March 2014 - Isis-fish-devel - mailman.cloud.codelutin.com

inactivité et calcul de l'effort nominal
by Stephanie MAHEVAS 30 Oct '14

30 Oct '14

Re je suis allée regarder les equation spour calculer l'effort nominal. Aujourd'hui il n'est pas calculé avec l'equation d'inactivité. Il est simplement calculé avec la durée de la marée et de la durée inter-marées et la duré du mois courant. Il me semble que si on a une équation d'inactivité qui retournerait un temps d'inactivité, il serait bien de schunter ce calcul automatique en prenant simplement la durée du mois - le temps d'inactivité retourné par l'équation. qu'en pensez-vous? Steph -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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Ressources Isis-fish
by Postmaster ISIS-Fish 31 Mar '14

31 Mar '14

Amis utilisateurs d'ISIS-Fish, Ce mail automatique, envoyé tous les 3 mois sur les listes de diffusions du projet, a pour but de vous rappeler toutes les ressources disponibles pour toutes vos éventuelles questions et problèmes. Documentation et manuel utilisateurs ------------------------------------ La documentation d'ISIS-Fish est présente sur le site à cette adresse : http://isis-fish.org/v4/index.html. N'hésitez pas à nous remonter les parties qui ne sont pas claires ou les parties qui ne sont pas à jour, le logiciel évoluant, certaines parties de la documentation sont peut-être obsolètes. Questions et FAQ ---------------- Vous pouvez poser vos questions à cette même liste de diffusion en envoyant un mail à isis-fish-users(a)list.isis-fish.org. Toutes les personnes abonnées le recevront et pourront répondre à vos éventuelles questions. N'oubliez pas, avant de poser votre question, de rechercher parmis les archives de la liste (http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/) votre question a peut-être déjà été posée. Les questions les plus fréquemment posées sont regroupées sur le site sur la page FAQ : http://isis-fish.org/v4/user/FAQ.html Forge, rapports de bug, suivi des évolutions -------------------------------------------- Si vous rencontrez un bug, vous pouvez vérifier sur la forge ISIS-Fish (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/issues) si nous en avons déjà connaissance. Si nous n'en avons pas connaissance, vous pouvez nous rapporter le bug, nous l'intègrerons dans la liste des évolutions prévues (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/roadmap) Pour rapporter un bug (ou une demande d'évolution), donnez nous le maximum de détails sur ce bug (comment vous l'avez obtenu ? votre base, vos paramètres et le fichier debug.txt). Plus nous avons d'informations, plus nous pourrons vous aider simplement. L'équipe ISIS-Fish

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Re: [Isis-fish-devel] Cr réunion isis du 24/01/2014
by Eric Chatellier 27 Mar '14

27 Mar '14

Bonjour, Le 27/01/2014 18:16, Eric Chatellier a écrit : > > Lancement de simulation pour une optimisation > ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ > > Page de configuration: > - configuration de la simulation (comme toutes simulations: espèces, règles, ...) > - choix de la méthode d'Objectif avec ses paramètres possibles > - choix de la méthode d'Optimisation avec ses paramètres possibles > - choix des Résultats/Exports avec pour chaque les observations associées > (fichier CSV ou matrice rentrée dans la région) Donc contrairement à ce qui avait été définit pour la maquette initiale, l'optimisation ne dépend par de facteur (comme les analyses de sensibilité). C'est bien la fonction d'objectif qui fait varier les paramètres ? On a donc une seule fonction d'objectif et un seul script d'optimisation. > Les nouvelles classes Java > ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ > > Une interface Objectif qui contient une méthode d'évaluation. > Une interface Optimisation qui contient une méthode qui permet de préparer les > simulations pour la génération suivante. > Un Objet OptimisationContext qui garde la trace de toutes les simulations faites > structurée par génération. Et qui contiendrait des méthodes permettant de > simplifier la création de nouvelle simulation > > Objectif: > - eval(OptimisationContext context, List<MatrixND> exports, List<MatrixND> > observation): double Les "exports" et "observations" sont des matrices ici. Qu'est-ce qui défini les exports ? Est-ce un des résultats d'IsisFish (aka : ResultName ?) Ou est-ce un nouveau type d'export spécifique à l'optimisation ? > > Optimisation: > - getNextGeneration(OptimisationContext context, Region db): List<Simulation> > > OptimisationContext: > - copyRegion(Region region): Region > - createSimulation(Region) > - getCurrentGenerationNumber(): int > - getLastGeneration(): List<Simulation> > - getGeneration(int n): List<Simulation> > - getGenerationNumber(): int > > Simulation: > - getResult(String name) > - getObjectif(): double Simulation ici est-il différent d'une simulation normale dans isis ? Je ne pense pas pour l'instant. La fonction d'objectif sera appelée avec les resultats de la simulation et les observations, mais pas la simulation elle-même. Cordialement, Eric Chatellier. -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

