June 2011 - Isis-fish-users - mailman.cloud.codelutin.com

TR: Exclusion de certains métiers pour la calibration
by Bastien Preuss June 2, 2011

June 2, 2011

Salut Sigrid, Effectivement c'est plus simple en mettant directement tous les métiers dans le même fichier .csv ! Je ne sais plus pourquoi j'étais parti sur une séparation des fichiers métiers (ça date de novembre ...). Donc j'ai tout re simplifié avec à chaque fois un seul objet pour tous les métiers: "debarquements", "debarquementsObserves" et "matrixDebarquementsObserves". Je fais effectivement l'option 2 !: somme sur les pas de temps (somme sur les metiers de (CatchObs (t, metier) - CatchSimule (t,metier))^2). Par contre je n'arrive pas à utiliser la partie de script pour créer la semantic. J'obtiens des erreurs... j'ai trouvé comment en résoudre certaines, mais là je bloque... Après avoir importé directement le fichier avec tous les métiers (même ceux qui ne capturent pas l'espèces). J'ai remplacé "Date" pas "Month" dans le bout de script que tu m'avais envoyé (est-ce que ça pose problème?). J'ai eu: cannot find symbol symbol : class Month location: class scripts.SiMatrix List<Month> months = new ArrayList <Month>(); J'ai donc rajouté: import fr.ifremer.isisfish.types.Month; en début de script. Puis j'ai eu: cannot find symbol symbol : class SiMatrix location: class analyseplans.CalibrationSimplexePasVariable2_BecDeCane SiMatrix siMatrix = SiMatrix.getSiMatrix(context); J'ai donc rajouté : import scripts.SiMatrix; en début de script. Puis j'ai eu: cannot find symbol symbol : variable siMatrix location: class analyseplans.CalibrationSimplexePasVariable2_BecDeCane List<Metier> metiers = siMatrix.getMetiers(new Month(0)); J'ai rajouté : SiMatrix siMatrix = SiMatrix.getSiMatrix(context); dans mon init. Et maintenant, j'ai le message: C:\Documents and Settings\bpreuss\isis-database-3\analyseplans\CalibrationSimplexePasVariable 2_BecDeCane.java:136: getSiMatrix(fr.ifremer.isisfish.simulator.SimulationContext) in scripts.SiMatrix cannot be applied to (fr.ifremer.isisfish.simulator.AnalysePlanContext) SiMatrix siMatrix = SiMatrix.getSiMatrix(context); ^ C:\Documents and Settings\bpreuss\isis-database-3\analyseplans\CalibrationSimplexePasVariable 2_BecDeCane.java:137: cannot find symbol symbol : method getMetiers(fr.ifremer.isisfish.types.Month) location: class scripts.SiMatrix List<Metier> metiers = siMatrix.getMetiers(new Month(0)); ^ Note: C:\Documents and Settings\bpreuss\isis-database-3\scripts\SiMatrix.java uses unchecked or unsafe operations. Note: Recompile with -Xlint:unchecked for details. 2 errors Je pense comprendre lerreur mais je ne vois pas comment la résoudre Donc je bloque ici Comprends pas tout au Java ;-) Je mets en pièce jointe, mon script et mon fichier .csv pour que ça soit plus clair sur ce que je fais. Merci davance, Bastien -----Message d'origine----- De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Sigrid.Lehuta(a)ifremer.fr Envoyé : jeudi 2 juin 2011 01:40 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] Exclusion de certains métiers pour la calibration Hello, je pense que je n'avais pas compris ce que tu fais. Quelle est ta fonction objectif? somme sur les pas de temps ((CatchObs(t) - CatchSimule(t))^2) ou somme sur les pas de temps (somme sur les metiers de (CatchObs (t, metier) - CatchSimule (t,metier))^2) ? l option 2, n'est ce pas? desolee j ai ete longue a la comprenette. Dans ce cas en effet, il faut s assurer que les metiers correspondent. le plus propre c est de creer les "semantics" pour ta matrice de debarquements observes. semantics c'est les coordonnées en termes d'objet plutot qu'en terme d'indice. par ex pour aller chercher la valeur dans la matrice a la premiere ligne deuxieme colonne qui correspond a la date d et au metier m au lieu de faire mamatrice[1,2] tu lui