April 2010 - Isis-fish-users - mailman.cloud.codelutin.com

Re: [Isis-fish-users] ouverture Région
by Eric Chatellier April 14, 2010

April 14, 2010

Le 14/04/2010 01:22, Bastien Preuss a écrit : > > Bonjour Eric, > Bonjour, > > Une fois la fenêtre ISIS Ouverte : impossible d’ouvrir les onglets en > cliquant avec la souris > Tu es sur un vrai poste linux, ou est-ce un accès linux distant ? Le probleme de la souris ne me parait pas être spécifique à Isis dans ce cas, mais plutôt à environnement d'exécution. Les autres applications fonctionne-t-elle correctement ? > > en utilisant le clavier j’ai pu demander de charger la DemoRegion, et > j’obtiens l’erreur suivante (je mets aussi le Debug en PJ) : > Ok, il n'y a aucune erreur pertinente dans le debug actuel. Il est possible que l'erreur soit apparu au premier lancement d'Isis et que lors de la récupération de isis-database-3, la region DemoRegion se soit mal initialisée. Tu peut peut-être essayer de supprimer le dossier DemoRegion pour que Isis en récupère un. Sinon, y a-t-il toujours l'erreur avec une autre région ? -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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ouverture Région
by Bastien Preuss April 13, 2010

