[Isis-fish-users] Calibration

Eric Chatellier chatellier at codelutin.com
Lun 12 Juin 09:50:37 CEST 2023 

Bonjour,

En effet, ce sont les mêmes erreurs à chaque fois, mais il ne semble pas se 
produire à chaque simulation.

J'ai l'impression que c'est un problème extérieur à Isis.

Est-ce que cela pourrait provenir de restriction de datarmor sur les temps de 
calcul ou d'espace de stockage ?
En tout cas, je n'ai pas trop d'info autre que le debug qui ne dit pas grand chose.

Le 07/06/2023 à 18:19, Antoine RICOUARD a écrit :
> Bonjour,
>
> Cela s'est produit pour les quatre années que j'ai essayé de calibrer, et 
> toujours sur Datarmor. Je n'ai pas essayé de lancer de calibration sur ma 
> machine (je ne sais d'ailleurs pas comment on fait).
>
> Comme l'a fait remarquer Stéphanie, il était peut-être excessif de lancer un 
> Algorithme génétique pour calibrer cette espèce qui n'a besoin que d'un 
> paramètre.
>
> En revanche, j'ai un autre problème à soumettre. Lorsque j'ai voulu calibrer 
> la sole (7 paramètres) pour 4 années différentes, j'obtiens des erreurs au 
> bout d'un  grand nombre de générations : 136 pour l'année 2015, 139 pour 2016, 
> 45 puis 85 (je l'ai testé 2 fois) pour 2017 et enfin 42 puis 71 pour 2018 
> (idem). Étrange, non ?
>
> Ces erreurs interviennent après un très long temps de calcul sur datarmor : 
> 44, 43,12 et 8 heures respectivement. Ci-joint les debugs R et debugs ISIS.
>
> Il semble que ce soit le même type d'erreur, non ?
>
> Merci.
>
> Le 07/06/2023 à 17:11, Eric Chatellier a écrit :
>> Bonjour,
>>
>> Je n'ai pas la cause, mais c'est un problème pour ouvrir la région (comme si 
>> elle n'existait pas ou était vide).
>>
>> Cela se produit tout le temps ? sur datarmor seulement ?
>>
>> Le 06/06/2023 à 15:34, aricouar a écrit :
>>>
>>> Bonjour les "ISISusers", c'est encore moi !
>>>
>>> Voici l'objet de ma nouvelle bouteille à la mer :
>>>
>>> J'essaye de réaliser la calibration des accessibilités d'une espèce de raie 
>>> (Raja clavata). Dans mon modèle, la population n'a qu'un groupe (groupe 0). 
>>> Il y a une erreur dans la simulation 31 sur les 55 de la première génération :
>>>
>>> 2023-06-06 12:57:08,299 ERROR [SimThread Calib_Raja_2015_AlGen_Prep_i31] 
>>> (SqlExceptionHelper.java:142) logExceptions - Table "POPULATION" non trouvée
>>> Table "POPULATION" not found; SQL statement:
>>> select population0_.topiaId as topiaid1_11_, population0_.topiaVersion as 
>>> topiaver2_11_, population0_.topiaCreateDate as topiacre3_11_, 
>>> population0_.name as name4_11_, population0_.geographicId as geograph5_11_, 
>>> population0_.plusGroup as plusgrou6_11_, population0_.growth as growth7_11_, 
>>> population0_.growthReverse as growthre8_11_, population0_.comment as 
>>> comment9_11_, population0_.meanWeight as meanwei10_11_, population0_.price 
>>> as price11_11_, population0_.naturalDeathRate as natural12_11_, 
>>> population0_.fishingMortalityOtherFleets as fishing13_11_, 
>>> population0_.caractBioComment as caractb14_11_, 
>>> population0_.reproductionEquation as reprodu15_11_, 
>>> population0_.monthGapBetweenReproRecrutement as monthga16_11_, 
>>> population0_.recruitmentDistribution_name as recruit17_11_, 
>>> population0_.recruitmentDistribution_dim as recruit18_11_, 
>>> population0_.recruitmentDistribution_dimNames as recruit19_11_, 
>>> population0_.recruitmentDistribution_semantics as recruit20_11_, 
>>> population0_.recruitmentDistribution_data as recruit21_11_, 
>>> population0_.recruitmentEquation as recruit22_11_, 
>>> population0_.recruitmentComment as recruit23_11_, population0_.zonesComment 
>>> as zonesco24_11_, population0_.seasonsComment as seasons25_11_, 
>>> population0_.capturabilityComment as captura26_11_, 
>>> population0_.migrationComment as migrati27_11_, 
>>> population0_.mappingZoneReproZoneRecru_name as mapping28_11_, 
>>> population0_.mappingZoneReproZoneRecru_dim as mapping29_11_, 
>>> population0_.mappingZoneReproZoneRecru_dimNames as mapping30_11_, 
>>> population0_.mappingZoneReproZoneRecru_semantics as mapping31_11_, 
>>> population0_.mappingZoneReproZoneRecru_data as mapping32_11_, 
>>> population0_.capturability_name as captura33_11_, 
>>> population0_.capturability_dim as captura34_11_, 
>>> population0_.capturability_dimNames as captura35_11_, 
>>> population0_.capturability_semantics as captura36_11_, 
>>> population0_.capturability_data as captura37_11_, 
>>> population0_.capturabilityEquationUsed as captura38_11_, 
>>> population0_.capturabilityEquation as captura39_11_, 
>>> population0_.maturityOgiveEquation as maturit40_11_, 
>>> population0_.reproductionRateEquation as reprodu41_11_, 
>>> population0_.fbarGroupMin as fbargro42_11_, population0_.fbarGroupMax as 
>>> fbargro43_11_, population0_.abundanceReferenceMonth as abundan44_11_, 
>>> population0_.computeFOnLandings as compute45_11_, population0_.species as 
>>> species46_11_ from population population0_ where population0_.name=? limit ? 
>>> [42102-199]
>>> 2023-06-06 12:57:08,306 ERROR [SimThread Calib_Raja_2015_AlGen_Prep_i31] 
>>> (InProcessSimulatorLauncher.java:483) localSimulateSameThread - Error during 
>>> simulation
>>> javax.persistence.PersistenceException: 
>>> org.hibernate.exception.SQLGrammarException: could not prepare statement
>>>
>>>
>>> Cela évoque-t-il quelque chose à quelqu'un ?
>>>
>>> Ci-joint également :
>>>
>>> * les debugs : pbs, R, et le debug ISIS contenant l'erreur (les autres n'en 
>>> contiennent pas, a priori)
>>>
>>> * les deux règles utilisées lors de la calibration
>>>
>>> * la region utilisée
>>>
>>> * les répertoires master et data_calib utilisés
>>>
>>> * le script R "calibr_run"
>>>
>>> * le script main
>>>
>>> * la simu isis préparée
>>>
>>>
>>> Merci pour toute aide :)
>>>
>>>
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