donne les objets en indices: mamatrice[Date d,Metier m]. // Dans init // reccup la liste des metiers List<Metier> metiers = siMatrix.getMetiers(new Date(0)); // creer la liste des metiers de ton fichier de debarq observes // tu rentres la liste de tes metiers dans l ordre de ton fichier d'import String[] metiersNomsNous = new String[]{"Espagnols", "BolincheProfil2lan", "BolincheProfil2nord","Autre"}; List<Metier> metiersNous = new ArrayList<Metier>(); for(String metiersNomCurrent : metiersNomsNous){ for (Metier met : metiers){ if(met.getName().equals(metiersNomCurrent)){ metiersNous.add(met); }}} //creer la liste des dates //si par ex tes simu ont 60 pas de temps (60 trimestres,60 mois...) List<Date> dates = new ArrayList <Date>(); for (int i=0; i < 60; i++) { dates.add(new Date (i)); } // creation de la matrice en specifiant ses semantics plutot que sa taille MatrixND matrixDebarquement = MatrixFactory.getInstance().create( new List[]{dates,metiersNous}); matrixDebarquement.importCSV(new FileReader(debarquementsObserves),new int []{0,0}); // Puis dans la partie ou tu compares : for ( MatrixIterator g = L.iterator(); g.hasNext();){ g.next(); Object [] sem = g.getSemanticsCoordinates(); double obs = matrixDebarquement.getValue(sem); //etc.. } si tu ne veux pas t embeter avec les metiers qui ne capturent rien, ne les mets pas dans ta matrice d import. Puis on va faire la boucle sur les elements de matrixDebarquement plutot que sur les elements de L,comme ca tu n as pas besoin d'extraire de L les metiers qui ne capturent pas. for ( MatrixIterator g = matrixDebarquement.iterator(); g.hasNext();){ g.next(); Object [] sem = g.getSemanticsCoordinates(); double obs = g.getValue(); double sim = L.getValue(sem); etc.. } Enfin pour l erreur ajoute cette ligne aux imports en debut de script import fr.ifremer.isisfish.entities.*; Bon courage Bastien Preuss <Bastien.Preuss(a)ird.fr> a écrit : > Re! > > Si je comprends bien j'ai 2 options: > > 1) ne pas supprimer les métiers qui ne capturent pas mon espèce dans les > valeurs simulées. Mais dans ce cas, il faut que j'importe des matrices des > captures nulles pour avoir des valeurs Observées à comparer, non? > > 2) Supprimer les métiers qui ne capturent pas mon espèce dans les valeurs > simulées. Dans ce cas je peux utiliser le bout de script que tu m'as envoyé. > > > J'ai essayé cette deuxième option, mais il y a une erreur car Isis ne > reconnait pas l'objet "Metier", j'ai le message d'erreur: > cannot find symbol > symbol : class Metier > location: class analyseplans.CalibrationSimplexePasVariable2_BecDeCane > List <Metier> listmet = L2.getSemantic(1); int[] indexMetagarder = > new int[4]; > > J'ai essayé de le déclarer plus haut mais sans succès. Sais-tu à quoi cela > est-il dû? J'ai dû rater quelque chose! > > > > De façon plus général, pour les deux cas, je me demande comment sait-on si > les valeurs comparées obs et simulées sont les bonnes? Je n'ai pas compris > dans le script où est-ce qu'on récupère les données obs d'un métier pour les > comparer aux données simulées du métiers correspondant en s'assurant qu'il > s'agisse du même métier. > > Merci. > > Bastien > > > > > > > > -----Message d'origine----- > De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org > [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de > Sigrid.Lehuta(a)ifremer.fr > Envoyé : mercredi 1 juin 2011 03:04 > À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > Objet : Re: [Isis-fish-users] Exclusion de certains métiers pour la > calibration > > Re-hello, > > En fait si les metiers ne capturent pas la population leurs captures > seront nulles et c est pas grave de les garder (ca fera + 0!)