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[Isis-fish-user] simulation langoustine
by Bastien PREUSS June 15, 2005

June 15, 2005

Bonjour Benjamin, Je n'arrive toujours pas à faire tourner ma population de langoustine sur mon ordi(cf. Bug 462). Par contre, je viens d'essayer avec la même base de données sur le nouveau serveur, ça marche, mais c'est très très long. Le serveur et un biprocesseur et 2Go de mémoire vive sont alloué à la simulation, et pourtant la simulation met plus d'une heure à tourner (avec des effectifs initiaux de 10 individus dans chaque zone, sur 3 ans, et sans activité de pêche!). Donc, je me demande pourquoi ça marche sur une machine et pas sur une autre. ET si il va être possible de faire une simulation avec beaucoup de populations (6), de la pêche et sur 10 ans?? Je te mets ma bases de données en pice jointe. Merci Bastien

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[Isis-fish-user] variables de sortie
by Stephanie MAHEVAS June 9, 2005

June 9, 2005

Bonjour quelles sont les noms des variables economiques sauvegardées en sortie de simulation? et quelles sont leurs structures? ces questions afin de pouvoir construire une fonction d'export, a moins que tu ne les aies deja ecrites pour tester le bon fonctionnement. merci steph -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/MAERHA Tel: 02 40 37 41 81 Fax: 02 40 37 40 75 (Mathématiques Appliquées à l'Evaluation des Ressources Halieutiques et Aquacoles) rue de l'île d'Yeu BP 21105 44311 NANTES Cedex 03 http://www.ifremer.fr/maerha o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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[Isis-fish-user] simulation echouée
by Marie Capoulade June 6, 2005

June 6, 2005

Bonjour, J'ai supprimé toutes les règles de gestion dans ma base de données, il n'y a plus d'erreur par rapport à ca pour le moment dans les simulations. En revanche je n'arrive pas à mener une simulation jusqu'au bout, voici en pièce jointe ma base de donnée (Banyuls4) ainsi que le message d'erreur ci-dessous. Le métier "petit métier" est un métier avec des paramètres pris au hasard. Merci pour votre aide ! Marie APRES CALCUL matrice de rejet 0 sar Sable:null matrice suivi = matriceCatchPerStrategyMet dimensions = [ 1,1,5,5, ] matrice = [ 0.0,0.0,0.0,0.0,0.0,0.0,0.0,0.0,0.0,0.0,0.0,0.0,0.0,0.0011048098686822644,0.0,0.0,0.0,0.0,0.0011048098686822644,0.0,0.0,0.0,0.0,0.0011048098686822644,0.0, ] linearFactor = [ 25,25,5,1, ] rollback fin du pas de temps la date:1 CALCULMOIS pop= sar Sable 6 juin 2005 10:57:08 - SEVERE - Erreur lors de l'appelle de la methode: Simul.simul 6 juin 2005 10:57:08 - WARNING - La simulation a échoué fin de simulation Mon Jun 06 10:57:11 CEST 2005: (Memoire libre/Memoire Total = 55006064/124796928)

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[Isis-fish-user] Envoi de bug
by Bastien PREUSS June 6, 2005

June 6, 2005

Bonjour, Je vous mets en pièce jointe une petite note sur la procédure à suivre souhaité par Benjamin pour demander la résolution d'un problème (une simulation qui échoue, ou un message d'erreur par exemple). Ciao Bastien Comment transmettre un bug à Benjamin lorsque lon ne sait pas résoudre lerreur (de simulation par exemple). 1. Se connecter au site libre entreprise « http://labs.libre-entreprise.org/projects/isis-fish/ » et connectez-vous à votre identité en entrant vos login et mot de passe (les créer si nécessaire), lien en haut à droite de la page. 2. Aller dans le traceur de Bugs lien « Isis-Fish Bugs » ( ou tapez Isis dans la zone recherche et allez dans « Bugs »). 3. Créer un « nouveau » Bug, et y joindre votre base de données compressée en.zip (attention lors de lexport de la base en la sauvegardant avec Isis, décocher dans la liste « fr.ifremer.db.SimulationFactory », car les simulations peuvent être très grosses et rendre la base de données trop lourde). Dans la fenêtre de rapport de bugs, ne pas oublier de cocher la case « Cochez pour faire remonter un fichier attaché », si non la pièce jointe ne sera pas attachée. 4. Dans le texte spécifiez la simulation que vous avez effectuée : Espèce, métier, pour que Benjamin sache où aller voir dans votre base de données. 5. Envoyer aussi la fin de votre message derreur (partie comprenant la description de lerreur) dans une deuxième pièce jointe (ce message se trouve dans la fenêtre « ifremer simulation », dans Aide, LogMonitor dans longlet « All streams »). Pour envoyer une deuxième pièce jointe, il faut dabord envoyer le bug avec la première pièce jointe, puis cliquer sur votre bug dans la liste, vous arrivez dans la fenêtre de suivi. Il faut alors le ré-envoyer avec cette fois-ci la seconde pièce jointe.

