April 2011 - Isis-fish-users - mailman.cloud.codelutin.com

Isis-Fish 3.3.0.8 est disponible
by Eric Chatellier April 5, 2011

April 5, 2011

Bonjour, Une nouvelle version d'Isis-Fish est disponible au téléchargement à l'adresse : http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/wiki-moin/instance/cgi-bin/moin.… Changements : * Correction d'une erreur lors de la visualisation des saisons d'une population Le changelog complet est disponible à l'adresse : http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/wiki-moin/instance/cgi-bin/moin.… -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com

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Fwd: script calibration un seul paramètre
by Sigrid.Lehuta＠ifremer.fr April 4, 2011

April 4, 2011

Salut Jessica, desolee mais l erreur de code mise a part, tu ne peux pas utiliser un simplex à DEUX dimensions pour calibrer un seul paramètre. ca sert optimiser conjointement 2 paramètres. Attention a n'etre pas trop naif vis a vis des méthodes proposées dans isis, on est loin du clef en main ! mieux vaut y jeter un oeil pour les cerner avant de les appliquer. je met en pj le bouquin sur les simplex et la ref est sur le wiki. La methode codee pour optimiser un seul param (une parmi tant d autres) est là http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/wiki-moin/instance/cgi-bin/moin.… et en pj 5 points initiaux a renseigner précision = 1/32 du pas initial en 11 simulations A adapter aux fonctions objectifs de chacun (ici captures mensuelles en poids) mais la partie algo (le before simulation) est générique. a relancer plusieurs fois avec differentes series de points initiaux pour eviter les minimums locaux. Bon courage!!

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migration densité dépendante
by Bastien Preuss April 4, 2011

April 4, 2011

Bonjour, Je souhaiterais établir des migrations densité dépendantes entre mes zones, notamment pour le spill-over de mon AMP. Comment puis-je faire cela ? Jimagine quil faut le faire à la main en rajouter des lignes de code java dans le script ? Quelquun a-t-il déjà fait cela ? Merci. Bastien Bastien Preuss Doctorant (PhD Student) IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie 101 Promenade Roger Laroque BP A5 98848 Noumea cedex New-Caledonia Tel: (+687) 260 723 P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité

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Plan d'analyse: calibration avec 1 q
by Jessica Andre April 1, 2011

April 1, 2011

Merci Eric pour la ligne de code, ca marche. Une question sur la calibration de la capturabilité q. Je suis en train de modifier le script CalibrationSimplexePasVariable2Capturabilite pour qu'il n'évalue qu'un seul q par espèce (je crois que Benoit l'avais fait aussi). Donc je fais beaucoup de copier/coller. Au niveau données, ma population a 8 groupes d'âge dans ISIS. J'ai 8 ans de données de débarquements mensuels (les groupes, metiers et startegies sont cumulés) donc la matrice de débarquements observés est de dimension 96 lignes *1 colonne Le code compile bien, par contre ca se corse quand je tente une simulation... La simulation se termine mais en fait utilise la valeur q de défaut que j'ai rentré dans l'interface. La calibration elle-même plante lamentablement. En toute apparence j'ai raté quelque chose dans mon code.... D'après le debug, la calibration s'arrête pendant le after simulation, quand elle essaye d'obtenir la valeur observée pour la comparer a la valeur simulée afin de calculer le critère. Effectivement, l'indice (dim) ne veut rien dire. Comment se faisse ?! Le debug ainsi que mon script de calibration qui ne marche pas (si ca aide) sont en PJ (en zip parce que c'est un peu gros...). Merci d'avance ! Jess *************************************************************************************** Dr Jessica André Junior Research Fellow Wild Fisheries Program-Fisheries Aquaculture & Coasts (FAC) Institute for Marine and Antarctic Studies (IMAS) Marine Research Laboratories, Private Bag 49 Hobart, TAS 7001, Australia Ph: (03) 6227 7284 /Int: +61 3 6227 7284 Fax: (03) 6227 8035 /Int: +61 3 6227 8035 Email: Jessica.Andre(a)utas.edu.au<mailto:Jessica.Andre@utas.edu.au> Web: http://fcms.its.utas.edu.au/scieng/mrl/pagedetails.asp?lPersonId=3177 `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º>

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Re: [Isis-fish-users] Mortalité naturelle des recrus
by Bastien Preuss April 1, 2011

