structure des RData et .csv d'exports de résultats d'AS ?
Bonjour, Grâce aux modifs indiquées par Eric j'ai réussi à faire tourner une AS de test. Par contre je m'interroge sur certains des résultats que j'obtiens, qui ne me semblent pas cohérents (ex : des biomasses de benthos nulles en fin de simu pour certaines cellules alors que toutes les cellules contiennent du benthos). Ca m'a amené à m'interroger sur la structure des exports. En particulier, je m'interroge sur le contenu des fichiers .csv créés, et les conséquences que cela peut avoir sur le contenu du RData. En effet, pour chaque export on a deux .csv, un _Results et un _SensitivityIndices. Il semblerait que tous les _Results sont identiques (et contiennent tous les résultats de l'AS), alors qu'on s'attendrait à avoir un _Result propre à chaque export. De plus les _SensitivityIndices contiennent parfois des résultats (pas forcément très clairs), parfois de 0 ou des NA. Cette structure est-elle normale ? Si non, est-ce un problème ISIS ou une erreur dans le codage des scripts d'export (sachant que cette structure bizarre apparait même pour les exports "historiques" de la database, et que jusqu'ici mes tests d'exports par zone semblaient corrects). Loïc
Le 29/01/2015 11:36, Loic GASCHE a écrit :
Bonjour,
Grâce aux modifs indiquées par Eric j'ai réussi à faire tourner une AS de test.
Par contre je m'interroge sur certains des résultats que j'obtiens, qui ne me semblent pas cohérents (ex : des biomasses de benthos nulles en fin de simu pour certaines cellules alors que toutes les cellules contiennent du benthos).
Ca m'a amené à m'interroger sur la structure des exports. En particulier, je m'interroge sur le contenu des fichiers .csv créés, et les conséquences que cela peut avoir sur le contenu du RData.
En effet, pour chaque export on a deux .csv, un _Results et un _SensitivityIndices.
Il semblerait que tous les _Results sont identiques (et contiennent tous les résultats de l'AS), alors qu'on s'attendrait à avoir un _Result propre à chaque export. Je les vois tous différents pour ma part. Il est vrai que la quasi totalité de l'export est identique, mais la dernière
colonne "result" est différente à chaque fois. > > De plus les _SensitivityIndices contiennent parfois des résultats (pas > forcément très clairs), parfois de 0 ou des NA. Je ne saurais pas dire ce que contient le fichier "_SensitivityIndices", mais il à l'air lié au fichier "_result" et est calculé au même moment, par R. > > Cette structure est-elle normale ? Si non, est-ce un problème ISIS ou une > erreur dans le codage des scripts d'export (sachant que cette structure > bizarre apparait même pour les exports "historiques" de la database, et que > jusqu'ici mes tests d'exports par zone semblaient corrects). À priori, c'est voulu, et ce n'est pas nouveau. Par contre, je ne sais pas exactement à quoi cela correspond, et comment c'est exploité ensuite.
-- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28
Le 29/01/2015 12:03, Eric Chatellier a écrit :
Le 29/01/2015 11:36, Loic GASCHE a écrit :
Bonjour,
Grâce aux modifs indiquées par Eric j'ai réussi à faire tourner une AS de test.
Par contre je m'interroge sur certains des résultats que j'obtiens, qui ne me semblent pas cohérents (ex : des biomasses de benthos nulles en fin de simu pour certaines cellules alors que toutes les cellules contiennent du benthos).
Ca m'a amené à m'interroger sur la structure des exports. En particulier, je m'interroge sur le contenu des fichiers .csv créés, et les conséquences que cela peut avoir sur le contenu du RData.
En effet, pour chaque export on a deux .csv, un _Results et un _SensitivityIndices.
Il semblerait que tous les _Results sont identiques (et contiennent tous les résultats de l'AS), alors qu'on s'attendrait à avoir un _Result propre à chaque export. Je les vois tous différents pour ma part. Il est vrai que la quasi totalité de l'export est identique, mais la dernière
colonne "result" est différente à chaque fois.
