January 2019 - Echobase-devel - mailman.cloud.codelutin.com

Re: [Echobase-devel] Acoustic format change request?
by Jean Couteau 25 Jan '19

25 Jan '19

Salut Mathieu, On Thu, 24 Jan 2019 18:59:59 +0100 Mathieu Doray <mathieu.doray(a)ifremer.fr> wrote: > J'importe sans problème ton fichier biotic avec mon code R et les > données semblent cohérentes. Bon signe :D > Mais il semble que je n'ai pas les mêmes données PELGAS2015 dans mon > Echobase pour comparer. Il y a plus de données biotic dans ton export > xml... J'utilise EB v 4.0.15. Bizarre, c'est une base avec que PELGAS2015 > > Je vais essayer de ré-importer les données PELGAS2015 dans une base > neuve pour voir si ça change quelque chose. > > > Quand je compare ton format biotic à celui de données récentes > importées dans la base CIEM, je vois que la structure n'est pas la > même. > > > Le CIEM garde à jour une description de ses formats de données > acoustic et biotic ici : > > > http://ices.dk/marine-data/Documents/Acoustic/ICES_Acoustic_data_format_des… Ce que je n'ai pas : Sur le Haul : <CodendMesh>22</CodendMesh> <SweepLength>75</SweepLength> <GearExceptions IDREF="AC_GearExceptions_B" /> <DoorType IDREF="AC_DoorType_R" /> <WarpLength>80</WarpLength> <WarpDiameter>20</WarpDiameter> <WarpDensity>75</WarpDensity> <DoorSurface>1.4</DoorSurface> <DoorWeight>780</DoorWeight> <DoorSpread>15</DoorSpread> <WingSpread>25</WingSpread> <Buoyancy>350</Buoyancy> <KiteArea>4</KiteArea> <GroundRopeWeight>450</GroundRopeWeight> <Rigging>10</Rigging> <Tickler>12</Tickler> <HydrographicStationID>204578902</HydrographicStationID> <TowDirection>184</TowDirection> <SpeedGround>4</SpeedGround> <SpeedWater>5</SpeedWater> <WindDirection>340</WindDirection> <WindSpeed>4</WindSpeed> <SwellDirection>240</SwellDirection> <SwellHeight>0.6</SwellHeight> <LogDistance>14500</LogDistance> Sur le Biology : <StockCode IDREF="ICES_StockCode_her-47d3" /> <IndividualVertebraeCount>143</IndividualVertebraeCount> Ce que eux n'ont pas : Sur le Vocabulary : <DepthStratum> Sur le Haul : <DepthStratum IDREF="AC_DepthStratum_SURFS"/> Sur le Catch : <SpeciesSex/> > Je te dis dès que j'ai des nouvelles de l'implémentation des > echotypes dans leur base. Ok. > Je ne serai pas là demain mais de retour lundi pour échanger. Je t'appelle lundi matin alors. Jean

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Re: [Echobase-devel] Acoustic format change request?
by Jean Couteau 23 Jan '19

23 Jan '19

Je pense qu'il y a des soucis côté CIEM, car j'ai sur le meme fichier : https://acoustic.ices.dk/ValidationReport/Index/Biotic/0123141312_Validatio… On Tue, 22 Jan 2019 16:28:09 +0100 Mathieu Doray <mathieu.doray(a)ifremer.fr> wrote: > houla, pas très bon ce rapport de validation du biotic : > > > https://acoustic.ices.dk/ValidationReport/Index/Biotic/0122211411_Validatio… > > > ?? > > > Le 22/01/2019 à 11:41, Jean Couteau a écrit : > > Bonjour Mathieu, > > > > tu trouveras en pièce-jointe un test d'export ICES de PELGAS2015. Ça > > devrait te permettre de vérifier le Biotic, et me dire pour > > l'Acoustic, car pour tous les echotypes, je n'ai jamais de > > SpeciesCategory dans les results (j'ai bien une category, mais elle > > n'a pas de speciesCategory ou sizeCategory, donc impossible de > > faire le lien avec les espèces (que j'ai bien)). > > > > Jean > > > >>> Dans l'echotype, j'ai les species, mais pas leur catégorie (à > >>> moins que ce soit le EchotypeCategory). > >>> Dans le Biotic, je récupère les category via le > >>> subsample.getCategories.getSpecies. Chose que je ne peux pas faire > >>> ici... > >>> > >>> Que dois-je donc mettre ici ? > >> Il faut utiliser en plus la table "echotype_species" en plus de la > >> table "echotype" pour avoir toutes les infos sur les échotypes. > >> Exemple de requête : > >> > >> SELECT voyage.name voyage, echotype.name echotype, > >> species.baracoudacode species, sizecategory.name sizeCategory, > >> depthstratum.id depthStratum FROM public.echotype_species > >> echotype_species, public.echotype echotype, public.species species, > >> public.speciescategory speciescategory, public.voyage voyage, > >> public.sizecategory sizecategory, public.depthstratum depthstratum > >> WHERE echotype_species.echotype = echotype.topiaid AND > >> echotype_species.species = species.topiaid AND > >> speciescategory.species = species.topiaid AND echotype.voyage = > >> voyage.topiaid AND speciescategory.sizecategory = > >> sizecategory.topiaid AND echotype.depthstratum = > >> depthstratum.topiaid > >> > >> _______________________________________________ > >> Echobase-devel mailing list > >> Echobase-devel(a)list.forge.codelutin.com > >> http://list.forge.codelutin.com/cgi-bin/mailman/listinfo/echobase-devel

