December 2014 - Isis-fish-devel - mailman.cloud.codelutin.com

changement reproduction/recrutement
by Stephanie MAHEVAS April 22, 2015

April 22, 2015

Bonjour, Nous avons repéré une incohérence dans la description de la dynamique de pop (point déjà soulevé par Sigrid il y a 6 mois à peu près - pour Benjamin) Si la population est structuree en age: La méthode getRecruitment (de populationMonitor) applique changement de classe et migration aux naissances (groupe=null) jusqu'a date_naissance + delta(getMonthGapBetweenReproRecrutement). Cela sous-entend que la classe 0 est = à age 0. Ce qui n'est pas toujours le cas. Pour y remédier, on propose de distinguer dans l'interface reproduction, deux cas : cas 1=reproduction cas2=stock/recrutement *cas 1:reproduction* l'equation renvoie un nombre d'oeufs, qui vont grandir et mourir jusqu'à entrer dans la classe 0 si pop en age : delta = le nombre de mois entre age 0 et age de classe 0 + mois d'arrivee dans l'annee et croissance comme deja implementee (MAIS PAS DE MIGRATION car c'est deja dans la matrice de correspondance repro/recru) si pop en longueur: il faut que l'utilisateur saisisse la valeur de delta (avec une aide sur la definition de delta= nb de mois pour arriver dans classe 0 depuis la naissance) et pas de croissance(pas de changement de classe), ni de migration. *cas 2:stock/recrutement * l'equation renvoie un nombre de recrues en age: delta = le nombre de mois entre age 0 et age de classe 0 + mois d'arrivee dans l'annee en longueur il faut que l'utilisateur saisisse la valeur de delta (avec une aide sur la definition de delta= nb de mois pour arriver dans classe 0 depuis la naissance) Mortalité naturelle doit etre forcée à 0 Pas de migration, pas de changement de classe Donc il faut 1.ajouter un flag dans l'interface Repro (qui devrait s'appeler Repro/Recru) pour sélectionner cas1 ou cas 2 2.ajouter une aide pour le calcul de delta 3.modifier le code de getRecruitment selon algo ci-dessous *si cas 1, supprimer migration *si cas 2, supprimer migration et changement de classe 4.dans simulateur si cas 2 : forcer Mortalite naturelle du groupe null à 0 Stephanie et Sigrid -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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Proposition de nouvelle implantation de DefaultSimulator, SiMatrix, GravityModel
by Benjamin POUSSIN Dec. 18, 2014

Dec. 18, 2014

Salut, Au lieu de mettre des tag/values pour modifier le comportement du simulateur, l'idée et d'utiliser l'héritage et la surcharge de méthode. Ca permet de faire de nouveau simulateur sans devoir modifier DefaultSimulator ou SiMatrix ou de tout réécrire. Si personne ne voit d'objection ça sera commité et dispo pour la 4.4.0.0 -- Benjamin POUSSIN -------------------- tél: +33 (0) 2 40 50 29 28 email: poussin(a)codelutin.com http://www.codelutin.com

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ISIS 4.3.1.0 : arrêt inexpliqué de plans sur Caparmor
by Audric VIGIER Dec. 5, 2014