Ah oui en effet les deux dernières colonnes de chaque _Result sont différentes. Par contre c'est la valeur contenue dans l'avant dernière colonne que l'on retrouve dans le RData... à quoi correspond la dernière colonne dans ce cas ? Il apparait que quand l'avant dernière colonne (GX) contient une valeur alors on a bien la dernière colonne (GY). Mais quand GX ne contient que des 0 on n'a pas de colonne GY.
De plus les _SensitivityIndices contiennent parfois des résultats (pas forcément très clairs), parfois de 0 ou des NA.
Je ne saurais pas dire ce que contient le fichier "_SensitivityIndices", mais il à l'air lié au fichier "_result" et est calculé au même moment, par R.
Cette structure est-elle normale ? Si non, est-ce un problème ISIS ou une erreur dans le codage des scripts d'export (sachant que cette structure bizarre apparait même pour les exports "historiques" de la database, et que jusqu'ici mes tests d'exports par zone semblaient corrects).
À priori, c'est voulu, et ce n'est pas nouveau. Par contre, je ne sais pas exactement à quoi cela correspond, et comment c'est exploité ensuite.
Le Thu, 29 Jan 2015 12:14:56 +0100, Loic GASCHE <Loic.Gasche@ifremer.fr> a écrit :
Ah oui en effet les deux dernières colonnes de chaque _Result sont différentes.
Par contre c'est la valeur contenue dans l'avant dernière colonne que l'on retrouve dans le RData... à quoi correspond la dernière colonne dans ce cas ?
Il apparait que quand l'avant dernière colonne (GX) contient une valeur alors on a bien la dernière colonne (GY). Mais quand GX ne contient que des 0 on n'a pas de colonne GY.
Dans le results, tu as des résultats très étranges. Tu as des colonnes de 0 qui ne devraient pas exister je pense (normalement la dernière colonne devrait avoir Results en titre). Tu as modifié les scripts d'AS ou d'export ? Sinon pour les sensitivity indices, ça dépend de la méthode de sensibilité que tu utilises. Et à mon avis, tu dois utiliser des groupes car tu sembles avoir plein de facteurs dans le results et seulement 5 pour lesquels tu as des indices de sensibilité. Ce fichier sert "uniquement" a obtenir les indices de sensibilité de tes facteurs et dépendent donc de la méthode utilisée. Là je peux pas forcément plus aider que ça, je ne sais pas trop exploiter ces résultats. Stéphanie ? Jean
Le 29/01/2015 15:58, Jean Couteau a écrit :
Le Thu, 29 Jan 2015 12:14:56 +0100, Loic GASCHE<Loic.Gasche@ifremer.fr> a écrit :
Ah oui en effet les deux dernières colonnes de chaque _Result sont différentes.
Par contre c'est la valeur contenue dans l'avant dernière colonne que l'on retrouve dans le RData... à quoi correspond la dernière colonne dans ce cas ?
Il apparait que quand l'avant dernière colonne (GX) contient une valeur alors on a bien la dernière colonne (GY). Mais quand GX ne contient que des 0 on n'a pas de colonne GY.
Dans le results, tu as des résultats très étranges. Tu as des colonnes de 0 qui ne devraient pas exister je pense (normalement la dernière colonne devrait avoir Results en titre). Tu as modifié les scripts d'AS ou d'export ?
C'est en cours de vérif mais je crois que les colonnes de 0 viennent du fait que j'avais demandé des exports de biomasse sur de mauvaises zones (des zones pas représentées dans le modèle car identiques et donc regroupées à plusieurs ou au contraire des ensembles de zones que le modèle ne connaissait pas).
Sinon pour les sensitivity indices, ça dépend de la méthode de sensibilité que tu utilises. Et à mon avis, tu dois utiliser des groupes car tu sembles avoir plein de facteurs dans le results et seulement 5 pour lesquels tu as des indices de sensibilité.
Ce fichier sert "uniquement" a obtenir les indices de sensibilité de tes facteurs et dépendent donc de la méthode utilisée. Là je peux pas forcément plus aider que ça, je ne sais pas trop exploiter ces résultats. Stéphanie ?
