Analyse de sensibilité: seuls Fast et Sobol fonctionnent. Je n'arrive pas à accéder à tous les paramètres
Bonjour les ISISiens, tout d'abord je vous souhaite à tous une Bonne Année! Sinon, les affaires ISIS reprennent. J'ai des petits soucis avec l'analyse de sensibilité. Comme pour Chirine, ISIS se fermait tout seul dès que j'essayais de lancer des analyses. Bon en regardant les échanges de mail,j'ai réussi à modifier, ajouter etc etc les variables d'environnement. OK. Par contre, il n'y a que 2 méthodes d'analyses qui fonctionnent, FAST et Sobol. J'ai essayé de lancer Morris, mais non, rien ne se passe... De plus, je n'ai pas réussi à accéder à tous les paramètres que je voulais tester, i.e. 1) la sélectivité (rien n'apparaît en blanc, j'ai beau essayer de cliquer partout) et 2) le facteur cible. Je n'arrive pas à faire apparaître les équations...pourquoi ? Bon ben désolée de vous cueillir comme ça dès la rentrée.... Delphine
Salut Delphine et BONNE ANNEE 2010 à tous les ISISiens! tout d'abord je deconseille d'utiliser la methode SOBOL qui ne semble pas des plus robuste pour estimer les coefficients de sensibilite. Tout comme Sobol, Fast est tres gourmande en simulation et si tu as beaucoup de parametres ca risque d'etre tres lourd à mettre en oeuvre. Je te conseillerai donc plutot d'utiliser Morris pour une premiere exploration quitte ensuite à retourner sur FAST lorsque tu auras identifier les quelques parametres sensibles car Morris n'est pas la panacée si tu as des interactions. La contraintes de ces trois methodes est qu'il faut avoir des parametres continus (c'est à dire qui prenne des valeurs d'incertitude dans un intervalle réel)... Si tu as des parametres discrets (quantitaifs ou qualitatifs) il vaut mieux s'orienter vers des plans factoriels frationnaires ou D-optimaux (pas encore dans ISIS mais option à venir bientot). Pour ce qui est des bugs d'interface, je ne les ai pas. Il nous faudrait ta base et ta version d'ISIS. a+ stephanie Delphine.Rocklin@ifremer.fr a écrit :
Bonjour les ISISiens,
tout d'abord je vous souhaite à tous une Bonne Année!
Sinon, les affaires ISIS reprennent. J'ai des petits soucis avec l'analyse de sensibilité. Comme pour Chirine, ISIS se fermait tout seul dès que j'essayais de lancer des analyses. Bon en regardant les échanges de mail,j'ai réussi à modifier, ajouter etc etc les variables d'environnement. OK. Par contre, il n'y a que 2 méthodes d'analyses qui fonctionnent, FAST et Sobol. J'ai essayé de lancer Morris, mais non, rien ne se passe... De plus, je n'ai pas réussi à accéder à tous les paramètres que je voulais tester, i.e. 1) la sélectivité (rien n'apparaît en blanc, j'ai beau essayer de cliquer partout) et 2) le facteur cible. Je n'arrive pas à faire apparaître les équations...pourquoi ?
Bon ben désolée de vous cueillir comme ça dès la rentrée.... Delphine
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-- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas@ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................
Pour ce qui est des bugs d'interface, je ne les ai pas. Il nous faudrait ta base et ta version d'ISIS. Les équations des facteurs cibles des métiers, et des sélectivités d'engins ne sont
Bonne année à tous :) Le 04/01/2010 14:32, Stephanie MAHEVAS a écrit : pas factorisables (lorsque l'on clic dessus dans l'interface de sensibilités). À l'heure actuelle, il est assez difficile de factorisé ces facteurs car le code est compliqués à faire, mais à terme, cela devrait se faire. J'essayerais de le faire dès que j'aurais un moment. -- Éric <chatellier@codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com
c'est exact. Ma mémoire me joue des tours, il me semblait que l'on avait fait le tour de toutes les equations avec Jean mais non ... la selectivite n'est pas selectionnable. Mais je ne vois pas pourquoi c'est plus compliqué que pour la croissance... Pour le facteur de ciblage, idem. Eric Chatellier a écrit :
Bonne année à tous :)
Le 04/01/2010 14:32, Stephanie MAHEVAS a écrit :
Pour ce qui est des bugs d'interface, je ne les ai pas. Il nous faudrait ta base et ta version d'ISIS.
