[Isis-fish-users] Mortalité naturelle des recrus

Ven 1 Avr 02:54:56 CEST 2011

Merci Sigrid pour ces infos,

Alors après quelques manips supplémentaires, je viens de trouver pourquoi je ne trouvais pas la même valeur de recrutement que dans les simus.

En partant de Mahévas 2004 (Appendice A) j'avais d'abord pensé que seule la mortalité du groupe 0 s'appliquait aux recrues pour 1 mois, donc EXP(-M/12).
Puis en regardant dans Pelletier 2009 (Appendice A.3) j'avais pensé que la mortalité du groupe null s'appliquait entièrement sur 1 mois.

Je n'ai pas retrouvé l'équation dans le code, mais le calcul effectivement réalisé dans la simu semble être:

Nrecru = Nboeuf * EXP(-M(Null)/12)* EXP(-M(grp 0)/12) * Prec

Comment puis-je retrouver facilement cette équation dans le code?

Merci.

Bastien

-----Message d'origine-----
De : isis-fish-users-bounces at list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces at list.isis-fish.org] De la part de Sigrid.Lehuta at ifremer.fr
Envoyé : vendredi 1 avril 2011 03:02
À : isis-fish-users at list.isis-fish.org; Bastien Preuss
Objet : [Isis-fish-users] Mortalité naturelle des recrus

re !

pour le taux de mortalité des recrus (groupe 0) tu dois pouvoir le  
lire dans l'interface, non ? dans ton équation de mortalité ?
Pour l'afficher, la methode getNaturalDeathRate() appliquee a la pop  
renvoit un objet equation, pour la lire il faut demander son contenu.
pop.getNaturalDeathRate().getContent();

Autre solution si ta mortalité est calculée en fonction de plein de  
trucs tu peux afficher la matrice qui contient les valeurs :
pop.getNaturalDeathRateMatrix() ;
mais pas forcement facile a lire elle doit etre group x zone

ou encore mais necessite une boucle sur les zones
pop.getPopulationGroup().get(0).getNaturalDeathRate(zone);
je ne crois pas que la methode
pop.getPopulationGroup().get(0).getNaturalDeathRate();
existe mais si elle existait ca serait pratique ca renverrait sans  
doute une liste...

ensuite je ne vois pas pourquoi tu trouves pas pareil...
des pistes :
- as tu vérifié que ta matrice de correspondance entre zones de repro  
/ zones de recrus somme à 1 pour chaque zone de repro ? (population\  
onglet zones)
- sont-ils pondus tous le même mois ?
- tes recrus arrivent ils tous en meme temps ? (population\saisie des  
repro\distribution du recrutement)
- si non, les proportions par mois somment elles à 1 ?
- as tu des différences de mortalité du groupe 0 entre zones ?
- tes recrus peuvent ils être pêchés ou mangés dès le premier mois ?
- certains émigrent ils hors de la région ?

Je ne vois pas d'autre explication...
Bonne chance
Bises

Bastien Preuss <Bastien.Preuss at ird.fr> a écrit :

> Hello,
>
> Sisi c'est clair!
>
> Pour l'affichage de l'effectif c'est bien ce que j'avais en tête mais je ne
> retrouvais plus où cela été indiqué (dans les FAQ donc!). Je trouve cela
> d'ailleurs étonnant car ça embrouille un peu pour savoir sur quel effectif
> s'applique les mortalités et même les repro, notamment à cause des
> migrations.
> Dans mon cas par exemple, si je regarde dans les résultats dans ma zone de
> repro j'ai 0 individus lors du premier mois (juillet) de reproduction (car
> ce qui est affiché est l'effectif de fin juin). Or quand j'affiche
> N.getValue() dans mon log j'ai bien un effectif qui est présent et auquel
> s'applique ma repro. Dans mes résultats, cet effectif se trouve en fait dans
> ma zone de vie (non repro) au mois de juillet. Donc, dans les résultats, ma
> repro s'applique à un effectif présenté comme en dehors de la zone de repro!
> On si perd un peu vu que j'ai plusieurs zones de vie et plusieurs zone de
> repro!
> Pourquoi ne pas afficher les effectifs à t+epsilon ?
>
>
> Pour revenir sur le nombre d'œufs et les recrus... en calculant moi-même ces
> valeurs je trouve la même chose pour le nombre d'œufs mais impossible de
> retomber sur le même nombre de recrue. Si je ne me trompe pas, la valeur
> affiché dans les résultats devrait correspondre au nb œufs auquel est
> appliqué la mortalité des recrues (<=> group = null) puis un mois de
> mortalité du groupe 0 (<=> group = 0). Je n'ai pas réussi à afficher dans le
> log les valeurs de naturelDeathRate appliquées aux recrues (j'ai essayé avec
> "pop.getNaturalDeathRate()" mais ça me sort uniquement le nom de la variable
> et non sa valeur. Comment puis-je faire?
>
>
> Merci.
>
> Bastien
>
>
>
>
>
>
> -----Message d'origine-----
> De : isis-fish-users-bounces at list.isis-fish.org
> [mailto:isis-fish-users-bounces at list.isis-fish.org] De la part de
> Sigrid.Lehuta at ifremer.fr
> Envoyé : jeudi 31 mars 2011 06:48
> À : isis-fish-users at list.isis-fish.org
> Objet : Re: [Isis-fish-users] Mortalité naturelle
>
> Hello,
> (je reprends du service)
> non pas de résultats correspondants. Si c est juste pour une verif tu
> peux faire afficher la valeur dans les logs en ajoutant un log.info
> dans l equation de repro. tu pourras ensuite verifier que ton nombre
> de recrus est bien egal a nb d oeufs *e-M.
> Mais ATTENTION et je crois que ca repond peut etre a ton autre
> question (migration) dans les resultats les abondances affiches
> correspondent a la fin du pas de temps précédent cad fin mai pour
> juin, fin juin pour juillet... c'est a dire à t et pas a t+epsilon
> apres les evenements de recrutement migration...
>
> http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/wiki-moin/instance/cgi-bin/moin.c
> gi/v3/faq#Affichagedeseffectifsetbiomassesdanslafen.2BAOo-treder.2BAOk-sulta
> ts
>
> Du coup pareil tes recrus apparaitront surement le mois d apres et
> auront donc subis en plus de la mortalité jusqu au recrutement, un
> autre mois de mortalité de recru.
>
> C est peut etre pas tres clair :-\
>
> A+
>
>
> Bastien Preuss <Bastien.Preuss at ird.fr> a écrit :
>
>> Bonjour,
>>
>>
>>
>> Je voudrais savoir s?il y a un moyen de connaitre le nombre d??ufs pondus
>> dans les simulations?
>>
>> Je n?ai pas vu cette valeur dans la liste des résultats ou des exports.
>>
>>
>>
>> De plus je voudrais m?assurer que la mortalité naturelle appliquée avant
> le
>> recrutement à ce nbr d??ufs pondus correspond bien à la ligne suivante de
>> l?équation de mortalité :
>>
>> « if (group == null) return 10.0; »
>>
>>
>>
>>
>>
>> Merci.
>>
>>
>>
>> Bastien
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>> Bastien Preuss
>>
>> Doctorant (PhD Student)
>>
>> IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie
>>
>> 101 Promenade Roger Laroque
>>
>> BP A5
>>
>> 98848 Noumea cedex
>>
>> New-Caledonia
>>
>> Tel: (+687) 260 723
>>
>> P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce
>> mail qu'en cas de nécessité
>>
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