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Reprise des développements Isis
by Eric Chatellier 24 Mar '14

24 Mar '14

Bonjour, J'ai maintenant du temps à passer sur IsisFish. Pour rappel, on actuellement plusieurs branche de développement: - trunk : IsisFish 4.2.1.x - branche 4.3.0.x (distribution) Pour le moment, je vais démarrer une nouvelle branche pour débuter la gestion des interfaces de calibration (pour Audric). Ensuite, je repasserais sur la finalisation de la distribution. On pourra ensuite faire une version beta de la version 4.3.0.x et poursuivre les évolutions sur IsisFish. Cordialement, Eric. -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

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Pb création exportHistoric
by Audric Vigier 06 Mar '14

06 Mar '14

Bonjour, Je fais tourner des simulations avec un plan de simulation (script en PJ) pour voir s'il marche. La simulation a l'air de tourner, j'obtiens des sorties, mais je n'arrive pas à créer le fichier censé contenir l'historique de ce qu'il s'est passé pendant toutes les simulations. Du coup, je ne sais pas comment mon plan de simulation a tourné. J'essaie de créer le fichier avec cette partie de script, avant l'init(): public String param_exportPath="Output_essai_recuit/Historic.csv"; File exportHistoric = new File(param_exportPath); j'ai aussi essayé en déplaçant la deuxième ligne dans l'afterSimulation et dans l'init, sans succès. Ca m'étonne d'autant plus qu'ISIS n'a aucun souci pour charger le .csv renseigné l141... Des idées? Audric

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Erreur lors de l'utilisation d'un nouveau plan de simulation
by Audric Vigier 03 Mar '14

