December 2022 - Isis-fish-users - mailman.cloud.codelutin.com

Ressources Isis-fish
by Postmaster ISIS-Fish Dec. 31, 2022

Dec. 31, 2022

Amis utilisateurs d'ISIS-Fish, Ce mail automatique, envoyé tous les 3 mois sur les listes de diffusions du projet, a pour but de vous rappeler toutes les ressources disponibles pour toutes vos éventuelles questions et problèmes. Documentation et manuel utilisateurs ------------------------------------ La documentation d'ISIS-Fish est présente sur le site à cette adresse : http://isis-fish.org/index.html. N'hésitez pas à nous remonter les parties qui ne sont pas claires ou les parties qui ne sont pas à jour, le logiciel évoluant, certaines parties de la documentation sont peut-être obsolètes. Questions et FAQ ---------------- Vous pouvez poser vos questions à cette même liste de diffusion en envoyant un mail à isis-fish-users(a)list.isis-fish.org. Toutes les personnes abonnées le recevront et pourront répondre à vos éventuelles questions. N'oubliez pas, avant de poser votre question, de rechercher parmis les archives de la liste (http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/) votre question a peut-être déjà été posée. Les questions les plus fréquemment posées sont regroupées sur le site sur la page FAQ : http://isis-fish.org/v4/user/FAQ.html Forge, rapports de bug, suivi des évolutions -------------------------------------------- Si vous rencontrez un bug, vous pouvez vérifier sur la forge ISIS-Fish (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/issues) si nous en avons déjà connaissance. Si nous n'en avons pas connaissance, vous pouvez nous rapporter le bug, nous l'intègrerons dans la liste des évolutions prévues (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/roadmap) Pour rapporter un bug (ou une demande d'évolution), donnez nous le maximum de détails sur ce bug (comment vous l'avez obtenu ? votre base, vos paramètres et le fichier debug.txt). Plus nous avons d'informations, plus nous pourrons vous aider simplement. L'équipe ISIS-Fish

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[ANN] - ISIS-Fish 4.4.7.3 released
by Eric Chatellier Dec. 20, 2022

Dec. 20, 2022

The ISIS-Fish team is pleased to announce the isis-fish-4.4.7.2 release! Simulateur de pêcherie complexe. Documentation of the project can be found here: http://isis-fish.org Changes ------- #11853: Pouvoir supporter les très grandes matrices Downloads --------- For a manual installation, you can download files here: https://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/files * https://forge.codelutin.com/attachments/download/7317/isis-fish-4.4.7.3-bin… Have fun! -ISIS-Fish team -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

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lancement planb de simu sur datarmor depuis l interface isis ou depuis datarmor
by Sigrid LEHUTA Dec. 19, 2022

Dec. 19, 2022

Bonsoir, on veut lancer un plan de simulation tres long sur datarmor, si on le lance depuis l interface, peut on fermer isis (et l ordi) avant la fin du plan ? Alternativement peut on simplement préparer la simulation incluant le plan et la lancer directement depuis datarmor ? merci -- NB : Please note that I do not work on Wednesdays Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER Nantes Rue de l'Ile d'Yeu - BP 21105, 44311 Nantes Cedex 03, France Tél : 02 40 37 42 38 (N° interne : 8238) Membre de l'Association Française d'Halieutique https://www.association-francaise-halieutique.fr/

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error
by Sigrid LEHUTA Dec. 12, 2022

