plantage simulateur par cellule
Bonjour à tous, Comme prérequis au couplage ISIS-Marxan with zone sur lequel je travaille, j'essaye de faire tourner le modèle de Loïc (base 7D_v11), limité aux populations de sole et plie, avec le simulateur par cellule. Hors la simulation plante systématiquement (avec ou sans mesure de gestion) au premier mois. Pas de souci en revanche avec le simulateur par défaut. Auriez-vous une quelconque idée de la cause ? Je joins le log et les paramètres de simu. Merci d'avance, Yves -- ------------------------------------------------------------ Yves REECHT Laboratoire Ressources Halieutiques IFREMER - Centre Manche Mer du Nord 150, Quai Gambetta 62200 Boulogne-sur-Mer FRANCE tel. +33 (0)3 21 99 56 09 --------------------------------------------------)><))))°>
Salut, Je n'avais pas vu ce morceau là : Caused by: java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space On dirait qu'il n'y a pas assez de mémoire pour stocker tout ce dont tu as besoin. Le 04/03/2014 11:17, Yves Reecht a écrit :
Bonjour à tous,
Comme prérequis au couplage ISIS-Marxan with zone sur lequel je travaille, j'essaye de faire tourner le modèle de Loïc (base 7D_v11), limité aux populations de sole et plie, avec le simulateur par cellule. Hors la simulation plante systématiquement (avec ou sans mesure de gestion) au premier mois. Pas de souci en revanche avec le simulateur par défaut.
Auriez-vous une quelconque idée de la cause ?
Je joins le log et les paramètres de simu.
Merci d'avance, Yves
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Le 04/03/2014 11:17, Yves Reecht a écrit :
Bonjour à tous,
Comme prérequis au couplage ISIS-Marxan with zone sur lequel je travaille, j'essaye de faire tourner le modèle de Loïc (base 7D_v11), limité aux populations de sole et plie, avec le simulateur par cellule. Hors la simulation plante systématiquement (avec ou sans mesure de gestion) au premier mois. Pas de souci en revanche avec le simulateur par défaut.
Auriez-vous une quelconque idée de la cause ? La base de loic, est très conséquente en terme de volume de données. Utiliser le simulateur par cellule descend le niveau de résolution spatiale à la cellule se qui augmente encore plus la taille des résultats.
Là ca plante, parce qu'il n'arrive même pas à demander une réservation de mémoire suffisamment grande avant même de commencer le pas de temps. La matrice est de dimension : Stratégie * Metier * Groupes * Zones * Cellulle (le tout par population et par pas de temps) Ca fait un un trop gros volume ? -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28
OK, merci. Ce qui est étrange, c'est que ça tourne bien par cellule avec la version 10 de la base, où il y avait 3x plus de pop (je n'utilise que les poissons) pour le même nombre de zones pop (tu peux confirmer Loïc ?). Est-ce que ça pourrait venir du fait qu'il y a maintenant davantage de zones associées à chacune des populations ? Loïc, y a-t-il eu d'autres modifications qui pourraient entraîner une augmentation de la taille des résultats ? Yves Le 04/03/2014 11:49, Eric Chatellier a écrit :
Le 04/03/2014 11:17, Yves Reecht a écrit :
Bonjour à tous,
Comme prérequis au couplage ISIS-Marxan with zone sur lequel je travaille, j'essaye de faire tourner le modèle de Loïc (base 7D_v11), limité aux populations de sole et plie, avec le simulateur par cellule. Hors la simulation plante systématiquement (avec ou sans mesure de gestion) au premier mois. Pas de souci en revanche avec le simulateur par défaut.
Auriez-vous une quelconque idée de la cause ? La base de loic, est très conséquente en terme de volume de données. Utiliser le simulateur par cellule descend le niveau de résolution spatiale à la cellule se qui augmente encore plus la taille des résultats.
Là ca plante, parce qu'il n'arrive même pas à demander une réservation de mémoire suffisamment grande avant même de commencer le pas de temps. La matrice est de dimension : Stratégie * Metier * Groupes * Zones * Cellulle (le tout par population et par pas de temps)
Ca fait un un trop gros volume ?
-- ------------------------------------------------------------ Yves REECHT Laboratoire Ressources Halieutiques IFREMER - Centre Manche Mer du Nord 150, Quai Gambetta 62200 Boulogne-sur-Mer FRANCE tel. +33 (0)3 21 99 56 09 --------------------------------------------------)><))))°>
Oui en effet il y a 3 fois moins de pop dans la V11 car elles partageaient tous leurs paramètres biologiques, ça ne servait à rien de les distinguer. Le nombre de zones, lui, est bien resté constant; on a donc bien plus de zones pour une même pop. Je ne vois aucune autre modification qui pourrait augmenter la taille des résultats. Par contre c'est vrai qu'il est peut-être moins lourd d'avoir plusieurs petites matrices qu'une grosse . Yves Reecht <Yves.Reecht@ifremer.fr> a écrit :
OK, merci.