... mais > si tu veux quand meme les extraire, > > d'abord reccuperer les index des metiers à garder en utilisant leurs > noms par exemple : > List <Metier> listmet = L2.getSemantic(1) > int[] indexMetagarder = new int[4]; > for(Metier m : listmet){ > if(m.getName().equals("nommetier1")) indexMetagarder [1] = > listmet.indexOf(m); > else if(m.getName().equals("nommetier5")) indexMetagarder [2] = > listmet.indexOf(m); > etc... > } > > ensuite extraire la sous matrice: > MatrixND L = L2.getSubMatrix(1, indexMetagarder).copy(); > > > A++ > > Bastien Preuss <Bastien.Preuss(a)ird.fr> a écrit : > >> Bonjour, >> >> >> >> Je souhaite exclure certains de mes métiers pour réaliser ma calibration. >> >> Je calibre espèce par espèce, donc il me faut exclure les métiers qui ne >> capturent pas lespèce en cours de calibration. >> >> >> >> La ligne 363 du script de calibration semble permettre de faire cela, mais >> le problème est comment sélectionner les bons métiers à exclure ?! : >> >> >> >> /////*** If some strategies, metiers or areas must not be included in the >> cumulated catches see below else put "//" at the beginning of line 297 and >> replace "L2" by "L" at line 289 >> >> /////*** the strategies or so to exclude must be at the begining > or >> end of the list you enter in the parameters interface >> >> /////*** fill the line MatrixND L = > L2.getSubMatrix(a,b,c).copy(); >> as follow : >> >> /////*** a = 1 if you want to exclude strategies, 2 if metiers and > 4 >> if areas >> >> /////*** b = indice of the first object considered >> >> /////*** c = number of object to keep after b, b included >> >> //MatrixND L = L2.getSubMatrix(0, 0, 12).copy(); // for instance : >> keep strategies 2,3,4,5 >> >> >> >> >> >> Dans mon cas jai 8 métiers et je souhaite nen conserver que 4 pour ma >> calibration sur mon espèce 1. Comment savoir dans quel ordre sont rangés > les >> métiers et quel numéro correspond à quel métier ? De plus il semble quil > ne >> soit possible dexclure que des métiers qui se suivent dans la liste >> comment faire si les métiers à conserver ne se suivent pas ? >> >> >> >> >> >> >> >> Merci de votre aide. >> >> >> >> Bastien >> >> >> >> >> >> Bastien Preuss >> >> Doctorant (PhD Student) >> >> IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie >> >> 101 Promenade Roger Laroque >> >> BP A5 >> >> 98848 Noumea cedex >> >> New-Caledonia >> >> Tel: (+687) 260 723 >> >> P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce >> mail qu'en cas de nécessité >> >> >> >> >> >> > > > > _______________________________________________ > Isis-fish-users mailing list > Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users > > _______________________________________________ > Isis-fish-users mailing list > Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users > _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users

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Re: [Isis-fish-users] Exclusion de certains métiers pour la calibration
by Bastien Preuss June 2, 2011

June 2, 2011

Salut Sigrid, Effectivement c'est plus simple en mettant directement tous les métiers dans le même fichier .csv ! Je ne sais plus pourquoi j'étais parti sur une séparation des fichiers métiers (ça date de novembre ...). Donc j'ai tout re simplifié avec à chaque fois un seul objet pour tous les métiers: "debarquements", "debarquementsObserves" et "matrixDebarquementsObserves". Je fais effectivement l'option 2 !: somme sur les pas de temps (somme sur les metiers de (CatchObs (t, metier) - CatchSimule (t,metier))^2). Par contre je n'arrive pas à utiliser la partie de script pour créer la semantic. J'obtiens des erreurs... j'ai trouvé comment en résoudre certaines, mais là je bloque... Après avoir importé directement le fichier avec tous les métiers (même ceux qui ne capturent pas l'espèces). J'ai remplacé "Date" pas "Month" dans le bout de script que tu m'avais envoyé (est-ce que ça pose problème?). J'ai eu: cannot find symbol symbol : class