Bonjour Benjamin, J essai de faire la calibration de l Anchois et j ai plusieurs problemes : - Comme je te l avais expliqué Il faut sommer les resultats de simu sur certaines classes et ces classes sont différentes selon le mois de simulation j ai donc modifié Calibration.java (CalibrationAnchois) -> lorsque j essai de le faire tourner j ai le message "Can't evaluate Analyse Plan" - Pour vérifier le fonctionnement de mon code, j ai ecrit un nouveau plan qui ne fait que les sommes des captures sur les classes specifiees en fonction du mois et ecrit le resultat dans les log (testCalibrationAnchois) -> je peux lancer la simu mais au bout d un certain temps de blocage sur janvier la simulation se termine sans avoir passe les autres mois et il n y a ni resultats ni exports, en gros la simu echoue Pourrais tu y jeter un oeil s il te plait ? tu peux m apeler (meme numero que Stephanie) si tu veux (si c est pas clair n hesite pas) merci a plus tard Sigrid pj : les 2 plans d analyse - effectifs initiaux si tu veux faire tourner des simus - debarquements observes (4 classes, 4 trimestres =1 an) - ma base -- Sigrid LEHUTA stagiaire Master 2 EMH package analyseplans; import static org.codelutin.i18n.I18n._; import org.apache.commons.logging.Log; import org.apache.commons.logging.LogFactory; import scripts.ResultName; import java.io.*; import java.util.*; import org.codelutin.math.matrix.*; import org.codelutin.topia.*;// pour pouvoir utiliser la methode StringUtil.toDouble() import org.codelutin.util.*;// pour pouvoir utiliser la methode StringUtil.toDouble() import fr.ifremer.isisfish.*; import fr.ifremer.isisfish.types.*; import fr.ifremer.isisfish.simulator.SimulationContext; import fr.ifremer.isisfish.types.Date; import fr.ifremer.isisfish.entities.*; import fr.ifremer.isisfish.simulator.AnalysePlan; import fr.ifremer.isisfish.simulator.AnalysePlanContext; import fr.ifremer.isisfish.simulator.SimulationParameter; import fr.ifremer.isisfish.datastore.SimulationStorage; import fr.ifremer.isisfish.datastore.ResultStorage; /** * CalibrationAnchois.java * * Created: 8 mars 2007 * * @author <> * @version $Revision: 1.1 $ * * Last update: $Date: 2007/03/09 15:27:21 $ * by : $Author: bpoussin $ */ public class CalibrationAnchois implements AnalysePlan { /** to use log facility, just put in your code: log.info("..."); */ static private Log log = LogFactory.getLog(CalibrationAnchois.class); enum State {STATE_INIT, STATE_0, STATE_1, STATE_2, STATE_3, STATE_4}; //parametres de la simu 3 points initiaux d un simplex d ordre 2 public Population param_Population = null; public String param_M1 = "1e-5;1e-6";// devient un parametre du plan d analyse public String param_M2 = "2e-4;2e-5";// devient un parametre du plan d analyse public String param_M3 = "1e-4;1e-6";// devient un parametre du plan d analyse public String param_pas = "1e-5";// devient un parametre du plan d analyse public String param_nomfichier_debarquements = "";//nom + chemin du fichier contenant les debarquements observes par groupe pour la derniere annee protected File debarquementsObserves; protected MatrixND matrixDebarquement; protected State state = State.STATE_INIT; protected Experiences experiences = new Experiences(); public String [] necessaryResult = { ResultName.MATRIX_CATCH_WEIGHT_PER_STRATEGY_MET }; public String[] getNecessaryResult() { return this.necessaryResult; } /** * Permet d'afficher a l'utilisateur une aide sur le plan. * @return L'aide ou la description du plan */ public String getDescription() throws Exception { return _("Simplexe"); } /** * Appele au demarrage de la simulation, cette methode permet d'initialiser * des valeurs * @param simulation La simulation pour lequel on utilise cette regle */ public void init(AnalysePlanContext context) throws Exception { if (param_nomfichier_debarquements==null || "".equals(param_nomfichier_debarquements)){ debarquementsObserves = FileUtil.getFile(".