April 2009 - Isis-fish-devel - mailman.cloud.codelutin.com

Fw: repertoire sur /home3/caparmor
by Benjamin POUSSIN May 8, 2009

May 8, 2009

Salut, Pour les simulations, les log de simulation, ... il faudrait utiliser "/export/home12/poussin" comme l'indique tina. Pour les simulations ce n'est pas forcement simple de deplacer que ce repertoire (et pas le reste de isis-database), mais il faudrait au moins effacer la simulation lorsqu'elle a ete envoyee au client (donc a faire: zip + checksum + envoi + verif du checksum + suppression simulation | reessai d'envoie) lorsqu'on zip un repertoire de simulation on passe de 13Mo a 1,4Mo donc on gagne un facteur 10, donc on devrait passer de 2min de recuperation a 12s :) Eric :) ----- Message Transféré ----- Date: Tue, 28 Apr 2009 09:58:12 +0200 De: Tina ODAKA <Tina.Odaka(a)ifremer.fr> À: poussin(a)ifremer.fr Cc: MAHEVAS <Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr> Sujet: Re: repertoire sur /home3/caparmor hi benjamin , please do not forget to delete the temp files which you are creating on your /home3/caparmor/poussin/isis-tmp you can have max 10G on that directory. If you want, you can use /export/home12/poussin this is for tmp files; you can put more than 10G and all the files which are older than 5 days we delete it automatically regards tina Tina.Odaka(a)ifremer.fr wrote: > ATTENTION!! > votre repertoire /home3/caparmor/poussin depasse 10Go > veuillez faire du menage S.V.P. -- =================================================== Tina Odaka RIC - IDM - IFREMER Tel: +33 (0)2 98 22 41 85 Fax: +33 (0)2 98 22 45 46 email: Tina.Odaka(a)ifremer.fr http://www.ifremer.fr/pcim ================================================== -- Benjamin -------------------- tél: +33 (0) 2 40 50 29 28 email: poussin(a)codelutin.com () campagne du ruban ascii http://www.codelutin.com /\ pour les mails en ascii

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[Fwd: Re: caparmor]
by Jean Couteau April 21, 2009

April 21, 2009

Voici le guide d'utilisateur de caparmor... a priori on doit pouvoir faire les tests depuis code d'après pierre cotty (ifremer) -- ---- Jean Couteau Code Lutin - http://www.codelutin.com 44 Bd des Pas Enchantés - 44230 St-Sébastien/Loire Tél : 02 40 50 29 28 - Fax : 09 59 92 29 28

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Problème avec la méthode getMatrix() de resultStorage
by Jean Couteau April 18, 2009

