November 2009 - Isis-fish-devel - mailman.cloud.codelutin.com

[Fwd: Re: Fw: croquis poue isis fish]
by Dominique PELLETIER 05 Dec '09

05 Dec '09

Bonjour Isabelle, j'ai fait suivre tes propositions au groupe ISIS-Fish, et il y a plusieurs commentaires. Je te les fais suivre ci-dessous, et d'autant plus que par ailleurs, il se trouve qu'une autre personne a dessiné quelques projets de logo qui font l'objet de discussions. je te joins les dessins je mets la liste en copie, mais je ne sais pas si tu peux envoyer un mail à cette liste dont tu ne fais pas partie Bises Dominique Ma réponse à Sigrid (mail ci-dessous): -oui, je suis pas mal d'accord avec toi Sigrid. on peut pas tout faire coexister sur le logo. -il faut toutefois une identité car on est moins connu que les banques (désolée de vous décevoir). un peu du côté calcul et grille spatiale un peu du côté pêche -faire onduler la grille c'est une bonne idée mais pas si on a plus d'une grille -le gouvernail c'est joli, mais çà ne me semble pas l'idée essentielle et finalement je ne pense pas que les gens associeront celà à l'idée de la gestion -c'est vrai qu'il manque un petit côté écosystémique au logo (plusieurs espèces) un logo doit être simple de toutes façons! par ex. celui de PAMPA que je vous joins est simple et associe bien l'idée des poissons et des hommes, c'est Isabelle qui l'avait fait -------- Message original -------- Sujet: Re: [Isis-fish-devel] Fw: croquis poue isis fish Date: Fri, 20 Nov 2009 12:24:43 +0100 De: Sigrid LEHUTA <Sigrid.Lehuta(a)ifremer.fr> Répondre à :: isis-fish-devel(a)list.isis-fish.org Organisation: IFREMER Pour :: isis-fish-devel(a)list.isis-fish.org Références: <20091118234602.32f8273e(a)codelutin.com> <4B065AEB.5060701(a)codelutin.com> <4B066C51.1070308(a)ifremer.fr> <4B067214.9040803(a)codelutin.com> Hello, j'aime beaucoup l'idée d'I. Ritz des 3 plans superposés avec la grille dans les deux premiers logos, mais comme vous le poisson ne me plait pas et ca manque de pêcheurs... et tout a fait d accord avec le coté année 80 ;-) Je retiens la proposition d'Emilie du graphique (dernier croquis) avec le bateau qui est vraiment chouette. Un mix des deux serait pas mal ;-) Pourquoi ne pas faire onduler la grille pour qu'elle ressemble a la surface de la mer et a la fois à une surface de réponse avec des axes derriere ? et ca ferait moins strict. Enfin j aime toujours autant l'idee du gouvernail dans le croquis 1. De mon experience en colloque les gens ont bien retenu le nom du modèle qui devra donc apparaitre, mais ils pensent souvent que c est mono-specifique et "figé" parce que deterministe et sans l environnement, le coté plateforme et flexibilité n est pas encore tres connu (mais ca c est dur a representer!). ils ont pas mal en tete je crois le coté spatial. Je crois qu ils le voient comme un gros truc compliqué, un logo simple améliorerait peut etre son image... En conclusion, je pense qu on aura sans doute du mal a faire tenir toutes les idees sur un logo... il vaut mieux a mon avis un dessin sympas qui evoque le sujet mais soit simple et facile a retenir. (les logos d orange et de la societe generale n evoquent en rien les entreprises mais tout le monde les reconnait au premier coup d oeil). Sans aller jusqu a aussi depouillé, A quoi servira le logo finalement ? a représenter le modèle utilisé pour obtenir les résultats dans des présentations ou posters, mais on sera de toutes façons obligés d expliquer ce que fait le modèle, le dessin ne suffira pas. Jean Couteau a écrit : > Re, >> On peut penser aussi à un crustacé, pas seulement un poisson. > Effectivement, mais le poisson correspond plus au nom je pense :D >> >> Le style crayonné présente l'avantage d'être chaleureux, tandis que >> les propositions d'I. Ritz comme je le dis dans les commentaires est >> un peu désincarné > Je suis entièrement d'accord, les propositions d'I. Ritz sont très > froides, pas très attractives je trouve. Elles me font penser a des > logos des années 80 aussi, pas assez jeune je dirais, pas assez > dynamique (le choix des couleurs y est peut-être pour quelque chose), > cependant l'idée de développement durable est très intéressante, c'est > une dimension qui manque dans les propositions d'Emilie. > > Sur ce lot je préfèrerais le dernier, celui avec les flèches en > violet, mais je suis pas super fan du poisson. >> Cependant, pour un logo, c'est peut-être préférable d'avoir une ligne >> nette, pour assurer la lisbilité à toutes les échelles, et notamment >> en petit. > Je suis encore une fois très d'accord, mais Emilie est une artiste à > la base donc elle préfère travailler au crayonné pour les ébauches > plutôt qu'informatiquement. Je pense qu'elle fera ses propositions > définitives dans un format plus 'clair'. >> Ce qui est bien dans le 4eme logo crayonné, c'est l'association >> graphique des courbes (bateau + graphique de résultat), et mettre le >> nom en vertical est original tout en restant >> très lisible (nb: Il faut que le F de fish soit en majuscule ) mais >> manque la ressource et le coloriage fera trop confus à petite échelle. > Effectivement, par contre il faudrait raccourcir la courbe pour ne pas > qu'elle se supperpose au nom. Rajouter la notion de ressource (poisson > ou crustacé) et utiliser des aplats de couleur plus que du crayonné > devrait pouvoir le rendre intéressant. Je trouve qu'il manque nénmoins > d'un peu de dynamisme, mais à le reregarder, en fait ça va et un > poisson sous la coque du navire permettetrait d'ajouter des courbes à > ce logo qui fait très carré finalement. > > Jean > _______________________________________________ > Isis-fish-devel mailing list > Isis-fish-devel(a)list.isis-fish.org > http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-devel > -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Doctorante Département Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER, rue de l'ile d'Yeu BP 21105 44311 Nantes Cedex 03 Tél : +33 (0)2 40 37 41 23 (interne : 8123) _______________________________________________ Isis-fish-devel mailing list Isis-fish-devel(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-devel -- Dominique Pelletier IFREMER BP 70 29280 Plouzané, France Tél. (33) 0298224684 Fax. (33) 0229008547

