December 2013 - Isis-fish-devel - mailman.cloud.codelutin.com

inactivité et calcul de l'effort nominal
by Stephanie MAHEVAS 30 Oct '14

30 Oct '14

Re je suis allée regarder les equation spour calculer l'effort nominal. Aujourd'hui il n'est pas calculé avec l'equation d'inactivité. Il est simplement calculé avec la durée de la marée et de la durée inter-marées et la duré du mois courant. Il me semble que si on a une équation d'inactivité qui retournerait un temps d'inactivité, il serait bien de schunter ce calcul automatique en prenant simplement la durée du mois - le temps d'inactivité retourné par l'équation. qu'en pensez-vous? Steph -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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Valeur de référence pour l'utilisation des distributions
by Eric Chatellier 14 Feb '14

14 Feb '14

Bonjour, Dans la version en cours de développement, les méthodes de distribution suivantes ont été introduite (pour définir les facteurs). Uniform% runif(reference, coefficient) Uniform Min/Max runif(min, max) Binomial rbinom(size, prob) Cauchy rcauchy(location, scale) ChiSquare rchisq(df, ncp) Exponential rexp(rate) F rf(df1, df2, ncp) Gamma rgamma(shape, rate, scale) Geometric rgeom(prob) HyperGeometric rhyper(m, n, k) LogNormal rlnorm(meanlog, sdlog) Dans un cas simple (double) la valeur du facteur prend le résultat de la méthode R: runif(30, 40) : 32 On peut donc utiliser directement le retour de R comme valeur à prendre en compte dans la simulation. Dans un cas plus complexe, pour uniform min/max par exemple, min et max peuvent être des matrices. Dans ce cas, on appelle runif avec (0 et 1) et on gère en retour la valeur de R et calculant la matrice résultante en fonction de min/max et le random R. Cela fonctionnait comme cela dans la version précédente d'Isis et c'est assez clair pour moi. Le problème est que pour les nouvelles distributions, un des paramètres peut-il être une matrice (dans ce cas, il faudrait substituer ce paramètre lors de l'appel a R par un double) ? Si oui lequel (pour chaque distribution) ? Si non, faut-il ajouter (pour Isis) une "valeur de référence" sur laquelle s'applique à chaque fois le résultat retourné par R ? (on calcule le random dans R et on multiple ce random par la valeur de référence). -- Éric Chatellier - Code Lutin Tel: 02.40.50.29.28 - http://www.codelutin.com

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Ressources Isis-fish
by Postmaster ISIS-Fish 31 Dec '13

31 Dec '13

Amis utilisateurs d'ISIS-Fish, Ce mail automatique, envoyé tous les 3 mois sur les listes de diffusions du projet, a pour but de vous rappeler toutes les ressources disponibles pour toutes vos éventuelles questions et problèmes. Documentation et manuel utilisateurs ------------------------------------ La documentation d'ISIS-Fish est présente sur le site à cette adresse : http://isis-fish.org/v4/index.html. N'hésitez pas à nous remonter les parties qui ne sont pas claires ou les parties qui ne sont pas à jour, le logiciel évoluant, certaines parties de la documentation sont peut-être obsolètes. Questions et FAQ ---------------- Vous pouvez poser vos questions à cette même liste de diffusion en envoyant un mail à isis-fish-users(a)list.isis-fish.org. Toutes les personnes abonnées le recevront et pourront répondre à vos éventuelles questions. N'oubliez pas, avant de poser votre question, de rechercher parmis les archives de la liste (http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/) votre question a peut-être déjà été posée. Les questions les plus fréquemment posées sont regroupées sur le site sur la page FAQ : http://isis-fish.org/v4/user/FAQ.html Forge, rapports de bug, suivi des évolutions -------------------------------------------- Si vous rencontrez un bug, vous pouvez vérifier sur la forge ISIS-Fish (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/issues) si nous en avons déjà connaissance. Si nous n'en avons pas connaissance, vous pouvez nous rapporter le bug, nous l'intègrerons dans la liste des évolutions prévues (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/roadmap) Pour rapporter un bug (ou une demande d'évolution), donnez nous le maximum de détails sur ce bug (comment vous l'avez obtenu ? votre base, vos paramètres et le fichier debug.txt). Plus nous avons d'informations, plus nous pourrons vous aider simplement. L'équipe ISIS-Fish

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Re: [Isis-fish-devel] [Isis-fish-users] Fwd: Re: Fwd: Re: Fwd: Re: HelpDesk Nv3 / n°=191007 : Re: Accès à plus de coeurs sur caparmor ?
by Eric Chatellier 17 Dec '13

17 Dec '13

Le 17/12/2013 13:42, Tina ODAKA a écrit : > > hi eric > cc loic > > if the time is lost with read and write, i should see that on system call as > 'read' > and > 'write' > but i do not see that. > > so it is strange > > i tried to strace for 8 minutes, it loose 12 seconds with systemcall, with > futex, where you have 27817 err of futex. > > i do not see at all 'read or 'write' for system call! > tina > > > r5i0n0:~ # time strace -p 29123 -f -c > Process 29411 attached with 31 threads - interrupt to quit > ^CProcess 29123 detached > Process 29203 detached We are using java embedded database that may use linux lock file. If this lock file can cause futex wait errors, maybe i can search how to use another lock mecanism. -- Éric Chatellier - Code Lutin Tel: 02.40.50.29.28 - http://www.codelutin.com

