January 2016 - Isis-fish-docs-commits - mailman.cloud.codelutin.com

r283 - trunk/src/site/rst/v4/user/changes
by echatellier＠users.forge.codelutin.com 20 Jan '16

20 Jan '16

Author: echatellier Date: 2016-01-20 16:56:47 +0100 (Wed, 20 Jan 2016) New Revision: 283 Url: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish-docs/repository/revisions/283 Log: Fix indent Modified: trunk/src/site/rst/v4/user/changes/changements44.rst Modified: trunk/src/site/rst/v4/user/changes/changements44.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/v4/user/changes/changements44.rst 2016-01-20 15:53:40 UTC (rev 282) +++ trunk/src/site/rst/v4/user/changes/changements44.rst 2016-01-20 15:56:47 UTC (rev 283) @@ -220,8 +220,8 @@ Ces nouveaux exports étendent une nouvelle interface ``ExportStep`` et doivent implémenter deux nouvelles méthodes: - * ``export``: appelée à la fin de chaque pas de temps - * ``exportEnd``: appelée à la fin de la simulation +* ``export``: appelée à la fin de chaque pas de temps +* ``exportEnd``: appelée à la fin de la simulation Mortalité par pêche "autres"

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r282 - trunk/src/site/rst/v4/user/changes
by echatellier＠users.forge.codelutin.com 20 Jan '16

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Author: echatellier Date: 2016-01-20 16:53:40 +0100 (Wed, 20 Jan 2016) New Revision: 282 Url: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish-docs/repository/revisions/282 Log: Mistake Modified: trunk/src/site/rst/v4/user/changes/changements44.rst Modified: trunk/src/site/rst/v4/user/changes/changements44.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/v4/user/changes/changements44.rst 2016-01-20 15:48:54 UTC (rev 281) +++ trunk/src/site/rst/v4/user/changes/changements44.rst 2016-01-20 15:53:40 UTC (rev 282) @@ -156,8 +156,8 @@ Export ------ -Les exports ont été amélioré pour pouvoir être effectué durant la simulation. Auparavant, les exports -étaient effectués à la fin de la simulation, et si celle-ci échouait, les exports n'étaits pas disponibles. +Les exports ont été amélioré pour pouvoir être effectués durant la simulation. Auparavant, les exports +étaient effectués à la fin de la simulation, et si celle-ci échouait, les exports n'étaient pas disponibles. Pour rappel, dans ISIS-Fish 4.3, un export se défini de la façon suivante:

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r281 - trunk/src/site/rst/v4/user/changes
by echatellier＠users.forge.codelutin.com 20 Jan '16