April 18, 2009

Je rencontre actuellement un problème (bug ?) avec la méthode getMatrix de resultStorage. Je m'explique : j'ai deux resultStorages différents, pointant sur deux simulationStorage différents. Quand j'appelle la méthode getMatrix(), j'ai deux fois la même matrice (elles devraient être différentes). En fait, c'est la matrice de référence qui est remplacée par l'autre matrice. Le plus bizarre, c'est qu'en appelant cet export dans un script, tout marche nickel... l'appel ayant la même population et la même date, j'ai essayé en créant de nouvelles instances, pas plus de succès. Le code de l'export : SimulationStorage referenceSimulation = SimulationStorage .getSimulation(param_referenceSimulation); ResultStorage referenceResultStorage = referenceSimulation .getResultStorage(); ResultStorage resultStorage = simulation.getResultStorage(); Date lastDate = resultStorage.getLastDate(); Double biomass = 0.0; Double referenceBiomass = 0.0; System.out.println("reference simul : " + param_referenceSimulation); for (Population pop : simulation.getParameter().getPopulations()) { if (pop.getName().equals(param_pop.getName())) { //Get the biomass of the last time step MatrixND matlastdate = resultStorage.getMatrix(lastDate, pop, ResultName.MATRIX_BIOMASS); biomass = matlastdate.sumAll(); System.out.println("matlastdate:" + (Object) matlastdate); //Get the reference biomass of the last time step MatrixND matreferencelastdate = referenceResultStorage .getMatrix(lastDate, pop, ResultName.MATRIX_BIOMASS); referenceBiomass = matreferencelastdate.sumAll(); System.out.println("matreferencelastdate:" + (Object) matreferencelastdate); } } System.out.println("simulationStorage:" + simulation); System.out.println("referenece simulation:" + referenceSimulation); System.out.println("resultStorage:" + resultStorage); System.out.println("referenceStroagr:" + referenceResultStorage); System.out.println("biomass:" + biomass); System.out.println("referenceBiomass:" + referenceBiomass); Sortie console : reference simul : sim__2009-04-17-16-35 matlastdate:matrixBiomass matrix2D [ 0.0,22176.508412677813,43473.173065180665,2388.3604378326186,2650.1984917785503,3282.4389596073397,4964.047762465532,8148.54115841914,14868.66899278396,29626.19152441755, 0.0,28109.963066993412,52849.62265797418,3949.6346049565186,6062.0935103195,8726.091141227009,13045.299921476322,19616.21549221407,31552.390893392745,53794.83555177956, 0.0,22227.329356775448,43574.14880941198,2403.477995259692,2676.6510261290755,3318.3431101599917,5011.4537835734345,8215.201927770695,14968.934234736415,29780.55426702557, 0.0,28109.963066993412,52849.62265797418,3949.6346049565186,6062.0935103195,8726.091141227009,13045.299921476322,19616.21549221407,31552.390893392745,53794.83555177956, 0.0,22227.329356775448,43574.14880941198,2403.477995259692,2676.6510261290755,3318.3431101599917,5011.4537835734345,8215.201927770695,14968.934234736415,29780.55426702557, 0.0,22176.508412677813,43473.173065180665,2388.3604378326186,2650.1984917785503,3282.4389596073397,4964.047762465532,8148.54115841914,14868.66899278396,29626.19152441755, 0.0,28109.963066993412,52849.62265797418,3949.6346049565186,6062.0935103195,8726.091141227009,13045.299921476322,19616.21549221407,31552.390893392745,53794.83555177956, 0.0,22176.508412677813,43473.173065180665,2388.3604378326186,2650.1984917785503,3282.4389596073397,4964.047762465532,8148.54115841914,14868.66899278396,29626.19152441755, 0.0,22176.508412677813,43473.173065180665,2388.3604378326186,2650.1984917785503,3282.4389596073397,4964.047762465532,8148.54115841914,14868.66899278396,29626.19152441755,] matreferencelastdate:matrixBiomass matrix2D [ 0.0,22176.508412677813,43473.173065180665,2388.3604378326186,2650.1984917785503,3282.4389596073397,4964.047762465532,8148.54115841914,14868.66899278396,29626.19152441755, 0.0,28109.963066993412,52849.62265797418,3949.6346049565186,6062.0935103195,8726.091141227009,13045.299921476322,19616.21549221407,31552.390893392745,53794.83555177956, 0.0,22227.329356775448,43574.14880941198,2403.477995259692,2676.6510261290755,3318.3431101599917,5011.4537835734345,8215.201927770695,14968.934234736415,29780.55426702557, 0.0,28109.963066993412,52849.62265797418,3949.6346049565186,6062.0935103195,8726.091141227009,13045.299921476322,19616.21549221407,31552.390893392745,53794.83555177956, 0.0,22227.329356775448,43574.14880941198,2403.477995259692,2676.6510261290755,3318.3431101599917,5011.4537835734345,8215.201927770695,14968.934234736415,29780.55426702557, 0.0,22176.508412677813,43473.173065180665,2388.3604378326186,2650.1984917785503,3282.4389596073397,4964.047762465532,8148.54115841914,14868.66899278396,29626.19152441755, 0.0,28109.963066993412,52849.62265797418,3949.6346049565186,6062.0935103195,8726.091141227009,13045.299921476322,19616.21549221407,31552.390893392745,53794.83555177956, 