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[Isis-fish-user] fond de carte
by Marie Capoulade June 6, 2005

June 6, 2005

Bonjour, En ce qui concerne le fond de carte au format ssx, j'ai essayé de renommer les shx en ssx mais cela ne donne rien. Je t'envoie les fichiers de la bathymétrie de ma zone : Il y a 3 fichiers (shp, shx et dbf) et d'après la personne qui a extrait ces données il faut ces trois fichiers pour pouvoir afficher la carte (?). Merci ! Marie > > 2) Les fonds de carte que nous nous sommes procurés sont aux format SHP >et SHX... > > évidemment, ils ne fonctionnent pas avec ISIS. > > Apparemment, le format SSX est inconnu par le SISMER (l'endroit d'ou >sont > > extraits les fonds de carte de l'IFREMER). Est-il possible d'utiliser >les formats SHX > > et SHP dans ISIS ? > >Essai de renommer le fichier shx en ssx, peut-etre est-ce le meme format >mais avec des extensions differentes ? > >sinon, envoie moi les fichier shx et shp, j'essaierais de regarder. > >-- >Benjamin

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[Isis-fish-user] Remarque sur fenêtre résultats
by Bastien PREUSS June 6, 2005

June 6, 2005

Bonjour, une petit remarque sur les rendus des résultats: dans les graph il ne semple pas y avoir plus de 9 couleurs disponibles (pour les lignes par exemple), donc lorsque l'on affiche plus de 9 classes d'âges, il y a réutilisation des mêmes couleurs et aucune différence dans la légende, on ne peut donc pas savoir quelle classe correspond à quelle courbe (à moins évidement de faire un graph par classe). Dans le cas de la représentation en ligne, en plus des couleurs il y a les formes (triangle, rond, carré) pour pointer chaque moi, mais la légende n'indique pas quelle classe est "triangle", quelle classe est "carrée", etc... Une autre petit chose, est ce que le nom des mois pourraient s'afficher sur l'axe des abscisse plutôt que le numéro du mois? Merci.

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[Isis-fish-user] [annonce] Nouvelle version d'isis-fish 2.0.6
by Benjamin POUSSIN June 3, 2005

June 3, 2005

Bonjour, Une nouvelle version d'isis-fish vient d'être mise en place. http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/download/version2/ifremer-simula… * correction bug#459, bug#460, mauvaise sauvegarde des correspondances s'il n'y avait qu'une zone repro et une zone recru (mapping toujours vide) * ajout dans lutinutil de la method utilisé par le serveur de simulation pour supprimer recursivement un repertoire * ajout du numero de version de isis dans les logs au lancement Elle corrige surtout un bug dans l'interface de mapping de zone repro/zone recru lorsqu'il n'y a qu'une case possible dans le mapping. -- Benjamin -------------------- email: poussin(a)codelutin.com () campagne du ruban ascii http://www.codelutin.com /\ pour les mails en ascii

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[Isis-fish-user] (sans objet)
by Jean Michel CULIOLI June 3, 2005

