Plan d'analyse dans les AS, sans rien demander
Hello Sigrid a découvert un truc louche dans le fichier "parameters properties" des simus d'AS. Apparemment, dans mes AS, ISIS charge un plan d'analyse alors que je ne lui ai rien demandé...et qu'il n'apparaît pas non plus dans l'onglet "plan de simulation".... bizarre bizarre...isn't it? Help ? Delphine
Le 27/01/2010 18:07, Delphine.Rocklin@ifremer.fr a écrit :
Hello
Sigrid a découvert un truc louche dans le fichier "parameters properties" des simus d'AS. Apparemment, dans mes AS, ISIS charge un plan d'analyse alors que je ne lui ai rien demandé...et qu'il n'apparaît pas non plus dans l'onglet "plan de simulation".... bizarre bizarre...isn't it? Sigrid, tu peux m'envoyer le fichier de parametres ? Ou comment tu as vu qu'un plan était utilisé ?
Mais de toute façon, cela ne joue pas car on se sert des résultats de l'appel R pour construire la liste des simulations, et on ne se sert pas du plan dans ce cas. -- Éric <chatellier@codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com
Eric Chatellier a écrit :
Le 27/01/2010 18:07, Delphine.Rocklin@ifremer.fr a écrit :
Hello
Sigrid a découvert un truc louche dans le fichier "parameters properties" des simus d'AS. Apparemment, dans mes AS, ISIS charge un plan d'analyse alors que je ne lui ai rien demandé...et qu'il n'apparaît pas non plus dans l'onglet "plan de simulation".... bizarre bizarre...isn't it?
Sigrid, tu peux m'envoyer le fichier de parametres ? Ou comment tu as vu qu'un plan était utilisé ?
le voilà.
Mais de toute façon, cela ne joue pas car on se sert des résultats de l'appel R pour construire la liste des simulations, et on ne se sert pas du plan dans ce cas.
OK. je pense vraiment que le ciblage a l air d'un bon fautif... A+ -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Doctorante Département Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER, rue de l'ile d'Yeu BP 21105 44311 Nantes Cedex 03 Tél : +33 (0)2 40 37 41 23 (interne : 8123) #Parameters #Fri Jan 08 11:34:03 GMT 2010 analysePlan= analysePlanNumber=-1 description=Tous les param\u00E8tres sont OK\n\nJ'ai modifi\u00E9 les valeurs de population de d\u00E9part. Principalement j'ai supprim\u00E9 le groupe 0. On commence en janvier, il n'y a pas d'oeufs car ils \u00E9closent en janvier. \n\nJ'ai laiss\u00E9 les mm valeurs pour les autres groupes\n\nModification des facteurs de standardisation, avec 0.5 pur les filets \u00E0 poisson et les nasses exportDirectory=C\:\\Documents and Settings\\drocklin\\isis-export exports=Abundances.java,Biomasses.java,CapturesNombre.java,CapturesPoids.java,Debarquement.java,DebarquementPoids.java,EffortZone.java,EffortsMetier.java,RejetsNombre.java,RejetsPoids.java, isisFishVersion=3.2.0.9 libLogLevel=error numberOfSensitivitySimulation=36 numberOfYear=15 onlyExport=false plan.0.parameter.M1=1.6e-3;4.4e-4 plan.0.parameter.M2=1.6e-3;4.8e-4 plan.0.parameter.M3=2.0e-3;4.8e-4 plan.0.parameter.Population=fr.ifremer.isisfish.entities.Population\#1228837812156\#0.04498969305350531 plan.0.parameter.nomfichier_debarquements=C\:/Documents and Settings/drocklin/Bureau/ObservedLandings/Observedlandings2008.csv plan.0.parameter.pas=1e-5 plans=CalibrationEspeceq1q2Export, population.Langouste\ Corse.number=[[0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0], [9595.0, 4797.0, 8909.0, 6168.0, 6168.0, 5483.0, 10280.0, 6168.0, 2741.0, 6853.0, 8224.0, 7539.0, 2056.0, 2741.0, 8224.0, 