prête trop à confusion ? Mon seul bémol, c'est si on en fait des moyennes ou pour les AS, il devrait être ignoré plutôt, non ? Qu'en penses tu ?
Le 19 juin 2015 15:29, Eric Chatellier <chatellier@codelutin.com> a écrit :
On 18/06/2015 21:14, Eric Chatellier wrote:
Le 18/06/2015 16:06, Stephanie MAHEVAS a écrit :
Le problème vient du calcul de LBar:
// On utilise divise la valeur obtenue par l'abondance totale for (Zone zn : zones) { LbarMatrix.setValue(zn, LbarMatrix.getValue(zn) / matAB.getValue(zn)); }
En Janvier 0, l'abondance pour merluccius est de 0, donc l'abondance totale vaut aussi 0, le résultat donne une division par 0.
-- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28
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On 22/06/2015 21:12, Stephanie.Mahevas@ifremer.fr wrote:
Sigrid Lehuta <sigridlehuta@gmail.com> a écrit :
Steph, crois tu qu on puisse renvoyer 0 pour Lbar si N = 0 ? plutot que NaN, pour éviter les problemes calculatoires ?
OUI IL NE FAUT SURTOUT PAS METTRE 0 sinon on fausse la moyenne. NA me semble une bonne idee. Et ca R c'est tres bien gerer avec Na.omit ou un equivalent
Ok, par contre, en Java (pour des types double): 0.0 / 0.0 ca donne "NaN" x / 0.0 ca donne "Infinite" Que faut-il faire pour que l'appel R fonctionne ? Actuellement, on lui donne la valeur Java, donc "NaN", et cela ne fonctionne pas. -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28
ben du coup si le dénominateur vaut 0 il faudrait renvoyer NA. R le comprends. Ca nécessite aussi que la fonction du package sensitivity comporte bien un na.omit = T ou na.rm = T... Le 23 juin 2015 10:16, Eric Chatellier <chatellier@codelutin.com> a écrit :
On 22/06/2015 21:12, Stephanie.Mahevas@ifremer.fr wrote:
Sigrid Lehuta <sigridlehuta@gmail.com> a écrit :
Steph, crois tu qu on puisse renvoyer 0 pour Lbar si N = 0 ? plutot que NaN, pour éviter les problemes calculatoires ?
OUI IL NE FAUT SURTOUT PAS METTRE 0 sinon on fausse la moyenne. NA me semble une bonne idee. Et ca R c'est tres bien gerer avec Na.omit
ou un
equivalent Ok, par contre, en Java (pour des types double): 0.0 / 0.0 ca donne "NaN" x / 0.0 ca donne "Infinite"
Que faut-il faire pour que l'appel R fonctionne ? Actuellement, on lui donne la valeur Java, donc "NaN", et cela ne fonctionne pas.
-- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28
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