December 2010 - Isis-fish-users - mailman.cloud.codelutin.com

Isis-Fish 3.3.0.6 est disponible
by Eric Chatellier Dec. 17, 2010

Dec. 17, 2010

Bonjour, Une nouvelle version d'Isis-Fish est disponible au téléchargement à l'adresse : http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/wiki-moin/instance/cgi-bin/moin.… Corrections : * erreur lors de l'utilisation de plusieurs règles cantonnement dans la même simulation * échec des simulations sur Caparmor si le nom contient un caractère spécial (+) * diverses corrections Le changelog complet est disponible à l'adresse : http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/wiki-moin/instance/cgi-bin/moin.… -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

1 1

Re: [Isis-fish-users] Equation null
by Eric Chatellier Dec. 17, 2010

Dec. 17, 2010

Le 17/12/2010 11:25, Bastien a écrit : > Voici une simu. > > Par contre attention, il y avait déjà le problème de l?équation null dans > les paramètres sélectionnés pour l?AS. Il me semble que la modification de certains facteur n'était pas possible dans un premier temps à l'origine. J'avais amélioré la chose mais la modification reste encore compliqué et la fonctionnalité a besoin d'être revue. J'aurais plus de temps en début d'année prochaine pour retravailler sur Isis et corriger cela. En attendant, la modification des facteurs équation n'est pas possible mais le facteur est néanmoins correct. J'ai vérifié dans les AS de stéphanie, à l'édition il sont également null, mais les AS tournent correctement. Donc dans l'immédiat, pour recréer un facteur, le plus simple et de le recréer. -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

2 2

Re: [Isis-fish-users] NA dans les indices de sensibilité de Morris
by Stephanie MAHEVAS Dec. 17, 2010

Dec. 17, 2010

j'ai refais tes simus en mettant le meme nombre de modalités à tous les facteurs 5. Normalement on ne devrait pas avoir à saisir ce parametre pour chaque facteur puisque Morris demande à ce que ce nombre soit le meme pour tous les facteurs. Ca c'est un bug que les Lutins doivent corriger. Le fait que tu aies eu des NA pourrait etre expliqué par le 0 qui trainait car la seule division faite pour calculer les IA de morris est la division par 1/(p-1) avec p le nombre de modalités. Pourtant quand je corrige 0 par 5, avec une duree de simu de un an, j'obtiens des results dans les csv tous égaux à 1 (Y6 et Y4) alors que si je regarde les series temporelles il y a bien une difference entre le debut et la fin de la simu (à t=12 Y=7.56E9 et à t=0 Y=8.11E9) Est-ce un probleme d'arrondis? Eric comment peut-on avoir 7.56E9/8.11E9=1? Ensuite j'ai des NA pour les IA de Y6 mais pas de Y4. du coup je ne comprends pas le pourquoi des NA. des 0 c'est possible, des NAs non.... stephanie Bastien PREUSS a écrit : > J'ai 8 paramètres et j'ai un r = 4 ce qui fait 36 simus. > Je viens d'essayer avec r = 20 ce qui fait 180 simus, mais j'ai toujours des > valeurs égales à NA... > Il ne me semble pas que le calcul de ces indices soit contraint par un > nombre de simu, par exemple sur l'exemple golf de Gascogne en juin on avait > testé r=4 pour 7 paramètres (soit 32 simu) et ça marchait sans soucis. > > Du coup je ne vois pas trop d'où cela pourrait venir? Quelqu'un aurait-il > une idée? > > Merci. > > Bastien > > > > > > > > > -----Message d'origine----- > De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org > [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Jean > Couteau > Envoyé : Wednesday, December 08, 2010 2:47 PM > À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > Objet : Re: [Isis-fish-users] NA dans les indices de sensibilité de Morris > > Le 08/12/2010 14:28, Bastien PREUSS a écrit : > >> Je lance un AS avec Morris, mon plan comprend 35 simu, ça tourne >> parfaitement, toutes les simu se terminent, mais quand je vais voir dans >> > les > >> résultats, mes indices de sensibilité ont la valeur NA partout. J’ai >> > regardé > >> dans les exports .csv et dans le RData, c’est pareil. >> >> Y aurait-il une raison connue à cela ? >> > > Oui, la fonction Morris n'arrive pas à calculer les indices de > sensibilité avec les résultats que tu lui donnes (d'après le debug, tu > as bien des résultats pour toutes tes simus, mais à la sortie de la > fonction morris, tu as des NA pour non calculé en gros). A première vue > je dirais qu'il te faut plus de simulations pour calculer les indices de > sensibilité. Stéphanie tu confirmes ? > > Un moyen de tester avant de lancer les simus ISIS (qui sont longues > quand même :D) : Dans R, tu crées une fonction qui a n paramètres, n > étant le nombre de paramètres de ton AS (exemple : X1*X2*X...*Xn) et tu > lances l'AS que tu veux sur cette fonction (qui simule ton modèle ISIS). > Si tu as des résultats à ton AS, c'est bon tu peux lancer la même AS > dans ISIS. (Note, j'ai jamais tester cette méthode, mais ça devrais le > faire normalement). > > Jean > _______________________________________________ > Isis-fish-users mailing list > Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users > > > _______________________________________________ > Isis-fish-users mailing list > Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users > -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