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Suppression du dossier "isis-export"
by Eric Chatellier 02 Dec '09

02 Dec '09

Bonjour, À partir de IsisFish 3.3.0.0 le dossier "isis-export" (situé a coté de isis-database-3) n'existera plus. Il ne semblait pas être utilisé pas beaucoup de monde, et fesait doublon avec les exports dans chaque simulation ce qui doublait l'espace disque utilisé. Concernant le dev, le dossier "isis-export" servait aussi a stocker les résultats : - de la seconde passe de l'analyse de sensibilité - les fichier .Rdata Peut-on les déplacer dans "isis-database-3/simulations" ? Pour la seconde passe ça fera apparaître en plus une simulation qui n'en ai pas vraiment une dans la liste des anciennes simulations. -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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Bug in R evaluating a huge instruction
by Jean Couteau 01 Dec '09

01 Dec '09

Hello, I do not know if i am facing a bug or a mistake (and if it is a bug i do not know in which category I can put it on the bug tracker), so I post my message here. I am trying to use the Morris function from the sensitivity package (but that is not the problem). I created a (big) instruction that should generate a morris object in which there is a data.frame i am interested in. My instruction is : a<-morris(model=NULL,factors=c("PecheAmateurs décembre.proportionMetier","PechePetitMetierMer mai.proportionMetier","PecheAmateurs mai.proportionMetier","PecheChalutiere janvier.minInactivityDays","PechePetitMetierEtang octobre.minInactivityDays","PechePetitMetierEtang décembre.minInactivityDays","FiletMer.standardisationFactor","PecheAmateurs juin.minInactivityDays","PechePetitMetierEtang novembre.minInactivityDays","PechePetitMetierMer septembre.minInactivityDays","PechePetitMetierMer avril.minInactivityDays","PecheAmateurs août.proportionMetier","PecheChalutiere novembre.minInactivityDays","PechePetitMetierMer février.proportionMetier","PecheChalutiere juillet.minInactivityDays","PechePetitMetierMer octobre.proportionMetier","CSar Groupe 5.reproductionRate","PechePetitMetierMer août.proportionMetier","PechePetitMetierMer janvier.minInactivityDays","PechePetitMetierEtang mai.minInactivityDays","PecheAmateurs octobre.minInactivityDays","PecheAmateurs septembre.minInactivityDays","PecheChalutiere juin.minInactivityDays","PecheChalutiere avril.minInactivityDays","PecheAmateurs juillet.proportionMetier","PecheChalutiere mai.minInactivityDays","PechePetitMetierEtang septembre.minInactivityDays","PechePetitMetierMer janvier.proportionMetier","PecheAmateurs septembre.proportionMetier","PechePetitMetierEtang février.minInactivityDays","PechePetitMetierEtang mars.minInactivityDays","PechePetitMetierEtang juillet.minInactivityDays","PechePetitMetierMer septembre.proportionMetier","CSar.capturability","PechePetitMetierMer juin.proportionMetier","PecheChalutiere mars.minInactivityDays","PecheChalutiere septembre.minInactivityDays","PecheAmateurs janvier.minInactivityDays","PechePetitMetierMer août.minInactivityDays","PechePetitMetierMer juillet.proportionMetier","PecheChalutiere décembre.minInactivityDays","PecheAmateurs avril.minInactivityDays","PecheAmateurs mars.proportionMetier","PechePetitMetierMer novembre.minInactivityDays","PechePetitMetierEtang août.minInactivityDays","CSar.recruitmentDistribution","PecheChalutiere février.minInactivityDays","CSar.naturalDeathRate","PecheAmateurs octobre.proportionMetier","PechePetitMetierMer mai.minInactivityDays","PechePetitMetierMer