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Mise à jour de tomcat [Olivier]
by Tony Chemit 17 Mar '16

17 Mar '16

Hello, Peux-tu essayer de mettre à jour le tomcat. Il faudrait minimum un tomcat 7.0.55. Merci, tony. -- Tony Chemit -------------------- tél: +33 (0) 2 40 50 29 28 http://www.codelutin.com email: chemit(a)codelutin.com twitter: https://twitter.com/tchemit

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Édition de la documentation du site
by Tony Chemit 10 Mar '16

10 Mar '16

Mathieu, J'ai corrigé les urls, tout doit être rentré dans l'ordre. Amen! bonne journée, tony. -- Tony Chemit -------------------- tél: +33 (0) 2 40 50 29 28 http://www.codelutin.com email: chemit(a)codelutin.com twitter: https://twitter.com/tchemit

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correspondance tables Echobase/bdd CIEM
by Mathieu Doray 25 Feb '16

25 Feb '16

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[ANN] - EchoBase 2.12 released
by Tony Chemit 25 Feb '16

25 Feb '16

The EchoBase team is pleased to announce the echobase-2.12 release! The French Institute for the Exploitation of the Sea (Ifremer) has designed an open software suite for storing fisheries acoustic data and computing acoustic indicators for survey-based ecosystem monitoring. It comprises a postgreSQL database designed to store acoustic, navigation and fishing data from ecosystemic surveys (EchoBase) and a suite of R codes (EchoR) for computing fish population indicators based on Echobase data. Documentation of the project can be found here: http://echobase.codelutin.com Changes ------- Changes in this version include: New features: o Ne pas autoriser l'utilisateur a envoyer dans le chaos binaire d'EchoBase des fichiers trop gros. Issue: 7900. Thanks to Tony Chemit. Resolved by tchemit. Fixed Bugs: o Pb modification référentiel depth stratum Issue: 7908. Thanks to Mathieu Doray. Resolved by tchemit. o L'édition en ligne de la doc d'Echobase ne (re)fonctionne plus Issue: 8003. Thanks to Mathieu Doray. Resolved by tchemit. o Erreur lors de la suppression d'opérations et de données de pêche PELGAS2015 Issue: 8000. Thanks to Mathieu Doray. Resolved by tchemit. Downloads --------- For a manual installation, you can download files here: https://forge.codelutin.com/projects/echobase/files * echobase-embedded-2.12.zip - https://forge.codelutin.com/attachments/download/3717 * echobase-referentiel-2.12.echobase - https://forge.codelutin.com/attachments/download/3718 * echobase-ui-2.12-full.war - https://forge.codelutin.com/attachments/download/3719 * echobase-ui-2.12-lizmap.zip - https://forge.codelutin.com/attachments/download/3720 Maven artifacts --------------- Artifacts are deployed in nuiton maven repository http://maven.nuiton.org/other-releases/ Have fun! -EchoBase team -- Tony Chemit -------------------- tél: +33 (0) 2 40 50 29 28 http://www.codelutin.com email: chemit(a)codelutin.com twitter: https://twitter.com/tchemit

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Tests Echobase
by Mathieu Doray 19 Feb '16

19 Feb '16

Salut Tony, Je viens de finir une nouvelle série de tests d'Echobase et créé plusieurs tickets. J'ai importé toutes les données de PELGAS2015 sans problème. J'ai ensuite essayé de vérifier que tout était bien importé dans la base, mais j'ai eu quelques problèmes. Par exemple la visualisation spatiale en ligne des données de grid cells ne donne pas le même résultat que la visualisation via QGIS (La connexion à QGIS fonctionne donc). Par contre la connexion à LibreOffice ne fonctionne plus avec les versions plus récentes (cf ticket). C'est bloquant, car je ne peux plus créer des requêtes en mode graphique pour extraire des données et vérifier que tout va bien. J'attend donc de pouvoir connecter LO et Echobase pour continuer les tests. Bon WE Mathieu

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Migration du dépôt de source
by Tony Chemit 18 Jan '16

