Re: [Isis-fish-devel] HelpDesk Nv3 / n°=190608 : Utilisation ponctuelle de beaucoup de RAM sur caparmor
Bonjour, Nous n'utilisons actuellement aucune directive particuliere pour PBS. Voici un de nos script: #!/bin/csh cd "/home3/caparmor/poussin/isis-fish-4.2.1" setenv R_HOME /appli/R/2.15.0-gnu-4.3/lib64/R setenv LD_LIBRARY_PATH ${R_HOME}/lib /home3/caparmor/poussin/jdk7x64/bin/java -Djava.library.path=jri64 -DR.type=jni -Xmx6000M -jar isis-fish*.jar --option launch.ui false --option perform.vcsupdate false --option perform.migration false --option perform.cron false --simulateRemotelly "sim_test_7D_Bis_Caparmor_6gigas_Carnivores_Poissons_ttesStrat_2013-11-15-17-58" "/home1/caparmor/lgasche/isis-tmp/simulation-sim_test_7D_Bis_Caparmor_6gigas_Carnivores_Poissons_ttesStrat_2013-11-15-17-58-preparation.zip" "/home1/caparmor/lgasche/isis-tmp/simulation-sim_test_7D_Bis_Caparmor_6gigas_Carnivores_Poissons_ttesStrat_2013-11-15-17-58-result.zip"
& "/home1/caparmor/lgasche/isis-tmp/simulation-sim_test_7D_Bis_Caparmor_6gigas_Carnivores_Poissons_ttesStrat_2013-11-15-17-58-output.txt"
rm -rf "$HOME/isis-fish-4/isis-database/simulations/sim_test_7D_Bis_Caparmor_6gigas_Carnivores_Poissons_ttesStrat_2013-11-15-17-58" Cordialement, Eric Chatellier. Le 18/11/2013 10:16, Denis Croizé-Fillon a écrit :
Bonjour,
Pourriez vous me fournir les directives PBS qui sont en entête de votre script. La limite mémoire est peut-être à ce niveau là car chaque noeud dispose de 24 Go de mémoire. Vous pouvez donc accéder à 23 Go et quelques au mieux.
Denis
-- Éric Chatellier - Code Lutin Tel: 02.40.50.29.28 - http://www.codelutin.com
Bonjour, Le script que vous soumettez permet également d'indiquer les ressources que vous souhaitez utiliser (nombre de coeurs, de noeuds de calcul, de mémoire, ...) Vous trouverez des exemples sous /export/home/services/exemples/PBS Si, par exemple, vous souhaitez obtenir 1 Go de mémoire, vous aurez la directive #PBS -l mem=1000mb Pour un job avec 1 coeur utilisant 2 Go sur la queue sequentiel : #PBS -q sequentiel #PBS -l select=1:ncpus=1:mem=2000mb J'espère que cela répond à votre question initiale. Bon après-midi, Denis Le 11/18/2013 12:42 PM, Eric Chatellier a écrit :
Bonjour, Nous n'utilisons actuellement aucune directive particuliere pour PBS.
Voici un de nos script:
#!/bin/csh
cd "/home3/caparmor/poussin/isis-fish-4.2.1"
setenv R_HOME /appli/R/2.15.0-gnu-4.3/lib64/R setenv LD_LIBRARY_PATH ${R_HOME}/lib
/home3/caparmor/poussin/jdk7x64/bin/java -Djava.library.path=jri64 -DR.type=jni -Xmx6000M -jar isis-fish*.jar --option launch.ui false --option perform.vcsupdate false --option perform.migration false --option perform.cron false --simulateRemotelly "sim_test_7D_Bis_Caparmor_6gigas_Carnivores_Poissons_ttesStrat_2013-11-15-17-58" "/home1/caparmor/lgasche/isis-tmp/simulation-sim_test_7D_Bis_Caparmor_6gigas_Carnivores_Poissons_ttesStrat_2013-11-15-17-58-preparation.zip" "/home1/caparmor/lgasche/isis-tmp/simulation-sim_test_7D_Bis_Caparmor_6gigas_Carnivores_Poissons_ttesStrat_2013-11-15-17-58-result.zip"
& "/home1/caparmor/lgasche/isis-tmp/simulation-sim_test_7D_Bis_Caparmor_6gigas_Carnivores_Poissons_ttesStrat_2013-11-15-17-58-output.txt"
rm -rf "$HOME/isis-fish-4/isis-database/simulations/sim_test_7D_Bis_Caparmor_6gigas_Carnivores_Poissons_ttesStrat_2013-11-15-17-58"
Cordialement, Eric Chatellier.
Le 18/11/2013 10:16, Denis Croizé-Fillon a écrit :
Bonjour,
Pourriez vous me fournir les directives PBS qui sont en entête de votre script. La limite mémoire est peut-être à ce niveau là car chaque noeud dispose de 24 Go de mémoire. Vous pouvez donc accéder à 23 Go et quelques au mieux.
Denis
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