April 13, 2010

Bonjour Eric, Une fois la fenêtre ISIS Ouverte : impossible douvrir les onglets en cliquant avec la souris, en utilisant le clavier jai pu demander de charger la DemoRegion, et jobtiens lerreur suivante (je mets aussi le Debug en PJ) : Erreur Message: fr.ifremer.isisfish.datastore.StorageException: Can't find FisheryRegion in this Region Level: SEVERE Stack Trace: Can't find FisheryRegion in this Region fr.ifremer.isisfish.datastore.RegionStorage.getFisheryRegion(RegionStorage.j ava:392) fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputAction.loadRegion(InputAction.java:373) fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputUI.loadRegion(InputUI.java:133) fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputUI$1.run(InputUI.java:121) java.awt.event.InvocationEvent.dispatch(InvocationEvent.java:209) java.awt.EventQueue.dispatchEvent(EventQueue.java:597) java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(EventDispatchThread.java :269) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(EventDispatchThread.java:18 4) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(EventDispatchThread.java :174) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:169) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:161) java.awt.EventDispatchThread.run(EventDispatchThread.java:122) Une erreur est apparue pendant le recherche (requête FROM fr.ifremer.isisfish.entities.FisheryRegion) : could not execute query org.nuiton.topia.framework.TopiaContextImpl.find(TopiaContextImpl.java:802) org.nuiton.topia.framework.TopiaQuery.execute(TopiaQuery.java:767) org.nuiton.topia.framework.TopiaQuery.executeToEntityList(TopiaQuery.java:79 4) org.nuiton.topia.framework.TopiaQuery.executeToEntityList(TopiaQuery.java:83 6) org.nuiton.topia.persistence.TopiaDAOImpl.findAll(TopiaDAOImpl.java:707) fr.ifremer.isisfish.datastore.RegionStorage.getFisheryRegion(RegionStorage.j ava:385) fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputAction.loadRegion(InputAction.java:373) fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputUI.loadRegion(InputUI.java:133) fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputUI$1.run(InputUI.java:121) java.awt.event.InvocationEvent.dispatch(InvocationEvent.java:209) java.awt.EventQueue.dispatchEvent(EventQueue.java:597) java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(EventDispatchThread.java :269) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(EventDispatchThread.java:18 4) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(EventDispatchThread.java :174) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:169) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:161) java.awt.EventDispatchThread.run(EventDispatchThread.java:122) could not execute query org.hibernate.exception.SQLStateConverter.convert(SQLStateConverter.java:90) org.hibernate.exception.JDBCExceptionHelper.convert(JDBCExceptionHelper.java :66) org.hibernate.loader.Loader.doList(Loader.java:2235) org.hibernate.loader.Loader.listIgnoreQueryCache(Loader.java:2129) org.hibernate.loader.Loader.list(Loader.java:2124) org.hibernate.loader.hql.QueryLoader.list(QueryLoader.java:401) org.hibernate.hql.ast.QueryTranslatorImpl.list(QueryTranslatorImpl.java:363) org.hibernate.engine.query.HQLQueryPlan.performList(HQLQueryPlan.java:196) org.hibernate.impl.SessionImpl.list(SessionImpl.java:1149) org.hibernate.impl.QueryImpl.list(QueryImpl.java:102) org.nuiton.topia.framework.TopiaContextImpl.find(TopiaContextImpl.java:798) org.nuiton.topia.framework.TopiaQuery.execute(TopiaQuery.java:767) org.nuiton.topia.framework.TopiaQuery.executeToEntityList(TopiaQuery.java:79 4) org.nuiton.topia.framework.TopiaQuery.executeToEntityList(TopiaQuery.java:83 6) org.nuiton.topia.persistence.TopiaDAOImpl.findAll(TopiaDAOImpl.java:707) fr.ifremer.isisfish.datastore.RegionStorage.getFisheryRegion(RegionStorage.j ava:385) fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputAction.loadRegion(InputAction.java:373) fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputUI.loadRegion(InputUI.java:133) fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputUI$1.run(InputUI.java:121) java.awt.event.InvocationEvent.dispatch(InvocationEvent.java:209) java.awt.EventQueue.dispatchEvent(EventQueue.java:597) java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(EventDispatchThread.java :269) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(EventDispatchThread.java:18 4) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(EventDispatchThread.java :174) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:169) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:161) java.awt.EventDispatchThread.run(EventDispatchThread.java:122) Table "FISHERYREGION" not found; SQL statement: select fisheryreg0_.topiaId as topiaId59_, fisheryreg0_.topiaVersion as topiaVer2_59_, fisheryreg0_.topiaCreateDate as topiaCre3_59_, fisheryreg0_.name as name59_, fisheryreg0_.minLongitude as minLongi5_59_, fisheryreg0_.maxLongitude as maxLongi6_59_, fisheryreg0_.minLatitude as minLatit7_59_, fisheryreg0_.maxLatitude as maxLatit8_59_, fisheryreg0_.cellLengthLongitude as cellLeng9_59_, fisheryreg0_.cellLengthLatitude as cellLen10_59_, fisheryreg0_.mapFiles as mapFiles59_, fisheryreg0_.comment as comment59_ from fisheryRegion fisheryreg0_ [42102-128] org.h2.message.Message.getSQLException(Message.java:110) org.h2.message.Message.getSQLException(Message.java:121) org.h2.message.Message.getSQLException(Message.java:74) org.h2.command.Parser.readTableOrView(Parser.java:4355) org.h2.command.Parser.readTableFilter(Parser.java:1015) org.h2.command.Parser.parseSelectSimpleFromPart(Parser.java:1543) org.h2.command.Parser.parseSelectSimple(Parser.java:1640) org.h2.command.Parser.parseSelectSub(Parser.java:1537) org.h2.command.Parser.parseSelectUnion(Parser.java:1382) org.h2.command.Parser.parseSelect(Parser.java:1370) org.h2.command.Parser.parsePrepared(Parser.java:409) org.h2.command.Parser.parse(Parser.java:292) org.h2.command.Parser.parse(Parser.java:264) org.h2.command.Parser.prepareCommand(Parser.java:236) org.h2.engine.Session.prepareLocal(Session.java:417) org.h2.engine.Session.prepareCommand(Session.java:378) org.h2.jdbc.JdbcConnection.prepareCommand(JdbcConnection.java:1070) org.h2.jdbc.JdbcPreparedStatement.<init>(JdbcPreparedStatement.java:73) org.h2.jdbc.JdbcConnection.prepareStatement(JdbcConnection.java:233) org.hibernate.jdbc.AbstractBatcher.getPreparedStatement(AbstractBatcher.java :534) org.hibernate.jdbc.AbstractBatcher.getPreparedStatement(AbstractBatcher.java :452) org.hibernate.jdbc.AbstractBatcher.prepareQueryStatement(AbstractBatcher.jav a:161) org.hibernate.loader.Loader.prepareQueryStatement(Loader.java:1577) org.hibernate.loader.Loader.doQuery(Loader.java:696) org.hibernate.loader.Loader.doQueryAndInitializeNonLazyCollections(Loader.ja va:259) org.hibernate.loader.Loader.doList(Loader.java:2232) org.hibernate.loader.Loader.listIgnoreQueryCache(Loader.java:2129) org.hibernate.loader.Loader.list(Loader.java:2124) org.hibernate.loader.hql.QueryLoader.list(QueryLoader.java:401) org.hibernate.hql.ast.QueryTranslatorImpl.list(QueryTranslatorImpl.java:363) org.hibernate.engine.query.HQLQueryPlan.performList(HQLQueryPlan.java:196) org.hibernate.impl.SessionImpl.list(SessionImpl.java:1149) org.hibernate.impl.QueryImpl.list(QueryImpl.java:102) org.nuiton.topia.framework.TopiaContextImpl.find(TopiaContextImpl.java:798) org.nuiton.topia.framework.TopiaQuery.execute(TopiaQuery.java:767) org.nuiton.topia.framework.TopiaQuery.executeToEntityList(TopiaQuery.java:79 4) org.nuiton.topia.framework.TopiaQuery.executeToEntityList(TopiaQuery.java:83 6) org.nuiton.topia.persistence.TopiaDAOImpl.findAll(TopiaDAOImpl.java:707) fr.ifremer.isisfish.datastore.RegionStorage.getFisheryRegion(RegionStorage.j ava:385) fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputAction.loadRegion(InputAction.java:373) fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputUI.loadRegion(InputUI.java:133) fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputUI$1.run(InputUI.java:121) java.awt.event.InvocationEvent.dispatch(InvocationEvent.java:209) java.awt.EventQueue.dispatchEvent(EventQueue.java:597) java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(EventDispatchThread.java :269) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(EventDispatchThread.java:18 4) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(EventDispatchThread.java :174) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:169) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:161) java.awt.EventDispatchThread.run(EventDispatchThread.java:122) Merci. Bastien Bastien Preuss Doctorant (PhD Student) IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie 101 Promenade Roger Laroque BP A5 98848 Noumea cedex New-Caledonia Tel: (+687) 260 723 P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité

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Re: [Isis-fish-users] installation isis sur cluster
by Eric Chatellier April 13, 2010

April 13, 2010

Le 13/04/2010 01:26, Bastien Preuss a écrit : > > Bonjour Eric, > > Bonjour, > > J’ai relancé ISIS sur la machine LINUX à distance depuis mon ordi sous > Windows et là ça semble marcher. La fenêtre ISIS s’ouvre par contre je > n’arrive ni à ouvrir la DemoRegion ni a importer de Region, il ne met > pas de message d’erreur… > > Je mets le Debug en PJ. > Le fichier debug.txt a une forme très étrange. (par défaut il n'affiche pas toutes les lignes [Loaded ...) Avez vous modifier les options de lancement (go.sh) ? Il manque pas mal de données de fin de chargement et d'essai d'ouverture de région, donc les erreurs ne sont pas présentes dans se fichier. -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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Demo (potentiellement) deffectueuse dans ISIS 3.3.0.1?!
by Jessica Andre April 13, 2010

April 13, 2010

Bonjour, Je suis une toute nouvelle utilisatrice de ISI-Fish et j'apprends les rudiments du programme. J'essaye de lancer la démonstration (« DemoRegion ») qui vient avec la version que j'ai téléchargé (3.3.0.1) mais ca ne marche pas... Parfois ISIS refuse de télécharger l'exemple, et quand il le fait, il semble incomplet (ex. juste une grille dans l'océan sans pas de carte de fond, si je lance la simulation il ne produit pas de résultats). Est-ce-que ce problème vient de l'exemple lui-même ou de mon incompétences a utiliser le programme (c'est toujours une possibilité...) Y-a-t-il aussi d'autres exemples de simulations que je pourrais accéder pour cette nouvelle version d'ISIS-Fish?! J'ai trouvé un autre exemple de paramétrisation sur le site web mais il n'y a pas de dossier correspondant (Test param.zip). Merci d'avance Jess ******************************************************************************** Dr Jessica André Junior Research Fellow (Resource Security & Harvest Strategy) Tasmanian Aquaculture and Fisheries Institute (TAFI) University of Tasmania ': (03) 6227 7284 /Int: +61 3 6227 7284 Private Bag 49, Hobart, TAS 7001 6: (03) 6227 8035 /Int: +61 3 6227 8035 Australia *: Jessica.Andre(a)utas.edu.au * http://fcms.its.utas.edu.au/scieng/mrl/pagedetails.asp?lPersonId=3177 ********************************************************************************

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installation isis sur cluster
by Bastien Preuss April 12, 2010

April 12, 2010

Bonjour Eric, Jai relancé ISIS sur la machine LINUX à distance depuis mon ordi sous Windows et là ça semble marcher. La fenêtre ISIS souvre par contre je narrive ni à ouvrir la DemoRegion ni a importer de Region, il ne met pas de message derreur Je mets le Debug en PJ. Merci. Bastien Bastien Preuss Doctorant (PhD Student) IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie 101 Promenade Roger Laroque BP A5 98848 Noumea cedex New-Caledonia Tel: (+687) 260 723 P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité

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installation isis sur cluster
by Bastien Preuss April 12, 2010

April 12, 2010

Bonjour, Une question pour Eric ! Nous avons installé ISIS sur le cluster ainsi que jre, mais il semble y avoir des problèmes de chemin. Nous avons essayé de rajouter une ligne Headless = TRUE dans le go.sh, mais on obtient aussi des erreurs. Je mets en PJ le Debug, si tu vois comment résoudre le pb. Merci. Bastien Bastien Preuss Doctorant (PhD Student) IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie 101 Promenade Roger Laroque BP A5 98848 Noumea cedex New-Caledonia Tel: (+687) 260 723 P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité

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[Fwd: Structure en age ou en taille]
by Sigrid LEHUTA April 7, 2010

April 7, 2010

hello, je met en copie la liste users au cas ou qqn y comprenne qqch ... je rigole ;-) mais qqn a peut etre plus d experience que moi avec les structures en longueur... mais je veux denoncer personne ! Alors, j ai parcouru le doc vite fait et apparemment toutes les infos dépendent de la taille. ca me parait donc plus pertinent de structurer la population en longueur. Et justement si seule une abondance par classe de longueur est dispo, la structure en taille est toute indiquee. par contre il va quand meme falloir que tu aies une idee de la vitesse de croissance pour avoir les probabilités de passage d'une classe à l'autre à chaque saison. ici ils renseignent un taux de croissance annuel constant qui pourrait te donner une clé taille-age, les deux structures taille et age pourraient donc etre equivalentes... mais à mon avis c est plus logique en longueur, en plus la structure en longueur offre une plus grande flexibilité : potentiellement moins de classes, tu peux reprendre les bornes de classes pour lesquelles les données sont disponibles etc... Seul hic : les calculs de probabilités de changement de classe sont parfois compliqués... pour les effectifs par zones, j avais un jeu de données d'abondance magnifique grace a l'acoustique. quand a la structure en taille elle est extrapolée des chalutages scientifiques les plus proches (en plus c est pas moi qui ait fait tout ca c etait deja disponible). donc la méthode que tu proposes, si je la comprends bien, semble valable. j espere que j ai ete claire :-\ Bon courage ! -------- Message original -------- Sujet : Structure en age ou en taille Date : Wed, 7 Apr 2010 11:25:25 -0400 De : Benoit Archambault <benarcha(a)gmail.com> Pour : sigrid.lehuta(a)ifremer.fr Coucou, est ce que c'est envisageable d'utiliser une structure en taille sur une espèce de poisson si on n'a aucune relation taille age, donc pas d'abondance par classe d'age. Mais peut être possibilité d'extrapoler une abondance par zone a partir de relevés scientifiques (nb par trait de chalut) et après appliquer a ca une distribution en taille. T'avais fait comment pour calculer l'abondance par zone des anchois a partir des donnes pelgaz ? Ici ca me parait quand meme un peu artificiel sachant que les distributions en taille proviennent d individus captures (observation en mer quand même pas que débarquement). Je pense pas etre super clair donc j'ai joint l'évaluation de stock pour l'espèce concernée pour te donner une idee des donnees dispos. Merci, Benoit -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Doctorante Département Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER, rue de l'ile d'Yeu BP 21105 44311 Nantes Cedex 03 Tél : +33 (0)2 40 37 41 23 (interne : 8123)