*.csv", "fichier csv séparateur ';'"); } else { debarquementsObserves = new File(param_nomfichier_debarquements); } int nbYear = context.getParam().getNumberOfYear(); TopiaContext db = context.getParam().getRegion().getStorage().beginTransaction(); Population pop = (Population)db.findByTopiaId(param_Population.getTopiaId()); int nbGroup = 4 ;//pop.sizePopulationGroup(); matrixDebarquement = MatrixFactory.getInstance().create(new int[]{nbGroup}); // List<PopulationGroup> groups = pop.getPopulationGroup(); // matrixDebarquement = MatrixFactory.getInstance().create(new List[]{groups}); matrixDebarquement.importCSV(new FileReader(debarquementsObserves),new int []{0}); db.closeContext(); } /** * Call before each simulation * @param context plan context * @param nextSimulation storage used for next simulation * @return true if we must do next simulation, false to stop plan * @throws Exception */ public boolean beforeSimulation(AnalysePlanContext context, SimulationStorage nextSimulation) throws Exception { boolean doNext = true; int number = context.getNumber(); if (number < 3) { String [] M1 = param_M1.split(";"); String [] M2 = param_M2.split(";"); String [] M3 = param_M3.split(";"); double [] q1 = StringUtil.toArrayDouble(M1[0], M2[0], M3[0]); double [] q2 = StringUtil.toArrayDouble(M1[1], M2[1], M3[1]); experiences.getExperience(number).q1 = q1[number]; experiences.getExperience(number).q2 = q2[number]; changeDB(experiences.getExperience(number), nextSimulation); } else { double q1 = 0; double q2 = 0; double lastCritere = experiences.getExperience(number-1).criteria; double g1 = (experiences.current.get(0).q1 + experiences.current.get(1).q1) / 2.0; double g2 = (experiences.current.get(0).q2 + experiences.current.get(1).q2) / 2.0; double worst1 = experiences.current.get(2).q1; double worst2 = experiences.current.get(2).q2; if (state == State.STATE_INIT) { // on fait la 4eme simulation dans tous les cas state = State.STATE_0; Collections.sort(experiences.current); // est ce qu il va bien recchercher dans le experiences.current ordonne meme si // g1 et g2 et worst ont ete defini avant ? q1 = 2 * g1 - worst1; q2 = 2 * g2 - worst2; } else if (state == State.STATE_0) { // on fait la 5eme avec des q qui dependent de la 4eme dans le dernier cas if (lastCritere > experiences.current.get(2).criteria) { state = State.STATE_1; q1 = g1 - ( g1 - worst1 ) / 2.0; q2 = g2 - ( g2 - worst2 ) / 2.0; } else if (lastCritere > experiences.current.get(1).criteria) { state = State.STATE_2; q1 = g1 + ( g1 - worst1 ) / 2.0; q2 = g2 + ( g2 - worst2 ) / 2.0; } else if (lastCritere > experiences.current.get(0).criteria) { state = State.STATE_INIT; experiences.current.remove(3); } else { // dernier cas possible: if (lastCritere < experiences.current.get(2).critere) { state = State.STATE_4; q1 = experiences.current.get(3).q1 + g1 - worst1; q2 = experiences.current.get(3).q2 + g2 - worst2; } } else if (state == State.STATE_1) { // la derniere = 5e simulation a