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Re: [Echobase-devel] Acoustic format change request?
by Jean Couteau 22 Jan '19

22 Jan '19

Bonjour Mathieu, tu trouveras en pièce-jointe un test d'export ICES de PELGAS2015. Ça devrait te permettre de vérifier le Biotic, et me dire pour l'Acoustic, car pour tous les echotypes, je n'ai jamais de SpeciesCategory dans les results (j'ai bien une category, mais elle n'a pas de speciesCategory ou sizeCategory, donc impossible de faire le lien avec les espèces (que j'ai bien)). Jean > > Dans l'echotype, j'ai les species, mais pas leur catégorie (à moins > > que ce soit le EchotypeCategory). > > > Dans le Biotic, je récupère les category via le > > subsample.getCategories.getSpecies. Chose que je ne peux pas faire > > ici... > > > > Que dois-je donc mettre ici ? > Il faut utiliser en plus la table "echotype_species" en plus de la > table "echotype" pour avoir toutes les infos sur les échotypes. > Exemple de requête : > > SELECT voyage.name voyage, echotype.name echotype, > species.baracoudacode species, sizecategory.name sizeCategory, > depthstratum.id depthStratum FROM public.echotype_species > echotype_species, public.echotype echotype, public.species species, > public.speciescategory speciescategory, public.voyage voyage, > public.sizecategory sizecategory, public.depthstratum depthstratum > WHERE echotype_species.echotype = echotype.topiaid AND > echotype_species.species = species.topiaid AND > speciescategory.species = species.topiaid AND echotype.voyage = > voyage.topiaid AND speciescategory.sizecategory = > sizecategory.topiaid AND echotype.depthstratum = depthstratum.topiaid

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Re: [Echobase-devel] Acoustic format change request?
by Jean Couteau 21 Jan '19

21 Jan '19

Bonjour Mathieu, tout d'abord meilleurs voeux pour cette année 2019. J'ai commencé à bosser sur Echobase. Je dois être bon sur le Biotic. Je m'attaque à l'Acoustic... > P.S. An example is given here: > > For Acoustic: > > EchoType will be added to the acoustic format as a metadata entry and > as a reference on the data level as optional. SaCategory at the data > level will change from mandatory to optional. > > <EchoType ID="D1"> > > <DepthStratum IDREF="AC_DepthStratum_SURF" /> > > <Species> > > <SpeciesCode IDREF="SpecWoRMS_126417" /> > > <SpeciesCategory>1</SpeciesCategory> > > </Species> > > <Species> > > <SpeciesCode IDREF="SpecWoRMS_126436" /> > > <SpeciesCategory>1</SpeciesCategory> > > </Species> > > </EchoType> > > <Data> > > <EchoType IDREF="D1" /> > > <Type IDREF="AC_AcousticDataType_C" /> > > <Unit IDREF="AC_DataUnit_m2nmi-2" /> > > <Value>0</Value> > > </Data> Sur ce que je comprends. Pour l'instant on a : <Data> <SaCategory>AC_SaCategory_D4</SaCategory> <Type IDREF="AC_AcousticDataType_C"/> <Unit IDREF="AC_DataUnit_m2nmi-2"/> <Value>0</Value> </Data> Donc on remplace SaCategory par <EchoType ID="D4"/> Et on ajoute (Dans le vocabularyCode ou ailleurs ?) : <EchoType IDREF="D4"> <DepthStratum... </EchoType> C'est bien ça ? Jean

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