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Isis-Fish 3.3.0.2 est disponible
by Eric Chatellier April 7, 2010

April 7, 2010

Bonjour, Une nouvelle version d'Isis-Fish est disponible au téléchargement à l'adresse : http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/wiki-moin/instance/cgi-bin/moin.… Cette version corrige : * un problème de migration pour les régions sans carte * un problème de sauvegarde impossible sur une région en cours d'édition * un problème de relancement des simulations locales Le changelog complet est disponible à l'adresse : http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/wiki-moin/instance/cgi-bin/moin.… -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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Probleme avec isis-database-3 pour la V3.2 et V3.3
by Stephanie.Mahevas＠ifremer.fr April 6, 2010

April 6, 2010

Bonjour j'ai rencontré les problèmes suivants dans les 2 configurations - pas de isis et donc pas de isis-database 3 - suppression de isis-database-3 de la version courante avant de mettre une nouvelle version d'isis Je lance ISIS 3.2 message d'erreur : votre base de donnée locale chemin\isis-database-3 n'utilise pas un protocole correct. Voulez-vous faire une sauvegarde de cette base et récupérer une meilleure version? » si je clique sur non : il apparait une fenetre d'erreur can't load class: scripts.ResultName fr.ifremer.isisfish.IsisFishException: Can't load class: scripts.ResultName at fr.ifremer.isisfish.datastore.JavaSourceStorage.getCodeClass(JavaSourceStorage.java:142) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.getResultNames(SimulAction.java:239) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.init(SimulAction.java:138) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.<init>(SimulAction.java:122) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeTabUI.createSimulUI(WelcomeTabUI.java:459) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeTabUI.$initialize(WelcomeTabUI.java:290) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeTabUI.<init>(WelcomeTabUI.java:89) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeUI.$initialize(WelcomeUI.java:677) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeUI.<init>(WelcomeUI.java:182) at fr.ifremer.isisfish.IsisFish.launchUI(IsisFish.java:505) at fr.ifremer.isisfish.IsisFish.main(IsisFish.java:143) à force de cliquer, elle se ferme et isis se lance mais simulation impossible si je clique sur oui :isis se lance mais simulation impossible Je lance ISIS3.3.0.1 c'est idem... WARN « la base de donnée n'a pu etre trouvee ou telechargée vous pouvez la telechargez depuis le site ... » en cliquant sur oui, il y a le message d'erreur « impossible d'obtenir la liste des résultats » ca vient de quoi ?????????? merci stephanie

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Attention : target factors dans une base multi-specifique
by Sigrid LEHUTA April 2, 2010

April 2, 2010

Salut, je viens de m'apercevoir d un piège piégeux. Lorsqu'on a plus d'une espèce, il est obligatoire de renseigner les target factors des métiers pour chaque espece meme si elle n est pas ciblée. Qqn peut-il me le confirmer ? Il semblerait que la valeur par defaut des target factors soit 1. Si c est bien le cas, il me semble que zéro serait mieux, mais à valider avec les autres avant modif. A+ -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Doctorante Département Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER, rue de l'ile d'Yeu BP 21105 44311 Nantes Cedex 03 Tél : +33 (0)2 40 37 41 23 (interne : 8123)

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