Month location: class scripts.SiMatrix List<Month> months = new ArrayList <Month>(); J'ai donc rajouté: import fr.ifremer.isisfish.types.Month; en début de script. Puis j'ai eu: cannot find symbol symbol : class SiMatrix location: class analyseplans.CalibrationSimplexePasVariable2_BecDeCane SiMatrix siMatrix = SiMatrix.getSiMatrix(context); J'ai donc rajouté : import scripts.SiMatrix; en début de script. Puis j'ai eu: cannot find symbol symbol : variable siMatrix location: class analyseplans.CalibrationSimplexePasVariable2_BecDeCane List<Metier> metiers = siMatrix.getMetiers(new Month(0)); J'ai rajouté : SiMatrix siMatrix = SiMatrix.getSiMatrix(context); dans mon init. Et maintenant, j'ai le message: C:\Documents and Settings\bpreuss\isis-database-3\analyseplans\CalibrationSimplexePasVariable 2_BecDeCane.java:136: getSiMatrix(fr.ifremer.isisfish.simulator.SimulationContext) in scripts.SiMatrix cannot be applied to (fr.ifremer.isisfish.simulator.AnalysePlanContext) SiMatrix siMatrix = SiMatrix.getSiMatrix(context); ^ C:\Documents and Settings\bpreuss\isis-database-3\analyseplans\CalibrationSimplexePasVariable 2_BecDeCane.java:137: cannot find symbol symbol : method getMetiers(fr.ifremer.isisfish.types.Month) location: class scripts.SiMatrix List<Metier> metiers = siMatrix.getMetiers(new Month(0)); ^ Note: C:\Documents and Settings\bpreuss\isis-database-3\scripts\SiMatrix.java uses unchecked or unsafe operations. Note: Recompile with -Xlint:unchecked for details. 2 errors Je pense comprendre lerreur mais je ne vois pas comment la résoudre Donc je bloque ici Comprends pas tout au Java ;-) Je mets en pièce jointe, mon script et mon fichier .csv pour que ça soit plus clair sur ce que je fais. Merci davance, Bastien -----Message d'origine----- De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Sigrid.Lehuta(a)ifremer.fr Envoyé : jeudi 2 juin 2011 01:40 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] Exclusion de certains métiers pour la calibration Hello, je pense que je n'avais pas compris ce que tu fais. Quelle est ta fonction objectif? somme sur les pas de temps ((CatchObs(t) - CatchSimule(t))^2) ou somme sur les pas de temps (somme sur les metiers de (CatchObs (t, metier) - CatchSimule (t,metier))^2) ? l option 2, n'est ce pas? desolee j ai ete longue a la comprenette. Dans ce cas en effet, il faut s assurer que les metiers correspondent. le plus propre c est de creer les "semantics" pour ta matrice de debarquements observes. semantics c'est les coordonnées en termes d'objet plutot qu'en terme d'indice. par ex pour aller chercher la valeur dans la matrice a la premiere ligne deuxieme colonne qui correspond a la date d et au metier m au lieu de faire mamatrice[1,2] tu lui donne les objets en indices: mamatrice[Date d,Metier m]. // Dans init // reccup la liste des metiers List<Metier> metiers = siMatrix.getMetiers(new Date(0)); // creer la liste des metiers de ton fichier de debarq observes // tu rentres la liste de tes metiers dans l ordre de ton fichier d'import String[] metiersNomsNous = new String[]{"Espagnols", "BolincheProfil2lan", "BolincheProfil2nord","Autre"}; List<Metier> metiersNous = new ArrayList<Metier>(); for(String metiersNomCurrent : metiersNomsNous){ for (Metier met : metiers){ if(met.getName().equals(metiersNomCurrent)){ metiersNous.add(met); }}} //creer la liste des dates //si par ex tes simu ont 60 pas de temps (60 trimestres,60 mois...) List<Date> dates = new ArrayList <Date>(); for (int i=0; i < 60; i++) { dates.add(new Date (i)); } // creation de la matrice en specifiant ses semantics plutot que sa taille MatrixND matrixDebarquement = MatrixFactory.getInstance().create( new List[]{dates,metiersNous}); matrixDebarquement.importCSV(new FileReader(debarquementsObserves),new int []{0,0}); // Puis dans la partie ou tu compares : for ( MatrixIterator