18 Jan '16

Mathieu, J'ai migré notre dépôt de source sous gitlab [1]. Je t'ai crée un compte sur le projet tu as dû recevoir un courriel pour configurer ton compte. J'ai aussi fait en sorte que l'édition du site refonctionne [2]. Pour éditer la documentation, il faut désormais que tu utilises ton compte gitlab (mdoray / ???). Dis-moi si tout est ok pour to à ce niveau. tony. [1] https://gitlab.nuiton.org/codelutin/echobase [2] http://echobase.codelutin.com/v/latest -- Tony Chemit -------------------- tél: +33 (0) 2 40 50 29 28 http://www.codelutin.com email: chemit(a)codelutin.com twitter: https://twitter.com/tchemit

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Re: [Echobase-devel] [EchoBase - Anomalie #7865] Impossible d'importer des données acoustiques
by Tony Chemit 14 Jan '16

14 Jan '16

On Thu, 14 Jan 2016 09:55:41 +0100 admin(a)forge.codelutin.com wrote: Hello, Il s'agit d'un problème de dimensionnement de la mémoire, il faut en allouer plus au tomcat lancé. Ça devient compliqué qu'à chaque fois qu'il y a un problème sur votre serveur, cela revienne chez nous. Voir ça avec Olivier, please. Merci. tony. > La demande #7865 a été mise à jour par Mathieu Doray. > > Version cible changé de 2.11 à 3.0 > % réalisé changé de 100 à 50 > > J'ai corrigé le fichier d'import de données acoustiques, qui se trouve dans le chaos ici : http://upload.codelutin.com/file.php?h=Re4c5dea36d47a4dc7c67c4a2d6305856 > > L'import se lance bien, mais après un long moment j'ai : > > type Rapport d''exception > > message > > description Le serveur a rencontré une erreur interne () qui l'a empêché de satisfaire la requête. > > exception > > java.lang.reflect.InvocationTargetException > sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method) > sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(NativeMethodAccessorImpl.java:57) > sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(DelegatingMethodAccessorImpl.java:43) > java.lang.reflect.Method.invoke(Method.java:606) > com.opensymphony.xwork2.DefaultActionInvocation.invokeAction(DefaultActionInvocation.java:450) > com.opensymphony.xwork2.DefaultActionInvocation.invokeActionOnly(DefaultActionInvocation.java:289) > org.apache.struts2.interceptor.BackgroundProcess$1.run(BackgroundProcess.java:57) > java.lang.Thread.run(Thread.java:744) > > cause mère > > java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space > java.util.IdentityHashMap.resize(IdentityHashMap.java:469) > java.util.IdentityHashMap.put(IdentityHashMap.java:445) > org.hibernate.engine.internal.EntityEntryContext.addEntityEntry(EntityEntryContext.java:105) > org.hibernate.engine.internal.StatefulPersistenceContext.addEntry(StatefulPersistenceContext.java:505) > org.hibernate.event.internal.AbstractSaveEventListener.performSaveOrReplicate(AbstractSaveEventListener.java:251) > org.hibernate.event.internal.AbstractSaveEventListener.performSave(AbstractSaveEventListener.java:194) > org.hibernate.event.internal.AbstractSaveEventListener.saveWithGeneratedId(AbstractSaveEventListener.java:137) > org.hibernate.event.internal.DefaultSaveOrUpdateEventListener.saveWithGeneratedOrRequestedId(DefaultSaveOrUpdateEventListener.java:209) > org.hibernate.event.internal.DefaultSaveEventListener.saveWithGeneratedOrRequestedId(DefaultSaveEventListener.java:55) > org.hibernate.event.internal.DefaultSaveOrUpdateEventListener.entityIsTransient(DefaultSaveOrUpdateEventListener.java:194) > org.hibernate.event.internal.DefaultSaveEventListener.performSaveOrUpdate(DefaultSaveEventListener.java:49) > org.hibernate.event.internal.DefaultSaveOrUpdateEventListener.onSaveOrUpdate(DefaultSaveOrUpdateEventListener.java:90) > org.hibernate.internal.SessionImpl.fireSave(SessionImpl.java:715) > org.hibernate.internal.SessionImpl.save(SessionImpl.java:707) > org.hibernate.internal.SessionImpl.save(SessionImpl.java:702) > org.nuiton.topia.persistence.internal.support.HibernateTopiaJpaSupport.save(HibernateTopiaJpaSupport.java:191) > org.nuiton.topia.persistence.internal.AbstractTopiaDao.create(AbstractTopiaDao.java:241) > org.nuiton.topia.persistence.internal.AbstractTopiaDao.create(AbstractTopiaDao.java:276) > org.nuiton.topia.persistence.internal.AbstractTopiaDao.create(AbstractTopiaDao.java:250) > fr.ifremer.echobase.services.service.UserDbPersistenceService.createData(UserDbPersistenceService.java:281) > fr.ifremer.echobase.services.service.importdata.AbstractImportDataService.createCellData(AbstractImportDataService.java:416) > fr.ifremer.echobase.services.service.importdata.AcousticImportService.createCellData(AcousticImportService.java:744) > fr.ifremer.echobase.services.service.importdata.AcousticImportService.createElementaryCellData(AcousticImportService.java:587) > fr.ifremer.echobase.services.service.importdata.AcousticImportService.importMoviesFile(AcousticImportService.java:435) > fr.ifremer.echobase.services.service.importdata.AcousticImportService.startImport(AcousticImportService.java:95) > fr.ifremer.echobase.services.service.importdata.AcousticImportService.startImport(AcousticImportService.java:70) > fr.ifremer.echobase.services.service.importdata.AbstractImportDataService.doImport(AbstractImportDataService.java:105) > fr.ifremer.echobase.ui.actions.importData.AbstractLaunchImport.startAction(AbstractLaunchImport.java:83) > fr.ifremer.echobase.ui.actions.importData.AbstractLaunchImport.startAction(AbstractLaunchImport.java:38) > fr.ifremer.echobase.ui.actions.AbstractWaitAndExecAction.execute(AbstractWaitAndExecAction.java:159) > sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method) > sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(NativeMethodAccessorImpl.java:57) > > note La trace complète de la cause mère de cette erreur est disponible dans les fichiers journaux de Apache Tomcat/7.0.28. > > ---------------------------------------- > Anomalie #7865: Impossible d'importer des données acoustiques > http://forge.codelutin.com/issues/7865#change-34625 > > * Auteur: Mathieu Doray > * Statut: En attente validation client > * Priorité: Normal > * Assigné à: Tony Chemit > * Catégorie: > * Version cible: 3.0 > * Version(s) constatée(s): > * Complexité: > ---------------------------------------- > Je remplis tous les champs du formulaire d'import des données acoustiques, j'attache un fichier texte, je clique sur OK, et je reste sur la même page avec une erreur comme quoi aucun des champs n'a été bien rempli (cf PJ) > > ---Fichiers----------------------------- > Screenshot - 05012016 - 16_52_15.png (287 ko) > > -- Tony Chemit -------------------- tél: +33 (0) 2 40 50 29 28 http://www.codelutin.com email: chemit(a)codelutin.com twitter: https://twitter.com/tchemit

