Calibrations guidee par un plan d'analyse independent
Bonjour, J'ai essayé ma calibration avec plusieurs points initiaux pour éviter les minima locaux. Ceci dit ca ne converge pas vers une solution, j'ai probablement besoin d'un nombre plus important de simulations et d'essayer plus de points initiaux. Je pense donc utiliser un super ordinateur qu'on a ici (enfin « super », c'est pas CAPARMOR quand même, un peu moins de ompf...) pour qu'il puisse simultanément lancer mes calibrations. Du point de vue pratique, je m'y prends comment ?! Je suppose que je créer un plan de simulation (AnalysePlanIndependent) qui va attribuer les valeurs initiales pour chacune de mes calibrations. Mais comment je connecte les 2 plan d'analyses ? Si le analysePlanIndependent attribue les valeurs de départ, comment dans mon plan d'analyse de calibration j'appelle ces valeurs de départ ? Je sais faire en -R mais pas en java... Merci d'avance ! Jess *************************************************************************************** Dr Jessica André Junior Research Fellow Wild Fisheries Program-Fisheries Aquaculture & Coasts (FAC) Institute for Marine and Antarctic Studies (IMAS) Marine Research Laboratories, Private Bag 49 Hobart, TAS 7001, Australia Ph: (03) 6227 7284 /Int: +61 3 6227 7284 Fax: (03) 6227 8035 /Int: +61 3 6227 8035 Email: Jessica.Andre@utas.edu.au Web: http://fcms.its.utas.edu.au/scieng/mrl/pagedetails.asp?lPersonId=3177 `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º>
Le 13/04/2011 05:24, Jessica Andre a écrit :
Bonjour,
J’ai essayé ma calibration avec plusieurs points initiaux pour éviter les minima locaux. Ceci dit ca ne converge pas vers une solution, j’ai probablement besoin d’un nombre plus important de simulations et d’essayer plus de points initiaux. Je pense donc utiliser un super ordinateur qu’on a ici (enfin « super », c’est pas CAPARMOR quand même, un peu moins de ompf…) pour qu’il puisse simultanément lancer mes calibrations.
Du point de vue pratique, je m’y prends comment ?! Je suppose que je créer un plan de simulation (AnalysePlanIndependent) qui va attribuer les valeurs initiales pour chacune de mes calibrations. Mais comment je connecte les 2 plan d’analyses ? Si le analysePlanIndependent attribue les valeurs de départ, comment dans mon plan d’analyse de calibration j’appelle ces valeurs de départ ? Je sais faire en –R mais pas en java…
Le plan d'analyse doit modifier les paramètres des simulations qu'il génère. Par exemple, pour modifier les effectifs de départ, il faut modifier la matrices obtenu via (dans beforeSimulation) : MatrixND populationEffectives = nextSimulation.getParameter().getNumberOf(population); -- Éric Chatellier <chatellier@codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com
Hello Jess, je ne sais pas si Eric répond a ta question, je la comprends différemment. Deja est ce que tu utilises toujours le script de calibration a un param ? parce que si c est le cas il n est pas indépendant... apres les 5 premières simus (5 points initiaux), les valeurs essayées dependent du resultat de la derniere simu donc pas possible de paralleliser les simus d'un plan. Mais a ce que je comprends, tu veux faire tourner plusieurs plans en parallele qui auraient des parametres initiaux differents (les pts initiaux sont les parametres public du plan d analyse). Comme c est un plan dependant, il n utilise qu un core. et je pense que tu peux lancer plusieurs plans les uns apres les autres... comme si c etait des simus et ils se mettront sur les differents cores de ta super machine. je sais pas si c est clair mais en gros, tu lance ton plan comme d'habitude avec les param que tu veux, il se met dans la liste des simu et commence a tourner ue simu a la fois. Puis tu retournes dans l interface, changes les points initiaux et recliques sur simuler et il devrait lancer le deuxieme plan aussi. et tu peux faire ca autant de fois que tu as de cores. Enfin si ca marche pas dernière solution qui ne te fera pas gagner du temps (car tu utiliseras un seul processeur) mais automatisera le lancement, tu peux modifier le script pour que toutes les 31 simus (limite actuelle du nb de simu) il continue avec d autres points initiaux. C est pas ultra évident a faire mais ca se fait. Il est peut etre possible de melanger du dependant et du independant, mais je ne sais pas comment par contre... il faudrait un truc du genre un plan independant qui lancerait des plans dependants avec differents parametres public... ca serait joli. Ca existe Eric ???? A++ Eric Chatellier <chatellier@codelutin.com> a écrit :
Le 13/04/2011 05:24, Jessica Andre a écrit :
Bonjour,
J’ai essayé ma calibration avec plusieurs points initiaux pour éviter les minima locaux. Ceci dit ca ne converge pas vers une solution, j’ai probablement besoin d’un nombre plus important de simulations et d’essayer plus de points initiaux. Je pense donc utiliser un super ordinateur qu’on a ici (enfin « super », c’est pas CAPARMOR quand même, un peu moins de ompf…) pour qu’il puisse simultanément lancer mes calibrations.