0.0,22176.508412677813,43473.173065180665,2388.3604378326186,2650.1984917785503,3282.4389596073397,4964.047762465532,8148.54115841914,14868.66899278396,29626.19152441755, 0.0,22176.508412677813,43473.173065180665,2388.3604378326186,2650.1984917785503,3282.4389596073397,4964.047762465532,8148.54115841914,14868.66899278396,29626.19152441755,] simulationStorage:fr.ifremer.isisfish.datastore.SimulationStorage@ee8874 referenece simulation:fr.ifremer.isisfish.datastore.SimulationStorage@35783c resultStorage:fr.ifremer.isisfish.datastore.ResultStorage@f40b08 referenceStroagr:fr.ifremer.isisfish.datastore.ResultStorage@68b78e biomass:1443783.1447633372 referenceBiomass:1443783.1447633372 Script d'appel où tout marche bien : SensitivityBiomassReferenceY9 export = new SensitivityBiomassReferenceY9(); PopulationImpl pop = new PopulationImpl(); pop.setName("nephrops"); export.param_pop = pop; export.param_referenceSimulation = "sim__2009-04-17-16-35"; StringWriter out = new StringWriter (); export.export(SimulationStorage.getSimulation("as_ppppppppppppppppppppppp_2009-04-18-11-12_1"), out); System.out.println(out); Sortie console du script : reference simul : sim__2009-04-17-16-35 04-18 11:34:13 jdbc[3]: Connection not closed matlastdate:matrixBiomass matrix2D [ 0.0,22301.45833636273,43679.68540954717,2417.711341080958,2703.94680575929,3361.1458309382606,5081.4435899593045,8323.431587777504,15141.42876754465,30056.12419026292, 0.0,28111.95810766318,52853.34704203463,3950.384944812215,6063.906139801544,8728.911476203795,13048.918349100913,19620.831465606985,31558.477119895248,53802.80914947819, 0.0,22351.39877138013,43778.712947132946,2432.64773581732,2730.2875324815705,3397.027376816449,5128.805325940966,8389.888917505,15241.08457423825,30208.974034661154, 0.0,28111.95810766318,52853.34704203463,3950.384944812215,6063.906139801544,8728.911476203795,13048.918349100913,19620.831465606985,31558.477119895248,53802.80914947819, 0.0,22351.39877138013,43778.712947132946,2432.64773581732,2730.2875324815705,3397.027376816449,5128.805325940966,8389.888917505,15241.08457423825,30208.974034661154, 0.0,22301.45833636273,43679.68540954717,2417.711341080958,2703.94680575929,3361.1458309382606,5081.4435899593045,8323.431587777504,15141.42876754465,30056.12419026292, 0.0,28111.95810766318,52853.34704203463,3950.384944812215,6063.906139801544,8728.911476203795,13048.918349100913,19620.831465606985,31558.477119895248,53802.80914947819, 0.0,22301.45833636273,43679.68540954717,2417.711341080958,2703.94680575929,3361.1458309382606,5081.4435899593045,8323.431587777504,15141.42876754465,30056.12419026292, 0.0,22301.45833636273,43679.68540954717,2417.711341080958,2703.94680575929,3361.1458309382606,5081.4435899593045,8323.431587777504,15141.42876754465,30056.12419026292,] matreferencelastdate:matrixBiomass matrix2D [ 0.0,22427.248794279596,43887.178883317116,2447.4229417800852,2758.785181961683,3441.739948816929,5201.615736491989,8502.07565373004,15419.19221107782,30492.296000853254, 0.0,28113.95331911751,52857.07168874245,3951.135427215253,6065.719311278801,8731.732722732988,13052.537780383398,19625.448525203832,31564.564520386513,53810.78392904235, 0.0,22476.294654826346,43984.237557008244,2462.1714940800744,2784.9988426787277,3477.5773980419044,5248.904850249625,8568.29042876303,15518.18288172026,30643.557001801226, 0.0,28113.95331911751,52857.07168874245,3951.135427215253,6065.719311278801,8731.732722732988,13052.537780383398,19625.448525203832,31564.564520386513,53810.78392904235, 0.0,22476.294654826346,43984.237557008244,2462.1714940800744,2784.9988426787277,3477.5773980419044,5248.904850249625,8568.29042876303,15518.18288172026,30643.557001801226, 0.0,22427.248794279596,43887.178883317116,2447.4229417800852,2758.785181961683,3441.739948816929,5201.615736491989,8502.07565373004,15419.19221107782,30492.296000853254, 0.0,28113.95331911751,52857.07168874245,3951.135427215253,6065.719311278801,8731.732722732988,13052.537780383398,19625.448525203832,31564.564520386513,53810.78392904235, 0.0,22427.248794279596,43887.178883317116,2447.4229417800852,2758.785181961683,3441.739948816929,5201.615736491989,8502.07565373004,15419.19221107782,30492.296000853254, 0.0,22427.248794279596,43887.178883317116,2447.4229417800852,2758.785181961683,3441.739948816929,5201.615736491989,8502.07565373004,15419.19221107782,30492.296000853254,] simulationStorage:fr.ifremer.isisfish.datastore.SimulationStorage@172ec6 referenece simulation:fr.ifremer.isisfish.datastore.SimulationStorage@48ff68 resultStorage:fr.ifremer.isisfish.datastore.ResultStorage@1fffa73 referenceStroagr:fr.ifremer.isisfish.datastore.ResultStorage@746d23 biomass:1452801.7892526689 referenceBiomass:1461957.4932998817 0.9937373664493167 -- ---- Jean Couteau Code Lutin - http://www.codelutin.com 44 Bd des Pas Enchantés - 44230 St-Sébastien/Loire Tél : 02 40 50 29 28 - Fax : 09 59 92 29 28

