Problème de démarrage d'As sur caparmor ?
Bonjour, J'ai lancé des AS pour tester les temps de simu avec la nouvelle version d'ISIS. En local sur le serveur pas de soucis, ça tourne (et plutôt pas mal : 12-13 minutes pour une simu complète). Par contre sur caparmor je reste bloqué à "attente du démarrage de la simulation", et l'AS n'apparait pas quand on fait un qstat. Ma config caparmor me semble correcte (peut-être des arguments qsub inutiles désormais mais je ne vois pas pourquoi cela bloquerait la simu), et je n'ai pour le moment pas réussi à trouver dans le debug la cause du non lancement de mon AS. Donc si quelqu'un a une idée je suis preneur ! Loïc
Tu n'a qu'1 seul thread SSH, c'est peut-être ça? J'ai l'impression qu'on se fait tous piéger avec ce paramètre quand on revient sur Caparmor^^ Loic GASCHE a écrit :
Bonjour,
J'ai lancé des AS pour tester les temps de simu avec la nouvelle version d'ISIS.
En local sur le serveur pas de soucis, ça tourne (et plutôt pas mal : 12-13 minutes pour une simu complète).
Par contre sur caparmor je reste bloqué à "attente du démarrage de la simulation", et l'AS n'apparait pas quand on fait un qstat.
Ma config caparmor me semble correcte (peut-être des arguments qsub inutiles désormais mais je ne vois pas pourquoi cela bloquerait la simu), et je n'ai pour le moment pas réussi à trouver dans le debug la cause du non lancement de mon AS.
Donc si quelqu'un a une idée je suis preneur !
Loïc
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Merci Audric pour la réponse, je vais creuser. Si un lutin pouvait développer / confirmer... Loïc Audric VIGIER <Audric.Vigier@ifremer.fr> a écrit :
Tu n'a qu'1 seul thread SSH, c'est peut-être ça? J'ai l'impression qu'on se fait tous piéger avec ce paramètre quand on revient sur Caparmor^^
Loic GASCHE a écrit :
Bonjour,
J'ai lancé des AS pour tester les temps de simu avec la nouvelle version d'ISIS.
En local sur le serveur pas de soucis, ça tourne (et plutôt pas mal : 12-13 minutes pour une simu complète).
Par contre sur caparmor je reste bloqué à "attente du démarrage de la simulation", et l'AS n'apparait pas quand on fait un qstat.
Ma config caparmor me semble correcte (peut-être des arguments qsub inutiles désormais mais je ne vois pas pourquoi cela bloquerait la simu), et je n'ai pour le moment pas réussi à trouver dans le debug la cause du non lancement de mon AS.
Donc si quelqu'un a une idée je suis preneur !
Loïc
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Le 03/12/2014 11:06, lgasche@ifremer.fr a écrit :
Merci Audric pour la réponse, je vais creuser.
Si un lutin pouvait développer / confirmer... Tu fait bien de relancer, j'avais oublier de traiter ton mail.
Je pense que l'option "-l walltime=10:00:00" ne fonctionne plus à cause d'un changement de configuration de caparmor. Il me répond: "qsub: Job exceeds queue and/or server resource limits" Mais normalement, avec la nouvelle version d'IsisFish, cette option ne devrait plus servir. -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28
Merci Eric, ça tourne sans cette option. Par contre : Je n'ai aucun export des résultats d'AS, même quand ceux-ci sont demandés. Le RData n'est pas mis à jour en fin de simu et ne contient donc que les valeurs prises par les paramètres d'entrée testés. J'ai bien export des résultats de chaque simu en .csv si ces exports sont demandés, par contre on ne peut pas les visualiser dans l'interface ISIS. On ne peut les voir qu'en allant chercher le .csv. Il semblerait que ces résultats soient faux car je me retrouve avec des biomasses négatives, mais comme je ne peux pas vérifier autre chose que les csv il est dur de savoir ce qui pose problème. (On n'avait pas déjà eu ce cas de biomasses négatives ?) Je mets une simu en PJ, il y a "sansExport" dans le nom mais les exports sont bien demandés. Le 03/12/2014 14:26, Eric Chatellier a écrit :
Le 03/12/2014 11:06, lgasche@ifremer.fr a écrit :
Merci Audric pour la réponse, je vais creuser.