Dec. 5, 2014

Bonsoir, Au fur et à mesure que mes plans d'optimizations se terminent (enfin!), j'ai découvert que deux de mes plans sont comme "bloqués". Les deux morceaux de debug concernent deux plans différents, on y voit dans chacun une simulation pour qui un nouveau storage se créé, etc., puis qui débute. Il s'agit des plans RecuitSimuleVoisinageAdaptatifT3Param10ans10FOSCE2 et RecuitSimuleVoisinageAdaptatifT10Param10ansP22. Après, plus aucune trace dans le debug. Dans l'interface ISIS, les plans sont "bloqués" sur ces simus là, avec comme état "Attente du démarrage de la simulation". D'habitude, j'ai cet état quand j'attends que la simu se fasse et soit téléchargée. Là, rien ne bouge, et c'est d'autant plus frustrant qu'ils étaient presque terminés :'(. En PJ, j'ai mis une simulation "En attente de démarrage" d'un de ces plans, qui est incomplète. J'inaugure la V 4.3.1.1 demain avec de nouveaux plans, peut-être que le problème n'est plus dans la nouvelle version. Une idée sur ce qu'il s'est passé? Audric INFO [monitor-thread] (SSHUtils.java:221) exec - JSch channel exit-status: 0 INFO [monitor-thread] (SimulationMonitor.java:478) waitAndCheckProgression - Job sim_RecuitSimuleVoisinageAdaptatifT10Param10ansP22_2014-10-09-12-51_1919 finished INFO [monitor-thread] (SimulationMonitor.java:594) doPostSimulationOperation - Do post simulation operation for sim_RecuitSimuleVoisinageAdaptatifT10Param10ansP22_2014-10-09-12-51_1919 INFO [monitor-thread] (SimulationMonitor.java:409) simulationStop - Saving simulation sim_RecuitSimuleVoisinageAdaptatifT10Param10ansP22_2014-10-09-12-51_1919 as stopped INFO [pool-3-thread-9] (SSHUtils.java:221) exec - JSch channel exit-status: 0 INFO [pool-3-thread-1] (SimulationStorage.java:801) importAndRenameZip - Import simulation file C:\Users\avigier\AppData\Local\Temp\isisfish-simulation-1412851910658-preparation.zip in directory G:\isis-fish-4\isis-database\simulations and rename from ^.*?/(.*)$ to sim_RecuitSimuleVoisinageAdaptatifT10Param10ansP22_2014-10-09-12-51_1920/$1 INFO [monitor-thread] (SimulationControl.java:206) setText - Téléchargement des résultats INFO [pool-3-thread-1] (SimulationStorage.java:808) importAndRenameZip - Last entry was sim_RecuitSimuleVoisinageAdaptatifT10Param10ansP22_2014-10-09-12-51_1920/simulators/DefaultSimulator.java extract name sim_RecuitSimuleVoisinageAdaptatifT10Param10ansP22_2014-10-09-12-51_1920 INFO [pool-3-thread-1] (DataStorage.java:210) getStorage - Create new storage for sim_RecuitSimuleVoisinageAdaptatifT10Param10ansP22_2014-10-09-12-51_1920 INFO [pool-3-thread-1] (DataStorage.java:210) getStorage - Create new storage for sim_RecuitSimuleVoisinageAdaptatifT10Param10ansP22_2014-10-09-12-51_1920 INFO [pool-3-thread-1] (DataStorage.java:359) createZip - Zip DataStorage in C:\Users\avigier\AppData\Local\Temp\isis-sim_RecuitSimuleVoisinageAdaptatifT10Param10ansP22_2014-10-09-12-51_19206467628238211258178.zip INFO [pool-3-thread-14] (SimulationJob.java:210) run - Start simulation: sim_RecuitSimuleVoisinageAdaptatifT10Param10ansP22_2014-10-09-12-51_1920 INFO [pool-3-thread-14] (SimulationMonitor.java:365) simulationStart - Saving simulation sim_RecuitSimuleVoisinageAdaptatifT10Param10ansP22_2014-10-09-12-51_1920 as started INFO [pool-3-thread-14] (SSHSimulatorLauncher.java:165) message - Connexion à Caparmor INFO [pool-3-thread-14] (SimulationControl.java:206) setText - Connexion à Caparmor INFO [pool-3-thread-14] (SSHSimulatorLauncher.java:165) message - Upload de la simulation INFO [pool-3-thread-14] (SimulationControl.java:206) setText - Upload de la simulation INFO [pool-3-thread-14] (SSHSimulatorLauncher.java:715) uploadSimulation - Creating remote temp directory (if not exists) /home1/caparmor/avigier/isis-tmp/ INFO [monitor-thread] (SimulationControl.java:206) setText - Simulation terminée INFO [monitor-thread] (SimulationControl.java:206) setText - Suppression des fichiers de simulation INFO [pool-3-thread-14] (SSHUtils.java:221) exec - JSch channel exit-status: 0 INFO [monitor-thread] (SSHUtils.java:221) exec - JSch channel exit-status: 0 INFO [pool-3-thread-14] (SSHSimulatorLauncher.java:165) message - Attente du démarrage de la simulation INFO [pool-3-thread-14] (SimulationControl.java:206) setText - Attente du démarrage de la simulation INFO [monitor-thread] (SimulationMonitor.java:478) waitAndCheckProgression - Job sim_RecuitSimuleVoisinageAdaptatifT3ParamP22_2014-10-09-12-50_1902 finished INFO [monitor-thread] (SimulationMonitor.java:478) waitAndCheckProgression - Job sim_RecuitSimuleVoisinageAdaptatifT3Param10ans10FOSCE2_2014-10-09-12-40_1919 finished INFO [monitor-thread] (SimulationMonitor.java:594) doPostSimulationOperation - Do post simulation operation for sim_RecuitSimuleVoisinageAdaptatifT3Param10ans10FOSCE2_2014-10-09-12-40_1919 INFO [monitor-thread] (SimulationMonitor.java:409) simulationStop - Saving simulation sim_RecuitSimuleVoisinageAdaptatifT3Param10ans10FOSCE2_2014-10-09-12-40_1919 as stopped INFO [pool-3-thread-9] (SSHUtils.java:221) exec - JSch channel exit-status: 0 INFO [monitor-thread] (SimulationControl.java:206) setText - Téléchargement des résultats INFO [pool-3-thread-3] (SimulationStorage.java:801) importAndRenameZip - Import simulation file C:\Users\avigier\AppData\Local\Temp\isisfish-simulation-1412851230349-preparation.zip in directory G:\isis-fish-4\isis-database\simulations and rename from ^.