mars.proportionMetier","PecheAmateurs août.minInactivityDays","FiletEtang.standardisationFactor","PecheChalutiere août.minInactivityDays","PecheAmateurs janvier.proportionMetier","PecheAmateurs décembre.minInactivityDays","PechePetitMetierEtang avril.minInactivityDays","PecheAmateurs mars.minInactivityDays","PechePetitMetierMer décembre.minInactivityDays","PecheAmateurs mai.minInactivityDays","PechePetitMetierEtang juin.minInactivityDays","Harpon.standardisationFactor","PecheAmateurs novembre.minInactivityDays","PecheAmateurs novembre.proportionMetier","PechePetitMetierMer mars.minInactivityDays","Ligneemb.standardisationFactor","PecheAmateurs juin.proportionMetier","PecheAmateurs avril.proportionMetier","PechePetitMetierMer juillet.minInactivityDays","PechePetitMetierMer avril.proportionMetier","PechePetitMetierMer octobre.minInactivityDays","PechePetitMetierMer février.minInactivityDays","PecheAmateurs juillet.minInactivityDays","PechePetitMetierMer décembre.proportionMetier","PecheAmateurs février.proportionMetier","PecheChalutiere octobre.minInactivityDays","CSar Groupe 4.reproductionRate","CSar Groupe 7.reproductionRate","Lignecote.standardisationFactor","CSar.meanWeight","CSar Groupe 6.reproductionRate","PechePetitMetierMer juin.minInactivityDays","PechePetitMetierMer novembre.proportionMetier","PechePetitMetierEtang janvier.minInactivityDays","PecheAmateurs février.minInactivityDays","CSar.growth"),r=10,design=list(type="oat",levels=c(5,5,5,5,5,5,5,5,5,5,5,5,5,5,5,5,5,5,5,5,5,5,5,5,5,5,5,5,5,5,5,5,5,5,5,5,5,5,5,5,5,5,5,5,5,5,5,5,5,5,5,5,5,5,5,5,5,5,5,5,5,5,5,5,5,5,5,5,5,5,5,5,5,5,5,5,5,5,5,5,5,5,5,5,5,5),grid.jump=c(2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2)),binf=c(0.0,0.0,0.0,11.0,10.0,12.0,0.06,10.0,11.0,0.0,0.0,0.0,10.0,0.0,11.0,0.0,1120.0,0.0,10.0,22.0,12.0,10.0,10.0,11.0,0.0,11.0,15.0,0.0,0.0,23.0,16.0,22.0,0.0,0.0,0.0,11.0,10.0,18.0,0.0,0.0,11.0,11.0,0.0,3.0,22.0,0.0,8.0,0.0,0.0,0.0,0.0,8.0,0.1456,11.0,0.0,18.0,17.0,11.0,7.0,11.0,20.0,0.0464,16.0,0.0,1.0,0.1515,0.0,0.0,0.0,0.0,1.0,11.0,9.0,0.0,0.0,11.0,1120.0,1120.0,0.0749,0.0,1120.0,0.0,0.0,13.0,16.0,0.0),bsup=c(1.0,1.0,1.0,15.0,14.0,16.0,0.09,14.0,15.0,2.0,2.0,1.0,14.0,1.0,15.0,1.0,1680.0,1.0,14.0,26.0,16.0,14.0,14.0,14.0,1.0,15.0,19.0,1.0,1.0,27.0,20.0,26.0,1.0,1.0,1.0,15.0,14.0,22.0,2.0,1.0,15.0,15.0,1.0,7.0,26.0,1.0,12.0,1.0,1.0,2.0,1.0,12.0,0.2184,15.0,1.0,22.0,21.0,15.0,11.0,15.0,24.0,0.0696,20.0,1.0,5.0,0.22,1.0,1.0,2.0,1.0,5.0,15.0,13.0,1.0,1.0,15.0,1680.0,1680.0,0.11244,1.0,1680.0,2.0,1.0,17.0,20.0,1.0)) I checked several times and this intruction seams to have the right syntax but R asks me to finish my instruction (I need to add two parenthesis at the end so that it can be evaluated, but do not give me the right results). I replaced the factors vector by its size (the morris method allows that) and the evaluation is ok (with right results). I tryed also replacing the binf and bsup vectors by a single value (authorized by the morris function also), leaving the factors vector, and the evaluation is also ok (so it is not the factors vector that is creating the problem). This seems really odd to me and I cannot see where is the problem so I am thinking about a R bug (even if the sensitivity package is not loaded, i cannot enter the instruction, thus it is not a sensitivity problem). Did somebody already encountered such a bug (if it is a bug) ? I am using R 2.9.2 under linux/Xubuntu 9.10 and this has also been tried on R 2.9.0 on Windows 7. I can provide more info if needed. Jean Couteau Code Lutin