Les équations des facteurs cibles des métiers, et des sélectivités d'engins ne sont pas factorisables (lorsque l'on clic dessus dans l'interface de sensibilités).
À l'heure actuelle, il est assez difficile de factorisé ces facteurs car le code est compliqués à faire, mais à terme, cela devrait se faire.
J'essayerais de le faire dès que j'aurais un moment.
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Le 04/01/2010 14:51, Stephanie MAHEVAS a écrit :
c'est exact. Ma mémoire me joue des tours, il me semblait que l'on avait fait le tour de toutes les equations avec Jean mais non ... la selectivite n'est pas selectionnable. Mais je ne vois pas pourquoi c'est plus compliqué que pour la croissance... Pour le facteur de ciblage, idem. Les autres équations sont seules.
Pour la sélectivité, on devrait pouvoir cliquer sur une liste de plusieurs équations. C'est toutes la différence qui fait que c'est plus compilqué qu'une simple équation. Mais pas insurmontable... :) -- Éric <chatellier@codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com
Ok merci bcp les ISISiens. Par contre je ne comprends pas pourquoi la méthode de Morris ne fonctionne pas. Stéphanie, tu l'avais faite tourner non ? Il me semble que Chirine a eu aussi ce pb, cf les mails de novembre. Jean avait répondu que vous aviez pu utiliser la méthode de Morris sur d'autres AS...mais qu'il allait contacter les personnes ayant programmé le package sensitivity pour essayer de trouver le pb. Chirine, as-tu finalement réussi à faire tourner Morris en utilisant l'interface ISIS ? Sinon, j'ai la dernière version d'ISIS, 3.2.0.10... Merci Delphine Stephanie MAHEVAS <Stephanie.Mahevas@ifremer.fr> a écrit :
c'est exact. Ma mémoire me joue des tours, il me semblait que l'on avait fait le tour de toutes les equations avec Jean mais non ... la selectivite n'est pas selectionnable. Mais je ne vois pas pourquoi c'est plus compliqué que pour la croissance... Pour le facteur de ciblage, idem.
Eric Chatellier a écrit :
Bonne année à tous :)
Le 04/01/2010 14:32, Stephanie MAHEVAS a écrit :
Pour ce qui est des bugs d'interface, je ne les ai pas. Il nous faudrait ta base et ta version d'ISIS.
Les équations des facteurs cibles des métiers, et des sélectivités d'engins ne sont pas factorisables (lorsque l'on clic dessus dans l'interface de sensibilités).
À l'heure actuelle, il est assez difficile de factorisé ces facteurs car le code est compliqués à faire, mais à terme, cela devrait se faire.
J'essayerais de le faire dès que j'aurais un moment.
-- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas@ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ...................................................................... _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users@list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users
Delphine.Rocklin@ifremer.fr wrote:
Il me semble que Chirine a eu aussi ce pb, cf les mails de novembre. Jean avait répondu que vous aviez pu utiliser la méthode de Morris sur d'autres AS...mais qu'il allait contacter les personnes ayant programmé le package sensitivity pour essayer de trouver le pb.