Dec. 12, 2022

Hello j'ai cette erreur en simulation V4.4.7.2. (base en pj) Nous avons bcp de cellules et on utilise le Simulateur par cellule. Vu la taille de la matrice problematique, c ets surement qqch par cellule... mais je ne sais pas où chercher le problème. D'autre part en vérifiant la région j'ai ce warning alors que cela semble correct. fr.ifremer.isisfish.entities.Population hake_age_emu1 warning interval entre la reproduction et le recrutement invalide fr.ifremer.isisfish.entities.Population hake_age_emu1 warning distribution de recrutement invalide Merci d'avance ! en pj la base ERROR|12:09:41,042|InProcessSimulatorLauncher.java|483|localSimulateSameThread|Errorduringsimulation java.lang.IllegalArgumentException:pos2005832363isnotin[0,2004690912] atorg.nuiton.math.matrix.DoubleSparseHashVector.checkPos(DoubleSparseHashVector.java:152)~[nuiton-matrix-2.6.jar:2.6] atorg.nuiton.math.matrix.DoubleSparseHashVector.setValue(DoubleSparseHashVector.java:169)~[nuiton-matrix-2.6.jar:2.6] atorg.nuiton.math.matrix.LazyVector.setValue(LazyVector.java:118)~[nuiton-matrix-2.6.jar:2.6] atorg.nuiton.math.matrix.BasicMatrix.setValue(BasicMatrix.java:201)~[nuiton-matrix-2.6.jar:2.6] atorg.nuiton.math.matrix.MatrixNDImpl.setValue(MatrixNDImpl.java:190)~[nuiton-matrix-2.6.jar:2.6] atorg.nuiton.math.matrix.AbstractMatrixND.setValue(AbstractMatrixND.java:393)~[nuiton-matrix-2.6.jar:2.6] atscripts.SiMatrixEffortByCell.matrixFishingMortalityPerCell_aroundBody14(SiMatrixEffortByCell.java:345)~[?:?] atscripts.SiMatrixEffortByCell$AjcClosure15.run(SiMatrixEffortByCell.java:1)~[?:?] atorg.aspectj.runtime.reflect.JoinPointImpl.proceed(JoinPointImpl.java:167)~[aspectjweaver-1.9.7.jar:?] atfr.ifremer.isisfish.util.cache.IsisCache.realCall(IsisCache.java:196)~[isis-fish-4.4.7.2.jar:4.4.7.2] atfr.ifremer.isisfish.util.cache.IsisCache.get(IsisCache.java:137)~[isis-fish-4.4.7.2.jar:4.4.7.2] atfr.ifremer.isisfish.aspect.CacheAspect.call(CacheAspect.java:73)~[?:?] atscripts.SiMatrixEffortByCell.matrixFishingMortalityPerCell(SiMatrixEffortByCell.java:280)~[?:?] atscripts.SiMatrixEffortByCell.matrixAbundance_aroundBody8(SiMatrixEffortByCell.java:193)~[?:?] atscripts.SiMatrixEffortByCell$AjcClosure9.run(SiMatrixEffortByCell.java:1)~[?:?] atorg.aspectj.runtime.reflect.JoinPointImpl.proceed(JoinPointImpl.java:167)~[aspectjweaver-1.9.7.jar:?] atfr.ifremer.isisfish.util.cache.IsisCache.realCall(IsisCache.java:196)~[isis-fish-4.4.7.2.jar:4.4.7.2] atfr.ifremer.isisfish.util.cache.IsisCache.get(IsisCache.java:137)~[isis-fish-4.4.7.2.jar:4.4.7.2] atfr.ifremer.isisfish.aspect.CacheAspect.call(CacheAspect.java:73)~[?:?] atscripts.SiMatrixEffortByCell.matrixAbundance(SiMatrixEffortByCell.java:193)~[?:?] atsimulators.DefaultSimulator.computeMonth(DefaultSimulator.java:517)~[?:?] atsimulators.DefaultSimulator.simulate(DefaultSimulator.java:242)~[?:?] atfr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher.localSimulateSameThread(InProcessSimulatorLauncher.java:432)[isis-fish-4.4.7.2.jar:4.4.7.2] atfr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher$SimThread.run(InProcessSimulatorLauncher.java:260)[isis-fish-4.4.7.2.jar:4.4.7.2] -- NB : Please note that I do not work on Wednesdays Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER Nantes Rue de l'Ile d'Yeu - BP 21105, 44311 Nantes Cedex 03, France Tél : 02 40 37 42 38 (N° interne : 8238) Membre de l'Association Française d'Halieutique https://www.association-francaise-halieutique.fr/

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Soutenance de thèse 13 décembre 2022
by Charlotte Sève Dec. 9, 2022