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[ANN] - EchoBase 2.11 released
by Tony Chemit 12 Jan '16

12 Jan '16

The EchoBase team is pleased to announce the echobase-2.11 release! The French Institute for the Exploitation of the Sea (Ifremer) has designed an open software suite for storing fisheries acoustic data and computing acoustic indicators for survey-based ecosystem monitoring. It comprises a postgreSQL database designed to store acoustic, navigation and fishing data from ecosystemic surveys (EchoBase) and a suite of R codes (EchoR) for computing fish population indicators based on Echobase data. Documentation of the project can be found here: https://echobase.codelutin.com Changes ------- Changes in this version include: Fixed Bugs: o Impossible d'importer des données acoustiques Issue: 7865. Thanks to Mathieu Doray. Resolved by tchemit. o Pb de vesselName à l'import de données d'opération Issue: 7863. Thanks to Mathieu Doray. Resolved by tchemit. o Pb lors du clonage ou de la création d'une base dans l'interface java Issue: 7862. Thanks to Mathieu Doray. Resolved by tchemit. Downloads --------- For a manual installation, you can download files here: http://forge.codelutin.com/projects/echobase/files * echobase-embedded-2.11.zip - http://forge.codelutin.com/attachments/download/3597 * echobase-referentiel-2.11.echobase - http://forge.codelutin.com/attachments/download/3598 * echobase-ui-2.11-full.war - http://forge.codelutin.com/attachments/download/3599 * echobase-ui-2.11-lizmap.zip - http://forge.codelutin.com/attachments/download/3600 Maven artifacts --------------- Artifacts are deployed in nuiton maven repository http://maven.nuiton.org/other-releases/ Have fun! -EchoBase team

