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[LutinJ2R-commits] r6 - doc src/java/org/codelutin/j2r/net
by thimel＠users.labs.libre-entreprise.org 01 Sep '06

01 Sep '06

Author: thimel Date: 2006-09-01 10:41:55 +0000 (Fri, 01 Sep 2006) New Revision: 6 Added: doc/module.rst Modified: doc/etude.rst doc/installation.rst src/java/org/codelutin/j2r/net/RNetEngine.java Log: - Doc 98% - Amelioration de la detection des params Modified: doc/etude.rst =================================================================== --- doc/etude.rst 2006-08-31 17:12:15 UTC (rev 5) +++ doc/etude.rst 2006-09-01 10:41:55 UTC (rev 6) @@ -1,3 +1,9 @@ +===================================================== +Etude et comparaison des moyens d'acc�der � R en Java +===================================================== + +.. contents:: + Introduction ============ Modified: doc/installation.rst =================================================================== --- doc/installation.rst 2006-08-31 17:12:15 UTC (rev 5) +++ doc/installation.rst 2006-09-01 10:41:55 UTC (rev 6) @@ -1,3 +1,7 @@ +============ +Installation +============ + Le pr�sent document a pour but de faciliter les diff�rentes installations n�cessaires en vue d'utiliser la librairie LutinJ2R. .. contents:: Added: doc/module.rst =================================================================== --- doc/module.rst 2006-08-31 17:12:15 UTC (rev 5) +++ doc/module.rst 2006-09-01 10:41:55 UTC (rev 6) @@ -0,0 +1,96 @@ +======================= +Documentation du module +======================= + +.. contents:: + +La librairie LutinJ2R est une passerelle d'acc�s � R. Ceci sous-entend qu'� +l'utlisation, il n'est pas n�cessaire de se soucier de la technologie � employer +pour contacter R. + +Utilisation +=========== + +Principes +--------- + +Il n'est donc pas n�cessaire pour l'utilisateur de se soucier de la mani�re d'acc�der � R. Pour se faire, l'utilisateur ne s'adresse qu'� un proxy auquel il revient de d�terminer la technologie � employer. + +Ce proxy est repr�sent� par la classe *org.codelutin.j2r.RProxy*. La librairie LutinJ2R inclut plusieurs moyens d'acc�s � R. +Chacun de ses moyens est regroup� sous une interface commune qui d�finit la interactions possibles avec R : *org.codelutin.j2r.REngine*. + +Le RProxy implante �galement cette interface, il s'utilise donc de la m�me mani�re. + +Instanciation +------------- + +La cr�ation du proxy est une simple instanciation. + + new RProxy(); + +Dans la mesure o� la classe *RProxy* implante l'interface *REngine*, il est pr�f�rable de passer par cette interface : + + | REngine engine; + | engine = new RProxy(); + +Note : + +En fonction des cas, il peut �tre n�cessaire de rajouter des import en d�but de classe : + + | import org.codelutin.j2r.RProxy; + | import org.codelutin.j2r.REngine; + +ou utiliser directement le nom complet des classes : + + | org.codelutin.j2r.REngine engine; + | engine = new org.codelutin.j2r.RProxy(); + + +Utilisation +----------- + +Une fois que le proxy a �t� instanci�, il est alors possible d'utiliser R. + +Deux principales m�thodes sont � disposition : + + - **Object eval(String expr)** : Cette m�thode prend une expression en param�tre sous forme de String, d�l�gue le calcul � R et renvoie le r�sultat. Le type de retour est d�termin� automatiquement et converti pour plus de simplicit�. Ainsi si le r�sultat est un tableau de double, l'objet de retour sera un double[]. + - **void voidEval(String expr)** : Cette m�thode est la m�me que la pr�c�dente � ceci pr�s qu'elle ne renvoie pas de r�sultat. Ceci permet d'�conomiser des temps de transfert et conversion lorsque ce n'est pas n�cessaire. Par exemple, lors d'une assignation *t<-0*, il n'est pas n�cessaire d'attendre de r�sultat. Cette fonctionnalit� est surtout utile pour la solution r�seau qui souffre de temps de transfert longs. + +A noter que ces deux m�thodes sont suceptibles de lever des exceptions de type *org.codelutin.j2r.RException* si un traitement a �chou�. + +Le mode d'utilisation est donc : + + | engine.voidEval("t<-sin(0)"); + | double d = (Double)engine.eval("t"); + + +Param�trage +=========== + +Par d�faut, le proxy essaye de se connecter en r�seau sur la machine locale. N�anmoins il peut �tre n�cessaire de changer de technologie ou encore d'utiliser une machine distante. + +Le param�trage se fait par le biais d'une option au niveau de la JVM. Les options de la JVM permettent de positionner des param�tres qui ne sont pas directement li�s � l'application mais plut�t � son environnement d'�x�cution, comme la quantit� de m�moire allou�e, ... + +Choix de la technologie +----------------------- + +Pour informer l'application du type de technologie � utiliser, il faut rajouter l'option *R.type* : + + | **-DR.type=net** : pour une utilisation par le r�seau. + | **-DR.type=jni** : pour une utilisation pas JNI. + +La d�tection de la technologie � employer est ensuite faite au niveau du *RProxy*. + +Param�tres suppl�mentaires +-------------------------- + +Aucun param�tre suppl�mentaire ne peut �tre utile � JNI, cette section concerne donc la solution r�seau. + +Par d�faut, la solution r�seau s'adresse � la machine locale (127.0.0.1) et sur le port par d�faut (6311), mais il est possible de sp�cifier une autre adresse de machine ou un autre port. + +L'option de JVM peut �tre suffix� des mani�res suivantes : + + | **-DR.type=net://192.168.99.122** : De cette mani�re, la connection est �tablie sur la machine *192.168.99.122* sur le port par d�faut. + | **-DR.type=net://:9999** : De cette mani�re, la connection est �tablie sur la machine locale sur le port *9999*. Notez la pr�sence du *:* suppl�mentaires. + | **-DR.type=net://192.168.99.122:9999** : De cette mani�re, la connection est �tablie sur la machine *192.168.99.122* et sur le port *9999*. Notez la pr�sence du *:* entre l'adresse et le port. + \ No newline at end of file Modified: src/java/org/codelutin/j2r/net/RNetEngine.java =================================================================== --- src/java/org/codelutin/j2r/net/RNetEngine.java 2006-08-31 17:12:15 UTC (rev 5) +++ src/java/org/codelutin/j2r/net/RNetEngine.java 2006-09-01 10:41:55 UTC (rev 6) @@ -53,6 +53,7 @@ public class RNetEngine implements REngine { public static final int DEFAULT_PORT = 6311; + public static final String DEFAULT_HOST = "127.0.0.1"; private Log log = LogFactory.getLog(RNetEngine.class); @@ -64,7 +65,7 @@ public boolean init() { String typeProp = System.getProperty("R.type", "net"); int urlPos = typeProp.indexOf("net://"); - String host = "127.0.0.1"; + String host = null; String portAsString = null; if (urlPos != -1) { String url = typeProp.substring(urlPos + 6); @@ -76,6 +77,9 @@ host = url; } } + if (host == null || "".equals(host)) { + host = DEFAULT_HOST; + } int port = DEFAULT_PORT; if (portAsString != null) { try {

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[LutinJ2R-commits] r5 - doc src/java/org/codelutin/j2r src/java/org/codelutin/j2r/net src/test/org/codelutin/j2r
by thimel＠users.labs.libre-entreprise.org 31 Aug '06

31 Aug '06

Author: thimel Date: 2006-08-31 17:12:15 +0000 (Thu, 31 Aug 2006) New Revision: 5 Modified: doc/etude.rst doc/installation.rst src/java/org/codelutin/j2r/RProxy.java src/java/org/codelutin/j2r/net/RNetEngine.java src/test/org/codelutin/j2r/NetTest.java Log: - Modification de la detection des params reseau : net://ip:port - maj doc Modified: doc/etude.rst =================================================================== --- doc/etude.rst 2006-08-31 07:57:43 UTC (rev 4) +++ doc/etude.rst 2006-08-31 17:12:15 UTC (rev 5) @@ -12,14 +12,15 @@ Heureusement, R est un projet tr�s modulaire et permet par le biais d'extensions d'ouvrir son moteur � d'autres appplications. En Java, deux possibilit�s s'offrent � nous : - - Acc�s par le r�seau : L'application envoie des requ�tes par le r�seau � une - extension de R faisant office de serveur, laquelle renvoie par la suite les - r�sultats obtenus. - - Acc�s par une librairie JNI : Il s'agit d'�crire du code en un langage autre - que Java qui sera compil� et exc�cut� par la machine plut�t qu'interpr�t�. - Gr�ce � JNI, il est ensuite possible d'appeler ce code depuis une application - Java. +- Acc�s par le r�seau : L'application envoie des requ�tes par le r�seau � une + extension de R faisant office de serveur, laquelle renvoie par la suite les + r�sultats obtenus. +- Acc�s par une librairie JNI : Il s'agit d'�crire du code en un langage autre + que Java qui sera compil� et exc�cut� par la machine plut�t qu'interpr�t�. + Gr�ce � JNI, il est ensuite possible d'appeler ce code depuis une application + Java. + Le pr�sent document va donc comparer ces deux solutions afin de d�terminer laquelle est la plus adapt�e. Afin d'effectuer une comparaison plus pertinente, ces solutions seront compar�es, lorsque c'est possible, � l'utilisation de R @@ -33,15 +34,15 @@ d�cision finale. Avant m�me de commencer, la nature m�me des solutions sugg�re certains r�sultats qu'il faudra v�rifier : - - Les temps de r�ponse obtenus en R pur seront inf�rieurs aux solutions r�seau - et JNI. Le contraire serait �tonnant dans la mesure o� l'utilisation de R pur - est la seule solution n'impliquant pas de technologie tierce. - - Les appels JNI devraient prendre moins de temps que les appels r�seau. - L'utilisation des interfaces r�seau est reconnue est informatique pour �tre - un point qui ralenti souvent les applications. - - Certains calculs simples effectu�s en Java pur pourraient parfois s'av�rer - plus rapide. Cependant, des calculs plus complexes comme des calculs - matriciels devraient faire ressortir l'avantage de R. +- Les temps de r�ponse obtenus en R pur seront inf�rieurs aux solutions r�seau + et JNI. Le contraire serait �tonnant dans la mesure o� l'utilisation de R pur + est la seule solution n'impliquant pas de technologie tierce. +- Les appels JNI devraient prendre moins de temps que les appels r�seau. + L'utilisation des interfaces r�seau est reconnue est informatique pour �tre + un point qui ralenti souvent les applications. +- Certains calculs simples effectu�s en Java pur pourraient parfois s'av�rer + plus rapide. Cependant, des calculs plus complexes comme des calculs + matriciels devraient faire ressortir l'avantage de R. Consid�rations techniques @@ -55,9 +56,9 @@ possibilit� de recevoir et traiter des requ�tes TCP/IP, le rendant ainsi accessible � tous types de langages. - - Avantages : R non n�cessaire sur la machine cliente, d�l�gation des calculs � - une machine tierce, appli 100% portable - - Inconv�nient : Rserve � installer sur le serveur +- Avantages : R non n�cessaire sur la machine cliente, d�l�gation des calculs � + une machine tierce, appli 100% portable +- Inconv�nient : Rserve � installer sur le serveur JNI --- @@ -65,10 +66,10 @@ L'utilisation de JNI implique la cr�ation d'une librairie d�pendante du syst�me. On perd donc un peu de la portabilit� du Java. - - Avantages : Installation basique de R - - Inconv�nients : M�me machine, n�cessite des param�tres de d�marrage de - l'application Java, l'application Java n'est plus 100% portable car - cr�ation/compilation d'une librairie n�cessaire. +- Avantages : Installation basique de R +- Inconv�nients : M�me machine, n�cessite des param�tres de d�marrage de + l'application Java, l'application Java n'est plus 100% portable car + cr�ation/compilation d'une librairie n�cessaire. D�roulement (protocole) des tests @@ -79,18 +80,20 @@ conditions, s'il y en a, dans lesquelles telle ou telle solution est meilleure. Deux types de tests ont �t� effectu�s. - - Le premier consiste � envoyer de tr�s petits calculs � R et ce beaucoup de - fois de suite. On obtient donc une moyenne pour chacune des solutions ce qui - permettra d'�valuer le co�t de chaque m�thode. - - Le second se base sur la quantit� de donn�es � v�hiculer. Il s'agit donc l� - de calculs plus long mais surtout g�n�rant un plus gros volume de donn�es. - Plusieurs mesures seront effectu�es avec des tailles croissantes afin - d'�valuer l'impact de l'augmentation volum�trique. - - Le dernier test est surtout informatif et ne fera ressortir que le temps - n�cessaire � initialiser chacunes des solutions �tudi�es. +- Le premier consiste � envoyer de tr�s petits calculs � R et ce beaucoup de + fois de suite. On obtient donc une moyenne pour chacune des solutions ce qui + permettra d'�valuer le co�t de chaque m�thode. +- Le second se base sur la quantit� de donn�es � v�hiculer. Il s'agit donc l� + de calculs plus long mais surtout g�n�rant un plus gros volume de donn�es. + Plusieurs mesures seront effectu�es avec des tailles croissantes afin + d'�valuer l'impact de l'augmentation volum�trique. +- Le dernier test est surtout informatif et ne fera ressortir que le temps + n�cessaire � initialiser chacunes des solutions �tudi�es. + A noter que : - De fa�on � ne pas trop laisser libre cours aux optimisations des diff�rentes + +De fa�on � ne pas trop laisser libre cours aux optimisations des diff�rentes plateformes, les calculs r�p�t�s sont volontairement changeants au sein d'un m�me test (ils restent n�anmoins identiques entre les tests). Modified: doc/installation.rst =================================================================== --- doc/installation.rst 2006-08-31 07:57:43 UTC (rev 4) +++ doc/installation.rst 2006-08-31 17:12:15 UTC (rev 5) @@ -0,0 +1,97 @@ +Le pr�sent document a pour but de faciliter les diff�rentes installations n�cessaires en vue d'utiliser la librairie LutinJ2R. + +.. contents:: + +Installation +============ + +Premi�rement il est n�cessaire d'avoir R d'install� sur la machine qui devra effectuer les calculs R. Chaque solution a des particularit�s. + +Solution r�seau +--------------- + +Il est possible d'utiliser R en local (machine locale) ou de confier les calculs � une tierce machine (machine distante). + +Que ce soit sur la machine locale ou distante, il faut installer R. Le plus simple est de consulter la documentation en ligne de R : + http://wiki.r-project.org/rwiki/doku.php?id=getting-started:installation:pa… + +La proc�dure suivante diff�re selon la plateforme : + +Sous Linux +~~~~~~~~~~ + +Il faut installer le serveur qui va r�ceptionner et traiter les requ�tes TCP/IP. Dans l'ordre, il faut : + - T�l�charger les sources de la version 0.4-3 (http://rosuda.org/Rserve/dist/Rserve_0.4-3.tar.gz) ou � defaut la derni�re disponible � l'adresse ; + - Se logguer en root ; + - Exc�cuter la commande "R CMD INSTALL Rserve_0.4-3.tar.gz". + +A noter que l'�tape d'installation requiert un compilateur C/C++. Une intervention suppl�mentaire est peut-�tre donc n�cessaire ! + +Sous Windows +~~~~~~~~~~~~ + +Les �tapes � suivre : + - T�l�charger la version 0.4-3 pr�compil�e (http://rosuda.org/Rserve/dist/w32bin/0.4-3/2.3.1/Rserve.exe) ou � d�faut la derni�re disponible � l'adresse http://rosuda.org/Rserve/dist/rserve-win.html ; + - Il faut ensuite copier le fichier t�l�charg� dans le dossier 'bin' de l'installation de R. Par d�faut pour la version 2.3.1 de R, ce dossier est "C:\Program Files\R\R-2.3.1\bin". + +Solution JNI +------------ + +Il faut avant tout que R soit install�. Le plus simple est de consulter la documentation en ligne de R : + http://wiki.r-project.org/rwiki/doku.php?id=getting-started:installation:pa… + +Concr�tement R est pr�t. +Cependant, si la plateforme ou l'architecture de la machine est particuli�re, il reste � compiler les sources natives (non-Java) du projet et cr�er une librairie adapt�e. + +Heureusement, la proc�dure est simple + +XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX + + +Configuration +============= + +Solution r�seau +--------------- + +Il n'y a de configuration � faire que s'il s'agit d'une utilisation sur une machine distante. Dans le cas contraire, la configuration de la solution r�seau est termin�e. + +Dans le cas d'une machine distante, il faut autoriser les connections entrantes. Par d�faut, Rserve rejette ces connections. + +Pour contrer cela, il faut �diter un fichier de configuration. + +Sous Linux, il s'agit du fichier + /etc/Rserv.conf +alors que sous Windows, il s'agit du fichier + Rserv.cfg - qui doit se trouver au m�me endroit que l'exc�cutable Rserve.exe. (Par d�faut : C:\Program Files\R\R-2.3.1\bin) + +Si ce fichier n'existe pas, il faut le cr�er et ajouter la ligne suivante : + remote enable + +Solution JNI +------------ + +La librairie compil�e ou obtenue � l'�tape pr�c�dente doit �tre plac�e au bon endroit sur le syst�me pour pouvoir �tre utilis�e. + +Quelque soit la plateforme, il faut positionner des variables d'environnement. + +- R_HOME : doit pointer sur le dossier d'installation de R (soit /usr/lib/R sous Linux ou C:\Program Files\R\R-2.3.1 sous Windows ou ...) +- LD_LIBRARY_PATH : doit pointer sur le dossier lib contenu dans R_HOME (soit R_HOME/lib/ sous Linux ou R_HOME\lib sous Windows ou ...) + +Il faut ensuite copier la librairie (libjri.so ou jri.dll ou ...) dans le dossier LD_LIBRARY_PATH + +D�marrage +========= + +Cette �tape n'est n�cessaire que pour la solution r�seau. + +Solution r�seau +--------------- + +La derni�re �tape de pr�paration est le lancement de Rserve. + +Sous Linux, tapez la commande : + R CMD Rserve + +Sous Windows, double-cliquez sur : + Rserve.exe dans le dossier d'installation de R (par d�faut : C:\Program Files\R\R-2.3.1\bin) Modified: src/java/org/codelutin/j2r/RProxy.java =================================================================== --- src/java/org/codelutin/j2r/RProxy.java 2006-08-31 07:57:43 UTC (rev 4) +++ src/java/org/codelutin/j2r/RProxy.java 2006-08-31 17:12:15 UTC (rev 5) @@ -46,6 +46,8 @@ * <li><code>-DR.type=jni</code></li> * <li><code>-DR.type=...</code></li> * </ul> + * Il est possible de parametrer la solution network, pour cela, voir la + * documentation de {@link org.codelutin.j2r.net.RNetEngine} */ public class RProxy implements REngine { @@ -59,7 +61,10 @@ private boolean init(String RType) { boolean initSucceded = false; - if ("net".equalsIgnoreCase(RType)) { + if (RType == null) { + RType = "net"; + } + if (RType.startsWith("net")) { initSucceded = initOnNet(); if (!initSucceded) { if (log.isErrorEnabled()) { Modified: src/java/org/codelutin/j2r/net/RNetEngine.java =================================================================== --- src/java/org/codelutin/j2r/net/RNetEngine.java 2006-08-31 07:57:43 UTC (rev 4) +++ src/java/org/codelutin/j2r/net/RNetEngine.java 2006-08-31 17:12:15 UTC (rev 5) @@ -41,7 +41,14 @@ import org.rosuda.JRclient.Rconnection; /** + * Cette classe represente le moteur reseau pour acceder a R. Par defaut, il + * essaye de se connecter a l'adresse 127.0.0.1 sur le port 6311. Cependant, il + * est possible de le parametrer. * + * Il suffit de remplacer l'option de lancement <code>-DR.type=net</code> par + * <code>-DR.type=net://192.168.99.122:6312</code> ou 192.168.99.122 est + * l'adresse de la machine distante et 6312 le port sur lequel tourne le + * serveur. */ public class RNetEngine implements REngine { @@ -55,19 +62,29 @@ * @see org.codelutin.j2r.REngine#init() */ public boolean init() { - String host = System.getProperty("R.net.host", "127.0.0.1"); - return init(host); - } - - public boolean init(String host) { - String portAsString = System.getProperty("R.net.port", ""+DEFAULT_PORT); + String typeProp = System.getProperty("R.type", "net"); + int urlPos = typeProp.indexOf("net://"); + String host = "127.0.0.1"; + String portAsString = null; + if (urlPos != -1) { + String url = typeProp.substring(urlPos + 6); + int commaPos = url.indexOf(":"); + if (commaPos != -1) { + host = url.substring(0, commaPos); + portAsString = url.substring(commaPos + 1); + } else { + host = url; + } + } int port = DEFAULT_PORT; - try { - port = Integer.parseInt(portAsString); - } catch (NumberFormatException nfe) { - if (log.isWarnEnabled()) { - log.warn("Bad port format " + portAsString + ", using default" + - " port : " + port); + if (portAsString != null) { + try { + port = Integer.parseInt(portAsString); + } catch (NumberFormatException nfe) { + if (log.isWarnEnabled()) { + log.warn("Bad port format " + portAsString + ", using default" + + " port : " + port); + } } } return init(host, port); Modified: src/test/org/codelutin/j2r/NetTest.java =================================================================== --- src/test/org/codelutin/j2r/NetTest.java 2006-08-31 07:57:43 UTC (rev 4) +++ src/test/org/codelutin/j2r/NetTest.java 2006-08-31 17:12:15 UTC (rev 5) @@ -55,9 +55,7 @@ protected void setUp() throws Exception { LutinTimer init = new LutinTimer(); init.startTiming(); - System.setProperty("R.type", "net"); -// System.setProperty("R.net.host", "monitor"); -// System.setProperty("R.net.port", "6311"); +// System.setProperty("R.type", "net://192.168.99.122:6312"); if (engine == null) { engine = new RProxy(); }