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Unable to connect to Caparmor
by Jean Couteau 30 Nov '09

30 Nov '09

Tina, I am at Ifremer now and I am trying to connect to Caparmor, but the connection is closed right after login and i cannot do anything. Is there a problem with Caparmor or is this my computer or something ? Here is the reponse of my ssh command : ssh poussin@caparmor Last login: Mon Nov 30 09:07:08 2009 from na54-126.ifremer.fr Connection to caparmor closed. Thanks in advance for your help Jean Couteau Code Lutin

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Fw: croquis poue isis fish
by Benjamin POUSSIN 20 Nov '09

20 Nov '09

Salut, voila quelques proposition d'emilie. A vos remarques je lui ferais suivre. ----- Message Transféré ----- Date: Wed, 18 Nov 2009 23:19:03 +0100 (CET) De: Emilie MAISONHAUTE À: poussin(a)codelutin.com Sujet: croquis poue isis fish voila des petites recherches pour vendredi tout peut être modifié compo, mélange avec les 4 propositions, couleurs... je commençais d'autres recherches avec des pélicans..mais j'ai pas le temps de les travailler pour vendredi . bonne journée milie -- Benjamin -------------------- tél: +33 (0) 2 40 50 29 28 email: poussin(a)codelutin.com () campagne du ruban ascii http://www.codelutin.com /\ pour les mails en ascii

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Re: [Isis-fish-devel] question: java
by Eric Chatellier 17 Nov '09

17 Nov '09

Le 12/11/2009 09:49, Tina ODAKA a écrit : > hello eric jean benjamin, Hi, Sorry for the long response delay :-( > i was talking with sgi about that your code is slow. > they asked me one thing >> JAVA : >> Ce language se base sur une machine virtuelle qui fait la génération >> des instruction à la volée. Les langages interprétés ne sont pas >> performant par définition. Il doit être possible de générer une >> version "compilée" du code Java qui doit apporter de meilleurs >> performances. > i guess your code is 'version "compilée"', isn't it? IsisFish code is "pre-compiled" into java bytecode [1]. This bytecode is interpreted by the Java virtual machine at runtime. Next, Java use JIT compilation [2], to improve runtime performance. So, Java isn't slow, and run as fast as native compiled programs, or maybe even faster ;-) > tina [1] : http://en.wikipedia.org/wiki/Bytecode [2] : http://en.wikipedia.org/wiki/Just-in-time_compilation -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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Utilisation des jobs multiples caparmor par IsisFish
by Eric Chatellier 16 Nov '09