ete faite if (lastCritere < experiences.current.get(2).criteria) { experiences.current.remove(3); experiences.current.remove(2); } else { // FIXME on supprime les 2 derniere qui vient d'etre faite, on risque donc de boucler experiences.current.remove(4); experiences.current.remove(3); doNext = false; } state = State.STATE_INIT; } else if (state == State.STATE_2) { if (lastCritere < experiences.current.get(2).criteria) { experiences.current.remove(3); experiences.current.remove(2); } else { // FIXME on supprime les 2 derniere qui vient d'etre faite, on risque donc de boucler experiences.current.remove(4); experiences.current.remove(3); doNext = false; } state = State.STATE_INIT; } else if (state == State.STATE_4) { if (lastCritere < experiences.current.get(3).criteria) { experiences.current.remove(3); experiences.current.remove(2); } else { experiences.current.remove(4); experiences.current.remove(2); } state = State.STATE_INIT; } experiences.getExperience(number).q1 = q1; experiences.getExperience(number).q2 = q2; changeDB(experiences.getExperience(number), nextSimulation); } return doNext; } /** * Call after each simulation, compute criteria for last simulation * @param context plan context * @param nextSimulation storage used for next simulation * @return true if we must do next simulation, false to stop plan * @throws Exception */ public boolean afterSimulation(AnalysePlanContext context, SimulationStorage lastSimulation) throws Exception { boolean doNext = true; int number = context.getNumber(); ResultStorage result = lastSimulation.getResultStorage(); log.fatal("sim: " + lastSimulation + " result: " + result); MatrixND L = result.getMatrix(param_Population, ResultName.MATRIX_CATCH_WEIGHT_PER_STRATEGY_MET); L = L.sumOverDim(1);// sum sur les strategies L = L.sumOverDim(3);// sum sur les metiers L = L.sumOverDim(4);// sum sur les zones // Pour sommer sur certaines classes les resultats : // on met 4 car il n'y a plus que 4 groupes de populations a la fin int [] dims = new int[]{L.getDim(0), L.getDim(1), 4, L.getDim(3), L.getDim(4)}; // matrice a 5 dimension // on cree la matrice qui contiendra les sommes //*** MatrixND tmp = MatrixFactory.getInstance().create(L.getName(), dims); // on fait les calculs et on met les resultats dans tmp ***/ int [] origin = new int[5]; // on initialise l'origine a [0,0,0,0,0] int i = 0; while (origin[0] < dims[0]){ //origin commence à 0 tandis que dim[0] commence a 1 while ( i < 1){//pour 10 ans de simu if (origin[0] >= i*12 && origin[0]<= 11+i*12 ){ if (origin[0] >= i*12 && origin[0]<= 5+i*12 ) { L = L.sumOverDim(2,0,5); L = L.sumOverDim(2,5,10); L = L.sumOverDim(2,15,1); L = L.sumOverDim(2,16,2); /* MatrixND sub = L.getSubMatrix(2, 0, 5).sumOverDim(2); // on prend 5 groupes a partir du 0 tmp.paste(origin, sub); origin[2]++; // on colle la sous matrice suivant a l'origine [0,0,1,0,0] sub = L.getSubMatrix(2, 5, 10).sumOverDim(2); // on prend 11 groupes a partir du 5 tmp.paste(origin, sub); origin[2]++; // on colle la sous matrice suivant a l'origine [0,0,2,0,0] sub = L.getSubMatrix(2, 15, 1).sumOverDim(2); // on prend 1 groupe a partir du 16 tmp.paste(origin, sub); origin[2]++; // on colle la sous matrice suivant a l'origine [0,0,3,0,0] sub = L.getSubMatrix(2, 16, 2).sumOverDim(2); // on prend 1 groupe a partir du 17 tmp.paste(origin, sub); */ }else if (origin[0] >= 6+i*12 && origin[0]<= 7+i*12 ){ L = L.sumOverDim(2,0,5); L = L.sumOverDim(2,5,11); L = L.sumOverDim(2,16,1); L = L.sumOverDim(2,17,1); /*MatrixND sub = L.getSubMatrix(2, 0, 5).sumOverDim(2); // on prend 5 groupes a partir du 0 tmp.paste(origin, sub); origin[2]++; // on colle la sous matrice suivant a l'origine [0,0,1,0,0] sub = L.getSubMatrix(2, 5, 11).sumOverDim(2); // on prend 11 groupes a partir du 5 tmp.paste(origin, sub); origin[2]++; // on colle la sous matrice suivant a l'origine [0,0,2,0,0] sub = L.getSubMatrix(2, 16, 1).sumOverDim(2); // on prend 1 groupe a partir du 16 tmp.paste(origin, sub); origin[2]++; // on colle la sous matrice suivant a l'origine [0,0,3,0,0] sub = L.getSubMatrix(2, 17, 1).sumOverDim(2); // on prend 1 groupe a partir du 17 tmp.paste(origin, sub); */ }else { //(origin[0] >= 8+i*12 && origin[0]<= 11+i*12 ) L = L.sumOverDim(2,0,15); L = L.sumOverDim(2,15,1); L = L.sumOverDim(2,16,1); L = L.sumOverDim(2,17,1); /*MatrixND sub = L.getSubMatrix(2, 0, 15).sumOverDim(2); tmp.paste(origin, sub); origin[2]++; sub = L.getSubMatrix(2, 15, 1).sumOverDim(2); tmp.paste(origin, sub); origin[2]++; sub = L.getSubMatrix(2, 16, 1).sumOverDim(2); tmp.paste(origin, sub); origin[2]++; sub = L.getSubMatrix(2, 17, 1).sumOverDim(2); tmp.paste(origin, sub); */ } }else i++ ; } origin[0]++; } L = L.sumOverDim(0,3);// sum sur les mois, si on ajoute le pas (12) on peut sommer sur les annees L = L.reduce(); double crit = 0; for ( MatrixIterator g = L.iterator(); g.hasNext();){ g.next(); int [] dim = g.getCoordinates(); double obs = matrixDebarquement.getValue(dim); double simules = g.getValue(); crit += Math.pow(obs-simules, 2); } experiences.getExperience(number).criteria = -crit; return doNext; } /** * Modify nextSimulation database with q1 and q2 in exp. * @param exp * @param nextSimulation * @throws Exception */ protected void changeDB(Experience exp, SimulationStorage nextSimulation) throws Exception { TopiaContext db = nextSimulation.getStorage().beginTransaction();//ouvrir un context pour modifier les donnees Population pop = (Population)db.findByTopiaId(param_Population.getTopiaId()); // autre solution moins efficace: // PopulationDAO popDAO = IsisFishDAOHelper.getPopulationDAO(db); // Population Nephrops = dao.findByName(param_Population.getName()); MatrixND c = pop.getCapturability(); for (MatrixIterator i = c.iterator(); i.hasNext();){ i.next(); Object [] sem = i.getSemanticsCoordinates(); PopulationGroup group = (PopulationGroup)sem[0]; PopulationSeasonInfo season = (PopulationSeasonInfo)sem[1]; if (group.getId() < 12){ i.setValue(exp.q2); } else { i.setValue(exp.q1); } } db.commitTransaction(); db.closeContext(); } class Experiences { /** contains last simplex and potentialy 2 more simulation */ protected List<Experience> current = new ArrayList<Experience>(); /** contains all experience done */ protected List<Experience> history = new ArrayList<Experience>(); /** * return experience requested, if this experience doesn't exist * create it. * * @param i simulation number * @return experience with simulation number fixed if new experience * is returned */ public Experience getExperience(int i) { Experience result; if (i<history.size()) { result = history.get(i); } else { result = new Experience(); result.simNumber = i; history.add(i, result); current.add(result); } return result; } } /** * Use to keep q1, q2 and criteria of simulation * @author poussin */ class Experience implements Comparable { public int simNumber; public double criteria; public double q1; public double q2; /** * Permit to order experience, first is experience with smallest criteria */ public int compareTo(Object arg0) { Experience other = (Experience)arg0; int result = Double.compare(this.criteria, other.criteria); return result; } } } package analyseplans; import static org.codelutin.i18n.I18n._; import org.apache.commons.logging.Log; import org.apache.commons.logging.LogFactory; import scripts.ResultName; import java.io.Writer; import org.codelutin.math.matrix.