20 Jan '16

Author: echatellier Date: 2016-01-20 16:48:54 +0100 (Wed, 20 Jan 2016) New Revision: 281 Url: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish-docs/repository/revisions/281 Log: Add change doc for results Modified: trunk/src/site/rst/v4/user/changes/changements44.rst Modified: trunk/src/site/rst/v4/user/changes/changements44.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/v4/user/changes/changements44.rst 2016-01-06 13:51:12 UTC (rev 280) +++ trunk/src/site/rst/v4/user/changes/changements44.rst 2016-01-20 15:48:54 UTC (rev 281) @@ -5,7 +5,7 @@ .. * $Id$ .. * $HeadURL$ .. * %% -.. * Copyright (C) 2011 - 2015 Ifremer, CodeLutin, Chatellier Eric +.. * Copyright (C) 2011 - 2016 Ifremer, CodeLutin, Chatellier Eric .. * %% .. * This program is free software: you can redistribute it and/or modify .. * it under the terms of the GNU General Public License as @@ -153,6 +153,77 @@ Pour utiliser le nouveau code, il faudra le remplacer par ``MATRIX_ABUNDANCE.NAME``. +Export +------ + +Les exports ont été amélioré pour pouvoir être effectué durant la simulation. Auparavant, les exports +étaient effectués à la fin de la simulation, et si celle-ci échouait, les exports n'étaits pas disponibles. + +Pour rappel, dans ISIS-Fish 4.3, un export se défini de la façon suivante: + +.. class:: java + +:: + + public class Abundances implements Export { + + public void export(SimulationStorage simulation, Writer out) throws Exception { + for (Population pop : simulation.getParameter().getPopulations()) { + MatrixND mat = simulation.getResultStorage().getMatrix(pop, MatrixAbundance.NAME); + for (MatrixIterator i = mat.iterator(); i.hasNext();) { + i.next(); + Object[] sems = i.getSemanticsCoordinates(); + TimeStep step = (TimeStep) sems[0]; + PopulationGroup group = (PopulationGroup) sems[1]; + Zone zone = (Zone) sems[2]; + + double val = i.getValue(); + out.write(pop.getName() + ";" + group.getId() + ";" + zone.getName() + ";" + step.getStep() + ";" + val + "\n"); + } + } + } + } + +Cet export étend l'interface ``Export`` et implémente une unique méthode ``export`` appelée à la fin +de la simualtion. + +Cet export peut toujours se définir ainsi dans la version 4.4, mais il est aussi possible de +l'implémenter d'une autre façon: + +.. class:: java + +:: + + public class Abundances implements ExportStep { + + @Override + public void export(SimulationStorage simulation, TimeStep step, Writer out) throws Exception { + for (Population pop : simulation.getParameter().getPopulations()) { + MatrixND mat = simulation.getResultStorage().getMatrix(step, pop, MatrixAbundance.NAME); + for (MatrixIterator i = mat.iterator(); i.hasNext();) { + i.next(); + Object[] sems = i.getSemanticsCoordinates(); + PopulationGroup group = (PopulationGroup) sems[1]; + Zone zone = (Zone) sems[2]; + + double val = i.getValue(); + out.write(pop.getName() + ";" + group.getId() + ";" + zone.getName() + ";" + step.getStep() + ";" + val + "\n"); + } + } + } + + @Override + public void exportEnd(SimulationStorage simulation, Writer out) throws Exception { + + } + } + +Ces nouveaux exports étendent une nouvelle interface ``ExportStep`` et doivent implémenter deux nouvelles méthodes: + + * ``export``: appelée à la fin de chaque pas de temps + * ``exportEnd``: appelée à la fin de la simulation + + Mortalité par pêche "autres" ---------------------------- Une equation de mortalité par pêche "autres" a été ajoutée dans l'onglet "Stocks". Elle permet de spécifier une mortalité due à des flottilles non explicitement modélisées. La structure est identique à celle de l'equation de mortalité naturelle (par groupe et potentiellement par zone).

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r280 - trunk/src/site/rst/v4/user
by echatellier＠users.forge.codelutin.com 06 Jan '16

06 Jan '16

Author: echatellier Date: 2016-01-06 14:51:12 +0100 (Wed, 06 Jan 2016) New Revision: 280 Url: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish-docs/repository/revisions/280 Log: Fix mistake Modified: trunk/src/site/rst/v4/user/installationr.rst Modified: trunk/src/site/rst/v4/user/installationr.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/v4/user/installationr.rst 2016-01-06 13:48:38 UTC (rev 279) +++ trunk/src/site/rst/v4/user/installationr.rst 2016-01-06 13:51:12 UTC (rev 280) @@ -50,7 +50,7 @@ Java ~~~~ Java s'installe directement dans une architecture précise, il faut donc vérifier -que la version actuellement utilisé est bien dans l'architecture désirée. +que la version actuellement utilisée est bien dans l'architecture désirée. Il est possible de le vérifier en utilisant la commande `java -version`.

