April 2014 - Isis-fish-devel - mailman.cloud.codelutin.com

inactivité et calcul de l'effort nominal
by Stephanie MAHEVAS 30 Oct '14

30 Oct '14

Re je suis allée regarder les equation spour calculer l'effort nominal. Aujourd'hui il n'est pas calculé avec l'equation d'inactivité. Il est simplement calculé avec la durée de la marée et de la durée inter-marées et la duré du mois courant. Il me semble que si on a une équation d'inactivité qui retournerait un temps d'inactivité, il serait bien de schunter ce calcul automatique en prenant simplement la durée du mois - le temps d'inactivité retourné par l'équation. qu'en pensez-vous? Steph -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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Utiliser des règles sous la V 4.3.0.0
by Audric Vigier 23 May '14

23 May '14

Bonjour, J'ai un souci pour utiliser des règles sous ISIS 4.3. J'ai essayé avec 3 règles différentes pour voir si la problème venait des règles, mais je ne peux pas les utiliser (et certaines sont dans le VCS officiel). J'essaye de lancer une simulation avec une règle. Lorsqu'elle se lance (interface des simus), la simu passe rapidement dans le bas de l'interface (ou desfois reste en haut), avec comme message "Rules initialisation:[rules.NomDeLaRegle@NumeroDeBit]" (e.g. [rules.TACpoids@cbdb96]) Dans le debug, il n'y a rien si la simu reste en haut, et je trouve une ERROR et un WARN si la simu passe en bas (voir le debug pour la simu sim_RealiteReelleVraie10param10ans_2014-04-23-17-01, avec la règle GraviteVPUE1LangEtGrossValueOtherSpeciesECOMOD). Il n'y a pas de souci avec ces règles sous la V 4.2 Je joins script de règle + inputs spécifiques à la règle + debug. Pour la region, j'ai pris GolfeDeGascogne. Bonne soirée, Audric

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Installation de la dernière V 4.3
by Audric Vigier 30 Apr '14

30 Apr '14

Bonjour, Je cherche à installer la dernière version d'ISIS sur une nouvelle machine. Lors de la première ouverture de .bat après dézippage, 6 messages d'erreur s'affichent(je ne les ai pas sauvegardés): -un m'indiquant qu'il ne trouve pas la base V 4.3.0 -4 nullPointerexception concernant getResultNames dans SimulAction -une erreur globale d'application ISIS ne s'ouvre pas suite à ça. Après avoir rajouté une region dans le dossier isis-database>regions, je retente le coup. Il ne fait que les 4 nullPointerexception (PJ) à l'ouverture puis ISIS s'ouvre. Lorsque je vérifie un des mes scripts d'optimisation (PJ) pour voir s'il compile, j'ai les 3 erreurs en bas de message. Pour info, ce script est entrain de tourner sur le serveur avec la même version d'ISIS, sans souci apparent. Des idées sur l'origine de ce problème? Bon week-end, Audric ---------- 1. ERROR in C:\Users\avigier\isis-fish-4beta\isis-community-database\optimizations\RecuitSimuleVoisinageAdaptatifCristallisationT3Param10ans10FOP2.java (at line 48) import scripts.ResultName; ^^^^^^^^^^^^^^^^^^ The import scripts.ResultName cannot be resolved ---------- 2. ERROR in C:\Users\avigier\isis-fish-4beta\isis-community-database\optimizations\RecuitSimuleVoisinageAdaptatifCristallisationT3Param10ans10FOP2.java (at line 139) ResultName.MATRIX_CATCH_WEIGHT_PER_STRATEGY_MET_PER_ZONE_POP ^^^^^^^^^^ ResultName cannot be resolved to a variable ---------- 5. ERROR in C:\Users\avigier\isis-fish-4beta\isis-community-database\optimizations\RecuitSimuleVoisinageAdaptatifCristallisationT3Param10ans10FOP2.java (at line 663) ResultName.MATRIX_CATCH_WEIGHT_PER_STRATEGY_MET_PER_ZONE_POP); ^^^^^^^^^^ ResultName cannot be resolved to a variable ---------- 5 problems (3 errors, 2 warnings)

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Script d'optimisation par défaut V 4.3.0.0
by Audric Vigier 29 Apr '14

29 Apr '14

Bonjour, Rien de grave, mais j'ai trouvé un petit défaut qui pourrait ralentir de futurs développements de scripts. Lors de la création d'un script d'optimisation via l'interface d'ISIS, on se retrouve avec un script contenant, entre autres, les noms des méthodes. Parmi elles, on trouve getNextSimulation, qui doit être changé en nextSimulation pour éviter une erreur de compilation. Bonne soirée, Audric

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V 4.3.0.0 + Caparmor et parallélisation
by Audric Vigier 29 Apr '14

