Author: thimel Date: 2006-09-07 17:53:48 +0000 (Thu, 07 Sep 2006) New Revision: 9 Added: doc/index.rst Modified: doc/etude.rst doc/installation.rst doc/module.rst pom.xml site/site.xml Log: Deploiement du site Modified: doc/etude.rst =================================================================== --- doc/etude.rst 2006-09-07 00:26:13 UTC (rev 8) +++ doc/etude.rst 2006-09-07 17:53:48 UTC (rev 9) @@ -2,12 +2,14 @@ Etude et comparaison des moyens d'acc�der � R en Java ===================================================== + .. contents:: Introduction ============ + Ce document a pour but de comparer les diff�rentes solutions envisageables pour l'utilisation de R en Java. @@ -37,6 +39,7 @@ R�sultats attendus ================== + Chacune des solutions a ses avantages et ses inconv�nients qui entreront dans la d�cision finale. Avant m�me de commencer, la nature m�me des solutions sugg�re certains r�sultats qu'il faudra v�rifier : @@ -55,21 +58,26 @@ Consid�rations techniques ========================= + R�seau ------ + Par d�faut, R n'int�gre aucune interface r�seau, et ne peut donc �tre utilis� � distance. Il existe une extension du nom de 'Rserve' permettant d'ajouter � R la possibilit� de recevoir et traiter des requ�tes TCP/IP, le rendant ainsi accessible � tous types de langages. + - Avantages : R non n�cessaire sur la machine cliente, d�l�gation des calculs � une machine tierce, appli 100% portable - Inconv�nient : Rserve � installer sur le serveur + JNI --- + L'utilisation de JNI implique la cr�ation d'une librairie d�pendante du syst�me. On perd donc un peu de la portabilit� du Java. @@ -82,12 +90,15 @@ D�roulement (protocole) des tests ================================= + Le but des tests est de faire ressortir le co�t de chacune des solutions de mani�re � d�terminer laquelle pourrait �tre la meilleure, mais surtout les conditions, s'il y en a, dans lesquelles telle ou telle solution est meilleure. + Deux types de tests ont �t� effectu�s. + - Le premier consiste � envoyer de tr�s petits calculs � R et ce beaucoup de fois de suite. On obtient donc une moyenne pour chacune des solutions ce qui permettra d'�valuer le co�t de chaque m�thode. @@ -108,63 +119,71 @@ R�sultats des tests =================== -Tous les temps sont mesur�s en milli-secondes : Test A - Calculs rapides ------------------------ +Les temps sont exprim�s en milli-secondes. + +------------+--------+--------+--------+--------+ -| | Java | Net | JNI | R | +| _ | Java | Net | JNI | R | +============+========+========+========+========+ -| Moyenne | | 241,06 | 233,56 | 230,83 | +| Moyenne | _ | 241,06 | 233,56 | 230,83 | +------------+--------+--------+--------+--------+ -| Ecart-type | | 18,65 | 11,99 | | +| Ecart-type | _ | 18,65 | 11,99 | _ | +------------+--------+--------+--------+--------+ Test B - Volumes importants --------------------------- +Les temps sont exprim�s en milli-secondes. + +------------+--------+--------+--------+--------+ -| | Java | Net | JNI | R | +| _ | Java | Net | JNI | R | +============+========+========+========+========+ -| 50 | 0,00 | 1,00 | 1,33 | | +| 50 | 0,00 | 1,00 | 1,33 | _ | +------------+--------+--------+--------+--------+ -| 500 | 0,00 | 3,00 | 1,33 | | +| 500 | 0,00 | 3,00 | 1,33 | _ | +------------+--------+--------+--------+--------+ -| 5000 | 1,00 | 13,00 | 3,33 | | +| 5000 | 1,00 | 13,00 | 3,33 | _ | +------------+--------+--------+--------+--------+ -| 50000 | 24,20 | 33,50 | 8,00 | | +| 50000 | 24,20 | 33,50 | 8,00 | _ | +------------+--------+--------+--------+--------+ -| 100000 | 60,20 | 118,00 | 79,00 | | +| 100000 | 60,20 | 118,00 | 79,00 | _ | +------------+--------+--------+--------+--------+ -| 200000 | 66,60 | 142,00 | 116,00 | | +| 200000 | 66,60 | 142,00 | 116,00 | _ | +------------+--------+--------+--------+--------+ -| 500000 | 89,00 | 330,00 | 189,00 | | +| 500000 | 89,00 | 330,00 | 189,00 | _ | +------------+--------+--------+--------+--------+ -| 1000000 | 94,00 | 620,00 | 282,00 | | +| 1000000 | 94,00 | 620,00 | 282,00 | _ | +------------+--------+--------+--------+--------+ Test C - Temps d'initialisation ------------------------------- +Les temps sont exprim�s en milli-secondes. + +------------+--------+--------+--------+--------+ -| | Java | Net | JNI | R | +| _ | Java | Net | JNI | R | +============+========+========+========+========+ -| Init. | | 22,10 | 571,10 | | +| Init. | _ | 22,10 | 571,10 | _ | +------------+--------+--------+--------+--------+ Exploitation des r�sultats ========================== + Les tests �tant effectu�s, il faut maintenant les interpr�ter et en tirer des conclusions. + Test A - Calculs rapides ------------------------ + Le premier test avait pour but d'isoler le co�t de chaque appel � R. La comparaison avec du Java pur n'avait ici aucun int�ret dans la mesure ou le but est de calculer le temps d'appel � R. @@ -183,15 +202,15 @@ exemple. Pour ce test, l'�cart-type �tait mesur� afin d'estimer la r�partition des -valeurs. -L'�cart-type nous permet ici de constater que la r�partition des valeurs avec -JNI est plus proche de la moyenne que par le r�seau. La solution r�seau est donc -plus sensible aux variations de temps. +valeurs. L'�cart-type nous permet ici de constater que la r�partition des +valeurs avec JNI est plus proche de la moyenne que par le r�seau. La solution +r�seau est donc plus sensible aux variations de temps. Test B - Volumes importants --------------------------- + La deuxi�me s�rie de tests veut mettre en valeur l'�volution des temps n�cessaires avec l'augmentation du volume de donn�es. Inversement au pr�c�dent test, c'est la solution R pur qui n'a ici pas de sens @@ -230,9 +249,11 @@ souffre simplement de temps de transfert trop longs qui sont le reflet habituel de l'utilisation des r�seaux. + Test C - Temps d'initialisation ------------------------------- + Le temps d'initialisation repr�sente le temps n�cessaire � la premi�re utilisation de l'application avant de pouvoir acc�der � R. Il peut parraitre annodin, mais en r�alit� il peut s'av�rer primordial dans le choix de la @@ -243,9 +264,11 @@ l'initialisation du r�seau. Cette diff�rence peut s'av�rer cruciale si les calculs � effectuer sont petits et peu r�p�t�s. + Notes ----- + Certains faits n'apparaissent pas dans les chiffres pr�c�demment cit�s mais peuvent �galement faire pencher la balance. @@ -276,6 +299,7 @@ | duration: 326ms | +-----------------+ + La diff�rence entre le premier et le dernier test atteint quasiment la demi seconde soit plus de 150% du temps n�cessaire au final pour l'op�ration. @@ -283,11 +307,14 @@ R�capitulatif ------------- + Les tests effectu�s se sont montr�s r�v�lateurs. + Net ---- +~~~ + Cette solution s'est montr�e moins efficace que les autres. La diff�rence n'est pas pour autant dramatique puisque les temps restent tout � fait corrects. @@ -300,9 +327,11 @@ signifie que la solution perd de son inter�t seulement si quelques rares appels sont effectu�s. + JNI ---- +~~~ + La solution JNI a fait ses preuves sur les diff�rents tests. Il s'est av�r� que les