September 2012 - Isis-fish-community-commits - mailman.cloud.codelutin.com

r14 - trunk/rules
by smahevas＠users.forge.codelutin.com 06 Sep '12

06 Sep '12

Author: smahevas Date: 2012-09-06 12:41:07 +0200 (Thu, 06 Sep 2012) New Revision: 14 Url: http://forge.codelutin.com/repositories/revision/isis-fish-community/14 Log: nouveau script Added: trunk/rules/Ogive_de_Tri_Merlu.java Added: trunk/rules/Ogive_de_Tri_Merlu.java =================================================================== --- trunk/rules/Ogive_de_Tri_Merlu.java (rev 0) +++ trunk/rules/Ogive_de_Tri_Merlu.java 2012-09-06 10:41:07 UTC (rev 14) @@ -0,0 +1,196 @@ +package rules; + +import static org.nuiton.i18n.I18n._; + +import java.util.List; +import java.util.ArrayList; +import java.util.Iterator; +import org.apache.commons.logging.Log; +import org.apache.commons.logging.LogFactory; +import org.nuiton.math.matrix.MatrixIterator; +import org.nuiton.math.matrix.MatrixND; +import org.nuiton.math.matrix.*; +import scripts.ResultName; +import scripts.SiMatrix; + +import fr.ifremer.isisfish.simulator.MetierMonitor; +import fr.ifremer.isisfish.simulator.SimulationContext; +import fr.ifremer.isisfish.types.TimeStep; +import fr.ifremer.isisfish.types.Month; +import fr.ifremer.isisfish.entities.*; +import fr.ifremer.isisfish.rule.AbstractRule; +import scripts.ResultName; +import scripts.SiMatrix; +import fr.ifremer.isisfish.entities.Metier; +import fr.ifremer.isisfish.entities.Population; +import fr.ifremer.isisfish.entities.PopulationGroup; +import fr.ifremer.isisfish.entities.Species; +import fr.ifremer.isisfish.entities.TargetSpecies; +import fr.ifremer.isisfish.simulator.PopulationMonitor; +import fr.ifremer.isisfish.simulator.SimulationContext; +import fr.ifremer.isisfish.simulator.ResultManager; +import fr.ifremer.isisfish.util.Doc; + +/** + * Cette methode remplace aussi TailleMin pour le Merlu dans PecherieGdG + * inspire de TailleMIN + * Created: 30 novembre 2006 + * + * @author anonymous <anonymous(a)labs.libre-entreprise.org> + * @version $Revision: 1.1 $ + * + * Last update: $Date: 2012 08_28 $ + * by : $Stephanie Mahevas$ + */ +public class Ogive_de_Tri_Merlu extends AbstractRule { + + /** to use log facility, just put in your code: log.info("..."); */ + static private Log log = LogFactory.getLog(Ogive_de_Tri_Merlu.class); + + @Doc(value = "Begin step") + public TimeStep param_beginStep = new TimeStep(0); + + @Doc(value = "End step") + public TimeStep param_endStep = new TimeStep(119); + + @Doc(value = "Affected species") + public Species param_species = null; + + @Doc(value = "param_Retention_L50") + public double param_Retention_L50 = 29.4307; + + @Doc(value = "param_Retention_slope") + public double param_Retention_slope = 2.02485; + + @Doc(value = "param_TailleMin") + public double param_TailleMin = 27; + + @Doc(value = "Proportion de survie") + public double param_propSurvie = 0; + + boolean affectation = true; + + public String[] necessaryResult = { + // put here all necessary result for this rule + // example: + // ResultName.MATRIX_BIOMASS, + // ResultName.MATRIX_NET_VALUE_OF_LANDINGS_PER_STRATEGY_MET, + }; + + @Override + public String[] getNecessaryResult() { + return this.necessaryResult; + } + + /** + * Permet d'afficher a l'utilisateur une aide sur la regle. + * + * @return L'aide ou la description de la regle + */ + @Override + public String getDescription() throws Exception { + return _("rejet des captures de merlu selon une sigmoide avec prop de survie selon Metier - pecherie Merlu-Langoustine GdG"); + } + + /** + * des valeurs + * + * @param context La simulation pour lequel on utilise cette regle + */ + @Override + public void init(SimulationContext context) throws Exception { + } + + + /** + * La condition qui doit etre vrai pour faire les actions + * + * @param context La simulation pour lequel on utilise cette regle + * @return vrai si on souhaite que les actions soit faites + */ + @Override + public boolean condition(SimulationContext context, TimeStep step, Metier metier) + throws Exception { + + boolean result = true; + if (step.before(param_beginStep)) { + result = false; + } else if (step.after(param_endStep)) { + result = false; + } + + + log.info("fin de condition OgiveTri:" + result); + return result; + + // fin + } + + /** + * Si la condition est vrai alors cette action est execut + * temps de la simulation. + * + * @param context La simulation pour lequel on utilise cette regle + */ + @Override + public void preAction(SimulationContext context, TimeStep step, Metier metier) + throws Exception { + // nothing + affectation = true; + } + + /** + * Si la condition est vrai alors cette action est execut + * temps de la simulation. + * @param context La simulation pour lequel on utilise cette regle + */ + @Override + public void postAction(SimulationContext context, TimeStep step, Metier metier) + throws Exception { + + // Application de l'ogive de tri sur les captures + // la matrice de captures a une dimension metier - donc a cette etape, toutes + // les captures de tous les metiers sont connues + // Ne doit pas s'appliquer pour chaque metier de la boucle mais une seule fois! + // affectation est mis ÃƒÂ true ÃƒÂ la fin de la boucle sur les pop + + if (affectation) { + log.info("deb de affecterCaptureRejetSelonOgive"); + + PopulationMonitor popMon = context.getPopulationMonitor(); + + for (Population pop : param_species.getPopulation()) { + MatrixND discard = popMon.getCatch(pop).copy(); + MatrixND eff = popMon.getN(pop); + + for (MatrixIterator i = discard.iterator(); i.next();) { + Object[] coordonnees = i.getSemanticsCoordinates(); + PopulationGroup group = (PopulationGroup) coordonnees[2]; + + if (metier.getName().equals("metier lang simp Sud")||metier.getName().equals("metier lang simp Nord")||metier.getName().equals("metier lang simple")||metier.getName().equals("metier lang jum Nord")||metier.getName().equals("metier lang jum Sud")||metier.getName().equals("metier lang jum")) { + + double propTrie = 1 / (1 + Math.exp(-(group.getLength() - param_Retention_L50)/ param_Retention_slope)); + double propRejet = 1 - propTrie; + log.info("REJETS" + propRejet); + double value = i.getValue() * propRejet; + log.info("VALUE" + value); + i.setValue(value); + + }else if (group.getLength() >= param_TailleMin) { + i.setValue(0); // initialise discard si pas de rejet (ie taille>=TailleMin et pas metierLangoustine) + } + if (param_propSurvie >0) { + //ajout de la survie aux effectifs + eff.setValue(coordonnees[2], coordonnees[3], + eff.getValue(coordonnees[2], + coordonnees[3]) + i.getValue() * + param_propSurvie); + } + } + discard.setName(ResultName.MATRIX_DISCARDS_PER_STR_MET_PER_ZONE_POP); + popMon.addDiscard(step, pop, discard); + } + affectation = true; // pour ne pas refaire l'affectation au prochain metier + } + } +}

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r13 - trunk/rules
by smahevas＠users.forge.codelutin.com 06 Sep '12