3 2

Re: [Isis-fish-users] erreur Morris
by Stephanie MAHEVAS Dec. 16, 2010

Dec. 16, 2010

Bastien dans l'exemple que tu m'as envoyé, la cardinalité du dernier facteur (palangrotte-selectivité) est nulle. Bastien PREUSS a écrit : > > Bonjour, > > Après avoir réussi à faire tourner une première AS, je tente > actuellement d’en faire une nouvelle, toujours avec Morris mais avec > plus de paramètres… malheureusement j’obtiens une erreur. > > J’aimerais pouvoir identifier moi-même l’erreur, mais le debug n’est > pas toujours très compréhensible pour moi… > > Je mets à la suite mon message d’erreur si quelqu’un peut m’aider ? Et > je me demande en même temps s’il n’y aurait pas moyen de faire une > petite « formation » interprétation du debug ! Pour ne pas solliciter > les lutins à chaque fois et devenir un peu plus autonome de ce point > de vue ! > > ERROR [AWT-EventQueue-0] (SimulationService.java:510) submit - Can't > get scenarios from calculator > > java.lang.NullPointerException > > at > fr.ifremer.isisfish.simulator.sensitivity.domain.MatrixContinuousDomain.getRealMinBound(MatrixContinuousDomain.java:207) > > at > fr.ifremer.isisfish.simulator.sensitivity.AbstractSensitivityCalculator.setIsisFactorsR(AbstractSensitivityCalculator.java:121) > > at > sensitivity.SensitivityCalculatorRMorris.compute(SensitivityCalculatorRMorris.java:78) > > at > fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationService.submit(SimulationService.java:443) > > at > fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.launchSimulation(SimulAction.java:1027) > > at > fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.launchSimulationWithSensibility(SimulAction.java:1040) > > at > fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsUI.launchSimulation(ParamsUI.java:256) > > at > fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsUI.doActionPerformed__on__buttonSimulParamsSimulate(ParamsUI.java:658) > > at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method) > > at > sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(NativeMethodAccessorImpl.java:39) > > at > sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(DelegatingMethodAccessorImpl.java:25) > > at java.lang.reflect.Method.invoke(Method.java:597) > > at jaxx.runtime.Util$1.invoke(Util.java:144) > > at $Proxy4.actionPerformed(Unknown Source) > > at > javax.swing.AbstractButton.fireActionPerformed(AbstractButton.java:1995) > > at > javax.swing.AbstractButton$Handler.actionPerformed(AbstractButton.java:2318) > > at > javax.swing.DefaultButtonModel.fireActionPerformed(DefaultButtonModel.java:387) > > at javax.swing.DefaultButtonModel.setPressed(DefaultButtonModel.java:242) > > at > javax.swing.plaf.basic.BasicButtonListener.mouseReleased(BasicButtonListener.java:236) > > at java.awt.Component.processMouseEvent(Component.java:6263) > > at javax.swing.JComponent.processMouseEvent(JComponent.java:3267) > > at java.awt.Component.processEvent(Component.java:6028) > > at java.awt.Container.processEvent(Container.java:2041) > > at java.awt.Component.dispatchEventImpl(Component.java:4630) > > at java.awt.Container.dispatchEventImpl(Container.java:2099) > > at java.awt.Component.dispatchEvent(Component.java:4460) > > at java.awt.LightweightDispatcher.retargetMouseEvent(Container.java:4574) > > at java.awt.LightweightDispatcher.processMouseEvent(Container.java:4238) > > at java.awt.LightweightDispatcher.dispatchEvent(Container.java:4168) > > at java.awt.Container.dispatchEventImpl(Container.java:2085) > > at java.awt.Window.dispatchEventImpl(Window.java:2478) > > at java.awt.Component.dispatchEvent(Component.java:4460) > > at java.awt.EventQueue.dispatchEvent(EventQueue.java:599) > > at > java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(EventDispatchThread.java:269) > > at > java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(EventDispatchThread.java:184) > > at > java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(EventDispatchThread.java:174) > > at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:169) > > at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:161) > > at java.awt.EventDispatchThread.run(EventDispatchThread.java:122) > > Merci. > > Bastien > > ------------------------------------------------------------------------ > > _______________________________________________ > Isis-fish-users mailing list > Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users > -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

