[Isis-fish-users] Simulation sur Cluster

[Eric Chatellier]

Le 19/04/2010 09:13, Bastien Preuss a écrit :
>
> Bonjour,
>
Bonjour,

> Une question pour Eric je pense !
>
> Je peux maintenant faire tourner isis sur le cluster (à noter que isis
> est bcp plus fluide sur mon poste windows, que sur la machine d’entrée
> du cluster sous Linux).
>
> Mais il y a un petit soucis :
>
> En fait, on ouvre isis sur la machine d’entrée du cluster puis on
> envoie la simu à distance sur le cluster comme si c’était CAPARMOR, en
> modifiant la configuration. Après avoir appuyer sur « simuler » la
> fenêtre de progression s’ouvre, mais là la simu reste toujours sur «
> préparation du démarrage ». Pour que la simu se lance réellement il
> faut lancer en ligne de commande un fichier créé par isis… La simu
> semble alors se dérouler correctement.
>
> Mais ce qui est bizarre, c’est que l’on ne voit nulle part le Job sur
> le cluster, en fait il semble que isis ne passe pas par pbs qui gère
> les jobs du cluster. Isis créé un fichier .csh, mais ne semble pas le
> communiquer à pbs…
>
> Cela viendrait-il d’un problème dans les paramètres de configuration
> de la liaison avec le cluster (la connexion marche bien quand on fait
> le test)?
>
> Ou autre chose ?
>
C'est déjà pas mal. Je me doutais que cela ne fonctionnerais
pas du premier coup et qu'il y aurait une phase de
tâtonnement pour trouver la bonne configuration.

Voici ce que fait Isis (dans le cas d'une seule simulation) :

/usr/pbs/bin/qsub -m n
/home/<user>/isis-tmp/simulation-xyz-script.seq|tee
/home/user/isis-tmp/simulation-xyz-pbs.id

où :
/home/<user>/isis-tmp est le dossier temporaire où isis met toutes les
données
xyz est l'identifiant de la simulation
simulation-xyz-script.seq est le script pour psb
simulation-xyz-pbs.id est un fichier où est ecrit le numéro du job PSB

Donc:
l'executable /usr/pbs/bin/qsub doit exister (l'emplacement se configure
dans Isis)

Ensuite, la commande totale ne devrait renvoyer aucune erreur.

Sinon, comment lancez vous le job à la main ?

PS: tu peut téléphoner un matin si tu veux, ca sera moins long

-- 
Éric <chatellier at codelutin.com>
Tel: 02 40 50 29 28
http://www.codelutin.com