C'était plutot les personnes qui ont programmé la librairie que nous utilisons pour nous 'dialoguer' avec R. Il s'avère en fait que la vérité est ailleurs :D. Trève de plaisanteries, je soupçonnait en fait un problème de taille d'instruction R. Il semblerait que le problème de Chirine vienne d'ailleurs (je n'ai pas réussi à identifier le pb d'ailleurs). C'est pourquoi le fait d'avoir ton fichier de debug me permettrait peut-être de cerner le problème. D'ailleurs, au passage, tu as combien de facteurs et de quel type ? Jean
pour mon problème de novembre , Il semblerait que le problème vienne de systeme d'explotation de mon ordinateur (Windows 7), car j'ai relancé les simulations de la sensibilité sur un autre PC( système XP) avec les mêmes paramètrages, ça bien tournait. chirine ________________________________ De : Jean Couteau <couteau@codelutin.com> À : isis-fish-users@list.isis-fish.org Envoyé le : Lun 4 Janvier 2010, 15 h 08 min 57 s Objet : Re: [Isis-fish-users] Analyse de sensibilité: seuls Fast et Sobol fonctionnent. Je n'arrive pas à accéder à tous les paramètres Delphine.Rocklin@ifremer.fr wrote:
Il me semble que Chirine a eu aussi ce pb, cf les mails de novembre. Jean avait répondu que vous aviez pu utiliser la méthode de Morris sur d'autres AS...mais qu'il allait contacter les personnes ayant programmé le package sensitivity pour essayer de trouver le pb.
C'était plutot les personnes qui ont programmé la librairie que nous utilisons pour nous 'dialoguer' avec R. Il s'avère en fait que la vérité est ailleurs :D. Trève de plaisanteries, je soupçonnait en fait un problème de taille d'instruction R. Il semblerait que le problème de Chirine vienne d'ailleurs (je n'ai pas réussi à identifier le pb d'ailleurs). C'est pourquoi le fait d'avoir ton fichier de debug me permettrait peut-être de cerner le problème. D'ailleurs, au passage, tu as combien de facteurs et de quel type ? Jean _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users@list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users
chirine HUSSEIN wrote:
pour mon problème de novembre , Il semblerait que le problème vienne de systeme d'explotation de mon ordinateur (Windows 7), car j'ai relancé les simulations de la sensibilité sur un autre PC( système XP) avec les mêmes paramètrages, ça bien tournait.
chirine
Merci du renseignement. Donc ISIS aurait des problèmes sous Windows 7. C'est bon à savoir.
Hahaaaaaa c'était donc ça ! Merci !! J'avais en effet essayé juste de lancer les analyses de sensibilité, juste histoire de voir ce qui fonctionne, et je n'avais utilisé qu'un facteur...ok ok...bon en effet, avec plusieurs facteurs, ça marche ! Hourra, joyeux noël ! Delphine Jean Couteau <couteau@codelutin.com> a écrit :
chirine HUSSEIN wrote:
pour mon problème de novembre , Il semblerait que le problème vienne de systeme d'explotation de mon ordinateur (Windows 7), car j'ai relancé les simulations de la sensibilité sur un autre PC( système XP) avec les mêmes paramètrages, ça bien tournait. chirine
Merci du renseignement. Donc ISIS aurait des problèmes sous Windows 7. C'est bon à savoir. _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users@list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users
C'est effectivement bien d'avoir trouver l'origine ... :-) c ependant je prefere renvoyer un message de mise en garde. Car meme si l'interface peut donner illusion que faire une AS est ultra simple il n'en reste pas moins que c'est un exercice compliqué qui nécessite une reflexion poussée du modèle et de poser explicitement la question à la quelle tu souhaites repondre. De là decoulent les caractéristiques des paramètres et la methode à utiliser. Tu peux reprendre un message envoyé à Chirne où il y avait un certain nombre de references utiles pour faire une bonne AS. steph Delphine.Rocklin@ifremer.fr a écrit :
Hahaaaaaa c'était donc ça ! Merci !! J'avais en effet essayé juste de lancer les analyses de sensibilité, juste histoire de voir ce qui fonctionne, et je n'avais utilisé qu'un facteur...ok ok...bon en effet, avec plusieurs facteurs, ça marche ! Hourra, joyeux noël ! Delphine
Jean Couteau <couteau@codelutin.com> a écrit :
chirine HUSSEIN wrote:
pour mon problème de novembre , Il semblerait que le problème vienne de systeme d'explotation de mon ordinateur (Windows 7), car j'ai relancé les simulations de la sensibilité sur un autre PC( système XP) avec les mêmes paramètrages, ça bien tournait. chirine
Merci du renseignement. Donc ISIS aurait des problèmes sous Windows 7. C'est bon à savoir. _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users@list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users
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oui c'est vrai. Je reprendrai le message avec les références, je l'ai vu tout à l'heure en retournant dans les archives. merci Delphine Stephanie MAHEVAS <Stephanie.Mahevas@ifremer.fr> a écrit :
C'est effectivement bien d'avoir trouver l'origine ... :-) c ependant je prefere renvoyer un message de mise en garde. Car meme si l'interface peut donner illusion que faire une AS est ultra simple il n'en reste pas moins que c'est un exercice compliqué qui nécessite une reflexion poussée du modèle et de poser explicitement la question à la quelle tu souhaites repondre. De là decoulent les caractéristiques des paramètres et la methode à utiliser. Tu peux reprendre un message envoyé à Chirne où il y avait un certain nombre de references utiles pour faire une bonne AS.