2 2

Re: [Isis-fish-users] erreur Morris
by Eric Chatellier Dec. 16, 2010

Dec. 16, 2010

Le 16/12/2010 12:08, Bastien PREUSS a écrit : > > Bonjour, > > > > ERROR [AWT-EventQueue-0] (SimulationService.java:510) submit - Can't get > scenarios from calculator > > java.lang.NullPointerException > > at > fr.ifremer.isisfish.simulator.sensitivity.domain.MatrixContinuousDomain.getRealMinBound(MatrixContinuousDomain.java:207) > > at > fr.ifremer.isisfish.simulator.sensitivity.AbstractSensitivityCalculator.setIsisFactorsR(AbstractSensitivityCalculator.java:121) > > at > sensitivity.SensitivityCalculatorRMorris.compute(SensitivityCalculatorRMorris.java:78) > > at > fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationService.submit(SimulationService.java:443) > > at > fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.launchSimulation(SimulAction.java:1027) > > at > fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.launchSimulationWithSensibility(SimulAction.java:1040) > > at > fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsUI.launchSimulation(ParamsUI.java:256) > Pour faire une mini formation sur les erreurs, ceci est une pile d'appel de méthode qui a produit une erreur (le plus significatif est en haut de la pile). Ici NullPointerException veut dire que l'on veut appeler une méthode sur un objet non initialisé (null) Apres, pour debuguer, il y a des choses plus ou moins interessante par exemple, SensitivityCalculatorRMorris.java:78 veut dire que l'erreur des dans la suite du code apelé à la ligne 78 du script morris : setIsisFactorsR(plan, outputDirectory); donc l'erreur de situe dans Isis et non dans le script. L'endroit precis est à la ligne 207 du fichier MatrixContinuousDomain (mais attention qui est la ligne 212 dans isis 3.3.0.6) http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/isis-fish/xref/fr/ifremer/isisfi… operator.equals("+") Je suppose que dans ce cas, operator est null. Donc le résultat de ce debug est qu'il y a un facteur de type MatrixContinuous qui n'a pas d'opérateur défini. -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