temps d'appels �taient toujours inf�rieurs � la solution r�seau. @@ -312,9 +341,11 @@ initialisation de JNI s'av�re particuli�rement longue (une demi seconde) surtout si elle est compar�e � la solution r�seau. + Java ----- +~~~~ + La comparaison n'a que peu d'inter�t mais permet de faire ressortir la puissance de Java qui par le biais d'optimisations parvient � devancer R sur de nombreux calculs. @@ -324,9 +355,11 @@ fonctions plus optimis�es de R voire des librairies sp�cifiques, Java ne pourraient certainement plus rivaliser avec R. + Conclusion ========== + Les deux principales solutions �tudi�es (JNI et r�seau) ont toutes deux montr�s des avantages et inconv�nients et fait ressortir des cas dans lesquels elles sont pr�f�rables � l'autre. @@ -335,3 +368,4 @@ l'utilisateur avec la librairie LutinJ2R qui propose une interface unifi�e pour acc�der aux fonctionnalit�s de R permettant ainsi de choisir � la vol�e quelle solution utiliser. + Added: doc/index.rst =================================================================== --- doc/index.rst 2006-09-07 00:26:13 UTC (rev 8) +++ doc/index.rst 2006-09-07 17:53:48 UTC (rev 9) @@ -0,0 +1,7 @@ +======== +LutinJ2R +======== + + +La librairie LutinJ2R a pour but de fournir une passerrelle unifi�e d'acc�s � R. + Modified: doc/installation.rst =================================================================== --- doc/installation.rst 2006-09-07 00:26:13 UTC (rev 8) +++ doc/installation.rst 2006-09-07 17:53:48 UTC (rev 9) @@ -2,49 +2,69 @@ Installation ============ + Le pr�sent document a pour but de faciliter les diff�rentes installations n�cessaires en vue d'utiliser la librairie LutinJ2R. + .. contents:: Installation ============ + Premi�rement il est n�cessaire d'avoir R d'install� sur la machine qui devra effectuer les calculs R. Chaque solution a des particularit�s. + Solution r�seau --------------- + Il est possible d'utiliser R en local (machine locale) ou de confier les calculs � une tierce machine (machine distante). Que ce soit sur la machine locale ou distante, il faut installer R. Le plus simple est de consulter la documentation en ligne de R : + +:: + http://wiki.r-project.org/rwiki/doku.php?id=getting-started:installation:pac... La proc�dure suivante diff�re selon la plateforme : + Sous Linux ~~~~~~~~~~ + Il faut installer le serveur qui va r�ceptionner et traiter les requ�tes TCP/IP. Dans l'ordre, il faut : - - T�l�charger les sources de la version 0.4-3 (http://rosuda.org/Rserve/dist/Rserve_0.4-3.tar.gz) ou � defaut la derni�re disponible � l'adresse ; - - Se logguer en root ; - - Exc�cuter la commande "R CMD INSTALL Rserve_0.4-3.tar.gz". + +- T�l�charger les sources de la version 0.4-3 (http://rosuda.org/Rserve/dist/Rserve_0.4-3.tar.gz) ou � defaut la derni�re disponible � l'adresse ; +- Se logguer en root ; +- Exc�cuter la commande "R CMD INSTALL Rserve_0.4-3.tar.gz". + + A noter que l'�tape d'installation requiert un compilateur C/C++. Une intervention suppl�mentaire est peut-�tre donc n�cessaire ! + Sous Windows ~~~~~~~~~~~~ + Les �tapes � suivre : - - T�l�charger la version 0.4-3 pr�compil�e (http://rosuda.org/Rserve/dist/w32bin/0.4-3/2.3.1/Rserve.exe) ou � d�faut la derni�re disponible � l'adresse http://rosuda.org/Rserve/dist/rserve-win.html ; - - Il faut ensuite copier le fichier t�l�charg� dans le dossier 'bin' de l'installation de R. Par d�faut pour la version 2.3.1 de R, ce dossier est "C:\Program Files\R\R-2.3.1\bin". + +- T�l�charger la version 0.4-3 pr�compil�e (http://rosuda.org/Rserve/dist/w32bin/0.4-3/2.3.1/Rserve.exe) ou � d�faut la derni�re disponible � l'adresse http://rosuda.org/Rserve/dist/rserve-win.html ; +- Il faut ensuite copier le fichier t�l�charg� dans le dossier 'bin' de l'installation de R. Par d�faut pour la version 2.3.1 de R, ce dossier est "C:\Program Files\R\R-2.3.1\bin". + + Solution JNI ------------ + Il faut avant tout que R soit install�. Le plus simple est de consulter la documentation en ligne de R : http://wiki.r-project.org/rwiki/doku.php?id=getting-started:installation:pac... + Concr�tement R est pr�t. Cependant, si la plateforme ou l'architecture de la machine est particuli�re, il reste � compiler les sources natives (non-Java) du projet et cr�er une librairie adapt�e. @@ -56,12 +76,15 @@ La compilation effectu�e, un fichier a �t� g�n�r�, dont le nom est propre � la plateforme (libjri.so, jri.dll, ...). Il ne reste plus qu'� configurer le syst�me comme indiqu� � l'�tape suivante. + Configuration ============= + Solution r�seau --------------- + Il n'y a de configuration � faire que s'il s'agit d'une utilisation sur une machine distante. Dans le cas contraire, la configuration de la solution r�seau est termin�e. Dans le cas d'une machine distante, il faut autoriser les connections entrantes. Par d�faut, Rserve rejette ces connections. @@ -69,37 +92,62 @@ Pour contrer cela, il faut �diter un fichier de configuration. Sous Linux, il s'agit du fichier + +:: + /etc/Rserv.conf + + alors que sous Windows, il s'agit du fichier + +:: + Rserv.cfg - qui doit se trouver au m�me endroit que l'exc�cutable Rserve.exe. (Par d�faut : C:\Program Files\R\R-2.3.1\bin) Si ce fichier n'existe pas, il faut le cr�er et ajouter la ligne suivante : + +:: + remote enable + Solution JNI ------------ + La librairie compil�e ou obtenue � l'�tape pr�c�dente doit �tre plac�e au bon endroit sur le syst�me pour pouvoir �tre utilis�e. Quelque soit la plateforme, il faut positionner des variables d'environnement. + - R_HOME : doit pointer sur le dossier d'installation de R (soit /usr/lib/R sous Linux ou C:\Program Files\R\R-2.3.1 sous Windows ou ...) - LD_LIBRARY_PATH : doit pointer sur le dossier lib contenu dans R_HOME (soit R_HOME/lib/ sous Linux ou R_HOME\lib sous Windows ou ...) Il faut ensuite copier la librairie (libjri.so ou jri.dll ou ...) dans le dossier LD_LIBRARY_PATH + D�marrage ========= + Cette �tape n'est n�cessaire que pour la solution r�seau. + Solution r�seau --------------- + La derni�re �tape de pr�paration est le lancement de Rserve. Sous Linux, tapez la commande : + +:: + R CMD Rserve Sous Windows, double-cliquez sur : + +:: + Rserve.exe dans le dossier d'installation de R (par d�faut : C:\Program Files\R\R-2.3.1\bin) + Modified: doc/module.rst =================================================================== --- doc/module.rst 2006-09-07 00:26:13 UTC (rev 8) +++ doc/module.rst 2006-09-07 17:53:48 UTC (rev 9) @@ -2,96 +2,124 @@ Documentation du module ======================= + .. contents:: + La librairie LutinJ2R est une passerelle d'acc�s � R. Ceci sous-entend qu'� -l'utlisation, il n'est pas n�cessaire de se soucier de la technologie � employer +l'utilisation, il n'est pas n�cessaire de se soucier de la technologie � employer pour contacter R. Utilisation =========== + Principes --------- -Il n'est donc pas n�cessaire pour l'utilisateur de se soucier de la mani�re d'acc�der � R. Pour se faire, l'utilisateur ne s'adresse qu'� un proxy auquel il revient de d�terminer la technologie � employer. +Pour acc�der � R, l'utilisateur ne