2056.0, 4797.0, 4112.0, 2741.0, 3427.0, 15077.0, 2741.0, 2056.0, 15077.0, 13707.0, 6168.0, 2741.0, 8224.0, 8909.0, 8909.0, 15077.0, 10280.0, 3427.0], [9595.0, 4797.0, 8909.0, 6168.0, 6168.0, 5483.0, 10280.0, 6168.0, 2741.0, 6853.0, 8224.0, 7539.0, 2056.0, 2741.0, 8224.0, 2056.0, 4797.0, 4112.0, 2741.0, 3427.0, 15077.0, 2741.0, 2056.0, 15077.0, 13707.0, 6168.0, 2741.0, 8224.0, 8909.0, 8909.0, 15077.0, 10280.0, 3427.0], [9595.0, 4797.0, 8909.0, 6168.0, 6168.0, 5483.0, 10280.0, 6168.0, 2741.0, 6853.0, 8224.0, 7539.0, 2056.0, 2741.0, 8224.0, 2056.0, 4797.0, 4112.0, 2741.0, 3427.0, 15077.0, 2741.0, 2056.0, 15077.0, 13707.0, 6168.0, 2741.0, 8224.0, 8909.0, 8909.0, 15077.0, 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db.findByTopiaId("fr.ifremer.isisfish.entities.PopulationGroup\#1228840083343\#0.18449218770651843");\nBeanUtils.setProperty(entity1, "reproductionRate", value1);\n/* Factor \: Langouste Corse.capturability */\norg.codelutin.math.matrix.MatrixNDImpl value2 \= (org.codelutin.math.matrix.MatrixNDImpl)beanUtils.convert("[isisfish.population.capturability,[14, 6],[\\"isisfish.population.group\\", \\"isisfish.population.season\\"],[[org.codelutin.topia.persistence.TopiaEntity(fr.ifremer.isisfish.entities.PopulationGroup\#1228840083343\#0.18449218770651843), org.codelutin.topia.persistence.TopiaEntity(fr.ifremer.isisfish.entities.PopulationGroup\#1228840083343\#0.09813654362063029), org.codelutin.topia.persistence.TopiaEntity(fr.ifremer.isisfish.entities.PopulationGroup\#1228840083343\#0.6841124507249152), org.codelutin.topia.persistence.TopiaEntity(fr.ifremer.isisfish.entities.PopulationGroup\#1228840083343\#0.06353642526153791), 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java.lang.String(org.codelutin.topia.persistence.TopiaEntity(fr.ifremer.isisfish.entities.PopulationSeasonInfo\#1251384778627\#0.4524366728494662)), java.lang.String(org.codelutin.topia.persistence.TopiaEntity(fr.ifremer.isisfish.entities.PopulationSeasonInfo\#1238426704546\#0.4249095341686365))]],[[0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0], [0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0], [0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0], [0.0014399999999999999, 0.0014399999999999999, 0.0014399999999999999, 0.0014399999999999999, 0.0014399999999999999, 0.0014399999999999999], [0.0036880000000000003, 0.0036880000000000003, 0.0036880000000000003, 0.0036880000000000003, 0.0036880000000000003, 0.0036880000000000003], [2.8E-4, 2.8E-4, 2.8E-4, 2.8E-4, 2.8E-4, 2.8E-4], [0.002064, 0.002064, 0.002064, 0.002064, 0.002064, 0.002064], [0.024, 0.024, 0.024, 0.024, 0.024, 0.024], [3.432E-4, 3.432E-4, 3.432E-4, 3.432E-4, 3.432E-4, 3.432E-4], [8.64E-5, 8.64E-5, 8.64E-5, 8.64E-5, 8.64E-5, 8.64E-5], [0.001696, 0.001696, 0.001696, 0.001696, 0.001696, 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java.lang.Double.class);\nTopiaEntity entity4 \= db.findByTopiaId("fr.ifremer.isisfish.entities.PopulationGroup\#1228840083343\#0.18449218770651843");\nBeanUtils.setProperty(entity4, "reproductionRate", value4);\n/* Factor \: Filet Poisson.standardisationFactor */\njava.lang.Double value5 \= (java.lang.Double)beanUtils.convert("0.45", java.lang.Double.class);\nTopiaEntity entity5 \= db.findByTopiaId("fr.ifremer.isisfish.entities.Gear\#1237279966808\#0.0035222701925787803");\nBeanUtils.setProperty(entity5, "standardisationFactor", value5);\n/* Factor \: Filet langouste.standardisationFactor */\njava.lang.Double value6 \= (java.lang.Double)beanUtils.convert("1.2", java.lang.Double.class);\nTopiaEntity entity6 \= db.findByTopiaId("fr.ifremer.isisfish.entities.Gear\#1237280321859\#0.44017660366689815");\nBeanUtils.setProperty(entity6, "standardisationFactor", value6);\n/* Factor \: Langouste Corse Groupe 10.reproductionRate */\njava.lang.Double value7 \= (java.lang.Double)beanUtils.convert("18897.0", java.lang.Double.class);\nTopiaEntity entity7 \= db.findByTopiaId("fr.ifremer.isisfish.entities.PopulationGroup\#1228840083343\#0.18449218770651843");\nBeanUtils.setProperty(entity7, "reproductionRate", value7); regionName=BonifacioLangouste3 resultNames=matrixNetValueOfLandingsPerStrategyMet,matrixFuelCostsPerVessel,matrixBiomass,matrixOwnerMarginOverVariableCostsPerStrategyPerVessel,matrixEffortPerStrategyMet,matrixCatchRatePerStrategyMet,matrixPrice,matrixNetValueOfLandingsPerStrategyMetPerVessel,matrixGrossValueOfLandingsPerStrategyMetPerVessel,matrixFuelCostsOfTravelPerVessel,matrixOwnerMarginOverVariableCostsPerStrategy,matrixFishingMortality,matrixEffortPerZonePop,matrixCrewSharePerStrategyPerVessel,matrixLandingPerMet,matrixDiscardsPerStrMet,matrixDiscardsWeightPerStrMet,matrixNoActivity,matrixCostsOfFishingPerVessel,matrixRepairAndMaintenanceGearCostsPerVessel,matrixGrossValueOfLandingsPerSpeciesPerStrategyMet,matrixCatchPerStrategyMet,matrixFishingTimePerMonthPerVessel,matrixVesselMarginOverVariableCostsPerStrategyPerVessel,matrixVesselMarginOverVariableCostsPerStrategyMetPerVessel,matrixGrossValueOfLandingsPerStrategyMet,matrixVesselMarginOverVariableCostsPerStrategy,matrixStdTravelEffortPerStrategyMet,matrixCatchWeightPerStrategyMet,matrixMetierZone,matrixSharedNotFixedCostsPerVessel,matrixAbundance,matrixNetRenevueToSharePerStrategyMetPerVessel,matrixOwnerMarginOverVariableCostsPerStrategyMetPerVessel,matrixOtherRunningCostsPerVessel, rules= scriptLogLevel=info sensitivity.0.parameter.modifR=false sensitivity.0.parameter.r=4 sensitivitycalculator=SensitivityCalculatorRMorris sensitivityexport.0.parameter.pop=fr.ifremer.isisfish.entities.Population\#1228837812156\#0.04498969305350531 sensitivityexport.1.parameter.pop=fr.ifremer.isisfish.entities.Population\#1228837812156\#0.04498969305350531 sensitivityexport.2.parameter.pop=fr.ifremer.isisfish.entities.Population\#1228837812156\#0.04498969305350531 sensitivityexport.3.parameter.pop=fr.ifremer.isisfish.entities.Population\#1228837812156\#0.04498969305350531 sensitivityexport.4.parameter.pop=fr.ifremer.isisfish.entities.Population\#1228837812156\#0.04498969305350531 sensitivityexport.5.parameter.pop=fr.ifremer.isisfish.entities.Population\#1228837812156\#0.04498969305350531 sensitivityexports=SensitivityBiomassY3,SensitivityCapturesWeightY1,SensitivityBiomassRelativeY6,SensitivityCapturesWeightRelativeY4,SensitivityGenitorBiomassRelativeY5,SensitivityGenitorBiomassY2, simulLogLevel=info simulatorName=DefaultSimulator.java strategies=Petits_Pianottoli,Grands_Pianottoli,Petits_Bonifacio,Moyens_Bonifacio,Grands_Bonifacio,Petits_Piantarella,Grands_Piantarella,Petits_SantAmanza,Moyens_SantAmanza,Petits_LaChiappa,Petits_PortoVecchio,Moyens_PortoVecchio,Grands_PortoVecchio useAnalysePlan=false useOptimization=true usePreScript=true useStatistic=true
Le 27/01/2010 18:07, Delphine.Rocklin@ifremer.fr a écrit :
Hello
Sigrid a découvert un truc louche dans le fichier "parameters properties" des simus d'AS.