steph
Delphine.Rocklin@ifremer.fr a écrit :
Hahaaaaaa c'était donc ça ! Merci !! J'avais en effet essayé juste de lancer les analyses de sensibilité, juste histoire de voir ce qui fonctionne, et je n'avais utilisé qu'un facteur...ok ok...bon en effet, avec plusieurs facteurs, ça marche ! Hourra, joyeux noël ! Delphine
Jean Couteau <couteau@codelutin.com> a écrit :
chirine HUSSEIN wrote:
pour mon problème de novembre , Il semblerait que le problème vienne de systeme d'explotation de mon ordinateur (Windows 7), car j'ai relancé les simulations de la sensibilité sur un autre PC( système XP) avec les mêmes paramètrages, ça bien tournait. chirine
Merci du renseignement. Donc ISIS aurait des problèmes sous Windows 7. C'est bon à savoir. _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users@list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users
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c'est bien à noter que le problème juste avec les simulations de l'analyse de la sensibilité. car les aytres simulations bien tournerait sous Windows 7. ________________________________ De : Jean Couteau <couteau@codelutin.com> À : isis-fish-users@list.isis-fish.org Envoyé le : Lun 4 Janvier 2010, 15 h 41 min 05 s Objet : Re: [Isis-fish-users] Re : Analyse de sensibilité: seuls Fast et Sobol fonctionnent. Je n'arrive pas à accéder à tous les paramètres chirine HUSSEIN wrote:
pour mon problème de novembre , Il semblerait que le problème vienne de systeme d'explotation de mon ordinateur (Windows 7), car j'ai relancé les simulations de la sensibilité sur un autre PC( système XP) avec les mêmes paramètrages, ça bien tournait. chirine
Merci du renseignement. Donc ISIS aurait des problèmes sous Windows 7. C'est bon à savoir. _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users@list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users
bonjour et bonne année et merveilleux vœux pour tous et toutes. J'ai bien réussi à faire tourner la methode de Morris, la methode s'applique directement avec des paramtres continusen utilisant l'interface ISIS, aucun problème. chirine ________________________________ De : "Delphine.Rocklin@ifremer.fr" <Delphine.Rocklin@ifremer.fr> À : isis-fish-users@list.isis-fish.org Envoyé le : Lun 4 Janvier 2010, 14 h 59 min 15 s Objet : Re: [Isis-fish-users] Analyse de sensibilité: seuls Fast et Sobol fonctionnent. Je n'arrive pas à accéder à tous les paramètres Ok merci bcp les ISISiens. Par contre je ne comprends pas pourquoi la méthode de Morris ne fonctionne pas. Stéphanie, tu l'avais faite tourner non ? Il me semble que Chirine a eu aussi ce pb, cf les mails de novembre. Jean avait répondu que vous aviez pu utiliser la méthode de Morris sur d'autres AS...mais qu'il allait contacter les personnes ayant programmé le package sensitivity pour essayer de trouver le pb. Chirine, as-tu finalement réussi à faire tourner Morris en utilisant l'interface ISIS ? Sinon, j'ai la dernière version d'ISIS, 3.2.0.10... Merci Delphine Stephanie MAHEVAS <Stephanie.Mahevas@ifremer.fr> a écrit :
c'est exact. Ma mémoire me joue des tours, il me semblait que l'on avait fait le tour de toutes les equations avec Jean mais non ... la selectivite n'est pas selectionnable. Mais je ne vois pas pourquoi c'est plus compliqué que pour la croissance... Pour le facteur de ciblage, idem.