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[LutinJ2R-commits] r4 - in src: java/org/codelutin/j2r java/org/codelutin/j2r/jni java/org/codelutin/j2r/net test/org/codelutin/j2r
by thimel＠users.labs.libre-entreprise.org 31 Aug '06

31 Aug '06

Author: thimel Date: 2006-08-31 07:57:43 +0000 (Thu, 31 Aug 2006) New Revision: 4 Modified: src/java/org/codelutin/j2r/REngine.java src/java/org/codelutin/j2r/RProxy.java src/java/org/codelutin/j2r/jni/RJniEngine.java src/java/org/codelutin/j2r/net/RNetEngine.java src/test/org/codelutin/j2r/JNITest.java src/test/org/codelutin/j2r/JPurTest.java src/test/org/codelutin/j2r/NetTest.java Log: Ajout de javadoc r?\195?\169seau : meilleure d?\195?\169tection de params JNI : plus stable Modified: src/java/org/codelutin/j2r/REngine.java =================================================================== --- src/java/org/codelutin/j2r/REngine.java 2006-08-29 10:40:09 UTC (rev 3) +++ src/java/org/codelutin/j2r/REngine.java 2006-08-31 07:57:43 UTC (rev 4) @@ -38,17 +38,35 @@ */ public interface REngine { + /** + * Effectue l'initialisation du moteur. Les parametres sont passes par les + * options de JVM, -D... + * @return true/false pour indiquer si l'initialisation a pu se faire sans + * encombre + */ public boolean init(); /** * Delegue a R le traitement passe en parametre. * @param expr l'expression a evaluer * @return La valeur renvoyee par la commande + * @throws RException */ public Object eval(String expr) throws RException; + /** + * Effectue un eval mais sans retour de resultat. Quand c'est possible cela + * permet donc de na pas consommer du temps de transfert et conversion de R + * a Java. + * @param expr l'expression a evaluer + * @throws RException + */ public void voidEval(String expr) throws RException; + /** + * Met fin a l'utilisation de l'engine + * @throws RException + */ public void terminate() throws RException; } //RJniEngine Modified: src/java/org/codelutin/j2r/RProxy.java =================================================================== --- src/java/org/codelutin/j2r/RProxy.java 2006-08-29 10:40:09 UTC (rev 3) +++ src/java/org/codelutin/j2r/RProxy.java 2006-08-31 07:57:43 UTC (rev 4) @@ -38,7 +38,14 @@ import org.codelutin.j2r.net.RNetEngine; /** - * + * Cette classe permet d'initialiser un REngine sans savoir quelle est + * l'implatation choisie. La detection est basee sur l'option de demarrage de la + * JVM : + * <ul> + * <li><code>-DR.type=net</code></li> + * <li><code>-DR.type=jni</code></li> + * <li><code>-DR.type=...</code></li> + * </ul> */ public class RProxy implements REngine { @@ -110,6 +117,9 @@ return engine.eval(expr); } + /* (non-Javadoc) + * @see org.codelutin.j2r.REngine#init() + */ public boolean init() { String RType = System.getProperty("R.type"); if (RType == null || "".equals(RType)) { @@ -126,6 +136,9 @@ return true; } + /* (non-Javadoc) + * @see org.codelutin.j2r.REngine#terminate() + */ public void terminate() throws RException { if (engine == null) { log.fatal("The R Proxy is not initialized. An error probably " + @@ -135,6 +148,9 @@ } } + /* (non-Javadoc) + * @see org.codelutin.j2r.REngine#voidEval(java.lang.String) + */ public void voidEval(String expr) throws RException { if (engine == null) { log.fatal("The R Proxy is not initialized. An error probably " + Modified: src/java/org/codelutin/j2r/jni/RJniEngine.java =================================================================== --- src/java/org/codelutin/j2r/jni/RJniEngine.java 2006-08-29 10:40:09 UTC (rev 3) +++ src/java/org/codelutin/j2r/jni/RJniEngine.java 2006-08-31 07:57:43 UTC (rev 4) @@ -46,24 +46,29 @@ private Log log = LogFactory.getLog(RJniEngine.class); - private Rengine engine; + /** + * Le Rengine est fait pour tourner en static + */ + private static Rengine engine; /* (non-Javadoc) * @see org.codelutin.j2r.REngine#init() */ public boolean init() { - try { - String[] args = { "--no-save" }; - engine = new Rengine(args, false, null); - if (!engine.waitForR()) { - if (log.isErrorEnabled()) { - log.error("Cannot load the R engine"); + if (engine == null) { + try { + String[] args = { "--no-save" }; + engine = new Rengine(args, false, null); + if (!engine.waitForR()) { + if (log.isErrorEnabled()) { + log.error("Cannot load the R engine"); + } + return false; } + } catch (Throwable twable) { + log.error("An error occured during R/JNI initialization.", twable); return false; } - } catch (Throwable twable) { - log.error("An error occured during R/JNI initialization.", twable); - return false; } return true; } Modified: src/java/org/codelutin/j2r/net/RNetEngine.java =================================================================== --- src/java/org/codelutin/j2r/net/RNetEngine.java 2006-08-29 10:40:09 UTC (rev 3) +++ src/java/org/codelutin/j2r/net/RNetEngine.java 2006-08-31 07:57:43 UTC (rev 4) @@ -45,28 +45,48 @@ */ public class RNetEngine implements REngine { + public static final int DEFAULT_PORT = 6311; + private Log log = LogFactory.getLog(RNetEngine.class); private Rconnection conn; + /* (non-Javadoc) + * @see org.codelutin.j2r.REngine#init() + */ public boolean init() { - return init("127.0.0.1"); + String host = System.getProperty("R.net.host", "127.0.0.1"); + return init(host); } public boolean init(String host) { - return init(host, 6311); + String portAsString = System.getProperty("R.net.port", ""+DEFAULT_PORT); + int port = DEFAULT_PORT; + try { + port = Integer.parseInt(portAsString); + } catch (NumberFormatException nfe) { + if (log.isWarnEnabled()) { + log.warn("Bad port format " + portAsString + ", using default" + + " port : " + port); + } + } + return init(host, port); } public boolean init(String host, int port) { + if (log.isInfoEnabled()) { + log.info("Trying to connect to the Rserve on '" + host + ":" + port + "'"); + } try { conn = new Rconnection(host, port); } catch (RSrvException e) { log.error("Unable to establish a connection to the R server. " + "Maybe you forgot to start it. " + "Try using the command \"R CMD Rserve\"."); + e.printStackTrace(); return false; } - return true; + return conn.isConnected(); } /* (non-Javadoc) @@ -130,7 +150,7 @@ * @see org.codelutin.j2r.REngine#terminate() */ public void terminate() throws RException { - if (conn.isConnected()) { + if (conn != null && conn.isConnected()) { conn.close(); } } Modified: src/test/org/codelutin/j2r/JNITest.java =================================================================== --- src/test/org/codelutin/j2r/JNITest.java 2006-08-29 10:40:09 UTC (rev 3) +++ src/test/org/codelutin/j2r/JNITest.java 2006-08-31 07:57:43 UTC (rev 4) @@ -1,112 +1,125 @@ /* *##% -* Copyright (C) 2002, 2003, 2004, 2005, 2006 Code Lutin, -* Cedric Pineau, Benjamin Poussin, Arnaud Thimel -* -* -* This program is free software; you can redistribute it and/or -* modify it under the terms of the GNU General Public License -* as published by the Free Software Foundation; either version 2 -* of the License, or (at your option) any later version. -* -* This program is distributed in the hope that it will be useful, -* but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of -* MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the -* GNU General Public License for more details. -* -* You should have received a copy of the GNU General Public License -* along with this program; if not, write to the Free Software -* Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330, Boston, MA 02111-1307, USA. -*##%*/ + * Copyright (C) 2002, 2003, 2004, 2005, 2006 Code Lutin, + * Cedric Pineau, Benjamin Poussin, Arnaud Thimel + * + * + * This program is free software; you can redistribute it and/or + * modify it under the terms of the GNU General Public License + * as published by the Free Software Foundation; either version 2 + * of the License, or (at your option) any later version. + * + * This program is distributed in the hope that it will be useful, + * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of + * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the + * GNU General Public License for more details. + * + * You should have received a copy of the GNU General Public License + * along with this program; if not, write to the Free Software + * Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330, Boston, MA 02111-1307, USA. + *##%*/ /* * -* NetTest.java -* -* Created: 23 août 06 -* -* @author Arnaud Thimel <thimel(a)codelutin.com> -* @version $Revision: $ -* -* Mise a jour: $Date: $ -* par : $Author: $ -*/ + * NetTest.java + * + * Created: 23 août 06 + * + * @author Arnaud Thimel <thimel(a)codelutin.com> + * @version $Revision: $ + * + * Mise a jour: $Date: $ + * par : $Author: $ + */ package org.codelutin.j2r; - import static org.codelutin.j2r.TestConstants.*; - import junit.framework.TestCase; +import org.apache.commons.logging.Log; +import org.apache.commons.logging.LogFactory; + public class JNITest extends TestCase { + private static Log log = LogFactory.getLog(JNITest.class); + private REngine engine; - @Override - protected void setUp() throws Exception { + @Override + protected void setUp() throws Exception { LutinTimer init = new LutinTimer(); init.startTiming(); - System.setProperty("R.type", "jni"); - if (engine == null) { - engine = new RProxy(); - } - System.err.println("jni init: " + init.endTiming() + "ms"); - } + System.setProperty("R.type", "jni"); + if (engine == null) { + engine = new RProxy(); + } + if (log.isInfoEnabled()) { + log.info("jni init: " + init.endTiming() + "ms"); + } + } - @Override + @Override protected void tearDown() throws Exception { engine.terminate(); } -// -// public void testDouble() throws Exception { -// assertEquals(5.0, engine.eval("5.0")); -// } -// -// public void testIntArray() throws Exception { -// Object result = engine.eval("5:10"); -// assertEquals(int[].class, result.getClass()); -// int[] intArray = (int[])result; -// assertEquals(6, intArray.length); -// for (int i=5; i<11; i++) { -// assertEquals(i, intArray[i-5]); -// } -// } + public void testDouble() throws Exception { + assertEquals(5.0, engine.eval("5.0")); + } + + public void testIntArray() throws Exception { + Object result = engine.eval("5:10"); + assertEquals(int[].class, result.getClass()); + int[] intArray = (int[]) result; + assertEquals(6, intArray.length); + for (int i = 5; i < 11; i++) { + assertEquals(i, intArray[i - 5]); + } + } + + public void testDoubleArray() throws Exception { + Object result = engine.eval("5.5:10.5"); + assertEquals(double[].class, result.getClass()); + double[] doubleArray = (double[]) result; + assertEquals(6, doubleArray.length); + for (int i = 5; i < 11; i++) { + double d = i + 0.5; + assertEquals(d, doubleArray[i - 5]); + } + } + public void testSimpleOp() throws Exception { LutinTimer t = new LutinTimer(); - for (int loop=0; loop<S_NB_LOOPS; loop++) { + for (int loop = 0; loop < S_NB_LOOPS; loop++) { engine.voidEval("t<-0"); t.startTiming(); engine.voidEval(S_OP); t.endTiming(); - System.err.println((Double)engine.eval("t")); + double d = (Double)engine.eval("t"); + assertEquals((double)S_T_MAX, d); } double[] results = t.computeResults(); - System.err.println("min: " + results[0]); - System.err.println("avg: " + results[1]); - System.err.println("max: " + results[2]); - System.err.println("etype: " + results[3]); + System.err.println("[SO]min: " + results[0]); + System.err.println("[SO]avg: " + results[1]); + System.err.println("[SO]max: " + results[2]); + System.err.println("[SO]etype: " + results[3]); } public void testVector() throws Exception { System.err.println(V_OP_R); - for (int loop=0; loop<V_NB_LOOPS; loop++) { - LutinTimer t = new LutinTimer(); + LutinTimer t = new LutinTimer(); + for (int loop = 0; loop < V_NB_LOOPS; loop++) { t.startTiming(); engine.voidEval(V_OP_A); engine.voidEval(V_OP_B); - double[] r = (double[])engine.eval(V_OP_AB); - long end = t.endTiming(); - System.err.println("duration: " + end); - double sum = 0.0; - for (int i=0; i<r.length; i++) { - // if (i%10000==0) { - // System.err.println(r[i]); - // } - sum += r[i]; - } -// System.err.println("sum: " + sum); -// System.err.println(r.length); + double[] r = (double[]) engine.eval(V_OP_AB); + t.endTiming(); + assertEquals(V_MAX, r.length); } + double[] results = t.computeResults(); + System.err.println("[V]min: " + results[0]); + System.err.println("[V]avg: " + results[1]); + System.err.println("[V]max: " + results[2]); + System.err.println("[V]etype: " + results[3]); } -} //NetTest +} // NetTest Modified: src/test/org/codelutin/j2r/JPurTest.java =================================================================== --- src/test/org/codelutin/j2r/JPurTest.java 2006-08-29 10:40:09 UTC (rev 3) +++ src/test/org/codelutin/j2r/JPurTest.java 2006-08-31 07:57:43 UTC (rev 4) @@ -51,15 +51,15 @@ lt.endTiming(); } double[] results = lt.computeResults(); - System.err.println("min: " + results[0]); - System.err.println("avg: " + results[1]); - System.err.println("max: " + results[2]); - System.err.println("etype: " + results[3]); + System.err.println("[SO]min: " + results[0]); + System.err.println("[SO]avg: " + results[1]); + System.err.println("[SO]max: " + results[2]); + System.err.println("[SO]etype: " + results[3]); } public void testVector() throws Exception { + LutinTimer lt = new LutinTimer(); for (int loop=0; loop<V_NB_LOOPS; loop++) { - LutinTimer lt = new LutinTimer(); lt.startTiming(); double[] a = new double[V_MAX]; double[] b = new double[V_MAX]; @@ -72,18 +72,13 @@ for (int i=0; i<a.length; i++) { r[i] = a[i] * b[i]; } - long end = lt.endTiming(); - System.err.println("duration: " + end); - double sum = 0.0; - for (int i=0; i<r.length; i++) { - // if (i%10000==0) { - // System.err.println(r[i]); - // } - sum += r[i]; - } -// System.err.println("sum: " + sum); -// System.err.println(r.length); + lt.endTiming(); } + double[] results = lt.computeResults(); + System.err.println("[V]min: " + results[0]); + System.err.println("[V]avg: " + results[1]); + System.err.println("[V]max: " + results[2]); + System.err.println("[V]etype: " + results[3]); } } Modified: src/test/org/codelutin/j2r/NetTest.java =================================================================== --- src/test/org/codelutin/j2r/NetTest.java 2006-08-29 10:40:09 UTC (rev 3) +++ src/test/org/codelutin/j2r/NetTest.java 2006-08-31 07:57:43 UTC (rev 4) @@ -1,106 +1,118 @@ /* *##% -* Copyright (C) 2002, 2003, 2004, 2005, 2006 Code Lutin, -* Cedric Pineau, Benjamin Poussin, Arnaud Thimel -* -* -* This program is free software; you can redistribute it and/or -* modify it under the terms of the GNU General Public License -* as published by the Free Software Foundation; either version 2 -* of the License, or (at your option) any later version. -* -* This program is distributed in the hope that it will be useful, -* but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of -* MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the -* GNU General Public License for more details. -* -* You should have received a copy of the GNU General Public License -* along with this program; if not, write to the Free Software -* Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330, Boston, MA 02111-1307, USA. -*##%*/ + * Copyright (C) 2002, 2003, 2004, 2005, 2006 Code Lutin, + * Cedric Pineau, Benjamin Poussin, Arnaud Thimel + * + * + * This program is free software; you can redistribute it and/or + * modify it under the terms of the GNU General Public License + * as published by the Free Software Foundation; either version 2 + * of the License, or (at your option) any later version. + * + * This program is distributed in the hope that it will be useful, + * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of + * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the + * GNU General Public License for more details. + * + * You should have received a copy of the GNU General Public License + * along with this program; if not, write to the Free Software + * Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330, Boston, MA 02111-1307, USA. + *##%*/ /* * -* NetTest.java -* -* Created: 23 août 06 -* -* @author Arnaud Thimel <thimel(a)codelutin.com> -* @version $Revision: $ -* -* Mise a jour: $Date: $ -* par : $Author: $ -*/ + * NetTest.java + * + * Created: 23 août 06 + * + * @author Arnaud Thimel <thimel(a)codelutin.com> + * @version $Revision: $ + * + * Mise a jour: $Date: $ + * par : $Author: $ + */ package org.codelutin.j2r; -import static org.codelutin.j2r.TestConstants.*; - +import static org.codelutin.j2r.TestConstants.S_NB_LOOPS; +import static org.codelutin.j2r.TestConstants.S_OP; +import static org.codelutin.j2r.TestConstants.S_T_MAX; +import static org.codelutin.j2r.TestConstants.V_MAX; +import static org.codelutin.j2r.TestConstants.V_NB_LOOPS; +import static org.codelutin.j2r.TestConstants.V_OP_A; +import static org.codelutin.j2r.TestConstants.V_OP_AB; +import static org.codelutin.j2r.TestConstants.V_OP_B; import junit.framework.TestCase; +import org.apache.commons.logging.Log; +import org.apache.commons.logging.LogFactory; + public class NetTest extends TestCase { - private REngine engine; + private static Log log = LogFactory.getLog(NetTest.class); - @Override - protected void setUp() throws Exception { + private REngine engine; + + @Override + protected void setUp() throws Exception { LutinTimer init = new LutinTimer(); init.startTiming(); - System.setProperty("R.type", "net"); - if (engine == null) { - engine = new RProxy(); - } - System.err.println("net init: " + init.endTiming() + "ms"); - } -// -// public void testDouble() throws Exception { -// assertEquals(5.0, engine.eval("5.0")); -// } -// -// public void testIntArray() throws Exception { -// Object result = engine.eval("5:10"); -// assertNotNull(result); -// assertEquals(int[].class, result.getClass()); -// int[] intArray = (int[])result; -// assertEquals(6, intArray.length); -// for (int i=5; i<11; i++) { -// assertEquals(i, intArray[i-5]); -// } -// } + System.setProperty("R.type", "net"); +// System.setProperty("R.net.host", "monitor"); +// System.setProperty("R.net.port", "6311"); + if (engine == null) { + engine = new RProxy(); + } + if (log.isInfoEnabled()) { + log.info("net init: " + init.endTiming() + "ms"); + } + } + public void testDouble() throws Exception { + assertEquals(5.0, engine.eval("5.0")); + } + + public void testIntArray() throws Exception { + Object result = engine.eval("5:10"); + assertNotNull(result); + assertEquals(int[].class, result.getClass()); + int[] intArray = (int[]) result; + assertEquals(6, intArray.length); + for (int i = 5; i < 11; i++) { + assertEquals(i, intArray[i - 5]); + } + } + public void testSimpleOp() throws Exception { LutinTimer t = new LutinTimer(); - for (int loop=0; loop<S_NB_LOOPS; loop++) { + for (int loop = 0; loop < S_NB_LOOPS; loop++) { engine.voidEval("t<-0"); t.startTiming(); engine.voidEval(S_OP); t.endTiming(); - System.err.println((Double)engine.eval("t")); + double d = (Double) engine.eval("t"); + assertEquals((double) S_T_MAX, d); } double[] results = t.computeResults(); - System.err.println("min: " + results[0]); - System.err.println("avg: " + results[1]); - System.err.println("max: " + results[2]); - System.err.println("etype: " + results[3]); + System.err.println("[SO]min: " + results[0]); + System.err.println("[SO]avg: " + results[1]); + System.err.println("[SO]max: " + results[2]); + System.err.println("[SO]etype: " + results[3]); } public void testVector() throws Exception { - for (int loop=0; loop<V_NB_LOOPS; loop++) { - LutinTimer t = new LutinTimer(); + LutinTimer t = new LutinTimer(); + for (int loop = 0; loop < V_NB_LOOPS; loop++) { t.startTiming(); engine.voidEval(V_OP_A); engine.voidEval(V_OP_B); - double[] r = (double[])engine.eval(V_OP_AB); - long end = t.endTiming(); - System.err.println("duration: " + end); - double sum = 0.0; - for (int i=0; i<r.length; i++) { - // if (i%10000==0) { - // System.err.println(r[i]); - // } - sum += r[i]; - } -// System.err.println("sum: " + sum); -// System.err.println(r.length); + double[] r = (double[]) engine.eval(V_OP_AB); + t.endTiming(); + assertEquals(V_MAX, r.length); } + double[] results = t.computeResults(); + System.err.println("[V]min: " + results[0]); + System.err.println("[V]avg: " + results[1]); + System.err.println("[V]max: " + results[2]); + System.err.println("[V]etype: " + results[3]); } -} //NetTest +} // NetTest