June 3, 2005

Bonjour, 1) Nous avons un problème de simulation, elle échoue systématiquement... Nous sommes actuellement en réunion à Bonifacio avec Dominique et ce serai bien si nous avions une solution le plus vite possible. Ci-joint, voici l'erreur et la base de données zippée. 2) Les fonds de carte que nous nous sommes procurés sont aux format SHP et SHX... évidemment, ils ne fonctionnent pas avec ISIS. Apparemment, le format SSX est inconnu par le SISMER (l'endroit d'ou sont extraits les fonds de carte de l'IFREMER). Est-il possible d'utiliser les formats SHX et SHP dans ISIS ? Merci de répondre Merci beaucoup Marie debut du thread de simulation Thu Jun 02 15:27:44 GMT+01:00 2005: Thread[Thread-159,1,main](Memoire libre/Memoire Total = 64506864/150528000) DBManager database exist ? false *** debug id:fr.ifremer.db.RegionFactory#1116510534440#0.34570584747830124 result: Banyuls *** debug id:fr.ifremer.db.StrategyFactory#1117704390040#0.16171154752527628 result: pêche petit metier *** debug id:fr.ifremer.db.PopulationFactory#1116511224910#0.7722314601313353 result: sarRoche *** debug id:fr.ifremer.db.ClassePopulationFactory#1117709459900#0.058168564003291956 result: sarRoche 0 *** debug id:fr.ifremer.db.ClassePopulationFactory#1117709459910#0.5587619551111049 result: sarRoche 1 *** debug id:fr.ifremer.db.ClassePopulationFactory#1117709459910#0.8498355476519818 result: sarRoche 2 *** debug id:fr.ifremer.db.ClassePopulationFactory#1117709459920#0.5028034682037968 result: sarRoche 3 *** debug id:fr.ifremer.db.ClassePopulationFactory#1117709459920#0.15199060434332556 result: sarRoche 4 *** debug id:fr.ifremer.db.SecteurSimpleFactory#1116833794160#0.38236208564680907 result: R colo-reserve *** debug id:fr.ifremer.db.SecteurSimpleFactory#1117710023100#0.919441093718003 result: R jeunes-reserve *** debug id:fr.ifremer.db.SecteurSimpleFactory#1116833676120#0.6138842334997313 result: R presence-reserve *** debug id:fr.ifremer.db.SecteurSimpleFactory#1117194694420#0.3591865476224264 result: R repro-reserve *** debug id:fr.ifremer.db.SecteurSimpleFactory#1116833909340#0.5999110265563281 result: RI *** debug id:fr.ifremer.db.SecteurSimpleFactory#1117711007856#0.08513328634919193 result: RP *** debug id:fr.ifremer.db.SecteurSimpleFactory#1116834085700#0.955724899576565 result: RP colo *** debug id:fr.ifremer.db.SecteurSimpleFactory#1117710304625#0.3683059628852068 result: RP repro 2 juin 2005 15:28:10 - INFO - class fr.ifremer.IsisDBManager est inconnu par wrap. 2 juin 2005 15:28:10 - INFO - class fr.ifremer.xml.XMLEncoderDecoder est inconnu par wrap. 2 juin 2005 15:28:10 - INFO - class fr.ifremer.db.CapturabiliteFactory est inconnu par wrap. 2 juin 2005 15:28:10 - INFO - class fr.ifremer.db.ClassePopulationFactory est inconnu par wrap. 2 juin 2005 15:28:10 - INFO - class fr.ifremer.db.MappingZoneReproZoneRecruFactory est inconnu par wrap. 2 juin 2005 15:28:10 - INFO - class fr.ifremer.db.EmigrationFactory est inconnu par wrap. 2 juin 2005 15:28:10 - INFO - class fr.ifremer.db.EnginFactory est inconnu par wrap. 2 juin 2005 15:28:10 - INFO - class fr.ifremer.db.EspecesCapturablesFactory est inconnu par wrap. 2 juin 2005 15:28:10 - INFO - class fr.ifremer.db.FlotilleFactory est inconnu par wrap. 2 juin 2005 15:28:10 - INFO - class fr.ifremer.db.FormuleFactory est inconnu par wrap. 2 juin 2005 15:28:10 - INFO - class fr.ifremer.db.ImmigrationFactory est inconnu par wrap. 2 juin 2005 15:28:10 - INFO - class fr.ifremer.db.InfoSaisonMetierFactory est inconnu par wrap. 2 juin 2005 15:28:10 - INFO - class fr.ifremer.db.InfoSaisonPopFactory est inconnu par wrap. 2 juin 2005 15:28:10 - INFO - class fr.ifremer.db.MailleFactory est inconnu par wrap. 2 juin 2005 15:28:10 - INFO - class fr.ifremer.db.MetaPopulationFactory est inconnu par wrap. 2 juin 2005 15:28:10 - INFO - class fr.ifremer.db.MetierFactory est inconnu par wrap. 2 juin 2005 15:28:10 - INFO - class fr.ifremer.db.MigrationFactory est inconnu par wrap. 2 juin 2005 15:28:10 - INFO - class fr.ifremer.db.PopulationFactory est inconnu par wrap. 2 juin 2005 15:28:10 - INFO - class fr.ifremer.db.PropChangeFloFactory est inconnu par wrap. 2 juin 2005 15:28:10 - INFO - class fr.ifremer.db.RegionFactory est inconnu par wrap. 2 juin 2005 15:28:10 - INFO - class fr.ifremer.db.RegleGestionFactory est inconnu par wrap. 2 juin 2005 15:28:10 - INFO - class fr.ifremer.db.SecteurFactory est inconnu par wrap. 2 juin 2005 15:28:10 - INFO - class fr.ifremer.db.MetaSecteurFactory est inconnu par wrap. 2 juin 2005 15:28:10 - INFO - class fr.ifremer.db.SecteurSimpleFactory est inconnu par wrap. 2 juin 2005 15:28:10 - INFO - class fr.ifremer.db.SelectiviteFactory est inconnu par wrap. 2 juin 2005 15:28:10 - INFO - class fr.ifremer.db.SimulationFactory est inconnu par wrap. 2 juin 2005 15:28:10 - INFO - class fr.ifremer.db.ScriptObjectFactory est inconnu par wrap. 2 juin 2005 15:28:10 - INFO - class fr.ifremer.db.ScriptMethodFactory est inconnu par wrap. 2 juin 2005 15:28:10 - INFO - class fr.ifremer.db.EffortDescriptionFactory est inconnu par wrap. 2 juin 2005 15:28:10 - INFO - class fr.ifremer.db.PortFactory est inconnu par wrap. 2 juin 2005 15:28:10 - INFO - class fr.ifremer.db.SetOfVesselsFactory est inconnu par wrap. 2 juin 2005 15:28:10 - INFO - class fr.ifremer.db.TripTypeFactory est inconnu par wrap. 2 juin 2005 15:28:10 - INFO - class fr.ifremer.db.VesselTypeFactory est inconnu par wrap. 2 juin 2005 15:28:10 - INFO - class fr.ifremer.db.StrategyFactory est inconnu par wrap. 2 juin 2005 15:28:10 - INFO - class fr.ifremer.db.StrategyMonthInfoFactory est inconnu par wrap. 2 juin 2005 15:28:10 - INFO - class fr.ifremer.db.PropStrMetFactory est inconnu par wrap. 2 juin 2005 15:28:10 - INFO - class fr.ifremer.simulation.SimulationControlLocal est inconnu par wrap. 2 juin 2005 15:28:10 - INFO - class fr.ifremer.nodb.Date est inconnu par wrap. 2 juin 2005 15:28:10 - INFO - class fr.ifremer.simulation.SiMatrice2Optimisation est inconnu par wrap. 2 juin 2005 15:28:10 - INFO - class fr.ifremer.simulation.GravityModelOptimisation est inconnu par wrap. FESI.Exceptions.EcmaScriptParseException: Syntax error detected near line 2697, column 20, after <IDENTIFIER> in string starting with: 'function CantonnementAnnee(param){'... 2 juin 2005 15:28:10 - WARNING - La simulation a échoué fin de simulation Thu Jun 02 15:28:11 GMT+01:00 2005: (Memoire libre/Memoire Total = 73409608/166490112)