Dec. 9, 2022

Chers utilisateurs d'Isis-fish, J'ai le plaisir de vous annoncer que je soutiendrai ma thèse le mardi 13 décembre à 14h à la Maison de l'Océan (petit amphithéâtre), à Paris. Pour les personnes souhaitant assister à cette soutenance, vous pouvez venir si vous le souhaitez, je vous y croiserai avec plaisir ! Je vous enverrai bientôt un lien permettant de suivre la soutenance en visioconférence. Voici le résumé de ma thèse : Face aux enjeux croissants liés à la protection de l’environnement marin, il est urgent de développer des solutions de gestion durables, conciliant à la fois un bon état écologique et une exploitation durable des ressources. Les aires marines protégées (AMP) cristallisent les tensions entre ces deux pôles, et l’état actuel de la protection mondiale de l’océan en témoigne. Alors que les AMP intégralement protégées (i.e. au sein desquelles aucun usage extractif n’est autorisé) sont les plus efficaces écologiquement, elles représentent moins de 2% des AMP mises en place, la majorité d’entre elles étant partiellement protégées (i.e. autorisent des usages extractifs sous certaines conditions). Ces dernières ont été classifiées en différents niveaux de protection, et on sait que seules les plus restrictives sont efficaces écologiquement. Cependant, les impacts halieutiques spécifiques de chaque niveau de protection n’ont encore jamais été étudiés, alors même que ces informations sont centrales dans les processus de décision nécessaires à la mise en place des AMP. A fortiori, cette efficacité halieutique n’a jamais été évaluée dans le cadre d’un réseau composé d’aires marines intégralement et partiellement protégées –des réseaux multi-niveaux de protection. Aujourd’hui, alors que de nouveaux objectifs internationaux sont discutés dans le but de protéger une plus grande partie de l’océan avec des AMP, il est nécessaire d’évaluer les impacts des différents niveaux de protection, spécifiquement. L’objectif général de ce travail de doctorat est donc de déterminer les possibles impacts écologiques et halieutiques des réseaux multi-niveaux de protection, à court, moyen et long terme. Afin de répondre à cette question, ce travail se divise en trois parties complémentaires qui prennent pour cas d’étude une espèce bentho-pélagique côtière surexploitée commercialement. Dans un premier chapitre, à l'aide d'un modèle de métapopulation nous comparons les impacts écologiques et halieutiques de la mise en oeuvre d'une gestion non spatialisée, d’une grande AMP ou de réseaux d'AMP, et nous évaluons comment l'ampleur des deux résultats est influencée par la connectivité larvaire et par la quantité d’effort de pêche déplacée par l’AMP. Dans un deuxième chapitre, nous combinons l’utilisation de ce même modèle à une analyse de données in situ issues de trois réseaux de Méditerranée afin de déterminer si ces résultats théoriques peuvent s’observer de manière empirique, et si la dynamique spatiale d’effort de pêche peut influencer les bénéfices de ces réseaux. Enfin, dans un troisième chapitre, nous nous concentrons sur les niveaux de protection définis au sein du Guide des AMP et utilisons le modèle de pêcherie mixte ISIS-fish afin de déterminer comment différents réseaux multi-niveaux de protection permettent de répondre aux objectifs de conservation et de gestion des pêches. Je vous souhaite à tous une bonne semaine, -- *Charlotte Sève*, PhD Student CRIOBE - UAR 3278 (CNRS-EPHE-UPVD) Phone: +33 6 21 10 10 16 Skype: charlotteseve -- *Charlotte Sève*, PhD Student CRIOBE - UAR 3278 (CNRS-EPHE-UPVD) Phone: +33 6 21 10 10 16 Skype: charlotteseve

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analyse de sensibilité - paramètre de règle
by Stephanie MAHEVAS Dec. 8, 2022

Dec. 8, 2022

Salut je veux lancer une AS avec l'interface d'AS d'ISIS. Quand je selectionne un parametre d'une regle en tant que discret fini (par exemple survie de la regle TACpoids), je choisis ensuite un nombre de valeurs et je remplis ensuite chaque valeur. A la sauvegarde, j'ai le message d'erreur facteur invalide... j'ai attaché le debug mais il ne semble y avoir aucun message associé à ce probleme. Quelqu'un a une idée ? merci Stephanie -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS UMR DECOD (Dynamique et durabilité des écosystèmes : de la source à l'océan) IFREMER/HALGO/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) https://annuaire.ifremer.fr/cv/16343/ Tel: (33) 2 40 37 41 81 - 06 75 83 59 33 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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pb switch() / case
by Stephanie MAHEVAS Dec. 2, 2022