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[LutinJ2R-commits] r3 - doc
by thimel＠users.labs.libre-entreprise.org 29 Aug '06

29 Aug '06

Author: thimel Date: 2006-08-29 10:40:09 +0000 (Tue, 29 Aug 2006) New Revision: 3 Modified: doc/etude.rst Log: fin du doc Modified: doc/etude.rst =================================================================== --- doc/etude.rst 2006-08-28 17:13:03 UTC (rev 2) +++ doc/etude.rst 2006-08-29 10:40:09 UTC (rev 3) @@ -1,25 +1,47 @@ Introduction ============ -Ce document a pour but de comparer les diff�rentes solutions envisageables pour l'utilisation de R en Java. +Ce document a pour but de comparer les diff�rentes solutions envisageables pour +l'utilisation de R en Java. -R est un outil libre de calculs et cr�ation de graphiques li�s aux statistiques. Il pr�sente l'avantage non n�gligeable d'�tre optimis� pour bon nombre de calculs. Cependant, R n'est pas �crit en Java et ne permet donc pas d'�tre directement utilis� dans une application Java. +R est un outil libre de calculs et de cr�ation de graphiques li�s aux +statistiques. Il pr�sente l'avantage non n�gligeable d'�tre optimis� pour bon +nombre de calculs. Cependant, R n'est pas �crit en Java et ne permet donc pas +d'�tre directement utilis� dans une application Java. -Heureusement, R est un projet tr�s modulaire et permet par le biais d'extensions d'ouvrir son moteur � d'autres appplications. En Java, deux possibilit�s s'offrent � nous : - - Acc�s par le r�seau : L'application envoie des requ�tes par le r�seau � une extension de R faisant office de serveur, laquelle renvoie par la suite les r�sultats obtenus. - - Acc�s par une librairie JNI : Il s'agit d'�crire du code en un langage autre que Java qui sera compil� et exc�cut� par la machine plut�t qu'interpr�t�. Gr�ce � JNI, il est ensuite possible d'appeler ce code depuis une application Java. +Heureusement, R est un projet tr�s modulaire et permet par le biais d'extensions +d'ouvrir son moteur � d'autres appplications. En Java, deux possibilit�s +s'offrent � nous : + - Acc�s par le r�seau : L'application envoie des requ�tes par le r�seau � une + extension de R faisant office de serveur, laquelle renvoie par la suite les + r�sultats obtenus. + - Acc�s par une librairie JNI : Il s'agit d'�crire du code en un langage autre + que Java qui sera compil� et exc�cut� par la machine plut�t qu'interpr�t�. + Gr�ce � JNI, il est ensuite possible d'appeler ce code depuis une application + Java. -Le pr�sent document va donc comparer ces deux solutions afin de d�terminer laquelle est la plus adapt�e. Afin d'effectuer une comparaison plus pertinente, ces solutions seront compar�es, lorsque c'est possible, � l'utilisation de R seul (sans Java) et Java seul (sans R). +Le pr�sent document va donc comparer ces deux solutions afin de d�terminer +laquelle est la plus adapt�e. Afin d'effectuer une comparaison plus pertinente, +ces solutions seront compar�es, lorsque c'est possible, � l'utilisation de R +seul (sans Java) et Java seul (sans R). R�sultats attendus ================== -Chacune des solutions a ses avantages et ses inconv�nients qui entreront dans la d�cision finale. Avant m�me de commencer, la nature m�me des solutions sugg�re certains r�sultats qu'il faudra v�rifier : +Chacune des solutions a ses avantages et ses inconv�nients qui entreront dans la +d�cision finale. Avant m�me de commencer, la nature m�me des solutions sugg�re +certains r�sultats qu'il faudra v�rifier : - - Les temps de r�ponse obtenus en R pur seront inf�rieurs aux solutions r�seau et JNI. Le contraire serait �tonnant dans la mesure o� l'utilisation de R pur est la seule solution n'impliquant pas de technologie tierce. - - Les appels JNI devraient prendre moins de temps que les appels r�seau. L'utilisation des interfaces r�seau est reconnue est informatique pour �tre un point qui ralenti souvent les applications. - - Certaines calculs simples effectu�s en Java pur pourraient parfois s'av�rer plus rapide. Cependant, des calculs plus complexes comme des calculs matriciels devraient faire ressortir l'avantage de R. + - Les temps de r�ponse obtenus en R pur seront inf�rieurs aux solutions r�seau + et JNI. Le contraire serait �tonnant dans la mesure o� l'utilisation de R pur + est la seule solution n'impliquant pas de technologie tierce. + - Les appels JNI devraient prendre moins de temps que les appels r�seau. + L'utilisation des interfaces r�seau est reconnue est informatique pour �tre + un point qui ralenti souvent les applications. + - Certains calculs simples effectu�s en Java pur pourraient parfois s'av�rer + plus rapide. Cependant, des calculs plus complexes comme des calculs + matriciels devraient faire ressortir l'avantage de R. Consid�rations techniques @@ -28,32 +50,49 @@ R�seau ------ -Par d�faut, R n'int�gre aucune interface r�seau, et ne peut donc �tre utilis� � distance. Il existe une extension du nom de 'Rserve' permettant d'ajouter � R la possibilit� de recevoir et traiter des requ�tes TCP/IP, le rendant ainsi accessible � tous types de langages. +Par d�faut, R n'int�gre aucune interface r�seau, et ne peut donc �tre utilis� � +distance. Il existe une extension du nom de 'Rserve' permettant d'ajouter � R la +possibilit� de recevoir et traiter des requ�tes TCP/IP, le rendant ainsi +accessible � tous types de langages. -Avantages : R non n�cessaire sur la machine cliente, d�l�gation des calculs � une machine tierce, appli 100% portable -Inconv�nients : Rserve a installer sur le serveur + - Avantages : R non n�cessaire sur la machine cliente, d�l�gation des calculs � + une machine tierce, appli 100% portable + - Inconv�nient : Rserve � installer sur le serveur JNI --- -L'utilisation de JNI implique la cr�ation d'une librarie d�pendante du syst�me. On perd donc un peu de la portabilit� du Java. +L'utilisation de JNI implique la cr�ation d'une librairie d�pendante du syst�me. +On perd donc un peu de la portabilit� du Java. -Avantages : Installation basique de R -Inconv�nients : M�me machine, n�cessite des param�tres de d�marrage de l'application Java, l'application Java n'est plus 100% portable car cr�ation/compilation d'une librairie n�cessaire. + - Avantages : Installation basique de R + - Inconv�nients : M�me machine, n�cessite des param�tres de d�marrage de + l'application Java, l'application Java n'est plus 100% portable car + cr�ation/compilation d'une librairie n�cessaire. D�roulement (protocole) des tests ================================= -Le but des tests est de faire ressortir le co�t de chacune des solutions de mani�re � d�terminer laquelle pourrait �tre la meilleure, mais surtout les conditions, s'il y en a, dans lesquelles telle ou telle solution est meilleure. +Le but des tests est de faire ressortir le co�t de chacune des solutions de +mani�re � d�terminer laquelle pourrait �tre la meilleure, mais surtout les +conditions, s'il y en a, dans lesquelles telle ou telle solution est meilleure. Deux types de tests ont �t� effectu�s. - - Le permier consiste � envoyer de tr�s petits calculs � R et ce beaucoup de fois de suite. On obtient donc une moyenne pour chacune des solutions ce qui permettra d'�valuer le co�t de chaque m�thode. - - Le second se base sur la quantit� de donn�es � v�hiculer. Il s'agit donc l� de calculs plus long mais surtout g�n�rant un plus gros volume de donn�es. Plusieurs mesures seront effectu�es avec des tailles croissantes afin d'�valuer l'impact de l'augmentation volum�trique. - - Le dernier test est surtout informatif et ne fera ressortir que le temps n�cessaires � initialiser chacune des solutions �tudi�es. + - Le premier consiste � envoyer de tr�s petits calculs � R et ce beaucoup de + fois de suite. On obtient donc une moyenne pour chacune des solutions ce qui + permettra d'�valuer le co�t de chaque m�thode. + - Le second se base sur la quantit� de donn�es � v�hiculer. Il s'agit donc l� + de calculs plus long mais surtout g�n�rant un plus gros volume de donn�es. + Plusieurs mesures seront effectu�es avec des tailles croissantes afin + d'�valuer l'impact de l'augmentation volum�trique. + - Le dernier test est surtout informatif et ne fera ressortir que le temps + n�cessaire � initialiser chacunes des solutions �tudi�es. A noter que : - De fa�on � ne pas trop laisser libre cours aux optimisations des diff�rentes plateformes, les calculs r�p�t�s sont volotairement changeants au sein d'un m�me test (il restent n�anmoins identiques entre les tests). + De fa�on � ne pas trop laisser libre cours aux optimisations des diff�rentes +plateformes, les calculs r�p�t�s sont volontairement changeants au sein d'un +m�me test (ils restent n�anmoins identiques entre les tests). R�sultats des tests @@ -110,31 +149,47 @@ Exploitation des r�sultats ========================== -Les tests �tant effectu�s, il faut maintenant les interpr�ter et en tirer des conclusions. +Les tests �tant effectu�s, il faut maintenant les interpr�ter et en tirer des +conclusions. Test A - Calculs rapides ------------------------ Le premier test avait pour but d'isoler le co�t de chaque appel � R. -La comparason avec du Java pur n'avait ici aucun int�ret dans la mesure ou le but est de calculer le temps d'appel � R. +La comparaison avec du Java pur n'avait ici aucun int�ret dans la mesure ou le +but est de calculer le temps d'appel � R. -Premi�rement, l'op�ration est r�alis�e en R pur afin d'avoir un temps de base : 229.83ms. +Premi�rement, l'op�ration est r�alis�e en R pur afin d'avoir un temps de +base : 229.83ms. A partir de l�, on peut estimer que le temps n�cessaire � chaque technologie. -Ainsi, un appel JNI est en moyenne d'un peu moins de 3ms (2.73ms), alors que par le r�seau, il faut plus de 10ms (10,23ms), soit un ecart d'environ 7ms en faveur de JNI. +Ainsi, un appel JNI est en moyenne d'un peu moins de 3ms (2.73ms), alors que par +le r�seau, il faut plus de 10ms (10,23ms), soit un ecart d'environ 7ms en faveur +de JNI. -La diff�rence est relativement faible, elle ne repr�sente ici que 3%, mais r�p�t� � grande �chelle elle peut �tre p�nalisante. Si par exemple 100.000 appels cons�cutifs sont n�cessaires, la diff�rence se monte � 700 secondes soit 11 minutes et 40 secondes ce qui peut �tre �norme pour des simulateurs par exemple. +La diff�rence est relativement faible, elle ne repr�sente ici que 3%, mais +r�p�t�e � grande �chelle elle peut �tre p�nalisante. Si par exemple 100.000 +appels cons�cutifs sont n�cessaires, la diff�rence se monte � 700 secondes soit +11 minutes et 40 secondes ce qui peut �tre �norme pour des simulateurs par +exemple. -Pour ce test, l'�cart-type �tait mesur� afin d'estimer la r�partition des valeurs. -L'�cart-type nous permet ici de constater que la r�partition des valeurs avec JNI est plus proche de la moyenne que par le r�seau. La solution r�seau est donc plus sensible aux variations de temps. +Pour ce test, l'�cart-type �tait mesur� afin d'estimer la r�partition des +valeurs. +L'�cart-type nous permet ici de constater que la r�partition des valeurs avec +JNI est plus proche de la moyenne que par le r�seau. La solution r�seau est donc +plus sensible aux variations de temps. Test B - Volumes importants --------------------------- -La deuxi�me s�rie de tests veut mettre en valeur l'�volution des temps n�cessaires avec l'augmentation du volume de donn�es. -Inversement au pr�c�dent test, c'est la solution R pur qui n'a ici pas de sens puisqu'on cherche � �valuer l'impact d'un passqge de Java � R. +La deuxi�me s�rie de tests veut mettre en valeur l'�volution des temps +n�cessaires avec l'augmentation du volume de donn�es. +Inversement au pr�c�dent test, c'est la solution R pur qui n'a ici pas de sens +puisqu'on cherche � �valuer l'impact d'un passage de Java � R. -L'op�ration r�alis�e pour ce test est un simple produit scalaire entre deux vecteurs dont la taille va augmenter progressivement. Le graphique ci-dessous permet de voir instantann�ment la mani�re dont �voluent ces technologies : +L'op�ration r�alis�e pour ce test est un simple produit scalaire entre deux +vecteurs dont la taille va augmenter progressivement. Le graphique ci-dessous +permet de voir instantann�ment la mani�re dont �voluent ces technologies : .. image:: img/testB-results.png :alt: Evolution des temps de r�ponse @@ -143,25 +198,51 @@ A faibles volumes de donn�es, les r�sultats des 3 solutions sont comparables. -Cependant, la solution r�seau montre vite ses faiblesses. D�s l'utilisation de vecteurs d'une taille de 5.000 chiffres la comparaison devient ridicule tant les temps n�cessaires pour transf�rer les vecteurs prend le pas sur le calcul. Pour le reste de ce test, le r�seau restera toujours la solution la moins adapt�e. +Cependant, la solution r�seau montre vite ses faiblesses. D�s l'utilisation de +vecteurs d'une taille de 5.000 chiffres la comparaison devient ridicule tant les +temps n�cessaires pour transf�rer les vecteurs prend le pas sur le calcul. Pour +le reste de ce test, le r�seau restera toujours la solution la moins adapt�e. -Du c�t� de JNI, la solution s'av�re beaucoup plus pertinente. R sur JNI s'offre m�me le luxe de battre Java sur certaines tailles ce qui est tr�s flatteur si on tient compte du fait que les r�sultats doivent �tre convertis de R � Java afin d'�tre exploitables. La solution se montre donc viable mais uniquement jusqu'� ce que la taille des vecteurs depasse les 100.000 chiffres. Les optimisations de Java prennent alors le dessus et affichent des temps bien inf�rieurs. +Du c�t� de JNI, la solution s'av�re beaucoup plus pertinente. R sur JNI s'offre +m�me le luxe de battre Java sur certaines tailles ce qui est tr�s flatteur si on +tient compte du fait que les r�sultats doivent �tre convertis de R � Java afin +d'�tre exploitables. La solution se montre donc viable mais uniquement jusqu'� +ce que la taille des vecteurs depasse les 100.000 chiffres. Les optimisations de +Java prennent alors le dessus et affichent des temps bien inf�rieurs. -Enfin le dernier test sur des vecteurs d'une taille de 1.000.000 de chiffres indique des temps qui, m�me s'ils ne sont plus comparables � Java (94ms), restent honorables. La solution JNI n�cessite 282ms pour effectuer le calcul et le renvoyer � Java, ce qui signifie qu'il est toujours possible d'effectuer 3 produits scalaires sur des vecteurs d'un million d'entr�es en moins d'une seconde. Le temps n�cessaire � la solution r�seau (620ms) n'est pas non plus ridicule compte tenu de la taille des donn�es � traiter. La solution r�seau souffre simplement de temps de transfert trop longs qui sont le reflet habituel de l'utilisation des r�seaux. +Enfin le dernier test sur des vecteurs d'une taille de 1.000.000 de chiffres +indique des temps qui, m�me s'ils ne sont plus comparables � Java (94ms), +restent honorables. La solution JNI n�cessite 282ms pour effectuer le calcul et +le renvoyer � Java, ce qui signifie qu'il est toujours possible d'effectuer 3 +produits scalaires sur des vecteurs d'un million d'entr�es en moins d'une +seconde. Le temps n�cessaire � la solution r�seau (620ms) n'est pas non plus +ridicule compte tenu de la taille des donn�es � traiter. La solution r�seau +souffre simplement de temps de transfert trop longs qui sont le reflet habituel +de l'utilisation des r�seaux. Test C - Temps d'initialisation ------------------------------- -Le temps d'initialisation repr�sente le temps n�cessaire � la premi�re utilisation de l'application avant de pouvoir acc�der � R. Il peut parraitre annodin, mais en r�alit� il peut s'av�rer primordial dans le choix de la solution � utiliser. +Le temps d'initialisation repr�sente le temps n�cessaire � la premi�re +utilisation de l'application avant de pouvoir acc�der � R. Il peut parraitre +annodin, mais en r�alit� il peut s'av�rer primordial dans le choix de la +solution � utiliser. -Si les tests pr�c�dents n'ont pas �t� en faveur de la solution r�seau, ce test l� montre que l'initialisation de JNI prend en moyenne 550ms de plus que l'initialisation du r�seau. Cette diff�rence peut s'av�rer cruciale si les calculs � effectuer sont petits et peu r�p�t�s. +Si les tests pr�c�dents n'ont pas �t� en faveur de la solution r�seau, ce test +l� montre que l'initialisation de JNI prend en moyenne 550ms de plus que +l'initialisation du r�seau. Cette diff�rence peut s'av�rer cruciale si les +calculs � effectuer sont petits et peu r�p�t�s. Notes ----- -Certains faits n'apparaissent pas dans les chiffres pr�c�demment cit�s mais peuvent �galement pencher dans la balance. +Certains faits n'apparaissent pas dans les chiffres pr�c�demment cit�s mais +peuvent �galement faire pencher la balance. -Par exemple, les diff�rents tests ont fait ressortir que la solution r�seau n�cessite un "temps de chauffe". Un simple test r�p�t� 10 fois de suite peut le mettre en �vidence. Chaque ligne suivante repr�sente l'�volution d'un m�me test : +Par exemple, les diff�rents tests ont fait ressortir que la solution r�seau +n�cessite un "temps de chauffe". Un simple test r�p�t� 10 fois de suite peut le +mettre en �vidence. Chaque ligne suivante repr�sente l'�volution d'un m�me +test : +-----------------+ | duration: 801ms | @@ -185,9 +266,62 @@ | duration: 326ms | +-----------------+ -La diff�rence entre le premier et le dernier test atteint quasiment la demi seconde soit plus de 150% du temps n�cessaire au final pour l'op�ration. +La diff�rence entre le premier et le dernier test atteint quasiment la demi +seconde soit plus de 150% du temps n�cessaire au final pour l'op�ration. + R�capitulatif ------------- +Les tests effectu�s se sont montr�s r�v�lateurs. +Net +--- + +Cette solution s'est montr�e moins efficace que les autres. La diff�rence n'est +pas pour autant dramatique puisque les temps restent tout � fait corrects. + +Cette approche n'a pas que des inconv�nients. En effet, la mise en place de la +solution r�seau est plus simple compar�e � JNI et b�n�ficie �galement d'un temps +d'initialisation beaucoup plus faible. A ne pas oublier aussi que le r�seau +offre la possibilit� de mobiliser une seconde machine pour effectuer les calculs +en R, ce qui permettra encore d'am�liorer les performances. A noter cependant +que les performances de la solution r�seau s'am�liorent avec le temps. Ceci +signifie que la solution perd de son inter�t seulement si quelques rares appels +sont effectu�s. + +JNI +--- + +La solution JNI a fait ses preuves sur les diff�rents tests. Il s'est av�r� que +les temps d'appels �taient toujours inf�rieurs � la solution r�seau. + +N�anmoins, la solution JNI n'a pas que des avantages. La mise en place, par +exemple, est plus complexe car elle n�cessite une recompilation des sources JNI. +On perd ainsi un peu de la portabilit� de Java. D'autre part, la premi�re +initialisation de JNI s'av�re particuli�rement longue (une demi seconde) surtout +si elle est compar�e � la solution r�seau. + +Java +---- + +La comparaison n'a que peu d'inter�t mais permet de faire ressortir la puissance +de Java qui par le biais d'optimisations parvient � devancer R sur de nombreux +calculs. + +Il n'en reste pas moins que l'utilisation de R a des avantages. Les tests +effectu�s ici ne se basaient que sur des calculs simples. En appelant des +fonctions plus optimis�es de R voire des librairies sp�cifiques, Java ne +pourraient certainement plus rivaliser avec R. + +Conclusion +========== + +Les deux principales solutions �tudi�es (JNI et r�seau) ont toutes deux montr�s +des avantages et inconv�nients et fait ressortir des cas dans lesquels elles +sont pr�f�rables � l'autre. + +Difficile donc de faire un choix. C'est pourquoi ce choix est laiss� � +l'utilisateur avec la librairie LutinJ2R qui propose une interface unifi�e pour +acc�der aux fonctionnalit�s de R permettant ainsi de choisir � la vol�e quelle +solution utiliser.

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[LutinJ2R-commits] r2 - / doc doc/img src/java/org/codelutin/j2r src/java/org/codelutin/j2r/jni src/java/org/codelutin/j2r/net src/test/org/codelutin/j2r
by thimel＠users.labs.libre-entreprise.org 28 Aug '06