Salut, tu as du recharger une simulation simple, dans l'interface des analyses de sensibilité le plan a du rester, mais n'est pas utilisé.
Apparemment, dans mes AS, ISIS charge un plan d'analyse alors que je ne lui ai rien demandé...et qu'il n'apparaît pas non plus dans l'onglet "plan de simulation".... Mais dans l'interface de lancement des AS, il n'y a pas d'onglet "plan de simulation" :) bizarre bizarre...isn't it? Un fait, il est impossible de voir qu'il y en a un, mais je peux confirmer qu'il n'est pas utilisé dans une AS. Soit l'un/soit l'autre.
-- Éric <chatellier@codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com
ok... bon.... enfin, j'ai au moins réussi à obtenir un RData complet pour une simu sans règles de gestion....et finalemnet j'arrive à en faire sortir quels sont les 2 param qui sont vraiment sensibles pour les valeurs de sortie (et en plus si ce n'est pas merveilleux, ça semble logique). J'ai tjrs des pbs de mémoire avec Caparmor, mais c'est fou ça..vous aussi vous atteignez super vite les 55 go? Bon chacune de mes simus est très lourde vu le nb de zones, métiers etc etc etc....mais c'est un peu gênant ça aussi. allez, je vais essayer de m'en sortir.... Delph Eric Chatellier <chatellier@codelutin.com> a écrit :
Le 27/01/2010 18:07, Delphine.Rocklin@ifremer.fr a écrit :
Hello
Sigrid a découvert un truc louche dans le fichier "parameters properties" des simus d'AS.
Salut, tu as du recharger une simulation simple, dans l'interface des analyses de sensibilité le plan a du rester, mais n'est pas utilisé.
Apparemment, dans mes AS, ISIS charge un plan d'analyse alors que je ne lui ai rien demandé...et qu'il n'apparaît pas non plus dans l'onglet "plan de simulation".... Mais dans l'interface de lancement des AS, il n'y a pas d'onglet "plan de simulation" :) bizarre bizarre...isn't it? Un fait, il est impossible de voir qu'il y en a un, mais je peux confirmer qu'il n'est pas utilisé dans une AS. Soit l'un/soit l'autre.
-- Éric <chatellier@codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com
_______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users@list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users
Delphine.Rocklin@ifremer.fr wrote:
ok... bon.... enfin, j'ai au moins réussi à obtenir un RData complet pour une simu sans règles de gestion....et finalemnet j'arrive à en faire sortir quels sont les 2 param qui sont vraiment sensibles pour les valeurs de sortie (et en plus si ce n'est pas merveilleux, ça semble logique). J'ai tjrs des pbs de mémoire avec Caparmor, mais c'est fou ça..vous aussi vous atteignez super vite les 55 go? Bon chacune de mes simus est très lourde vu le nb de zones, métiers etc etc etc....mais c'est un peu gênant ça aussi. allez, je vais essayer de m'en sortir.... Delph
Tu n'a peut-être pas besoin de tous les exports pour chaque simu. Si tu as de nombreuses zones,metiers, etc, ça peut monter vite en place. Juste une petite question : une simu prends combien de place ?
