January 2013 - Isis-fish-users - mailman.cloud.codelutin.com

Rôle et fonctionnement des groupes de facteurs dans les AS d'ISIS ?
by Loic GASCHE Feb. 1, 2013

Feb. 1, 2013

Bonjour, Je suis allé voir dans le manuel sur le site ISIS mais je n'ai pas trouvé d'infos sur ce qu'ISIS fait exactement quand on choisit de mettre deux facteurs dans un même groupe lors d'une AS. Puis-je trouver l'info quelque part (il me semble qu'on en avait parlé lors de l'atelier utilisateurs ISIS) ? Ou serait-il possible d'avoir à nouveau une courte explication ? Loïc

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relancer des simus stoppées sur caparmor ?
by Loic GASCHE Jan. 29, 2013

Jan. 29, 2013

Bonjour, Je ne sais pas pourquoi mais des simus que j'avais lancé sur caparmor ont arrêté de tourner... Y-a-t-il un moyen de savoir pourquoi ? Et éventuellement de faire en sorte qu'elles recommencent à tourner ? Sur le site isis il est dit qu'on peut utiliser "qsub" pour relancer des simus d'un plan mais je ne pense pas que ça résolve mon problème... Loïc

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PB avec les groupes de facteurs continus ?
by Loic GASCHE Jan. 28, 2013

Jan. 28, 2013

Bonjour, J'ai l'impression qu'il y a un problème avec les groupes de facteurs continus, qui ne fonctionnent pas comme ils le devraient. Il semblerait que lorsque je fais une AS avec des paramètres regroupés (par exemple 2 groupes de 2) les sorties de l'AS ne sont pas impactées par les variations de la valeur des paramètres, alors que les valeurs prises par les paramètres d'entrée varient dans le RData. A l'inverse si je me passe des groupes et fais mon AS sur les 4 mêmes paramètres pris indépendamment, j'ai bien un impact notable sur les sorties du modèle. Vous pourriez jeter un coup d’œil là-dessus les lutins ? Loïc

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[ANN] - IsisFish 4.2.1.1 released
by forge.codelutin.com Release Notification Jan. 28, 2013

Jan. 28, 2013

The IsisFish team is pleased to announce the isis-fish-4.2.1.1 release! Simulateur de pecherie complexe. Documentation of the project can be found here: http://maven-site.forge.codelutin.com/isis-fish Changes ------- Changes in this version include: Fixed Bugs: o Factor group factor do not impact simulation output Issue: 1937. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. o NPE when initializing nimbus on caparmor Issue: 1916. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. o Add option to change mapped result's matrix vector implementation class Issue: 1626. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. Downloads --------- For a manual installation, you can download files here: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/files * isis-fish-4.2.1.1-bin.zip - http://forge.codelutin.com/attachments/download/576 Maven artifacts --------------- Artifacts are deployed in nuiton maven repository http://maven.nuiton.org/other-releases/ Have fun! -IsisFish team

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pb import de base
by Stephanie MAHEVAS Jan. 22, 2013

Jan. 22, 2013

Bonjour je n'arrive pas à importer une base.... merci stephanie -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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Dire à ISIS de recommencer à télécharger des simus ?
by Loic GASCHE Jan. 15, 2013

Jan. 15, 2013

Bonjour, Mon ordi ayant planté pendant qu'ISIS téléchargeait des simus depuis caparmor, le téléchargement s'est arrêté. Y-a-t-il un moyen de dire à ISIS de reprendre le téléchargement ou devrai-je télécharger les simus manuellement une fois qu'elles auront toutes fini de tourner ? Serait-il possible pour moi d'accéder à caparmor depuis un autre ordi (un qui ne plante pas, comme par exemple le serveur de Steph) et de télécharger les simus sur mon disque externe ainsi que le RData, pour éventuellement les mettre sur mon PC après si j'en ai besoin ? Loïc

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pb AS caparmor ?
by Loic GASCHE Jan. 14, 2013