28 Aug '06

Author: thimel Date: 2006-08-28 17:13:03 +0000 (Mon, 28 Aug 2006) New Revision: 2 Added: doc/ doc/etude.rst doc/img/ doc/img/testB-results.png doc/installation.rst doc/resultats.ods doc/results-mesuresSimple.ods src/test/org/codelutin/j2r/JPurTest.java src/test/org/codelutin/j2r/LutinTimer.java src/test/org/codelutin/j2r/TestConstants.java Modified: pom.xml src/java/org/codelutin/j2r/REngine.java src/java/org/codelutin/j2r/RException.java src/java/org/codelutin/j2r/RProxy.java src/java/org/codelutin/j2r/jni/RJniEngine.java src/java/org/codelutin/j2r/net/RNetEngine.java src/test/org/codelutin/j2r/JNITest.java src/test/org/codelutin/j2r/NetTest.java Log: Suite des devs Ajout des tests Added: doc/etude.rst =================================================================== --- doc/etude.rst 2006-08-23 16:14:42 UTC (rev 1) +++ doc/etude.rst 2006-08-28 17:13:03 UTC (rev 2) @@ -0,0 +1,193 @@ +Introduction +============ + +Ce document a pour but de comparer les diff�rentes solutions envisageables pour l'utilisation de R en Java. + +R est un outil libre de calculs et cr�ation de graphiques li�s aux statistiques. Il pr�sente l'avantage non n�gligeable d'�tre optimis� pour bon nombre de calculs. Cependant, R n'est pas �crit en Java et ne permet donc pas d'�tre directement utilis� dans une application Java. + +Heureusement, R est un projet tr�s modulaire et permet par le biais d'extensions d'ouvrir son moteur � d'autres appplications. En Java, deux possibilit�s s'offrent � nous : + - Acc�s par le r�seau : L'application envoie des requ�tes par le r�seau � une extension de R faisant office de serveur, laquelle renvoie par la suite les r�sultats obtenus. + - Acc�s par une librairie JNI : Il s'agit d'�crire du code en un langage autre que Java qui sera compil� et exc�cut� par la machine plut�t qu'interpr�t�. Gr�ce � JNI, il est ensuite possible d'appeler ce code depuis une application Java. + +Le pr�sent document va donc comparer ces deux solutions afin de d�terminer laquelle est la plus adapt�e. Afin d'effectuer une comparaison plus pertinente, ces solutions seront compar�es, lorsque c'est possible, � l'utilisation de R seul (sans Java) et Java seul (sans R). + + +R�sultats attendus +================== + +Chacune des solutions a ses avantages et ses inconv�nients qui entreront dans la d�cision finale. Avant m�me de commencer, la nature m�me des solutions sugg�re certains r�sultats qu'il faudra v�rifier : + + - Les temps de r�ponse obtenus en R pur seront inf�rieurs aux solutions r�seau et JNI. Le contraire serait �tonnant dans la mesure o� l'utilisation de R pur est la seule solution n'impliquant pas de technologie tierce. + - Les appels JNI devraient prendre moins de temps que les appels r�seau. L'utilisation des interfaces r�seau est reconnue est informatique pour �tre un point qui ralenti souvent les applications. + - Certaines calculs simples effectu�s en Java pur pourraient parfois s'av�rer plus rapide. Cependant, des calculs plus complexes comme des calculs matriciels devraient faire ressortir l'avantage de R. + + +Consid�rations techniques +========================= + +R�seau +------ + +Par d�faut, R n'int�gre aucune interface r�seau, et ne peut donc �tre utilis� � distance. Il existe une extension du nom de 'Rserve' permettant d'ajouter � R la possibilit� de recevoir et traiter des requ�tes TCP/IP, le rendant ainsi accessible � tous types de langages. + +Avantages : R non n�cessaire sur la machine cliente, d�l�gation des calculs � une machine tierce, appli 100% portable +Inconv�nients : Rserve a installer sur le serveur + +JNI +--- + +L'utilisation de JNI implique la cr�ation d'une librarie d�pendante du syst�me. On perd donc un peu de la portabilit� du Java. + +Avantages : Installation basique de R +Inconv�nients : M�me machine, n�cessite des param�tres de d�marrage de l'application Java, l'application Java n'est plus 100% portable car cr�ation/compilation d'une librairie n�cessaire. + + +D�roulement (protocole) des tests +================================= + +Le but des tests est de faire ressortir le co�t de chacune des solutions de mani�re � d�terminer laquelle pourrait �tre la meilleure, mais surtout les conditions, s'il y en a, dans lesquelles telle ou telle solution est meilleure. + +Deux types de tests ont �t� effectu�s. + - Le permier consiste � envoyer de tr�s petits calculs � R et ce beaucoup de fois de suite. On obtient donc une moyenne pour chacune des solutions ce qui permettra d'�valuer le co�t de chaque m�thode. + - Le second se base sur la quantit� de donn�es � v�hiculer. Il s'agit donc l� de calculs plus long mais surtout g�n�rant un plus gros volume de donn�es. Plusieurs mesures seront effectu�es avec des tailles croissantes afin d'�valuer l'impact de l'augmentation volum�trique. + - Le dernier test est surtout informatif et ne fera ressortir que le temps n�cessaires � initialiser chacune des solutions �tudi�es. + +A noter que : + De fa�on � ne pas trop laisser libre cours aux optimisations des diff�rentes plateformes, les calculs r�p�t�s sont volotairement changeants au sein d'un m�me test (il restent n�anmoins identiques entre les tests). + + +R�sultats des tests +=================== + +Tous les temps sont mesur�s en milli-secondes : + +Test A - Calculs rapides +------------------------ + ++------------+--------+--------+--------+--------+ +| | Java | Net | JNI | R | ++============+========+========+========+========+ +| Moyenne | | 241,06 | 233,56 | 230,83 | ++------------+--------+--------+--------+--------+ +| Ecart-type | | 18,65 | 11,99 | | ++------------+--------+--------+--------+--------+ + + +Test B - Volumes importants +--------------------------- + ++------------+--------+--------+--------+--------+ +| | Java | Net | JNI | R | ++============+========+========+========+========+ +| 50 | 0,00 | 1,00 | 1,33 | | ++------------+--------+--------+--------+--------+ +| 500 | 0,00 | 3,00 | 1,33 | | ++------------+--------+--------+--------+--------+ +| 5000 | 1,00 | 13,00 | 3,33 | | ++------------+--------+--------+--------+--------+ +| 50000 | 24,20 | 33,50 | 8,00 | | ++------------+--------+--------+--------+--------+ +| 100000 | 60,20 | 118,00 | 79,00 | | ++------------+--------+--------+--------+--------+ +| 200000 | 66,60 | 142,00 | 116,00 | | ++------------+--------+--------+--------+--------+ +| 500000 | 89,00 | 330,00 | 189,00 | | ++------------+--------+--------+--------+--------+ +| 1000000 | 94,00 | 620,00 | 282,00 | | ++------------+--------+--------+--------+--------+ + + +Test C - Temps d'initialisation +------------------------------- + ++------------+--------+--------+--------+--------+ +| | Java | Net | JNI | R | ++============+========+========+========+========+ +| Init. | | 22,10 | 571,10 | | ++------------+--------+--------+--------+--------+ + + +Exploitation des r�sultats +========================== + +Les tests �tant effectu�s, il faut maintenant les interpr�ter et en tirer des conclusions. + +Test A - Calculs rapides +------------------------ + +Le premier test avait pour but d'isoler le co�t de chaque appel � R. +La comparason avec du Java pur n'avait ici aucun int�ret dans la mesure ou le but est de calculer le temps d'appel � R. + +Premi�rement, l'op�ration est r�alis�e en R pur afin d'avoir un temps de base : 229.83ms. +A partir de l�, on peut estimer que le temps n�cessaire � chaque technologie. +Ainsi, un appel JNI est en moyenne d'un peu moins de 3ms (2.73ms), alors que par le r�seau, il faut plus de 10ms (10,23ms), soit un ecart d'environ 7ms en faveur de JNI. + +La diff�rence est relativement faible, elle ne repr�sente ici que 3%, mais r�p�t� � grande �chelle elle peut �tre p�nalisante. Si par exemple 100.000 appels cons�cutifs sont n�cessaires, la diff�rence se monte � 700 secondes soit 11 minutes et 40 secondes ce qui peut �tre �norme pour des simulateurs par exemple. + +Pour ce test, l'�cart-type �tait mesur� afin d'estimer la r�partition des valeurs. +L'�cart-type nous permet ici de constater que la r�partition des valeurs avec JNI est plus proche de la moyenne que par le r�seau. La solution r�seau est donc plus sensible aux variations de temps. + + +Test B - Volumes importants +--------------------------- + +La deuxi�me s�rie de tests veut mettre en valeur l'�volution des temps n�cessaires avec l'augmentation du volume de donn�es. +Inversement au pr�c�dent test, c'est la solution R pur qui n'a ici pas de sens puisqu'on cherche � �valuer l'impact d'un passqge de Java � R. + +L'op�ration r�alis�e pour ce test est un simple produit scalaire entre deux vecteurs dont la taille va augmenter progressivement. Le graphique ci-dessous permet de voir instantann�ment la mani�re dont �voluent ces technologies : + +.. image:: img/testB-results.png + :alt: Evolution des temps de r�ponse + +L'�tude de l'�volution des temps de r�ponse s'av�re r�v�latrice. + +A faibles volumes de donn�es, les r�sultats des 3 solutions sont comparables. + +Cependant, la solution r�seau montre vite ses faiblesses. D�s l'utilisation de vecteurs d'une taille de 5.000 chiffres la comparaison devient ridicule tant les temps n�cessaires pour transf�rer les vecteurs prend le pas sur le calcul. Pour le reste de ce test, le r�seau restera toujours la solution la moins adapt�e. + +Du c�t� de JNI, la solution s'av�re beaucoup plus pertinente. R sur JNI s'offre m�me le luxe de battre Java sur certaines tailles ce qui est tr�s flatteur si on tient compte du fait que les r�sultats doivent �tre convertis de R � Java afin d'�tre exploitables. La solution se montre donc viable mais uniquement jusqu'� ce que la taille des vecteurs depasse les 100.000 chiffres. Les optimisations de Java prennent alors le dessus et affichent des temps bien inf�rieurs. + +Enfin le dernier test sur des vecteurs d'une taille de 1.000.000 de chiffres indique des temps qui, m�me s'ils ne sont plus comparables � Java (94ms), restent honorables. La solution JNI n�cessite 282ms pour effectuer le calcul et le renvoyer � Java, ce qui signifie qu'il est toujours possible d'effectuer 3 produits scalaires sur des vecteurs d'un million d'entr�es en moins d'une seconde. Le temps n�cessaire � la solution r�seau (620ms) n'est pas non plus ridicule compte tenu de la taille des donn�es � traiter. La solution r�seau souffre simplement de temps de transfert trop longs qui sont le reflet habituel de l'utilisation des r�seaux. + +Test C - Temps d'initialisation +------------------------------- + +Le temps d'initialisation repr�sente le temps n�cessaire � la premi�re utilisation de l'application avant de pouvoir acc�der � R. Il peut parraitre annodin, mais en r�alit� il peut s'av�rer primordial dans le choix de la solution � utiliser. + +Si les tests pr�c�dents n'ont pas �t� en faveur de la solution r�seau, ce test l� montre que l'initialisation de JNI prend en moyenne 550ms de plus que l'initialisation du r�seau. Cette diff�rence peut s'av�rer cruciale si les calculs � effectuer sont petits et peu r�p�t�s. + +Notes +----- + +Certains faits n'apparaissent pas dans les chiffres pr�c�demment cit�s mais peuvent �galement pencher dans la balance. + +Par exemple, les diff�rents tests ont fait ressortir que la solution r�seau n�cessite un "temps de chauffe". Un simple test r�p�t� 10 fois de suite peut le mettre en �vidence. Chaque ligne suivante repr�sente l'�volution d'un m�me test : + ++-----------------+ +| duration: 801ms | ++-----------------+ +| duration: 700ms | ++-----------------+ +| duration: 638ms | ++-----------------+ +| duration: 584ms | ++-----------------+ +| duration: 642ms | ++-----------------+ +| duration: 581ms | ++-----------------+ +| duration: 415ms | ++-----------------+ +| duration: 323ms | ++-----------------+ +| duration: 321ms | ++-----------------+ +| duration: 326ms | ++-----------------+ + +La diff�rence entre le premier et le dernier test atteint quasiment la demi seconde soit plus de 150% du temps n�cessaire au final pour l'op�ration. + +R�capitulatif +------------- + + Added: doc/img/testB-results.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: doc/img/testB-results.png ___________________________________________________________________ Name: svn:mime-type + application/octet-stream Added: doc/installation.rst =================================================================== Added: doc/resultats.ods =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: doc/resultats.ods ___________________________________________________________________ Name: svn:mime-type + application/octet-stream Added: doc/results-mesuresSimple.ods =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: doc/results-mesuresSimple.ods ___________________________________________________________________ Name: svn:mime-type + application/octet-stream Modified: pom.xml =================================================================== --- pom.xml 2006-08-23 16:14:42 UTC (rev 1) +++ pom.xml 2006-08-28 17:13:03 UTC (rev 2) @@ -24,8 +24,7 @@  <description> - Librairie permettant d'utiliser R en Java, que ce soit par -le Network ou en JNI. + Librairie permettant d'utiliser R en Java, que ce soit par le Network ou en JNI. </description> <inceptionYear>2006</inceptionYear> @@ -45,13 +44,13 @@ <dependency> <groupId>externallib</groupId> <artifactId>JRclient</artifactId> - <version>RE817</version> + <version>RF503</version> <scope>compile</scope> </dependency> <dependency> <groupId>externallib</groupId> <artifactId>JRI</artifactId> - <version>0.2-4</version> + <version>0.2-4-cl</version> <scope>compile</scope> </dependency> </dependencies> Modified: src/java/org/codelutin/j2r/REngine.java =================================================================== --- src/java/org/codelutin/j2r/REngine.java 2006-08-23 16:14:42 UTC (rev 1) +++ src/java/org/codelutin/j2r/REngine.java 2006-08-28 17:13:03 UTC (rev 2) @@ -33,7 +33,8 @@ package org.codelutin.j2r; /** - * + * Cette interface est le point commun entre les differentes technologies + * utilisees pour l'acces a R */ public interface REngine { @@ -46,6 +47,8 @@ */ public Object eval(String expr) throws RException; + public void voidEval(String expr) throws RException; + public void terminate() throws RException; } //RJniEngine Modified: src/java/org/codelutin/j2r/RException.java =================================================================== --- src/java/org/codelutin/j2r/RException.java 2006-08-23 16:14:42 UTC (rev 1) +++ src/java/org/codelutin/j2r/RException.java 2006-08-28 17:13:03 UTC (rev 2) @@ -21,7 +21,7 @@ /* * * RException.java * -* Created: 22 ao�t 06 +* Created: 22 aout 06 * * @author Arnaud Thimel <thimel(a)codelutin.com> * @version $Revision: $ Modified: src/java/org/codelutin/j2r/RProxy.java =================================================================== --- src/java/org/codelutin/j2r/RProxy.java 2006-08-23 16:14:42 UTC (rev 1) +++ src/java/org/codelutin/j2r/RProxy.java 2006-08-28 17:13:03 UTC (rev 2) @@ -135,4 +135,13 @@ } } + public void voidEval(String expr) throws RException { + if (engine == null) { + log.fatal("The R Proxy is not initialized. An error probably " + + "occured during the initialization."); + return; + } + engine.voidEval(expr); + } + } //RProxy Modified: src/java/org/codelutin/j2r/jni/RJniEngine.java =================================================================== --- src/java/org/codelutin/j2r/jni/RJniEngine.java 2006-08-23 16:14:42 UTC (rev 1) +++ src/java/org/codelutin/j2r/jni/RJniEngine.java 2006-08-28 17:13:03 UTC (rev 2) @@ -52,12 +52,17 @@ * @see org.codelutin.j2r.REngine#init() */ public boolean init() { - String[] args = { "--no-save" }; - engine = new Rengine(args, false, null); - if (!engine.waitForR()) { - if (log.isErrorEnabled()) { - log.error("Cannot load the R engine"); + try { + String[] args = { "--no-save" }; + engine = new Rengine(args, false, null); + if (!engine.waitForR()) { + if (log.isErrorEnabled()) { + log.error("Cannot load the R engine"); + } + return false; } + } catch (Throwable twable) { + log.error("An error occured during R/JNI initialization.", twable); return false; } return true; @@ -80,6 +85,10 @@ } private Object convertResult(REXP rexp) { + if (rexp == null) { + log.debug("Null returned"); + return null; + } if (log.isDebugEnabled()) { log.debug("Converting : " + rexp.toString()); } @@ -119,4 +128,16 @@ } } + /* (non-Javadoc) + * @see org.codelutin.j2r.REngine#voidEval(java.lang.String) + */ + public void voidEval(String expr) throws RException { + //voidEval is not really supproted by JRI, we just discard the result conversion + try { + engine.eval(expr); + }catch (Exception eee) { + throw new RException("An error occured while voidEval on JNI", eee); + } + } + } // RJniEngine Modified: src/java/org/codelutin/j2r/net/RNetEngine.java =================================================================== --- src/java/org/codelutin/j2r/net/RNetEngine.java 2006-08-23 16:14:42 UTC (rev 1) +++ src/java/org/codelutin/j2r/net/RNetEngine.java 2006-08-28 17:13:03 UTC (rev 2) @@ -21,7 +21,7 @@ /* * * RNetEngine.java * -* Created: 22 ao�t 06 +* Created: 22 aout 06 * * @author Arnaud Thimel <thimel(a)codelutin.com> * @version $Revision: $ @@ -61,7 +61,10 @@ try { conn = new Rconnection(host, port); } catch (RSrvException e) { - e.printStackTrace(); + log.error("Unable to establish a connection to the R server. " + + "Maybe you forgot to start it. " + + "Try using the command \"R CMD Rserve\"."); + return false; } return true; } @@ -80,6 +83,10 @@ } private Object convertResult(REXP rexp) { + if (rexp == null) { + log.debug("Null returned"); + return null; + } if (log.isDebugEnabled()) { log.debug("Converting : " + rexp.toString()); } @@ -128,4 +135,15 @@ } } + /* (non-Javadoc) + * @see org.codelutin.j2r.REngine#voidEval(java.lang.String) + */ + public void voidEval(String expr) throws RException { + try { + conn.voidEval(expr); + } catch (RSrvException rse) { + throw new RException("An error occured while voidEval on net", rse); + } + } + } //RNetEngine Modified: src/test/org/codelutin/j2r/JNITest.java =================================================================== --- src/test/org/codelutin/j2r/JNITest.java 2006-08-23 16:14:42 UTC (rev 1) +++ src/test/org/codelutin/j2r/JNITest.java 2006-08-28 17:13:03 UTC (rev 2) @@ -32,37 +32,81 @@ package org.codelutin.j2r; + +import static org.codelutin.j2r.TestConstants.*; + import junit.framework.TestCase; public class JNITest extends TestCase { - private REngine engine; + private REngine engine; @Override protected void setUp() throws Exception { + LutinTimer init = new LutinTimer(); + init.startTiming(); System.setProperty("R.type", "jni"); if (engine == null) { engine = new RProxy(); } + System.err.println("jni init: " + init.endTiming() + "ms"); } @Override protected void tearDown() throws Exception { engine.terminate(); } +// +// public void testDouble() throws Exception { +// assertEquals(5.0, engine.eval("5.0")); +// } +// +// public void testIntArray() throws Exception { +// Object result = engine.eval("5:10"); +// assertEquals(int[].class, result.getClass()); +// int[] intArray = (int[])result; +// assertEquals(6, intArray.length); +// for (int i=5; i<11; i++) { +// assertEquals(i, intArray[i-5]); +// } +// } - public void testDouble() throws Exception { - assertEquals(5.0, engine.eval("5.0")); - } + public void testSimpleOp() throws Exception { + LutinTimer t = new LutinTimer(); + for (int loop=0; loop<S_NB_LOOPS; loop++) { + engine.voidEval("t<-0"); + t.startTiming(); + engine.voidEval(S_OP); + t.endTiming(); + System.err.println((Double)engine.eval("t")); + } + double[] results = t.computeResults(); + System.err.println("min: " + results[0]); + System.err.println("avg: " + results[1]); + System.err.println("max: " + results[2]); + System.err.println("etype: " + results[3]); + } - public void testIntArray() throws Exception { - Object result = engine.eval("5:10"); - assertEquals(int[].class, result.getClass()); - int[] intArray = (int[])result; - assertEquals(6, intArray.length); - for (int i=5; i<11; i++) { - assertEquals(i, intArray[i-5]); - } - } + public void testVector() throws Exception { + System.err.println(V_OP_R); + for (int loop=0; loop<V_NB_LOOPS; loop++) { + LutinTimer t = new LutinTimer(); + t.startTiming(); + engine.voidEval(V_OP_A); + engine.voidEval(V_OP_B); + double[] r = (double[])engine.eval(V_OP_AB); + long end = t.endTiming(); + System.err.println("duration: " + end); + double sum = 0.0; + for (int i=0; i<r.length; i++) { + // if (i%10000==0) { + // System.err.println(r[i]); + // } + sum += r[i]; + } +// System.err.println("sum: " + sum); +// System.err.println(r.length); + } + } } //NetTest Added: src/test/org/codelutin/j2r/JPurTest.java =================================================================== --- src/test/org/codelutin/j2r/JPurTest.java 2006-08-23 16:14:42 UTC (rev 1) +++ src/test/org/codelutin/j2r/JPurTest.java 2006-08-28 17:13:03 UTC (rev 2) @@ -0,0 +1,89 @@ +/* *##% +* Copyright (C) 2002, 2003, 2004, 2005, 2006 Code Lutin, +* Cedric Pineau, Benjamin Poussin, Arnaud Thimel +* +* +* This program is free software; you can redistribute it and/or +* modify it under the terms of the GNU General Public License +* as published by the Free Software Foundation; either version 2 +* of the License, or (at your option) any later version. +* +* This program is distributed in the hope that it will be useful, +* but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of +* MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the +* GNU General Public License for more details. +* +* You should have received a copy of the GNU General Public License +* along with this program; if not, write to the Free Software +* Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330, Boston, MA 02111-1307, USA. +*##%*/ + +/* * +* JPurTest.java +* +* Created: 25 ao�t 06 +* +* @author Arnaud Thimel <thimel(a)codelutin.com> +* @version $Revision: $ +* +* Mise a jour: $Date: $ +* par : $Author: $ +*/ + +package org.codelutin.j2r; + +import static org.codelutin.j2r.TestConstants.*; +import junit.framework.TestCase; + + +public class JPurTest extends TestCase { + + public void testSimpleOp() throws Exception { + LutinTimer lt = new LutinTimer(); + for (int loop=0; loop<S_NB_LOOPS; loop++) { + int t=0; + lt.startTiming(); + while (t<S_T_MAX) { + t += 2; + t *= 2; + t /= 2; + } + lt.endTiming(); + } + double[] results = lt.computeResults(); + System.err.println("min: " + results[0]); + System.err.println("avg: " + results[1]); + System.err.println("max: " + results[2]); + System.err.println("etype: " + results[3]); + } + + public void testVector() throws Exception { + for (int loop=0; loop<V_NB_LOOPS; loop++) { + LutinTimer lt = new LutinTimer(); + lt.startTiming(); + double[] a = new double[V_MAX]; + double[] b = new double[V_MAX]; + for (int i=0; i<a.length; i++) { + a[i] = (i + 0.5); + b[i] = ((V_MAX-0.5)-i); + } + + double[] r = new double[V_MAX]; + for (int i=0; i<a.length; i++) { + r[i] = a[i] * b[i]; + } + long end = lt.endTiming(); + System.err.println("duration: " + end); + double sum = 0.0; + for (int i=0; i<r.length; i++) { + // if (i%10000==0) { + // System.err.println(r[i]); + // } + sum += r[i]; + } +// System.err.println("sum: " + sum); +// System.err.println(r.length); + } + } + +} Added: src/test/org/codelutin/j2r/LutinTimer.java =================================================================== --- src/test/org/codelutin/j2r/LutinTimer.java 2006-08-23 16:14:42 UTC (rev 1) +++ src/test/org/codelutin/j2r/LutinTimer.java 2006-08-28 17:13:03 UTC (rev 2) @@ -0,0 +1,112 @@ +/* *##% +* Copyright (C) 2002, 2003, 2004, 2005 Code Lutin, +* C�dric Pineau, Benjamin Poussin, +* +* +* This program is free software; you can redistribute it and/or +* modify it under the terms of the GNU General Public License +* as published by the Free Software Foundation; either version 2 +* of the License, or (at your option) any later version. +* +* This program is distributed in the hope that it will be useful, +* but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of +* MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the +* GNU General Public License for more details. +* +* You should have received a copy of the GNU General Public License +* along with this program; if not, write to the Free Software +* Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330, Boston, MA 02111-1307, USA. +*##%*/ + +/* * +* Timer.java +* +* Created: 18 ao�t 2006 +* +* @author Arnaud Thimel <thimel(a)codelutin.com> +* @version $Revision: $ +* +* Mise a jour: $Date: $ +* par : $Author: $ +*/ + +package org.codelutin.j2r; + +import java.util.ArrayList; +import java.util.List; + +import org.apache.commons.logging.Log; +import org.apache.commons.logging.LogFactory; + +public class LutinTimer { + + private static Log log = LogFactory.getLog(LutinTimer.class); + + private List<Long> times = new ArrayList<Long>(); + private long currentStart = -1; + + public void startTiming() { + currentStart = System.currentTimeMillis(); + } + + public long endTiming() { + if (currentStart == -1) { + System.err.println("Timer didn't start..."); + return -1; + } + long end = System.currentTimeMillis(); + long duration = end - currentStart; + currentStart = -1; + times.add(duration); + return duration; + } + + public void markTiming() { + if (currentStart == -1) { + startTiming(); + return; + } + long end = System.currentTimeMillis(); + long duration = end - currentStart; + currentStart = end; + times.add(duration); + } + + public void reset() { + currentStart = -1; + times.clear(); + } + + public double[] computeResults() { + if (times.size() == 0) { + System.err.println("To time saved"); + return null; + } + long min = Long.MAX_VALUE; + long max = Long.MIN_VALUE; + long total = 0; + for (long time : times ){ + if (time > max) { + max = time; + } + if (time < min) { + min = time; + } + total += time; + } + double avg = (((double)total) / times.size()); + double etype = 0; + for (long time : times) { + etype += Math.pow(((double)time) - avg, 2); + } + etype /= times.size(); + etype = Math.sqrt(etype); + double[] results = new double[4]; + results[0] = min; + results[1] = avg; + results[2] = max; + results[3] = etype; + return results; + } + +} //Timer Modified: src/test/org/codelutin/j2r/NetTest.java =================================================================== --- src/test/org/codelutin/j2r/NetTest.java 2006-08-23 16:14:42 UTC (rev 1) +++ src/test/org/codelutin/j2r/NetTest.java 2006-08-28 17:13:03 UTC (rev 2) @@ -32,6 +32,8 @@ package org.codelutin.j2r; +import static org.codelutin.j2r.TestConstants.*; + import junit.framework.TestCase; public class NetTest extends TestCase { @@ -40,24 +42,65 @@ @Override protected void setUp() throws Exception { + LutinTimer init = new LutinTimer(); + init.startTiming(); System.setProperty("R.type", "net"); if (engine == null) { engine = new RProxy(); } + System.err.println("net init: " + init.endTiming() + "ms"); } +// +// public void testDouble() throws Exception { +// assertEquals(5.0, engine.eval("5.0")); +// } +// +// public void testIntArray() throws Exception { +// Object result = engine.eval("5:10"); +// assertNotNull(result); +// assertEquals(int[].class, result.getClass()); +// int[] intArray = (int[])result; +// assertEquals(6, intArray.length); +// for (int i=5; i<11; i++) { +// assertEquals(i, intArray[i-5]); +// } +// } - public void testDouble() throws Exception { - assertEquals(5.0, engine.eval("5.0")); - } + public void testSimpleOp() throws Exception { + LutinTimer t = new LutinTimer(); + for (int loop=0; loop<S_NB_LOOPS; loop++) { + engine.voidEval("t<-0"); + t.startTiming(); + engine.voidEval(S_OP); + t.endTiming(); + System.err.println((Double)engine.eval("t")); + } + double[] results = t.computeResults(); + System.err.println("min: " + results[0]); + System.err.println("avg: " + results[1]); + System.err.println("max: " + results[2]); + System.err.println("etype: " + results[3]); + } - public void testIntArray() throws Exception { - Object result = engine.eval("5:10"); - assertEquals(int[].class, result.getClass()); - int[] intArray = (int[])result; - assertEquals(6, intArray.length); - for (int i=5; i<11; i++) { - assertEquals(i, intArray[i-5]); - } - } + public void testVector() throws Exception { + for (int loop=0; loop<V_NB_LOOPS; loop++) { + LutinTimer t = new LutinTimer(); + t.startTiming(); + engine.voidEval(V_OP_A); + engine.voidEval(V_OP_B); + double[] r = (double[])engine.eval(V_OP_AB); + long end = t.endTiming(); + System.err.println("duration: " + end); + double sum = 0.0; + for (int i=0; i<r.length; i++) { + // if (i%10000==0) { + // System.err.println(r[i]); + // } + sum += r[i]; + } +// System.err.println("sum: " + sum); +// System.err.println(r.length); + } + } } //NetTest Added: src/test/org/codelutin/j2r/TestConstants.java =================================================================== --- src/test/org/codelutin/j2r/TestConstants.java 2006-08-23 16:14:42 UTC (rev 1) +++ src/test/org/codelutin/j2r/TestConstants.java 2006-08-28 17:13:03 UTC (rev 2) @@ -0,0 +1,58 @@ +/* *##% +* Copyright (C) 2002, 2003, 2004, 2005, 2006 Code Lutin, +* Cedric Pineau, Benjamin Poussin, Arnaud Thimel +* +* +* This program is free software; you can redistribute it and/or +* modify it under the terms of the GNU General Public License +* as published by the Free Software Foundation; either version 2 +* of the License, or (at your option) any later version. +* +* This program is distributed in the hope that it will be useful, +* but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of +* MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the +* GNU General Public License for more details. +* +* You should have received a copy of the GNU General Public License +* along with this program; if not, write to the Free Software +* Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330, Boston, MA 02111-1307, USA. +*##%*/ + +/* * +* TestConstants.java +* +* Created: 25 ao�t 06 +* +* @author Arnaud Thimel <thimel(a)codelutin.com> +* @version $Revision: $ +* +* Mise a jour: $Date: $ +* par : $Author: $ +*/ + +package org.codelutin.j2r; + +public class TestConstants { + + /* + * Constants for simple operations + */ + public static final int S_T_MAX = 100000; + + public static final String S_OP = "while (t<" + S_T_MAX + ") {t<-t+2; t<-t*2; t<-t/2;}"; + + public static final int S_NB_LOOPS = 5; + + /* + * Constants for volumetric operations + */ + public static final int V_MAX = 50000; + + public static final String V_OP_A = "a<-0.5:"+(V_MAX-0.5); + public static final String V_OP_B = "b<-"+(V_MAX-0.5)+":0.5"; + public static final String V_OP_AB = "r<-a*b"; + public static final String V_OP_R = V_OP_A + "; " + V_OP_B + "; " + V_OP_AB; + + public static final int V_NB_LOOPS = 10; + +} //TestConstants

