January 2020 - Echobase-devel - mailman.cloud.codelutin.com

Re: [Echobase-devel] Test nouvelle version EchoBase
by Jean Couteau 30 Jan '20

30 Jan '20

On Wed, 29 Jan 2020 16:59:05 +0100 Mathieu DORAY <Mathieu.Doray(a)ifremer.fr> wrote: > Le 29/01/2020 à 16:37, Jean Couteau a écrit : > > Ok, sauf que j'ai une opération manquante du coup (U0386), présente > > dans le fichier biometry mais pas operations. > Peux tu enlever les données associées à U0386 pour le test? Oui, pour l'instant je teste sur 2015 pour pas me mélanger les pinceaux, mais quand je valide sur 2016, c'est ce que je ferai > >>> L'export des echotypes dans le Vocabulary échoue car le > >>> SpeciesCategory n'est pas un entier. Pour rappel, nous utilisons > >>> alors le champ id de l'echotype qui est une chaîne de caractère > >>> et, dans mes imports vaut : 1,5,G ou vide. Du coup, les valeurs G > >>> ou vide posent problème. On avait fait ça au mois d'avril, mais > >>> peut-être n'est-ce pas bon. > >> Le "SpeciesCategory" de l'export CIEM echotype correspond à la > >> colonne "id" de la table "echotype" d'EB. La valeur de cette > >> colonne "id" doit correspondre à la colonne "label" de la table > >> "VocabularyCIEM". Il faut exporter le "code" de la table > >> "VocabularyCIEM" correspondant comme "SpeciesCategory" de l'export > >> CIEM echotype. > > Ok, donc : > > - 0 -> AC_CatchCategory_1 > > - G -> AC_CatchCategory_2, > > > > mais chaîne vide ? et 5 ? > > je ne comprend pas pourquoi tu as des valeurs vides et 5. Les seules > valeurs possibles sont "0" et "G" (cf. fichier import echotypes en > PJ). Euh, tu as dû oublier la pièce jointe. Moi le fichier que j'ai est en PJ. LE tableau que tu m'a donné ne correspond pas complètement. Peux-tu me renvoyer le bon ? Sinon, le biotic est prêt à 1 détail près. Dans les fichiers d'import j'ai 3 Haul avec des weightAtLength a plus de 3 chiffres après la virgule, et du coup j'ai des erreurs d'arrondis (je tombe à 0.1 près au dessus ou en dessous, mais pas pile :( ). Est-ce normal d'avoir 6 ou 7 chiffres significatifs ? Jean

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Re: [Echobase-devel] Test nouvelle version EchoBase
by Jean Couteau 29 Jan '20

29 Jan '20

On Wed, 29 Jan 2020 11:49:41 +0100 Mathieu DORAY <Mathieu.Doray(a)ifremer.fr> wrote: > Le 28/01/2020 à 16:42, Jean Couteau a écrit : > > j'avance, tout est bien importé sauf les biometry pour Pelgas 2015. > > Pourrais-tu me les envoyer ? > > En PJ Super, ça s'importe bien ! > > Il faudrait mettre à jour la doc en ligne d'EB avec les nouveaux > champs des fichiers d'import. Le "sizeCategory" n'est par exemple pas > présent dans les colonnes requises de BiometrySample > <http://echobase.codelutin.com/v/latest/importData.html#biometrysample> Doc mise à jour chez moi > > Le "sizeCategory"de BiometrySample est égal à zéro pour toutes les > données PELGAS2016 Ok, sauf que j'ai une opération manquante du coup (U0386), présente dans le fichier biometry mais pas operations. > > Quand j'exporte les résultats, pour le D4, j'ai souvent du NA et > > donc pas de data à l'export -> erreur. Donc : > > 1. Est-ce normal de pas avoir de data ? > oui, ça veut dire qu'il n'y avait pas de poisson dans la couche > proche de la surface > > 2. Si pas de data, est-ce que je ne devrais pas ne pas exporter le > > sample ? > > 3. Si il faut quand même exporter, qu'est-ce que je mets ? > Il faudrait exporter quand même le sample en mettant la valeur à zéro > au lieu de NA Ok, nickel. > > L'export des echotypes dans le Vocabulary échoue car le > > SpeciesCategory n'est pas un entier. Pour rappel, nous utilisons > > alors le champ id de l'echotype qui est une chaîne de caractère et, > > dans mes imports vaut : 1,5,G ou vide. Du coup, les valeurs G ou > > vide posent problème. On avait fait ça au mois d'avril, mais > > peut-être n'est-ce pas bon. > > Le "SpeciesCategory" de l'export CIEM echotype correspond à la > colonne "id" de la table "echotype" d'EB. La valeur de cette colonne > "id" doit correspondre à la colonne "label" de la table > "VocabularyCIEM". Il faut exporter le "code" de la table > "VocabularyCIEM" correspondant comme "SpeciesCategory" de l'export > CIEM echotype. Ok, donc : - 0 -> AC_CatchCategory_1 - G -> AC_CatchCategory_2, mais chaîne vide ? et 5 ? Quelle est la valeur par défaut ? > > Il devrait y avoir des "0" et "G" dans la colonne "id" de la table > "echotype" d'EB. Je n'ai que des "0" dans ma version de la base pour > 2015, ce qui n'est pas normal. Effectivement, j'ai fait la modif,mais tu ne l'as pas encore Jean

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Test nouvelle version EchoBase
by Jean Couteau 28 Jan '20

28 Jan '20

Salut, j'avance, tout est bien importé sauf les biometry pour Pelgas 2015. Pourrais-tu me les envoyer ? Sinon, je teste l'export Acoustic Atlantos et j'identifie plusieurs soucis : Quand j'exporte les résultats, pour le D4, j'ai souvent du NA et donc pas de data à l'export -> erreur. Donc : 1. Est-ce normal de pas avoir de data ? 2. Si pas de data, est-ce que je ne devrais pas ne pas exporter le sample ? 3. Si il faut quand même exporter, qu'est-ce que je mets ? L'export des echotypes dans le Vocabulary échoue car le SpeciesCategory n'est pas un entier. Pour rappel, nous utilisons alors le champ id de l'echotype qui est une chaîne de caractère et, dans mes imports vaut : 1,5,G ou vide. Du coup, les valeurs G ou vide posent problème. On avait fait ça au mois d'avril, mais peut-être n'est-ce pas bon. Jean

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