Dec. 2, 2022

hello une aide ? merci Stephanie 1. ERROR in C:\Users\smahevas\C-ISISFish\isis-fish-4\isis-temp\tmp-20221201094535-853357926\checkPopulationReproductionEquation10797508798142475965Equation.java (at line 52) case 5,6,7,8,9,10,11,12,13,14 : ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ Multi-constant case labels supported from Java 14 onwards only avec java version "17.0.2" 2022-01-18 LTS Java(TM) SE Runtime Environment (build 17.0.2+8-LTS-86) Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (build 17.0.2+8-LTS-86, mixed mode, sharing) et le script reproduction complet : double Ktemp = context.getValueAndCompute("nephrops.reproductionEquation.Ktemp", 1); int Kint = (int)Ktemp; TimeStep step = context.getSimulationControl().getStep(); int y = step.getYear(); MatrixND Biom = context.getResultManager().getMatrix(step,pop,"matrixBiomass"); for (MatrixIterator i=Biom.iterator(); i.hasNext();) { i.next(); Object [] sems = i.getSemanticsCoordinates(); PopulationGroup group = (PopulationGroup)sems[0]; i.setValue(i.getValue()* group.getMaturityOgive()); } MatrixND prop = Biom.sumOverDim(0).reduceDims(0); double ssb = Biom.sumAll(); prop = prop.divs(ssb); double Rtot=0.0; switch(Kint){ case 1 : // Beverton & Holt double abv = 1; double bbv = 1; Rtot = abv*ssb/(bbv+ssb); break; case 2 : // a*ssb*exp(-b*ssb) - Ricker double ar=0.5; double br=0.005; Rtot = ar*ssb*Math.exp(-br*ssb); break; case 3 : // Hockey Stick double ahs=10; double ssbt = 7.3E7 ; if (ssb < ssbt) {Rtot = ahs*ssb;} else {Rtot = ahs*ssbt;} break; case 4 : // repro fecondite double compt=0; for (Zone zone : zoneRepro){ compt=0; for (PopulationGroup group : groups){ double cf = Ktemp * group.getReproductionRate(); compt += N.getValue(group, zone) * cf; } result.setValue(zone, compt*prepro); } break; case 5,6,7,8,9,10,11,12,13,14 : // aleatoire unif[min-max] double [][] matrixR = {{0.11178995, 0.95123978, 0.05388496, 0.30427033, 0.88097277}, {0.61318827, 0.86325772, 0.59521774, 0.97951352, 0.39522985}, {0.84762444, 0.81945931, 0.17035498, 0.98107093, 0.30626818}, {0.73545519, 0.52408773, 0.56679328, 0.90386484, 0.94130219}, {0.84378708, 0.14061830, 0.23156422, 0.71417364, 0.54878101}, {0.64332233, 0.01433846, 0.22262234, 0.65167476, 0.22910183}, {0.06130198, 0.40996938, 0.97397125, 0.69185333, 0.29951089}, {0.67789114, 0.43629884, 0.52475169, 0.14057724, 0.98577644}, {0.90164408, 0.68106970, 0.85784589, 0.20025039, 0.97989699}, {0.54700931, 0.07277969, 0.04077778, 0.37232379, 0.95016336} }; double ssbtmin = 7.3E7; double ssbtmax = 9.0E7; Rtot = matrixR[Kint][y]*(ssbtmax-ssbtmin)+ssbtmin; break; } // fin du switch if (Kint!=4) { for(Zone zone:zoneRepro){ double propZone=prop.getValue(zone); result.setValue(zone,propZone*Rtot); } } return 0; -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS UMR DECOD (Dynamique et durabilité des écosystèmes : de la source à l'océan) IFREMER/HALGO/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) https://annuaire.ifremer.fr/cv/16343/ Tel: (33) 2 40 37 41 81 - 06 75 83 59 33 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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