une simu = 200 Mo...... hum hum Oui je fais une sélection pour les exports..mais ceux qui prennent le plus de place sont ceux que je veux utiliser...les autres...ils sont tous légers... Jean Couteau <couteau@codelutin.com> a écrit :
Delphine.Rocklin@ifremer.fr wrote:
ok... bon.... enfin, j'ai au moins réussi à obtenir un RData complet pour une simu sans règles de gestion....et finalemnet j'arrive à en faire sortir quels sont les 2 param qui sont vraiment sensibles pour les valeurs de sortie (et en plus si ce n'est pas merveilleux, ça semble logique). J'ai tjrs des pbs de mémoire avec Caparmor, mais c'est fou ça..vous aussi vous atteignez super vite les 55 go? Bon chacune de mes simus est très lourde vu le nb de zones, métiers etc etc etc....mais c'est un peu gênant ça aussi. allez, je vais essayer de m'en sortir.... Delph
Tu n'a peut-être pas besoin de tous les exports pour chaque simu. Si tu as de nombreuses zones,metiers, etc, ça peut monter vite en place.
Juste une petite question : une simu prends combien de place ? _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users@list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users
Delphine.Rocklin@ifremer.fr wrote:
une simu = 200 Mo...... hum hum Oui je fais une sélection pour les exports..mais ceux qui prennent le plus de place sont ceux que je veux utiliser...les autres...ils sont tous légers...
Ce que je veux dire c'est utilises-tu vraiment tes exports ou tu utilises les sorties R directement. Et si tu n'as pas les sorties que tu veux dans R, on peux peut-être créer les exports qui vont bien pour plus que tu aies les exports complets. Sinon une autre méthode pourrait consister à ne mettre aucun export pour les AS afin d'identifier rapidement les simus importantes et ne relancer que celles ci avec tous les exports, tu gagnerais en place. Car pour l'instant c'est l'espace caparmor qui te bloque mais la future version améliore grandement caparmor, tu ne devrais plus avoir de problème d'espace disque sur caparmor, mais tu risques d'en avoir sur ton pc. Par exemple, avec des simulations de 35 Mo, 3 petites AS me demandent 150 Go d'espace disque, alors avec des simus de 200 Mo j'ose même pas imaginer ;). Jean
pour les AS, c'est vrai que les sorties R peuvent suffire. par contre j'ai utilisé les exports pour voir la tête de l'évolution des biomasses et captures (ce qui m'a permis de voir qu'il y avait un souci avec les captures, je ne sais tjrs pas pourquoi...). Donc un peu utile quand même... Ca me rassure l'histoire de la mémoire...j'avais un peu l'impression d'ête un extra terrestre avec caparmor qui m'envoie des messages régulièrment pour me dire de faire le ménage... Ok vivemnt la prochaine version...;argh... Delph Jean Couteau <couteau@codelutin.com> a écrit :
Delphine.Rocklin@ifremer.fr wrote:
une simu = 200 Mo...... hum hum Oui je fais une sélection pour les exports..mais ceux qui prennent le plus de place sont ceux que je veux utiliser...les autres...ils sont tous légers...
Ce que je veux dire c'est utilises-tu vraiment tes exports ou tu utilises les sorties R directement.
Et si tu n'as pas les sorties que tu veux dans R, on peux peut-être créer les exports qui vont bien pour plus que tu aies les exports complets.
Sinon une autre méthode pourrait consister à ne mettre aucun export pour les AS afin d'identifier rapidement les simus importantes et ne relancer que celles ci avec tous les exports, tu gagnerais en place.
Car pour l'instant c'est l'espace caparmor qui te bloque mais la future version améliore grandement caparmor, tu ne devrais plus avoir de problème d'espace disque sur caparmor, mais tu risques d'en avoir sur ton pc. Par exemple, avec des simulations de 35 Mo, 3 petites AS me demandent 150 Go d'espace disque, alors avec des simus de 200 Mo j'ose même pas imaginer ;).
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