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Le 29/01/2015 16:11, Loic GASCHE a écrit :
Le 29/01/2015 15:58, Jean Couteau a écrit :
Le Thu, 29 Jan 2015 12:14:56 +0100, Loic GASCHE<Loic.Gasche@ifremer.fr> a écrit :
Ah oui en effet les deux dernières colonnes de chaque _Result sont différentes.
Par contre c'est la valeur contenue dans l'avant dernière colonne que l'on retrouve dans le RData... à quoi correspond la dernière colonne dans ce cas ?
Il apparait que quand l'avant dernière colonne (GX) contient une valeur alors on a bien la dernière colonne (GY). Mais quand GX ne contient que des 0 on n'a pas de colonne GY.
Dans le results, tu as des résultats très étranges. Tu as des colonnes de 0 qui ne devraient pas exister je pense (normalement la dernière colonne devrait avoir Results en titre). Tu as modifié les scripts d'AS ou d'export ?
C'est en cours de vérif mais je crois que les colonnes de 0 viennent du fait que j'avais demandé des exports de biomasse sur de mauvaises zones (des zones pas représentées dans le modèle car identiques et donc regroupées à plusieurs ou au contraire des ensembles de zones que le modèle ne connaissait pas).
Ah ben non en fait ce n'est pas ça. J'ai refait tourner une AS avec des exports sur des zones correctes, j'ai bien mes exports sans valeurs nulles mais dans les .csv _Result j'ai toujours une colonne sur deux avec des 0. Je ne sais même pas comment ces fichiers _Result sont créés donc je ne vois pas trop comment j'aurais pu modifier leur création. Moi tout ce que j'ai fait est reprendre les exports d'AS pour qu'on puisse les faire zone par zone, et exporter le résultat de chaque zone dans un CSV, comme cela est fait habituellement (et j'ai bien les bons exports dans le RData et les .csv par zone en plus des autres).
Sinon pour les sensitivity indices, ça dépend de la méthode de sensibilité que tu utilises. Et à mon avis, tu dois utiliser des groupes car tu sembles avoir plein de facteurs dans le results et seulement 5 pour lesquels tu as des indices de sensibilité.
Ce fichier sert "uniquement" a obtenir les indices de sensibilité de tes facteurs et dépendent donc de la méthode utilisée. Là je peux pas forcément plus aider que ça, je ne sais pas trop exploiter ces résultats. Stéphanie ?
Jean
Le Thu, 29 Jan 2015 16:28:38 +0100, Loic GASCHE <Loic.Gasche@ifremer.fr> a écrit :
Ah ben non en fait ce n'est pas ça. J'ai refait tourner une AS avec des exports sur des zones correctes, j'ai bien mes exports sans valeurs nulles mais dans les .csv _Result j'ai toujours une colonne sur deux avec des 0.
Je ne sais même pas comment ces fichiers _Result sont créés donc je ne vois pas trop comment j'aurais pu modifier leur création.
Moi tout ce que j'ai fait est reprendre les exports d'AS pour qu'on puisse les faire zone par zone, et exporter le résultat de chaque zone dans un CSV, comme cela est fait habituellement (et j'ai bien les bons exports dans le RData et les .csv par zone en plus des autres).
Je viens de regarder le RData. A mon avis, déjà il y a un truc qui doit poser problème mathématiquement parlant (enfin je crois, je suis pas spécialiste du domaine), mais tu fais 6 simus pour 102 paramètres. A mon avis c'est pas assez, et c'est pour ça que dans tes indices de sensibilité il y a que 4-5 résultats (si je prends un methodAnalyse il me dit "97 out of 103 effects not estimable Estimated effects may be unbalanced"). Concernant le results, il est constitué des valeurs prises par les facteurs (donc logique que les premières colonnes soient identiques) puis en dernière colonne les résultats de ton export (1 ligne = 1 simu). Normalement c'est direct la sortie de la commande R (genre randomLHS(6,102) pour toi), donc pas de 0. Jean
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