g = L.iterator(); g.hasNext();){ g.next(); Object [] sem = g.getSemanticsCoordinates(); double obs = matrixDebarquement.getValue(sem); //etc.. } si tu ne veux pas t embeter avec les metiers qui ne capturent rien, ne les mets pas dans ta matrice d import. Puis on va faire la boucle sur les elements de matrixDebarquement plutot que sur les elements de L,comme ca tu n as pas besoin d'extraire de L les metiers qui ne capturent pas. for ( MatrixIterator g = matrixDebarquement.iterator(); g.hasNext();){ g.next(); Object [] sem = g.getSemanticsCoordinates(); double obs = g.getValue(); double sim = L.getValue(sem); etc.. } Enfin pour l erreur ajoute cette ligne aux imports en debut de script import fr.ifremer.isisfish.entities.*; Bon courage Bastien Preuss <Bastien.Preuss(a)ird.fr> a écrit : > Re! > > Si je comprends bien j'ai 2 options: > > 1) ne pas supprimer les métiers qui ne capturent pas mon espèce dans les > valeurs simulées. Mais dans ce cas, il faut que j'importe des matrices des > captures nulles pour avoir des valeurs Observées à comparer, non? > > 2) Supprimer les métiers qui ne capturent pas mon espèce dans les valeurs > simulées. Dans ce cas je peux utiliser le bout de script que tu m'as envoyé. > > > J'ai essayé cette deuxième option, mais il y a une erreur car Isis ne > reconnait pas l'objet "Metier", j'ai le message d'erreur: > cannot find symbol > symbol : class Metier > location: class analyseplans.CalibrationSimplexePasVariable2_BecDeCane > List <Metier> listmet = L2.getSemantic(1); int[] indexMetagarder = > new int[4]; > > J'ai essayé de le déclarer plus haut mais sans succès. Sais-tu à quoi cela > est-il dû? J'ai dû rater quelque chose! > > > > De façon plus général, pour les deux cas, je me demande comment sait-on si > les valeurs comparées obs et simulées sont les bonnes? Je n'ai pas compris > dans le script où est-ce qu'on récupère les données obs d'un métier pour les > comparer aux données simulées du métiers correspondant en s'assurant qu'il > s'agisse du même métier. > > Merci. > > Bastien > > > > > > > > -----Message d'origine----- > De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org > [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de > Sigrid.Lehuta(a)ifremer.fr > Envoyé : mercredi 1 juin 2011 03:04 > À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > Objet : Re: [Isis-fish-users] Exclusion de certains métiers pour la > calibration > > Re-hello, > > En fait si les metiers ne capturent pas la population leurs captures > seront nulles et c est pas grave de les garder (ca fera + 0!)... mais > si tu veux quand meme les extraire, > > d'abord reccuperer les index des metiers à garder en utilisant leurs > noms par exemple : > List <Metier> listmet = L2.getSemantic(1) > int[] indexMetagarder = new int[4]; > for(Metier m : listmet){ > if(m.getName().equals("nommetier1")) indexMetagarder [1] = > listmet.indexOf(m); > else if(m.getName().equals("nommetier5")) indexMetagarder [2] = > listmet.indexOf(m); > etc... > } > > ensuite extraire la sous matrice: > MatrixND L = L2.getSubMatrix(1, indexMetagarder).copy(); > > > A++ > > Bastien Preuss <Bastien.Preuss(a)ird.fr> a écrit : > >> Bonjour, >> >> >> >> Je souhaite exclure certains de mes métiers pour réaliser ma calibration. >> >> Je calibre espèce par espèce, donc il me faut exclure les métiers qui ne >> capturent pas lespèce en cours de calibration. >> >> >> >> La ligne 363 du script de calibration semble permettre de faire cela, mais >> le problème est comment sélectionner les bons métiers à exclure ?! : >> >> >> >> /////*** If some strategies, metiers or areas must not be included in the >> cumulated catches see below else put "//" at the beginning of line 297 and >> replace "L2" by "L" at line 289 >> >> /////*** the strategies or so to exclude must be at the begining > or >> end of