16 Nov '09

Bonjour, Si les tests sur l'utilisation des multijobs caparmor vous semble satisfaisant, je suis près à faire la modification dans IsisFish. La modification n'est cependant pas évidente. Au niveau du lanceur de simulations caparmor, différent cas sont à prévoir : - simulation simple (envoi d'un script unique) - simulation issue d'un plan indépendant (pas d'envoi de script) - dernière simulation issue d'un plan indépendant (envoi d'un script multiple) - simulation issue d'un plan dépendant (envoi d'un script unique) - simulation issue d'une AS (pas d'envoi de script) - dernière simulation issue d'une AS (envoi d'un script multiple) Ou peut-être que le "plan" peut jouer un rôle en envoyant des infos supplémentaire au lanceur de simulation. -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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Ajout de nouveaux formats de cartes
by Eric Chatellier 13 Nov '09

13 Nov '09

Bonjour, Je suis en train d'ajouter les nouveaux formats de cartes dans isis-fish, cependant, je ne trouve pas facilement des cartes pour tester ces formats. Auriez vous des cartes de tests dans les formats suivants : - "Digital Chart of the World (.dcw)" - "Vector Product Format (.vpf)" - "Vector Map (.vmap)" - "Compressed ARC Digitized Raster Graphics (.cadrg)" - "Controlled Image Base (.cib)" - "Raster Product Format (.rpf)" - "Digital Terrain Elevation Data (levels 0, 1, 2) (.dt0, .dt0, .dt2)" - "MapInfo (.mif)" - "ArcInfo (.e00)" Ou plus généralement, des sites de références pour trouver des cartes. Merci. -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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Isis-Fish 3.2.0.10 est disponible.
by Eric Chatellier 12 Nov '09

12 Nov '09

Bonjour, Une nouvelle version d'Isis-Fish est disponible au téléchargement à l'adresse : http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/wiki-moin/instance/cgi-bin/moin.… Cette version - corrige un problème dans la génération des plans dépendants pour les lanceurs caparmor et sous processus - augmente la mémoire utilisée par les jobs sur caparmor (2Go) Le changelog complet est disponible à l'adresse : http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/wiki-moin/instance/cgi-bin/moin.… -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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Fuite mémoire dans IsisFish (in process)
by Eric Chatellier 09 Nov '09

09 Nov '09

Bonjour, J'ai ré-étudier le problème de l'erreur mémoire dans isis lorsqu'on lance plein de simulations "dans le même processus". L'erreur est toujours présente, lorsqu'on arrive au environ de 22 simulations : java.lang.OutOfMemoryError: PermGen space Il semblait que l'erreur avant était : java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space * *J'ai utilisé ce blog pour savoir ce qu'était réellement une erreur "PermGen space" : http://blogs.sun.com/fkieviet/entry/classloader_leaks_the_dreaded_java J'ai donc refais du profiling de code en utilisant sa méthode (avec les outils du jdk : jdump, jhat...) Donc, il préconise de chercher dans les rapports les objets qui ne sont plus sensé être présents dans la mémoire après une simulation. Il y a donc entre autre : - les scripts (gravitymodel, simatrix) - les aspects des scripts - les équations On peut aussi voir ce qui garde cette référence, et ca à l'air d'être lié aux aspects, plus précisement les classes générées par aspectwerkz (via asm) qui conservent une référence statique sur le classloader , et le classloader qui conservent tout ce qu'il a instancié : Static reference from scripts.GravityModel_1__997515023_1620252780___AW_JoinPoint.THIS_CLASS (from class scripts.GravityModel_1__997515023_1620252780___AW_JoinPoint) : --> class scripts.GravityModel (160 bytes) (??:) --> fr.ifremer.isisfish.aspect.AspectClassLoader@0x7fd2658111b0 (122 bytes) (field classes:) --> java.util.Vector@0x7fd2662ac200 (36 bytes) (field elementData:) --> [Ljava.lang.Object;@0x7fd266387378 (1296 bytes) (Element 41 of [Ljava.lang.Object;@0x7fd266387378:) --> class scripts.SiMatrix_1_2118962238__1005843209___AW_JoinPoint (160 bytes) Pour résumer, les simulations sont isolée entre elles par un classloader qui n'est pas libéré à la fin. Je ne vois pas actuellement de solution pour résoudre ce problème. -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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