*?/(.*)$ to sim_RecuitSimuleVoisinageAdaptatifT3Param10ans10FOSCE2_2014-10-09-12-40_1920/$1 INFO [pool-3-thread-3] (SimulationStorage.java:808) importAndRenameZip - Last entry was sim_RecuitSimuleVoisinageAdaptatifT3Param10ans10FOSCE2_2014-10-09-12-40_1920/simulators/DefaultSimulator.java extract name sim_RecuitSimuleVoisinageAdaptatifT3Param10ans10FOSCE2_2014-10-09-12-40_1920 INFO [pool-3-thread-3] (DataStorage.java:210) getStorage - Create new storage for sim_RecuitSimuleVoisinageAdaptatifT3Param10ans10FOSCE2_2014-10-09-12-40_1920 INFO [pool-3-thread-3] (DataStorage.java:210) getStorage - Create new storage for sim_RecuitSimuleVoisinageAdaptatifT3Param10ans10FOSCE2_2014-10-09-12-40_1920 INFO [pool-3-thread-3] (DataStorage.java:359) createZip - Zip DataStorage in C:\Users\avigier\AppData\Local\Temp\isis-sim_RecuitSimuleVoisinageAdaptatifT3Param10ans10FOSCE2_2014-10-09-12-40_19202477709138493465733.zip INFO [pool-3-thread-14] (SimulationJob.java:210) run - Start simulation: sim_RecuitSimuleVoisinageAdaptatifT3Param10ans10FOSCE2_2014-10-09-12-40_1920 INFO [pool-3-thread-14] (SimulationMonitor.java:365) simulationStart - Saving simulation sim_RecuitSimuleVoisinageAdaptatifT3Param10ans10FOSCE2_2014-10-09-12-40_1920 as started INFO [pool-3-thread-14] (SSHSimulatorLauncher.java:165) message - Connexion à Caparmor INFO [pool-3-thread-14] (SimulationControl.java:206) setText - Connexion à Caparmor INFO [pool-3-thread-14] (SSHSimulatorLauncher.java:165) message - Upload de la simulation INFO [pool-3-thread-14] (SimulationControl.java:206) setText - Upload de la simulation INFO [pool-3-thread-14] (SSHSimulatorLauncher.java:715) uploadSimulation - Creating remote temp directory (if not exists) /home1/caparmor/avigier/isis-tmp/ INFO [pool-3-thread-14] (SSHUtils.java:221) exec - JSch channel exit-status: 0 INFO [monitor-thread] (SimulationControl.java:206) setText - Simulation terminée INFO [monitor-thread] (SimulationControl.java:206) setText - Suppression des fichiers de simulation INFO [pool-3-thread-14] (SSHSimulatorLauncher.java:165) message - Attente du démarrage de la simulation INFO [pool-3-thread-14] (SimulationControl.java:206) setText - Attente du démarrage de la simulation INFO [monitor-thread] (SSHUtils.java:221) exec - JSch channel exit-status: 0 INFO [monitor-thread] (SimulationMonitor.java:478) waitAndCheckProgression - Job sim_RecuitSimuleVoisinageAdaptatifT3Param10ansP22_2014-10-09-12-53_1906 finished INFO [monitor-thread] (SimulationMonitor.java:594) doPostSimulationOperation - Do post simulation operation for sim_RecuitSimuleVoisinageAdaptatifT3Param10ansP22_2014-10-09-12-53_1906 INFO [monitor-thread] (SimulationMonitor.java:409) simulationStop - Saving simulation sim_RecuitSimuleVoisinageAdaptatifT3Param10ansP22_2014-10-09-12-53_1906 as stopped INFO [pool-3-thread-14] (SSHUtils.java:221) exec - JSch channel exit-status: 0

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Edition du site isis
by Sigrid Lehuta Dec. 3, 2014

Dec. 3, 2014

Hello j ai voulu remettre a jour le site, mais qd je fais "editer" j'ai "page not found". What's the deal?

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Merge de branch malheureux
by Benjamin POUSSIN Dec. 3, 2014

Dec. 3, 2014

Salut les dev, Je ne sais pas trop ce que doit apporter ce merge de branch, mais ça change surtout beaucoup de nom de méthode de l'API public des entités. Et donc même si on modifier nos scripts, il y a potentiellement des scripts utilisateur que l'on ne maitrise pas et que ça casse :( Donc obligation de passer en Isis version 5 pour moi. Malheureusement, nous ne sommes pas vraiment pret pour ça et il y a des apports que l'on peut faire en restant en 4.0. Comment revenir en arriere ? me commit qui pose problème: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/repository/revisions/4130 -- Benjamin POUSSIN -------------------- tél: +33 (0) 2 40 50 29 28 email: poussin(a)codelutin.com http://www.codelutin.com

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