Ce qui est étrange, c'est que ça tourne bien par cellule avec la version 10 de la base, où il y avait 3x plus de pop (je n'utilise que les poissons) pour le même nombre de zones pop (tu peux confirmer Loïc ?). Est-ce que ça pourrait venir du fait qu'il y a maintenant davantage de zones associées à chacune des populations ? Loïc, y a-t-il eu d'autres modifications qui pourraient entraîner une augmentation de la taille des résultats ?
Yves
Le 04/03/2014 11:49, Eric Chatellier a écrit :
Le 04/03/2014 11:17, Yves Reecht a écrit :
Bonjour à tous,
Comme prérequis au couplage ISIS-Marxan with zone sur lequel je travaille, j'essaye de faire tourner le modèle de Loïc (base 7D_v11), limité aux populations de sole et plie, avec le simulateur par cellule. Hors la simulation plante systématiquement (avec ou sans mesure de gestion) au premier mois. Pas de souci en revanche avec le simulateur par défaut.
Auriez-vous une quelconque idée de la cause ? La base de loic, est très conséquente en terme de volume de données. Utiliser le simulateur par cellule descend le niveau de résolution spatiale à la cellule se qui augmente encore plus la taille des résultats.
Là ca plante, parce qu'il n'arrive même pas à demander une réservation de mémoire suffisamment grande avant même de commencer le pas de temps. La matrice est de dimension : Stratégie * Metier * Groupes * Zones * Cellulle (le tout par population et par pas de temps)
Ca fait un un trop gros volume ?
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Y a-t-il dans ce cas un moyen de réduire la taille des résultats (regrouper des zones, groupes,... ?) sans modifier profondément la dynamique du modèle ? Ou bien d'autoriser java à allouer de plus gros vecteurs (j'ai déjà augmenté la mémoire dispo pour ISIS, mais je ne pense pas que ce soit un problème de mémoire globale) ? Yves Le 04/03/2014 16:07, Loic.Gasche@ifremer.fr a écrit :
Oui en effet il y a 3 fois moins de pop dans la V11 car elles partageaient tous leurs paramètres biologiques, ça ne servait à rien de les distinguer. Le nombre de zones, lui, est bien resté constant; on a donc bien plus de zones pour une même pop.
Je ne vois aucune autre modification qui pourrait augmenter la taille des résultats.
Par contre c'est vrai qu'il est peut-être moins lourd d'avoir plusieurs petites matrices qu'une grosse .
Yves Reecht <Yves.Reecht@ifremer.fr> a écrit :
OK, merci.
Ce qui est étrange, c'est que ça tourne bien par cellule avec la version 10 de la base, où il y avait 3x plus de pop (je n'utilise que les poissons) pour le même nombre de zones pop (tu peux confirmer Loïc ?). Est-ce que ça pourrait venir du fait qu'il y a maintenant davantage de zones associées à chacune des populations ? Loïc, y a-t-il eu d'autres modifications qui pourraient entraîner une augmentation de la taille des résultats ?
Yves
Le 04/03/2014 11:49, Eric Chatellier a écrit :
Le 04/03/2014 11:17, Yves Reecht a écrit :
Bonjour à tous,
Comme prérequis au couplage ISIS-Marxan with zone sur lequel je travaille, j'essaye de faire tourner le modèle de Loïc (base 7D_v11), limité aux populations de sole et plie, avec le simulateur par cellule. Hors la simulation plante systématiquement (avec ou sans mesure de gestion) au premier mois. Pas de souci en revanche avec le simulateur par défaut.
Auriez-vous une quelconque idée de la cause ? La base de loic, est très conséquente en terme de volume de données. Utiliser le simulateur par cellule descend le niveau de résolution spatiale à la cellule se qui augmente encore plus la taille des résultats.
Là ca plante, parce qu'il n'arrive même pas à demander une réservation de mémoire suffisamment grande avant même de commencer le pas de temps. La matrice est de dimension : Stratégie * Metier * Groupes * Zones * Cellulle (le tout par population et par pas de temps)
Ca fait un un trop gros volume ?