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[ANN] - IsisFish 4.2.1.2 released
by Eric Chatellier 12 Dec '13

12 Dec '13

The IsisFish team is pleased to announce the isis-fish-4.2.1.2 release! Simulateur de pecherie complexe. Documentation of the project can be found here: http://www.isis-fish.org Changes ------- Changes in this version include: New features: o New cache implementation for better performance Issue: 3952. Thanks to Benjamin Poussin. Resolved by bpoussin. Downloads --------- For a manual installation, you can download files here: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/files * http://forge.codelutin.com/attachments/download/1296/isis-fish-4.2.1.2-bin.… Have fun! -IsisFish team -- Éric Chatellier - Code Lutin Tel: 02.40.50.29.28 - http://www.codelutin.com

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Bibliothèque mathématique
by Benjamin POUSSIN 12 Dec '13

12 Dec '13

Salut, Si des experts pouvaient nous dire si il a des choses intéressantes dans cette bibliothèque (pour utiliser dans les scripts, équations, ...) http://commons.apache.org/proper/commons-math/apidocs/index.html Si elle permet de faire des choses qu'on ne peut pas actuellement, on peut l'ajouter dans isis. -- Benjamin POUSSIN -------------------- tél: +33 (0) 2 40 50 29 28 email: poussin(a)codelutin.com http://www.codelutin.com

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Nouvelle implantation du cache
by Benjamin POUSSIN 09 Dec '13

09 Dec '13

Salut, Après un peu de réfléchissement (jean-pierre), je me suis dit qu'il était peut-être mieux de regarder après le 1er pas de temps, le nombre de Mo de données stocké dans le cache, de le multiplier par 3 pour être large et de prendre cette valeur comme taille de cache pour la simulation. On perd donc quelques données en cache qui ne dépendent pas du pas de temps car on doit recréer un cache (on ne peut pas modifier un cache existant). Mais je pense que ce n'est vraiment grave. Bilan sur la base de camille (2 pops avec 65 et 25 classes d'age, 24 stratégies) - Avec l'ancienne version et 1Go de RAM. 1h20 pour arrivé péniblement à l'année 4 (et rame de + en +, mémoire pleine) - Avec l'ancienne version et 2Go de RAM. 40min pour arrivé péniblement à l'année 6 (et rame de + en +, mémoire pleine) - Avec la nouvelle version et 1Go de RAM, 11min pour arriver au bout. (600Mo de mémoire utilisé au maximum) Ce qui représente 35 837 358 valeurs calculées dont 31 897 625 récupérées du cache soit une utilisation de 89% Taille de cache calculé en fonction du 1er pas de temps fixé par Isis à 58Mo Au total il y a eu 2,4Go de données calculés pour les 10ans et la plus grosse matrice faisait 1,2Mo -- Benjamin POUSSIN -------------------- tél: +33 (0) 2 40 50 29 28 email: poussin(a)codelutin.com http://www.codelutin.com

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Debut d'explication des problemes de cache ?
by Benjamin POUSSIN 06 Dec '13

06 Dec '13

Salut, Pour quelle raison la ligne suivante: context.clearCache(step); a été retirée dans le commit 296 ? http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish-data/repository/revisions/296… Je voudrais pas dénoncer mais: 25/09/2012 16:51 Eric Chatellier Ajout des scripts utilisant groupMin/groupMax permettant de calculer la mortalité totale par pêche (ftot). et aucun mot sur la suppression de cette ligne qui est tout de même 'un peu' importante :( Bon, ça n'explique pas tout, car derrière, on a encore des soft références qui devrait libérer tout de même de la mémoire. Mais, peut-être faut-il, sur le court terme modifier le script pour que tous les utilisateurs retrouvent ces lignes -- Benjamin POUSSIN -------------------- tél: +33 (0) 2 40 50 29 28 email: poussin(a)codelutin.com http://www.codelutin.com

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question java ...
by Sigrid Lehuta 06 Dec '13

06 Dec '13

j'ai une question compliquée a expliquer, si vous avez le temps appelez moi, la voici: certaines methodes "get" renvoit l'objet lui meme et toute transformation faite plus tard, affecte l objet initial meme s'il est stoqué sous un autre nom... d'autres methodes non... comment on sait qui fait quoi? exemple: si je fais: Equation nr = pop.getNaturalDeathRate(); nr.setContent("return 0.2"); est ce que ca modifie l'equation Natural death rate ou seulement nr ? autrement dit, est ce que c'est different de : pop.getNaturalDeathRate().setContent("return 0.2"); ? par exemple pour les matrices c'est marqué: getSubMatrix() *Returns:*new matrix Je pose des questions metaphysiques? MERCI!

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Amélioration de la syntaxe d'accès aux Variables
by Benjamin POUSSIN 06 Dec '13

06 Dec '13

Salut, plutot que : context.get(zone).getAsDouble('granularite') je verais bien: Variable.getAsDouble(context, zone, "granularite") ou: Context.getVariableAsDouble(zone, "granularite") Ou pourrait aussi faire (mais c'est plus dur pour nous): zone.getVariableAsDouble(context, "granularite") Chers utilisateurs, avez vous une préférence entre ces 4 syntaxes -- Benjamin POUSSIN -------------------- tél: +33 (0) 2 40 50 29 28 email: poussin(a)codelutin.com http://www.codelutin.com

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