06 Sep '12

Author: smahevas Date: 2012-09-06 12:40:41 +0200 (Thu, 06 Sep 2012) New Revision: 13 Url: http://forge.codelutin.com/repositories/revision/isis-fish-community/13 Log: nouveau script Added: trunk/rules/TACpoids20012011.java Added: trunk/rules/TACpoids20012011.java =================================================================== --- trunk/rules/TACpoids20012011.java (rev 0) +++ trunk/rules/TACpoids20012011.java 2012-09-06 10:40:41 UTC (rev 13) @@ -0,0 +1,390 @@ +/* + * #%L + * IsisFish data + * %% + * Copyright (C) 2006 - 2011 Ifremer, CodeLutin + * %% + * This program is free software: you can redistribute it and/or modify + * it under the terms of the GNU General Public License as + * published by the Free Software Foundation, either version 2 of the + * License, or (at your option) any later version. + * + * This program is distributed in the hope that it will be useful, + * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of + * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the + * GNU General Public License for more details. + * + * You should have received a copy of the GNU General Public + * License along with this program. If not, see + * <http://www.gnu.org/licenses/gpl-2.0.html>. + * #L% + */ +package rules; + +import static org.nuiton.i18n.I18n._; + +import java.util.HashSet; +import java.util.Set; + +import org.apache.commons.logging.Log; +import org.apache.commons.logging.LogFactory; +import org.nuiton.math.matrix.MatrixIterator; +import org.nuiton.math.matrix.MatrixND; + +import scripts.ResultName; +import scripts.RuleUtil; +import scripts.SiMatrix; +import fr.ifremer.isisfish.datastore.ResultStorage; +import fr.ifremer.isisfish.entities.EffortDescription; +import fr.ifremer.isisfish.entities.Metier; +import fr.ifremer.isisfish.entities.Population; +import fr.ifremer.isisfish.entities.Species; +import fr.ifremer.isisfish.entities.Strategy; +import fr.ifremer.isisfish.entities.StrategyMonthInfo; +import fr.ifremer.isisfish.entities.TargetSpecies; +import fr.ifremer.isisfish.rule.AbstractRule; +import fr.ifremer.isisfish.simulator.MetierMonitor; +import fr.ifremer.isisfish.simulator.PopulationMonitor; +import fr.ifremer.isisfish.simulator.SimulationContext; +import fr.ifremer.isisfish.types.TimeStep; +import fr.ifremer.isisfish.types.Month; +import fr.ifremer.isisfish.util.Doc; + +/** + * TAC peut-etre utilise pour les differents TAC, en proportion des effectifs + * et/ou avec survie ou non. + * + * <li>Pour utiliser le tac proportionnel, il faut mettre dans le parametre + * propTac une valeur > 0, le TAC sera alors recalcule a chaque mois de janvier. + * <li>Pour utiliser la survie il faut mettre dans le parametre propSurvie une + * valeur > 0, automatiquement les suvie seront ajoute aux effectifs + * + * Created: 7 septembre 2006 + * + * @author anonymous <anonymous(a)labs.libre-entreprise.org> + * @version $Revision: 1.3 $ + * + * Last update: $Date: 290607 $ + * by : $Author: sigrid $ + */ +public class TACpoids20012011 extends AbstractRule { + + /** to use log facility, just put in your code: log.info("..."); */ + static private Log log = LogFactory.getLog(TACpoids20012011.class); + + @Doc("Affected species") + public Species param_species = null; + + @Doc("Proportion de survie") + public double param_propSurvie = 0; + + + /** TAC in tonnes */ + @Doc("TAC in tons 2001") + public double param_tacInTons2001 = 22600; + @Doc("TAC in tons 2002") + public double param_tacInTons2002 = 27000; + @Doc("TAC in tons 2003") + public double param_tacInTons2003 = 30000; + @Doc("TAC in tons 2004") + public double param_tacInTons2004 = 39100; + @Doc("TAC in tons 2005") + public double param_tacInTons2005 = 42600; + @Doc("TAC in tons 2006") + public double param_tacInTons2006 = 43900; + @Doc("TAC in tons 2007") + public double param_tacInTons2007 = 52680; + @Doc("TAC in tons 2008") + public double param_tacInTons2008 = 54000; + @Doc("TAC in tons 2009") + public double param_tacInTons2009 = 51500; + @Doc("TAC in tons 2010") + public double param_tacInTons2010 = 55105; + @Doc("TAC in tons 2011") + public double param_tacInTons2011 = 55105; + + boolean affectation = true; + + + + protected String[] necessaryResult = { + // put here all necessary result for this rule + // example: + // ResultName.MATRIX_BIOMASS, + // ResultName.MATRIX_NET_VALUE_OF_LANDINGS_PER_STRATEGY_MET, + }; + + /** + * @return the necessaryResult + */ + @Override + public String[] getNecessaryResult() { + return this.necessaryResult; + } + + /** + * Permet d'afficher a l'utilisateur une aide sur la regle. + * + * @return L'aide ou la description de la regle + */ + @Override + public String getDescription() { + return _("TAC weight in tons.\nIf you want survival discard use propSurvie other than 0.\nIf you wish TAC computed as a proportion of the biomass use propTac other than 0."); + } + + /** + * Appele au demarrage de la simulation, cette methode permet d'initialiser + * des valeurs + * + * @param context La simulation pour lequel on utilise cette regle + */ + @Override + public void init(SimulationContext context) throws Exception { + + } + + /** + * La condition qui doit etre vrai pour faire les actions. + * + * @param context la simulation pour lequel on utilise cette regle + * @param step le pas de temps courant + * @param metier le metier concernÃƒÆ’Ã†â€™Ãƒâ€ Ã¢â‚¬â„¢ÃƒÆ’Ã¢â‚¬Å¡Ãƒâ€šÃ‚Â© + * @return vrai si on souhaite que les actions soit faites + */ + @Override + public boolean condition(SimulationContext context, TimeStep step, Metier metier) + throws Exception { + + log.info("test si TAC atteint"); + // read species in current session : supprimÃƒÂ© car bug corrigÃƒÂ© + //param_species = (Species) context.getDB().findByTopiaId(param_species.getTopiaId()); + + double param_tacInTons = 0; + boolean result = false; + if (step.getYear()>10) { + result = false; + } else { + if (step.getYear()==0) { + param_tacInTons = param_tacInTons2001; + } else if (step.getYear()==1) { + param_tacInTons = param_tacInTons2002; + } else if (step.getYear()==2) { + param_tacInTons = param_tacInTons2003; + } else if (step.getYear()==3) { + param_tacInTons = param_tacInTons2004; + } else if (step.getYear()==4) { + param_tacInTons = param_tacInTons2005; + } else if (step.getYear()==5) { + param_tacInTons = param_tacInTons2006; + } else if (step.getYear()==6) { + param_tacInTons = param_tacInTons2007; + } else if (step.getYear()==7) { + param_tacInTons = param_tacInTons2008; + } else if (step.getYear()==8) { + param_tacInTons = param_tacInTons2009; + } else if (step.getYear()==9) { + param_tacInTons = param_tacInTons2010; + } else if (step.getYear()==10) { + param_tacInTons = param_tacInTons2011; + } + TargetSpecies ts = metier.getMetierSeasonInfo(step.getMonth()) + .getSpeciesTargetSpecies(param_species); + if (ts != null) { + double catchTons = RuleUtil.getTotalCatchTons(context, + param_species, step); + log.info("[TAC] catchTons = " + catchTons + + " >= param_tacInTons:" + param_tacInTons); + if (catchTons >= param_tacInTons) { + result = true; + } + } + } + return result; + } + + /** + * Si la condition est vrai alors cette action est executee avant le pas + * de temps de la simulation. + * + * @param context la simulation pour lequel on utilise cette regle + * @param step le pas de temps courant + * @param metier le metier concernÃƒÆ’Ã†â€™Ãƒâ€ Ã¢â‚¬â„¢ÃƒÆ’Ã¢â‚¬Å¡Ãƒâ€šÃ‚Â© + */ + @Override + public void preAction(SimulationContext context, TimeStep step, Metier metier) + throws Exception { + affectation = true; + + log.info("[TAC] preAction for: " + metier); + log.info(" TAC atteint [TAC] preAction for: " + metier); + TargetSpecies ts = metier.getMetierSeasonInfo(step.getMonth()) + .getSpeciesTargetSpecies(param_species); + if (ts != null && ts.getPrimaryCatch()) { + // recupere tous les metiers qui ont l'espece en capture principale =>metiers vises + // aimedMetiers ne fonctionne pas je ne sais pas pourquoi ! mais au final forbiddenMetier aura le meme effet + + context.getMetierMonitor().addforbiddenMetier(metier); + + //recupere toutes les strategies pratiquant le metier et pour lesquelles la proportion !=0 + SiMatrix siMatrix = SiMatrix.getSiMatrix(context); + Set<Strategy> strs = new HashSet<Strategy>(); + for (Strategy str : siMatrix.getStrategies(step)) { + double prop = str.getStrategyMonthInfo(step.getMonth()) + .getProportionMetier(metier); + if (prop != 0) { + strs.add(str); + } + } + + for (Strategy str : strs) { + StrategyMonthInfo smi = str.getStrategyMonthInfo(step + .getMonth()); + + // 1er cas de figure: l'effort est reporte sur un metier de la + // meme strategie, n'ayant pas l'espece comme capture principale + // et pechant avec le meme engin + Set<Metier> possibleMetierCase1 = new HashSet<Metier>(); + // second cas de figure: on cherche un metier de substitution + // sans condition sur les engins, mais qui soit pratique + Set<Metier> possibleMetierCase2 = new HashSet<Metier>(); + // 3 eme cas de figure: on cherche des metiers non vises, + // sans consideration sur les engins, et pour lesquels la + // proportion peut etre nulle + Set<Metier> possibleMetierCase3 = new HashSet<Metier>(); + + for (EffortDescription effort : str.getSetOfVessels() + .getPossibleMetiers()) { + Metier newMetier = effort.getPossibleMetiers(); + if ( + /*!aimedMetiers.contains(newMetier) + &&*/!metier.getName().equalsIgnoreCase("nonActiviy") + && !metier.getName().equalsIgnoreCase("nonActivie") + && !metier.getName().equalsIgnoreCase( + "non Activite") + && !context.getMetierMonitor().getForbiddenMetier() + .contains(newMetier)) { + possibleMetierCase3.add(newMetier); + + if (smi.getProportionMetier(newMetier) != 0) { + possibleMetierCase2.add(newMetier); + + if (metier.getGear().equals(newMetier.getGear())) { + possibleMetierCase1.add(newMetier); + } + } + } + } + + Set<Metier> possibleMetier = null; + if (possibleMetierCase1.size() != 0) { + log.info("[TAC] Use case 1"); + possibleMetier = possibleMetierCase1; + } else if (possibleMetierCase2.size() != 0) { + log.info("[TAC] Use case 2"); + possibleMetier = possibleMetierCase2; + } else if (possibleMetierCase3.size() != 0) { + log.info("[TAC] Use case 3"); + possibleMetier = possibleMetierCase3; + } + + if (possibleMetier != null) { + // on repartit maintenant l'effort entre les differents metiers + // possibles dans la meme strategie si un metier possible existe + // bien la repartion est proportionnelle a l'effort deja alloue + // dans la strategie + + double somme = 0; + for (Metier met : possibleMetier) { + somme += smi.getProportionMetier(met); + } + for (Metier met : possibleMetier) { + double newProportion = smi.getProportionMetier(met) + + (smi.getProportionMetier(metier) + * smi.getProportionMetier(met) / somme); + smi.setProportionMetier(met, newProportion); + } + smi.setProportionMetier(metier, 0); //le metier vise a alors une proportion nulle + log.info("[TAC] il y a des metiers possibles"); + } else { + log.info("[TAC] Use no activity"); + + // sinon on met tout dans le metier nonActivite + MetierMonitor metierMon = context.getMetierMonitor(); + MatrixND mat = metierMon.getOrCreateNoActivity(step, + ResultName.MATRIX_NO_ACTIVITY, siMatrix + .getStrategies(step), siMatrix + .getMetiers(step)); + mat.setValue(str, metier, smi.getProportionMetier(metier)); + + smi.getProportionMetier().setValue(metier, 0); + } + } + } + } + + /** + * Si la condition est vrai alors cette action est executÃƒÆ’Ã†â€™Ãƒâ€ Ã¢â‚¬â„¢ÃƒÆ’Ã¢â‚¬Å¡Ãƒâ€šÃ‚Â©e apres le pas + * de temps de la simulation. + * + * @param context La simulation pour lequel on utilise cette regle + * @param step le pas de temps courant + * @param metier le metier concernÃƒÆ’Ã†â€™Ãƒâ€ Ã¢â‚¬â„¢ÃƒÆ’Ã¢â‚¬Å¡Ãƒâ€šÃ‚Â© + */ + @Override + public void postAction(SimulationContext context, TimeStep step, Metier metier) + throws Exception { + + log.info("[TAC] postAction for: " + metier); + + if (affectation) { + // ATTENTION + // les captures pour cette metapop ne sont plus du qu'au metier + // pour qui l'espece est secondaire: elles sont affectees aux + // rejets + + //pb : ne se fait pas par metier + // il faut une matrice pour chaques pas de temps qui stocke les + // rejets par metier, par metapop et par classes d'age (comme + // pour les captures) + ////// + PopulationMonitor popMon = context.getPopulationMonitor(); + log.info("popMon biomass" + popMon.getBiomass(param_species)); + for (Population pop : param_species.getPopulation()) { + + log.info("pop : " + pop.getName()); + // si on a deja une matrice rejet on le vide (elle vient + // forcement de la regle taille minimale or si le tac est + // atteint, tout va dorenavent dans les rejets et on mais + // TOUTES les captures dans les rejets + MatrixND discard = popMon.getDiscard(step, pop); + //log.info("discard : " + discard); + if (discard != null) { + discard.mults(0); + } + log.info("catch = " + popMon.getCatch(pop)); + MatrixND discardRegle = popMon.getCatch(pop).copy(); //nouvelle instance pour le calcul dans la regle + // ca ne doit pas pouvoir marcher car MATRIX_DISCARDS_PER_STR_MET est de dimension pop groupe str met - et discard n'a plus la dimension pop + discardRegle.setName(ResultName.MATRIX_DISCARDS_PER_STR_MET_PER_ZONE_POP); + popMon.addDiscard(step, pop, discardRegle); + log.info("[TAC] add discard for " + pop + ": " + + discardRegle); + if (param_propSurvie > 0) { + MatrixND eff = popMon.getN(pop); + //on rÃƒÆ’Ã†â€™Ãƒâ€ Ã¢â‚¬â„¢ÃƒÆ’Ã¢â‚¬Å¡Ãƒâ€šÃ‚Â©ajoute les survivants aux effectifs + for (MatrixIterator i = discardRegle.iterator(); i + .next();) { + Object[] coord = i.getSemanticsCoordinates(); + eff.setValue(coord[2], coord[3], eff.getValue( + coord[2], coord[3]) + + i.getValue() * param_propSurvie); + } + } + } + // on a affecte une fois cette meta pop au rejet il ne faut pas + // le refaire + affectation = false; + } + + } + +}