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[LutinJ2R-commits] r1 - / .settings site src src/java src/java/org src/java/org/codelutin src/java/org/codelutin/j2r src/java/org/codelutin/j2r/jni src/java/org/codelutin/j2r/net src/resources src/test src/test/org src/test/org/codelutin src/test/org/codelutin/j2r target target/classes target/classes/org target/classes/org/codelutin target/classes/org/codelutin/j2r target/classes/org/codelutin/j2r/jni target/classes/org/codelutin/j2r/net target/test-classes target/test-classes/org target/test-classes/org/co
by thimel＠users.labs.libre-entreprise.org 23 Aug '06

23 Aug '06

Author: thimel Date: 2006-08-23 16:14:42 +0000 (Wed, 23 Aug 2006) New Revision: 1 Added: .build Lutin utilities library.launch .classpath .cvsignore .project .settings/ .settings/org.eclipse.jdt.core.prefs LICENSE.txt pom.xml profiles.xml site/ site/site.xml src/ src/java/ src/java/org/ src/java/org/codelutin/ src/java/org/codelutin/j2r/ src/java/org/codelutin/j2r/REngine.java src/java/org/codelutin/j2r/RException.java src/java/org/codelutin/j2r/RProxy.java src/java/org/codelutin/j2r/jni/ src/java/org/codelutin/j2r/jni/RJniEngine.java src/java/org/codelutin/j2r/net/ src/java/org/codelutin/j2r/net/RNetEngine.java src/resources/ src/resources/libjri.so src/resources/log4j.properties src/test/ src/test/org/ src/test/org/codelutin/ src/test/org/codelutin/j2r/ src/test/org/codelutin/j2r/JNITest.java src/test/org/codelutin/j2r/NetTest.java target/ target/classes/ target/classes/libjri.so target/classes/log4j.properties target/classes/org/ target/classes/org/codelutin/ target/classes/org/codelutin/j2r/ target/classes/org/codelutin/j2r/REngine.class target/classes/org/codelutin/j2r/RException.class target/classes/org/codelutin/j2r/RProxy.class target/classes/org/codelutin/j2r/jni/ target/classes/org/codelutin/j2r/jni/RJniEngine.class target/classes/org/codelutin/j2r/net/ target/classes/org/codelutin/j2r/net/RNetEngine.class target/test-classes/ target/test-classes/org/ target/test-classes/org/codelutin/ target/test-classes/org/codelutin/j2r/ target/test-classes/org/codelutin/j2r/JNITest.class target/test-classes/org/codelutin/j2r/NetTest.class Log: Ajout initial sur le repository Added: .build Lutin utilities library.launch =================================================================== --- .build Lutin utilities library.launch 2006-08-22 17:21:04 UTC (rev 0) +++ .build Lutin utilities library.launch 2006-08-23 16:14:42 UTC (rev 1) @@ -0,0 +1,10 @@ +<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?> +<launchConfiguration type="org.eclipse.ui.externaltools.ProgramLaunchConfigurationType"> +<stringAttribute key="org.eclipse.ui.externaltools.ATTR_TOOL_ARGUMENTS" value="jar"/> +<stringAttribute key="org.eclipse.ui.externaltools.ATTR_REFRESH_SCOPE" value="${project}"/> +<stringAttribute key="org.eclipse.debug.ui.target_debug_perspective" value="perspective_default"/> +<stringAttribute key="org.eclipse.ui.externaltools.ATTR_WORKING_DIRECTORY" value="${workspace_loc:/Lutin utilities library}"/> +<stringAttribute key="org.eclipse.ui.externaltools.ATTR_LOCATION" value="/opt/maven/bin/maven"/> +<booleanAttribute key="org.eclipse.debug.core.appendEnvironmentVariables" value="true"/> +<stringAttribute key="org.eclipse.debug.ui.target_run_perspective" value="perspective_default"/> +</launchConfiguration> Added: .classpath =================================================================== --- .classpath 2006-08-22 17:21:04 UTC (rev 0) +++ .classpath 2006-08-23 16:14:42 UTC (rev 1) @@ -0,0 +1,16 @@ +<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?> +<classpath> + <classpathentry kind="src" path="src/java"/> + <classpathentry kind="src" path="src/resources"/> + <classpathentry output="target/test-classes" kind="src" path="src/test"/> + <classpathentry kind="con" path="org.eclipse.jdt.launching.JRE_CONTAINER"/> + <classpathentry kind="var" path="M2_REPO/logkit/logkit/1.0.1/logkit-1.0.1.jar"/> + <classpathentry kind="var" path="M2_REPO/externallib/JRI/0.2-4/JRI-0.2-4-cl.jar"/> + <classpathentry kind="var" path="M2_REPO/avalon-framework/avalon-framework/4.1.3/avalon-framework-4.1.3.jar"/> + <classpathentry kind="var" path="M2_REPO/javax/servlet/servlet-api/2.3/servlet-api-2.3.jar"/> + <classpathentry kind="var" path="M2_REPO/junit/junit/3.8.1/junit-3.8.1.jar"/> + <classpathentry kind="var" path="M2_REPO/externallib/JRclient/RE817/JRclient-RE817.jar"/> + <classpathentry kind="var" path="M2_REPO/commons-logging/commons-logging/1.1/commons-logging-1.1.jar"/> + <classpathentry kind="var" path="M2_REPO/log4j/log4j/1.2.12/log4j-1.2.12.jar"/> + <classpathentry kind="output" path="target/classes"/> +</classpath> Added: .cvsignore =================================================================== --- .cvsignore 2006-08-22 17:21:04 UTC (rev 0) +++ .cvsignore 2006-08-23 16:14:42 UTC (rev 1) @@ -0,0 +1,3 @@ +maven.log +target +velocity.log Added: .project =================================================================== --- .project 2006-08-22 17:21:04 UTC (rev 0) +++ .project 2006-08-23 16:14:42 UTC (rev 1) @@ -0,0 +1,15 @@ +<projectDescription> + <name>lutinj2r</name> + <comment>Librairie permettant d'utiliser R en Java, que ce soit par +le Network ou en JNI.</comment> + <projects/> + <buildSpec> + <buildCommand> + <name>org.eclipse.jdt.core.javabuilder</name> + <arguments/> + </buildCommand> + </buildSpec> + <natures> + <nature>org.eclipse.jdt.core.javanature</nature> + </natures> +</projectDescription> \ No newline at end of file Added: .settings/org.eclipse.jdt.core.prefs =================================================================== --- .settings/org.eclipse.jdt.core.prefs 2006-08-22 17:21:04 UTC (rev 0) +++ .settings/org.eclipse.jdt.core.prefs 2006-08-23 16:14:42 UTC (rev 1) @@ -0,0 +1,5 @@ +#Wed Aug 23 15:47:28 CEST 2006 +org.eclipse.jdt.core.compiler.codegen.targetPlatform=1.5 +eclipse.preferences.version=1 +org.eclipse.jdt.core.compiler.source=1.5 +org.eclipse.jdt.core.compiler.compliance=1.5 Added: LICENSE.txt =================================================================== --- LICENSE.txt 2006-08-22 17:21:04 UTC (rev 0) +++ LICENSE.txt 2006-08-23 16:14:42 UTC (rev 1) @@ -0,0 +1,280 @@ + GNU GENERAL PUBLIC LICENSE + Version 2, June 1991 + + Copyright (C) 1989, 1991 Free Software Foundation, Inc. + 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA 02111-1307 USA + Everyone is permitted to copy and distribute verbatim copies + of this license document, but changing it is not allowed. + + Preamble + + The licenses for most software are designed to take away your +freedom to share and change it. By contrast, the GNU General Public +License is intended to guarantee your freedom to share and change free +software--to make sure the software is free for all its users. This +General Public License applies to most of the Free Software +Foundation's software and to any other program whose authors commit to +using it. (Some other Free Software Foundation software is covered by +the GNU Library General Public License instead.) You can apply it to +your programs, too. + + When we speak of free software, we are referring to freedom, not +price. Our General Public Licenses are designed to make sure that you +have the freedom to distribute copies of free software (and charge for +this service if you wish), that you receive source code or can get it +if you want it, that you can change the software or use pieces of it +in new free programs; and that you know you can do these things. + + To protect your rights, we need to make restrictions that forbid +anyone to deny you these rights or to ask you to surrender the rights. +These restrictions translate to certain responsibilities for you if you +distribute copies of the software, or if you modify it. + + For example, if you distribute copies of such a program, whether +gratis or for a fee, you must give the recipients all the rights that +you have. You must make sure that they, too, receive or can get the +source code. And you must show them these terms so they know their +rights. + + We protect your rights with two steps: (1) copyright the software, and +(2) offer you this license which gives you legal permission to copy, +distribute and/or modify the software. + + Also, for each author's protection and ours, we want to make certain +that everyone understands that there is no warranty for this free +software. If the software is modified by someone else and passed on, we +want its recipients to know that what they have is not the original, so +that any problems introduced by others will not reflect on the original +authors' reputations. + + Finally, any free program is threatened constantly by software +patents. We wish to avoid the danger that redistributors of a free +program will individually obtain patent licenses, in effect making the +program proprietary. To prevent this, we have made it clear that any +patent must be licensed for everyone's free use or not licensed at all. + + The precise terms and conditions for copying, distribution and +modification follow. + + GNU GENERAL PUBLIC LICENSE + TERMS AND CONDITIONS FOR COPYING, DISTRIBUTION AND MODIFICATION + + 0. This License applies to any program or other work which contains +a notice placed by the copyright holder saying it may be distributed +under the terms of this General Public License. The "Program", below, +refers to any such program or work, and a "work based on the Program" +means either the Program or any derivative work under copyright law: +that is to say, a work containing the Program or a portion of it, +either verbatim or with modifications and/or translated into another +language. (Hereinafter, translation is included without limitation in +the term "modification".) Each licensee is addressed as "you". + +Activities other than copying, distribution and modification are not +covered by this License; they are outside its scope. The act of +running the Program is not restricted, and the output from the Program +is covered only if its contents constitute a work based on the +Program (independent of having been made by running the Program). +Whether that is true depends on what the Program does. + + 1. You may copy and distribute verbatim copies of the Program's +source code as you receive it, in any medium, provided that you +conspicuously and appropriately publish on each copy an appropriate +copyright notice and disclaimer of warranty; keep intact all the +notices that refer to this License and to the absence of any warranty; +and give any other recipients of the Program a copy of this License +along with the Program. + +You may charge a fee for the physical act of transferring a copy, and +you may at your option offer warranty protection in exchange for a fee. + + 2. You may modify your copy or copies of the Program or any portion +of it, thus forming a work based on the Program, and copy and +distribute such modifications or work under the terms of Section 1 +above, provided that you also meet all of these conditions: + + a) You must cause the modified files to carry prominent notices + stating that you changed the files and the date of any change. + + b) You must cause any work that you distribute or publish, that in + whole or in part contains or is derived from the Program or any + part thereof, to be licensed as a whole at no charge to all third + parties under the terms of this License. + + c) If the modified program normally reads commands interactively + when run, you must cause it, when started running for such + interactive use in the most ordinary way, to print or display an + announcement including an appropriate copyright notice and a + notice that there is no warranty (or else, saying that you provide + a warranty) and that users may redistribute the program under + these conditions, and telling the user how to view a copy of this + License. (Exception: if the Program itself is interactive but + does not normally print such an announcement, your work based on + the Program is not required to print an announcement.) + +These requirements apply to the modified work as a whole. If +identifiable sections of that work are not derived from the Program, +and can be reasonably considered independent and separate works in +themselves, then this License, and its terms, do not apply to those +sections when you distribute them as separate works. But when you +distribute the same sections as part of a whole which is a work based +on the Program, the distribution of the whole must be on the terms of +this License, whose permissions for other licensees extend to the +entire whole, and thus to each and every part regardless of who wrote it. + +Thus, it is not the intent of this section to claim rights or contest +your rights to work written entirely by you; rather, the intent is to +exercise the right to control the distribution of derivative or +collective works based on the Program. + +In addition, mere aggregation of another work not based on the Program +with the Program (or with a work based on the Program) on a volume of +a storage or distribution medium does not bring the other work under +the scope of this License. + + 3. You may copy and distribute the Program (or a work based on it, +under Section 2) in object code or executable form under the terms of +Sections 1 and 2 above provided that you also do one of the following: + + a) Accompany it with the complete corresponding machine-readable + source code, which must be distributed under the terms of Sections + 1 and 2 above on a medium customarily used for software interchange; or, + + b) Accompany it with a written offer, valid for at least three + years, to give any third party, for a charge no more than your + cost of physically performing source distribution, a complete + machine-readable copy of the corresponding source code, to be + distributed under the terms of Sections 1 and 2 above on a medium + customarily used for software interchange; or, + + c) Accompany it with the information you received as to the offer + to distribute corresponding source code. (This alternative is + allowed only for noncommercial distribution and only if you + received the program in object code or executable form with such + an offer, in accord with Subsection b above.) + +The source code for a work means the preferred form of the work for +making modifications to it. For an executable work, complete source +code means all the source code for all modules it contains, plus any +associated interface definition files, plus the scripts used to +control compilation and installation of the executable. However, as a +special exception, the source code distributed need not include +anything that is normally distributed (in either source or binary +form) with the major components (compiler, kernel, and so on) of the +operating system on which the executable runs, unless that component +itself accompanies the executable. + +If distribution of executable or object code is made by offering +access to copy from a designated place, then offering equivalent +access to copy the source code from the same place counts as +distribution of the source code, even though third parties are not +compelled to copy the source along with the object code. + + 4. You may not copy, modify, sublicense, or distribute the Program +except as expressly provided under this License. Any attempt +otherwise to copy, modify, sublicense or distribute the Program is +void, and will automatically terminate your rights under this License. +However, parties who have received copies, or rights, from you under +this License will