*; import org.codelutin.util.*; import org.codelutin.topia.*; import fr.ifremer.isisfish.*; import fr.ifremer.isisfish.simulator.SimulationContext; import fr.ifremer.isisfish.types.Date; import fr.ifremer.isisfish.entities.*; import fr.ifremer.isisfish.simulator.AnalysePlan; import fr.ifremer.isisfish.simulator.AnalysePlanContext; import fr.ifremer.isisfish.simulator.SimulationParameter; import fr.ifremer.isisfish.datastore.SimulationStorage; import fr.ifremer.isisfish.datastore.ResultStorage; import java.io.*; import java.util.*; import fr.ifremer.isisfish.types.*; /** * TryPlan.java * * Created: 26 mars 2007 * * @author <> * @version $Revision: 1.26 $ * * Last update: $Date: 2007/03/09 14:10:40 $ * by : $Author: bpoussin $ */ public class TryPlan implements AnalysePlan { /** to use log facility, just put in your code: log.info("..."); */ static private Log log = LogFactory.getLog(TryPlan.class); public Population param_Population = null; public String [] necessaryResult = { ResultName.MATRIX_CATCH_WEIGHT_PER_STRATEGY_MET // put here all necessary result for this rule // example: // ResultName.MATRIX_BIOMASS, // ResultName.MATRIX_NET_VALUE_OF_LANDINGS_PER_STRATEGY_MET, }; public String[] getNecessaryResult() { return this.necessaryResult; } /** * Permet d'afficher a l'utilisateur une aide sur le plan. * @return L'aide ou la description du plan */ public String getDescription() throws Exception { // TODO return _("test_du_code_CalibrationAnchois"); } /** * Appelé au démarrage de la simulation, cette méthode permet d'initialiser * des valeurs * @param simulation La simulation pour lequel on utilise cette regle */ public void init(AnalysePlanContext context) throws Exception { } public boolean beforeSimulation(AnalysePlanContext context, SimulationStorage nextSimulation) throws Exception { return true; } /** * Call before each simulation * @param context plan context * @param nextSimulation storage used for next simulation * @return true if we must do next simulation, false to stop plan * @throws Exception */ public boolean afterSimulation(AnalysePlanContext context, SimulationStorage lastSimulation) throws Exception { int number = context.getNumber(); ResultStorage result = lastSimulation.getResultStorage(); log.fatal("sim: " + lastSimulation + " result: " + result); MatrixND L = result.getMatrix(param_Population, ResultName.MATRIX_CATCH_WEIGHT_PER_STRATEGY_MET); L = L.sumOverDim(1);// sum sur les strategies L = L.sumOverDim(3);// sum sur les metiers L = L.sumOverDim(4);// sum sur les zones // Pour sommer sur certaines classes les resultats : // on met 4 car il n'y a plus que 4 groupes de populations a la fin int [] dims = new int[]{L.getDim(0), L.getDim(1), 4, L.getDim(3), L.getDim(4)}; // matrice a 5 dimension // on cree la matrice qui contiendra les sommes // MatrixND tmp = MatrixFactory.getInstance().create(L.getName(), dims); // on fait les calculs et on met les resultats dans tmp int [] origin = new int[5]; // on initialise l'origine