[Isis-fish-users] Questions par rapport au target factor, à l'ajustement des CPUES.
hilaire.drouineau
hilaire.drouineau at gmail.com
Jeu 1 Juil 16:57:01 CEST 2010
Pour la partie reformatage des données, si tu travailles sur R, la
fonction reshape devrait te solutionner le problème (+/- facilement je
te l'accorde). Pour les discussions précédentes, je dois avouer que je
les ai pas trop en tête, sorry...
a+
Le 30/06/2010 16:04, Benoit Archambault a écrit :
> 1) Pour les résidus pas plus comparé que ca, ca me semble logique
> d'avoir des effets multiplicatifs et donc parti direct vers un modele
> log norm. Je vais creuser un peu et je donne des news.
>
> 2) J'avais pensé tout d'abord à un modele de ce type, mais ca suppose
> un reformatage des données (car je les ai par marée, avec en variable
> les differentes LPUE), et surtout j'étais parti sur l'idée de faire un
> ajustement par espèce (cf discussions précedentes).
> merci
>
>
>
> 2010/6/30 hilaire.drouineau <hilaire.drouineau at gmail.com
> <mailto:hilaire.drouineau at gmail.com>>
>
> Salut Benoit,
> Ca s'est bien passé la St Jean et la fête nationale du Canada?
> Pour (essayer de) répondre à tes questions:
>
>
> En commençant par la seconde, t'as regardé tes résidus? Pour que
> ça change autant, il doit y avoir dans un des cas une des
> hypothèses sur tes résidus qui n'est pas respectées, ce qui te
> permettra de choisir. En théorie, on fait souvent une
> logtransformation sur les cpue (ou fonction gamma).
> Pour la première, j'ai un peu de mal... Est ce qu'en introduisant
> des interactions dans ton modèles ça te permettrait pas de mieux
> estimer tes paramètres?
> Je pense à un modèle
> log(LPUE+1)~Espèce:Mois+Espèce:Année+Espèce:Division+Engin+Metier:Espece
> Les 3 premiers effets te prendraient les variations pouvant
> s'expliquer par l'abondance, l'effet engin te donnant la
> standardidation, et le dernier effet te donnant ton ciblage?
>
>
> A+
>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
> Le 29/06/2010 10:23, Benoit Archambault a écrit :
>> Bonjour à tous,
>>
>> Dans mon modèle il y a plusieurs espèces (4), plusieurs engins
>> avec parfois plusieurs métiers par engin (profils de capture
>> différents) ou des fois un métier/engin (pas de différence dans
>> les profils de capture). La sélectivité des engins est mal connue
>> et approximée (0 ou 1 suivant les groupes de taille).
>>
>> Je calcule les coefficients de standardisation d'engin, en
>> faisant la moyenne entre les effets d'un même engin au sein d'un
>> modèle ajusté par espèce sur les LPUE.
>>
>> Le modèle utilisé est de type :
>>
>> *log(LPUE_Espece+1)~Engin+Mois+Année+Division+Métier*
>>
>> Par contre, à l'intérieur d'un même engin, dans certains cas rien
>> n'indique les proportions relatives de chaque espèce capturée.
>> Pour un engin utilisé dans différents métiers, j'utilise l'effet
>> métier pour déterminer un facteur de ciblage par espèce, donc
>> cette info se retrouve dans ce facteur.
>> Mais dans le cas d'un engin utilisé dans un seul métier, mais
>> ciblant plusieurs espèces, il faut bien renseigner une info sur
>> ces proportions relatives. Il n'est pas possible d'avoir un effet
>> métier, celui-ci étant confondu avec l'effet engin. Je pensais
>> peut être utiliser la proportion moyenne débarquée par espèce
>> pour les captures de ce métier comme un proxy du facteur de
>> ciblage. (comme Sigrid a fait je crois)
>>
>> Je pensais faire ceci lorsque je suis dans la situation un engin
>> = un métier, avec plusieurs espèces capturées. Le souçi c'est que
>> ca me semble pas super homogène avec les autres cas de figure,
>> car en faisant ça, dans certains cas le facteur de ciblage va
>> être estimé à partir de l'effet métier, donc potentiellement
>> supérieur à 1, et dans d'autres comme une proportion, donc
>> compris entre 0 et 1.
>>
>> Si quelqu'un a une idée je suis preneur.
>>
>> Sinon, toujours lors de l'ajustement des LPUE, quelque chose me
>> perturbe un peu.
>>
>> Lorsque je passe en log normale, si je considère l'effet engin,
>> je me retrouve avec des coefficients ordonnés différemment de
>> l'ordre retrouvé dans les données non transformées. Ceci
>> s'explique par la transformation log, qui "aplatit" les valeurs
>> extrêmes, donc la moyenne des CPUE par modalité du facteur engin
>> et la moyenne des logs des même CPUE peuvent être relativement
>> différentes, d'où un ordre des coefficients différents. J'ai
>> vérifié et il n'y pas d'outliers évidents pouvant influencer ces
>> moyennes.
>>
>> Un exemple concret, avec en vert le classement des coefficients.
>>
>> _Moyennes des LPUE de crabe par engin._
>>
>> Bottom_otter_trawl_stern *1* Danish_Seine *3**
>> * Gillnet_fixed *4* Longline *5 *
>> Scottish_Seine *2*
>> 1981.2602
>> 757.8895 390.1185
>> 374.8961 1263.7139
>>
>> _Moyennes des log(LPUE+1) par engin_
>>
>> Bottom_otter_trawl_stern *4* Danish_Seine *3*
>> Gillnet_fixed *5 * Longline *2*
>> Scottish_Seine *1*
>> 4.277569
>> 4.417971 4.020313
>> 4.527365 5.562241
>>
>> Si quelqu'un a des suggestions pour rémédier à cet effet.
>> L'utilisation d'une distribution gamma ne changerait pas la donne
>> ( car fonction de lien log..).
>>
>> Merci beaucoup,
>> Benoit
>>
>> ps : j'espère avoir été clair, mais c'est le matin donc si besoin
>> de précision n'hésitez pas !
>>
>>
>>
>>
>>
>>
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