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r12 - trunk/rules
by smahevas＠users.forge.codelutin.com 06 Sep '12

06 Sep '12

Author: smahevas Date: 2012-09-06 12:40:24 +0200 (Thu, 06 Sep 2012) New Revision: 12 Url: http://forge.codelutin.com/repositories/revision/isis-fish-community/12 Log: nouveau script Added: trunk/rules/TACpoids20012011TailleMin.java Added: trunk/rules/TACpoids20012011TailleMin.java =================================================================== --- trunk/rules/TACpoids20012011TailleMin.java (rev 0) +++ trunk/rules/TACpoids20012011TailleMin.java 2012-09-06 10:40:24 UTC (rev 12) @@ -0,0 +1,445 @@ +/* + * #%L + * IsisFish data + * %% + * Copyright (C) 2006 - 2011 Ifremer, CodeLutin + * %% + * This program is free software: you can redistribute it and/or modify + * it under the terms of the GNU General Public License as + * published by the Free Software Foundation, either version 2 of the + * License, or (at your option) any later version. + * + * This program is distributed in the hope that it will be useful, + * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of + * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the + * GNU General Public License for more details. + * + * You should have received a copy of the GNU General Public + * License along with this program. If not, see + * <http://www.gnu.org/licenses/gpl-2.0.html>. + * #L% + */ +package rules; + +import static org.nuiton.i18n.I18n._; + +import java.util.HashSet; +import java.util.Set; +import java.util.List; +import java.util.ArrayList; +import java.util.Iterator; + +import org.apache.commons.logging.Log; +import org.apache.commons.logging.LogFactory; +import org.nuiton.math.matrix.MatrixIterator; +import org.nuiton.math.matrix.MatrixND; + +import scripts.ResultName; +import scripts.RuleUtil; +import scripts.SiMatrix; +import fr.ifremer.isisfish.datastore.ResultStorage; +import fr.ifremer.isisfish.entities.EffortDescription; +import fr.ifremer.isisfish.entities.Metier; +import fr.ifremer.isisfish.entities.Population; +import fr.ifremer.isisfish.entities.Species; +import fr.ifremer.isisfish.entities.Strategy; +import fr.ifremer.isisfish.entities.StrategyMonthInfo; +import fr.ifremer.isisfish.entities.TargetSpecies; +import fr.ifremer.isisfish.entities.MetierSeasonInfo; +import fr.ifremer.isisfish.entities.PopulationGroup; +import fr.ifremer.isisfish.entities.*; +import fr.ifremer.isisfish.rule.AbstractRule; +import fr.ifremer.isisfish.simulator.MetierMonitor; +import fr.ifremer.isisfish.simulator.PopulationMonitor; +import fr.ifremer.isisfish.simulator.SimulationContext; +import fr.ifremer.isisfish.types.TimeStep; +import fr.ifremer.isisfish.types.Month; +import fr.ifremer.isisfish.util.Doc; + +/** + * TAC peut-etre utilise pour les differents TAC, en proportion des effectifs + * et/ou avec survie ou non. + * + * <li>Pour utiliser le tac proportionnel, il faut mettre dans le parametre + * propTac une valeur > 0, le TAC sera alors recalcule a chaque mois de janvier. + * <li>Pour utiliser la survie il faut mettre dans le parametre propSurvie une + * valeur > 0, automatiquement les suvie seront ajoute aux effectifs + * + * Created: 7 septembre 2006 + * + * @author anonymous <anonymous(a)labs.libre-entreprise.org> + * @version $Revision: 1.3 $ + * + * Last update: $Date: 30 aout 2012 $ + * by : $Author: Stephanie Mahevas$ + */ +public class TACpoids20012011TailleMin extends AbstractRule { + + /** to use log facility, just put in your code: log.info("..."); */ + static private Log log = LogFactory.getLog(TACpoids20012011TailleMin.class); + + @Doc("Affected species") + public Species param_species = null; + + @Doc("Proportion de survie") + public double param_propSurvie = 0.45; + + + /** TAC in tonnes */ + @Doc("TAC in tons 2001") + public double param_tacInTons2001 = 4000.0; + @Doc("TAC in tons 2002") + public double param_tacInTons2002 = 3200.0; + @Doc("TAC in tons 2003") + public double param_tacInTons2003 = 3000.0; + @Doc("TAC in tons 2004") + public double param_tacInTons2004 = 3150.0; + @Doc("TAC in tons 2005") + public double param_tacInTons2005 = 3100.0; + @Doc("TAC in tons 2006") + public double param_tacInTons2006 = 4000.0; + @Doc("TAC in tons 2007") + public double param_tacInTons2007 = 4320.0; + @Doc("TAC in tons 2008") + public double param_tacInTons2008 = 4320.0; + @Doc("TAC in tons 2009") + public double param_tacInTons2009 = 4100.0; + @Doc("TAC in tons 2010") + public double param_tacInTons2010 = 3900.0; + @Doc("TAC in tons 2011") + public double param_tacInTons2011 = 3900.0; + + @Doc(value = "param_TailleMin") + public double param_TailleMin = 85.0; + + + + boolean affectation = true; // pour ne passer qu'une seule fois dans afterSimulation (pour le premier metier) + boolean tacAtteint = false; // pour ne passer dans beforeSimulation que si le tac est atteint + + + + protected String[] necessaryResult = { + // put here all necessary result for this rule + // example: + // ResultName.MATRIX_BIOMASS, + // ResultName.MATRIX_NET_VALUE_OF_LANDINGS_PER_STRATEGY_MET, + }; + + /** + * @return the necessaryResult + */ + @Override + public String[] getNecessaryResult() { + return this.necessaryResult; + } + + /** + * Permet d'afficher a l'utilisateur une aide sur la regle. + * + * @return L'aide ou la description de la regle + */ + @Override + public String getDescription() { + return _("Combinaison de la regle tac poids sur 2001-2011 avec tailleMin + prop de survie des rejets."); + } + + /** + * Appele au demarrage de la simulation, cette methode permet d'initialiser + * des valeurs + * + * @param context La simulation pour lequel on utilise cette regle + */ + @Override + public void init(SimulationContext context) throws Exception { + + } + + /** + * La condition qui doit etre vrai pour faire les actions. + * + * @param context la simulation pour lequel on utilise cette regle + * @param step le pas de temps courant + * @param metier le metier concern + * @return vrai si on souhaite que les actions soit faites + */ + @Override + public boolean condition(SimulationContext context, TimeStep step, Metier metier) + throws Exception { + + log.info("test si TAC atteint"); + // read species in current session : plus necessaire bug resolu + //param_species = (Species) context.getDB().findByTopiaId( + // param_species.getTopiaId()); + TargetSpecies ts = metier.getMetierSeasonInfo(step.getMonth()) + .getSpeciesTargetSpecies(param_species); + boolean result = false; + if (ts != null) { // on n'applique la regle que si espece capturÃƒÆ’Ã‚Â©e par ce metier + double param_tacInTons = 0; + + if (step.getYear()>10) { //si on est apres 2011 + result = false; + } else { + result = true; // au moins tailleMin s'applique + if (step.getYear()==0) { + param_tacInTons = param_tacInTons2001; + } else if (step.getYear()==1) { + param_tacInTons = param_tacInTons2002; + } else if (step.getYear()==2) { + param_tacInTons = param_tacInTons2003; + } else if (step.getYear()==3) { + param_tacInTons = param_tacInTons2004; + } else if (step.getYear()==4) { + param_tacInTons = param_tacInTons2005; + } else if (step.getYear()==5) { + param_tacInTons = param_tacInTons2006; + } else if (step.getYear()==6) { + param_tacInTons = param_tacInTons2007; + } else if (step.getYear()==7) { + param_tacInTons = param_tacInTons2008; + } else if (step.getYear()==8) { + param_tacInTons = param_tacInTons2009; + } else if (step.getYear()==9) { + param_tacInTons = param_tacInTons2010; + } else if (step.getYear()==10) { + param_tacInTons = param_tacInTons2011; + } + // test si Tac atteint + double catchTons = RuleUtil.getTotalCatchTons(context, + param_species, step); + log.info("[TAC] catchTons = " + catchTons + + " >= param_tacInTons:" + param_tacInTons); + if (catchTons >= param_tacInTons) { + tacAtteint = true; + } + } + } + return result; + } + + /** + * Si la condition est vrai alors cette action est executee avant le pas + * de temps de la simulation. + * + * @param context la simulation pour lequel on utilise cette regle + * @param step le pas de temps courant + * @param metier le metier concern */ + @Override + public void preAction(SimulationContext context, TimeStep step, Metier metier) + throws Exception { + + // la preaction ne tourne que si le TAC est atteint + affectation = true; + + if (tacAtteint) { + + log.info("[TAC] preAction for: " + metier); + log.info(" TAC atteint [TAC] preAction for: " + metier); + TargetSpecies ts = metier.getMetierSeasonInfo(step.getMonth()) + .getSpeciesTargetSpecies(param_species); + if (ts != null && ts.getPrimaryCatch()) { + // recupere tous les metiers qui ont l'espece en capture principale =>metiers vises + // aimedMetiers ne fonctionne pas je ne sais pas pourquoi ! mais au final forbiddenMetier aura le meme effet + + context.getMetierMonitor().addforbiddenMetier(metier); + + //recupere toutes les strategies pratiquant le metier et pour lesquelles la proportion !