s'adresse qu'� un proxy auquel il revient de d�terminer la technologie � employer. + Ce proxy est repr�sent� par la classe *org.codelutin.j2r.RProxy*. La librairie LutinJ2R inclut plusieurs moyens d'acc�s � R. -Chacun de ses moyens est regroup� sous une interface commune qui d�finit la interactions possibles avec R : *org.codelutin.j2r.REngine*. +Chacun de ses moyens est regroup� sous une interface commune qui d�finit les interactions possibles avec R : *org.codelutin.j2r.REngine*. Le RProxy implante �galement cette interface, il s'utilise donc de la m�me mani�re. + Instanciation ------------- + La cr�ation du proxy est une simple instanciation. +:: + new RProxy(); + Dans la mesure o� la classe *RProxy* implante l'interface *REngine*, il est pr�f�rable de passer par cette interface : - | REngine engine; - | engine = new RProxy(); +:: + REngine engine; + engine = new RProxy(); + Note : En fonction des cas, il peut �tre n�cessaire de rajouter des import en d�but de classe : - | import org.codelutin.j2r.RProxy; - | import org.codelutin.j2r.REngine; +:: + import org.codelutin.j2r.RProxy; + import org.codelutin.j2r.REngine; + ou utiliser directement le nom complet des classes : - | org.codelutin.j2r.REngine engine; - | engine = new org.codelutin.j2r.RProxy(); +:: + org.codelutin.j2r.REngine engine; + engine = new org.codelutin.j2r.RProxy(); + Utilisation ----------- + Une fois que le proxy a �t� instanci�, il est alors possible d'utiliser R. Deux principales m�thodes sont � disposition : - - **Object eval(String expr)** : Cette m�thode prend une expression en param�tre sous forme de String, d�l�gue le calcul � R et renvoie le r�sultat. Le type de retour est d�termin� automatiquement et converti pour plus de simplicit�. Ainsi si le r�sultat est un tableau de double, l'objet de retour sera un double[]. - - **void voidEval(String expr)** : Cette m�thode est la m�me que la pr�c�dente � ceci pr�s qu'elle ne renvoie pas de r�sultat. Ceci permet d'�conomiser des temps de transfert et conversion lorsque ce n'est pas n�cessaire. Par exemple, lors d'une assignation *t<-0*, il n'est pas n�cessaire d'attendre de r�sultat. Cette fonctionnalit� est surtout utile pour la solution r�seau qui souffre de temps de transfert longs. +- **Object eval(String expr)** : Cette m�thode prend une expression en param�tre sous forme de String, d�l�gue le calcul � R et renvoie le r�sultat. Le type de retour est d�termin� automatiquement et converti pour plus de simplicit�. Ainsi si le r�sultat est un tableau de double, l'objet de retour sera un double[]. +- **void voidEval(String expr)** : Cette m�thode est la m�me que la pr�c�dente � ceci pr�s qu'elle ne renvoie pas de r�sultat. Ceci permet d'�conomiser des temps de transfert et conversion lorsque ce n'est pas n�cessaire. Par exemple, lors d'une assignation *t<-0*, il n'est pas n�cessaire d'attendre de r�sultat. Cette fonctionnalit� est surtout utile pour la solution r�seau qui souffre de temps de transfert longs. + A noter que ces deux m�thodes sont suceptibles de lever des exceptions de type *org.codelutin.j2r.RException* si un traitement a �chou�. Le mode d'utilisation est donc : - | engine.voidEval("t<-sin(0)"); - | double d = (Double)engine.eval("t"); +:: + engine.voidEval("t<-sin(0)"); + double d = (Double)engine.eval("t"); + Param�trage =========== + Par d�faut, le proxy essaye de se connecter en r�seau sur la machine locale. N�anmoins il peut �tre n�cessaire de changer de technologie ou encore d'utiliser une machine distante. -Le param�trage