the list you enter in the parameters interface >> >> /////*** fill the line MatrixND L = > L2.getSubMatrix(a,b,c).copy(); >> as follow : >> >> /////*** a = 1 if you want to exclude strategies, 2 if metiers and > 4 >> if areas >> >> /////*** b = indice of the first object considered >> >> /////*** c = number of object to keep after b, b included >> >> //MatrixND L = L2.getSubMatrix(0, 0, 12).copy(); // for instance : >> keep strategies 2,3,4,5 >> >> >> >> >> >> Dans mon cas jai 8 métiers et je souhaite nen conserver que 4 pour ma >> calibration sur mon espèce 1. Comment savoir dans quel ordre sont rangés > les >> métiers et quel numéro correspond à quel métier ? De plus il semble quil > ne >> soit possible dexclure que des métiers qui se suivent dans la liste >> comment faire si les métiers à conserver ne se suivent pas ? >> >> >> >> >> >> >> >> Merci de votre aide. >> >> >> >> Bastien >> >> >> >> >> >> Bastien Preuss >> >> Doctorant (PhD Student) >> >> IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie >> >> 101 Promenade Roger Laroque >> >> BP A5 >> >> 98848 Noumea cedex >> >> New-Caledonia >> >> Tel: (+687) 260 723 >> >> P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce >> mail qu'en cas de nécessité >> >> >> >> >> >> > > > > _______________________________________________ > Isis-fish-users mailing list > Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users > > _______________________________________________ > Isis-fish-users mailing list > Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users > _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users

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Re: [Isis-fish-users] Exclusion de certains métiers pour la calibration
by Bastien Preuss June 1, 2011

June 1, 2011

Re! Si je comprends bien j'ai 2 options: 1) ne pas supprimer les métiers qui ne capturent pas mon espèce dans les valeurs simulées. Mais dans ce cas, il faut que j'importe des matrices des captures nulles pour avoir des valeurs Observées à comparer, non? 2) Supprimer les métiers qui ne capturent pas mon espèce dans les valeurs simulées. Dans ce cas je peux utiliser le bout de script que tu m'as envoyé. J'ai essayé cette deuxième option, mais il y a une erreur car Isis ne reconnait pas l'objet "Metier", j'ai le message d'erreur: cannot find symbol symbol : class Metier location: class analyseplans.CalibrationSimplexePasVariable2_BecDeCane List <Metier> listmet = L2.getSemantic(1); int[] indexMetagarder = new int[4]; J'ai essayé de le déclarer plus haut mais sans succès. Sais-tu à quoi cela est-il dû? J'ai dû rater quelque chose! De façon plus général, pour les deux cas, je me demande comment sait-on si les valeurs comparées obs et simulées sont les bonnes? Je n'ai pas compris dans le script où est-ce qu'on récupère les données obs d'un métier pour les comparer aux données simulées du métiers correspondant en s'assurant qu'il s'agisse du même métier. Merci. Bastien -----Message d'origine----- De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Sigrid.Lehuta(a)ifremer.fr Envoyé : mercredi 1 juin 2011 03:04 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] Exclusion de certains métiers pour la calibration Re-hello, En fait si les metiers ne capturent pas la population leurs captures seront nulles et c est pas grave de les garder (ca fera + 0!)