not have their licenses terminated so long as such +parties remain in full compliance. + + 5. You are not required to accept this License, since you have not +signed it. However, nothing else grants you permission to modify or +distribute the Program or its derivative works. These actions are +prohibited by law if you do not accept this License. Therefore, by +modifying or distributing the Program (or any work based on the +Program), you indicate your acceptance of this License to do so, and +all its terms and conditions for copying, distributing or modifying +the Program or works based on it. + + 6. Each time you redistribute the Program (or any work based on the +Program), the recipient automatically receives a license from the +original licensor to copy, distribute or modify the Program subject to +these terms and conditions. You may not impose any further +restrictions on the recipients' exercise of the rights granted herein. +You are not responsible for enforcing compliance by third parties to +this License. + + 7. If, as a consequence of a court judgment or allegation of patent +infringement or for any other reason (not limited to patent issues), +conditions are imposed on you (whether by court order, agreement or +otherwise) that contradict the conditions of this License, they do not +excuse you from the conditions of this License. If you cannot +distribute so as to satisfy simultaneously your obligations under this +License and any other pertinent obligations, then as a consequence you +may not distribute the Program at all. For example, if a patent +license would not permit royalty-free redistribution of the Program by +all those who receive copies directly or indirectly through you, then +the only way you could satisfy both it and this License would be to +refrain entirely from distribution of the Program. + +If any portion of this section is held invalid or unenforceable under +any particular circumstance, the balance of the section is intended to +apply and the section as a whole is intended to apply in other +circumstances. + +It is not the purpose of this section to induce you to infringe any +patents or other property right claims or to contest validity of any +such claims; this section has the sole purpose of protecting the +integrity of the free software distribution system, which is +implemented by public license practices. Many people have made +generous contributions to the wide range of software distributed +through that system in reliance on consistent application of that +system; it is up to the author/donor to decide if he or she is willing +to distribute software through any other system and a licensee cannot +impose that choice. + +This section is intended to make thoroughly clear what is believed to +be a consequence of the rest of this License. + + 8. If the distribution and/or use of the Program is restricted in +certain countries either by patents or by copyrighted interfaces, the +original copyright holder who places the Program under this License +may add an explicit geographical distribution limitation excluding +those countries, so that distribution is permitted only in or among +countries not thus excluded. In such case, this License incorporates +the limitation as if written in the body of this License. + + 9. The Free Software Foundation may publish revised and/or new versions +of the General Public License from time to time. Such new versions will +be similar in spirit to the present version, but may differ in detail to +address new problems or concerns. + +Each version is given a distinguishing version number. If the Program +specifies a version number of this License which applies to it and "any +later version", you have the option of following the terms and conditions +either of that version or of any later version published by the Free +Software Foundation. If the Program does not specify a version number of +this License, you may choose any version ever published by the Free Software +Foundation. + + 10. If you wish to incorporate parts of the Program into other free +programs whose distribution conditions are different, write to the author +to ask for permission. For software which is copyrighted by the Free +Software Foundation, write to the Free Software Foundation; we sometimes +make exceptions for this. Our decision will be guided by the two goals +of preserving the free status of all derivatives of our free software and +of promoting the sharing and reuse of software generally. + + NO WARRANTY + + 11. BECAUSE THE PROGRAM IS LICENSED FREE OF CHARGE, THERE IS NO WARRANTY +FOR THE PROGRAM, TO THE EXTENT PERMITTED BY APPLICABLE LAW. EXCEPT WHEN +OTHERWISE STATED IN WRITING THE COPYRIGHT HOLDERS AND/OR OTHER PARTIES +PROVIDE THE PROGRAM "AS IS" WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EITHER EXPRESSED +OR IMPLIED, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE IMPLIED WARRANTIES OF +MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. THE ENTIRE RISK AS +TO THE QUALITY AND PERFORMANCE OF THE PROGRAM IS WITH YOU. SHOULD THE +PROGRAM PROVE DEFECTIVE, YOU ASSUME THE COST OF ALL NECESSARY SERVICING, +REPAIR OR CORRECTION. + + 12. IN NO EVENT UNLESS REQUIRED BY APPLICABLE LAW OR AGREED TO IN WRITING +WILL ANY COPYRIGHT HOLDER, OR ANY OTHER PARTY WHO MAY MODIFY AND/OR +REDISTRIBUTE THE PROGRAM AS PERMITTED ABOVE, BE LIABLE TO YOU FOR DAMAGES, +INCLUDING ANY GENERAL, SPECIAL, INCIDENTAL OR CONSEQUENTIAL DAMAGES ARISING +OUT OF THE USE OR INABILITY TO USE THE PROGRAM (INCLUDING BUT NOT LIMITED +TO LOSS OF DATA OR DATA BEING RENDERED INACCURATE OR LOSSES SUSTAINED BY +YOU OR THIRD PARTIES OR A FAILURE OF THE PROGRAM TO OPERATE WITH ANY OTHER +PROGRAMS), EVEN IF SUCH HOLDER OR OTHER PARTY HAS BEEN ADVISED OF THE +POSSIBILITY OF SUCH DAMAGES. + + END OF TERMS AND CONDITIONS Added: pom.xml =================================================================== --- pom.xml 2006-08-22 17:21:04 UTC (rev 0) +++ pom.xml 2006-08-23 16:14:42 UTC (rev 1) @@ -0,0 +1,59 @@ +<?xml version="1.0" encoding="ISO-8859-1"?> +<project xmlns="http://maven.apache.org/POM/4.0.0" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" + xsi:schemaLocation="http://maven.apache.org/POM/4.0.0 http://maven.apache.org/maven-v4_0_0.xsd"> + +  + <modelVersion>4.0.0</modelVersion> + +  + <parent> + <groupId>lutinlib</groupId> + <artifactId>lutinproject</artifactId> + <version>2.0</version> + </parent> + +  + <artifactId>lutinj2r</artifactId> + <name>Lutin Java-2-R library</name> + +  + <packaging>jar</packaging> + +  + <version>0.1</version> + +  + <description> + Librairie permettant d'utiliser R en Java, que ce soit par +le Network ou en JNI. + </description> + <inceptionYear>2006</inceptionYear> + +  + <issueManagement> + <url>http://labs.libre-entreprise.org/tracker/?group_id=109</url> + </issueManagement> + +  + <dependencies> + <dependency> + <groupId>commons-logging</groupId> + <artifactId>commons-logging</artifactId> + <version>1.1</version> + <scope>compile</scope> + </dependency> + <dependency> + <groupId>externallib</groupId> + <artifactId>JRclient</artifactId> + <version>RE817</version> + <scope>compile</scope> + </dependency> + <dependency> + <groupId>externallib</groupId> + <artifactId>JRI</artifactId> + <version>0.2-4</version> + <scope>compile</scope> + </dependency> + </dependencies> + +</project> Added: profiles.xml =================================================================== --- profiles.xml 2006-08-22 17:21:04 UTC (rev 0) +++ profiles.xml 2006-08-23 16:14:42 UTC (rev 1) @@ -0,0 +1,27 @@ +<?xml version="1.0" encoding="ISO-8859-1"?> +<settings> + <profiles> + <profile> + <id>project</id> + + <activation> + <activeByDefault>true</activeByDefault> + </activation> + + <properties> +  + <maven.src.dir>${basedir}/src</maven.src.dir> + +  + <maven.test.skip>true</maven.test.skip> + +  + <maven.compile.source>1.5</maven.compile.source> + <maven.compile.target>1.5</maven.compile.target> + +  + <maven.jar.main.class>org.codelutin.j2r.RProxy</maven.jar.main.class> + </properties> + </profile> + </profiles> +</settings> Added: site/site.xml =================================================================== --- site/site.xml 2006-08-22 17:21:04 UTC (rev 0) +++ site/site.xml 2006-08-23 16:14:42 UTC (rev 1) @@ -0,0 +1,30 @@ +<?xml version="1.0" encoding="ISO-8859-1"?> +<project name="LutinJ2R"> + + <bannerLeft> + <name>LutinJ2R</name> + </bannerLeft> + + <bannerRight> + <src>http://www.codelutin.com/images/lutinorange-codelutin.png</src> + <href>http://www.codelutin.com</href> + </bannerRight> + + <body> + <links> + <item name="Labs" href="http://labs.libre-entreprise.org/"/> + <item name="Code Lutin" href="http://www.codelutin.com/"/> + </links> + + ${reports} + + <menu name="Utilisateur"> + <item href="http://lutinbuilder.labs.libre-entreprise.org/maven2/lutinlib/lutinutil/" name="Téléchargement"/> + </menu> + + <menu name="Developpeur"> + <item name="Todo" href="Todo.html"/> + </menu> + + </body> +</project> Added: src/java/org/codelutin/j2r/REngine.java =================================================================== --- src/java/org/codelutin/j2r/REngine.java 2006-08-22 17:21:04 UTC (rev 0) +++ src/java/org/codelutin/j2r/REngine.java 2006-08-23 16:14:42 UTC (rev 1) @@ -0,0 +1,51 @@ +/* *##% +* Copyright (C) 2002, 2003, 2004, 2005, 2006 Code Lutin, +* Cedric Pineau, Benjamin Poussin, Arnaud Thimel +* +* +* This program is free software; you can redistribute it and/or +* modify it under the terms of the GNU General Public License +* as published by the Free Software Foundation; either version 2 +* of the License, or (at your option) any later version. +* +* This program is distributed in the hope that it will be useful, +* but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of +* MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the +* GNU General Public License for more details. +* +* You should have received a copy of the GNU General Public License +* along with this program; if not, write to the Free Software +* Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330, Boston, MA 02111-1307, USA. +*##%*/ + +/* * +* RInterface.java +* +* Created: 21 aout 2006 +* +* @author Arnaud Thimel <thimel(a)codelutin.com> +* @version $Revision: $ +* +* Mise a jour: $Date: $ +* par : $Author: $ +*/ + +package org.codelutin.j2r; + +/** + * + */ +public interface REngine { + + public boolean init(); + + /** + * Delegue a R le traitement passe en parametre. + * @param expr l'expression a evaluer + * @return La valeur renvoyee par la commande + */ + public Object eval(String expr) throws RException; + + public void terminate() throws RException; + +} //RJniEngine Added: src/java/org/codelutin/j2r/RException.java =================================================================== --- src/java/org/codelutin/j2r/RException.java 2006-08-22 17:21:04 UTC (rev 0) +++ src/java/org/codelutin/j2r/RException.java 2006-08-23 16:14:42 UTC (rev 1) @@ -0,0 +1,73 @@ +/* *##% +* Copyright (C) 2002, 2003, 2004, 2005, 2006 Code Lutin, +* Cedric Pineau, Benjamin Poussin, Arnaud Thimel +* +* +* This program is free software; you can redistribute it and/or +* modify it under the terms of the GNU General Public License +* as published by the Free Software Foundation; either version 2 +* of the License, or (at your option) any later version. +* +* This program is distributed in the hope that it will be useful, +* but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of +* MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the +* GNU General Public License for more details. +* +* You should have received a copy of the GNU General Public License +* along with this program; if not, write to the Free Software +* Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330, Boston, MA 02111-1307, USA. +*##%*/ + +/* * +* RException.java +* +* Created: 22 ao�t 06 +* +* @author Arnaud Thimel <thimel(a)codelutin.com> +* @version $Revision: $ +* +* Mise a jour: $Date: $ +* par : $Author: $ +*/ + +package org.codelutin.j2r; + +/** + * Exception levee lorsqu'une erreur est intervenue pendant la communication + * avec R (quelque soit le mode de communication). + */ +public class RException extends Exception { + + /** + * Constructeur de l'exception. + */ + public RException() { + super(); + } + + /** + * Constructeur de l'exception. + * @param message texte decrivant l'exception + */ + public RException(String message) { + super(message); + } + + /** + * Constructeur de l'exception. + * @param cause l'instance de Throwable qui a declenche cette exception + */ + public RException(Throwable cause) { + super(cause); + } + + /** + * Constructeur de l'exception. + * @param message texte decrivant l'exception + * @param cause l'instance de Throwable qui a declenche cette exception + */ + public RException(String message, Throwable cause) { + super(message, cause); + } + +} //RException Added: src/java/org/codelutin/j2r/RProxy.java =================================================================== --- src/java/org/codelutin/j2r/RProxy.java 2006-08-22 17:21:04 UTC (rev 0) +++ src/java/org/codelutin/j2r/RProxy.java 2006-08-23 16:14:42 UTC (rev 1) @@ -0,0 +1,138 @@ +/* *##% +* Copyright (C) 2002, 2003, 2004, 2005, 2006 Code Lutin, +* Cedric Pineau, Benjamin Poussin, Arnaud Thimel +* +* +* This program is free software; you can redistribute it and/or +* modify it under the terms of the GNU General Public License +* as published by the Free Software Foundation; either version 2 +* of the License, or (at your option) any later version. +* +* This program is distributed in the hope that it will be useful, +* but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of +* MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the +* GNU General Public License for more details. +* +* You should have received a copy of the GNU General Public License +* along with this program; if not, write to the Free Software +* Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330, Boston, MA 02111-1307, USA. +*##%*/ + +/* * +* RProxy.java +* +* Created: 21 aout 2006 +* +* @author Arnaud Thimel <thimel(a)codelutin.com> +* @version $Revision: $ +* +* Mise a jour: $Date: $ +* par : $Author: $ +*/ + +package org.codelutin.j2r; + +import org.apache.commons.logging.Log; +import org.apache.commons.logging.LogFactory; +import org.codelutin.j2r.jni.RJniEngine; +import org.codelutin.j2r.net.RNetEngine; + +/** + * + */ +public class RProxy implements REngine { + + private Log log = LogFactory.getLog(RProxy.class); + + private REngine engine; + + public RProxy() { + init(); + } + + private boolean init(String RType) { + boolean initSucceded = false; + if ("net".equalsIgnoreCase(RType)) { + initSucceded = initOnNet(); + if (!initSucceded) { + if (log.isErrorEnabled()) { + log.error("Initialization of R with Network failed, trying JNI"); + } + initSucceded = initOnJNI(); + } + } else if ("jni".equalsIgnoreCase(RType)) { + initSucceded = initOnJNI(); + if (!initSucceded) { + if (log.isErrorEnabled()) { + log.error("Initialization of R over JNI failed, trying with Network"); + } + initSucceded = initOnNet(); + } + } else if (log.isErrorEnabled()) { + log.error("Invalid type specified : " + RType); + } + return initSucceded; + } + + private boolean initOnJNI() { + if (log.isInfoEnabled()) { + log.info("Trying to initialize the R Proxy over JNI"); + } + RJniEngine newEngine = new RJniEngine(); + if (newEngine.init()) { + engine = newEngine; + return true; + } + return false; + } + + private boolean initOnNet() { + if (log.isInfoEnabled()) { + log.info("Trying to initialize the R Proxy with Network"); + } + RNetEngine newEngine = new RNetEngine(); + if (newEngine.init()) { + engine = newEngine; + return true; + } + return false; + } + + /* (non-Javadoc) + * @see org.codelutin.R.REngine#eval(java.lang.String) + */ + public Object eval(String expr) throws RException { + if (engine == null) { + log.fatal("The R Proxy is not initialized. An error probably " + + "occured during the initialization."); + return null; + } + return engine.eval(expr); + } + + public boolean init() { + String RType = System.getProperty("R.type"); + if (RType == null || "".equals(RType)) { + log.warn("No R type specified.