Re: [Isis-fish-users] Lancement de simulations sur plusieurs processeurs
Bonjour Jessica, Il me semble que c'est une analyse sous incertitude que tu souhaites faire où le recrutement est ta source d'incertitude. Comme c'est expliqué sur la page "plan d'analyse" du site Isis, et comme le rappel Eric, les calibration utilise des plans séquentiels et les analyses de sensibilité ou d'incertitude utilise des plans indépendant (en général). Donc tu devrais pouvoir utiliser tes 64 processeurs pour le plan de simulation que tu souhaites réaliser. A partir du paramètre que tu souhaites utiliser pour faire varier ton recrutement (mortalité naturelle pré-recrutement, ou nombre d'œufs produit, ou recrutement fixé à l'avance par tes soins, etc.) et du nombre de valeurs que tu souhaites tester pour ce paramètre, il te faut choisir la méthode la plus adapter pour définir ton plan de simulation. Par exemple, si tu veux faire varier ta mortalité naturelle pré-recrutement entre une borne min et max avec 300 valeurs qui sont prises entre ses bornes, tu peux utiliser la méthode FAST (attention ce n'est qu'un exemple, je ne sais pas s'il convient précisément a ton cas). Tu peux regarder ce qu'a fait par exemple Delphine Rocklin dans sa thèse (article E), j'ai l'impression que c'est un peu dans l'idée de ce que tu veux faire mais avec des paramètres différents. Après tout dépend aussi si tu veux conserver la même valeurs de paramètre chaque année d'une simu où si tu souhaites qu'elle varie aussi d'une année sur l'autre. Si tu souhaites faire des choses assez spécifiques, il te faudra probablement passer par la l'utilisation de fichiers avec les valeurs des paramètres à prendre, un peu comme l'a fait Sigrid avec de bonnes ou mauvaises années de recrutement. Dans mon cas j'ai aussi testé un recrutement aléatoire. En ce qui concerne le codage des valeurs entre -1 et 1, c'est effectivement comme cela que fonctionne ISIS, mais cela correspond bien à de "vraies" valeurs (que l'on ne voit pas directement) choisies par la méthode du plan de simulation ou par toi selon le cas. -1 et 1 correspondent aux bornes min et max de l'intervalle de valeurs possibles pour un paramètre, les autres valeurs prises par le paramètre vont se répartir (régulièrement ou non) à l'intérieur de cet intervalle. Dans la thèse de Sigrid tu trouvera des exemples. J'espère que cela pourra t'aider. Bastien -----Message d'origine----- De : isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Jessica Andre Envoyé : mercredi 20 juin 2012 15:08 À : isis-fish-users@list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] Lancement de simulations sur plusieurs processeurs Mmm.. Donc il me faut un plan indépendant, avec matrice d'expérience et fichier paramètres. Pour ce que je veux faire, ca se corse un peu du coup. L'idée est de tester différent scenarios de recrutement sur 30 ans (et ce pour chacune de mes 4 espèces simultanément) afin d'obtenir un joli graph des Landings projetés pour chaque espèces (avec la moyenne et 95% confidence intervals). Donc il me faut pas mal de simulations (1000 idéalement...) Une premiere question donc (je suis sure que je vais en avoir d'autres...): 1. Dans les exemples qui sont sur le site web, les modalités sont codées par des entiers dans la matrice d'expérience. Est-ce-que je suis restreinte a -1, 0, 1, ou est-ce-que je peux faire -1,0,1,2,...100 et plus si affinité?! Merci d'avance! Jess -----Original Message----- From: isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] On Behalf Of Eric Chatellier Sent: Tuesday, 19 June 2012 5:57 PM To: isis-fish-users@list.isis-fish.org Subject: Re: [Isis-fish-users] Lancement de simulations sur plusieurs processeurs Le 19/06/2012 07:40, Jessica Andre a écrit :
Bonjour,
Bonjour,
Petite question pratique. J'ai installé ISIS sur un super-ordi (bon, c'est
Caparmor.), avec espoir de pouvoir lancer plusieurs simulations simultanément. Le but à ce stade est de lancer 500 simulations avec différents future recrutements pour chaque espèce.
J'ai testé le nouveau joujou avec mon plan de simulation de calibration
catchability /q/ (donc a chaque nouvelle simu, le q est changé, 100 q sont testés en tout) . Mais avec ce format, ISIS n'utilise qu'un processeur sur les 64 pour cette tache étant donne qu'il fait les simus les unes après les autres. Y-a-t-il un bout de code que je puisse mettre dans mon plan de simulation qui spécifie a ISIS qu'il n'a pas besoin d'attendre pour lancer une autre simu, ce qui devrait théoriquement utiliser les autres processeurs
chaque nouvelle simu lancée? Ou un bout de code java qui me permet de lancer plusieurs instances de ISIS automatiquement (c'est-à-dire que je n'aurai
lancer manuellement les simu depuis l'interface, je sais pas si c'est
pas pour pour pas a possible)?
Parce que si je dois lancer 500 simulations individuellement, on n'est pas couché.
