en fouillant j'ai trouve ce fichier qui n'est pas complet mais pourrait t'aider pour la manipulation dans R. je te file aussi un fichier qui m'a permis de controler 5 ou 6 plans différents. C'est du brute de fonderie donc surement pas très clair mais tu verras les objets à aller chercher pour faire des graphes. A+ stephanie Jean Couteau a écrit :
Delphine.Rocklin@ifremer.fr wrote:
Hello ça a encore planté...je me demande si ce n'est pas parce que j'ai ajouté des exports. Hier ça a fonctionné (sur 2 ans) en demandant uniquement SensitivityBiomassY3 et SensitivityCapturesWeightY1..pour l'AS que j'ai essayée sur 15 ans hier (et qui n'a pas fonctionné) j'avais ajouté les autres (Ref&RelativeRef)...et pour l'essai sur 2 ans aujourd'hui (qui a aussi plancé), pareil... c'est peut-être un des pbs non ? Pour la ReferenceSimulation, il faut bien mettre le nom uniquement non ?
Oui, il faut mettre que le nom. Par contre, là il n'y avait que Y1 et Y3 ? En fait il ne calcule pas l'analyse ce qui est bizarre car il n'y a pas d'erreur. Je vais regarder plus en détail.
Quid du doc des AS ? Est-ce que vous l'avez ? Euh demain ?
Ci-joint le debug... Merci ! Delphine ------------------------------------------------------------------------
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-- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas@ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ...................................................................... #test de coherence des indices de sensibilite entre les differentes methodes #SM #17/12/2009 : test fast - sobol - lhs #25 aout 2009 #NE PAS OUBLIER library(sensitivity) #pour chaque type d'analyse SS REGLE : #par(mfrow=c(4,2)) nf<-layout(matrix(c(1,2,3,4,5,6), 3, 2, byrow = TRUE)) layout.show(nf) ##FACTORIEL-FRACTIONNAIRE d'ordre 4 load("S:/AnalysesSensibilité/RUtiles/as_factfract4_ss_regles_2009-08-27-15-28.RData") table.aov=as_factfract4_ss_regles_200908271528_0.SensitivityGenitorBiomassRelativeY5.isis.methodAnalyse$analysis_result Iprinc = table.aov[[2]] confint(table.aov[[1]]) #windows() par=(mar=c(3,3,3,3)) mp=barplot(Iprinc,axisnames=FALSE,main="FactFrac4 mod Y5 - SS regle") axis(side =1,pos=0, at=mp,tick=FALSE,labels= gsub("nephrops.",'',names(Iprinc)),las=2,cex.axis=0.8,hadj=0) ##FACTORIEL-FRACTIONNAIRE d'ordre 5 load("S:/AnalysesSensibilité/RUtiles/as_factfract5_ss_regles_2009-08-27-15-28.RData") table.aov=as_factfract5_ss_regles_200908271528_0.SensitivityGenitorBiomassRelativeY5.isis.methodAnalyse$analysis_result Iprinc = table.aov[[2]] #windows() mp=barplot(Iprinc,axisnames=FALSE,main="FactFrac5 mod Y5 - SS regle") axis(side =1,pos=0, at=mp,tick=FALSE,labels= gsub("nephrops.",'',names(Iprinc)),las=2,cex.axis=0.8,hadj=0) write.table(as_factfract5_ss_regles_200908271528_0.SensitivityGenitorBiomassRelativeY5.isis.methodAnalyse$isis.factors, file="factfract5.isisfactors.txt",sep=";") write.table(as_factfract5_ss_regles_200908271528_0.SensitivityGenitorBiomassRelativeY5.isis.methodAnalyse$isis.simule, file="factfract5.isissimule.txt",sep=";") ##Complet 2 modalités load("S:/AnalysesSensibilité/RUtiles/as_complet_2mod_ss_regles_2009-08-27-15-24.RData") #ne marche pas A CORRIGER # table.aov=as_complet2mod_ss_regles_200908101533_16.SensitivityGenitorBiomassRelativeY5.isis.methodAnalyse$analysis_result table.aov=as_complet_2mod_ss_regles_200908271524_0.SensitivityGenitorBiomassRelativeY5.isis.methodAnalyse$analysis_result Iprinc = table.aov[[2]] #windows() mp=barplot(Iprinc,axisnames=FALSE,main="Complet 2 mod Y5 - SS regle") axis(side =1,pos=0, at=mp,tick=FALSE,labels= gsub("nephrops.",'',names(Iprinc)),las=2,cex.axis=0.8,hadj=0) write.table(as_complet_2mod_ss_regles_200908271524_0.SensitivityGenitorBiomassRelativeY5.isis.methodAnalyse$isis.simule, file="complet.isissimule.txt",sep=";") ##MORRIS load("S:/AnalysesSensibilité/RUtiles/as_morris_7mod_ss_regles_2009-08-27-15-23.RData") as_morris_7mod_ss_regles_200908271523_0.SensitivityGenitorBiomassRelativeY5.isis.methodAnalyse #windows() plot(as_morris_7mod_ss_regles_200908271523_0.SensitivityGenitorBiomassRelativeY5.isis.methodAnalyse$analysis_result,xlim=c(0,1.5), main="Morris 7 mod Y5 - SS regle") write.table(as_morris_7mod_ss_regles_200908271523_0.SensitivityGenitorBiomassRelativeY5.isis.methodAnalyse$isis.simule, file="morris.isissimule.txt",sep=";") ##LHS random #load("S:/AnalysesSensibilité/RUtiles/as_randomLHS_ss_regles_2009-08-27-15-29.RData") load("S:/AnalysesSensibilité/RUtiles/as_RANDOM1500_2009-12-04-17-09.RData") table.aov=as_RANDOM1500_200912041709_0.SensitivityGenitorBiomassRelativeY5.isis.methodAnalyse$analysis_result Iprinc = table.aov[[2]] #windows() mp=barplot(Iprinc,axisnames=FALSE,main="LHS Random Y5 - SS regle") axis(side =1,pos=0, at=mp,tick=FALSE,labels= gsub("nephrops.",'',names(Iprinc)),las=2,cex.axis=0.8,hadj=0) ##LHS optimum load("S:/AnalysesSensibilité/RUtiles/as_optimumLHS_ss_regles_2009-08-27-15-29.RData") table.aov=as_optimumLHS_ss_regles_200908271529_0.SensitivityGenitorBiomassRelativeY5.isis.methodAnalyse$analysis_result Iprinc = table.aov[[2]] #windows() mp=barplot(Iprinc,axisnames=FALSE,main="LHS optimum Y5 - SS regle") axis(side =1,pos=0, at=mp,tick=FALSE,labels= gsub("nephrops.",'',names(Iprinc)),las=2,cex.axis=0.8,hadj=0) ##FAST load("S:/AnalysesSensibilité/RUtiles/as_FAST1500_2009-12-04-17-31.RData") print(as_FAST1500_200912041731_0.SensitivityGenitorBiomassRelativeY5.isis.methodAnalyse$analysis_result) plot(as_FAST1500_200912041731_0.SensitivityGenitorBiomassRelativeY5.isis.methodAnalyse$analysis_result, ylim=c(-0.1,1), main="Sobol Y5 - SS regle") ##SOBOL -- IC tres grand!! # --- relance faite debut decembre load("S:/AnalysesSensibilité/RUtiles/as_SOBOL1500_2009-12-07-16-56.RData") print(as_SOBOL1500_200912071656_0.SensitivityGenitorBiomassRelativeY5.isis.methodAnalyse$analysis_result) plot(as_SOBOL1500_200912071656_0.SensitivityGenitorBiomassRelativeY5.isis.methodAnalyse$analysis_result, ylim=c(-3,4), main="Sobol Y5 - SS regle") #test coef calcules par anova temp= as_SOBOL1500_200912071656_0.SensitivityGenitorBiomassRelativeY5.isis.methodAnalyse$isis.simule fmla=as.formula(paste("temp[,10]~(",paste(names(temp)[1:5],collapse="+"),")^2")) fmla2=as.formula(paste("temp[,10]~",paste(names(temp)[1:5],collapse="+"))) test=lm(fmla,data=temp) plot(summary(test)$coefficient[1:5,2]) # as_SOBOL1500_200912071656_0.SensitivityGenitorBiomassRelativeY5.isis.methodAnalyse$analysis_result$S #valeurs de Y pour chaque plan plot(as_FAST1500_200912041731_0.SensitivityGenitorBiomassRelativeY5.isis.methodAnalyse$isis.simule[,10],main="FAST") plot(as_SOBOL1500_200912071656_0.SensitivityGenitorBiomassRelativeY5.isis.methodAnalyse$isis.simule[,10],main="SOBOL") plot(as_morris_7mod_ss_regles_200908271523_0.SensitivityGenitorBiomassRelativeY5.isis.methodAnalyse$isis.simule[,10],main="MORRIS") plot(as_RANDOM1500_200912041709_0.SensitivityGenitorBiomassRelativeY5.isis.methodAnalyse$isis.simule[,10],main="LHS") plot(as_complet_2mod_ss_regles_200908271524_0.SensitivityGenitorBiomassRelativeY5.isis.methodAnalyse$isis.simule[,10],main="COMPLET") plot(as_factfract5_ss_regles_200908271528_0.SensitivityGenitorBiomassRelativeY5.isis.methodAnalyse$isis.simule[,10],main="FACTFRACT5") #valeur des x pour chaque plan (5 facteurs continus) for (i in 1:5) plot(as_FAST1500_200912041731_0.SensitivityGenitorBiomassRelativeY5.isis.methodAnalyse$isis.simule[,i]) for (i in 1:5) plot(as_SOBOL1500_200912071656_0.SensitivityGenitorBiomassRelativeY5.isis.methodAnalyse$isis.simule[,i]) for (i in 1:5) plot(as_morris_7mod_ss_regles_200908271523_0.SensitivityGenitorBiomassRelativeY5.isis.methodAnalyse$isis.simule[,i]) for (i in 1:5) plot(as_RANDOM1500_200912041709_0.SensitivityGenitorBiomassRelativeY5.isis.methodAnalyse$isis.simule[,i]) for (i in 1:5) plot(as_complet_2mod_ss_regles_200908271524_0.SensitivityGenitorBiomassRelativeY5.isis.methodAnalyse$isis.simule[,i]) for (i in 1:5) plot(as_factfract5_ss_regles_200908271528_0.SensitivityGenitorBiomassRelativeY5.isis.methodAnalyse$isis.simule[,i])