se fait par le biais d'une option au niveau de la JVM. Les options de la JVM permettent de positionner des param�tres qui ne sont pas directement li�s � l'application mais plut�t � son environnement d'�x�cution, comme la quantit� de m�moire allou�e, ... +Le param�trage se fait par le biais d'une option au niveau de la JVM. Les options de la JVM permettent de positionner des param�tres qui ne sont pas directement li�s � l'application mais plut�t � son environnement d'�x�cution, comme la quantit� de m�moire allou�e, ... + Choix de la technologie ----------------------- + Pour informer l'application du type de technologie � utiliser, il faut rajouter l'option *R.type* : - | **-DR.type=net** : pour une utilisation par le r�seau. - | **-DR.type=jni** : pour une utilisation pas JNI. +:: + -DR.type=net : pour une utilisation par le r�seau. + -DR.type=jni : pour une utilisation pas JNI. + La d�tection de la technologie � employer est ensuite faite au niveau du *RProxy*. + Param�tres suppl�mentaires -------------------------- -Aucun param�tre suppl�mentaire ne peut �tre utile � JNI, cette section concerne donc la solution r�seau. +Aucun param�tre suppl�mentaire ne peut �tre utile � JNI, cette section concerne donc la solution r�seau. + Par d�faut, la solution r�seau s'adresse � la machine locale (127.0.0.1) et sur le port par d�faut (6311), mais il est possible de sp�cifier une autre adresse de machine ou un autre port. L'option de JVM peut �tre suffix� des mani�res suivantes : - | **-DR.type=net://192.168.99.122** : De cette mani�re, la connection est �tablie sur la machine *192.168.99.122* sur le port par d�faut. - | **-DR.type=net://:9999** : De cette mani�re, la connection est �tablie sur la machine locale sur le port *9999*. Notez la pr�sence du *:* suppl�mentaires. - | **-DR.type=net://192.168.99.122:9999** : De cette mani�re, la connection est �tablie sur la machine *192.168.99.122* et sur le port *9999*. Notez la pr�sence du *:* entre l'adresse et le port. - \ No newline at end of file +:: + + -DR.type=net://192.168.99.122 : De cette mani�re, la connection est �tablie sur la machine *192.168.99.122* sur le port par d�faut. + -DR.type=net://:9999 : De cette mani�re, la connection est �tablie sur la machine locale sur le port *9999*. Notez la pr�sence du *:* suppl�mentaires. + -DR.type=net://192.168.99.122:9999 : De cette mani�re, la connection est �tablie sur la machine *192.168.99.122* et sur le port *9999*. Notez la pr�sence du *:* entre l'adresse et le port. + Modified: pom.xml =================================================================== --- pom.xml 2006-09-07 00:26:13 UTC (rev 8) +++ pom.xml 2006-09-07 17:53:48 UTC (rev 9) @@ -1,58 +1,116 @@ <?xml version="1.0" encoding="ISO-8859-1"?> -<project xmlns="http://maven.apache.org/POM/4.0.0" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" - xsi:schemaLocation="http://maven.apache.org/POM/4.0.0 http://maven.apache.org/maven-v4_0_0.xsd"> +<project xmlns="http://maven.apache.org/POM/4.0.0" + xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" + xsi:schemaLocation="http://maven.apache.org/POM/4.0.0 http://maven.apache.org/maven-v4_0_0.xsd"> - <!--The version of maven's project object model--> - <modelVersion>4.0.0</modelVersion> - - <!--lutinproject.xml--> - <parent> - <groupId>lutinlib</groupId> - <artifactId>lutinproject</artifactId> - <version>2.0</version> - </parent> - - <!--A unique name for this project--> - <artifactId>lutinj2r</artifactId> - 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