Eric Chatellier a écrit :
Bonne année à tous :)
Le 04/01/2010 14:32, Stephanie MAHEVAS a écrit :
Pour ce qui est des bugs d'interface, je ne les ai pas. Il nous faudrait ta base et ta version d'ISIS.
Les équations des facteurs cibles des métiers, et des sélectivités d'engins ne sont pas factorisables (lorsque l'on clic dessus dans l'interface de sensibilités).
À l'heure actuelle, il est assez difficile de factorisé ces facteurs car le code est compliqués à faire, mais à terme, cela devrait se faire.
J'essayerais de le faire dès que j'aurais un moment.
--...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas@ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ...................................................................... _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users@list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users
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Delphine.Rocklin@ifremer.fr wrote:
Bonjour les ISISiens,
Salut et bonne année !!!
tout d'abord je vous souhaite à tous une Bonne Année!
Comme pour Chirine, ISIS se fermait tout seul dès que j'essayais de lancer des analyses. Bon en regardant les échanges de mail,j'ai réussi à modifier, ajouter etc etc les variables d'environnement.
C'est une bonne nouvelle ça.
OK. Par contre, il n'y a que 2 méthodes d'analyses qui fonctionnent, FAST et Sobol. J'ai essayé de lancer Morris, mais non, rien ne se passe...
Euh, je les ai toutes testées et je n'ai pas de soucis. J'aurais donc 2-3 petites questions : est-ce que tu pourrais envoyer ton debug.txt ? et deuxièmement quelle version d'ISIS utilises-tu ?
Bon ben désolée de vous cueillir comme ça dès la rentrée....
Ya pas de mal :D Jean.
Bonjour Jean, ok ci-joint le debug en lançant un Morris.. Et la version : 3.2.0.10 Merci ! Delph Jean Couteau <couteau@codelutin.com> a écrit :
Delphine.Rocklin@ifremer.fr wrote:
Bonjour les ISISiens,
Salut et bonne année !!!
tout d'abord je vous souhaite à tous une Bonne Année!
Comme pour Chirine, ISIS se fermait tout seul dès que j'essayais de lancer des analyses. Bon en regardant les échanges de mail,j'ai réussi à modifier, ajouter etc etc les variables d'environnement.
C'est une bonne nouvelle ça.
OK. Par contre, il n'y a que 2 méthodes d'analyses qui fonctionnent, FAST et Sobol. J'ai essayé de lancer Morris, mais non, rien ne se passe...
Euh, je les ai toutes testées et je n'ai pas de soucis. J'aurais donc 2-3 petites questions : est-ce que tu pourrais envoyer ton debug.txt ? et deuxièmement quelle version d'ISIS utilises-tu ?
Bon ben désolée de vous cueillir comme ça dès la rentrée....
Ya pas de mal :D
Jean. _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users@list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users
Delphine.Rocklin@ifremer.fr wrote:
Bonjour Jean,
ok ci-joint le debug en lançant un Morris.. Et la version : 3.2.0.10
Ok, donc je comprends pourquoi ça marche pas : tu n'as qu'un seul facteur, du coup tu ne peux pas créer le plan d'expérience. Si tu essaie de faire la même chose dans R, tu verras qu'il te met un message d'erreur :
a<-morris(model=NULL,factors=c("Langouste Corse.naturalDeathRate"),r=4,design=list(type="oat",levels=c(5),grid.jump=c(2)),binf=c(0.0),bsup=c(1.0)) Erreur dans ((2 * B - 1) %*% D + 1) %*% diag(delta) : arguments inadéquats
J'ai modifié l'instruction pour avoir 3 facteurs et ça marche nickel. Regardes avec plusieurs facteurs si tu as encore le problème. Jean
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