1 0

erreur Morris
by Bastien PREUSS Dec. 16, 2010

Dec. 16, 2010

Bonjour, Après avoir réussi à faire tourner une première AS, je tente actuellement den faire une nouvelle, toujours avec Morris mais avec plus de paramètres malheureusement jobtiens une erreur. Jaimerais pouvoir identifier moi-même lerreur, mais le debug nest pas toujours très compréhensible pour moi Je mets à la suite mon message derreur si quelquun peut maider ? Et je me demande en même temps sil ny aurait pas moyen de faire une petite « formation » interprétation du debug ! Pour ne pas solliciter les lutins à chaque fois et devenir un peu plus autonome de ce point de vue ! ERROR [AWT-EventQueue-0] (SimulationService.java:510) submit - Can't get scenarios from calculator java.lang.NullPointerException at fr.ifremer.isisfish.simulator.sensitivity.domain.MatrixContinuousDomain.getR ealMinBound(MatrixContinuousDomain.java:207) at fr.ifremer.isisfish.simulator.sensitivity.AbstractSensitivityCalculator.setI sisFactorsR(AbstractSensitivityCalculator.java:121) at sensitivity.SensitivityCalculatorRMorris.compute(SensitivityCalculatorRMorri s.java:78) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationService.submit(SimulationSe rvice.java:443) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.launchSimulation(SimulAction.ja va:1027) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.launchSimulationWithSensibility (SimulAction.java:1040) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsUI.launchSimulation(ParamsUI.java:256 ) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsUI.doActionPerformed__on__buttonSimul ParamsSimulate(ParamsUI.java:658) at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method) at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(NativeMethodAccessorImpl.java:39 ) at sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(DelegatingMethodAccessorImpl .java:25) at java.lang.reflect.Method.invoke(Method.java:597) at jaxx.runtime.Util$1.invoke(Util.java:144) at $Proxy4.actionPerformed(Unknown Source) at javax.swing.AbstractButton.fireActionPerformed(AbstractButton.java:1995) at javax.swing.AbstractButton$Handler.actionPerformed(AbstractButton.java:2318) at javax.swing.DefaultButtonModel.fireActionPerformed(DefaultButtonModel.java:3 87) at javax.swing.DefaultButtonModel.setPressed(DefaultButtonModel.java:242) at javax.swing.plaf.basic.BasicButtonListener.mouseReleased(BasicButtonListener .java:236) at java.awt.Component.processMouseEvent(Component.java:6263) at javax.swing.JComponent.processMouseEvent(JComponent.java:3267) at java.awt.Component.processEvent(Component.java:6028) at java.awt.Container.processEvent(Container.java:2041) at java.awt.Component.dispatchEventImpl(Component.java:4630) at java.awt.Container.dispatchEventImpl(Container.java:2099) at java.awt.Component.dispatchEvent(Component.java:4460) at java.awt.LightweightDispatcher.retargetMouseEvent(Container.java:4574) at java.awt.LightweightDispatcher.processMouseEvent(Container.java:4238) at java.awt.LightweightDispatcher.dispatchEvent(Container.java:4168) at java.awt.Container.dispatchEventImpl(Container.java:2085) at java.awt.Window.dispatchEventImpl(Window.java:2478) at java.awt.Component.dispatchEvent(Component.java:4460) at java.awt.EventQueue.dispatchEvent(EventQueue.java:599) at java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(EventDispatchThread.java :269) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(EventDispatchThread.java:18 4) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(EventDispatchThread.java :174) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:169) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:161) at java.awt.EventDispatchThread.run(EventDispatchThread.java:122) Merci. Bastien

1 0

Re: [Isis-fish-users] NA dans les indices de sensibilité de Morris
by Jean Couteau Dec. 8, 2010