... mais si tu veux quand meme les extraire, d'abord reccuperer les index des metiers à garder en utilisant leurs noms par exemple : List <Metier> listmet = L2.getSemantic(1) int[] indexMetagarder = new int[4]; for(Metier m : listmet){ if(m.getName().equals("nommetier1")) indexMetagarder [1] = listmet.indexOf(m); else if(m.getName().equals("nommetier5")) indexMetagarder [2] = listmet.indexOf(m); etc... } ensuite extraire la sous matrice: MatrixND L = L2.getSubMatrix(1, indexMetagarder).copy(); A++ Bastien Preuss <Bastien.Preuss(a)ird.fr> a écrit : > Bonjour, > > > > Je souhaite exclure certains de mes métiers pour réaliser ma calibration. > > Je calibre espèce par espèce, donc il me faut exclure les métiers qui ne > capturent pas lespèce en cours de calibration. > > > > La ligne 363 du script de calibration semble permettre de faire cela, mais > le problème est comment sélectionner les bons métiers à exclure ?! : > > > > /////*** If some strategies, metiers or areas must not be included in the > cumulated catches see below else put "//" at the beginning of line 297 and > replace "L2" by "L" at line 289 > > /////*** the strategies or so to exclude must be at the begining or > end of the list you enter in the parameters interface > > /////*** fill the line MatrixND L = L2.getSubMatrix(a,b,c).copy(); > as follow : > > /////*** a = 1 if you want to exclude strategies, 2 if metiers and 4 > if areas > > /////*** b = indice of the first object considered > > /////*** c = number of object to keep after b, b included > > //MatrixND L = L2.getSubMatrix(0, 0, 12).copy(); // for instance : > keep strategies 2,3,4,5 > > > > > > Dans mon cas jai 8 métiers et je souhaite nen conserver que 4 pour ma > calibration sur mon espèce 1. Comment savoir dans quel ordre sont rangés les > métiers et quel numéro correspond à quel métier ? De plus il semble quil ne > soit possible dexclure que des métiers qui se suivent dans la liste > comment faire si les métiers à conserver ne se suivent pas ? > > > > > > > > Merci de votre aide. > > > > Bastien > > > > > > Bastien Preuss > > Doctorant (PhD Student) > > IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie > > 101 Promenade Roger Laroque > > BP A5 > > 98848 Noumea cedex > > New-Caledonia > > Tel: (+687) 260 723 > > P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce > mail qu'en cas de nécessité > > > > > > _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users

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Re: [Isis-fish-users] Pb nombre de dimensions calibration
by Bastien Preuss June 1, 2011

June 1, 2011

Merci Sigrid! Effectivement mon problème venait de la déclaration du nombre de dimensions de "matrixDebarquement" que je rempli avec les "matrixDebarquement" 1 à 4. Je pensais qu'il fallait conserver la dimension des groupes en indiquant qu'il n'y en avait qu'un seul, mais en fait il faut simplement ne pas prendre en compte cette dimension. Pour info, dans la partie du code en question j'obtiens donc maintenant: /////*** specify dimention of the matrix containning observations (observed landings for instance) /////*** numbers of group/columns : could be equal to your number of classes in ISIS but may also be different if your had only aggregated data //int nbGroup = 10; /////*** enter number of observation per year (if you have observation by quarter put 4) / lines of the observations file int nbTrim = nbYear * 12; /////*** enter the number of metiers int nbMet = 4; int[] dimMatrix2 = { nbTrim }; int[] dimMatrix = {nbTrim, nbMet}; matrixDebarquement = MatrixFactory.getInstance().create(dimMatrix); // Cet objet contiendra les 4 seuivants, donc il a une dimension suplémentaire. matrixDebarquement1 = MatrixFactory.getInstance().create(dimMatrix2); matrixDebarquement2 = MatrixFactory.getInstance().create(dimMatrix2); matrixDebarquement3 = MatrixFactory.getInstance().create(dimMatrix2); matrixDebarquement4 = MatrixFactory.getInstance().create(dimMatrix2); matrixDebarquement1.importCSV(new FileReader(debarquementsObserves1), new int[] {0 }); matrixDebarquement2.importCSV(new FileReader(debarquementsObserves2), new int[] {0 }); matrixDebarquement3.importCSV(new FileReader(debarquementsObserves3), new int[] {0 }); matrixDebarquement4.importCSV(new FileReader(debarquementsObserves4), new int[] {0 }); //db.closeContext(); // Remplissage de la matrice matrixDebarquement avec les 4 matrices de débarquement (une par métier). for( MatrixIterator i=matrixDebarquement.iterator(); i.hasNext();){ i.next(); int [] debarquementsObserves = i.getCoordinates(); if (debarquementsObserves[1] == 0){ i.setValue(matrixDebarquement1.getValue(debarquementsObserves[0])); }else if (debarquementsObserves[1] == 1){ i.setValue(matrixDebarquement2.getValue(debarquementsObserves[0])); }else if (debarquementsObserves[1] == 2){ i.setValue(matrixDebarquement3.getValue(debarquementsObserves[0])); }else if (debarquementsObserves[1] == 3){ i.setValue(matrixDebarquement4.getValue(debarquementsObserves[0])); } } Encore merci. Bastien -----Message d'origine----- De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Sigrid.Lehuta(a)ifremer.fr Envoyé : mercredi 1 juin 2011 02:31 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] Pb nombre de dimensions calibration Hello Bastien, Miam bec de canne... voila des codes java qui donnent faim ! tes sommes sont correctes, c est le nombre de dimensions qui ne va pas, 2 pour L et 3 pour obs. si tu fais : obs = obs.reduce() (ca supprime les dimension d une matrice qui n ont qu'un element) ca va marcher... mais je comprends pas pourquoi tu crees ta matrix d observations matrixDebarquement à trois dimensions si tu as juste strategies et metiers... a mon avis y'a un soucis la dedans. tu charges 4 matrices matrixDebarquement1, 2 à 4 a 2 dimensions [nb trim, group], et tu en crees une avec 3 dimensions matrixDebarquement. Veux tu la remplir avec les 4 matrices ? est-ce ce que ces lignes sont sensées faire ?? : for( MatrixIterator i=matrixDebarquement.iterator(); i.hasNext();){ i.next(); int [] debarquementsObserves = i.getCoordinates(); if (debarquementsObserves[1] == 0){ i.setValue(matrixDebarquement1.getValue(debarquementsObserves[0],debarquemen tsObserves[2])); }else if (debarquementsObserves[1] == 1){ i.setValue(matrixDebarquement2.getValue(debarquementsObserves[0],debarquemen tsObserves[2])); }else if (debarquementsObserves[1] == 2){ i.setValue(matrixDebarquement3.getValue(debarquementsObserves[0],debarquemen tsObserves[2])); }else if (debarquementsObserves[1] == 3){ i.setValue(matrixDebarquement4.getValue(debarquementsObserves[0],debarquemen tsObserves[2])); } Si tu veux m'expliquer on peut corriger ca ensemble. Sinon reduce() va marcher. A+ Bastien Preuss <Bastien.Preuss(a)ird.fr> a écrit : > Bonjour, > > > > Jai une erreur lors de ma calibration (je mets le Debug en pj) : il semble > que la matrice des obs nest pas la même dimension que la matrice L des > valeurs simulées, mais je ne comprend pas pourquoi car je fais bien la somme > sur les dimensions nécessaires. > > Ça semble coincer au niveau du nombre de groupes dont je nai pas le détail > dans mes observations de débarquement. La matrice obs garde cette dimension > mais affiche 1, alors que la matrice L (pour laquelle jai sommé sur les > groupes) naffiche pas cette dimension. > > > > dim de obs [12, 4, 1] > > dim de L [12, 4] > > > > 12 correspond aux mois (que je nai pas sommés), 4 aux métiers sélectionnés > (que je nai pas sommés), et 1 au nombre de classes, qui vaut 1 car les > observations sont données toutes tailles confondues. > > Je mets mon script de calibration en pièce jointe. > > > > Est-ce que quelquun saurait doù vient le problème? > > > > Merci. > > > > Bastien > > > > > > > > > > Bastien Preuss > > Doctorant (PhD Student) > > IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie > > 101 Promenade Roger Laroque > > BP A5 > > 98848 Noumea cedex > > New-Caledonia > > Tel: (+687) 260 723 > > P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce > mail qu'en cas de nécessité > > > > > > _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users

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