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Fwd: Re: [EchoBase - Anomalie #7865] Impossible d'importer des données acoustiques
by Mathieu Doray 12 Jan '16

12 Jan '16

les données acoustiques http://upload.codelutin.com/file.php?h=R896392eead685274f586a50cee009cba Le 12/01/2016 14:03, admin(a)forge.codelutin.com a écrit : > La demande #7865 a été mise à jour par Tony Chemit. > > % réalisé changé de 0 à 50 > > Je viens de tester et ça fonctionne, enfin l'import se déclanche bien. Peux-tu me fournir le fichier des données acoustiques ? moi pas avoir dans le pack que tu m'as fourni. > > Merci. > > ---------------------------------------- > Anomalie #7865: Impossible d'importer des données acoustiques > http://forge.codelutin.com/issues/7865#change-34543 > > * Auteur: Mathieu Doray > * Statut: Constatée > * Priorité: Normal > * Assigné à: Tony Chemit > * Catégorie: > * Version cible: 3.0 > * Version(s) constatée(s): > ---------------------------------------- > Je remplis tous les champs du formulaire d'import des données acoustiques, j'attache un fichier texte, je clique sur OK, et je reste sur la même page avec une erreur comme quoi aucun des champs n'a été bien rempli (cf PJ) > > ---Fichiers----------------------------- > Screenshot - 05012016 - 16_52_15.png (287 ko) > > -- - no title specified Mathieu Doray, PhD Ifremer Unité Ecologie et Modèles pour l'Halieutique rue de l'Ile d'Yeu B.P. 21105 44311 Nantes Cedex 03 mathieu.doray(a)ifremer.fr Tel./Phone: 02 40 37 41 65 / International: 332 40 37 41 65 Fax : 02.40.37.40.01 / International: 332 40 37 40 01 CV / resume: http://annuaire.ifremer.fr/cv/17093/

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[ANN] - EchoBase 2.10 released
by Tony Chemit 21 Dec '15

21 Dec '15

The EchoBase team is pleased to announce the echobase-2.10 release! The French Institute for the Exploitation of the Sea (Ifremer) has designed an open software suite for storing fisheries acoustic data and computing acoustic indicators for survey-based ecosystem monitoring. It comprises a postgreSQL database designed to store acoustic, navigation and fishing data from ecosystemic surveys (EchoBase) and a suite of R codes (EchoR) for computing fish population indicators based on Echobase data. Documentation of the project can be found here: https://echobase.codelutin.com Changes ------- Changes in this version include: New features: o Pouvoir éditer la documentation en ligne Issue: 7691. Thanks to Tony Chemit. Resolved by tchemit. o Mettre à jour la documentation d'installation de l'application Issue: 7690. Thanks to Tony Chemit. Resolved by sbavencoff. Downloads --------- For a manual installation, you can download files here: http://forge.codelutin.com/projects/echobase/files * echobase-embedded-2.10.zip - http://forge.codelutin.com/attachments/download/3559 * echobase-referentiel-2.10.echobase - http://forge.codelutin.com/attachments/download/3560 * echobase-ui-2.10-full.war - http://forge.codelutin.com/attachments/download/3561 * echobase-ui-2.10-lizmap.zip - http://forge.codelutin.com/attachments/download/3562 Maven artifacts --------------- Artifacts are deployed in nuiton maven repository http://maven.nuiton.org/other-releases/ Have fun! -EchoBase team -- Tony Chemit -------------------- tél: +33 (0) 2 40 50 29 28 http://www.codelutin.com email: chemit(a)codelutin.com twitter: https://twitter.com/tchemit

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