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[Isis-fish-user] Bugs zone repro to zone recrut
by Bastien PREUSS June 2, 2005

June 2, 2005

Salut Benjamin, les simulations ne marchent pas avec mes population structurées en longueur: Langoustine, Merlu, et Sole (bien que la langoustine est déjà tournée une fois avec succès). L'erreur semble toujours être en rapport avec "zoneReproTozoneRecrut". Hier nous avons créé une population structurée en longueur très simplifiée avec Youen, pour essayer le faire marcher une simulation mais le même genre de message d'erreur apparaît: la date:0 CALCULMOIS pop= test population 2 juin 2005 10:21:09 - SEVERE - Erreur dans Population.zoneReproToZoneRecrutement: 2 juin 2005 10:21:09 - SEVERE - Erreur lors de l'appelle de la methode: Simul.simul 2 juin 2005 10:21:09 - WARNING - La simulation a échoué fin de simulation Thu Jun 02 10:21:09 CEST 2005: (Memoire libre/Memoire Total = 44533952/75931648) J'ai mis aussi plusieurs Bugs relatifs à ce problème, pour mes "vraies" populations. Serait il possible de résoudre ce problème très rapidement, car j'ai besoin d'avancer dans mes simulations. Merci Ciao Ps: veux tu la base de données avec la population test?

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[Isis-fish-user] base 1.5
by Dominique PELLETIER May 30, 2005

May 30, 2005

Benjamin, En réfléchissant à nouveau, il me semble qu'on avait dit que ce serait bien de pouvoir reprendre une base 1.5 ds une version 2, pour ce qui est des éléments compatibles. Il me semble que Stéphanie n'a pas resaisi toute sa base et qu'elle a pu importer une bonne partie de ce qui était saisi dans la version 2. DOnc, je pense que ce serait bien que je puisse faire de meme. Je ne comprends pas pourquoi je n'arrive meme pas à ouvrir cette base ds la version 1.5 J'aimerais etre rassurée, car la creation de la region et la saisie des zones n'avaient pas été une mince affaire, et je n'ai pas d'autres elements que la base sur lesquels m'appuyer pour le refaire. Merci de ton aide Dominique -- Dominique Pelletier Laboratoire MAERHA IFREMER BP 21105 44311 Nantes Cedex 03 FRANCE E-mail: dpellet(a)ifremer.fr Tel: 33 2 40374164 Fax: 33 2 40374075 http://www.ifremer.fr/maerha/

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