=0 + SiMatrix siMatrix = SiMatrix.getSiMatrix(context); + Set<Strategy> strs = new HashSet<Strategy>(); + for (Strategy str : siMatrix.getStrategies(step)) { + double prop = str.getStrategyMonthInfo(step.getMonth()) + .getProportionMetier(metier); + if (prop != 0) { + strs.add(str); + } + } + + for (Strategy str : strs) { + StrategyMonthInfo smi = str.getStrategyMonthInfo(step + .getMonth()); + + // 1er cas de figure: l'effort est reporte sur un metier de la + // meme strategie, n'ayant pas l'espece comme capture principale + // et pechant avec le meme engin + Set<Metier> possibleMetierCase1 = new HashSet<Metier>(); + // second cas de figure: on cherche un metier de substitution + // sans condition sur les engins, mais qui soit pratique + Set<Metier> possibleMetierCase2 = new HashSet<Metier>(); + // 3 eme cas de figure: on cherche des metiers non vises, + // sans consideration sur les engins, et pour lesquels la + // proportion peut etre nulle + Set<Metier> possibleMetierCase3 = new HashSet<Metier>(); + + for (EffortDescription effort : str.getSetOfVessels() + .getPossibleMetiers()) { + Metier newMetier = effort.getPossibleMetiers(); + if ( + /*!aimedMetiers.contains(newMetier) + &&*/!metier.getName().equalsIgnoreCase("nonActiviy") + && !metier.getName().equalsIgnoreCase("nonActivie") + && !metier.getName().equalsIgnoreCase( + "non Activite") + && !context.getMetierMonitor().getForbiddenMetier() + .contains(newMetier)) { + possibleMetierCase3.add(newMetier); + + if (smi.getProportionMetier(newMetier) != 0) { + possibleMetierCase2.add(newMetier); + + if (metier.getGear().equals(newMetier.getGear())) { + possibleMetierCase1.add(newMetier); + } + } + } + } + + Set<Metier> possibleMetier = null; + if (possibleMetierCase1.size() != 0) { + log.info("[TAC] Use case 1"); + possibleMetier = possibleMetierCase1; + } else if (possibleMetierCase2.size() != 0) { + log.info("[TAC] Use case 2"); + possibleMetier = possibleMetierCase2; + } else if (possibleMetierCase3.size() != 0) { + log.info("[TAC] Use case 3"); + possibleMetier = possibleMetierCase3; + } + + if (possibleMetier != null) { + // on repartit maintenant l'effort entre les differents metiers + // possibles dans la meme strategie si un metier possible existe + // bien la repartion est proportionnelle a l'effort deja alloue + // dans la strategie + + double somme = 0; + for (Metier met : possibleMetier) { + somme += smi.getProportionMetier(met); + } + for (Metier met : possibleMetier) { + double newProportion = smi.getProportionMetier(met) + + (smi.getProportionMetier(metier) + * smi.getProportionMetier(met) / somme); + smi.setProportionMetier(met, newProportion); + } + smi.setProportionMetier(metier, 0); //le metier vise a alors une proportion nulle + log.info("[TAC] il y a des metiers possibles"); + } else { + log.info("[TAC] Use no activity"); + + // sinon on met tout dans le metier nonActivite + MetierMonitor metierMon = context.getMetierMonitor(); + MatrixND mat = metierMon.getOrCreateNoActivity(step, + ResultName.MATRIX_NO_ACTIVITY, siMatrix + .getStrategies(step), siMatrix + .getMetiers(step)); + mat.setValue(str, metier, smi.getProportionMetier(metier)); + + smi.getProportionMetier().setValue(metier, 0); + } + } + } + + + } + + } + + /** + * Si la condition est vrai alors cette action est execute apres le pas + * de temps de la simulation. + * + * @param context La simulation pour lequel on utilise cette regle + * @param step le pas de temps courant + * @param metier le metier concern */ + @Override + public void postAction(SimulationContext context, TimeStep step, Metier metier) + throws Exception { + + + + if (affectation) { + // Application des rejets si Tac atteint et tailleMin sinon sur les captures + // la matrice de captures a une dimension metier - donc a cette etape, toutes + // les captures de tous les metiers sont connues + // Ne doit pas s'appliquer pour chaque metier de la boucle mais une seule fois! + // affectation est mis ÃƒÆ’Ã‚Â true ÃƒÆ’Ã‚Â la fin de la boucle sur les pop + // la preaction ne tourne que si le TAC est atteint + + if (tacAtteint) { //postAction de la regle TAC dans ce cas TailleMin ne s'applique pas + log.info("[TAC] postAction for: " + metier); + + PopulationMonitor popMon = context.getPopulationMonitor(); + log.info("popMon biomass" + popMon.getBiomass(param_species)); + for (Population pop : param_species.getPopulation()) { + + log.info("pop : " + pop.getName()); + // si on a deja une matrice rejet on le vide (elle vient + // forcement de la regle taille minimale or si le tac est + // atteint, tout va dorenavent dans les rejets et on mais + // TOUTES les captures dans les rejets + MatrixND discard = popMon.getDiscard(step, pop); + //log.info("discard : " + discard); + if (discard != null) { + discard.mults(0); + } + log.info("catch = " + popMon.getCatch(pop)); + MatrixND discardRegle = popMon.getCatch(pop).copy(); //nouvelle instance pour le calcul dans la regle + // ca ne doit pas pouvoir marcher car MATRIX_DISCARDS_PER_STR_MET est de dimension pop groupe str met - et discard n'a plus la dimension pop + discardRegle.setName(ResultName.MATRIX_DISCARDS_PER_STR_MET_PER_ZONE_POP); + popMon.addDiscard(step, pop, discardRegle); + log.info("[TAC] add discard for " + pop + ": " + + discardRegle); + if (param_propSurvie > 0) { + MatrixND eff = popMon.getN(pop); + //on rÃƒÆ’Ã†â€™Ãƒâ€ Ã¢â‚¬â„¢ÃƒÆ’Ã¢â‚¬Å¡Ãƒâ€šÃ‚Â©ajoute les survivants aux effectifs + for (MatrixIterator i = discardRegle.iterator(); i + .next();) { + Object[] coord = i.getSemanticsCoordinates(); + eff.setValue(coord[2], coord[3], eff.getValue( + coord[2], coord[3]) + + i.getValue() * param_propSurvie); + } + } + } + + } else { + //on applique TailleMin uniquement si tac pas atteint + log.info(" TailleMin.actionApres:" + step + " metapop:" + + param_species + " metier:" + metier); + log.info("deb de affecterCaptureREJETTailleMin"); + + PopulationMonitor popMon = context.getPopulationMonitor(); + + for (Population pop : param_species.getPopulation()) { + //if (popMon.getDiscard(step, pop) == null) { + MatrixND discard = popMon.getCatch(pop).copy(); + MatrixND eff = popMon.getN(pop); + + for (MatrixIterator i = discard.iterator(); i.next();) { + Object[] coordonnees = i.getSemanticsCoordinates(); + PopulationGroup group = + (PopulationGroup) coordonnees[2]; + if (group.getLength() >= param_TailleMin) { + i.setValue(0); + } else if (param_propSurvie > 0) { + eff.setValue(coordonnees[2], coordonnees[3], + eff.getValue(coordonnees[2], + coordonnees[3]) + i.getValue() * + param_propSurvie); + } + } + discard.setName( + ResultName.MATRIX_DISCARDS_PER_STR_MET_PER_ZONE_POP); + popMon.addDiscard(step, pop, discard); + //} + } + + } + // on a affecte une fois cette meta pop au rejet il ne faut pas + // le refaire + affectation = false; + } + + } + +}

