May 2016 - Isis-fish-devel - mailman.cloud.codelutin.com

Installation isis et jdk sur caparmor
by Benjamin POUSSIN 27 May '16

27 May '16

Salut, Il faut commencer par téléchargé le jdk, en allant sur la page web: http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/jdk8-downloads-2133… Il faut accepter la licence, et télécharger la version: Linux x64 172.99 MB jdk-8u92-linux-x64.tar.gz Il faut ensuite télécharger la dernière version d'isis (ou celle que l'on veut utiliser, depuis la page: https://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/files par exemple: https://forge.codelutin.com/attachments/download/3935/isis-fish-4.4.0.2-r43… Il faut ensuite réussir a mettre ces fichiers sur caparmor sur son compte. Sous linux on utiliserai (il faut etre dans le répertoire ou ont été téléchargés les fichiers): scp jdk-8u92-linux-x64.tar.gz isis-fish-4.4.0.2-r4346-bin.zip monlogin(a)caparmor.ifremer.fr: Attention au ':' a la fin et il faut remplacer monlogin par son nom sur caparmor. Pour changer de répertoire il faut utilise la commande (cd nom_du_repertoire, ls pour voir ce que le repertoire contient et pwd pour voir ou on est) Ensuite on va sur caparmor: ssh monlogin(a)caparmor.ifremer.fr et on tape les commandes: tar xvfz jdk-8u92-linux-x64.tar.gz unzip isis-fish-4.4.0.2-r4346-bin.zip les répertoires créés pour le jdk et isis s'affiche durant la décompression et doivent être (jdk1.8.0_92 et isis-fish-4.4.0.2-SNAPSHOT) Il faut utiliser ses chemins dans la configuration isis de l'ordinateur client à la place de ceux par défaut (ça doit être quelque chose comme /home/monlogin/jdk1.8.0_92) -- Benjamin POUSSIN -------------------- tél: +33 (0) 2 40 50 29 28 email: poussin(a)codelutin.com http://www.codelutin.com

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Fwd: Re: Fwd: Utilisation de caparmor depuis l exterieur de l ifremer
by Sigrid LEHUTA 26 May '16

26 May '16

Bonsoir, on m a conseillé d utiliser caparmor plutot ce week end (moins chargé) mais je ne suis pas sure que je puisse lancer isis et recuperer les simus (cf ci dessous). Si c est compliqué tant pis, je m'en passerai, par contre si ca vous parait simple, je veux bien des explications. Merci ! -------- Message transféré -------- Sujet : Re: Fwd: Utilisation de caparmor cette semaine Date : Wed, 25 May 2016 17:27:24 +0200 De : Denis Croizé-Fillon <Denis.Croize.Fillon(a)ifremer.fr> Pour : Sigrid LEHUTA <Sigrid.Lehuta(a)ifremer.fr> Copie à : Tina Odaka <Tina.Odaka(a)ifremer.fr>, CROIZE-FILLON <Denis.Croize.Fillon(a)ifremer.fr> Bonjour, Actuellement, le max sur la file est de 64 coeurs. L'accès depuis l'extérieur se fait via domicile (http://w3z.ifremer.fr/intraric/Mon-IntraRIC/Hors-du-bureau/Intranet/A-parti…) L'accès à domicile se fait avec vos identifiants extranet. Il faut alors lancer l'applet java (dernier choix de la page : java secure app manager) comme indiqué dans la partie ressources transmission de port. Une fois active, la connexion en ssh se fait par ssh -X -P 4022 slehuta@localhost (login et password intranet cette fois). Cela permet la connexion sur une machine (vbannec) à partir de laquelle ssh caparmor permet d'arriver sur caparmor. A tester avant le WE pour identifier les difficultés bonne fin de journée, Denis On 05/25/16 11:56, Tina Odaka wrote: > hi, > > you can start your job today, and i'll check if i can speed that up > during weekend, (you just need to submit all of your job, like > > you do normaly with isis-fish on your side, and i'll try to check on my > side) > > tina > > Le 2016-05-25 10:19, Sigrid LEHUTA a écrit : > >> Hi Tina >> thanks a lot. >> I am rusty about caparmor use and forgot the isis fish queue. How many cores do we have on it ? >> I need 1000 simulations for monday (depending on the machine 5 to 17 min per simulation). >> If I launch during the week end I would need to connect remotely, I dont know how to do that, but I ll try. >> >> Thanks ! >> >> Le 24/05/2016 21:00, Tina Odaka a écrit : >> >> Hi sigrid, >> >> i'm out of my office today and tomorrow. >> >> I guess what you want to do is to submit job to isis-fish? >> >> in that case you can use the queue isisfish as you used to do. >> >> when will you make presentation? >> >> also, how many simulation you will run? >> >> do you have any idea what time it will take for each simulation? >> >> as Denis answers you, the machine is full, but i think in weekends, it will go quite fast. >> >> regards, Tina >> >> Le 2016-05-24 19:17, Denis Croizé-Fillon a écrit : >> Bonsoir, >> >> Le max étant à 256 en soumettant sur parallel256, il y a donc moyen de soumettre deux jobs à 128, ce qui me parait répondre au besoin d'après la demande faite. >> Maintenant, la machine a une charge importante en ce moment et la dispo est donc limitée. Il n'est pas évident que ces jobs puissent s'exécuter rapidement, surtout au dela de 64 coeurs (parallel64). >> >> Denis >> >> Le 24/05/2016 18:43, Sigrid LEHUTA a écrit : >> Bonjour Denis, >> peux tu regarder le message ci-dessous. >> merci. >> Sigrid >> >> -------- Message transféré -------- >> >> SUJET : >> Utilisation de caparmor cette semaine >> >> DATE : >> Mon, 23 May 2016 18:15:41 +0200 >> >> DE : >> slehuta <slehuta(a)ifremer.fr> >> >> POUR : >> tina.odaka(a)ifremer.fr >> >> Bonjour Tina, >> >> après une longue absence, je vais avoir besoin de caparmor cette semaine (comme d'habitude en urgence pour préparer une conférence !). Serait il possible d'obtenir plus de coeur pour cette période ? 128 ca serait très bien, sinon Audric me "prête" les siens, il ne s en sert pas en ce moment, ca ferait 32. >> >> A partir de quand cela peut il etre operationnel ? ce soir ? >> >> Merci d'avance. >> >> Sigrid >> >> -- >> Sigrid LEHUTA >> ~ ><> ~ >> Ecologie et Modèles pour l'Halieutique >> IFREMER Nantes >> Rue de l'Ile d'Yeu - BP 21105, 44311 Nantes Cedex 03, France >> Tél : 02 40 37 42 38 (N° interne : 8238) >> >> Membre de l'Association Française d'Halieutique >> http://sirs.agrocampus-ouest.fr/AFH/index.php/en >> >> "The cautious modeller: craftsmanship without wizardry." A. Saltelli. -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER Nantes Rue de l'Ile d'Yeu - BP 21105, 44311 Nantes Cedex 03, France Tél : 02 40 37 42 38 (N° interne : 8238) Membre de l'Association Française d'Halieutique http://sirs.agrocampus-ouest.fr/AFH/index.php/en "The cautious modeller: craftsmanship without wizardry." A. Saltelli.

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Emplacement isis-config-4 windows
by Sigrid Lehuta 26 May '16

26 May '16

C:\Users\slehuta\AppData\Roaming

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caparmor
by Sigrid Lehuta 25 May '16

25 May '16

Hello, as tu pu voir le pb avec caparmor ? c est mon dernier espoir... Merci

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