August 2012 - Isis-fish-devel - mailman.cloud.codelutin.com

Erreur lors de la création d'un "simulationplan" dans ISIS
by Loic GASCHE Aug. 16, 2012

Aug. 16, 2012

Bonjour, Lorsque dans l'interface d'ISIS on demande la création d'un nouveau "CommunitySimulationPlan" un message d'erreur apparait après la saisie du nom, et le fichier ne se crée pas... J'ai essayé de créer des simulators ou des exports, et là aucun soucis. J'ai mis le message d'erreur en pièce jointe. Loïc

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Mise à jour des scripts dans ISIS et pb de fmin
by Loic GASCHE Aug. 14, 2012

Aug. 14, 2012

Bonjour les lutins, Je rencontre un petit problème avec la v 4.1.0.3 depuis ce matin : quand je modifie un script dans notepad++ il refuse de se mettre à jour dans ISIS (pourtant je fais comme d'habitude, je charge un autre script avant de revenir sur celui à mettre à jour). Je rencontre aussi un problème de dimensions de ma matrice de F par pop, qui vient d'un problème de dimensions de la matrice de F par groupe, qui semble venir du calcul de Fgroup et de fmin, car il apparait que tfgMatrix et tfmMatrix sont des matrices colonne remplies de 0 (mais représentant le bon nombre de groupes à priori)... le soucis est que je ne vois pas quelle pourrait être la cause d'un mauvais fonctionnement de fmin (pour peu que le problème vienne bien de là)... J'ai mis le log d'une simu en pièce jointe, il contient le message d'erreur et les valeurs des logs des valeurs et noms des dimensions des matrices. Loïc

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cannot find symbol, symbol : variable matrixFishingMortalityPerGroup
by Loic GASCHE Aug. 10, 2012

Aug. 10, 2012

Bonjour, Je n'arrive pas à compiler mon DefaultSimulator après avoir modifié la boucle pour la création de ma matrice de mortalité par pêche totale. Le message d'erreur est : C:\Users\lgasche\isis-fish-4\isis-community-database\simulators\DefaultSimulator_F.java:508: cannot find symbol symbol : variable matrixFishingMortalityPerGroup location: class simulators.DefaultSimulator_F MatrixND totalFishingMortality = siMatrix.TotalFishingMortality(step, pop, matrixFishingMortalityPerGroup); // context.getSimulationStorage().getResultStorage()); Apparemment il n'arrive pas à trouver la matrice matrixFishingMortalityPerGroup créée juste avant qui sert au calcul de la mortalité totale... mais je ne vois pas pourquoi... Une idée ? Loïc

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[ANN] - IsisFish 4.1.0.3 released
by forge.codelutin.com Release Notification Aug. 10, 2012

Aug. 10, 2012

The IsisFish team is pleased to announce the isis-fish-4.1.0.3 release! Simulateur de pecherie complexe. Documentation of the project can be found here: http://maven-site.forge.codelutin.com/isis-fish Changes ------- Changes in this version include: New features: o Make TimeStep type managed by MatrixSemanticMapper Issue: 1390. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. o Add new variable tab for population Issue: 1389. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. Fixed Bugs: o Can't open database in offline mode Issue: 1388. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. o Script are compiled using default encoding Issue: 1395. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. o When using statistics, if an exception occurs, it's masked by another one Issue: 1393. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. Changes: o Update to nuiton-matrix 2.3 Issue: 1400. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. Downloads --------- For a manual installation, you can download files here: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/files * isis-fish-4.1.0.3-bin.zip - http://forge.codelutin.com/attachments/download/422 Maven artifacts --------------- Artifacts are deployed in nuiton maven repository http://maven.nuiton.org/other-releases/ Have fun! -IsisFish team

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Can't get scenarios from calculator
by Loic GASCHE Aug. 10, 2012