En fait, Isis peut lancer plusieurs simulation en parallèle, mais pour des simulations indépendantes. Dans votre cas, je pense que votre plan est un plan dépendant : c'est à dire qu'une simulation dépend (ou peut dépendre) des résultats de la précédente, et doit attendre qu'une simulation soit terminée pour lancer la suivante. -- Éric Chatellier <chatellier@codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users@list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users@list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users
Merci Bastien, Ca me donne de quoi cogiter un peu! Jess -----Original Message----- From: isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] On Behalf Of Bastien Preuss Sent: Wednesday, 20 June 2012 3:06 PM To: isis-fish-users@list.isis-fish.org Subject: Re: [Isis-fish-users] Lancement de simulations sur plusieurs processeurs Bonjour Jessica, Il me semble que c'est une analyse sous incertitude que tu souhaites faire où le recrutement est ta source d'incertitude. Comme c'est expliqué sur la page "plan d'analyse" du site Isis, et comme le rappel Eric, les calibration utilise des plans séquentiels et les analyses de sensibilité ou d'incertitude utilise des plans indépendant (en général). Donc tu devrais pouvoir utiliser tes 64 processeurs pour le plan de simulation que tu souhaites réaliser. A partir du paramètre que tu souhaites utiliser pour faire varier ton recrutement (mortalité naturelle pré-recrutement, ou nombre d'œufs produit, ou recrutement fixé à l'avance par tes soins, etc.) et du nombre de valeurs que tu souhaites tester pour ce paramètre, il te faut choisir la méthode la plus adapter pour définir ton plan de simulation. Par exemple, si tu veux faire varier ta mortalité naturelle pré-recrutement entre une borne min et max avec 300 valeurs qui sont prises entre ses bornes, tu peux utiliser la méthode FAST (attention ce n'est qu'un exemple, je ne sais pas s'il convient précisément a ton cas). Tu peux regarder ce qu'a fait par exemple Delphine Rocklin dans sa thèse (article E), j'ai l'impression que c'est un peu dans l'idée de ce que tu veux faire mais avec des paramètres différents. Après tout dépend aussi si tu veux conserver la même valeurs de paramètre chaque année d'une simu où si tu souhaites qu'elle varie aussi d'une année sur l'autre. Si tu souhaites faire des choses assez spécifiques, il te faudra probablement passer par la l'utilisation de fichiers avec les valeurs des paramètres à prendre, un peu comme l'a fait Sigrid avec de bonnes ou mauvaises années de recrutement. Dans mon cas j'ai aussi testé un recrutement aléatoire. En ce qui concerne le codage des valeurs entre -1 et 1, c'est effectivement comme cela que fonctionne ISIS, mais cela correspond bien à de "vraies" valeurs (que l'on ne voit pas directement) choisies par la méthode du plan de simulation ou par toi selon le cas. -1 et 1 correspondent aux bornes min et max de l'intervalle de valeurs possibles pour un paramètre, les autres valeurs prises par le paramètre vont se répartir (régulièrement ou non) à l'intérieur de cet intervalle. Dans la thèse de Sigrid tu trouvera des exemples. J'espère que cela pourra t'aider. Bastien -----Message d'origine----- De : isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Jessica Andre Envoyé : mercredi 20 juin 2012 15:08 À : isis-fish-users@list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] Lancement de simulations sur plusieurs processeurs Mmm.. Donc il me faut un plan indépendant, avec matrice d'expérience et fichier paramètres. Pour ce que je veux faire, ca se corse un peu du coup. L'idée est de tester différent scenarios de recrutement sur 30 ans (et ce pour chacune de mes 4 espèces simultanément) afin d'obtenir un joli graph des Landings projetés pour chaque espèces (avec la moyenne et 95% confidence intervals). Donc il me faut pas mal de simulations (1000 idéalement...) Une premiere question donc (je suis sure que je vais en avoir d'autres...): 1. Dans les exemples qui sont sur le site web, les modalités sont codées par des entiers dans la matrice d'expérience. Est-ce-que je suis restreinte a -1, 0, 1, ou est-ce-que je peux faire -1,0,1,2,...100 et plus si affinité?! Merci d'avance! Jess -----Original Message----- From: isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] On Behalf Of Eric Chatellier Sent: Tuesday, 19 June 2012 5:57 PM To: isis-fish-users@list.isis-fish.org Subject: Re: [Isis-fish-users] Lancement de simulations sur plusieurs processeurs Le 19/06/2012 07:40, Jessica Andre a écrit :
Bonjour,
Bonjour,
Petite question pratique. J'ai installé ISIS sur un super-ordi (bon, c'est
Caparmor.), avec espoir de pouvoir lancer plusieurs simulations simultanément. Le but à ce stade est de lancer 500 simulations avec différents future recrutements pour chaque espèce.
J'ai testé le nouveau joujou avec mon plan de simulation de calibration
catchability /q/ (donc a chaque nouvelle simu, le q est changé, 100 q sont testés en tout) . Mais avec ce format, ISIS n'utilise qu'un processeur sur les 64 pour cette tache étant donne qu'il fait les simus les unes après les autres. Y-a-t-il un bout de code que je puisse mettre dans mon plan de simulation qui spécifie a ISIS qu'il n'a pas besoin d'attendre pour lancer une autre simu, ce qui devrait théoriquement utiliser les autres processeurs
chaque nouvelle simu lancée? Ou un bout de code java qui me permet de lancer plusieurs instances de ISIS automatiquement (c'est-à-dire que je n'aurai
lancer manuellement les simu depuis l'interface, je sais pas si c'est
pas pour pour pas a possible)?
Parce que si je dois lancer 500 simulations individuellement, on n'est pas couché.
En fait, Isis peut lancer plusieurs simulation en parallèle, mais pour des simulations indépendantes. Dans votre cas, je pense que votre plan est un plan dépendant : c'est à dire qu'une simulation dépend (ou peut dépendre) des résultats de la précédente, et doit attendre qu'une simulation soit terminée pour lancer la suivante. -- Éric Chatellier <chatellier@codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users@list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users@list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users@list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users
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