April 1, 2011

Merci Sigrid pour ces infos, Alors après quelques manips supplémentaires, je viens de trouver pourquoi je ne trouvais pas la même valeur de recrutement que dans les simus. En partant de Mahévas 2004 (Appendice A) j'avais d'abord pensé que seule la mortalité du groupe 0 s'appliquait aux recrues pour 1 mois, donc EXP(-M/12). Puis en regardant dans Pelletier 2009 (Appendice A.3) j'avais pensé que la mortalité du groupe null s'appliquait entièrement sur 1 mois. Je n'ai pas retrouvé l'équation dans le code, mais le calcul effectivement réalisé dans la simu semble être: Nrecru = Nboeuf * EXP(-M(Null)/12)* EXP(-M(grp 0)/12) * Prec Comment puis-je retrouver facilement cette équation dans le code? Merci. Bastien -----Message d'origine----- De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Sigrid.Lehuta(a)ifremer.fr Envoyé : vendredi 1 avril 2011 03:02 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org; Bastien Preuss Objet : [Isis-fish-users] Mortalité naturelle des recrus re ! pour le taux de mortalité des recrus (groupe 0) tu dois pouvoir le lire dans l'interface, non ? dans ton équation de mortalité ? Pour l'afficher, la methode getNaturalDeathRate() appliquee a la pop renvoit un objet equation, pour la lire il faut demander son contenu. pop.getNaturalDeathRate().getContent(); Autre solution si ta mortalité est calculée en fonction de plein de trucs tu peux afficher la matrice qui contient les valeurs : pop.getNaturalDeathRateMatrix() ; mais pas forcement facile a lire elle doit etre group x zone ou encore mais necessite une boucle sur les zones pop.getPopulationGroup().get(0).getNaturalDeathRate(zone); je ne crois pas que la methode pop.getPopulationGroup().get(0).getNaturalDeathRate(); existe mais si elle existait ca serait pratique ca renverrait sans doute une liste... ensuite je ne vois pas pourquoi tu trouves pas pareil... des pistes : - as tu vérifié que ta matrice de correspondance entre zones de repro / zones de recrus somme à 1 pour chaque zone de repro ? (population\ onglet zones) - sont-ils pondus tous le même mois ? - tes recrus arrivent ils tous en meme temps ? (population\saisie des repro\distribution du recrutement) - si non, les proportions par mois somment elles à 1 ? - as tu des différences de mortalité du groupe 0 entre zones ? - tes recrus peuvent ils être pêchés ou mangés dès le premier mois ? - certains émigrent ils hors de la région ? Je ne vois pas d'autre explication... Bonne chance Bises Bastien Preuss <Bastien.Preuss(a)ird.fr> a écrit : > Hello, > > Sisi c'est clair! > > Pour l'affichage de l'effectif c'est bien ce que j'avais en tête mais je ne > retrouvais plus où cela été indiqué (dans les FAQ donc!). Je trouve cela > d'ailleurs étonnant car ça embrouille un peu pour savoir sur quel effectif > s'applique les mortalités et même les repro, notamment à cause des > migrations. > Dans mon cas par exemple, si je regarde dans les résultats dans ma zone de > repro j'ai 0 individus lors du premier mois (juillet) de reproduction (car > ce qui est affiché est l'effectif de fin juin). Or quand j'affiche > N.getValue() dans mon log j'ai bien un effectif qui est présent et auquel > s'applique ma repro. Dans mes résultats, cet effectif se trouve en fait dans > ma zone de vie (non repro) au mois de juillet. Donc, dans les résultats, ma > repro s'applique à un effectif présenté comme en dehors de la zone de repro! > On si perd un peu vu que j'ai plusieurs zones de vie et plusieurs zone de > repro! > Pourquoi ne pas afficher les effectifs à t+epsilon ? > > > Pour revenir sur le nombre d'œufs et les recrus... en calculant moi-même ces > valeurs je trouve la même chose pour le nombre d'œufs mais impossible de > retomber sur le même nombre de recrue. Si je ne me trompe pas, la valeur > affiché dans les résultats devrait correspondre au nb œufs auquel est > appliqué la mortalité des recrues (<=> group = null) puis un mois de > mortalité du groupe 0 (<=> group = 0). Je n'ai pas réussi à afficher dans le > log les valeurs de naturelDeathRate appliquées aux recrues (j'ai essayé avec > "pop.getNaturalDeathRate()" mais ça me sort uniquement le nom de la variable > et non sa valeur. Comment puis-je faire? > > > Merci. > > Bastien > > > > > > > -----Message d'origine----- > De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org > [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de > Sigrid.Lehuta(a)ifremer.fr > Envoyé : jeudi 31 mars 2011 06:48 > À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > Objet : Re: [Isis-fish-users] Mortalité naturelle > > Hello, > (je reprends du service) > non pas de résultats correspondants. Si c est juste pour une verif tu > peux faire afficher la valeur dans les logs en ajoutant un log.info > dans l equation de repro. tu pourras ensuite verifier que ton nombre > de recrus est bien egal a nb d oeufs *e-M. > Mais ATTENTION et je crois que ca repond peut etre a ton autre > question (migration) dans les resultats les abondances affiches > correspondent a la fin du pas de temps précédent cad fin mai pour > juin, fin juin pour juillet... c'est a dire à t et pas a t+epsilon > apres les evenements de recrutement migration... > > http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/wiki-moin/instance/cgi-bin/moin.c > gi/v3/faq#Affichagedeseffectifsetbiomassesdanslafen.2BAOo-treder.2BAOk-sulta > ts > > Du coup pareil tes recrus apparaitront surement le mois d apres et > auront donc subis en plus de la mortalité jusqu au recrutement, un > autre mois de mortalité de recru. > > C est peut etre pas tres clair :-\ > > A+ > > > Bastien Preuss <Bastien.Preuss(a)ird.fr> a écrit : > >> Bonjour, >> >> >> >> Je voudrais savoir s?il y a un moyen de connaitre le nombre d??ufs pondus >> dans les simulations? >> >> Je n?ai pas vu cette valeur dans la liste des résultats ou des exports. >> >> >> >> De plus je voudrais m?assurer que la mortalité naturelle appliquée avant > le >> recrutement à ce nbr d??ufs pondus correspond bien à la ligne suivante de >> l?équation de mortalité : >> >> « if (group == null) return 10.0; » >> >> >> >> >> >> Merci. >> >> >> >> Bastien >> >> >> >> >> >> >> >> Bastien Preuss >> >> Doctorant (PhD Student) >> >> IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie >> >> 101 Promenade Roger Laroque >> >> BP A5 >> >> 98848 Noumea cedex >> >> New-Caledonia >> >> Tel: (+687) 260 723 >> >> P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce >> mail qu'en cas de nécessité >> >> >> >> >> >> > > > > _______________________________________________ > Isis-fish-users mailing list > Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users > > _______________________________________________ > Isis-fish-users mailing list > Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users > _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users

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