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r279 - in trunk/src/site: resources/v4 resources/v4/user rst/v4/user
by echatellier＠users.forge.codelutin.com 06 Jan '16

06 Jan '16

Author: echatellier Date: 2016-01-06 14:48:38 +0100 (Wed, 06 Jan 2016) New Revision: 279 Url: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish-docs/repository/revisions/279 Log: Fix images links Added: trunk/src/site/resources/v4/user/r/ Removed: trunk/src/site/resources/v4/r/ Modified: trunk/src/site/rst/v4/user/installationr.rst Modified: trunk/src/site/rst/v4/user/installationr.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/v4/user/installationr.rst 2016-01-06 13:45:05 UTC (rev 278) +++ trunk/src/site/rst/v4/user/installationr.rst 2016-01-06 13:48:38 UTC (rev 279) @@ -37,7 +37,7 @@ Architecture ------------ Le premier point très important concerne l'architecture sur laquelle tournent -Java, R. **Ces deux éléments doivent être tous deux trois en 32 bits +Java, R. **Ces deux éléments doivent être tous les deux en 32 bits ou en 64 bits**. Architecture R

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r278 - trunk/src/site/rst/v4/user
by echatellier＠users.forge.codelutin.com 06 Jan '16

06 Jan '16

Author: echatellier Date: 2016-01-06 14:45:05 +0100 (Wed, 06 Jan 2016) New Revision: 278 Url: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish-docs/repository/revisions/278 Log: >From scmwebeditor -- Modified: trunk/src/site/rst/v4/user/installationr.rst Modified: trunk/src/site/rst/v4/user/installationr.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/v4/user/installationr.rst 2016-01-06 13:34:59 UTC (rev 277) +++ trunk/src/site/rst/v4/user/installationr.rst 2016-01-06 13:45:05 UTC (rev 278) @@ -5,7 +5,7 @@ .. * $Id: index.rst 3124 2010-11-29 18:14:09Z chatellier $ .. * $HeadURL$ .. * %% -.. * Copyright (C) 2011 Ifremer, Code Lutin, Chatellier Eric +.. * Copyright (C) 2011 - 2016 Ifremer, Code Lutin, Chatellier Eric .. * %% .. * This program is free software: you can redistribute it and/or modify .. * it under the terms of the GNU General Public License as @@ -37,7 +37,7 @@ Architecture ------------ Le premier point très important concerne l'architecture sur laquelle tournent -Java, R et IsisFish. **Ces trois éléments doivent être tout les trois en 32 bits +Java, R. **Ces deux éléments doivent être tous deux trois en 32 bits ou en 64 bits**. Architecture R @@ -56,22 +56,17 @@ Exemple 32bits:: - java version "1.6.0_10" - Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.6.0_10-b33) - Java HotSpot(TM) Server VM (build 11.0-b15, mixed mode) + java version "1.8.0_66" + Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.8.0_66-b17) + Java HotSpot(TM) Server VM (build 25.66-b17, mixed mode) Exemple 64 bits:: - java version "1.6.0_29" - Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.6.0_29-b11) - Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (build 20.4-b02, mixed mode) + java version "1.8.0_66" + Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.8.0_66-b17) + Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (build 25.66-b17, mixed mode) -IsisFish -~~~~~~~~ -Pour IsisFish, vous avez le choix de le lancer en 32 bits ou 64 bits via les -script respectifs ``isisfish.bat`` ou ``isisfish64.bat``. - Configuration ------------- @@ -114,6 +109,7 @@ Installation dans R:: + > install.packages('RJava'); > install.packages('lhs'); > install.packages('sensitivity'); @@ -132,6 +128,21 @@ bien installée. +Changements +----------- + +IsisFish 4.4 +~~~~~~~~~~~~ + +Depuis IsisFish 4.4, celui-ci n'a plus d'architecture specifique (32 ou 64 bits). Il utilise la même que celle de Java. + +Un autre changement concerne le fait que Isis ne fournit pour les librairies native JRI. Celles-ci doivent être +installées manuellement par l'utilisateur via la commande R:: + + > install.packages('RJava'); + +Cela permet à IsisFish d'être indépendant de R et de supporter toutes les versions de R. + Erreurs -------