Aug. 10, 2012

Bonjour les lutins, J'ai essayé de faire tourner une AS sur le PC de Fabian, et on se retrouve avec le message suivant : Can't get scenarios from calculator. On avait déjà eu cette erreur en tentant de faire tourner ISIS sur le serveur linux ici, mais je n'ai pas trouvé d'autres messages y faisant référence. Une idée sur le cause de cette erreur et comment la corriger ? Loïc ------------ Erreur Message: fr.ifremer.isisfish.IsisFishRuntimeException: Can't get scenarios from calculator Level: SEVERE Stack Trace: Can't get scenarios from calculator fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationService.submit(SimulationService.java:528) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.launchSimulation(SimulAction.java:1127) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.launchSimulationWithSensibility(SimulAction.java:1140) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsUI.launchSimulation(ParamsUI.java:370) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsUI.doActionPerformed__on__buttonSimulParamsSimulate(ParamsUI.java:614) sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method) sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) java.lang.reflect.Method.invoke(Unknown Source) jaxx.runtime.JAXXUtil$1.invoke(JAXXUtil.java:257) $Proxy4.actionPerformed(Unknown Source) javax.swing.AbstractButton.fireActionPerformed(Unknown Source) javax.swing.AbstractButton$Handler.actionPerformed(Unknown Source) javax.swing.DefaultButtonModel.fireActionPerformed(Unknown Source) javax.swing.DefaultButtonModel.setPressed(Unknown Source) javax.swing.plaf.basic.BasicButtonListener.mouseReleased(Unknown Source) java.awt.Component.processMouseEvent(Unknown Source) javax.swing.JComponent.processMouseEvent(Unknown Source) java.awt.Component.processEvent(Unknown Source) java.awt.Container.processEvent(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.retargetMouseEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.processMouseEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Window.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.EventQueue.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.EventQueue.access$000(Unknown Source) java.awt.EventQueue$1.run(Unknown Source) java.awt.EventQueue$1.run(Unknown Source) java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) java.security.AccessControlContext$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) java.security.AccessControlContext$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) java.awt.EventQueue$2.run(Unknown Source) java.awt.EventQueue$2.run(Unknown Source) java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) java.security.AccessControlContext$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) java.awt.EventQueue.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.run(Unknown Source) null fr.ifremer.isisfish.mexico.MexicoHelper.getStringFromObject(MexicoHelper.java:545) fr.ifremer.isisfish.mexico.xml.DiscreteDomainXMLVisitor.visit(DiscreteDomainXMLVisitor.java:57) fr.ifremer.isisfish.simulator.sensitivity.domain.DiscreteDomain.accept(DiscreteDomain.java:106) fr.ifremer.isisfish.mexico.xml.FactorXMLVisitor.visit(FactorXMLVisitor.java:134) fr.ifremer.isisfish.simulator.sensitivity.Factor.accept(Factor.java:263) fr.ifremer.isisfish.mexico.xml.FactorGroupXMLVisitor.visit(FactorGroupXMLVisitor.java:73) fr.ifremer.isisfish.simulator.sensitivity.FactorGroup.accept(FactorGroup.java:278) fr.ifremer.isisfish.mexico.xml.DesignPlanXMLVisitor.visit(DesignPlanXMLVisitor.java:63) fr.ifremer.isisfish.simulator.sensitivity.DesignPlan.accept(DesignPlan.java:101) fr.ifremer.isisfish.mexico.MexicoHelper.getDesignPlanAsXML(MexicoHelper.java:102) fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationService.submit(SimulationService.java:448) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.launchSimulation(SimulAction.java:1127) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.launchSimulationWithSensibility(SimulAction.java:1140) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsUI.launchSimulation(ParamsUI.java:370) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsUI.doActionPerformed__on__buttonSimulParamsSimulate(ParamsUI.java:614) sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method) sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) java.lang.reflect.Method.invoke(Unknown Source) jaxx.runtime.JAXXUtil$1.invoke(JAXXUtil.java:257) $Proxy4.actionPerformed(Unknown Source) javax.swing.AbstractButton.fireActionPerformed(Unknown Source) javax.swing.AbstractButton$Handler.actionPerformed(Unknown Source) javax.swing.DefaultButtonModel.fireActionPerformed(Unknown Source) javax.swing.DefaultButtonModel.setPressed(Unknown Source) javax.swing.plaf.basic.BasicButtonListener.mouseReleased(Unknown Source) java.awt.Component.processMouseEvent(Unknown Source) javax.swing.JComponent.processMouseEvent(Unknown Source) java.awt.Component.processEvent(Unknown Source) java.awt.Container.processEvent(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.retargetMouseEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.processMouseEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Window.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.EventQueue.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.EventQueue.access$000(Unknown Source) java.awt.EventQueue$1.run(Unknown Source) java.awt.EventQueue$1.run(Unknown Source) java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) java.security.AccessControlContext$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) java.security.AccessControlContext$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) java.awt.EventQueue$2.run(Unknown Source) java.awt.EventQueue$2.run(Unknown Source) java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) java.security.AccessControlContext$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) java.awt.EventQueue.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.run(Unknown Source)

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non static method / static context ?
by Loic GASCHE Aug. 8, 2012

Aug. 8, 2012

J'ai déplacé l'algorithme d'optimisation depuis SiMatrix vers RuleUtil, mais lorsque je vérifie SiMatrix j'ai le message suivant : C:\Users\lgasche\isis-fish-4\isis-database\scripts\SiMatrix.java:1660: non-static method fmin(fr.ifremer.isisfish.types.TimeStep,double,double,double,double,double,double) cannot be referenced from a static context Fgroup = RuleUtil.fmin(step,0.0,2.0,1.0e-10,Cgroup,Mgroup,NgroupJan); Je n'arrive pas trop à comprendre ce que cela signifie, est-ce que quelqu'un pourrait m'éclairer ? PS : meanOverDim n'apparait toujours pas dans MatrixND quand on y accède depuis le site (directement ou en passant par nuiton matrix)... bizarre.

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Disparition de meanOverDim de MatrixND ?
by Loic GASCHE Aug. 8, 2012

Aug. 8, 2012

Encore une question aux lutins : Qu'est devenue meanOverDim ? Il me semble qu'avant cette fonction était dans MatrixND (et on l'avait utilisée dans SiMatrix avec Eric pour le calcul de F), mais je n'arrive pas à en retrouver la trace... Loïc

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Différences entre deux fishingMortality
by Eric Chatellier Aug. 8, 2012

Aug. 8, 2012

Bonjour, Actuellement dans IsisFish il y a un résultat matrixFishingMortality qui est calculé et une fonction totalFishingMortality qui somme cette matrice. Loic est en train de calculer une autre mortalité avec une fonction également nommé totalFishingMortality mais qui renvoie cette fois une matrice. Quelle est la différence entre ces deux mortalités ? Il faudra faire attention a bien différencier les noms de méthodes. -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com

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Message d'erreur à l'ouverture d'une zone
by Loic GASCHE Aug. 8, 2012

Aug. 8, 2012

Salut les lutins, Nous sommes plusieurs à avoir rencontré le problème suivant : A l'ouverture d'une zone dans ISIS, nous avons un message d'erreur qui s'affiche, et la zone refuse de s'ouvrir... A priori cela se produit uniquement en l'absence de connexion à internet. Le debug est en PJ.

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