Du point de vue pratique, je m’y prends comment ?! Je suppose que je créer un plan de simulation (AnalysePlanIndependent) qui va attribuer les valeurs initiales pour chacune de mes calibrations. Mais comment je connecte les 2 plan d’analyses ? Si le analysePlanIndependent attribue les valeurs de départ, comment dans mon plan d’analyse de calibration j’appelle ces valeurs de départ ? Je sais faire en –R mais pas en java…
Le plan d'analyse doit modifier les paramètres des simulations qu'il génère.
Par exemple, pour modifier les effectifs de départ, il faut modifier la matrices obtenu via (dans beforeSimulation) :
MatrixND populationEffectives = nextSimulation.getParameter().getNumberOf(population);
-- Éric Chatellier <chatellier@codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com
_______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users@list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users
Le 13/04/2011 17:38, Sigrid.Lehuta@ifremer.fr a écrit :
Il est peut etre possible de melanger du dependant et du independant, mais je ne sais pas comment par contre... il faudrait un truc du genre un plan independant qui lancerait des plans dependants avec differents parametres public... ca serait joli. Ca existe Eric ???? Non, actuellement un plan ne peut lancer que des simulations. Pas encore des sous plan récursifs ;)
-- Éric Chatellier <chatellier@codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com
Merci Sigrid! Je crois que je vais opter pour la solution 2: lancer les simus les une après les autres en changeant les point initiaux une fois la simu precedente lancée jusqu'à saturation des processeurs. Je vais la faire bosser cette nouvelle bécane! A + Jess -----Original Message----- From: isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] On Behalf Of Sigrid.Lehuta@ifremer.fr Sent: Thursday, 14 April 2011 1:39 AM To: isis-fish-users@list.isis-fish.org Subject: Re: [Isis-fish-users] Calibrations guidee par un plan d'analyse independent Hello Jess, je ne sais pas si Eric répond a ta question, je la comprends différemment. Deja est ce que tu utilises toujours le script de calibration a un param ? parce que si c est le cas il n est pas indépendant... apres les 5 premières simus (5 points initiaux), les valeurs essayées dependent du resultat de la derniere simu donc pas possible de paralleliser les simus d'un plan. Mais a ce que je comprends, tu veux faire tourner plusieurs plans en parallele qui auraient des parametres initiaux differents (les pts initiaux sont les parametres public du plan d analyse). Comme c est un plan dependant, il n utilise qu un core. et je pense que tu peux lancer plusieurs plans les uns apres les autres... comme si c etait des simus et ils se mettront sur les differents cores de ta super machine. je sais pas si c est clair mais en gros, tu lance ton plan comme d'habitude avec les param que tu veux, il se met dans la liste des simu et commence a tourner ue simu a la fois. Puis tu retournes dans l interface, changes les points initiaux et recliques sur simuler et il devrait lancer le deuxieme plan aussi. et tu peux faire ca autant de fois que tu as de cores. Enfin si ca marche pas dernière solution qui ne te fera pas gagner du temps (car tu utiliseras un seul processeur) mais automatisera le lancement, tu peux modifier le script pour que toutes les 31 simus (limite actuelle du nb de simu) il continue avec d autres points initiaux. C est pas ultra évident a faire mais ca se fait. Il est peut etre possible de melanger du dependant et du independant, mais je ne sais pas comment par contre... il faudrait un truc du genre un plan independant qui lancerait des plans dependants avec differents parametres public... ca serait joli. Ca existe Eric ???? A++ Eric Chatellier <chatellier@codelutin.com> a écrit :
Le 13/04/2011 05:24, Jessica Andre a écrit :
Bonjour,
J’ai essayé ma calibration avec plusieurs points initiaux pour éviter les minima locaux. Ceci dit ca ne converge pas vers une solution, j’ai probablement besoin d’un nombre plus important de simulations et d’essayer plus de points initiaux. Je pense donc utiliser un super ordinateur qu’on a ici (enfin « super », c’est pas CAPARMOR quand même, un peu moins de ompf…) pour qu’il puisse simultanément lancer mes calibrations.
Du point de vue pratique, je m’y prends comment ?! Je suppose que je créer un plan de simulation (AnalysePlanIndependent) qui va attribuer les valeurs initiales pour chacune de mes calibrations. Mais comment je connecte les 2 plan d’analyses ? Si le analysePlanIndependent attribue les valeurs de départ, comment dans mon plan d’analyse de calibration j’appelle ces valeurs de départ ? Je sais faire en –R mais pas en java…
Le plan d'analyse doit modifier les paramètres des simulations qu'il génère.
Par exemple, pour modifier les effectifs de départ, il faut modifier la matrices obtenu via (dans beforeSimulation) :
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