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r11 - trunk/rules
by smahevas＠users.forge.codelutin.com 06 Sep '12

06 Sep '12

Author: smahevas Date: 2012-09-06 12:40:09 +0200 (Thu, 06 Sep 2012) New Revision: 11 Url: http://forge.codelutin.com/repositories/revision/isis-fish-community/11 Log: nouveau script Added: trunk/rules/TACpoids20012011OgiveTriMerlu.java Added: trunk/rules/TACpoids20012011OgiveTriMerlu.java =================================================================== --- trunk/rules/TACpoids20012011OgiveTriMerlu.java (rev 0) +++ trunk/rules/TACpoids20012011OgiveTriMerlu.java 2012-09-06 10:40:09 UTC (rev 11) @@ -0,0 +1,454 @@ +/* + * #%L + * IsisFish data + * %% + * Copyright (C) 2006 - 2011 Ifremer, CodeLutin + * %% + * This program is free software: you can redistribute it and/or modify + * it under the terms of the GNU General Public License as + * published by the Free Software Foundation, either version 2 of the + * License, or (at your option) any later version. + * + * This program is distributed in the hope that it will be useful, + * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of + * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the + * GNU General Public License for more details. + * + * You should have received a copy of the GNU General Public + * License along with this program. If not, see + * <http://www.gnu.org/licenses/gpl-2.0.html>. + * #L% + */ +package rules; + +import static org.nuiton.i18n.I18n._; + +import java.util.HashSet; +import java.util.Set; +import java.util.List; +import java.util.ArrayList; +import java.util.Iterator; + +import org.apache.commons.logging.Log; +import org.apache.commons.logging.LogFactory; +import org.nuiton.math.matrix.MatrixIterator; +import org.nuiton.math.matrix.MatrixND; + +import scripts.ResultName; +import scripts.RuleUtil; +import scripts.SiMatrix; +import fr.ifremer.isisfish.datastore.ResultStorage; +import fr.ifremer.isisfish.entities.EffortDescription; +import fr.ifremer.isisfish.entities.Metier; +import fr.ifremer.isisfish.entities.Population; +import fr.ifremer.isisfish.entities.Species; +import fr.ifremer.isisfish.entities.Strategy; +import fr.ifremer.isisfish.entities.StrategyMonthInfo; +import fr.ifremer.isisfish.entities.TargetSpecies; +import fr.ifremer.isisfish.entities.MetierSeasonInfo; +import fr.ifremer.isisfish.entities.PopulationGroup; +import fr.ifremer.isisfish.entities.*; +import fr.ifremer.isisfish.rule.AbstractRule; +import fr.ifremer.isisfish.simulator.MetierMonitor; +import fr.ifremer.isisfish.simulator.PopulationMonitor; +import fr.ifremer.isisfish.simulator.SimulationContext; +import fr.ifremer.isisfish.types.TimeStep; +import fr.ifremer.isisfish.types.Month; +import fr.ifremer.isisfish.util.Doc; + +/** + * TAC peut-etre utilise pour les differents TAC, en proportion des effectifs + * et/ou avec survie ou non. + * + * <li>Pour utiliser le tac proportionnel, il faut mettre dans le parametre + * propTac une valeur > 0, le TAC sera alors recalcule a chaque mois de janvier. + * <li>Pour utiliser la survie il faut mettre dans le parametre propSurvie une + * valeur > 0, automatiquement les suvie seront ajoute aux effectifs + * + * Created: 7 septembre 2006 + * + * @author anonymous <anonymous(a)labs.libre-entreprise.org> + * @version $Revision: 1.3 $ + * + * Last update: $Date: 30 aout 2012 $ + * by : $Author: Stephanie Mahevas$ + */ +public class TACpoids20012011OgiveTriMerlu extends AbstractRule { + + /** to use log facility, just put in your code: log.info("..."); */ + static private Log log = LogFactory.getLog(TACpoids20012011OgiveTriMerlu.class); + + @Doc("Affected species") + public Species param_species = null; + + @Doc("Proportion de survie") + public double param_propSurvie = 0.45; + @Doc(value = "param_Retention_L50") + public double param_Retention_L50 = 29.4307; + + @Doc(value = "param_Retention_slope") + public double param_Retention_slope = 2.02485; + + @Doc(value = "param_TailleMin") + public double param_TailleMin = 27.0; + /** TAC in tonnes */ + @Doc("TAC in tons 2001") + public double param_tacInTons2001 = 4000.0; + @Doc("TAC in tons 2002") + public double param_tacInTons2002 = 3200.0; + @Doc("TAC in tons 2003") + public double param_tacInTons2003 = 3000.0; + @Doc("TAC in tons 2004") + public double param_tacInTons2004 = 3150.0; + @Doc("TAC in tons 2005") + public double param_tacInTons2005 = 3100.0; + @Doc("TAC in tons 2006") + public double param_tacInTons2006 = 4000.0; + @Doc("TAC in tons 2007") + public double param_tacInTons2007 = 4320.0; + @Doc("TAC in tons 2008") + public double param_tacInTons2008 = 4320.0; + @Doc("TAC in tons 2009") + public double param_tacInTons2009 = 4100.0; + @Doc("TAC in tons 2010") + public double param_tacInTons2010 = 3900.0; + @Doc("TAC in tons 2011") + public double param_tacInTons2011 = 3900.0; + + + + + + boolean affectation = true; // pour ne passer qu'une seule fois dans afterSimulation (pour le premier metier) + boolean tacAtteint = false; // pour ne passer dans beforeSimulation que si le tac est atteint + + + + protected String[] necessaryResult = { + // put here all necessary result for this rule + // example: + // ResultName.MATRIX_BIOMASS, + // ResultName.MATRIX_NET_VALUE_OF_LANDINGS_PER_STRATEGY_MET, + }; + + /** + * @return the necessaryResult + */ + @Override + public String[] getNecessaryResult() { + return this.necessaryResult; + } + + /** + * Permet d'afficher a l'utilisateur une aide sur la regle. + * + * @return L'aide ou la description de la regle + */ + @Override + public String getDescription() { + return _("Combinaison de la regle tac poids sur 2001-2011 avec ogive de tri + prop de survie des rejets."); + } + + /** + * Appele au demarrage de la simulation, cette methode permet d'initialiser + * des valeurs + * + * @param context La simulation pour lequel on utilise cette regle + */ + @Override + public void init(SimulationContext context) throws Exception { + + } + + /** + * La condition qui doit etre vrai pour faire les actions. + * + * @param context la simulation pour lequel on utilise cette regle + * @param step le pas de temps courant + * @param metier le metier concern + * @return vrai si on souhaite que les actions soit faites + */ + @Override + public boolean condition(SimulationContext context, TimeStep step, Metier metier) + throws Exception { + + log.info("test si TAC atteint"); + // read species in current session : plus necessaire bug resolu + //param_species = (Species) context.getDB().findByTopiaId( + // param_species.getTopiaId()); + TargetSpecies ts = metier.getMetierSeasonInfo(step.getMonth()) + .getSpeciesTargetSpecies(param_species); + boolean result = false; + if (ts != null) { // on n'applique la regle que si espece capturÃƒÆ’Ã†â€™Ãƒâ€šÃ‚Â©e par ce metier + double param_tacInTons = 0; + + if (step.getYear()>10) { //si on est apres 2011 + result = false; + } else { + result = true; // au moins ogive tri s'applique + if (step.getYear()==0) { + param_tacInTons = param_tacInTons2001; + } else if (step.getYear()==1) { + param_tacInTons = param_tacInTons2002; + } else if (step.getYear()==2) { + param_tacInTons = param_tacInTons2003; + } else if (step.getYear()==3) { + param_tacInTons = param_tacInTons2004; + } else if (step.getYear()==4) { + param_tacInTons = param_tacInTons2005; + } else if (step.getYear()==5) { + param_tacInTons = param_tacInTons2006; + } else if (step.getYear()==6) { + param_tacInTons = param_tacInTons2007; + } else if (step.getYear()==7) { + param_tacInTons = param_tacInTons2008; + } else if (step.getYear()==8) { + param_tacInTons = param_tacInTons2009; + } else if (step.getYear()==9) { + param_tacInTons = param_tacInTons2010; + } else if (step.getYear()==10) { + param_tacInTons = param_tacInTons2011; + } + // test si Tac atteint + double catchTons = RuleUtil.getTotalCatchTons(context, + param_species, step); + log.info("[TAC] catchTons = " + catchTons + + " >= param_tacInTons:" + param_tacInTons); + if (catchTons >= param_tacInTons) { + tacAtteint = true; + } + } + } + return result; + } + + /** + * Si la condition est vrai alors cette action est executee avant le pas + * de temps de la simulation. + * + * @param context la simulation pour lequel on utilise cette regle + * @param step le pas de temps courant + * @param metier le metier concern */ + @Override + public void preAction(SimulationContext context, TimeStep step, Metier metier) + throws Exception { + + // la preaction ne tourne que si le TAC est atteint + affectation = true; + + if (tacAtteint) { + + log.info("[TAC] preAction for: " + metier); + log.info(" TAC atteint [TAC] preAction for: " + metier); + TargetSpecies ts = metier.getMetierSeasonInfo(step.getMonth()) + .getSpeciesTargetSpecies(param_species); + if (ts != null && ts.getPrimaryCatch()) { + // recupere tous les metiers qui ont l'espece en capture principale =>metiers vises + // aimedMetiers ne fonctionne pas je ne sais pas pourquoi ! mais au final forbiddenMetier aura le meme effet + + context.getMetierMonitor().addforbiddenMetier(metier); + + //recupere toutes les strategies pratiquant le metier et pour lesquelles la proportion !