[Isis-fish-users] Simulation sur Cluster

[Bastien Preuss]

Bonjour Eric,

Pour le moment je confirme qu'il nous est obligatoire de préciser la classe
du job.
Dans la modif de ISIS qui sera faite, est-il possible de rendre la classe du
job modifiable par l'utilisateur et non pas en dur? Afin de pouvoir la
renseigner en fonction des besoins?

Concernant la glibc, effectivement il y avait un petit soucis, elle était
normalement installée, mais après vérification seule la machine principale
en disposait. On installe puis on retest.

A bientôt.

Bastien





-----Message d'origine-----
De : isis-fish-users-bounces at list.isis-fish.org
[mailto:isis-fish-users-bounces at list.isis-fish.org] De la part de Eric
Chatellier
Envoyé : mercredi 21 avril 2010 01:52
À : isis-fish-users at list.isis-fish.org
Objet : Re: [Isis-fish-users] Simulation sur Cluster

Le 20/04/2010 07:34, Bastien Preuss a écrit :
> Bonjour Eric,
>   
Bonjour,

> Donc pour que la simulation tourne bien, nous lançons à la main le script
> "toto.pbs" suivant:
>   
> Comme tu peux le voir il y a la commande "qsub -q qLong toto.pbs"
> Qui est peut être le soucis, car le pbs du cluster est paramétré de telle
> façon qu'il faut obligatoirement spécifier la classe du job; ce que ne
fait
> peut être pas ISIS...?
>   
Ce n'est pas fait actuellement, mais si vous me confirmer
que c'est obligatoire, je vais faire une évolution dans Isis.

Pouvez vous vérifier également que la queue (-q) peut être
configurée dans le script toto.pbs
Par exemple, une option de la forme:

#PBS -q xyz

> Autre point il y a peut être un soucis avec Java... Est-il nécessaire
> d'installer Java sur tous les nœuds du cluster? En fait, le JRE est
installé
> sur home/bpreuss  qui est partagé par nfs par l'ensemble des machines du
> cluster, qui elle n'ont pas Java.
>   
Non, isis utilisera le Java dans /home/bpreuss (un seul donc)
> A l'exécution de Java à travers pbs (grâce au toto.pbs envoyé à la main),
le
> job apparait dans qstat, mais s'arrête tout de suite avec une erreur: 
> " /var/spool/pbs/mom_priv/jobs/42244.editr.SC:
> /home/bpreuss/jre1.6.0_19/bin/java: /lib/ld-linux.so.2: bad ELF
interpreter:
> No such file or directory" 
> Qui se trouve dans le fichier:
> simulation-sim_sim_test_1_2010-04-19-16-52_2010-04-20-15-25-output.txt
> Donc Java ne semble pas reconnu par le cluster...
>   
En fait, le probleme vient d'un Java 32bits tournant sur
un système 64bits.

Je vois donc 2 options pour résoudre ce problème.

Il faudrait que l'administrateur installe les packages manquants
32bits sur les noeuds du cluster. (à ce que j'en connais, c'est
une couche de compatibilité pour exécuter des applications 32bits)

A priori, le fichier ld-linux.so.2 est fournit pas le packages
glibc (nommé libc6-i386 ou différent suivant la distribution utilisée)
http://packages.debian.org/search?searchon=contents&keywords=ld-linux.so.2&m
ode=exactfilename&suite=stable&arch=any

Sinon, l'autre solution est d'utiliser une version 64bits de Java.
Ça marchera directement, par contre, les simulations
dureront plus longtemps en 64bits (fois deux quasiment).

Bon courage.

-- 
Éric <chatellier at codelutin.com>
Tel: 02 40 50 29 28
http://www.codelutin.com 

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