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r277 - trunk
by echatellier＠users.forge.codelutin.com 06 Jan '16

06 Jan '16

Author: echatellier Date: 2016-01-06 14:34:59 +0100 (Wed, 06 Jan 2016) New Revision: 277 Url: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish-docs/repository/revisions/277 Log: Remove useless conf Modified: trunk/pom.xml Modified: trunk/pom.xml =================================================================== --- trunk/pom.xml 2016-01-06 13:10:33 UTC (rev 276) +++ trunk/pom.xml 2016-01-06 13:34:59 UTC (rev 277) @@ -139,8 +139,6 @@ <license.licenseName>gpl_v3</license.licenseName> <license.organizationName>Ifremer, Codelutin</license.organizationName> <jrstPluginVersion>2.2-SNAPSHOT</jrstPluginVersion> - <project.build.sourceEncoding>UTF-8</project.build.sourceEncoding> - <project.reporting.outputEncoding>UTF-8</project.reporting.outputEncoding> <siteDeployClassifier/> </properties>

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r276 - trunk
by echatellier＠users.forge.codelutin.com 06 Jan '16

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Author: echatellier Date: 2016-01-06 14:10:33 +0100 (Wed, 06 Jan 2016) New Revision: 276 Url: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish-docs/repository/revisions/276 Log: Update pom Modified: trunk/pom.xml Modified: trunk/pom.xml =================================================================== --- trunk/pom.xml 2016-01-06 12:46:37 UTC (rev 275) +++ trunk/pom.xml 2016-01-06 13:10:33 UTC (rev 276) @@ -6,7 +6,7 @@ <parent> <groupId>org.nuiton</groupId> <artifactId>mavenpom4redmine</artifactId> - <version>6.1</version> + <version>7</version> </parent> <groupId>fr.ifremer</groupId>

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r275 - trunk
by echatellier＠users.forge.codelutin.com 06 Jan '16

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Author: echatellier Date: 2016-01-06 13:46:37 +0100 (Wed, 06 Jan 2016) New Revision: 275 Url: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish-docs/repository/revisions/275 Log: encoding test Modified: trunk/pom.xml Modified: trunk/pom.xml =================================================================== --- trunk/pom.xml 2016-01-06 12:38:35 UTC (rev 274) +++ trunk/pom.xml 2016-01-06 12:46:37 UTC (rev 275) @@ -140,6 +140,7 @@ <license.organizationName>Ifremer, Codelutin</license.organizationName> <jrstPluginVersion>2.2-SNAPSHOT</jrstPluginVersion> <project.build.sourceEncoding>UTF-8</project.build.sourceEncoding> + <project.reporting.outputEncoding>UTF-8</project.reporting.outputEncoding> <siteDeployClassifier/> </properties>

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r274 - trunk
by echatellier＠users.forge.codelutin.com 06 Jan '16

06 Jan '16

Author: echatellier Date: 2016-01-06 13:38:35 +0100 (Wed, 06 Jan 2016) New Revision: 274 Url: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish-docs/repository/revisions/274 Log: fix source encoding Modified: trunk/pom.xml Modified: trunk/pom.xml =================================================================== --- trunk/pom.xml 2016-01-06 12:27:39 UTC (rev 273) +++ trunk/pom.xml 2016-01-06 12:38:35 UTC (rev 274) @@ -139,6 +139,7 @@ <license.licenseName>gpl_v3</license.licenseName> <license.organizationName>Ifremer, Codelutin</license.organizationName> <jrstPluginVersion>2.2-SNAPSHOT</jrstPluginVersion> + <project.build.sourceEncoding>UTF-8</project.build.sourceEncoding> <siteDeployClassifier/> </properties>

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