Dec. 8, 2010

Le 08/12/2010 14:28, Bastien PREUSS a écrit : > > Je lance un AS avec Morris, mon plan comprend 35 simu, ça tourne > parfaitement, toutes les simu se terminent, mais quand je vais voir dans les > résultats, mes indices de sensibilité ont la valeur NA partout. J’ai regardé > dans les exports .csv et dans le RData, c’est pareil. > > Y aurait-il une raison connue à cela ? Oui, la fonction Morris n'arrive pas à calculer les indices de sensibilité avec les résultats que tu lui donnes (d'après le debug, tu as bien des résultats pour toutes tes simus, mais à la sortie de la fonction morris, tu as des NA pour non calculé en gros). A première vue je dirais qu'il te faut plus de simulations pour calculer les indices de sensibilité. Stéphanie tu confirmes ? Un moyen de tester avant de lancer les simus ISIS (qui sont longues quand même :D) : Dans R, tu crées une fonction qui a n paramètres, n étant le nombre de paramètres de ton AS (exemple : X1*X2*X...*Xn) et tu lances l'AS que tu veux sur cette fonction (qui simule ton modèle ISIS). Si tu as des résultats à ton AS, c'est bon tu peux lancer la même AS dans ISIS. (Note, j'ai jamais tester cette méthode, mais ça devrais le faire normalement). Jean

2 1

NA dans les indices de sensibilité de Morris
by Bastien PREUSS Dec. 8, 2010

Dec. 8, 2010

Bonjour, La recompilation des scripts à bien résolut le problème, merci Eric ! Je rencontre maintenant un problème qui ne semble pas venir directement dISIS, peut être que je fais quelque chose de travers ( ?) : Je lance un AS avec Morris, mon plan comprend 35 simu, ça tourne parfaitement, toutes les simu se terminent, mais quand je vais voir dans les résultats, mes indices de sensibilité ont la valeur NA partout. Jai regardé dans les exports .csv et dans le RData, cest pareil. Y aurait-il une raison connue à cela ? Je mets le debug en PJ au cas ou, il y a des lignes « DEBUG » que je ne comprends pas. Merci. Bastien

1 0

Re: [Isis-fish-users] Simu bloquée dans la fenêtre de progression
by Eric Chatellier Dec. 8, 2010

Dec. 8, 2010

Le 07/12/2010 10:29, Bastien PREUSS a écrit : > J'ai arrêté la simu puis je l'ai relancée, elle va jusqu'au bout, mais ne > descend toujours pas. > Je mets le debug, mais je vois pas d'erreur dedans. C'est un manque de chance :) Il y a eu un changement important entre isis 3.3.0.3 et 3.3.0.4 mais tes scripts n'ont pas été recompilés pour appliquer la modification. Tu peut aller dans C:/Documents and Settings/bpreuss/isis-build et supprimer tout son contenu. Après avoir relancé Isis, il va tout recompiler et tout devrait refonctionner correctement. -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

2 1

Simu bloquée dans la fenêtre de progression
by bastien.preuss＠ifremer.fr Dec. 7, 2010

Dec. 7, 2010

Bonjour, J'ai lancé il y a plusieurs jours une AS, les simulations ont tournées, mais la dernière bien que terminée reste dans la partie haute de la fenêtre de progression. Pas moyen de l'enlever de la liste des simu, je n'arrive plus non plus à lancer d'autres simu car elles sont en attente à la queue. Ce que je trouve bizarre c'est que la simu bloquée apparait bien dans le dossier simulation de la databas3, et je peux aussi la visualiser dans la fenêtre résultats. Par contre dans mon .RData, quand je l'importe dans R, j'ai tous les objets sauf "isis.methodAnalyse", cela veut-il dire que mon plan de simu ne s'est pas complètement terminé? Je n'ai plus le debug du jour où j'avais lancé cette AS, je mets tout de même celui d'aujourd'hui en PJ, mais il n'y a pas d'erreur dedans. Merci de votre aide. Bastien

3 2