Jan. 14, 2013

Bonjour, J'ai lancé une AS sur caparmor vendredi, et aucun résultat n'a été téléchargé sur mon ordinateur. Comme celui-ci à de plus planté pendant le weekend et que j'ai du tout redémarrer difficile de savoir ce qui n'a pas marché. Ce que je peux dire est que toutes les simus avaient selon ISIS été uploadées sur caparmor et étaient en attente de téléchargement mais rien ne s'est passé. Le problème est que je n'arrive même pas à savoir si les simus ont tourné ou non sur caparmor, afin que je puisse tenter de les récupérer manuellement, ou si je dois tout relancer. On dirait que dans mon dossier lgasche sur caparmor j'ai un mélange des dernières AS que j'ai voulu faire tourner et de vieilles AS qui n'ont pas été supprimées. Dans lgasche\isis-tmp je retrouve des fichiers .bsh et .txt de mes simus et quand j'ouvre un .txt voilà ce que j'ai : service7>28% cat simulation-as_HCR_complete_10ans_AS_2013-01-11-18-46_9999-outpu t.txt INFO [main] (IsisFish.java:125) main - Starting Isis-Fish 4.2.1.0 with args : [ --option, launch.ui, false, --option, perform.vcsupdate, false, --option, perfor m.migration, false, --option, perform.cron, false, --simulateRemotellyWithPreScr ipt, as_HCR_complete_10ans_AS_2013-01-11-18-46_9999, /home1/caparmor/lgasche/isi s-tmp/simulation-as_HCR_complete_10ans_AS_2013-01-11-18-46-preparation.zip, /hom e1/caparmor/lgasche/isis-tmp/simulation-as_HCR_complete_10ans_AS_2013-01-11-18-4 6_9999-result.zip, /home1/caparmor/lgasche/isis-tmp/simulation-as_HCR_complete_1 0ans_AS_2013-01-11-18-46_9999-prescript.bsh] INFO [main] (IsisFish.java:126) main - Date: 11/01/13 20:53 INFO [main] (IsisFish.java:127) main - Java version: 1.7.0_10-b18, Java HotSpot (TM) 64-Bit Server VM INFO [main] (IsisFish.java:128) main - System arch: amd64 INFO [main] (IsisFish.java:129) main - R_HOME: /appli/R/2.15.0-gnu-4.3/lib64/R, R.type: jni INFO [main] (IsisFish.java:130) main - PATH: /appli/intel/itac/8.0.0.011/bin:/a ppli/intel/impi/4.0.0.028/bin64:/appli/intel/Compiler/11.1/073/bin/intel64:/bin: /usr/bin:/usr/local/bin:/usr/bin/X11:/usr/X11R6/bin:/usr/games:/opt/c3/bin:/usr/ lib/mit/bin:/usr/lib/mit/sbin:/opt/gnome/bin:.:/opt/sgi/sbin:/opt/sgi/bin:/sbin: /bin:/usr/sbin:/usr/bin:/usr/ucb:/usr/local/bin:/usr/bin/X11:/export/home/servic es/bin:.:/home1/caparmor/lgasche:/usr/pbs/bin:/usr/pbs/sbin:/sbin:/bin:/usr/sbin :/usr/bin:/usr/ucb:/usr/local/bin:/usr/bin/X11:/export/home/services/bin:.:/home 1/caparmor/lgasche:/usr/pbs/bin:/usr/pbs/sbin INFO [main] (IsisFish.java:131) main - java.library.path: jri64 Exception in thread "main" java.lang.NullPointerException at sun.font.FontConfigManager.getFontConfigFont(FontConfigManager.java:3 52) at sun.awt.X11FontManager.getFontConfigFUIR(X11FontManager.java:817) at sun.font.FontUtilities.getFontConfigFUIR(FontUtilities.java:488) at javax.swing.plaf.nimbus.NimbusDefaults.<init>(NimbusDefaults.java:138 ) at javax.swing.plaf.nimbus.NimbusLookAndFeel.<init>(NimbusLookAndFeel.ja va:100) at sun.reflect.NativeConstructorAccessorImpl.newInstance0(Native Method) at sun.reflect.NativeConstructorAccessorImpl.newInstance(NativeConstruct orAccessorImpl.java:57) at sun.reflect.DelegatingConstructorAccessorImpl.newInstance(DelegatingC onstructorAccessorImpl.java:45) at java.lang.reflect.Constructor.newInstance(Constructor.java:525) at java.lang.Class.newInstance0(Class.java:372) at java.lang.Class.newInstance(Class.java:325) at javax.swing.UIManager.setLookAndFeel(UIManager.java:580) at fr.ifremer.isisfish.IsisFish.initLookAndFeel(IsisFish.java:197) at fr.ifremer.isisfish.IsisFish.main(IsisFish.java:146) On dirait qu'il y a un problème mais je ne sais pas si ça peut avoir bloqué les simus ou non... Vu la petite taille de isis-tmp je dirais que les simus n'ont pas tourné, mais si quelqu'un pouvait confirmer et avait une idée de la cause je suis preneur... Loïc