a [0,0,0,0,0] int i = 0; while (origin[0] < dims[0]){ //origin commence à 0 tandis que dim[0] commence a 1 while ( i < 1){//pour 10 ans de simu if (origin[0] >= i*12 && origin[0]<= 11+i*12 ){ if (origin[0] >= i*12 && origin[0]<= 5+i*12 ) { L = L.sumOverDim(2,0,5); L = L.sumOverDim(2,5,10); L = L.sumOverDim(2,15,1); L = L.sumOverDim(2,16,2); /*MatrixND sub = L.getSubMatrix(2, 0, 5).sumOverDim(2); // on prend 5 groupes a partir du 0 tmp.paste(origin, sub); origin[2]++; // on colle la sous matrice suivant a l'origine [0,0,1,0,0] sub = L.getSubMatrix(2, 5, 10).sumOverDim(2); // on prend 11 groupes a partir du 5 tmp.paste(origin, sub); origin[2]++; // on colle la sous matrice suivant a l'origine [0,0,2,0,0] sub = L.getSubMatrix(2, 15, 1).sumOverDim(2); // on prend 1 groupe a partir du 16 tmp.paste(origin, sub); origin[2]++; // on colle la sous matrice suivant a l'origine [0,0,3,0,0] sub = L.getSubMatrix(2, 16, 2).sumOverDim(2); // on prend 1 groupe a partir du 17 tmp.paste(origin, sub);*/ }else if (origin[0] >= 6+i*12 && origin[0]<= 7+i*12 ){ L = L.sumOverDim(2,0,5); L = L.sumOverDim(2,5,11); L = L.sumOverDim(2,16,1); L = L.sumOverDim(2,17,1); /*MatrixND sub = L.getSubMatrix(2, 0, 5).sumOverDim(2); // on prend 5 groupes a partir du 0 tmp.paste(origin, sub); origin[2]++; // on colle la sous matrice suivant a l'origine [0,0,1,0,0] sub = L.getSubMatrix(2, 5, 11).sumOverDim(2); // on prend 11 groupes a partir du 5 tmp.paste(origin, sub); origin[2]++; // on colle la sous matrice suivant a l'origine [0,0,2,0,0] sub = L.getSubMatrix(2, 16, 1).sumOverDim(2); // on prend 1 groupe a partir du 16 tmp.paste(origin, sub); origin[2]++; // on colle la sous matrice suivant a l'origine [0,0,3,0,0] sub = L.getSubMatrix(2, 17, 1).sumOverDim(2); // on prend 1 groupe a partir du 17 tmp.paste(origin, sub); */ }else { //(origin[0] >= 8+i*12 && origin[0]<= 11+i*12 ) L = L.sumOverDim(2,0,15); L = L.sumOverDim(2,15,1); L = L.sumOverDim(2,16,1); L = L.sumOverDim(2,17,1); /* MatrixND sub = L.getSubMatrix(2, 0, 15).sumOverDim(2); tmp.paste(origin, sub); origin[2]++; sub = L.getSubMatrix(2, 15, 1).sumOverDim(2); tmp.paste(origin, sub); origin[2]++; sub = L.getSubMatrix(2, 16, 1).sumOverDim(2); tmp.paste(origin, sub); origin[2]++; sub = L.getSubMatrix(2, 17, 1).sumOverDim(2); tmp.paste(origin, sub); */ } }else i++ ; }i = 0; origin[0]++; } L = L.sumOverDim(0);// sum sur les mois, si on ajoute le pas (12) on peut sommer sur les annees L = L.reduce(); for (MatrixIterator m =L.iterator(); m.hasNext();) { m.next(); Object [] sems = m.getSemanticsCoordinates(); PopulationGroup group = (PopulationGroup)sems[0]; double val = m.getValue(); log.info( group.getId() +";"+ val +"\n"); } return true ; } } 0;0;0;0;0;0;0 0;0;0;0;0;0;0 0;0;0;0;0;0;0 0;0;0;0;0;0;0 0;0;0;0;0;0;0 33776074.1017962;12914381.2742162;14901209.1625572;37749729.8784781;0;0;0 122014781.283067;46652710.4905843;53830050.5660588;136369461.434016;0;0;0 206409426.582071;78921251.3402038;91062982.3156198;230692888.532903;0;0;0 174586213.441545;66753552.1982383;77023329.4595057;195125767.96408;0;0;0 87793504.5915204;33568104.6967578;38732428.4962589;98122152.1905229;0;0;0 0;0;0;0;0;0;0 0;0;0;0;0;0;0 0;0;0;0;0;0;0 0;0;0;0;0;0;0 0;0;0;0;0;0;0 9163000;3503500;8354500;4851000;4851000;50050000;0 12376000;4732000;11284000;6552000;6552000;67600000;0 1309000;500500;1193500;693000;693000;7150000;0 0;94533;165027;16987 0;400076;328409;44679 3173;253149;42127;1325 48889;96761;12264;0