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hello Le 05/03/2014 15:15, Yves Reecht a écrit :
Y a-t-il dans ce cas un moyen de réduire la taille des résultats (regrouper des zones, groupes,... ?) sans modifier profondément la dynamique du modèle ? je ne suis pas sure de bien comprendre mais les actuellement il y a un stockage des resultats intermediaires pour le calcul de F avec les dimensions { str, metier, group,zone,cellMet }. C'est tres certainement optimisable (en place mémoire mais pas en temps de simu) en ne concervant l'info que par zone metier et non par cellule car pour chaque cellule de chaque zone metier en intersection avec une zone pop, le F du metier est le meme... Mais ca demande de retourner dans le code. Donc dans l'immédiat ce n'est pas possible. Je rediscute de ça avec Sigrid à son retour.
Ou bien d'autoriser java à allouer de plus gros vecteurs (j'ai déjà augmenté la mémoire dispo pour ISIS, mais je ne pense pas que ce soit un problème de mémoire globale) ? en faisant tourner sous linux ca devrait etre possible MAIS C'EST PAS NORMAL qu'avec une base plus complexe (V10) ca tourne et qu'avec une base plus simple (V11) ca ne tourne pas !!!! ERIC, peux-tu regarder d'ou vient le pb ?
merci Steph
Yves
Le 04/03/2014 16:07, Loic.Gasche@ifremer.fr a écrit :
Oui en effet il y a 3 fois moins de pop dans la V11 car elles partageaient tous leurs paramètres biologiques, ça ne servait à rien de les distinguer. Le nombre de zones, lui, est bien resté constant; on a donc bien plus de zones pour une même pop.
Je ne vois aucune autre modification qui pourrait augmenter la taille des résultats.
Par contre c'est vrai qu'il est peut-être moins lourd d'avoir plusieurs petites matrices qu'une grosse .
Yves Reecht <Yves.Reecht@ifremer.fr> a écrit :
OK, merci.
Ce qui est étrange, c'est que ça tourne bien par cellule avec la version 10 de la base, où il y avait 3x plus de pop (je n'utilise que les poissons) pour le même nombre de zones pop (tu peux confirmer Loïc ?). Est-ce que ça pourrait venir du fait qu'il y a maintenant davantage de zones associées à chacune des populations ? Loïc, y a-t-il eu d'autres modifications qui pourraient entraîner une augmentation de la taille des résultats ?
Yves
Le 04/03/2014 11:49, Eric Chatellier a écrit :
Le 04/03/2014 11:17, Yves Reecht a écrit :
Bonjour à tous,
Comme prérequis au couplage ISIS-Marxan with zone sur lequel je travaille, j'essaye de faire tourner le modèle de Loïc (base 7D_v11), limité aux populations de sole et plie, avec le simulateur par cellule. Hors la simulation plante systématiquement (avec ou sans mesure de gestion) au premier mois. Pas de souci en revanche avec le simulateur par défaut.
Auriez-vous une quelconque idée de la cause ? La base de loic, est très conséquente en terme de volume de données. Utiliser le simulateur par cellule descend le niveau de résolution spatiale à la cellule se qui augmente encore plus la taille des résultats.
Là ca plante, parce qu'il n'arrive même pas à demander une réservation de mémoire suffisamment grande avant même de commencer le pas de temps. La matrice est de dimension : Stratégie * Metier * Groupes * Zones * Cellulle (le tout par population et par pas de temps)
Ca fait un un trop gros volume ?
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-- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas@ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................
Le 10/03/2014 15:25, Stephanie MAHEVAS a écrit :
hello
Y a-t-il dans ce cas un moyen de réduire la taille des résultats (regrouper des zones, groupes,... ?) sans modifier profondément la dynamique du modèle ? je ne suis pas sure de bien comprendre mais les actuellement il y a un stockage des resultats intermediaires pour le calcul de F avec les dimensions { str, metier, group,zone,cellMet }. C'est tres certainement optimisable (en
Le 05/03/2014 15:15, Yves Reecht a écrit : place mémoire mais pas en temps de simu) en ne concervant l'info que par zone metier et non par cellule car pour chaque cellule de chaque zone metier en intersection avec une zone pop, le F du metier est le meme... Mais ca demande de retourner dans le code. Donc dans l'immédiat ce n'est pas possible. Je rediscute de ça avec Sigrid à son retour.
Ou bien d'autoriser java à allouer de plus gros vecteurs (j'ai déjà augmenté la mémoire dispo pour ISIS, mais je ne pense pas que ce soit un problème de mémoire globale) ? en faisant tourner sous linux ca devrait etre possible MAIS C'EST PAS NORMAL qu'avec une base plus complexe (V10) ca tourne et qu'avec une base plus simple (V11) ca ne tourne pas !!!! ERIC, peux-tu regarder d'ou vient le pb ? Oui, mais je n'ai pas les infos nécéssaires.
@Yves, tu peux m'envoyer la base v10, v11, et ta procedure de lancement de la simulation ? Merci. -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28
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