03 Mar '14

Bonjour, J'essaye de faire tourner une simulation (v 4.2.1.1) en utilisant un plan de simulation. Dans l'onglet "Plan de simulation", lorsque je choisis mon plan (clic sur "Ajouter"), j'ai droit à une InvocationTargetException. J'ai cherché ce qui clochait dans le script de mon plan de simulation et me suis rapproché au plus de celui de simplexe("CalibrationSimplexePasVariable[...]", qui marche), mais rien n'y fait... Autre chose bizarre : j'ai créé deux scripts identiques pour mon plan de simulation au nom près dans le VCS Community. Au moment de les choisir dans la liste déroulante de l'onglet Plan de simulation, lorsque je passe le curseur sur leur nom, pour l'un (Recuit) on me signale "TODO Recuit simulation plan" (bien que la description soit faite), et pour l'autre (RecuitSimule) "Le fichier RecuitSimule.Java contient des erreurs!". J'ai fait attention à ce que le nom de la classe concorde avec le nom du fichier dans les deux cas. Si je cherche à les ajouter, j'ai droit au même message d'erreur qu'avant. Des idées à propos de ces problèmes? Audric PS: le message d'erreur complet pour l'InvocationTargetException: Erreur Message: java.lang.RuntimeException: java.lang.reflect.InvocationTargetException Level: SEVERE Stack Trace: java.lang.reflect.InvocationTargetException jaxx.runtime.JAXXUtil$1.invoke(JAXXUtil.java:264) $Proxy4.actionPerformed(Unknown Source) javax.swing.AbstractButton.fireActionPerformed(Unknown Source) javax.swing.AbstractButton$Handler.actionPerformed(Unknown Source) javax.swing.DefaultButtonModel.fireActionPerformed(Unknown Source) javax.swing.DefaultButtonModel.setPressed(Unknown Source) javax.swing.plaf.basic.BasicButtonListener.mouseReleased(Unknown Source) java.awt.Component.processMouseEvent(Unknown Source) javax.swing.JComponent.processMouseEvent(Unknown Source) java.awt.Component.processEvent(Unknown Source) java.awt.Container.processEvent(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.retargetMouseEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.processMouseEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Window.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.EventQueue.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.run(Unknown Source) null sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method) sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) java.lang.reflect.Method.invoke(Unknown Source) jaxx.runtime.JAXXUtil$1.invoke(JAXXUtil.java:257) $Proxy4.actionPerformed(Unknown Source) javax.swing.AbstractButton.fireActionPerformed(Unknown Source) javax.swing.AbstractButton$Handler.actionPerformed(Unknown Source) javax.swing.DefaultButtonModel.fireActionPerformed(Unknown Source) javax.swing.DefaultButtonModel.setPressed(Unknown Source) javax.swing.plaf.basic.BasicButtonListener.mouseReleased(Unknown Source) java.awt.Component.processMouseEvent(Unknown Source) javax.swing.JComponent.processMouseEvent(Unknown Source) java.awt.Component.processEvent(Unknown Source) java.awt.Container.processEvent(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.retargetMouseEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.processMouseEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Window.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.EventQueue.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.run(Unknown Source) Can't add simulation plan fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.addSimulationPlan(SimulAction.java:647) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SensUI.addSimulationPlan(SensUI.java:165) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SensUI.doActionPerformed__on__buttonSimulParamsSimulationPlansAdd(SensUI.java:370) sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method) sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) java.lang.reflect.Method.invoke(Unknown Source) jaxx.runtime.JAXXUtil$1.invoke(JAXXUtil.java:257) $Proxy4.actionPerformed(Unknown Source) javax.swing.AbstractButton.fireActionPerformed(Unknown Source) javax.swing.AbstractButton$Handler.actionPerformed(Unknown Source) javax.swing.DefaultButtonModel.fireActionPerformed(Unknown Source) javax.swing.DefaultButtonModel.setPressed(Unknown Source) javax.swing.plaf.basic.BasicButtonListener.mouseReleased(Unknown Source) java.awt.Component.processMouseEvent(Unknown Source) javax.swing.JComponent.processMouseEvent(Unknown Source) java.awt.Component.processEvent(Unknown Source) java.awt.Container.processEvent(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.retargetMouseEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.processMouseEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Window.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.EventQueue.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.run(Unknown Source) Can't instanciate class: simulationplans.RecuitSimule fr.ifremer.isisfish.datastore.JavaSourceStorage.getNewInstance(JavaSourceStorage.java:179) fr.ifremer.isisfish.datastore.SimulationPlanStorage.getNewSimulationPlanInstance(SimulationPlanStorage.java:162) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.addSimulationPlan(SimulAction.java:639) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SensUI.addSimulationPlan(SensUI.java:165) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SensUI.doActionPerformed__on__buttonSimulParamsSimulationPlansAdd(SensUI.java:370) sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method) sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) java.lang.reflect.Method.invoke(Unknown Source) jaxx.runtime.JAXXUtil$1.invoke(JAXXUtil.java:257) $Proxy4.actionPerformed(Unknown Source) javax.swing.AbstractButton.fireActionPerformed(Unknown Source) javax.swing.AbstractButton$Handler.actionPerformed(Unknown Source) javax.swing.DefaultButtonModel.fireActionPerformed(Unknown Source) javax.swing.DefaultButtonModel.setPressed(Unknown Source) 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java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.run(Unknown Source) Class fr.ifremer.isisfish.datastore.JavaSourceStorage can not access a member of class simulationplans.RecuitSimule with modifiers "" sun.reflect.Reflection.ensureMemberAccess(Unknown Source) java.lang.Class.newInstance0(Unknown Source) java.lang.Class.newInstance(Unknown Source) fr.ifremer.isisfish.datastore.JavaSourceStorage.getNewInstance(JavaSourceStorage.java:174) fr.ifremer.isisfish.datastore.SimulationPlanStorage.getNewSimulationPlanInstance(SimulationPlanStorage.java:162) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.addSimulationPlan(SimulAction.java:639) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SensUI.addSimulationPlan(SensUI.java:165) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SensUI.doActionPerformed__on__buttonSimulParamsSimulationPlansAdd(SensUI.java:370) sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method) sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) java.lang.reflect.Method.invoke(Unknown Source) jaxx.runtime.JAXXUtil$1.invoke(JAXXUtil.java:257) $Proxy4.actionPerformed(Unknown Source) javax.swing.AbstractButton.fireActionPerformed(Unknown Source) javax.swing.AbstractButton$Handler.actionPerformed(Unknown Source) javax.swing.DefaultButtonModel.fireActionPerformed(Unknown Source) javax.swing.DefaultButtonModel.setPressed(Unknown Source) javax.swing.plaf.basic.BasicButtonListener.mouseReleased(Unknown Source) java.awt.Component.processMouseEvent(Unknown Source) javax.swing.JComponent.processMouseEvent(Unknown Source) java.awt.Component.processEvent(Unknown Source) java.awt.Container.processEvent(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) 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