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FIXME a fixer :)
by Benjamin POUSSIN April 18, 2009

April 18, 2009

Salut, Il y a actuellement 96 FIXME dans le code grep -rn FIXME src/main/java |grep -v .svn |grep -v "~" Il serait bien d'essayer avant l'ecole chercheur de soit: - corriger le code - passer le FIXME en TODO (car pas problematique) je pense en particulier a ResultStorage, qui laisse dans certain cas des transactions ouvertes. -- Benjamin -------------------- tél: +33 (0) 2 40 50 29 28 email: poussin(a)codelutin.com () campagne du ruban ascii http://www.codelutin.com /\ pour les mails en ascii

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Point sur Isis avant taggage de la nouvelle version pour tests
by Jean Couteau April 17, 2009

April 17, 2009

Soucis restant sur Isis et améliorations ---------------------------------------- - Sur un script, duplication de documentation entre @Doc et getDocumentation() ; laquelle affiche-t-on ? - Les documentations ne sont pas affichés sur les ComboBox (commencé, mais il y a effet de bord) - Lors de la construction du zip d'une simulation avec analyse de sensibilité, les script ne compilent pas (ca n'a pas d'incidence sur la simulation elle meme), mais les scripts ne compilent plus dans l'UI ensuite. - Modificiation a faire sur les RangeOfValues - Gears/RangeOfValues n'est pas factorisable - Metier/RangeOfValues l'est mais avec les bornes de son Metier/Gears/RangeOfValues - Metier/Espèces capturables - Dans la liste pour une saison : - chaque facteur cible est un facteur - chaque "especes principale" est un facteurs (difficultés dûes au type de données dans cette interface) - SetOfVessels/inputEffortDescription - le bouton "ajouter" ne doit pas pouvoir être cliqué - certains champs ne peuvent pas être typé en facteur "continu" - Les aspects ne sont toujours pas fixé (division par zero) Pas de controle sur l'instanciation des aspects, difficultés à les manipuler une fois instanciés. - Renommage : - AnalysePlan > SimulationPlan ? - Sensitivity ? - Problème de mise à jour des données de la base en live (exports, scripts, ...) (besoin de redémarrer isis pour que les modifications soient prises en compte) Plus tard --------- - Notions de "SimulationMaster" pour représenter la simulation maitres à l'origine de ses sous simulations pour : - la progression des plans d'analyses (pb : independant) - la progression des analyses de sensibilités - l'envoi sur caparmor d'une seule simulation (et non les sous simulations) Merci Eric pour la liste ;) -- ---- Jean Couteau Code Lutin - http://www.codelutin.com 44 Bd des Pas Enchantés - 44230 St-Sébastien/Loire Tél : 02 40 50 29 28 - Fax : 09 59 92 29 28

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Saisie du Target factor et pas d'affichage.
by Sigrid LEHUTA April 6, 2009

April 6, 2009

Salut, Je préfère que tu écrives à la liste s'il te plait déjà parce que ça intéresse sûrement les autres et d'autre part ça fait plus de bouteilles à la mer au cas où... Pas de panique ! C est "normal" que ça ne marque rien. http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/wiki-moin/instance/cgi-bin/moin.… : 8. Saisie des métiers / espèces capturables "*9. espèces ajoutées* : On retrouve ici l'ensemble des associations ajoutées pour ce métier. Tip : en cliquant sur la cellule facteur cible d'une des entrées l'éditeur d'équations externe s'ouvre avec l'équation correspondante." La case target factor de la ligne est blanche (c est une une histoire d'affichage seulement) mais de toutes façons comme il s'agit d'une équation, la case n'affichera pas la valeur du paramètre de ciblage (au mieux il devrait être écrit "SpeciesX-targetFactor-SeasonY" ou qqch dans ce goût là). En cliquant sur cette case tu ouvres la fenêtre d'édition qui contient ton équation, et tu peux donc vérifier qu'il s'agit de la bonne valeur. Au plus simple l'équation doit contenir : "return toto ;" toto étant la valeur du ciblage. Pour vérifier que l'équation est correcte, cliques sur Vérifier dans la fenêtre d'édition, puis OK pour la fermer. Concernant l'affichage, je vais créer un feature request (au cas où cela n'aurait pas été faitpour les prochaines versions?) afin que la case contienne un message plus rassurant ;-) Sigrid Delphine.Rocklin(a)ifremer.fr a écrit : > Salut Sigrid, > > excuse-moi de t'ennuyer avec ça, mais j'ai un souci ISIS, je n'arrive > pas à enregistrer le facteur cible ds les métiers...c'est la seule > chose qui bloque (et pas la moindre, parce que ça me fait squizzer les > simus !). Ds l'onglet "espèces capturables" de "métiers", j'arrive à > sélectionner la ssaison, l'espèce et le facteur cible (j'arrive aussi > à en créer de nouveaux). Mais qd je clique que "ajouter", ça ne me > marque rien ds 'target factor"....c'est ennuyeux ! Y a-t-il qqch que > je ne fais pas ds le bon ordre ? > > Est-ce que je peux te tel en début d'aprèm ? Ce serait certainement > plus simple et plus rapide.... > > Merci > delph > > > -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Doctorante Département Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER, rue de l'ile d'Yeu BP 21105 44311 Nantes Cedex 03 Tél : +33 (0)2 40 37 41 65

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