=0 + SiMatrix siMatrix = SiMatrix.getSiMatrix(context); + Set<Strategy> strs = new HashSet<Strategy>(); + for (Strategy str : siMatrix.getStrategies(step)) { + double prop = str.getStrategyMonthInfo(step.getMonth()) + .getProportionMetier(metier); + if (prop != 0) { + strs.add(str); + } + } + + for (Strategy str : strs) { + StrategyMonthInfo smi = str.getStrategyMonthInfo(step + .getMonth()); + + // 1er cas de figure: l'effort est reporte sur un metier de la + // meme strategie, n'ayant pas l'espece comme capture principale + // et pechant avec le meme engin + Set<Metier> possibleMetierCase1 = new HashSet<Metier>(); + // second cas de figure: on cherche un metier de substitution + // sans condition sur les engins, mais qui soit pratique + Set<Metier> possibleMetierCase2 = new HashSet<Metier>(); + // 3 eme cas de figure: on cherche des metiers non vises, + // sans consideration sur les engins, et pour lesquels la + // proportion peut etre nulle + Set<Metier> possibleMetierCase3 = new HashSet<Metier>(); + + for (EffortDescription effort : str.getSetOfVessels() + .getPossibleMetiers()) { + Metier newMetier = effort.getPossibleMetiers(); + if ( + /*!aimedMetiers.contains(newMetier) + &&*/!metier.getName().equalsIgnoreCase("nonActiviy") + && !metier.getName().equalsIgnoreCase("nonActivie") + && !metier.getName().equalsIgnoreCase( + "non Activite") + && !context.getMetierMonitor().getForbiddenMetier() + .contains(newMetier)) { + possibleMetierCase3.add(newMetier); + + if (smi.getProportionMetier(newMetier) != 0) { + possibleMetierCase2.add(newMetier); + + if (metier.getGear().equals(newMetier.getGear())) { + possibleMetierCase1.add(newMetier); + } + } + } + } + + Set<Metier> possibleMetier = null; + if (possibleMetierCase1.size() != 0) { + log.info("[TAC] Use case 1"); + possibleMetier = possibleMetierCase1; + } else if (possibleMetierCase2.size() != 0) { + log.info("[TAC] Use case 2"); + possibleMetier = possibleMetierCase2; + } else if (possibleMetierCase3.size() != 0) { + log.info("[TAC] Use case 3"); + possibleMetier = possibleMetierCase3; + } + + if (possibleMetier != null) { + // on repartit maintenant l'effort entre les differents metiers + // possibles dans la meme strategie si un metier possible existe + // bien la repartion est proportionnelle a l'effort deja alloue + // dans la strategie + + double somme = 0; + for (Metier met : possibleMetier) { + somme += smi.getProportionMetier(met); + } + for (Metier met : possibleMetier) { + double newProportion = smi.getProportionMetier(met) + + (smi.getProportionMetier(metier) + * smi.getProportionMetier(met) / somme); + smi.setProportionMetier(met, newProportion); + } + smi.setProportionMetier(metier, 0); //le metier vise a alors une proportion nulle + log.info("[TAC] il y a des metiers possibles"); + } else { + log.info("[TAC] Use no activity"); + + // sinon on met tout dans le metier nonActivite + MetierMonitor metierMon = context.getMetierMonitor(); + MatrixND mat = metierMon.getOrCreateNoActivity(step, + ResultName.MATRIX_NO_ACTIVITY, siMatrix + .getStrategies(step), siMatrix + .getMetiers(step)); + mat.setValue(str, metier, smi.getProportionMetier(metier)); + + smi.getProportionMetier().setValue(metier, 0); + } + } + } + + + } + + } + + /** + * Si la condition est vrai alors cette action est execute apres le pas + * de temps de la simulation. + * + * @param context La simulation pour lequel on utilise cette regle + * @param step le pas de temps courant + * @param metier le metier concern */ + @Override + public void postAction(SimulationContext context, TimeStep step, Metier metier) + throws Exception { + + + + if (affectation) { + // Application des rejets si Tac atteint et tailleMin sinon sur les captures + // la matrice de captures a une dimension metier - donc a cette etape, toutes + // les captures de tous les metiers sont connues + // Ne doit pas s'appliquer pour chaque metier de la boucle mais une seule fois! + // affectation est mis ÃƒÆ’Ã†â€™Ãƒâ€šÃ‚Â true ÃƒÆ’Ã†â€™Ãƒâ€šÃ‚Â la fin de la boucle sur les pop + // la preaction ne tourne que si le TAC est atteint + + if (tacAtteint) { //postAction de la regle TAC dans ce cas TailleMin ne s'applique pas + log.info("[TAC] postAction for: " + metier); + + PopulationMonitor popMon = context.getPopulationMonitor(); + log.info("popMon biomass" + popMon.getBiomass(param_species)); + for (Population pop : param_species.getPopulation()) { + + log.info("pop : " + pop.getName()); + // si on a deja une matrice rejet on le vide (elle vient + // forcement de la regle taille minimale or si le tac est + // atteint, tout va dorenavent dans les rejets et on mais + // TOUTES les captures dans les rejets + MatrixND discard = popMon.getDiscard(step, pop); + //log.info("discard : " + discard); + if (discard != null) { + discard.mults(0); + } + log.info("catch = " + popMon.getCatch(pop)); + MatrixND discardRegle = popMon.getCatch(pop).copy(); //nouvelle instance pour le calcul dans la regle + // ca ne doit pas pouvoir marcher car MATRIX_DISCARDS_PER_STR_MET est de dimension pop groupe str met - et discard n'a plus la dimension pop + discardRegle.setName(ResultName.MATRIX_DISCARDS_PER_STR_MET_PER_ZONE_POP); + popMon.addDiscard(step, pop, discardRegle); + log.info("[TAC] add discard for " + pop + ": " + + discardRegle); + if (param_propSurvie > 0) { + MatrixND eff = popMon.getN(pop); + //on rÃƒÆ’Ã†â€™Ãƒâ€ Ã¢â‚¬â„¢ÃƒÆ’Ã¢â‚¬Â ÃƒÂ¢Ã¢â€šÂ¬Ã¢â€žÂ¢ÃƒÆ’Ã†â€™ÃƒÂ¢Ã¢â€šÂ¬Ã…Â¡ÃƒÆ’Ã¢â‚¬Å¡Ãƒâ€šÃ‚Â©ajoute les survivants aux effectifs + for (MatrixIterator i = discardRegle.iterator(); i + .next();) { + Object[] coord = i.getSemanticsCoordinates(); + eff.setValue(coord[2], coord[3], eff.getValue( + coord[2], coord[3]) + + i.getValue() * param_propSurvie); + } + } + } + + } else { + log.info("deb de affecterCaptureRejetSelonOgive"); + + PopulationMonitor popMon = context.getPopulationMonitor(); + for (Population pop : param_species.getPopulation()) { + MatrixND discard = popMon.getCatch(pop).copy(); + MatrixND eff = popMon.getN(pop); + + for (MatrixIterator i = discard.iterator(); i.next();) { + Object[] coordonnees = i.getSemanticsCoordinates(); + PopulationGroup group = (PopulationGroup) coordonnees[2]; + + if (metier.getName().equals("metier lang simp Sud")||metier.getName().equals("metier lang simp Nord")||metier.getName().equals("metier lang simple")||metier.getName().equals("metier lang jum Nord")||metier.getName().equals("metier lang jum Sud")||metier.getName().equals("metier lang jum")) { + + double propTrie = 1 / (1 + Math.exp(-(group.getLength() - param_Retention_L50)/ param_Retention_slope)); + double propRejet = 1 - propTrie; + log.info("REJETS" + propRejet); + double value = i.getValue() * propRejet; + log.info("VALUE" + value); + i.setValue(value); + + }else if (group.getLength() >= param_TailleMin) { + i.setValue(0); // initialise discard si pas de rejet (ie taille>=TailleMin et pas metierLangoustine) + } + if (param_propSurvie >0) { + //ajout de la survie aux effectifs + eff.setValue(coordonnees[2], coordonnees[3], + eff.getValue(coordonnees[2], + coordonnees[3]) + i.getValue() * + param_propSurvie); + } + } + discard.setName(ResultName.MATRIX_DISCARDS_PER_STR_MET_PER_ZONE_POP); + popMon.addDiscard(step, pop, discard); + } + + } + // on a affecte une fois cette meta pop au rejet il ne faut pas + // le refaire + affectation = false; + } + + } + +}

