[Isis-fish-users] PBS sur cluster

[Bastien Preuss]

Bonjour Eric,

 

Je viens de retester les simu sur le cluster, et ça ne marche pas encore.

Il n’y a plus l’erreur de la librairie, de ce coté là, c’est bon.

 

Par contre il semble que le gestionnaire de job ne reçoive pas bien
l’information pour lancer la simu.

On ne trouve pas de fichier de type attendu.

Je mets ci-dessous un fichier toto.pbs de la forme et avec les instructions
attendu par PBS. On arrive à faire tourner la simu en le lançant à la main.

 

Un autre soucis : le nom de la simu contient un espace (entre le nom entré
par l’utilisateur et la date incrémentée automatiquement), ça pose problème
lors de la lecture du fichier


 

 

 

 

Toto.pbs :

 

 

#PBS -S /bin/sh

 

### RAPPEL Lancement sur cluster Nea : "

###  qsub -q qLong toto.pbs

 

### JOB NAME

#PBS -N ISIS

 

### JOB CLASS

#PBS -q qLong

 

###Number of nodes

#PBS -l nodes=1:ppn=1

 

#PBS -l walltime=240:00:00

 

### Merge output error and log files

#PBS -j oe

 

### Ressources

 

# This job's working directory :

echo Working Directory is $PBS_O_WORKDIR

cd $PBS_O_WORKDIR

 

echo Running on host `hostname`

echo Time is `date`

echo Directory is `pwd`

echo This job runs on the following processors :

echo `cat $PBS_NODEFILE`

NPROCS=`wc -l < $PBS_NODEFILE`

echo This job has allocated $NPROCS nodes

 

echo $HOME

 

cd "/home/bpreuss/isis-fish-3.3.0.2"

pwd

 

##source /usr/share/modules/init/csh

##module load java/1.6.0

 

/home/bpreuss/jre1.6.0_19/bin/java -Xmx2500M -jar isis-fish*.jar --option
launch.ui false --option perform.vcsupdate false --option perform.migration
false --option perform.cron false --simulateRemotelly
"sim_sim_test_1_2010-04-19-16-52_2010-04-29-08-51"
"/home/bpreuss/isis-tmp/simulation-sim_sim_test_1_2010-04-19-16-52_2010-04-2
9-08-51-preparation.zip"
"/home/bpreuss/isis-tmp/simulation-sim_sim_test_1_2010-04-19-16-52_2010-04-2
9-08-51-result.zip" >&
"/home/bpreuss/isis-tmp/simulation-sim_sim_test_1_2010-04-19-16-52_2010-04-2
9-08-51-output.txt"

 

 

###rm -rf
"$HOME/isis-database-3/simulations/sim_sim_test_1_2010-04-19-16-52_2010-04-2
0-15-25"

 

 

 

 

 

 

 

Bastien Preuss

Doctorant (PhD Student)

IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie

101 Promenade Roger Laroque

BP A5

98848 Noumea cedex

New-Caledonia

Tel: (+687) 260 723

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