29 Apr '14

Petit souci rencontré ce soir avant la fermeture d'Ifremer: "Bonsoir, Je fais rapide avant que le gardien ne me jette dehors: J'essaye désespérement de faire tourner plein de plans d'optimisation sur le serveur avec la V 4.3 sur Caparmor : problème : après 2 plans lancés puis un annulé (je voulais changer un input), je ne peux plus rien lancer (erreur en bas de message)[Soit les nouveaux plans n'appraissent pas dans l'interface, ou vont directement dans la partie basse]. De plus le plan lancé n'a pas l'air de fonctionner (Attente du démarrage de la simu). Je pense me recevoir une pluie de messages à propos de mes performances ce week-end...... (je sais plus comment annuler et j'ai plus le temps avant de me faire virer, la réponse est dans mon PC qui est entrain de planter lui aussi))[Correction : J'ai finalement killé tous les plans sur Caparmor, ouf!] [Autre précision que j'avais oublié : j'ai dû tuer une simulation (et non un plan) à la main sur Caparmor, que j'avais lancé depuis mon PC (je ne peux normalement pas y faire tourner de plans puisqu'il s'arrêtent au bout de 3 simus avec les anciennes versions, mais c'est suffisant pur faire tourner une simu). Pour cette simu, là aussi j'étais en "Attente du démarrage de la simu", et j'occupais un coeur pour rien.] Bon week-end Audric INFO [pool-3-thread-1] (SimulationJob.java:210) run - Start simulation: sim_RecuitSimuleVoisinageAdaptatifCristallisationT10Param10ansP1_2014-04-25-19-17 ERROR [pool-3-thread-1] (OptimizationPrepareJob.java:151) run - isisfish.error.evaluate.optimization.script java.lang.NullPointerException at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.OptimizationPrepareJob.run(OptimizationPrepareJob.java:98) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationJob.run(SimulationJob.java:269) at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor.runWorker(ThreadPoolExecutor.java:1110) at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor$Worker.run(ThreadPoolExecutor.java:603) at java.lang.Thread.run(Thread.java:722) WARN [pool-3-thread-1] (SimulationJob.java:357) run - Can't simulate sim_RecuitSimuleVoisinageAdaptatifCristallisationT10Param10ansP1_2014-04-25-19-17 fr.ifremer.isisfish.IsisFishRuntimeException: isisfish.error.evaluate.optimization.script at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.OptimizationPrepareJob.run(OptimizationPrepareJob.java:153) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationJob.run(SimulationJob.java:269) at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor.runWorker(ThreadPoolExecutor.java:1110) at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor$Worker.run(ThreadPoolExecutor.java:603) at java.lang.Thread.run(Thread.java:722) Caused by: java.lang.NullPointerException at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.OptimizationPrepareJob.run(OptimizationPrepareJob.java:98) ... 4 more" --- This email is free from viruses and malware because avast! Antivirus protection is active. http://www.avast.com

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Plans de simulations sous la V 4.3.0.0
by Audric Vigier 25 Apr '14

25 Apr '14

Bonjour, J'essaye de faire tourner un plan de simus sous la nouvelle version d'ISIS, juste pour voir si mon script marche (il est en PJ). L'erreur a lieu au moment où j'ajoute le plan de simus dans l'onglet correspondant (voir debug correspondant à l'erreur en PJ) : je ne peux pas ajouter le plan de simus à cause d'une InvocationTargetException. On a vu cette erreur 2 autres fois sur devel: -La première fois, le nom du package n'allait pas. Dans le script, j'utilise "optimizations". Ca ne marche pas non plus si je lui demande d'utiliser "simulationplans", ce qui est normal vu les changements concernant les plans dans la nouvelle version. -La deuxième fois, les noms de classes n'allaient pas, et la classe [Nom_script].java n'était pas déclarée publique. Ce n'est pas mon cas cette fois-ci. Des idées sur ce qui perturbe ISIS? Audric

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Amélioration des performances dans la version 4.3
by Eric Chatellier 18 Apr '14

18 Apr '14

Bonjour, Suite aux différentes améliorations récentes apporter concernant la résolution des lenteurs d'IsisFish, j'ai réalisé plusieurs test sur les différentes améliorations ce matin. Le test de références était la base de Loic (7D_V11) avec la règle taille min. Le temps global dans IsisFish 4.2 est de 1 heure 55 min sur mon PC en local (donc pas d'appels réseaux comme sur caparmor). Le temps obtenu au final sur la version 4.3 est de 5 min. Les résultats sont identiques. Les améliorations récemment réalisée ont été les suivantes: - mise à jour des librairies - mise en cache des appels d'équation (en particulier équation de croissance) - conservation des rejets sur un seul pas de temps - suppression des appel au système de fichier pour les équations - copie des matrices seulement si le contenu est modifié Les différents tests suivants ont consisté à désactiver les améliorations pour déterminer ce qui prenait le plus de temps: - avec lecture FS pour les équations : 5min20 - sans mise en cache de l’équation de croissance : 23min - copie systématique des matrices : 9min - sans conservation des rejets sur un seul pas de temps : 6min - avec lecture FS pour les équations ET sans mise en cache de l’équation de croissance : 33min - avec lecture FS pour les équations ET sans mise en cache de l’équation de croissance ET copie systèmatique des matrices : 53min Le seul point non retesté à été la mise à jour des librairies globales à l'application qui aurait sans doute augmenter encore le temps. Le plus gros problème était la lecture du disque dur dans le cas où les equations sont appelées énormément de fois pendant une simulation. Et toutes les améliorations cumulées diminuent énormément le temps. Il me reste un peu de travail car certaines améliorations ne sont que des tests et sont à implémenter proprement avant de faire une version de test mais qui pourrait arriver assez vite. Voilà. -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

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