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r10 - trunk/rules
by smahevas＠users.forge.codelutin.com 06 Sep '12

06 Sep '12

Author: smahevas Date: 2012-09-06 12:38:49 +0200 (Thu, 06 Sep 2012) New Revision: 10 Url: http://forge.codelutin.com/repositories/revision/isis-fish-community/10 Log: nouveau script Added: trunk/rules/TACpoidsTailleMin.java Added: trunk/rules/TACpoidsTailleMin.java =================================================================== --- trunk/rules/TACpoidsTailleMin.java (rev 0) +++ trunk/rules/TACpoidsTailleMin.java 2012-09-06 10:38:49 UTC (rev 10) @@ -0,0 +1,395 @@ +/* + * #%L + * IsisFish data + * %% + * Copyright (C) 2006 - 2011 Ifremer, CodeLutin + * %% + * This program is free software: you can redistribute it and/or modify + * it under the terms of the GNU General Public License as + * published by the Free Software Foundation, either version 2 of the + * License, or (at your option) any later version. + * + * This program is distributed in the hope that it will be useful, + * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of + * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the + * GNU General Public License for more details. + * + * You should have received a copy of the GNU General Public + * License along with this program. If not, see + * <http://www.gnu.org/licenses/gpl-2.0.html>. + * #L% + */ +package rules; + +import static org.nuiton.i18n.I18n._; + +import java.util.HashSet; +import java.util.Set; +import java.util.List; +import java.util.ArrayList; +import java.util.Iterator; + +import org.apache.commons.logging.Log; +import org.apache.commons.logging.LogFactory; +import org.nuiton.math.matrix.MatrixIterator; +import org.nuiton.math.matrix.MatrixND; + +import scripts.ResultName; +import scripts.RuleUtil; +import scripts.SiMatrix; +import fr.ifremer.isisfish.datastore.ResultStorage; +import fr.ifremer.isisfish.entities.EffortDescription; +import fr.ifremer.isisfish.entities.Metier; +import fr.ifremer.isisfish.entities.Population; +import fr.ifremer.isisfish.entities.Species; +import fr.ifremer.isisfish.entities.Strategy; +import fr.ifremer.isisfish.entities.StrategyMonthInfo; +import fr.ifremer.isisfish.entities.TargetSpecies; +import fr.ifremer.isisfish.entities.MetierSeasonInfo; +import fr.ifremer.isisfish.entities.PopulationGroup; +import fr.ifremer.isisfish.entities.*; +import fr.ifremer.isisfish.rule.AbstractRule; +import fr.ifremer.isisfish.simulator.MetierMonitor; +import fr.ifremer.isisfish.simulator.PopulationMonitor; +import fr.ifremer.isisfish.simulator.SimulationContext; +import fr.ifremer.isisfish.types.TimeStep; +import fr.ifremer.isisfish.types.Month; +import fr.ifremer.isisfish.util.Doc; + +/** + * TAC peut-etre utilise pour les differents TAC, en proportion des effectifs + * et/ou avec survie ou non. + * + * <li>Pour utiliser le tac proportionnel, il faut mettre dans le parametre + * propTac une valeur > 0, le TAC sera alors recalcule a chaque mois de janvier. + * <li>Pour utiliser la survie il faut mettre dans le parametre propSurvie une + * valeur > 0, automatiquement les suvie seront ajoute aux effectifs + * + * Created: 7 septembre 2006 + * + * @author anonymous <anonymous(a)labs.libre-entreprise.org> + * @version $Revision: 1.3 $ + * + * Last update: $Date: 290607 $ + * by : $Author: sigrid $ + */ +public class TACpoidsTailleMin extends AbstractRule { + + /** to use log facility, just put in your code: log.info("..."); */ + static private Log log = LogFactory.getLog(TACpoidsTailleMin.class); + + @Doc("Affected species") + public Species param_species = null; + @Doc("Debin date") + public TimeStep param_beginStep = new TimeStep(0); + @Doc("End date") + public TimeStep param_endStep = new TimeStep(90); + @Doc("Proportion de survie") + public double param_propSurvie = 0; + @Doc("Proportionnal TAC") + public double param_propTac = 0; + + /** TAC in tonnes */ + @Doc("TAC in tons") + public double param_tacInTons = 900; + + + @Doc(value = "param_TailleMin") + public double param_TailleMin = 0.0; + + boolean affectation = false; + boolean tacAtteint = false; + + protected String[] necessaryResult = { + // put here all necessary result for this rule + // example: + // ResultName.MATRIX_BIOMASS, + // ResultName.MATRIX_NET_VALUE_OF_LANDINGS_PER_STRATEGY_MET, + }; + + /** + * @return the necessaryResult + */ + @Override + public String[] getNecessaryResult() { + return this.necessaryResult; + } + + /** + * Permet d'afficher a l'utilisateur une aide sur la regle. + * + * @return L'aide ou la description de la regle + */ + @Override + public String getDescription() { + return _("TAC weight in tons.\nIf you want survival discard use propSurvie other than 0.\nIf you wish TAC computed as a proportion of the biomass use propTac other than 0."); + } + + /** + * Appele au demarrage de la simulation, cette methode permet d'initialiser + * des valeurs + * + * @param context La simulation pour lequel on utilise cette regle + */ + @Override + public void init(SimulationContext context) throws Exception { + } + + /** + * La condition qui doit etre vrai pour faire les actions. + * + * @param context la simulation pour lequel on utilise cette regle + * @param step le pas de temps courant + * @param metier le metier concernÃƒÆ’Ã‚Â© + * @return vrai si on souhaite que les actions soit faites + */ + @Override + public boolean condition(SimulationContext context, TimeStep step, Metier metier) + throws Exception { + + log.info("test si TAC atteint"); + // read species in current session + param_species = (Species) context.getDB().findByTopiaId( + param_species.getTopiaId()); + TargetSpecies ts = metier.getMetierSeasonInfo(step.getMonth()) + .getSpeciesTargetSpecies(param_species); + boolean result = false; + if (ts != null) { // on n'applique la regle que si espece capturÃƒÆ’Ã†â€™Ãƒâ€ Ã¢â‚¬â„¢ÃƒÆ’Ã¢â‚¬Å¡Ãƒâ€šÃ‚Â©e par ce metier + // on fait le calcul du tac si necessaire + if (param_propTac > 0 && step.getMonth().equals(Month.JANUARY)) { + PopulationMonitor popMon = context.getPopulationMonitor(); + param_tacInTons = popMon.getBiomass(param_species) * param_propTac; + } + if (step.before(param_beginStep)) { + result = false; + } else if (step.after(param_endStep)) { + result = false; + } else { + double catchTons = RuleUtil.getTotalCatchTons(context, + param_species, step); + log.info("[TAC] catchTons = " + catchTons + + " >= param_tacInTons:" + param_tacInTons); + if (catchTons >= param_tacInTons) { + result = true; + } + } + } + return result; + } + + /** + * Si la condition est vrai alors cette action est executee avant le pas + * de temps de la simulation. + * + * @param context la simulation pour lequel on utilise cette regle + * @param step le pas de temps courant + * @param metier le metier concernÃƒÆ’Ã‚Â© + */ + @Override + public void preAction(SimulationContext context, TimeStep step, Metier metier) + throws Exception { + + // la preaction ne tourne que si le TAC est atteint + if (tacAtteint) { + + log.info("[TAC] preAction for: " + metier); + log.info(" TAC atteint [TAC] preAction for: " + metier); + TargetSpecies ts = metier.getMetierSeasonInfo(step.getMonth()) + .getSpeciesTargetSpecies(param_species); + if (ts != null && ts.getPrimaryCatch()) { + // recupere tous les metiers qui ont l'espece en capture principale =>metiers vises + // aimedMetiers ne fonctionne pas je ne sais pas pourquoi ! mais au final forbiddenMetier aura le meme effet + + context.getMetierMonitor().addforbiddenMetier(metier); + + //recupere toutes les strategies pratiquant le metier et pour lesquelles la proportion !