Si un lutin pouvait développer / confirmer... Tu fait bien de relancer, j'avais oublier de traiter ton mail.
Je pense que l'option "-l walltime=10:00:00" ne fonctionne plus à cause d'un changement de configuration de caparmor. Il me répond: "qsub: Job exceeds queue and/or server resource limits"
Mais normalement, avec la nouvelle version d'IsisFish, cette option ne devrait plus servir.
Ah ben non en fait mon csv ne contient de résultats que pour les 13 derniers pas de temps, ce qui expliquerait pourquoi on ne peut pas les voir dans l'interface ISIS. Normalement j'avais supprimé la sauvegarde des 13 derniers pas de temps uniquement. Je remarque que j'ai dans les paramètres avancés une autre option : simulation.store.result.cachestep = 13. Est-ce cette option qui fait que je n'ai une sauvegarde que pour les 13 derniers pas de temps ? Dois-je la supprimer ? Après cela n'explique pas pourquoi je n'ai pas de résultats d'AS ou des valeurs négatives d'abondance ou de biomasse. Loïc Le 03/12/2014 17:29, Loic GASCHE a écrit :
Merci Eric, ça tourne sans cette option.
Par contre :
Je n'ai aucun export des résultats d'AS, même quand ceux-ci sont demandés. Le RData n'est pas mis à jour en fin de simu et ne contient donc que les valeurs prises par les paramètres d'entrée testés.
J'ai bien export des résultats de chaque simu en .csv si ces exports sont demandés, par contre on ne peut pas les visualiser dans l'interface ISIS. On ne peut les voir qu'en allant chercher le .csv.
Il semblerait que ces résultats soient faux car je me retrouve avec des biomasses négatives, mais comme je ne peux pas vérifier autre chose que les csv il est dur de savoir ce qui pose problème. (On n'avait pas déjà eu ce cas de biomasses négatives ?)
Je mets une simu en PJ, il y a "sansExport" dans le nom mais les exports sont bien demandés.
Le 03/12/2014 14:26, Eric Chatellier a écrit :
Le 03/12/2014 11:06, lgasche@ifremer.fr a écrit :
Merci Audric pour la réponse, je vais creuser.
Si un lutin pouvait développer / confirmer... Tu fait bien de relancer, j'avais oublier de traiter ton mail.
Je pense que l'option "-l walltime=10:00:00" ne fonctionne plus à cause d'un changement de configuration de caparmor. Il me répond: "qsub: Job exceeds queue and/or server resource limits"
Mais normalement, avec la nouvelle version d'IsisFish, cette option ne devrait plus servir.
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Le 03/12/2014 18:56, Loic GASCHE a écrit :
Ah ben non en fait mon csv ne contient de résultats que pour les 13 derniers pas de temps, ce qui expliquerait pourquoi on ne peut pas les voir dans l'interface ISIS.
Normalement j'avais supprimé la sauvegarde des 13 derniers pas de temps uniquement.
Je remarque que j'ai dans les paramètres avancés une autre option : simulation.store.result.cachestep = 13. Est-ce cette option qui fait que je n'ai une sauvegarde que pour les 13 derniers pas de temps ? Dois-je la supprimer ? Oui.
Il doit la remettre car il conserve ces paramètres lors du rechargement d'une population.
Après cela n'explique pas pourquoi je n'ai pas de résultats d'AS ou des valeurs négatives d'abondance ou de biomasse. J'ai regardé le fichier parameters.properties, et il me semble étrange car les exports de sensibilité n'ont pas (ou plus) leur parametres 'pop' de renseigné.