\nusage:\n\tjava -DR.type=net ...\n" + + "or\n\tjava -DR.type=jni ...\n\nConsidering network type"); + RType = "net"; + } + if (!init(RType)) { + if (log.isFatalEnabled()) { + log.fatal("The initializaing of R failed."); + } + return false; + } + return true; + } + + public void terminate() throws RException { + if (engine == null) { + log.fatal("The R Proxy is not initialized. An error probably " + + "occured during the initialization."); + } else { + engine.terminate(); + } + } + +} //RProxy Added: src/java/org/codelutin/j2r/jni/RJniEngine.java =================================================================== --- src/java/org/codelutin/j2r/jni/RJniEngine.java 2006-08-22 17:21:04 UTC (rev 0) +++ src/java/org/codelutin/j2r/jni/RJniEngine.java 2006-08-23 16:14:42 UTC (rev 1) @@ -0,0 +1,122 @@ +/* *##% + * Copyright (C) 2002, 2003, 2004, 2005, 2006 Code Lutin, + * Cedric Pineau, Benjamin Poussin, Arnaud Thimel + * + * + * This program is free software; you can redistribute it and/or + * modify it under the terms of the GNU General Public License + * as published by the Free Software Foundation; either version 2 + * of the License, or (at your option) any later version. + * + * This program is distributed in the hope that it will be useful, + * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of + * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the + * GNU General Public License for more details. + * + * You should have received a copy of the GNU General Public License + * along with this program; if not, write to the Free Software + * Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330, Boston, MA 02111-1307, USA. + *##%*/ + +/* * + * RJniEngine.java + * + * Created: 22 aout 2006 + * + * @author Arnaud Thimel <thimel(a)codelutin.com> + * @version $Revision: $ + * + * Mise a jour: $Date: $ + * par : $Author: $ + */ + +package org.codelutin.j2r.jni; + +import org.apache.commons.logging.Log; +import org.apache.commons.logging.LogFactory; +import org.codelutin.j2r.REngine; +import org.codelutin.j2r.RException; +import org.rosuda.JRI.REXP; +import org.rosuda.JRI.Rengine; + +/** + * + */ +public class RJniEngine implements REngine { + + private Log log = LogFactory.getLog(RJniEngine.class); + + private Rengine engine; + + /* (non-Javadoc) + * @see org.codelutin.j2r.REngine#init() + */ + public boolean init() { + String[] args = { "--no-save" }; + engine = new Rengine(args, false, null); + if (!engine.waitForR()) { + if (log.isErrorEnabled()) { + log.error("Cannot load the R engine"); + } + return false; + } + return true; + } + + /* + * (non-Javadoc) + * + * @see org.codelutin.R.REngine#eval(java.lang.String) + */ + public Object eval(String expr) throws RException { + REXP result = null; + try { + result = engine.eval(expr); + } catch (Exception eee) { + throw new RException("Unable to evaluate the R expression " + + "over JNI", eee); + } + return convertResult(result); + } + + private Object convertResult(REXP rexp) { + if (log.isDebugEnabled()) { + log.debug("Converting : " + rexp.toString()); + } + int type = rexp.xt; + Object result = null; + switch (type) { + case REXP.XT_STR: + result = rexp.asString(); + break; + case REXP.XT_DOUBLEARRAY: + result = rexp.asDoubleArray(); + double[] doublearray = (double[]) result; + if (doublearray.length == 1) { + result = doublearray[0]; + } + break; + case REXP.XT_INTARRAY: + result = rexp.asIntArray(); + int[] intarray = (int[]) result; + if (intarray.length == 1) { + result = intarray[0]; + } + break; + default: + log.error("Unknown return type [" + type + "] " + + "on : " + rexp.toString()); + } + return result; + } + + /* (non-Javadoc) + * @see org.codelutin.j2r.REngine#terminate() + */ + public void terminate() { + if (engine.isAlive()) { + engine.end(); + } + } + +} // RJniEngine Added: src/java/org/codelutin/j2r/net/RNetEngine.java =================================================================== --- src/java/org/codelutin/j2r/net/RNetEngine.java 2006-08-22 17:21:04 UTC (rev 0) +++ src/java/org/codelutin/j2r/net/RNetEngine.java 2006-08-23 16:14:42 UTC (rev 1) @@ -0,0 +1,131 @@ +/* *##% +* Copyright (C) 2002, 2003, 2004, 2005, 2006 Code Lutin, +* Cedric Pineau, Benjamin Poussin, Arnaud Thimel +* +* +* This program is free software; you can redistribute it and/or +* modify it under the terms of the GNU General Public License +* as published by the Free Software Foundation; either version 2 +* of the License, or (at your option) any later version. +* +* This program is distributed in the hope that it will be useful, +* but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of +* MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the +* GNU General Public License for more details. +* +* You should have received a copy of the GNU General Public License +* along with this program; if not, write to the Free Software +* Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330, Boston, MA 02111-1307, USA. +*##%*/ + +/* * +* RNetEngine.java +* +* Created: 22 ao�t 06 +* +* @author Arnaud Thimel <thimel(a)codelutin.com> +* @version $Revision: $ +* +* Mise a jour: $Date: $ +* par : $Author: $ +*/ + +package org.codelutin.j2r.net; + +import org.apache.commons.logging.Log; +import org.apache.commons.logging.LogFactory; +import org.codelutin.j2r.REngine; +import org.codelutin.j2r.RException; +import org.rosuda.JRclient.REXP; +import org.rosuda.JRclient.RSrvException; +import org.rosuda.JRclient.Rconnection; + +/** + * + */ +public class RNetEngine implements REngine { + + private Log log = LogFactory.getLog(RNetEngine.class); + + private Rconnection conn; + + public boolean init() { + return init("127.0.0.1"); + } + + public boolean init(String host) { + return init(host, 6311); + } + + public boolean init(String host, int port) { + try { + conn = new Rconnection(host, port); + } catch (RSrvException e) { + e.printStackTrace(); + } + return true; + } + + /* (non-Javadoc) + * @see org.codelutin.R.REngine#eval(java.lang.String) + */ + public Object eval(String expr) throws RException { + REXP result = null; + try { + result = conn.eval(expr); + } catch (RSrvException e) { + throw new RException("An error occured during the eval method", e); + } + return convertResult(result); + } + + private Object convertResult(REXP rexp) { + if (log.isDebugEnabled()) { + log.debug("Converting : " + rexp.toString()); + } + int type = rexp.getType(); + Object result = null; + switch (type) { + case REXP.XT_BOOL: + result = rexp.asBool().isTRUE(); + break; + case REXP.XT_STR: + result = rexp.asString(); + break; + case REXP.XT_DOUBLE: + result = rexp.asDouble(); + break; + case REXP.XT_INT: + result = rexp.asInt(); + break; + case REXP.XT_ARRAY_DOUBLE: + result = rexp.asDoubleArray(); + double[] doublearray = (double[])result; + if (doublearray.length == 1) { + result = doublearray[0]; + } + break; + case REXP.XT_ARRAY_INT: + result = rexp.asIntArray(); + int[] intarray = (int[])result; + if (intarray.length == 1) { + result = intarray[0]; + } + break; + default: + log.error("Unknown return type [" + type + "] " + + "on : " + rexp.toString()); + } + return result; + } + + /* (non-Javadoc) + * @see org.codelutin.j2r.REngine#terminate() + */ + public void terminate() throws RException { + if (conn.isConnected()) { + conn.close(); + } + } + +} //RNetEngine Added: src/resources/libjri.so =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: src/resources/libjri.so ___________________________________________________________________ Name: svn:executable + Name: svn:mime-type + application/octet-stream Added: src/resources/log4j.properties =================================================================== --- src/resources/log4j.properties 2006-08-22 17:21:04 UTC (rev 0) +++ src/resources/log4j.properties 2006-08-23 16:14:42 UTC (rev 1) @@ -0,0 +1,8 @@ +# Global logging configuration +log4j.rootLogger=INFO, stdout +# Console output... +log4j.appender.stdout=org.apache.log4j.ConsoleAppender +log4j.appender.stdout.layout=org.apache.log4j.PatternLayout +log4j.appender.stdout.layout.ConversionPattern=%5p [%t] (%F:%L) %M - %m%n +# package level +log4j.logger.org.codelutin.j2r=INFO Added: src/test/org/codelutin/j2r/JNITest.java =================================================================== --- src/test/org/codelutin/j2r/JNITest.java 2006-08-22 17:21:04 UTC (rev 0) +++ src/test/org/codelutin/j2r/JNITest.java 2006-08-23 16:14:42 UTC (rev 1) @@ -0,0 +1,68 @@ +/* *##% +* Copyright (C) 2002, 2003, 2004, 2005, 2006 Code Lutin, +* Cedric Pineau, Benjamin Poussin, Arnaud Thimel +* +* +* This program is free software; you can redistribute it and/or +* modify it under the terms of the GNU General Public License +* as published by the Free Software Foundation; either version 2 +* of the License, or (at your option) any later version. +* +* This program is distributed in the hope that it will be useful, +* but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of +* MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the +* GNU General Public License for more details. +* +* You should have received a copy of the GNU General Public License +* along with this program; if not, write to the Free Software +* Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330, Boston, MA 02111-1307, USA. +*##%*/ + +/* * +* NetTest.java +* +* Created: 23 août 06 +* +* @author Arnaud Thimel <thimel(a)codelutin.com> +* @version $Revision: $ +* +* Mise a jour: $Date: $ +* par : $Author: $ +*/ + +package org.codelutin.j2r; + +import junit.framework.TestCase; + +public class JNITest extends TestCase { + + private REngine engine; + + @Override + protected void setUp() throws Exception { + System.setProperty("R.type", "jni"); + if (engine == null) { + engine = new RProxy(); + } + } + + @Override + protected void tearDown() throws Exception { + engine.terminate(); + } + + public void testDouble() throws Exception { + assertEquals(5.0, engine.eval("5.0")); + } + + public void testIntArray() throws Exception { + Object result = engine.eval("5:10"); + assertEquals(int[].class, result.getClass()); + int[] intArray = (int[])result; + assertEquals(6, intArray.length); + for (int i=5; i<11; i++) { + assertEquals(i, intArray[i-5]); + } + } + +} //NetTest Added: src/test/org/codelutin/j2r/NetTest.java =================================================================== --- src/test/org/codelutin/j2r/NetTest.java 2006-08-22 17:21:04 UTC (rev 0) +++ src/test/org/codelutin/j2r/NetTest.java 2006-08-23 16:14:42 UTC (rev 1) @@ -0,0 +1,63 @@ +/* *##% +* Copyright (C) 2002, 2003, 2004, 2005, 2006 Code Lutin, +* Cedric Pineau, Benjamin Poussin, Arnaud Thimel +* +* +* This program is free software; you can redistribute it and/or +* modify it under the terms of the GNU General Public License +* as published by the Free Software Foundation; either version 2 +* of the License, or (at your option) any later version. +* +* This program is distributed in the hope that it will be useful, +* but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of +* MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the +* GNU General Public License for more details. +* +* You should have received a copy of the GNU General Public License +* along with this program; if not, write to the Free Software +* Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330, Boston, MA 02111-1307, USA. +*##%*/ + +/* * +* NetTest.java +* +* Created: 23 août 06 +* +* @author Arnaud Thimel <thimel(a)codelutin.com> +* @version $Revision: $ +* +* Mise a jour: $Date: $ +* par : $Author: $ +*/ + +package org.codelutin.j2r; + +import junit.framework.TestCase; + +public class NetTest extends TestCase { + + private REngine engine; + + @Override + protected void setUp() throws Exception { + System.setProperty("R.type", "net"); + if (engine == null) { + engine = new RProxy(); + } + } + + public void testDouble() throws Exception { + assertEquals(5.0, engine.eval("5.0")); + } + + public void testIntArray() throws Exception { + Object result = engine.eval("5:10"); + assertEquals(int[].class, result.getClass()); + int[] intArray = (int[])result; + assertEquals(6, intArray.length); + for (int i=5; i<11; i++) { + assertEquals(i, intArray[i-5]); + } + } + +} //NetTest Added: target/classes/libjri.so =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: target/classes/libjri.so ___________________________________________________________________ Name: svn:executable + Name: svn:mime-type + application/octet-stream Added: target/classes/log4j.properties =================================================================== --- target/classes/log4j.properties 2006-08-22 17:21:04 UTC (rev 0) +++ target/classes/log4j.properties 2006-08-23 16:14:42 UTC (rev 1) @@ -0,0 +1,8 @@ +# Global logging configuration +log4j.rootLogger=INFO, stdout +# Console output... +log4j.appender.stdout=org.apache.log4j.ConsoleAppender +log4j.appender.stdout.layout=org.apache.log4j.PatternLayout +log4j.appender.stdout.layout.ConversionPattern=%5p [%t] (%F:%L) %M - %m%n +# package level +log4j.logger.org.codelutin.j2r=INFO Added: target/classes/org/codelutin/j2r/REngine.class =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: target/classes/org/codelutin/j2r/REngine.class ___________________________________________________________________ Name: svn:mime-type + application/octet-stream Added: target/classes/org/codelutin/j2r/RException.class =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: target/classes/org/codelutin/j2r/RException.class ___________________________________________________________________ Name: svn:mime-type + application/octet-stream Added: target/classes/org/codelutin/j2r/RProxy.class =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: target/classes/org/codelutin/j2r/RProxy.class ___________________________________________________________________ Name: svn:mime-type + application/octet-stream Added: target/classes/org/codelutin/j2r/jni/RJniEngine.class =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: target/classes/org/codelutin/j2r/jni/RJniEngine.class ___________________________________________________________________ Name: svn:mime-type + application/octet-stream Added: target/classes/org/codelutin/j2r/net/RNetEngine.class =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: target/classes/org/codelutin/j2r/net/RNetEngine.class ___________________________________________________________________ Name: svn:mime-type + application/octet-stream Added: target/test-classes/org/codelutin/j2r/JNITest.class =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: target/test-classes/org/codelutin/j2r/JNITest.class ___________________________________________________________________ Name: svn:mime-type + application/octet-stream Added: target/test-classes/org/codelutin/j2r/NetTest.class =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: target/test-classes/org/codelutin/j2r/NetTest.class ___________________________________________________________________ Name: svn:mime-type + application/octet-stream

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