=0 + SiMatrix siMatrix = SiMatrix.getSiMatrix(context); + Set<Strategy> strs = new HashSet<Strategy>(); + for (Strategy str : siMatrix.getStrategies(step)) { + double prop = str.getStrategyMonthInfo(step.getMonth()) + .getProportionMetier(metier); + if (prop != 0) { + strs.add(str); + } + } + + for (Strategy str : strs) { + StrategyMonthInfo smi = str.getStrategyMonthInfo(step + .getMonth()); + + // 1er cas de figure: l'effort est reporte sur un metier de la + // meme strategie, n'ayant pas l'espece comme capture principale + // et pechant avec le meme engin + Set<Metier> possibleMetierCase1 = new HashSet<Metier>(); + // second cas de figure: on cherche un metier de substitution + // sans condition sur les engins, mais qui soit pratique + Set<Metier> possibleMetierCase2 = new HashSet<Metier>(); + // 3 eme cas de figure: on cherche des metiers non vises, + // sans consideration sur les engins, et pour lesquels la + // proportion peut etre nulle + Set<Metier> possibleMetierCase3 = new HashSet<Metier>(); + + for (EffortDescription effort : str.getSetOfVessels() + .getPossibleMetiers()) { + Metier newMetier = effort.getPossibleMetiers(); + if ( + /*!aimedMetiers.contains(newMetier) + &&*/!metier.getName().equalsIgnoreCase("nonActiviy") + && !metier.getName().equalsIgnoreCase("nonActivie") + && !metier.getName().equalsIgnoreCase( + "non Activite") + && !context.getMetierMonitor().getForbiddenMetier() + .contains(newMetier)) { + possibleMetierCase3.add(newMetier); + + if (smi.getProportionMetier(newMetier) != 0) { + possibleMetierCase2.add(newMetier); + + if (metier.getGear().equals(newMetier.getGear())) { + possibleMetierCase1.add(newMetier); + } + } + } + } + + Set<Metier> possibleMetier = null; + if (possibleMetierCase1.size() != 0) { + log.info("[TAC] Use case 1"); + possibleMetier = possibleMetierCase1; + } else if (possibleMetierCase2.size() != 0) { + log.info("[TAC] Use case 2"); + possibleMetier = possibleMetierCase2; + } else if (possibleMetierCase3.size() != 0) { + log.info("[TAC] Use case 3"); + possibleMetier = possibleMetierCase3; + } + + if (possibleMetier != null) { + // on repartit maintenant l'effort entre les differents metiers + // possibles dans la meme strategie si un metier possible existe + // bien la repartion est proportionnelle a l'effort deja alloue + // dans la strategie + + double somme = 0; + for (Metier met : possibleMetier) { + somme += smi.getProportionMetier(met); + } + for (Metier met : possibleMetier) { + double newProportion = smi.getProportionMetier(met) + + (smi.getProportionMetier(metier) + * smi.getProportionMetier(met) / somme); + smi.setProportionMetier(met, newProportion); + } + smi.setProportionMetier(metier, 0); //le metier vise a alors une proportion nulle + log.info("[TAC] il y a des metiers possibles"); + } else { + log.info("[TAC] Use no activity"); + + // sinon on met tout dans le metier nonActivite + MetierMonitor metierMon = context.getMetierMonitor(); + MatrixND mat = metierMon.getOrCreateNoActivity(step, + ResultName.MATRIX_NO_ACTIVITY, siMatrix + .getStrategies(step), siMatrix + .getMetiers(step)); + mat.setValue(str, metier, smi.getProportionMetier(metier)); + + smi.getProportionMetier().setValue(metier, 0); + } + } + } + } + } + + /** + * Si la condition est vrai alors cette action est executÃƒÆ’Ã‚Â©e apres le pas + * de temps de la simulation. + * + * @param context La simulation pour lequel on utilise cette regle + * @param step le pas de temps courant + * @param metier le metier concernÃƒÆ’Ã‚Â© + */ + @Override + public void postAction(SimulationContext context, TimeStep step, Metier metier) + throws Exception { + + if (!affectation) { + // Application des rejets si Tac atteint et tailleMin sinon sur les captures + // la matrice de captures a une dimension metier - donc a cette etape, toutes + // les captures de tous les metiers sont connues + // Ne doit pas s'appliquer pour chaque metier de la boucle mais une seule fois! + // affectation est mis ÃƒÆ’Ã†â€™Ãƒâ€ Ã¢â‚¬â„¢ÃƒÆ’Ã¢â‚¬Å¡Ãƒâ€šÃ‚Â true ÃƒÆ’Ã†â€™Ãƒâ€ Ã¢â‚¬â„¢ÃƒÆ’Ã¢â‚¬Å¡Ãƒâ€šÃ‚Â la fin de la boucle sur les pop + // la preaction ne tourne que si le TAC est atteint + + if (tacAtteint) { //postAction de la regle TAC dans ce cas TailleMin ne s'applique pas + log.info("[TAC] postAction for: " + metier); + + PopulationMonitor popMon = context.getPopulationMonitor(); + log.info("popMon biomass" + popMon.getBiomass(param_species)); + for (Population pop : param_species.getPopulation()) { + if (!pop.getName().equals("Population_new")) { + log.info("pop : " + pop.getName()); + MatrixND discard = popMon.getCatch(pop).copy(); //on cree une matrice de rejet identique aux captures + log.info("catch = " + popMon.getCatch(pop)); + // ca ne doit pas pouvoir marcher car MATRIX_DISCARDS_PER_STR_MET est de dimension pop groupe str met - et discard n'a plus la dimension pop + discard.setName(ResultName.MATRIX_DISCARDS_PER_STR_MET_PER_ZONE_POP); + popMon.addDiscard(step, pop, discard); + log.info("[TAC] add discard for " + pop + ": "+ discard); + if (param_propSurvie > 0) { + MatrixND eff = popMon.getN(pop); + //on ajoute les survivants aux effectifs + for (MatrixIterator i = discard.iterator(); i + .next();) { + Object[] coord = i.getSemanticsCoordinates(); + eff.setValue(coord[2], coord[3], eff.getValue( + coord[2], coord[3]) + + i.getValue() * param_propSurvie); + } + } + + } + } + } else { + //on applique TailleMin uniquement si tac pas atteint + log.info(" TailleMin.actionApres:" + step + " metapop:" + + param_species + " metier:" + metier); + log.info("deb de affecterCaptureREJETTailleMin"); + + PopulationMonitor popMon = context.getPopulationMonitor(); + log.info("popMon biomass" + popMon.getBiomass(param_species)); + for (Population pop : param_species.getPopulation()) { + if (pop.getSpecies().equals(param_species)) { + if (popMon.getDiscard(step, pop) == null) { + MatrixND discard = popMon.getCatch(pop).copy(); + MatrixND eff = popMon.getN(pop); + for (MatrixIterator i = discard.iterator(); i.next();) { + Object[] coordonnees = i.getSemanticsCoordinates(); + PopulationGroup group = + (PopulationGroup) coordonnees[2]; + if (group.getLength() >= param_TailleMin) { + i.setValue(0); + } else if (param_propSurvie > 0) { + eff.setValue(coordonnees[2], coordonnees[3], + eff.getValue(coordonnees[2], + coordonnees[3]) + i.getValue() * + param_propSurvie); + } + } + discard.setName( + ResultName.MATRIX_DISCARDS_PER_STR_MET_PER_ZONE_POP); + popMon.addDiscard(step, pop, discard); + } + } + log.info("fin de affecterCaptureRejetTailleMin"); + //on a affecte une fois cette meta pop au rejet il ne faut pas le refaire + } + + + } + // on a affecte une fois cette meta pop au rejet il ne faut pas + // le refaire + affectation = true; + } + + } + +}

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