En regardant après rechargement de simulation, dans l'interface, les parametres sont bien vides. Tu as une idée de ce qui a pu causer cela ? Sinon tu peut tester en reparametrant les 'pop' des exports de sensibilités ? -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28
Oui j'avais remarqué que les paramètres pop étaient vides en rechargeant une ancienne AS. J'ai essayé en re-sélectionnant les pops pour les exports présents, et en supprimant tous les exports pour les re-sélectionner un part un et choisir les espèces. Dans les deux cas ça ne change rien et je n'ai pas d'export des résultats d'AS. Le 04/12/2014 11:10, Eric Chatellier a écrit :
Le 03/12/2014 18:56, Loic GASCHE a écrit :
Ah ben non en fait mon csv ne contient de résultats que pour les 13 derniers pas de temps, ce qui expliquerait pourquoi on ne peut pas les voir dans l'interface ISIS.
Normalement j'avais supprimé la sauvegarde des 13 derniers pas de temps uniquement.
Je remarque que j'ai dans les paramètres avancés une autre option : simulation.store.result.cachestep = 13. Est-ce cette option qui fait que je n'ai une sauvegarde que pour les 13 derniers pas de temps ? Dois-je la supprimer ? Oui.
Il doit la remettre car il conserve ces paramètres lors du rechargement d'une population.
Après cela n'explique pas pourquoi je n'ai pas de résultats d'AS ou des valeurs négatives d'abondance ou de biomasse. J'ai regardé le fichier parameters.properties, et il me semble étrange car les exports de sensibilité n'ont pas (ou plus) leur parametres 'pop' de renseigné.
En regardant après rechargement de simulation, dans l'interface, les parametres sont bien vides.
Tu as une idée de ce qui a pu causer cela ?
Sinon tu peut tester en reparametrant les 'pop' des exports de sensibilités ?
Le 04/12/2014 11:13, Loic GASCHE a écrit :
Oui j'avais remarqué que les paramètres pop étaient vides en rechargeant une ancienne AS. Il y a un bug sur les paramètres, que je dois corriger.
J'ai essayé en re-sélectionnant les pops pour les exports présents, et en supprimant tous les exports pour les re-sélectionner un part un et choisir les espèces.
Dans les deux cas ça ne change rien et je n'ai pas d'export des résultats d'AS.
Tu peux vérifier le parametre (tag value) simulation.store.result.ondisk. S'il est à 0, il ne sauvegarde aucun résultat, et donc les export ne doivent rien exporter. Je viens de tester, j'ai bien des exports (mais pour parametres simulation.store.result.ondisk était à -1). -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28
Le 04/12/2014 14:30, Eric Chatellier a écrit :
Le 04/12/2014 11:13, Loic GASCHE a écrit :
Oui j'avais remarqué que les paramètres pop étaient vides en rechargeant une ancienne AS. Il y a un bug sur les paramètres, que je dois corriger. C'est fait dans cette version : http://forge.codelutin.com/attachments/download/2575/isis-fish-4.3.1.1-r4145... (pour la perte des parametres des export de sensibilité)
-- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28
J'ai refait un test avec ondisk = -1 (qui était déjà la valeur que j'utilisais). J'ai bien des exports de résultats, mais pas d'export de sensitivityresults, et le Rdata de l'analyse de sensibilité n'a pas été mis à jour en fin d'AS. Par ailleurs j'avais mis store.result.cachestep à 144 au lieu de 13, et cette fois mes exports de résultats contiennent bien des valeurs pour tous les pas de temps de ma simu. Eric Chatellier <chatellier@codelutin.com> a écrit :
Le 04/12/2014 11:13, Loic GASCHE a écrit :
Oui j'avais remarqué que les paramètres pop étaient vides en rechargeant une ancienne AS. Il y a un bug sur les paramètres, que je dois corriger.
J'ai essayé en re-sélectionnant les pops pour les exports présents, et en supprimant tous les exports pour les re-sélectionner un part un et choisir les espèces.
Dans les deux cas ça ne change rien et je n'ai pas d'export des résultats d'AS.
Tu peux vérifier le parametre (tag value) simulation.store.result.ondisk. S'il est à 0, il ne sauvegarde aucun résultat, et donc les export ne doivent rien exporter.
Je viens de tester, j'ai bien des exports (mais pour parametres simulation.store.result.ondisk était à -1).
-- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28
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Le 04/12/2014 17:10, lgasche@ifremer.fr a écrit :
J'ai refait un test avec ondisk = -1 (qui était déjà la valeur que j'utilisais). Dans la derniere simu que tu m'a envoyé, c'était: tagValue.simulation.store.result.ondisk=0
Tu peut m'en renvoyer une autre où tu pense avoir fait la bonne modif ?
J'ai bien des exports de résultats, mais pas d'export de sensitivityresults, et le Rdata de l'analyse de sensibilité n'a pas été mis à jour en fin d'AS.
Par ailleurs j'avais mis store.result.cachestep à 144 au lieu de 13, et cette fois mes exports de résultats contiennent bien des valeurs pour tous les pas de temps de ma simu.
À y réfléchir, c'est un cache mémoire pour les performances, cela ne peut qu'influencer les performances de la simulation (en temps) et pas ce qu'elle produit comme résultat. -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28
Eric Chatellier <chatellier@codelutin.com> a écrit :
Le 04/12/2014 17:10, lgasche@ifremer.fr a écrit :
J'ai refait un test avec ondisk = -1 (qui était déjà la valeur que j'utilisais). Dans la derniere simu que tu m'a envoyé, c'était: tagValue.simulation.store.result.ondisk=0
Tu peut m'en renvoyer une autre où tu pense avoir fait la bonne modif ?
J'ai bien des exports de résultats, mais pas d'export de sensitivityresults, et le Rdata de l'analyse de sensibilité n'a pas été mis à jour en fin d'AS.
Par ailleurs j'avais mis store.result.cachestep à 144 au lieu de 13, et cette fois mes exports de résultats contiennent bien des valeurs pour tous les pas de temps de ma simu.
À y réfléchir, c'est un cache mémoire pour les performances, cela ne peut qu'influencer les performances de la simulation (en temps) et pas ce qu'elle produit comme résultat.
-- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28
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Ok, c'est bon pour le -1. Pour que les exports de sensibilite fonctionne, il faut utiliser une version corrigé par contre: http://forge.codelutin.com/attachments/download/2575/isis-fish-4.3.1.1-r4145... Le 04/12/2014 17:50, lgasche@ifremer.fr a écrit :
Eric Chatellier <chatellier@codelutin.com> a écrit :
-- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28
Ca a l'air de marcher avec la nouvelle version. Par contre, les simus semblent passer beaucoup de temps dans la phase "préparation de la simulation", à tel point que je pensais que l'AS n'allait pas tourner. Je vais refaire un essai pour voir si j'ai rêvé ou pas. Eric Chatellier <chatellier@codelutin.com> a écrit :
Ok, c'est bon pour le -1.
Pour que les exports de sensibilite fonctionne, il faut utiliser une version corrigé par contre:
http://forge.codelutin.com/attachments/download/2575/isis-fish-4.3.1.1-r4145...
Le 04/12/2014 17:50, lgasche@ifremer.fr a écrit :
Eric Chatellier <chatellier@codelutin.com> a écrit :
-- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28
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Le 05/12/2014 15:20, lgasche@ifremer.fr a écrit :
Ca a l'air de marcher avec la nouvelle version.
Par contre, les simus semblent passer beaucoup de temps dans la phase "préparation de la simulation", à tel point que je pensais que l'AS n'allait pas tourner.
Je vais refaire un essai pour voir si j'ai rêvé ou pas. J'ai remarqué ca. En fait pour une raison étrange, la progression ne fonctionne plus sur les versions de test (la progression ne defile plus, mais les simulations se terminent bien). Je cherches encore la cause...
-- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28
En fait c'est l'interface graphique qui déconne et reste bloquée à "préparation de la simulation", mais derrière ça semble tourner normalement. Eric Chatellier <chatellier@codelutin.com> a écrit :
Ok, c'est bon pour le -1.
Pour que les exports de sensibilite fonctionne, il faut utiliser une version corrigé par contre:
http://forge.codelutin.com/attachments/download/2575/isis-fish-4.3.1.1-r4145...
Le 04/12/2014 17:50, lgasche@ifremer.fr a écrit :
Eric Chatellier <chatellier@codelutin.com> a écrit :
-- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28
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