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Calcul de Ftot avec GroupMin et GroupMax
by Loic GASCHE Jan. 11, 2013

Jan. 11, 2013

Bonjour, Juste un petit rappel au cas où des personnes utiliseraient le calcul de Ftot avec GroupMin et GroupMax : Pour faire ce calcul on utilise la méthode : getSubMatrix(int dim, int start, int nb) avec int start = GroupMin et int nb = GroupMax - GroupMin + 1. Le problème est qu'à priori int start ne fait pas partie des valeurs sélectionnées, et que la sous-matrice extraite ne commence donc qu'à int start +1. Donc si vous voulez calculer un Fbar sur les groupes 3 à 6 vous devez en fait entrer GroupMin = 2 (sera exclu) et GroupMax = 5, comme ça votre calcul sera bien fait sur 4 valeurs à partir du groupe 3 inclus. Peut-être aurait-il mieux fallu raisonner en GroupMin et NbreDeGroupes pour ISIS, ça aurait permis de contourner le fait que getSubMatrix() ne prend pas en compte la première valeur... Loïc

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Simulations caparmor qui s'arrêtent à Janvier 0 ?
by Loic GASCHE Jan. 10, 2013

Jan. 10, 2013

Bonjour les lutins, J'ai lancé une AS sur caparmor hier, et je me rends compte que toutes mes simus on arrêté de tourner en Janvier 0 (alors que j'ai demandé 10 ans de simus). Il ne semble pas y avoir de messages d'erreur dans le debug d'ISIS, ni dans les logs de simulation et je ne vois pas trop ce qui cause cet arrêt à Janvier 0. Est-ce que ça peut venir du fait que je me suis planté dans l'installation d'ISIS à utiliser sur caparmor ? J'ai encore /home3/caparmor/poussin/isis-fish-4.1.1.0 alors que je suis sur la 4.2.1.0, je n'avais pas fait attention. Sinon, est-ce qu'il y a java 7 sur caparmor ? Loïc

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java.lang.OutOfMemoryError: PermGen space ?
by Loic GASCHE Jan. 9, 2013

Jan. 9, 2013

Salut les lutins, Je crois que j'ai un nouveau message d'erreur à rajouter à ma collec' : ERROR|12:05:08,758|InProcessSimulatorLauncher.java|431|localSimulateSameThread|Error during simulation java.lang.OutOfMemoryError: PermGen space at java.lang.String.intern(Native Method) at fr.ifremer.isisfish.util.Cache.get(Cache.java:121) at fr.ifremer.isisfish.aspect.CacheAspect.call(CacheAspect.java:81) at scripts.SiMatrix_1_1424742491_1788840605___AW_JoinPoint.proceed(Unknown Source) at scripts.SiMatrix_1_1424742491_1788840605___AW_JoinPoint.invoke(Unknown Source) at scripts.SiMatrix.survivalRatePerZone(SiMatrix.java) at scripts.SiMatrix.aw$original$_AW_$matrixAbundance$_AW_$scripts_SiMatrix(SiMatrix.java:1331) at scripts.SiMatrix_1_309349757__450468485___AW_JoinPoint.proceed(Unknown Source) at fr.ifremer.isisfish.util.Cache.realCall(Cache.java:204) at fr.ifremer.isisfish.util.Cache.get(Cache.java:129) at fr.ifremer.isisfish.aspect.CacheAspect.call(CacheAspect.java:81) at scripts.SiMatrix_1_309349757__450468485___AW_JoinPoint.proceed(Unknown Source) at scripts.SiMatrix_1_309349757__450468485___AW_JoinPoint.invoke(Unknown Source) at scripts.SiMatrix.matrixAbundance(SiMatrix.java) at simulators.DefaultSimulator.computeMonth(DefaultSimulator.java:459) at simulators.DefaultSimulator.simulate(DefaultSimulator.java:216) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher.localSimulateSameThread(InProcessSimulatorLauncher.java:391) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher$SimThread.run(InProcessSimulatorLauncher.java:265) INFO|12:05:08,773|InProcessSimulatorLauncher.java|464|localSimulateSameThread|Simulation time: 126.047 Qu'est-ce que ça veut dire ? Ca marchait très bien, puis j'ai rajouté mon modèle de gravité... Je ne sais pas s'il y a un lien... Loïc

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